大白猪繁殖性状全基因组关联分析

本研究利用全基因组关联分析（GWAS）挖掘与大白猪总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和健仔数（NHP）相关的候选基因。选择1 100头大白猪为实验材料，通过提取耳尾组织样DNA并利用“中芯一号”芯片进行基因型分型，采用PLINK v1.9对获得的基因型数据进行质控后用于GWAS研究。rMVP软件对每个SNP与性状做关联分析，确定出显著位点。结果表明：对于TNB性状共有3个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NBA性状共有4个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著；NHP分析得到18个SNPs呈基因组水平或染色体水平显著。在上述显著SNPs附近共有23个候选基因，根据基因功能注释推测ESR1、ZP3、YWHAG、HSPB1、MDH2、PCCB是能够影响繁殖性状的重要候选基因。     

巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析

为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析（GWAS）定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1~9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32 816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因（CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7）作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。     

浙江省3个地方猪种繁殖性状的全基因组关联分析

本研究使用全基因组关联分析(GWAS)技术对嵊县花猪(SXHZ)、金华猪(JHZ)和淳安花猪(CAHZ)繁殖性状关联性强的SNP位点进行定位,寻找可能影响这些性状的基因。采集SXHZ 114头、JHZ 185头和CAHZ 31头血样制成干血斑样本,提取DNA将质检合格的样品用Illumina平台的GGP Porcine50K SNP芯片作基因型判定。繁殖性状数据来自各取样猪场。对SNP标记和样本进行质控,筛选合适数据作GWAS分析,定位出显著位点,在Ensembl和NCBI上寻找候选基因。结果表明:SXHZ独立GWAS有160个SNPs呈FDR校正水平显著;JHZ独立GWAS有124个SNPs呈FDR校正水平显著;经过META分析得到337个SNPs呈FDR校正水平显著,16个SNPs呈Bonferroni校正染色体水平显著;CAHZ的独立GWAS由于样本量小,初步分析的结果可靠性不高。初步筛选出SXHZ的候选基因为SEMA4D、EYA4、ZC3H12D、BANP、DIP2B和TUSC3;JHZ的候选基因为SPINK14、GRIP1和PPP3CA;META分析得出候选基因PACSIN2、ATP8A2、ZNF32、CTNNA2和FAT1,为进一步筛选繁殖性状的主效基因提供基础和参考。     

荣昌猪初产繁殖性状的全基因组关联研究

旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数...     

猪ZP4基因的SNP鉴定、选择压及其与产仔数的关联分析

本试验旨在研究猪ZP4基因的SNP在群体中的选择压及其与产仔数的关联性。收集大白猪、长白猪、长大二元猪3个群体共计328头母猪的产仔数记录,利用直接测序法克隆ZP4基因中的SNP位点,采用广义显性模型分析ZP4基因SNP与产仔数的关联性。采用lositan软件,Tajima′s D检验和Fu and Li′s D检验来检测ZP4的选择压。结果发现,ZP4中共检测到27个SNPs,关联分析表明A268T在3个猪群体中均与总产仔数显著关联(P0.05),A268T在长白猪和大白猪群体中与产活仔数显著关联(P0.05),群体遗传学分析表明,T2950C位点受到了正选择作用,虽然该位点突变与产仔数关联不显著,但是T2950C与A268T存在紧密连锁。关联分析和选择压力分析说明ZP4基因可以作为猪产仔数的候选标记。     

猪SRRM3基因多态性与母猪产仔数性状的关联分析

本实验旨在探究猪SRRM3基因单核苷酸多态性（SNP）位点rs326267396与母猪产仔数性状的关系。基于前期GWAS数据筛选出与母猪产仔数性状相关的候选基因SRRM3,本研究选取465头大白猪作为实验对象,通过Sanger测序检测SRRM3基因内SNP位点,并与母猪产仔数性状进行关联分析。SRRM3基因rs326267396位点存在G>T突变,且检测出GG、GT、TT 3种基因型。结果显示GT基因型个体较多,GG基因型和GT基因型个体的总产仔数、产活仔数和健仔数都显著高于TT基因型个体,且总产仔数和产活仔数的加性效应达到显著水平,而健仔数的加性效应与母猪产仔数的显性效应均未达到显著水平。此外,定量结果显示猪SRRM3基因在卵巢、子宫和心脏组织中高表达,其中在子宫组织中表达量最高;采用生物信息学方法预测出与SRRM3基因rs326267396位点不同亚型结合的转录因子发生变化;以及SRRM3基因可能通过与CDC5L蛋白（调节卵母细胞的减数分裂和成熟）结合参与调控母猪的繁殖性能。综上,SRRM3基因rs326267396位点与产仔数性状显著相关,推测SRRM3基因可作为大白猪繁殖...     

