FGF5基因在中卫山羊中的SNP多态性分析

为了检测中卫山羊核心育种群中成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因的单核苷酸多态性(SNP),试验采用PCR-RFLP方法,对该基因外显子1上384 bp位置处的SNP位点多态性进行检测。结果表明:在测定的179只试验羊中仅出现2种基因型,即AA基因型、AB基因型,基因型频率分别为0.932,0.068。A、B的基因频率分别为0.966,0.034,A等位基因在中卫山羊群体中为优势等位基因。多态信息含量(PIC)为0.063 53,为低度多态位点。卡方检验结果表明,基因处于HardyWeinberg平衡状态。分析发现,此SNP为同义突变,利用在线软件预测,该突变位点不影响mRNA的二级结构,中卫山羊群体中FGF5基因外显子上存在一个低度多态SNP位点。     

欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列多态性检测

利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

中国荷斯坦奶牛κ-CN基因第四、第五外显子的多态性研究

本文利用PCR-RFLP技术,检测了中国南方荷斯坦牛κ-酪蛋白(κ-casein,κ-CN)基因第四、第五外显子的遗传多态性.结果表明:κ-CN基因第四、第五外显子均存在遗传多态性,第四外显子上存在突变位点g.13100A＞C,第五外显子上存在突变位点g.15153 T＞C.第四外显子有两种基因型(AA,AB),等位基因频率分别为0.9379和0.0621,第五外显子有三种基因型(AA,BB,AB),等位基因频率分别为0.6512和0.3488.κ-CN两个外显子PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定理(P＞0.05).κ-CN基因第四、第五外显子座位的多态信息含量分别为0.1097和0.3511,第四外显子呈现低度多态,第五外显子呈现中度多态;其杂合度、有效等位基因数分别为0.1165、1.1318和0.4543、1.8324.     

卵泡刺激素β基因编码区SNPs与糯谷猪繁殖性能的关联性分析

本试验采用RCR-SSCP及测序的方法检测了58头糯谷猪母猪卵泡刺激素(follicle-stimulating hormone,FSH) β基因编码区3个外显子的多态性,并分析了不同基因型与繁殖性能的关联性,结果发现,在外显子1和外显子3中未发现多态位点,外显子2中发现了2个新的多态位点,共检测出3个等位基因,5个基因型,未检测到BB基因型。其中A等位基因在6699位点发生了C→T突变,B等位基因在6708位点发生了T→C突变,C等位基因与公布序列一致,A、B、C等位基因频率分别为0.288、0.119、0.593。2个突变均为同义突变,各基因型间的繁殖性能差异不显著。     

马生长激素基因多态性与体尺指标之间的关联性分析

为研究广西德保矮马、百色马和新疆伊犁马的生长激素(GH)基因多态性与体尺指标之间的相关性,本实验利用PCR-SSCP技术分析3个品种277匹马GH基因5′侧翼区、第3外显子、第4外显子、第5外显子的遗传多态性。结果表明:只有GH基因第5外显子出现多态性,表现为AA、BB和AB 3种基因型,其他片段未发现多态性。群体遗传学分析表明,等位基因A和B的基因频率相等;Hardy-Weinberg平衡检验显示,3个品种马均处于非平衡状态;它们的多态信息含量均为中度多态。统计分析表明,GH基因第5外显子的基因型与3个品种马体尺指标之间无显著相关性。     

中国南方荷斯坦奶牛κ-CN基因第四、第五外显子的多态性研究

本文利用PCR-RFLP技术，检测了中国南方荷斯坦牛κ-酪蛋白（κ-casein，κ-CN）基因第4、第5外显子的遗传多态性。结果表明：κ-CN基因第4、第5外显子均存在遗传多态性，第4外显子上存在突变位点g．10943A〉C，第5外显子上存在突变位点g．15153T〉C。第4外显子有两种基因型（AA，AB），等位基因频率分别为0．9379和0．0621，第5外显子有三种基因型（AA，BB，AB），等位基因频率分别为0．6512和0．3488。κ-CN两个外显子PCR-RFLP位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律（p〉0．05）。κ-CN基因第4、第5外显子座位的多态信息含量分别为0．1097和0．3511，第4外显子呈现低度多态，第5外显子呈现中度多态；其杂合度、有效等位基因数分别为0．1165、1．1318和0．4543、1．8324。     

