基于高通量测序分析健康比格犬肠道菌群结构

为研究健康幼龄比格犬肠道菌群结构，并进一步开展犬的肠道菌群调整试验奠定基础，本试验收集15只3月龄健康比格犬粪便，通过16S rRNA基因组测序分析肠道菌群在门、纲、目、科、属水平上的相对丰度。结果显示，比格犬肠道菌群在门水平上有6个门，相对丰度为厚壁菌门50.63%、梭杆菌门21.23%、拟杆菌门19.88%、放线菌门5.38%、变形菌门2.86%和脱铁杆菌门0.01%;在纲水平上主要有9个纲，相对丰度为梭杆菌纲29.42%、梭菌纲21.23%、拟杆菌纲19.88%、丹毒菌纲16.75%、杆菌纲4.45%、棒状杆菌纲3.89%、β-变形菌纲1.83%、放线菌纲1.49%和γ-变形杆菌纲1.01%;在目水平上主要有9个目，相对丰度为梭菌目29.42%、梭杆菌目21.23%、拟杆菌目19.88%、丹毒丝菌目16.75%、乳杆菌目4.39%、红蝽杆菌目3.89%、伯克氏菌目1.83%、双歧杆菌目1.48%和肠杆菌目0.90%;在科水平上主要有19个科，其中相对丰度前10位的分别是梭杆菌科21.23%、丹毒丝菌科16.75%、瘤胃球菌科11.99%、帕拉普氏菌科8.36%、韦荣氏球菌科7.0...     

应用高通量测序技术检测无特定病原体鸭粪便的微生物多样性

高通量测序技术在动物肠道微生物研究中发挥着重要作用。从3株(9个样品)无特定病原体(SPF)鸭子中收集的粪便样品放置在培养箱中培养。利用Illumina HiSeq2500平台,通过16S rRNA测序的不同区域来分析鸭肠道细菌区系。结果表明,70周龄SPF鸭的肠道微生物丰度最高的三个门是厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门,丰度最高的三个目为梭菌目、乳杆菌目和气单胞菌目,丰度最高的三个属为拟杆菌属、丛孢菌属和肠球菌属。此外,3株鸭菌株具有不同的微生物组成,但这些差异不显著。采用高通量测序方法对鸭肠道菌群进行分析,以进一步了解SPF鸭肠道菌群的分布和生物学特性,最终有利于SPF鸭的纯化。     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。     

正常和腹泻水貂肠道微生物16S rRNA测序差异性分析

为调查正常水貂和腹泻水貂肠道菌群差异及发病原因，本试验采集了正常和腹泻水貂的粪便进行16S rRNA测序，并展开微生物物种的分布和丰度聚类差异分析。结果显示，与正常水貂相比，腹泻水貂中厚壁菌门所占比例显著增多(P<0.05),变形菌门和丙型变形菌纲所占比例显著减少(P<0.05);梭菌纲、梭菌目、巴氏杆菌目、巴氏杆菌科、链球菌科、梭菌科、巴氏杆菌属、梭菌属、链球菌属、放线杆菌属所占比例均极显著增多(P<0.01),肠杆菌目、肠杆菌科、肠球菌科、沙雷氏菌属、肠球菌属所占比例均极显著减少(P<0.01)。由此可知，水貂肠道微生物中巴氏杆菌属、梭菌属、放线菌属、链球菌属等多种致病菌群占比及相对丰度显著增加是导致水貂腹泻的原因之一。本试验通过分析得出正常和腹泻水貂肠道内菌种的差异，对疾病的诊断和治疗有一定的意义，并对微生态制剂的发展提供了数据支持。     