猪3号染色体上与产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的标记鉴定

试验旨在寻找与猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度显著关联的分子标记,为猪繁殖性状的遗传改良提供依据。在课题组前期进行的猪全基因组清扫分析的基础上,选定猪3号染色体上的2个SNPs位点（rs338309012和rs335824784）,利用目标序列捕获测序分型技术,在丹系大白猪和美系大白猪群中对这2个SNPs位点与猪产仔性状（包括总产仔数、产活仔数、死胎及木乃伊胎数等）及窝内仔猪初生重整齐度进行关联分析。结果显示,rs338309012位点与总产仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,AC基因型母猪的总产仔数、木乃伊胎数均显著高于CC基因型（P<0.05）;rs335824784位点与有效活仔数、木乃伊胎数显著关联（P<0.05）,与产活仔数和死胎数极显著关联（P<0.01）,不同基因型对产活仔数和有效活仔数的影响为GG > CG > CC,与之相反,对窝内仔猪初生重的变异系数、死胎及木乃伊胎数的影响为GG < CG < CC。因此,rs335824784位点GG基因型猪不仅产活仔数多,而且窝内仔猪初生重整齐,死胎和木乃伊胎数低,可以作为提高猪产仔性状和窝内仔猪初生重整齐度的分子标记。     

金华猪雌激素受体基因的分布及其对头胎产仔数的影响

应用PCR RFLP方法测定了 14 2头金华猪的ESR基因型 ,分析了其中 5 5头金华猪的ESR基因型对头胎产仔数的影响。结果表明 ,在金华猪上有利基因B的基因频率为 0 .7793,BB基因型的频率为 0 .5 86 2 ;BB基因型比AA基因型母猪每胎的总产仔数和产活仔数性状分别高出 1.2 5和 0 .93头 ,但是两者间均未达到显著水平。     

猪NCK1基因多态性影响母猪产仔数性状研究

本研究旨在探究猪NCK1基因单核苷酸多态性（SNP）位点g.77886190 A>G对母猪繁殖性状的影响。基于前期GWAS数据筛选出与母猪产仔数性状相关的候选基因NCK1。选取468头大白猪作为研究对象，利用Sanger测序进行基因分型，并与母猪繁殖性状进行关联分析。结果表明：在研究群体中，NCK1基因g.77886190A>G位点，AA基因型为优势基因型，且AA基因型个体的总产仔数、产活仔数和健仔数都显著高于AG和GG基因型个体（P<0.05），且总产仔数、产活仔数和健仔数的加性效应达到显著水平（P<0.05）。此外，分别收集AA型、AG型和GG型个体的子宫内膜组织进行NCK1基因表达量检测，结果表明AA型个体NCK1基因表达量显著高于GG型。利用Ensembl数据库中NCK1基因的序列构建pcDNA3.1-NCK1超表达载体，转染PK细胞检测NCK1下游微血管形成标记基因MMP2的表达，结果发现MMP2表达水平上调。因此可以推测NCK1基因通过上调MMP2促进微血管形成，进而影响母猪繁殖性能，该基因可作为母猪繁殖性状的关键候选基因和分子标记。     

鸡体质量性状基因的全基因组关联研究

旨在利用全基因组关联分析(GWAS)方法挖掘畜禽各种经济性状相关候选基因及分子标记.本试验利用鸡的60 K SNP芯片,对北京油鸡初生、28、56、80和100日龄体质量进行GWAS研究.结果表明,共有9个SNPs位点达5％全基因组显著水平,与28或100日龄体质量显著相关,在这些显著位点附近包括LYRM1、LDB2等基因;还有96个SNPs位点达全基因组潜在显著水平,与检测的各个日龄体质量有潜在相关性.这些候选基因和分子标记的揭示为分子标记辅助选择技术的发展积累了素材.     