伊拉肉兔和美系獭兔FGF5基因外显子及部分内含子多态性研究

为了探索与家兔毛质性状有关的遗传标记,为家兔分子选育提供理论依据,该研究采用PCR直接测序法,对伊拉肉兔和美系獭兔FGF5基因的外显子Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ的序列进行分析,结果表明:(1)FGF5基因外显子Ⅰ和Ⅲ均存在多态性,FGF5外显子Ⅱ不存在多态性;(2)FGF5基因外显子Ⅰ的A位点存在AGA插入突变(反向测序),有A_1A_1(突变型)、A_1A_2和A_2A_2(野生型)3种基因型,其中A_1A_1为美系獭兔的优势基因型,A_2A_2为伊拉肉兔的优势基因型;(3)FGF5基因外显子Ⅲ的B位点存在G-C突变,有B_1B_1(野生型)和B_1B_2 2种基因型,且B_1B_1为这两种家兔的优势基因型;(4)应用适合性检验FGF5基因外显子ⅠA位点和外显子ⅢB位点基因型频率,发现只有伊拉肉兔群体中外显子ⅠA位点的基因型分布不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05),而外显子ⅠA位点基因型在美系獭兔群体中和外显子ⅢB位点基因型在这两种家兔群体中的分布均符合hardy-weinberg平衡定律(P0.05);(5)在伊拉肉兔和美系獭兔外显子Ⅰ的A位点和伊拉肉兔外显子Ⅲ的B位点均存在中度多态(0.25PIC0.5),美系獭兔外显子Ⅲ的B位点存在低度多态(PIC0.25)。研究结果显示FGF5可作为影响家兔毛绒品质的候选基因,对繁育优良的皮用家兔品种具有重要意义。     

莆田黑猪A-FABP基因的群体遗传结构分析

为了研究莆田黑猪脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因的群体遗传结构,试验采用PCRRFLP技术对112头莆田黑猪A-FABP基因的多态性进行检测。结果表明:在A-FABP基因BsmⅠ酶切位点检测到多态性,由2个等位基因控制,定义为B和b,存在3种基因型,即BB、Bb和bb,BB基因型出现的频率较高,基因型频率为0.696 4,B为优势等位基因,基因频率为0.803 6。群体遗传分析结果表明,A-FABP-BsmⅠ位点属于中度多态。卡方检验结果表明,A-FABP-BsmⅠ位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

马COMT基因第4外显子多态性分析

探讨COMT基因第4外显子(C4位点)多态性,进而探究不同品种马在该位点的遗传变异程度和选育强度。采用PCR-SSCP方法对不同品种马的COMT基因C4位点进行多态性分析。结果表明:第4外显子区域存在多态现象,发现AA、BB 2种基因型,并有3处突变分别是13处C突变为A、199处C突变为G的颠换、120处T突变为C的转换。不同品种间的基因型分布存在差异,纯血马的优势基因型和优势等位基因是BB型和B;而乌审马、锡尼河马、三河马、巴尔虎马、乌珠穆沁马的优势基因型和优势等位基因均为AA型和A;处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)的只有巴尔虎马,其他品种马都没有处于哈代-温伯格平衡状态(P0.01)。纯血马C4位点的杂合度为0.499,多态信息含量为0.374,呈中度多态性。纯血马C4位点杂合度和多态信息含量较高,表明该群体的遗传物质基础一致性较高,该位点遗传性能趋于稳定。     

高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

不同绵羊群体间心脏型脂肪酸结合蛋白基因第2外显子单核苷酸多态性的研究

以东北细毛羊、小尾寒羊、杜泊和道赛特4个群体为研究对象,采用PCR-SSCP方法对心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因第2外显子单核苷酸多态性进行检测。结果发现,H-FABP基因第2外显子存在939(A/G)、980(G/A)、1013(A/C)和1018(T/C)4个SNP位点,表现出AA、AB、BB 3种基因型;在东北细毛羊、小尾寒羊和杜泊群体中,BB型为优势基因型,在道赛特群体中,AB型为优势基因型;经χ²检验后,4个绵羊品种群体的基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析结果表明,东北细毛羊、杜泊和道赛特3个群体中的多态信息含量(PIC)均处于0.25和0.50之间,为中度多态,小尾寒羊为低度多态(PIC＜0.25);进一步分析结果表明,各个群体存在不同程度的遗传变异。     

西南地方品种黄牛MyoD基因部分编码序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了MyoD基因在3个西南地方黄牛品种的遗传多态性。结果表明:MyoD的第2外显子内不存在遗传多态性;第1外显子在3个牛品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为3个牛群体的优势等位基因,分布较高。3个品种中,盘江牛AA基因型频率最高,达到0.5365,而巴山牛和昭通牛则相对较低,分别为0.4465和0.2564。对第1外显子的多态片段测序分析表明:位于MyoD基因第782bp处发生碱基G→A的突变,并导致了氨基酸的突变,使甘氨酸变为丝氨酸。     

