基于ITS基因分析蛇源裂头蚴种系进化关系

为了研究蛇源裂头蚴种系发育关系,本研究对大王蛇裂头蚴湖南株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,并对其基因序列进行比对后绘制种系进化树,分析蛇源裂头蚴与其它带科绦虫的种群遗传关系。结果显示,12个蛇源裂头蚴分离株ITS基因序列长度差异较小,为1 386 bp~1 404 bp;各分离株之间ITS-1和ITS-2差异分别为0.2%~1.3%和0.4%~2.2%,与Gen Bank中登录的其它带科绦虫相比,同源性均分别低于66.3%和52.1%。表明蛇源裂头蚴ITS基因序列在种内相对保守,种间差异较大,可以作为蛇源裂头蚴的分子遗传标记。分离株系统进化树显示,所有分离株与欧猬迭宫绦虫位于同一大分支,与其他带科绦虫得到了很好的鉴别。本研究为蛇源裂头蚴的鉴别诊断、分子流行病学调查等方面的研究奠定基础。     

基于nad5基因分析黑斑蛙裂头蚴种系发育关系

为分析黑斑蛙裂头蚴种系发育关系,本研究利用PCR对黑斑蛙裂头蚴湖南省分离株线粒体DNA烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列进行扩增和测序,分析其遗传变异情况。并利用软件Clustal X 2.0对其序列进行分析,研究黑斑蛙裂头蚴与其它绦虫的种群遗传关系。测序结果显示,所扩增的nad5部分序列长度一致,均为510 bp,湖南省各分离株之间相应序列的相似性在97%以上,湖南分离株与基因库中其它裂头蚴nad5序列的相似度均低于89%。由于黑斑蛙裂头蚴nad5序列种内相对保守,种间差异较大,因此可以作为黑斑蛙裂头蚴种间遗传变异研究的分子标记,从而为黑斑蛙裂头蚴的分子流行病学和进一步的分类鉴定奠定了基础。     

基于ITS基因分析黑斑蛙裂头蚴种系发育关系

为了研究黑斑蛙裂头蚴种系发育关系,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)对黑斑蛙裂头蚴湖南株核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,应用ClustalX 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树,研究黑斑蛙裂头蚴与其他带科绦虫的种群遗传关系。结果显示,湖南省不同地区10个黑斑蛙裂头蚴分离株ITS序列基本一致,为1 362~1 382bp,各分离株之间ITS-1和ITS-2序列的同源性均高于95.4%和94.6%;与基因库中其他带科绦虫ITS-1和ITS-2序列的同源性均低于59.5%和56.9%。通过建立NJ系统发育树,湖南省黑斑蛙裂头蚴分离株与欧猬迭宫绦虫位于同一大分支,得到了很好的鉴定。黑斑蛙ITS序列在种内相对保守,而种间差异较大,因此ITS序列可以作为分子标记研究黑斑蛙裂头蚴种系遗传变异,从而为黑斑蛙裂头蚴的分子流行病学和群体遗传研究奠定基础。     

山羊脑多头蚴形态学与cox1基因鉴定

为鉴定山羊脑多头蚴,通过对虫体进行形态学观察并采用PCR扩增虫体线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(cox1)基因,将有效序列进行NCBI-Blast在线比对,利用MEGA6.0构建遗传系统进化树。结果显示,山羊脑多头蚴cox1序列长度为446 bp,与多头带绦虫同源性达100%,系统进化分析显示分离株与多头带绦虫位于同一分支。结合形态学观察结果表明,山羊所感染的多头蚴属于多头带绦虫幼虫——脑多头蚴,cox1基因可作为鉴定多头带绦虫的有效分子标记,研究结果为山羊脑多头蚴的分子诊断提供参考依据。     