大白猪产仔数性状全基因组关联分析

在猪业生产中,产仔数高低是评价母猪繁殖性能的重要指标。本研究以738头大白猪群体为研究对象,收集繁殖记录,并计算1～4胎次总的产仔数（Total Number Born,TNB）、总的产活仔数（Number Born Alive,NBA）性状。利用猪80K芯片对个体进行基因分型,采用GCTA软件对TNB、NBA性状进行全基因组关联分析。结果显示,在15号染色体上,共鉴定到7个与NBA性状显著关联的SNP位点,构成1个327kb的单倍型块。与猪QTL数据库比对,这些显著关联的SNP位于3个与繁殖性状相关的QTL区域内,与黄体数、乳头数等性状相关。在显著SNP位点上、下游500 kb区域内共包含7个基因,其中,IRS1、RHBDD1为产仔数性状相关基因。本研究为进一步鉴定猪繁殖性状关键基因提供理论依据。     

陆川猪和大白猪LEPR基因对产仔数的效应分析

为了比较LEPR基因对猪产仔数效应大小,采用PCR-SSCP技术在陆川猪和大白猪群中进行了LEPR基因的基因型频率检测及不同基因型的总产仔数和产活仔数效应分析。结果表明,LEPR基因对陆川猪头胎和头4胎平均总产仔数（TNB）及产活仔数（NBA）影响差异显著(P<0.05),对大白猪头胎的总产仔数及产活仔数影响差异显著(P<0.05),而对大白猪头4胎平均总产仔数及产活仔数影响差异不显著(P>0.05)。     

骨形成蛋白15基因Bcu I多态性对猪产仔性能的影响

采用PCR—RFLP方法,检测了小梅山猪和大白猪骨形成蛋白15（BMP15）基因exon2的多态性,结果显示,在这2个品种中均有A和B两个等位基因存在。利用最小二乘分析研究了该多态位点对猪头胎、二胎和经产的总产仔数和产活仔数的影响。结果表明,在小梅山猪中,不同基因型经产母猪的总产仔数和产活仔数间差异显著,AA产活仔数最高,为14．28头,BB总产仔数和产活仔数最低,分别为12．67头和12．33头;大白猪中,不同基因型母猪在头胎总产仔数和经产总产仔数方面差异显著,其他方面差异均不显著,但都呈现出AA〉AB〉BB的趋势。     

猪PRLR和FSHβ基因多态性检测及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)和卵泡刺激素β(follicle-stimulating hormoneβ,FSHβ)基因的多态性及其与母猪繁殖性状的关联分析。采用PCR-RFLP方法对大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种共487头母猪进行了PRLR和FSHβ基因多态性检验,并采用单因子方差分析、LSD法分析不同基因型与母猪总产仔数、产活仔数、断奶窝重和断奶窝仔数等繁殖性状的相关性。结果表明,PRLR基因在大白猪和长白猪中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.717和0.548,大白猪BB基因型总产仔数显著高于AA基因型(P<0.05),长白猪BB基因型断奶窝重显著高于AB基因型(P<0.05);FSHβ基因在大白猪、杜洛克猪和长白猪3个猪种中B等位基因均为优势基因,基因频率分别为0.804、0.760和0.789,长白猪BB基因型总产仔数和产活仔数均显著高于AB基因型(P<0.05),呈现BB>AA>AB趋势。因此,PRLR和FSHβ基因对荣昌猪场母猪繁殖性能有一定影响,可作为母猪繁殖性能分子选育的候选参考基因。     

Leptin基因第3469位点基因型对合作猪繁殖性能和体尺的影响

以Leptin基因作为控制猪产仔性状和生长性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术在合作猪群体中进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,分析Leptin基因的遗传多样性及突变位点基因型频率与基因频率。同时,结合生长性状和母猪产仔性状记录,研究了不同基因型对产仔性状、生长性状的遗传效应。结果:通过对合作猪Leptin基因SNPs分析,检测到了2个等位基因,3种基因型。Leptin基因第3469位点的基因型效应对合作猪体重、体高、胸围、头长、头胎总产仔数、2胎总产仔数、2胎活产仔数、3胎总产仔数、3胎活产仔数和4胎活产仔数影响均显著(P0.05),而对体长、头胎活产仔数和4胎总产仔数影响不显著(P0.05)。这表明Leptin基因第3469位点的突变与合作猪的产仔数和生长性状有密切关系,Leptin基因可作为控制合作猪产仔性状和生长性状的候选基因。     