奶牛群体生长激素基因多态性与产奶量关联性

设计7对引物,利用PCR-SSCP技术检测GH基因在130头中国荷斯坦奶牛群体的遗传多态性,研究该基因对产奶量的影响。结果发现在GH基因的第3内含子、第5外显子和3′端存在多态性。GH基因第3内含子等位基因A、B的基因频率为0.775和0.225,3′端等位基C、D在奶牛群体中的基因频率为0.729和0.271,GH基因第5外显子等位基因E、F和G、H在奶牛群体中的基因频率分别为:0.507、0.138和0.259、0.096,GH基因第3内含子座位上不同基因型对305d产奶量有显著效应,AB基因型305d产奶量显著高于AA和BB型(P0.05)。     

甘肃马鹿MyoG基因5'UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号:FJ746497)5'UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析.结果表明:①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5'UTR-237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型,等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC<0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子.②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(-46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型,基因型频率分布为CC>CD>DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25相似文献   

大白猪MC4R、CDC16基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在利用高分辨率熔解曲线(high resolution melt,HRM)分型方法检测大白猪黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)和细胞分裂周期蛋白16(cell division cycle 16,CDC16)基因的多态性,并对其与大白猪的生长性状进行关联性分析。试验共采集246头大白猪的耳组织样提取基因组DNA,对小群体样本进行PCR扩增后,通过测序方法寻找两个基因在该群体中的多态性位点,针对已发现的多态性位点设计HRM专用引物,利用HRM方法对大群体进行多态性检测,将所得结果与大白猪生长性状进行关联性分析。结果表明,在MC4R基因序列中检测到1个突变位点2207AG,2个等位基因:A和G,3个基因型:AA、AG和GG;在CDC16基因第18外显子上检测到了1个突变位点837TC,2个等位基因:T和C,2种基因型:TT和CT。χ~2适合性检验结果显示,2个基因的基因型频率和等位基因频率在2个种群中分布差异不显著,符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,MC4R基因在2个群体中均处于中度多态(0.25PIC0.5),而CDC16基因在2个群体中均处于低度多态(PIC0.25)。关联分析结果发现,MC4R基因对大白猪体重及日增重具有显著影响(P0.05),CDC16基因对大白猪体高、体长和体重等均具有显著影响(P0.05)。综上所述,MC4R与CDC16基因对大白猪的生长发育具有一定的影响,为后续大白猪肉质性状与生长性状的现代分子选育提供参考。     

荆江麻鸭GH基因第4外显子SNP及其与体性状的关联研究

采用PCR-SSCP方法检测了96只荆江麻鸭生长激素基因第4外显子序列多态性,并分析了基因多态性与屠体性状间的关系.结果发现,在荆江麻鸭生长激素基因第4外显子中检测到1个突变位点,为3701 nt处C→T碱基转换,产生AA、BB和AB3种基因型,其中野生基因型BB为优势基因型(54.17%).卡方检验结果表明,群体该位点处于遗传平衡状态(P＞0.05).最小二乘分析结果表明,AA基因型个体全净膛率显著高于BB基因型(P＜0.05).初步推断,GH基因可作为影响荆江麻鸭部分屠体性状的候选基因(标记),其中突变基因型AA为有利基因型.     

兴义鸭CYP7A1基因外显子3多态性与血清生化指标的关联性研究

本研究采用PCR-SSCP和DNA直接测序技术相结合来检测兴义鸭CYP7A1基因外显子3的SNP位点,分析其与血清生化指标的关联性。结果表明,检测到3种基因型AA、AB和BB,2个等位基因A和B,AA和A分别为优势基因型和等位基因,频率分别为0.882和0.921,序列比对发现5个SNP位点G744A、G783A、T858C、C951G和G960A,均为同义突变。关联分析显示,BB基因型个体的血清白蛋白、球蛋白和总蛋白显著高于AA基因型(P0.05),AA基因型白球比值显著高于AB型(P0.05),推测CYP7A1基因外显子3的多态可能对兴义鸭血清蛋白有一定影响,BB基因型可能是血清蛋白组成的有利基因型,等位基因B可能是有利等位基因。     

荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态性及其与屠体性状的关联研究

采用PCR-SSCP法检测了96只荆江麻鸭A-FABP基因内含子2的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中检测到AA、AB和BB 3种基因型,其中AA、BB基因型频率相同,均为0.2083,A、B等位基因频率均为0.5000,群体该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。最小二乘分析结果显示,荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态位点AA基因型个体活重、腿肌率和瘦肉率显著高于BB基因型(P0.05),皮脂率显著低于BB基因型(P0.05)。初步推断,A-FABP基因可作为影响荆江麻鸭皮脂性状的候选基因(标记),其中基因型AA为有利基因型。