基于线粒体Cyt b基因的南海北部金钱鱼种群遗传结构分析

【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（H_d）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的H_d为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（F_st）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。     

烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684 bp的COⅠ基因片段序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,无明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

基于花器官特征的欧洲李亲缘关系分析

为探索新疆野生欧洲李与几类栽培欧洲李之间的亲缘关系,对新疆野生欧洲李、塔城酸梅、伽师酸梅和国外引进欧洲李品种的30个欧洲李单株花器官特征的24项指标进行了测定与对比分析。结果显示,野生欧洲李与栽培欧洲李在其中22项花器官特征及花粉量指标上均具有不同程度的多样性,而花冠因子、花粉量因子、花药因子、花瓣因子和花瓣-雌蕊数量因子是造成这种差异的5个主要因子。聚类分析显示,在花器官形态特征及花粉量上,野生欧洲李与伽师酸梅的关系最近,其次与大部分塔城酸梅及塔城槟子的关系比较近,而与国外引进欧洲李品种及其他塔城槟子的关系最远。     

烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析(英文)

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684bp的序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,没有明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

狼亚种分化的RAPD分子证据

对来自我国东北、内蒙、甘肃、新疆等１０个地区的２１只狼（Ｃａｎｉｓ ｌｕｐｕｓ）应用ＲＡＰＤ方法进行亚种分化研究。筛选出２５个随机引物。通过对ＲＡＰＤ产生的谱带进行比较。找出共享片段,计算共享度和遗传距离。并进行聚类分析,做出聚类图,确定亲缘关系和分类地位。研究结果表明：（１）中国南北方狼有分化。在ＤＮＡ序列上存在着明显差异;（２）把所研究地区的狼划分为５个亚种,即：云贵群体（云南群体和贵州群体）和东南群体（福建群体、浙江群体和广东群体）亚种;东北群体、河北群体亚种;甘肃群体亚种;内蒙群体亚种;新疆群体亚种。     

珠江和长江水系赤眼鳟D-loop基因序列遗传变异分析

利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数分析,结果表明:不同水系群体间有显著的遗传差异,而同一水系内的不同群体间差异不显著。对5个群体进行分子方差分析,结果表明:5个群体间存在显著性遗传差异。分子系统树显示:两大水系5个不同水域赤眼鳟29个个体的系统树明显分为两支:珠江15个个体聚为一支,长江14个个体聚为另一支,且都有较高的置信度。可见,长江和珠江群体间已经出现了明显的遗传变异,是因珠江和长江的地理隔离导致的生殖隔离。但在同一水系内,群体间的遗传距离和群体内的遗传差异不显著,系统树也是两大水系内的不同水域混杂在一起,说明同一水系不同水域间没有出现遗传分化,分属"长江群体"或"珠江群体"。     

基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究

【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(F_ST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态。【结果】基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1~Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582~0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227~0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系。构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起。同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539~0.0628)和遗传分化系数(F_ST,0.95147~0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化。在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14%)。从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张。【结论】合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体与3个野生鲫群体间已产生明显的遗传分化,且存在一定程度的遗传多样性降低等问题。因此,在后续的鲫育种工作中应适当扩大繁育亲本数量,避免近亲繁殖和瓶颈效应,注重保护养殖群体种质资源的遗传多样性。     

山羊mtDNA多态性及其遗传结构的研究*

 对中国6个山羊品种（辽宁绒山羊,内蒙古绒山羊,西藏山羊,中卫山羊,济宁青山羊和龙陵山羊）的52个样本进行mtDNA的D-Loop区的全序列测定,用来研究中国山羊品种的线粒体DNA遗传多态性及系统发育。用NJ法构建单倍型系统发育树,结果发现6个山羊品种的线粒体DNA控制区聚类后得到了4个很明显的分支,即单倍型A,B,C,D.品种间遗传结构分析发现内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊两个绒山羊品种与西藏山羊、中卫山羊3个可产绒的山羊品种聚在一起,接着与产羔皮的济宁青山羊聚在一起,最后与产肉性能强的龙陵山羊聚在一起。     

