五步蛇源隐孢子虫分离株的分子鉴定

【目的】采用分子生物学方法鉴定1个五步蛇(Deinagkistrodon acutus)源隐孢子虫分离株,了解中国蛇隐孢子虫感染的种类分布。【方法】利用巢式PCR方法,扩增隐孢子虫18S rRNA基因特异性片段,对PCR产物进行限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和同源性分析,构建其种系发育进化树。【结果】成功扩增出18S rRNA基因目的片段,PCR产物经SspⅠ酶消化后获得的酶切结果和先前报道的蛇隐孢子虫(Cryptosporidium serpentis)一致。获得的840 bp 18S rRNA基因序列与C.serpentis同源性达到99.8%。种系发育进化树分析表明,该分离株与C.serpentis位于同一分支,节点支持值达100%。【结论】本研究获得的五步蛇源隐孢子虫分离株为C.serpentis,说明C.serpentis有更宽的感染宿主范围。     

猪捷申病毒云南流行株的遗传进化

【目的】了解云南省猪场捷申病毒(porcine teschovirus,PTV)的感染情况及流行毒株分子进化特征,为预防控制该病提供参考。【方法】从云南曲靖、弥勒和大理的猪场随机采集粪便样品,采用RT-PCR方法对PTV 5′-UTR部分基因片段进行扩增、克隆及测序,通过生物信息学软件进行同源性分析并构建系统进化树。【结果】PTV核酸阳性率达27.3%(32/117),测序后去除重复序列得到6条序列。同源性分析结果显示：株间核苷酸同源性为93.2%～98.9%,与参考序列核苷酸同源性为89.7%～100.0%;系统进化树构建结果显示：YNDL-2和YNDL-3与四川省分离的PTV毒株亲缘关系较近;YNQJ-1与日本分离的PTV毒株亲缘关系较近;YNDL-1、YNQJ-4和YNQJ-5聚为一簇,与多米尼加分离的毒株亲缘关系较近,表明同一猪场存在不同血清型感染。【结论】云南猪场PTV感染率较高,流行株间进化关系差异较大,同一猪场存在不同基因型的病毒感染,未体现出明显的地域性。研究结果为PTV致病机理、疫苗研制及防控等奠定了基础。     

鼠隐孢子虫感染犊牛模型的建立及其血液生化指标的变化

【目的】研究犊牛感染鼠隐孢子虫后血液生化指标、营养物质代谢相关酶及激素的变化,初步探讨隐孢子虫病的致病机理。【方法】给犊牛腹腔注射地塞米松磷酸钠注射液致其免疫力低下,然后通过经口感染鼠隐孢子虫卵囊构建隐孢子虫感染犊牛动物模型。采集模型组和对照组犊牛隐孢子虫感染前和感染后第14、28天的血液,测定血液中K+、Na+、Cl-、Ca2+、Mg2+、血糖的浓度,以及总蛋白、白蛋白、5-羟色胺、白介素-2的质量浓度和酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、谷草转氨酶、谷丙转氨酶的活性。【结果】经口感染鼠隐孢子虫卵囊犊牛粪便中检出了大小、形态与感染卵囊基本相同的隐孢子虫卵囊,表明隐孢子虫感染犊牛动物模型构建成功。隐孢子虫感染前,2组犊牛所有血液生化指标均无显著差异。与对照组相比,在犊牛感染隐孢子虫后14d,血糖浓度、5-羟色胺质量浓度及碱性磷酸酶、谷草转氨酶活性均差异显著(P0.05);感染隐孢子虫后28d,血糖浓度,白介素-2、5-羟色胺质量浓度及碱性磷酸酶、谷草转氨酶和谷丙转氨酶活性均发生显著性变化(P0.05)。【结论】成功构建了鼠隐孢子虫感染犊牛动物模型。隐孢子虫感染对犊牛营养物质的吸收利用有一定影响;与营养物质代谢相关的酶与激素对犊牛感染隐孢子虫后营养物质的吸收利用具有一定的调控作用。     

