IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株核蛋白基因的分子克隆

为了给鸡传染性支气管炎病毒 ( IBV)核蛋白基因的遗传变异以及主要功能区的定位研究奠定基础 ,应用特异性引物扩增了 1 0株 IBV中国分离株的核蛋白基因 ,PCR产物全长为 1 .5kb。用 Eco RV和 Kpn 限制性内切酶进行酶切修饰后 ,连接到经过同样处理的载体 p UC1 1 9上。经 PCR、酶切、斑点杂交及 Southernblotting杂交鉴定 ,证实获得了含有 IBV的核蛋白基因的重组质粒     

禽传染性支气管炎病毒地方株N基因的克隆及序列分析

禽传染性支气管炎(IB)是鸡的一种急性、高度接触性的传染病,其特征为病鸡呼吸道症状、产蛋数量和品质下降以及肾脏病变等。IBV可感染所有日龄的鸡,导致生长迟缓、死亡、影响增重和饲料报酬降低;还常常引起霉形体混合感染以及大肠杆菌等继发感染而增加鸡群的死亡率,给养鸡生产带     

鸡传染性支气管炎病毒我国地方分离株S1基因的分子特征

应用反转录 -聚合酶链式反应 ,以 IBVS1基因的特异性引物从新疆 IBV流行株基因组中扩增出预期的 1 .7kb左右的片段 ,将此PCR产物修饰后插入到克隆质粒 p UC1 9的Sma I位点 ,在大肠杆菌中实现了目的基因的分子克隆。经测序及序列比较 ,与国外参考毒株相比表明新疆 IBV分离株已有分子水平的变异 ,与国内分离株 QX同源性高达 96% ,证明这两个分离株有很高的同源性     

鸡传染性支气管炎病毒SX-H09株膜蛋白基因的克隆及序列分析

对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)陕西分离株SX-H09株膜蛋白(M)基因进行克隆和序列分析.根据GenBank发表的IBV基因序列设计1对特异性引物,RT-PCR扩增IBV M基因片段,并进行克隆、序列测定和分析.结果表明,SX-H09株M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸.同源性比较可知,SX-H09株M基因...     

马动脉炎病毒大囊膜蛋白和膜蛋白基因的克隆与序列分析

参考GenBank收录的马动脉炎病毒(EAV)读码框大囊膜蛋白基因oRF5、膜蛋白基因ORF6的核苷酸序列，分别设计了2对引物，对EAV的这两种主要结构蛋白基因进行了RT—PCR；将扩增产物克隆于pUC18通用载体，对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序，证实克隆片段的可靠和准确性。测序结果，ORF5目的片段包含768bp，编码255个氨基酸组成的多肽；ORF6目的片段包含489bp，编码162个氨基酸组成的多肽。与EAVNC-002532标准毒株比较，ORF5、ORF6核苷酸的同源性分别为99．1％和99．4％；推导氨基酸的同源性分剐为96．99／6和98．29／6。     

传染性支气管炎DN-1分离株S1基因的克隆与序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了1对引物,通过RT-PCR特异性扩增出DN-1株的S1基因,产物为1.7 kb,与设计相符.同源性比较结果显示,DN-1株与H52、H120株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为99.7%、99.2%,表明IBV DN-1分离株与疫苗株的S1基因具有高度的同源性.     

鸡传染性支气管炎病毒华南分离株核蛋白基因的序列测定及同源性分析

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒（ Ｉ Ｂ Ｖ）核蛋白基因序列,设计并合成 １ 对引物。应用这对引物,以 Ｒ Ｔ Ｐ Ｃ Ｒ 特异性扩增出华南分离株（ Ｈ Ｎ 株）的核蛋白基因,基因产物大小为 １５ ｋｂ , 与设计相符。对 Ｈ Ｎ 株部分核蛋白基因进行序列测定,并与标准毒株 Ｈ５２、 Ｍ ４１、 Ｂｅａｕ 和 Ｇｒａｙ 的核蛋白基因进行同源性比较,结果表明, Ｈ Ｎ 株与 Ｈ５２、 Ｍ ４１、 Ｂｅａｕ 和 Ｇｒａｙ 株的核酸同源性分别为 ８５％ 、８４％ ８４％ 和 ８６％ 。由此可以看出, Ｈ Ｎ 株与标准毒株在核蛋白基因上存在一定的差异。     