基于线粒体COX1基因的蚕蛾类系统发育分析

基于生物信息学的方法,以16种蚕蛾类昆虫作为研究对象,利用线粒体基因COX1的碱基序列作为分子标记对其系统发育信息进行分析。结果表明,COX1基因序列具有明显的AT偏倚性,编码氨基酸的密码子有26个具有明显的使用偏好性,种群间的校正遗传距离在0.003～0.177之间,表明蚕蛾类昆虫的亲缘关系近。利用MEGA6软件,分别采用邻接法（NJ）和最大似然法( ML)构建系统发育树,其发育树的分支明显,大部分的节点支持率都很高,进一步说明了蚕蛾类昆虫的亲缘关系较近。本研究补充了对蚕蛾类传统分类的认识,也为蚕蛾类昆虫的分类提供依据。     

中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析

测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列,发现91个可变位点,64个简约信息位点。在45尾样品中共检测到43个单倍型,3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99～1)和(0.02522～0.02579),表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。在真鲷个体NJ树上出现3个谱系,各谱系中不同地理来源的个体比例相当,不呈现明显的地理聚群,推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。Tajima’sD呈负值但不显著(P0.08),表明真鲷历史上没有发生快速扩张,种群大小稳定。群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001～-0.0188)但不显著(P0.1);AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%),而群体间的遗传变异很小(-0.49%);表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。     

基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性

为进一步了解我国绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传变异情况和分类情况,采用PCR技术扩增绵羊痒螨(兔亚种)虫株的线粒体ATP6基因全序列,并分析所得序列,旨在探讨中国华北、华东、华中、西北、西南地区绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传多样性和种群结构。本研究成功获得88条序列,长度均为672 bp,包含41个单倍型,表现出较高的遗传多样性(π=0.014 94)和单倍型多样性(Hd=0.925 81),且以种群内部的遗传变异为主(97.92%)。进一步分析发现,5个种群间遗传分化程度较弱(F_st=0.020 81),基因交流频繁(Nm=11.763 5),中性检验值(Tajima’s D=0.937 98,Fu’s Fs=0.522 06)为不显著的正值,结合错配分布曲线呈现多峰,表明我国绵羊痒螨(兔亚种)种群在进化过程中比较稳定,无种群扩张事件。从单倍型网络图和NJ树可知,中国绵羊痒螨(兔亚种)没有形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。中国绵羊痒螨(兔亚种)种群遗传多样性高,但种群间无明显分化,未形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。     

西藏拟溞遗传多样性的初步研究

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对西藏拟溞Daphniopsis tibetana4个群体（新疆赛里木湖、西藏色林错、纳木卡错和班戈湖）的遗传多样性进行了初步研究,用21个随机引物对4个群体80个样本进行了随机扩增,从中筛选出5个扩增效果比较稳定的引物,共得到多态位点为25个。利用POPGENE32分析表明,西藏拟溞各群体遗传变异由高向低依次为色林错（SLC）〉赛里木湖（SLM）〉纳木卡错（NMKC）〉班戈湖（BGH）。根据遗传距离结果,采用UPGMA和NJ方法分别进行聚类分析,结果表明,赛里木湖（SLM）和色林错湖（SLC）两群体亲缘关系较近,纳木卡错（NMKC）与班戈湖（BGH）两群体之间的亲缘关系比较近。     

珠江水系特有卷口鱼遗传变异的线粒体Cytb基因序列分析

测定了广西合山、柳州、桂平和广东郁南等4个地理群体43尾卷口鱼线粒体Cytb基因1041bp,结果检测到8个单倍型,7个多态位点。4个地理群体的单倍型多样性为0.248～0.700,核苷酸多样性为0.00022～0.00070,表明所分析的卷口鱼群体单倍型多样性和核苷酸多样性低。在分子系统树上,不同地理来源的卷口鱼混杂分布在一起,没有形成明显的谱系结构和地理聚群;4个群体两两间的Fst值为-0.028～0.116,但均不显著(P0.08);AMOVA分析表明1.70%(P=0.21)的分子差异来自群体间,而98.3%的分子差异位于群体内部;表明4个地理群体间没有显著遗传分化。单倍型网络图呈星状结构,中性检测Tajima’sD和Fu’sFS均为显著负值,核苷酸不对称分布分析呈单峰模式,表明珠江卷口鱼可能曾经历过种群的快速扩张,推测在晚更新世(1.5～3.9万年前)出现种群扩张。     