利用GWAS对深县猪6月龄体重的研究

为了揭示影响深县猪6月龄体重的遗传基础和分子机制,试验以68头深县猪为研究对象,测定其6月龄[(180±7) d]的体重,基于猪Illumina Porcine 80K SNP芯片进行全基因组关联分析(GWAS),筛选出与6月龄体重存在显著关联的SNP位点并利用显著位点的排名、基因注释缩小SNP范围,进一步寻找与深县猪6月龄体重相关的候选基因。结果表明:对深县猪6月龄体重进行全基因组关联分析后共发现了37个显著位点;利用显著位点的排名、基因注释将MTMR12、PDZD2、NPR3和TARS 4个基因筛选为与6月龄体重相关的候选基因,为深县猪新品系选育提供了分子理论基础。     

可乐猪乳头数性状全基因组关联分析

乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个（P<2.06E-5）;染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。     

RBP4基因型与母猪繁殖性状的关联分析

试验旨在研究视黄醇结合蛋白4(RBP4)基因多态性(SNP)及其与母猪繁殖性状间的相关性。选取400头母猪(大白猪×长白猪)为研究对象,利用PCR-PFLP技术检测RBP4基因多态性,计算基因型频率,以及RBP4基因与母猪主要繁殖性状间的关联性。结果表明,AB基因型为优势基因型,该群体未达到Hardy-Weinberg平衡;AA基因型产仔数、产活仔数和断奶仔猪数显著或极显著高于AB、BB基因型(P0.05;P0.01),各基因型间木乃伊胎数、流产数均无显著差异(P0.05),但AA基因型与产死胎数呈显著负效应(P0.05),从而间接增加了窝产仔数。综合结果分析,RBP4基因AA基因型有利于增加母猪窝产仔数,对猪的繁殖性能存在影响,可作为潜在的分子标记辅助选择,为猪的分子育种提供参考。     

苏淮猪群体ESR1和FSHβ基因的多态性及其与繁殖性状的关联性研究

为了给提高苏淮猪繁殖性能的选育工作提供技术支持,选取经产母猪344头,检测了苏淮猪群体内雌激素受体1(ESR1)、卵泡刺激素β(FSHβ)基因的多态性,分析单个基因型及合并基因型与总产仔数、产活仔数和初生重的关联性。结果显示:在ESR1基因中,A等位基因与B等位基因的基因频率相近,分别为0.541和0.459;AA型基因型频率为0.308,AB型为0.465,BB型为0.227;不同基因型苏淮母猪的总产仔数、产活仔数和初生重无显著差异(P0.05)。在FSHβ基因中,A等位基因与B等位基因的基因频率分别为0.148和0.852;AA型基因型频率为0.027,AB型为0.241,BB型为0.732,不同基因型苏淮母猪的总产仔数、产活仔数和初生重无显著差异(P0.05);ESR1和FSHβ基因合并基因型与总产仔数、产活仔数以及初生重无关联(P0.05)。ESR1和FSHβ基因与苏淮猪母猪的总产仔数、产活仔数以及初生重性状不相关。     

猪WNT4基因多态性及其与产仔数的关联性分析

本实验旨在研究猪WNT4基因的多态性对猪产仔数的影响,以期寻找到与猪产仔数相关的分子遗传标记,为猪的早期选择提供依据。本实验利用PCR-PFLP技术分析WNT4基因外显子多态性,并与产仔数进行关联分析。结果表明:在第1外显子73 bp处发现1个突变,有3种基因型。对于第1胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出2.28头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.89头(P<0.01);对于第2胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出3.31头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出3.53头(P<0.01);对于所有胎次,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出1.94头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.78头(P<0.01);对于第3~6胎,3种基因型个体的TNB及NBA之间差异不显著(P>0.05)。综上,该多态位点CC基因型相对于AA型是优势基因型。