2株猪圆环病毒2型的分离鉴定及全基因组序列分析

【目的】对河南部分地区疑似猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染猪进行病毒分离鉴定,并对分离株的全基因组序列进行分析。【方法】对郑州、焦作两地疑似PCV2感染的猪淋巴结、脾脏和肺脏组织进行PCR检测,对检测为阳性的病料进行PCV2的分离,利用间接免疫荧光试验和PCR扩增进行初步鉴定。用PCR扩增PCV2全基因,经克隆、测序后,用MEGA5.1软件对克隆的序列与GenBank上获取的其他PCV2全基因组进行序列比对。【结果】分离到2株病毒,分别命名为ZHENGZ-12株和JIAOZ-12株。间接免疫荧光试验结果显示,感染病毒的细胞出现了特异的亮绿色荧光。2个分离株全基因组长度均为1 767bp,与国内外PCV2参考毒株核苷酸序列同源性为92.6%~99.9%,2个毒株之间的核苷酸序列同源性为96.0%,与PCV1核苷酸序列同源性分别为74.6%和77.7%。系统进化树分析结果显示,2个PCV2分离株同国内外分离株的亲缘关系很近;PCV2核苷酸序列比较稳定,其进化不存在明显的地域相关性。【结论】初步证实分离病毒为PCV2,ZHENGZ-12株基因型为PCV-2a,JIAOZ-12株基因型为PCV-2b。     

郑州市山羊隐孢子虫感染情况调查与分析

为了对郑州市山羊隐孢子虫感染情况进行初步了解并分析虫株的种类和遗传进化关系,应用饱和蔗糖漂浮法对郑州市不同县市采集的276份山羊粪便样品进行山羊隐孢子虫感染情况检测,并应用PCR扩增部分阳性样品的核糖体18S rRNA基因序列,对获得的基因序列进行分析,确定所获得的隐孢子虫分离株的种类和遗传进化关系。结果表明,郑州市山羊隐孢子虫感染率为3.26%。序列比对和遗传进化分析表明,获得的9个山羊隐孢子虫分离株核糖体18S rRNA基因序列同源性为97.4%～99.9%,与已知牛隐孢子虫(Cryptosporidium bovis)分离株的同源性超过98.8%,且分离株与牛隐孢子虫属于同一大分支,与其他虫株所属分支相隔较远,表明获得的9个山羊隐孢子虫分离株均为牛隐孢子虫。综上,郑州市存在山羊隐孢子虫病的流行情况,均为牛隐孢子虫感染,会对人畜健康造成较大的威胁,亟须制定并实施相应的防控措施。     

中国野生柑橘上衰退病毒分离株分子特征分析

 【目的】了解中国野生柑橘上携带柑橘衰退病毒（CTV）分离株的CP/HinfⅠRFLP组群构成和分子特征。【方法】运用RT-PCR对采自中国云南、广西、四川、湖南、江西等省11个野生柑橘上CTV分离株的病毒衣壳蛋白基因(CPG)进行扩增，利用RFLP和SSCP对CPG进行分析，并将测定的CPG序列进行同源性比较和聚类分析。【结果】发现野生柑橘上11个CTV分离株以单一组群感染为主；这些CTV分离株CPG的核苷酸序列和相应的氨基酸序列同源性分别为92.5％～99.5％和95.0％～100％；与GenBank收录的9个全基因组CTV分离株的相应基因序列进行聚类分析，其核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为92.1％～98.8％和94.6％～100％。【结论】序列同源性比较说明CTV CPG具有高度保守性，同时系统进化分析表明收集到的野生CTV分离株与国外分离株分属5大类群，具有较复杂的亲缘关系。     