Morphological and ISSR molecular markers reveal genetic diversity of wild hawthorns(Crataegus songorica K.Koch.) in Xinjiang,China

The wild hawthorn species,Crataegus songorica K.Koch.,is an important wild germplasm resource in Xinjiang,China that has been endangered in recent years.The genetic diversity of C.songorica K.Koch.germplasm in five populations from Daxigou,Xinjiang,China were evaluated based on phenotypic traits and ISSR molecular markers to provide basic information on resource protection,rational utilization and genetic improvement.The F-value for the phenotypic differentiation coefficient of the 33 traits measured ranged from 0.266 to 15.128,and mean value was 13.85%.The variation among populations was found to be lower than that within population.A total of 303 loci were detected within the five populations by 12 primers.Within 298 polymorphic loci,the polymorphism was 98.35%,showing a high genetic diversity in C.songorica K.Koch.The gene diversity within population,total population genetic diversity,genetic differentiation coefficient and gene flow were 0.2779,0.3235,0.1408,and 3.0511,respectively.Our results showed that C.songorica K.Koch.from Xinjiang has a high level of genetic diversity at both the phenotypic and molecular levels.Significant genetic differentiation existed within population and the differentiation trend showed a regional association.And in this study,in situ and ex situ conservation approaches were raised for wild hawthorn protection utilization.     

Management of Colorado potato beetle in invasive frontier areas

Colorado potato beetle(CPB) is one of the most devastating invasive insects and it is native to North America. It feeds on several wild species of the genus Solamum, such as S. elaeagnifolium and S. rostratum Dunal, and is one of the major pests of potato and eggplant. Beginning in the early 19 th century, CPB has rapidly spread across North America, Europe, and Central Asia. CPB was first reported to invade Xinjiang of China in 1993 and it was effectively controlled in Mori County. Since 2013, CPB has also been found in Jilin and Heilongjiang in Northeast China, and it likely migrated to these provinces from Russia. Thus, China has become the frontier for the global CPB spread, and risk management and monitoring systems for this pest are urgently needed. Here, we summarize pest management methods that are used in areas at the frontier of the CPB invasion, and put forward frameworks for further preventing and controlling of the spread of CPB. The management methods for CPB can also serve as an example for the control of invasive species mitigation in frontier areas.     

基于RAPD标记的新疆荒漠稻区稻水象甲遗传多样性分析

【目的】研究新疆荒漠稻区稻水象甲种群的遗传结构及入侵途径,为稻水象甲的监测、有效控制提供参考。【方法】采用RAPD分子标记,对新疆各稻区及内地北方典型稻区7个不同地理种群105头稻水象甲个体的遗传多样性进行分析。【结果】28条RAPD随机引物中筛选出7条多态性好的引物,共扩增出139条条带,多态性条带为98条,其多态性位点百分率（PPB）为70.5;。新疆伊宁察县稻水象甲地理种群基因多样性最低（PPB：46.76;、H：0.2106、I：0.3239）,黑龙江阿城最高（PPB：62.58;、H：0.3006、I：0.4450）;7个地理种群之间的Gst（基因分化系数）为0.1995,稻水象甲各种群间遗传变异为19.95;,种群内遗传变异为80.05;,不同地理种群间遗传分化水平较高。7个地理种群的UPGMA聚类结果显示：河北唐山市和吉林公主岭市的地理种群优先聚在一起,其亲缘关系最近,接着依次与黑龙江阿城市、新疆伊宁察布查尔县及霍城县完成第一个聚类;新疆乌鲁木齐市米东区和新疆五家渠市则完成第二个聚类。【结论】稻水象甲不同地理种群遗传多样性不同且存在差异。新疆荒漠稻区稻水象甲随引种、稻草、交通工具等人为的从东北传入的可能性大。     