青海大通北川河源区鱼类舌状绦虫和双线绦虫的分子鉴定及系统发育关系研究

通过PCR方法扩增青海大通北川河源区国家级自然保护区河流中鱼体内寄生的舌状绦虫和双线绦虫CoxI、ItsI和NadI基因部分序列,并进行分子鉴定,分析3种基因的同源性,利用这3种基因进行分子进化和系统发育关系研究。结果显示,经过分子鉴定,寄生在鱼类肠道中的绦虫为舌状绦虫,寄生在鱼类腹腔中的绦虫为双线绦虫;舌状绦虫裂头蚴克隆的CoxI、ItsI和NadI基因序列分别与EU241312 (法国)、KC900974(伊朗)和AF524046(中国)的核苷酸序列同源性为97.8%、99.3%和84.2%,双线绦虫克隆的CoxI、ItsI和NadI基因序列分别与EU241309(法国)、KC900994(伊朗)和AF254123(中国)的核苷酸序列同源性为89.6%、98.9%和99.5%;舌状绦虫与双线绦虫3种基因序列比对发现,CoxI基因序列同源性为83.2%,ItsI基因序列同源性为91.1%,NadI同源性为71.8%。同时,利用GenBank中其他种属绦虫的CoxI、ItsI和NadI基因序列构建系统发育树,均与已鉴定的舌状绦虫和双线绦虫聚在同一支上,与其他绦虫所属分支相距较远,从构建的系统发育树可以看出舌状绦虫和双线绦虫分属两个不同种类,且与舌状绦虫中国广州分离株种属亲缘关系较近。初步阐明了鉴定的舌状绦虫和双线绦虫分离株与其他种属之间的系统发育关系。     

四川省山羊多头蚴线粒体cox2基因序列测定及种系发育分析

应用线粒体细胞色素氧化酶第Ⅱ亚基(cox2)基因作为分子标记,对四川省12个山羊源多头蚴样品的cox2基因部分序列(pcox2)进行PCR扩增,分析其种内变异并重建系统进化树。序列分析结果显示所获得的pcox2序列长度为531 bp,共检测到8个变异位点,变异率为0~1.3%。基于pcox2序列构建的系统进化树显示多头蚴四川分离株与已知多头带绦虫位于同一分支,且脑源和肌间多头蚴聚在一起,均为多头带绦虫。结果表明,多头蚴cox2基因种内存在一定的遗传差异,但种内相对保守,与带属其他绦虫种间差异较大,故可作为多头带绦虫种间遗传变异研究的分子标记。这一研究结果也为山羊多头蚴病的分子诊断奠定了基础。     

基于线粒体pcox1分析头槽绦虫种系发育关系

为阐明鱼头槽绦虫线粒体中的细胞色素c氧化酶第一亚基部分序列(pcox1)的遗传多态性,研究鱼头槽绦虫种系发育关系,以湖南省部分地区鱼头槽绦虫为研究对象,通过聚合酶链式反应(PCR)对其线粒体pcox1基因进行扩增并测序。序列分析比对后,结合Gen Bank收录的头槽绦虫以及其他科绦虫的序列,共同构建系统进化树,以此分析鱼头槽绦虫种内与种间的遗传关系。结果表明:湖南各分离株的pcox1长度为389～412 bp,各分离株间的同源性为93%～100%,与Gen Bank中收录的鱼头槽绦虫的同源性为99.2%～100%,序列均位于进化树同一分支上;本次收集的21株分离株与其他种绦虫序列的同源性为70.3%～80.0%,且进化树分支相距较远。结果说明鱼头槽绦虫的pcox1在不同地区种内均相对保守,种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的分子标记。     

猬迭宫绦虫线粒体cox3基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅲ亚基（cox3）基因部分序列（pcox3）的遗传变异情况。利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫的pcox3,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAStar 5.0中的Megalign程序进行同源性分析,再用Phylip 3.67程序MP法绘制系统发育树,并与GenBank中已知猬迭宫绦虫相应基因序列进行比对分析。结果显示,所获得的pcox3序列长度一致,均为264 bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分支,来自湖南省的猬迭宫绦虫pcox3序列有微小差异。本研究结果为猬迭宫绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础     

基于prrnS基因序列分析黑斑蛙裂头蚴种系发育关系

为研究湖南省黑斑蛙裂头蚴分离株的核糖体(rDNA)小亚基基因(rrnS)部分序列(prrnS)的遗传变异情况,并用所获得prrnS序列构建黑斑蛙裂头蚴与其他绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增湖南省黑斑蛙裂头蚴的prrnS,将PCR产物进行测序并对其序列进行分析。9株湖南省黑斑蛙裂头蚴分离株的prrnS序列长度均一致,为330 bp。经分析显示,黑斑蛙裂头蚴prrnS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为蛙裂头蚴的种间遗传变异研究的分子遗传标记。     