猪源Bb SC-SN株的分离鉴定及其皮肤坏死毒素（DNT）全基因序列分析

【目的】了解当前支气管败血波氏杆菌(Bb)地方菌株皮肤坏死毒素(DNT)基因的变异特点。【方法】利用分离培养、PCR及16SrRNA扩增片段同源性分析,对采自四川遂宁某规模化猪场有明显萎缩性鼻炎症状的鼻拭子进行病原分离鉴定,并对分离株的DNT基因进行克隆和序列分析,对其抗原域、氨基酸二级结构、特定区域位于蛋白质表面可能性等参数进行预测,分析其B细胞抗原表位。【结果】成功分离得到一株支气管败血波氏杆菌,命名为支气管败血波氏杆菌SC-SN株。分离株DNT基因序列全长4 357bp,与其他11株菌DNT基因的核苷酸序列同源性为93.1%~100.0%,但由于其356位插入碱基A,使得该序列仅编码1 426个氨基酸,与上述11株DNT基因编码的氨基酸序列同源性仅为12.8%~47.0%。遗传进化树显示,SC-SN分离株与S798日本株和未知1株的亲缘关系最近。软件预测结果显示,Bb SC-SN株DNT基因编码氨基酸B细胞抗原表位发生较大变化。【结论】经鉴定,分离株确为支气管败血波氏杆菌,且SC-SN株的DNT基因序列变异较大,第356位插入的碱基A,对其氨基酸序列、ORF及B细胞抗原表位分布产生了较大的影响。     

福建NADC30-like PRRSV FJLY01株的全基因组分子特征分析

【目的】了解福建省NADC30-like PRRSV FJLY01株的分子生物学特征和遗传演化规律,为PRRSV的防控提供参考。【方法】对采自福建省规模化猪场的疑似病料进行PRRSV分离鉴定,以NADC30PRRSV毒株基因序列为参考设计并合成9对引物,分别对分离株序列进行分段PCR扩增,经克隆测序后进行序列拼接,采用MEGA 6.0软件进行核苷酸及氨基酸同源性比对,并绘制其与其他35株毒株的系统遗传进化树。【结果】FJLY01株基因组全长为15 016bp(不包含polyA),包含10个开放阅读框,5′-UTR长190bp,3′-UTR长148bp,Nsp2基因缺失393bp。Nsp2蛋白存在类似PRRSV MN184和NADC30株的131个氨基酸的缺失。核苷酸比对结果表明,FJLY01株与VR-2332、MLV RespPRRS/Repro、CH-1a和BJ-4株核苷酸的同源性为85.2%~86.3%,与JXA1、HuN4等HP-PRRSV株核苷酸的同源性为83.7%~84.1%,与MN184A、MN184B株核苷酸的同源性为87.9%~88.2%,与NADC30株核苷酸的同源性最高,为97.1%。系统进化树分析表明,该毒株属于NADC30-like毒株,与JXA1、VR2332和CH-1a的亲缘关系较远。【结论】福建省存在NADC30-like毒株,应该加强PRRSV的监测。     

H1N1猪流感病毒广西分离株HA基因序列分析

【目的】了解H1N1猪流感病毒广西分离株的分子特征,为广西猪流感疫情监控提供参考依据。【方法】采用RT-PCR对2011年分离获得的H1N1猪流感病毒广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）的HA基因进行扩增,然后利用DNASTAR分析软件对测序基因片段进行整个阅读框架的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性比对分析,并用MEGA4.0绘制遗传进化树。【结果】广西分离株HA基因长1701bp,编码566个氨基酸,核苷酸序列与经典SIV的同源性为88.0%~99.6%,与季节性H1N1人流感病毒的同源性为76.3%~77.3%,与欧洲类禽SIV分离株的同源性为72.9%~75.4%,与2009甲型H1N1流感病毒的同源性为99.2%~99.6%;从核苷酸遗传进化树可知,广西分离株与类禽H1N1流感病毒和人H1N1流感病毒分离株的亲缘关系较远,而与2009甲型H1N1流感病毒分离株的亲缘关系最近。广西分离毒株HA基因的裂解位点序列为IPSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子生物学特征;共有8个糖基化位点,其中6个位于HAl区,两个位于HA2区;广西分离株HA蛋白RBS位点的氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。【结论】广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）属于2009甲型H1N1流感病毒。     