鸭疫里默氏菌感染对鸭肠道菌群结构的影响

试验旨在分析鸭疫里默氏菌（RA）感染不同时期鸭肠道菌群结构变化规律，探讨鸭疫里默氏菌对鸭肠道微生物的影响及引起鸭致病的可能机制。采用细菌16S V4-V5区扩增通用引物，扩增鸭疫里默氏菌未感染组（鸭疫里默氏菌感染0 d组），鸭疫里默氏菌感染后1、2、3、5、9和14 d的鸭直肠内容物样本DNA，将扩增得到的产物进行DNA建库后基于Ion S5^TMXL测序平台测序。测序得到的Raw Reads数据总量为4 710 688条序列，平均每个样本84 119条序列。共注释到数据库的操作分类单元（OTUs）数目为4 528。Alpha多样性分析结果表明，菌群多样性指数Shannon和Simpson在鸭疫里默氏菌感染组和未感染组间差异不显著（P>0.05），菌群丰富度指数Chao1、Ace、Observed-species和PD-whole-tree在鸭疫里默氏菌感染后0~5 d逐渐降低，从5~14 d又逐渐增加，尤其在鸭疫里默氏菌感染后3和5 d均显著低于未感染组（P<0.05）。Beta多样性分析表明，未感染组与6个时间点的感染组间菌群差异均显著（P<0.05），其中，未感染组与感染后3 d的物种差异最大，之后依次为感染后2、5、9、1和14 d。物种丰度聚类热图显示，在未感染组和不同时间感染组，物种丰度相对较高的微生物菌属均不同。在门水平，鸭疫里默氏菌感染组主要以厚壁菌门（Firmicutes）、unidentified-Bacteria、拟杆菌门（Bacteroidetes）、梭杆菌门（Fusobacteria）及变形菌门（Proteobacteria）为主；在属水平，Bacteroides在感染组和未感染组均为优势菌属，感染组中弯曲杆菌属（Campylobacter）和梭杆菌属（Fusobacterium）明显增加。本试验分析了鸭疫里默氏菌未感染组和感染不同时间组肠道菌群的差异，寻找到一些特征菌属，可为鸭疫里默氏菌的致病性研究提供理论依据。     

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。     

基于16S rDNA高通量测序技术分析湖北黑头羊瘤胃细菌的多样性

为了解湖北黑头羊瘤胃细菌多样性及群落结构,选择体重(35±2)kg、安装有永久性瘤胃瘘管的12月龄湖北黑头羊羯羊15只,正常饲喂20 d后采集瘤胃液样品,提取样品总DNA后对细菌16S rDNA序列的V4区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq PE300平台对扩增子进行高通量测序,并采用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:15个样本共获得高质量有效序列51 762条,基于97%相似性共归为851个操作分类单位(OTU);α-多样性指数表明Chao1、Ace指数分别为509.39,502.40,Shannon、Simpson指数分别为6.23,0.958 2;经过物种注释和统计,15个门、24个纲、24个目、34个科以及87个属被鉴定;拟杆菌门(Bacteroidetes,66.94%)、厚壁菌门(Firmicutes,23.41%)、柔膜菌门(Tenericutes,3.19%)为优势门,拟杆菌纲(Bacteroidia,66.09%)、梭菌纲(Clostridia,20.74%)为优势纲,拟杆菌目(Bacteroidales,66.09%)、梭菌目(Clostridiales,20.74%)、厌氧原体目(Anaeroplasmatales,2.75%)为优势目,普雷沃氏菌科(Prevotellaceac,43.88%)、理研菌科(Rikenellaceac,12.33%)、毛螺旋菌科(Lachonospiraceae,10.47%)为优势科,普雷沃代菌属1(Prevotella_1,35.37%)、普雷沃氏菌科未分类属(unclassified,17.73%)、理菌属_RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group,12.00%)为优势菌属。说明湖北黑头羊瘤胃细菌多样性较低,最优势菌门为拟杆菌门,厚壁菌门次之;普雷沃氏菌属1是湖北黑头羊瘤胃中最优势细菌属。     

腹泻试验兔粪便菌群变化的研究

试验旨在研究试验兔腹泻与粪便菌群之间的关系,通过16S rRNA基因测序对腹泻试验兔和健康试验兔的粪便菌群组成及丰度进行了研究。结果显示：共测得369 888条有效序列,得到1 738个OTUs,隶属于14个门、21个纲、53个目、97个科及217个属。腹泻晚期试验兔的粪便菌群α多样性指数显著降低（P<0.05）,微生物丰富度显著下降（P<0.05）。腹泻粪便中厚壁菌门（Firmicutes）、梭状芽孢杆菌纲（Clostridia）、颤螺目（Oscillospirales）、毛螺目（Lachnospirales）、毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）、瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）及瘤胃球菌属（Ruminococcus）丰度明显下降,变形菌门（Proteobacteria）、γ变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）、拟杆菌目（Bacteroidales）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）及埃希氏-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）丰度明显升高。腹泻兔和健康兔粪便中有309个OTUs存在显著差异（P<...     