基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究

为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。     

鲤鱼双线绦虫裂头蚴的分子鉴定和系统发育关系分析

为了鉴定天津市某养殖场鲤鱼腹腔内寄生的“面条样”虫体，本试验通过PCR方法扩增虫体的18S rRNA、COⅠ和COB基因序列，并进行分子鉴定和基因测序，分析3种基因的同源性、分子进化和系统发育关系。结果显示，寄生于鲤鱼体内的虫体的18S rRNA、COⅠ和COB基因序列分别与双线绦虫分离株MN204040.1(中国)、MN219466.1(中国)和EU241209.1(法国)的核苷酸序列同源性较高，为99.45%、98.74%和99.26%。基于18S rRNA、COⅠ和COB基因序列构建的系统发育树显示，本试验分离的绦虫裂头蚴与GenBank数据库中已鉴定的双线绦虫聚在同一分支上，且与双线绦虫中国武汉分离株的种属亲缘关系较近。本试验初步阐明获得的天津市双线绦虫分离株与其他种属之间的系统发育关系，为双线绦虫的分子鉴定和系统发育关系分析提供了数据支持。     

猬迭宫绦虫裂头蚴线粒体nad1基因部分序列的多态性研究

从湖南省4个不同地区的黑斑蛙大腿肌肉中采集猬迭宫绦虫裂头蚴作为研究对象,用引物Nadlu及Nadld扩增猬迭宫绦虫裂头蚴的nad1基因片段,应用Clustal× 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAStar 5.0中的McGalign程序进行同源性分析.结果显示猬迭宫绦虫裂头蚴nadl序列均为570bp.研究结果为猬迭宫绦虫裂头蚴进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础.     

湖南湘西地区鸡蛔虫遗传多样性及种系发育关系研究

为研究湖南省湘西地区鸡蛔虫的遗传多样性及种系发育关系,试验以采集于湖南省湘西自治州20条鸡蛔虫为研究对象,采用PCR扩增其线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ(Cytochrome c oxidase subunit Ⅲ,cox3)和核糖体18S rRNA的部分序列。结果显示:PCR扩增获得的鸡蛔虫cox3、18S rRNA基因序列的长度分别为399 bp、637 bp,种内差异分别为0～1.5%、0～1.6%,种间差异分别为13.0%～40.1%、5.18%～61.38%;构建了基于cox3、18S rRNA基因序列的种系发育树,来自于湖南省湘西地区的鸡蛔虫均处于发育树的同一分支上。研究表明来自于湖南湘西地区的鸡蛔虫间尽管存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近。     

青海牦牛脑多头蚴的线粒体cytb和nad4基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在鉴定牦牛疑似脑多头蚴病的病原,通过PCR分子生物学方法扩增了囊泡状样品的cytb基因和nad4基因序列,并进行分子鉴定与系统发育分析。结果:经分子鉴定,病原确诊为脑多头蚴;克隆的cytb和nad4基因序列分别与GenBank上的多头带绦虫参考序列的同源性达到98.7%和99.2%以上;利用GenBank中其他带属绦虫的cytb和nad4基因序列构建系统发育树,均与已鉴定的多头带绦虫聚在同一支上,但并未形成微小分支,与其它绦虫所属分支相距较远。本研究初步分析了脑多头蚴青海分离株与其他种属之间的系统发育关系,丰富了脑多头蚴的群体遗传学研究资料,为牦牛脑多头蚴病的诊断研究等提供科学参考。     

猬迭宫绦虫裂头蚴线粒体nad1基因部分序列的多态性研

从湖南省4个不同地区的黑斑蛙大腿肌肉中采集猬迭宫绦虫裂头蚴作为研究对象,用引物Nad1u及Nad1d扩增猬迭宫绦虫裂头蚴的nad1基因片段,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAStar 5.0中的MeGalign程序进行同源性分析。结果显示猬迭宫绦虫裂头蚴nad1序列均为570 bp。研究结果为猬迭宫绦虫裂头蚴进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

湖南省野猪杜氏颚口线虫线粒体cytb基因序列种系发育分析

为阐明野猪杜氏颚口线虫分离株线粒体细胞色素b(cytb)基因的遗传变异情况,并利用该基因探究杜氏颚口线虫与其它线虫的种群遗传关系。本研究利用PCR扩增从野猪体内分离出的杜氏颚口线虫cytb基因,并对该基因序列进行分析。结果显示,8株杜氏颚口线虫分离株线粒体cytb基因序列长度均为1 067 bp,与Genbank中登录的杜氏颚口线虫分离株同源性均大于98.3%,与其它线虫的同源性均小于72.0%;通过该基因建立的系统发育树分析显示,所有的杜氏颚口线虫分离株均与已知杜氏颚口线虫属于同一大分支。表明,线粒体cytb基因序列种内相对保守,种间差异明显,可以作为分子标记应用于杜氏颚口线虫的种间遗传变异研究。本研究为杜氏颚口线虫的分子流行病学和群体遗传学奠定基础。     