鸽源新城疫病毒陕西分离株P基因的克隆及序列分析

【目的】对鸽源新城疫病毒(NDV)陕西分离株P基因进行克隆和序列分析,为研究P基因及V基因的功能奠定基础,并为防治新城疫提供科学依据。【方法】参考GenBank发表的NDV基因序列设计1对特异性引物,RT-PCR扩增NDV/Pigeon/ShX/China/2003P基因的全长片段,并进行克隆、序列测定和分析。【结果】NDV/Pigeon/ShX/China/2003P基因全长1 451 bp,其完整的ORF长度为1 188 bp,编码395个氨基酸。同源性比较可知,NDV/Pigeon/ShX/China/2003与其他分离株P基因的核苷酸序列同源性在63.6%~92.9%,推导的氨基酸序列同源性在67.7%~92.2%。系统发育进化树表明,NDV/Pigeon/ShX/China/2003与鸽源分离株P68亲缘关系最近,与F48E9和La Sota毒株处于进化树的不同分支。【结论】NDV/Pigeon/ShX/China/2003与国内外已报道的NDV毒株间存在较大变异。     

羊口疮病毒新疆流行株的分离鉴定及其遗传进化分析

【目的】研究羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)新疆流行株的遗传变异情况。【方法】采集新疆石河子地区疑似感染ORFV的羔羊唇部结痂病料,通过PCR扩增、Vero传代细胞分离培养、电镜观察、动物回归试验等方法,检测、分离和鉴定ORFV毒株,对分离鉴定的3株ORFV毒株保护性抗原基因B2L和F1L及毒力基因VIR、GIF和VEGF分别进行克隆、测序及遗传进化分析。【结果】从病料中分离鉴定出3株ORFV新疆流行株(ORFV-SHZ1、ORFV-SHZ2和ORFV-SHZ3)。分析结果显示,ORFV分离株保护性抗原基因B2L、F1L相对保守,B2L和F1L基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分别为88.6%~97.9%和86.7%~97.4%;3个毒力基因的变异相对较大,尤其是VEGF基因。VIR、GIF和VEGF基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分别为91.8%~97.3%,85.2%~97.0%和71.5%~98.5%。基于B2L和VIR基因的遗传进化树分析表明,ORFV-SHZ1和ORFV-SHZ2分离株均与台湾分离株的亲缘关系最近。【结论】试验分离的ORFV新疆流行株可能是由台湾株与其他毒株重组后产生的,且其毒力基因发生了较大的变异。     

猪支气管败血波氏杆菌FlaA基因克隆与序列分析

参考相关资料,针对支气管败血波氏杆菌Bordetella bronchiseptica FlaA基因上游序列选择合成1对特异性引物,对贵州分离株（B8株和B27株）进行PCR扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体上,并转化到DI-L5a感受态细胞中,提取重组质粒进行PCR和双酶切鉴定后测序。结果获得分子长为237bp的特异性DNA片段;核苷酸同源性分析表明,贵州分离株间的同源性高达99．1％,与Bb参考株的同源性为97．8％～99．6％,与Bpp参考株的同源性为95．6％-97．4％;系统进化树分析表明,贵州分离株与Bb参考株亲缘关系较近,而与Bpp参考株亲缘关系远。     