运用454焦磷酸测序技术对断奶前后仔猪肠道菌群的分析

本研究旨在运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪肠道菌群的变化。随机选取胎次和出生时间相近的、体重差异不显著的健康"杜×长×大"外三元新生仔猪12头用于试验。整个试验期间由母猪按常规哺乳直到断奶(25日龄),母猪饲粮不含有抗生素,仔猪于12日龄开始饲喂教槽料。于25日龄(断奶前)和32日龄(断奶后)分别随机挑选3头仔猪进行心脏放血屠宰,无菌采集盲肠内容物,运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪盲肠内容物中菌群结构的变化。结果表明:与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪腹泻率显著增加(P<0.05);肠道中菌群多样性增加;肠道中拟杆菌门(Bacteroidetes)含量变化不显著(P>0.05),厚壁菌门(Firmicutes)含量显著增加了63.95%(P<0.05),梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)含量分别显著减少了100.00%和70.54%(P<0.05)。对厚壁菌门含量进行深入分析发现,在纲的水平,与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪肠道中梭菌纲(Clostridia)和芽孢杆菌纲(Bacilli)含量有减少的趋势(P>0.05),而Negativicutes纲、Erysipelotrichia纲和未知厚壁菌纲含量有增加的趋势(P>0.05)。从门到属的水平,断奶前后仔猪肠道菌群相对丰度不同,有些菌是断奶前仔猪肠道特有的,如嗜胆菌属(Bilophila)、具核梭杆菌属(Fusobacterium nucleatum)、黄杆菌属(Flavobacteriaceae)等,有些菌是断奶后仔猪肠道特有的,如费克蓝姆菌属(Facklamia)、八叠球菌属(Sarcina)等。由此可见,断奶后仔猪肠道菌群多样性和菌群结构发生了改变。     

鸭胚胎肠道微生物定植的初步探究

肠道菌群可维持体内平衡、调节免疫系统、促进发育,在宿主生理和免疫中发挥重要作用,其与畜禽健康和生产性能密切相关。本文以鸭为模型,通过对卵黄吸收过程中不同时期的鸭胚胎整个肠道进行16s rRNA测序,研究了卵黄吸收过程中肠道菌群的定植及其变化规律。结果表明,鸭胚肠道微生物主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门组成,其中粪杆菌、拟杆菌属、肠球菌属、乳杆菌属为核心菌属,且这些肠道微生物主要参与营养物质代谢、遗传信息处理、信号传导、膜转运。说明在鸭胚不同发育阶段,肠道微生物均有定植,并随卵黄吸收和肠道发育发生变化,可为鸭肠道微生物区系的进一步研究提供参考,并为禽类胚胎的相关研究提供依据。     

一例组合益生菌中微生物群落多样性研究

通过提取目标微生物基因组DNA,使用16S rRNA高通量测序法分析,获得一例人用益生菌16S rRNA高通量测序结果及其群落组成、Alpha多样性、Beta多样性、差异物种及其它物种间的相关性的具体信息。结果显示,此菌群主要分属于3个菌门,其中变形菌门(Proteobacteria)是主要菌群,占比84.79%,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)分别占7.8%、6.35%。这些菌群的主要功能有调节肠道功能,而且与宿主的脂肪代谢有很大关联,同时变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门等菌群可能与肠道炎症的缓解相关。     