鸡传染性支气管炎病毒KIBVXJ株S1基因的克隆及序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。     

山羊痘病毒贵州分离株P32基因的克隆及序列分析

山羊痘(goat pox)是由羊痘病毒属(capripox-virus)山羊痘病毒(goat poxvirus,GPV)引起的一种主要危害山羊的高度接触性传染病[1]。本试验应用PCR技术,从山羊痘病毒DNA中扩增P32基因,通过pMD18-T克隆载体转化到DH5α工程菌中,并进行重组质粒的鉴定,旨在探索山羊痘病毒贵州株与国     

鸡传染性支气管炎病毒变异株(793/B)M基因的克隆与序列分析

根据GenBank已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)全基因组序列设计引物,对793/B型IBV分离毒株TA03M基因进行克隆与序列分析.结果表明,793/B型IBV的M基因由669 bp组成,与GenBank已发表的15株IBV的M基因相比较,793/B型IBV的M基因在第4～15位发生了3～12个核苷酸的缺失,对应1～4个氨基酸的缺失,共有30多处点突变.与其他各毒株M基因的核苷酸同源性为84.2%～93.6%,氨基酸同源性为82.1%～96.0%;进化分析显示TA03株与H52和IBN毒株之间的亲缘关系较近.该研究为进一步探讨793/B型IBV M基因(蛋白)在遗传变异和免疫等方面的作用奠定了理论基础.     

IBV安徽分离株AH1-99M基因克隆及序列分析

利用RT-PCR技术成功扩增出IBV分离株AH1-99 M基因全长cDNA,并将其克隆到pMD18-T载体上,获得该分离株M基因的重组质粒.序列分析结果表明,该分离株M基因全长共678个核苷酸,编码225个氨基酸;同其他IBV的核苷酸序列的同源性为87.2%～92.5%,氨基酸的同源性为89.8%～95.1%;在IBV M基因核苷酸进化关系树中,AH1-99株M基因与H120、M41、Beaudette以及多数国内分离株亲源关系较近.     

用气管环交叉中和试验鉴定IBV山东分离株的血清型

利用气管环组织培养 ,通过交叉中和试验 ,以IBVM41 及T株作为对照 ,对从山东省分离的 4株传染性支气管炎病毒进行了血清型的初步分型。结果表明 ,4株中有 1株与T株为同一血清型 ,其余 3株既不属于M41 株 ,也不属于T株     

IBV D41株主要结构基因及3′端非编码区序列分析

采用反转录及聚合酶链式反应 ( RT-PCR) ,成功地扩增出鸡传染性支气管炎病毒 ( IBV)人工致弱毒D41株 S1基因、M基因、N基因和基因组 3′端非编码区 ( U TR)的 c DNA。序列测定结果表明 :D41株的 S1基因全长 1611bp(从 ATG到 S前体蛋白裂解位点 ) ,编码一条由 53 7个氨基酸组成的多肽 ;M基因全长 678bp,编码一条由 2 2 6个氨基酸组成的多肽 ;N基因全长 12 3 0 bp,编码一条由 410个氨基酸残基组成的多肽 ,3′端 UTR长度为52 5bp,其中高变区 ( HVR)长度为 2 2 5bp。与国内外已报道的一些 IBV标准毒株的相应基因序列进行核苷酸序列同源性分析后发现 :D41株与麻省血清型的毒株同源性最高 ,尤其与国际常用的标准疫苗株 H52和 H12 0的亲缘关系最接近。但它与国内“腺胃型”毒株 QXIBV在系统发生进化树上却相隔较远     