蓖麻蚕线粒体cox2基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

利用兼并性引物克隆出蓖麻蚕线粒体cox2基因、tRNA Leu基因和cox1基因的部分片段。cox2基因编码框包含 6 85个核苷酸 ,编码 2 2 8个氨基酸的蛋白质 ;起始密码子为ATG ,终止密码子仅有 1个T组成 ;蓖麻蚕mtDNA的cox2基因中富含AT ,含量为 75 77% ,GC的含量为 2 4 2 3%。通过同源性比较 ,发现蓖麻蚕的cox2与柞蚕cox2同源性最高 ,核苷酸和氨基酸序列同源性分别是 89 0 %和 96 0 %。根据cox2氨基酸序列进行了 12种昆虫的分子系统学分析探讨。     

泡状带绦虫线粒体部分基因克隆及序列比对分析

采集甘肃兰州市区宠物犬体内两株泡状带绦虫,运用分子生物学方法对其线粒体部分基因进行克隆,并使用基因分析软件Larsergene V7.1进行序列分析,结果发现这两株虫体同源性达到99.6%,与国内的泡状带绦虫广东虫株和甘肃虫株同源性分别达到98.7%和98.4%,鉴定为泡状带绦虫;与其他带科绦虫同源性均高于85%,低于88%。其中,与国内牛带绦虫同源性最高,为88%;与国内巨颈带绦虫同源性最低,只有85.1%。推断不同带科绦虫的cox1基因种间差异明显,在带科绦虫的分类上意义较大。     

西藏牦牛、绵羊棘球蚴病病原的分子鉴定

本研究旨在对西藏自治区那曲地区和拉萨市牦牛、绵羊体内棘球蚴病原进行分子生物学鉴定并分析其遗传变异规律。对2016年11月底采自西藏拉萨市当雄县和那曲地区嘉黎县的5只绵羊体内的5个棘球蚴包囊、15头牦牛体内的18个棘球蚴包囊分别分离棘球蚴原头蚴或生发层组织,提取基因组DNA,应用PCR方法扩增nad1基因,通过测序获得nad1全基因序列。运用DNAStar MegAlign软件对序列进行同源性分析。以GenBank中已公布的棘球属的nad1全基因序列为比对对象,采用最大似然法(ML)构建系统发育树。结果显示,所测定的牦牛和绵羊的23个棘球蚴病原nad1基因序列与GenBank登录的细粒棘球蚴狭义种(G1基因型)nad1基因序列高度同源,同源性为99.6%～99.8%,23条nad1基因的遗传距离为0～0.0022447。同源基因的碱基变异率为0.2%～0.4%;与棘球属其他棘球绦虫同源基因的碱基变异率为14.9%～19.8%。有5个样本的nad1基因在不同位点发生碱基突变,变异位点发生序列转换。以上结果表明,本研究所采集牦牛和绵羊的棘球蚴为细粒棘球绦虫G1基因型,其nad1基因变异小,序列一致性高。     

湖南省怀化地区白纹伊蚊核糖体18S rRNA和线粒体cox1基因的序列测定及分析

为探究湖南省怀化地区白纹伊蚊的基因变异、遗传多样性及其遗传进化关系,本试验以收集于怀化地区的30只白纹伊蚊为研究对象,利用PCR技术扩增其核糖体18S rRNA及细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因序列,并对其基因变异、遗传多样性及遗传进化关系进行分析。结果显示,所获全部样品的18S rRNA和cox1基因序列长度均为489和1 004 bp;基于18S rRNA基因序列,怀化地区白纹伊蚊的种内差异为0～2.9%,种间差异为28.74%～61.46%;基于cox1基因序列,怀化地区白纹伊蚊的种内差异为0～0.2%,种间差异为6.08%～12.65%。基于18S rRNA、cox1基因序列所构建的进化树发现,来自于怀化市的白纹伊蚊全部位于同一分支上。结果表明,怀化地区白纹伊蚊之间存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近,且其18S rRNA、cox1基因序列的种内差异小、种间差异大,可作为白纹伊蚊鉴定的理想遗传标记。