宁都黄鸡粪便基因组DNA提取方法比较及盲肠微生物组成分析

要获得高质量的测序结果,一个重要的前提是提供高质量的DNA样品。该研究旨在比较4种样本预处理方法和目前国内通用的3种试剂盒对于盲肠内容物基因组DNA提取的质量,并通过扩增子测序结果分析宁都黄鸡盲肠菌群组成及其多样性,为进一步探索肠道微生物在宁都黄鸡生长中的作用,乃至未来禽微生态制剂的研发奠定基础。结果表明:QIAGEN、BioTeke或BIOMIGA公司试剂盒提取的基因组DNA用于扩增子测序,所得肠道微生物菌群Beta多样性分析结果无显著差异(P0.05),而Shannon指数和Simpson指数组间差异显著(P0.05),提示采用不同试剂盒可能对高通量测序分析结果产生影响。宁都黄鸡肠道微生物组成丰富,共检测到21个门、50个纲、80个目、134个科、268个属,相对丰度较高的菌群是拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度较高的前3个属分别是甲烷杆菌属(Methanobrevibacter)、理研菌科RC9肠菌群(Rikenellaceae RC9 gut group)和拟杆菌属(Bacteroides)。宁都黄鸡盲肠菌群组成特征再次证明了宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到的重要影响作用。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

柔嫩艾美尔球虫与肠炎沙门菌混合感染对雏鸡盲肠菌群的影响

为探讨柔嫩艾美尔球虫与肠炎沙门菌单独感染及混合感染对盲肠肠道菌群的影响,12日龄莱航鸡口服单独或混合感染柔嫩艾美尔球虫或肠炎沙门菌,18日龄通过16SrRNA Miseq高通量测序检测鸡盲肠菌群组成。结果表明,18日龄莱航鸡盲肠内主要菌群为厚壁菌门和拟杆菌门。与柔嫩艾美尔球虫或肠炎沙门菌单独感染相比,混合感染导致肠杆菌科明显增加,毛螺菌科明显减少;因此,柔嫩艾美尔球虫与肠炎沙门菌混合感染对盲肠肠道菌群的影响与两者单独感染明显不同。     

高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。     

仔猪肠道微生物宏基因组的研究分析

试验采用高通量测序技术分析仔猪在不同生长阶段肠道微生物菌群的动态变化。从同窝仔猪中随机选择健康仔猪3头,于出生当天(0 d)、出生后5 d、7 d、15 d、23 d(21日龄断奶,即断奶后2 d)和60 d收集仔猪粪便样品进行16SDNA V3-V4段测序,对照数据库进行聚类分析和物种分类学分析,以纲分类进行仔猪粪便微生物宏基因分析。结果表明,仔猪出生当天(0 d)的优势菌主要为γ-变形菌、杆菌、β变形菌、梭状芽胞杆菌、黄杆菌、拟杆菌;出生后5 d的优势菌主要为梭状芽胞杆菌、拟杆菌、杆菌、γ-变形菌;出生后7 d的优势菌主要为梭状芽胞杆菌、杆菌、拟杆菌、γ-变形菌、黄杆菌、β变形菌、ε变形菌;出生后15 d的优势菌主要为梭状芽胞杆菌、杆菌、γ-变形菌、拟杆菌;出生后23 d的优势菌主要为梭状芽胞杆菌、拟杆菌、革兰氏阴性厚壁菌;出生后60 d的优势菌主要为梭状芽胞杆菌、拟杆菌、杆菌、革兰氏阴性厚壁菌。研究表明,仔猪在刚出生阶段肠道微生物菌群与其他阶段显著不同,且21日龄断奶对菌群分布影响较大。     