绵羊肺炎支原体贵州分离株的鉴定

【目的】对贵州省疑似绵羊肺炎支原体(Mo)感染山羊病例进行病原确定性诊断。【方法】采集疑似Mo感染山羊肺脏,以支原体专用培养基从其中分离致病支原体,并通过形态学观察、生化试验、血清学试验及分子生物学方法对分离菌株进行鉴定。【结果】分离菌株菌落呈无中心脐圆形凸起,菌体呈多形性,大小在0.2～0.4μm;分离株表现出了与Mo标准株Y98相同的生化特性,在含抗Mo血清培养基中不生长;分离株16SrRNA基因序列与Mo Y98株同源性达99.55%,系统进化树分析与MoGH3-3株进化关系最近。【结论】成功分离到了Mo,为确定本地山羊支原体肺炎病原种类提供了理论依据,并为后续围绕病原进行防控工作研究奠定了基础。     

绵羊源十二指肠贾第虫和隐孢子虫的分子鉴定

为了解河南省安阳市绵羊源贾第虫和隐孢子虫的分子特性,对基于卢戈氏碘液染色法和饱和蔗糖溶液漂浮法检查获得的16份绵羊源贾第虫和3份隐孢子虫分离株分别进行DNA提取,并基于16S rRNA基因位点和18S rRNA基因位点进行巢式PCR扩增,获得阳性扩增产物,再进行测序鉴定和系统发育进化分析。结果显示,PCR成功扩增绵羊源贾第虫和隐孢子虫的特异性基因位点。基于对上述2种肠道原虫特异性基因位点的分子序列分析,将贾第虫鉴定为十二指肠贾第虫集聚体E(93.75%,15/16)和集聚体A(6.25%,1/16);将隐孢子虫鉴定为泛在隐孢子虫（66.67%,2/3）和猪隐孢子虫（33.33%,1/3）。     

四川省猪流行性腹泻病毒SNJ-P株的分离鉴定与遗传进化分析

【目的】探究四川省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株流行变异情况,并分析疫苗免疫效果不佳的原因。【方法】从四川某猪场采集仔猪肠道样本进行PCR检测、病毒纯化、病毒滴度测定以及病毒感染等试验;测定分离株全基因组序列,将分离株S基因序列与其他地区毒株及疫苗株进行比对并构建进化树;比较分离株与经典疫苗株CV777 S蛋白氨基酸位点变异情况。【结果】成功分离获得1株PEDV毒株,并命名为PEDV SNJ-P,该毒株病毒滴度为1×107.5/100μL。动物感染试验表明：分离株能引起仔猪出现腹泻和脱水等症状并导致死亡。全基因组测序及遗传进化分析表明：PEDV SNJ-P株全基因共28 003 bp,基因型为S non-INDEL型;与同型的中国分离株PEDV-WS、CH/JLDH/2016和CH/HNLH/2015等毒株亲缘关系较近,与同型的疫苗株亲缘关系相对较远,与经典疫苗株亲缘关系较远。与经典疫苗株CV777相比,SNJ-P株的S蛋白存在多处氨基酸突变、缺失和插入现象。【结论】由于毒株出现变异,SNJ-P株与疫苗株亲缘关系较远,当前所用疫苗无法提供有效保护。本研究结果以期为国内PEDV毒株的研...     

一株鹅源呼肠孤病毒的分离鉴定及致病性研究

【目的】从疑似感染鹅呼肠孤病毒的病料中分离鉴定一株鹅源呼肠孤病毒JS-01,并对病毒分离株的致病性进行初步研究,为开展该病毒的进一步研究奠定基础。【方法】取病死鹅的肝、脾组织冻融3次后充分匀浆,8 000r/min离心15min取上清,接种10日龄鹅胚的卵黄囊,收集24~144h死亡的鹅胚尿囊液,并提取病毒RNA。根据鹅呼肠孤病毒基因的保守序列设计特异性引物,利用该引物对所提取的病毒RNA进行RT-PCR,回收后与pMD18-T载体连接,将重组载体转化到DH5α大肠杆菌并在AMP+/LB培养基中培养,对阳性菌落测序,对测得的序列进行核苷酸及氨基酸同源性比对,并绘制系统遗传进化树。【结果】分离病毒JS-01的RT-PCR显示,其基因序列长度380bp,为鹅呼肠孤病毒σC基因片段;系统遗传进化分析表明,分离株JS-01与水禽源呼肠孤病毒处于同一分支,同源性为94.8%~96.5%,而与鸡呼肠孤病毒的同源性仅为40.6%~52.2%;在雏鹅上进行的动物回归试验表明,病毒JS-01可使雏鹅肝、脾、肾等器官发生病变。【结论】分离毒株为鹅呼肠孤病毒,该分离株对雏鹅有一定致病性,应注意本病的防控。     