4株IBV中国地方分离株部分结构基因变异的研究

本研究通过RT-PCR分别获得了4个国内IBV分离株的S1、M和N基因，并进行了克隆及测序。序列分析结果表明：HaN2-95株的S1、M和N基因核苷酸序列均与IBV H120疫苗株的同源性最高；尽管HaN1-95株的S1基因与IBV H52疫苗株的亲缘关系最近，但是该毒株的M基因和N基因却与IBV Gray株的同源性最高；GX1-98株的S1和M基因均与IBV H52疫苗株的亲缘关系最近，但其N基因却与IBV Gray株和Ark99株有高度的同源性；GX2-98株的S1基因却与IBV Holte株的亲缘关系最近。上述结果提示国内有些IBV分离株的出现可能与疫苗株的使用有关。     

4株鸡肾型IBV陕西分离株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

采用RT—PCR方法对近年来本实验室分离的4株肾型IBV陕西分离株的纤突蛋白S1基因、膜蛋白基因（M）和核蛋白基因（N）分别进行扩增,测序后进行遗传变异分析。结果显示：与肾型疫苗株w93相比,各分离株S1基因均存在广泛的点突变,并且都存在基因插入现象,分离株之间氨基酸同源性为75．8％～99．4％;M基因除了存在点突变外,W09和WNl2在其5’端还存在9个核苷酸的缺失,分离株之间氨基酸同源性为91．0％～99．6％;N基N无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为99．3％～99．5％。4株IBV分离株在S1、M和N基因氨基酸系统进化树上分属于不同的进化群,且都与较早的肾型IBV陕西分离株w118遗传距离较远。结果表明,4株鸡肾型IBV流行毒株的s1、M和N基因均存在不同程度变异,这可能是免疫鸡群肾型鸡传染性支气管炎长期流行的主要原因．     

三株广西狂犬病病毒NS基因和M基因的克隆与序列分析

本研究设计了一对特异性引物NSM1/NSM2,对三株广西狂犬病病毒NS和M基因同时进行了RT_PCR扩增、克隆和测序。同源性分析表明,三株广西野毒NS基因核苷酸同源性为87.2%~98.4%,M基因核苷酸同源性为90.1%~99.7%;与固定毒和狂犬病相关病毒比较,NS基因分别为79.9%~82.8%和69.7%~71.0%;M基因的分别为82.8%~87.8%和75.0%~77.8%。三株野毒NS基因氨基酸同源性为93.3%~98.7%,M基因氨基酸同源性分别为97.5%~100%。表明广西各地毒株之间亲缘关系不同,但最为相近;与狂犬病固定毒株亲缘关系较远;与狂犬病相关病毒亲缘关系最远。     

鸡肾型IBV分离株M基因的克隆与特性分析

依据NCBI所登录的鸡传染性支气管炎病毒的M基因序列设计了一对引物,应用TRIzol试剂盒对8个肾型鸡传染性支气管炎病毒陕西地方分离株进行总RNA的提取,以所得到的RNA为模板,用RT-PCR对M基因进行扩增;其目的条带回收提纯后,与PMD18-T克隆载体进行连接,转化到DH5α宿主菌,并经药物抗性筛选、PCR及酶切鉴定,将所筛选鉴定出的阳性质粒进行测序,最后对测序结果进行分析。结果表明：陕西地方8个毒株（BJ2、FF2、YL2、B01、G5、YX、WH、WG）M基因长约为650 bp,其中YX、WH株本身无BamH 1酶切位点。WH与其它分离株的核苷酸同源性为91.8%～92.6%,而其它的分离株间的同源性为98.8%～99.8%。8个毒株与参考株的核苷酸同源性为74.9%～99.8%。其N端90 aa肽段与对照株相比,不同之处表现为高亲水性氨基酸取代低亲水性氨基酸,这会使其具有更好的抗原性。     

鸡传染性支气管炎病毒核蛋白基因重组真核表达载体的构建

将已经序列测定的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）HB株的核蛋白基因亚克隆到表达载体pcDNA3的KpnⅠ酶切位点，快速筛选鉴定出含有HB核蛋白基因的重组质粒，经酶切、PCR及Southern鉴定为正向插入了HB核蛋白基因，将其命名为pcDNA-N。对重组质粒进行大量扩增，应用聚乙二醇纯化后，对SPF雏鸡进行了免疫攻毒试验，结果表明，IBV核蛋白在抗感染和抗致死方面具有一定的作用。