木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响

枇杷根际土壤用木霉P3.9菌株孢子悬浮液灌根,Illumina平台高通量测序,分析引入木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响。结果表明枇杷根际土壤细菌优势菌群为Proteobacteria变形杆菌门、Actinobacteria放线菌纲、Propionibacteriales丙酸杆菌目、Nocardioidaceae类诺卡氏菌科、Aeromicrobium气微菌属。引入木霉P3.9菌株虽然导致枇杷根际细菌多样性略有下降,但是优势菌群种类及数量未发生变化。Nitrospirae硝化螺旋菌门1门;Nitrospira硝化螺菌纲、Phycisphaerae纲2纲;Desulfurellales硫还原菌目、Nitrospirales硝化螺旋菌目、Tepidisphaerales目3目;Desulfurellaceae硫还原菌科、Tepidisphaeraceae科、Rhodothermaceae科3科;Nitrospira硝化螺旋菌属、Nitrosospira亚硝化螺菌属、Nitrosomonas亚硝化单胞菌属、Chryseobacterium金黄杆菌属4属;Micromonospora auratinigra、Pseudonocardia khuvsgulenisi、Bacteroides vulgatus、Arabidopsis thaliana 4种急剧增加。Thermoleophilia油菌纲1纲;Corynebacteriales目、Frankiales目、Solirubrobacterales土壤红球菌目、Kineosporiales目、Ktedonobacterales目5目;Nocardiaceae诺卡氏菌科、Geodermatophilaceae科、Mycobacteriaceae分枝杆菌科、Hyphomicrobiaceae生丝微菌科、Solirubrobacteraceae土壤红色杆菌科、Cryptosporangiaceae 科6科;Amycolatopsis拟无枝酸菌属、Smaragdicoccus属、Solirubrobacter土壤红杆菌属、Blastococcus芽球菌属、Azohydromonas嗜血杆菌属、Rhodococcus红球菌属、Bauldia属、Nocardia诺卡氏菌属、Micromonospora小单孢菌属、Parviterribacter帕维特杆菌属、Fodinicola?矿生菌属11属;Rhodococcus wratislaviensis、Nocardia neocaledoniensis、Fordinicola feengrottensis 3种急剧下降。说明木霉P3.9菌株促使枇杷根际有益细菌增加,致病细菌减少,对连作枇杷根际土壤有修复作用。     

处理猪场污水的新型发酵床微生物多样性研究

旨在采用高通量测序技术研究一种用于猪场污水处理的新型发酵床系统的微生物多样性。分别对发酵床表层、中层、深层细菌的16SrDNA和真菌的ITS进行序列测定,分析各层次发酵床中的微生物群落结构特征。结果表明,细菌平均每层获得OTUs36899.33个,真菌平均每层获得OTUs37129.33个。物种分类的结果显示,细菌隶属于24门43纲95目197科390属529种,其中的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacte-roidetes),它们的相对丰度分别为45.96%和28.79%。真菌隶属于4门6纲11目15科18属,优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)和柄孢壳属(Zopfiella),其相对丰度分别为59.18%和62.34%。发酵床中层的微生物多样性远高于表层和深层,细菌的多样性和丰富度远高于真菌。研究表明在不同深度的发酵床垫料中微生物的丰富度、多样性、相似性、优势菌群均有不同。     

丁酸梭菌、枯草芽孢杆菌对高邮鸭盲肠菌群结构的影响研究

试验旨在研究饲粮中添加丁酸梭菌或枯草芽孢杆菌对高邮鸭盲肠菌群结构的影响。选择1日龄健康、体重相近的高邮鸭90只,随机分成3组,每组3个重复,每个重复10只,试验期60 d。对照组饲喂基础日粮,丁酸梭菌组、枯草芽孢杆菌组分别在基础日粮中添加0.03%丁酸梭菌、0.05%枯草芽孢杆菌。结果显示,饲粮添加0.03%丁酸梭菌或0.05%枯草芽孢杆菌显著增加60日龄高邮鸭体重（P<0.05）,提高饲料转化率;与对照组相比,饲粮添加0.03%丁酸梭菌或0.05%枯草芽孢杆菌可显著降低PD whole tree指数（P<0.05）,显著降低梭杆菌门、密螺旋体属和梭杆菌属相对丰度（P<0.05）;与对照组相比,饲粮添加0.03%丁酸梭菌显著增加巨单胞菌属和卡拉杆菌属相对丰度（P<0.05）,饲粮添加0.05%枯草芽孢杆菌可显著降低厌氧螺菌属相对丰度（P<0.05）;对照组、丁酸梭菌组和枯草芽孢杆菌组的差异菌属分别为梭杆菌属、巨单胞菌属和密螺旋体属。综上所述,饲粮添加0.03%丁酸梭菌或0.05%枯草芽孢杆菌后,高邮鸭盲肠微生物梭杆菌等有害菌相对丰度减少,调节肠道菌群平衡,...     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。