安徽省奶牛隐孢子虫病流行病学调查

为了查明安徽省奶牛隐孢子虫感染与地理分布情况，选取该省境内4个奶牛场进行了奶牛隐孢子虫感染情况的调查，结果在26头奶牛的粪样中查到了隐孢子虫卵囊，其感染率为5．18％（26／502）。经鉴定，所获虫体为鼠隐孢子虫（Cryptosporidium muris）和小隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）。     

安徽省猪流行性腹泻病毒的ORF3基因序列分析

【目的】研究安徽地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因序列特征。【方法】于2012-2013年,从安徽省合肥、肥东、肥西、滁州、亳州、阜阳、马鞍山、蚌埠、宿州、巢湖、六安、淮南、宣城和淮北地区的19个不同猪场采集93份病料,采用RT-PCR方法对PEDV ORF3基因进行扩增,测序后进行序列分析,并与韩国、欧洲及中国其他省份PEDV毒株进行同源性比较,并构建遗传进化树。【结果】在93份病料中,自20份病料中获得的PEDVORF3基因开放阅读框全长为810bp,编码224个氨基酸,较多的基因位点发生了突变,没有缺失和插入。安徽省PEDV毒株之间的同源性为96.7%~100.0%,与欧洲株同源性为94.9%~97.0%,与韩国株同源性分别为96.3%~98.7%,与中国其他省份分离株的同源性为95.9%~100.0%。【结论】安徽地区PEDV ORF3基因与韩国株亲缘关系较近,而与欧洲株亲缘关系较远。     

猪园环病毒2型江西株的全基因序列分析

根据已发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)的全基因组序列,设计1对特异性引物,进行PCR扩增,将1个扩增产物连接到pUCm-T vector上并克隆到大肠杆菌DH5α中,得到1个阳性克隆,经提取质粒进行PCR、酶切、测序鉴定,证明扩增出了PCV-2目的片段.结果表明本实验分离株(JXPCV-2)与国内外不同地域的PCV-2全基因组序列的差异很小,同源性在94.2%～99.7%;进化树分析表明JXPCV-2与其他10株PCV-2分离株的亲缘关系较近,与浙江分离株(AY691169)亲缘关系最近.     

猪源马链球菌兽疫亚种中国分离株类M基因特性分析

 【目的】阐明国内不同区域猪源马链球菌兽疫亚种分离株类M基因的特性，为疫苗研制提供指导。【方法】利用PCR技术，扩增国内9省市从1974～2003年分离的9株马链球菌兽疫亚种类M基因，并进行克隆、测序及序列分析。【结果】发现7株类M基因长度为1 137 bp，含一个阅读框，CG-74-63和CP-0104株的长度分别为1 143 bp及1 125 bp。除1株关节炎分离株CP-0104外，引致败血症的8株菌类M基因的核苷酸同源性高达95.4%～99.9%，推导的相应氨基酸序列同源性高达92.1%～100%。9株猪源菌与马源菌株及人源菌株类M基因的核苷酸同源性分别为81.6%～87.0%、81.7%～91.8%。9株猪源分离株类M蛋白信号肽、C末端细胞锚定区的序列均高度同源；除CP-0104外，其余8株高变区高度同源。【结论】国内不同区域猪源马链球菌兽疫亚种分离株类M基因同源性高。