利用ISSR标记对天麻的贵州种群遗传多样性分析

摘要:该文利用ISSR分子标记技术,对分布于贵州的药用植物天麻的9个种群的遗传多样性水平和遗传结构进行分析,为传统的中药材天麻的遗传、育种及种质资源的保护和合理利用提供依据.该研究用12条ISSR引物共扩增出120条大小在200～1 600 bp清晰的谱带,其中97条具有多态性,总的多态位点百分率为80.83%,表明在物种水平上有较高的遗传变异;种群水平的多态性相对较低,多态百分率在17.5%～40.83%,平均25.56%.用POPGENE软件计算各种群间和种群内的遗传参数,结果表明:物种水平上的Nｅｉ’ｓ遗传多样性（He）为0.042～0.153,平均0.073; Shannon信息指数为0.332 6±0.224 1;Nｅｉ’ｓ基因分化系数（Gst）为0.637 7,表明种群间的遗传变异占总变异的63.77%,而种群内的遗 传变异占总变异的36.23%,这与有限的基因流有关;而种群间有限的基因流（Ｎｍ=0.284 1）可能是由于种子的传播距离、种子极低的生活率以及种群间的地理隔离和营养繁殖等因素所致.      

瓜类褪绿黄化病毒及其系统进化分析

【目的】检测新疆南疆7个县/市瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus, CCYV),进行系统发育分析,为新疆南疆CCYV预警和防控提供参考。【方法】于2019年,从中国新疆南疆7个县/市采集带有黄化特征的51份甜瓜叶片样品,RT-PCR进行CCYV的检测,进行特异性片段的克隆、测序和系统发育分析。【结果】中国新疆巴楚县、阿克苏市、莎车县、伽师县、疏勒县、疏附县均未检测到CCYV,而洛浦县的13份样本中,8份检出为CCYV阳性,检出率为61.53%,洛浦县CCYV特异性片段克隆测序获得了685 bp的核酸序列,与GenBank中的CCYV分离物外壳蛋白(Coat protein, CP)的一致性达到100%。所得序列与中国新疆(吐鲁番)、中国其他省、苏丹、日本、塞浦路斯、黎巴嫩的CP基因聚在I组(Group),沙特阿拉伯的分离物聚在Ⅱ组,伊朗的分离物聚在Ⅲ组。【结论】CCYV在中国新疆南疆洛浦县甜瓜产区发生,与中国新疆吐鲁番、中国其他省及周围国家的CCYV分离物亲缘关系很近,且群体遗传变异很小。     

Genetic diversity analysis of black locust (Robinia pseudoacacia L.) distributed in China based on allozyme markers approach

Using starch gel and polyacrylamide gel electrophoresis, the genetic diversity of 19 populations of black locust (Robinia pseudoacacia L.) distributed in China has been evaluated based on seven allozyme systems. Among the 14 enzyme loci studied, 12 of them showed polymorphic, giving a total of 40 alleles. The average allelic number (A) and the average effective allelic number (Ae) were 3.004 and 2.178, whereas the average of expected heterozygosity (He) and the observed heterozygosity (Ho) were 0.525 and 0.440, respectively. The total genetic differentiation (H _T ) in the 19 populations tested was 0.536, including 0.515 within population (H _S ) and 0.021 among populations (D _ST ). The mean coefficient of genetic differentiation (G _ST ) was 0.038, indicating that 3.8% of genetic differentiation was resulted from the populations, and the rest from those within the population. The genetic distance among the 19 populations was small, ranging from 0.015 to 0.065. Cluster analysis based on AVERAGE showed that populations with closer geographical distribution had higher genetic similarity than that in populations with far away distribution. There was no evident geographic differentiation pattern in Chinese black locust populations at a biochemical level.     

巴什拜羊群体遗传多样性与遗传分化的研究

利用10个微卫星标记对新疆巴什拜羊4个品系(红毛、白毛、黑毛和瘦肉型新品系)189个个体进行检测,分析群体遗传多样性和群体间的遗传分化、系统发育关系。结果表明:在巴什拜羊10个微卫星座位中共检测到110个等位基因,平均每个座位等位基因数为11个;4个群体10个微卫星标记的平均多态信息含量为0.791 4,平均杂合度为0.814 9,说明巴什拜羊4个群体均具有丰富的遗传多样性;4个绵羊群体的总近交系数为-0.178 2,群体内近交系数为-0.211 2,群体间基因分化系数为0.023 7,说明4个绵羊群体间2.37%的遗传变异来自群体间,而97.63%的遗传变异是由各群体内个体间的差异引起的;基因流(Nm)平均值为8.916 7。聚类分析发现,红毛品系与黑毛品系亲缘关系较近,之后与白毛品系相聚,最后与瘦肉型新品系聚在一起,聚类结果与品系育成史基本一致。