转录组揭示马卵母细胞体外成熟的重要候选基因

本研究以马GV和体外成熟的MII期卵母细胞为研究样本,进行转录组测序,旨在筛选影响马卵母细胞成熟的关键候选基因。结果表明,马卵母细胞体外成熟率为37.18%;马GV和体外成熟的MII卵母细胞具有不同的mRNA谱,其中9969个mRNA差异显著,进一步的GO和KEGG分析发现,差异表达基因（DEGs）参与了多种可能与卵母细胞减数分裂相关的生物学和信号通路。本研究提供了马卵母细胞体外成熟前后转录组的详细信息,为后续探究关键差异基因对卵母细胞成熟的影响及提高卵母细胞成熟的可行性提供理论依据。     

猪GV/MⅡ期卵母细胞miRNAs表达谱及Npm2基因相关miRNAs筛选

旨在探索体外成熟前后猪卵母细胞miRNAs表达谱，并筛选参与调控Npm2基因表达的miRNAs。本试验回收屠宰场猪卵巢，收集GV期卵母细胞，经体外成熟培养后获得MⅡ期卵母细胞，分别提取约130个GV期和MⅡ期卵母细胞总RNA进行Illumina HiSeqTM 2500测序，获取miRNA测序数据，每个处理重复3次，筛选差异表达microRNAs并进行靶基因GO和KEGG聚类分析。结果表明，本研究成功构建了GV期和MⅡ期猪卵母细胞miRNAs表达谱，GV期和MⅡ期卵母细胞差异表达miRNAs有95个，具有相似表达模式的miRNA聚为一类，对95个差异表达miRNAs进行靶基因预测，共得到3 967个靶基因，经GO和KEGG富集分析表明，这些靶基因被富集于5 194个GO条目和212个信号通路，其中参与卵母细胞减数分裂成熟的信号通路有2个。在差异表达miRNAs中筛选到5个与Npm2基因相关的miRNAs。采用qRT-PCR对其中2个miRNAs进行验证，证实其表达趋势与测序结果一致。本研究筛选了GV期和MⅡ期卵母细胞差异表达miRNAs，推测差异表达的miRNAs可能通过代谢、卵母细胞减数分裂相关通路、孕激素介导的卵母细胞成熟通路等途径在卵母细胞体外成熟过程中发挥作用，并筛选出调控Npm2基因表达的miRNAs，研究结果可为进一步阐明miRNA对Npm2基因的调控及其在卵母细胞成熟过程中的作用提供依据。     

BHV-1感染MDBK细胞lncRNA表达谱系及lncRNA与mRNA的关联性分析

为探究牛疱疹病毒1型(BHV-1)感染MDBK细胞的长链非编码RNA(lncRNA)表达谱系变化及lncRNA与m RNA的关联性,本研究将BHV-1感染MDBK细胞,以未感染BHV-1的MDBK细胞作为对照,于感染后采用Illumina HiSeqTM4000测序,测序数据基于stringtie进行转录本重构,得到7 935个lncRNA转录本,再用CPC和CNCI两个软件进行新转录本编码能力的预测,获得681个新产生的lncRNA转录本。利用DESeq2软件对差异表达的lncRNA进行分析,结果显示,实验组共获得839个差异表达的lncRNA转录本,其中表达上调转录本508个,表达下调转录本331个。利用RNA plex软件对反义lncRNA与mRNA进行关联性分析,得到lncRNAmRNA相互作用的靶基因对1 227个,其中差异表达的lncRNA-mRNA相互作用靶基因对42个;顺式作用lncRNA与m RNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对3 793个,差异表达的lncRNA-mRNA靶基因对149个;反式作用lncRNA与mRNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对268 409个。通过基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析进一步对与lncRNA关联mRNA的功能和途径进行分析,结果显示,关联的mRNA在细胞进程、单组织代谢过程、代谢过程及生物学调节等过程显著富集。随机选取10个差异表达的lncRNA,利用qRT-PCR方法进行验证,结果显示,其表达变化趋势与高通量测序数据趋势一致。本研究为进一步研究lncRNA在病毒感染中的作用奠定了基础,同时为进一步阐述BHV-1的发病机制、致病机理提供参考。     

小檗碱对猪卵母细胞体外成熟过程miRNA及脂质代谢相关基因的影响

本试验旨在探明小檗碱(Berberine,Ber)对猪卵母细胞体外成熟的作用及其对miRNA表达差异和脂滴代谢相关基因的影响。吸取法获取卵丘-卵母细胞复合体,0.1%透明质酸酶脱除颗粒细胞的未成熟卵母细胞为GV组,以TCM-199培养液为体外成熟液作为对照组,添加中药单体成分Ber为Ber组,观察卵母细胞成熟效果,基因芯片技术分析Ber对猪卵母细胞体外成熟过程中miRNA的差异变化,尼罗红染色测定脂滴含量变化,RT-PCR检测候选基因及脂质代谢相关基因表达含量。结果表明:Ber组卵母细胞颗粒细胞扩散率(P0.05)和第一极体排出率较对照组均差异显著(P0.01);相比于对照组和GV组间的差异miRNA,Ber组上调4个在卵母细胞成熟中差异表达的miRNA,下调1个miRNA;Ber组卵母细胞脂滴含量明显少于对照组;Ber组卵母细胞中与脂质代谢相关的基因的表达均极显著低于对照组(P0.01),且对照组卵母细胞极显著低于GV组(P0.01)。Ber可能通过影响miRNA及脂质代谢相关的基因,降低猪卵母细胞中脂滴的含量,进而促进猪卵母细胞体外成熟。     

饲喂青贮黄梁木代替青贮玉米川中黑山羊肝转录组的表达分析

旨在分析饲喂青贮黄梁木替代50%青贮玉米的川中黑山羊肝转录组测序中差异表达的mRNA、lncRNA及其靶基因,挖掘饲喂青贮黄梁木影响川中黑山羊肝代谢的关键基因,从而探究青贮黄粱木的饲喂效果。试验共选取6只雄性健康川中黑山羊[5月龄,平均体重(21.07±4.05) kg]并随机分为两组,试验组为青贮黄梁木替代50%青贮玉米组,对照组为青贮玉米组。试验期间采用全混合日粮(TMR)进行饲喂。于试验期的最后1 d对山羊进行屠宰并取其肝,提取肝组织的RNA,构建文库后使用高通量测序技术进行转录组测序,以P<0.05为阈值筛选出差异mRNA和lncRNA,进行生物学功能富集分析并构建靶向关系网络。再从差异表达lncRNA和mRNA中各随机选择3个基因,采用RT-qPCR进行验证分析。结果表明,共发现差异表达的mRNA有1 696个,其中943个上调,753个下调;差异表达lncRNA共有33个,其中22个上调,11个下调。结合差异表达lncRNA的靶基因与差异表达mRNA的交集基因的富集分析发现,NDUFA10、NDUFB11、NDUFS5参与肝功能相关的信号通路,如多糖代谢过程、葡聚糖分...     

甘氨酸对猪卵母细胞体外成熟质量及卵丘细胞的影响

本实验旨在研究甘氨酸对卵丘细胞及卵母细胞体外成熟质量的影响,优化猪卵母细胞体外成熟(IVM)培养体系。在猪卵母细胞体外成熟培养液中添加6 mmol/L甘氨酸,体外培养至44 h后,通过倒置显微镜测量卵丘细胞扩散直径,结合流式细胞术与qPCR检测卵丘细胞凋亡情况;进一步检测成熟卵母细胞中谷胱甘肽(GSH)、细胞成熟促进因子(MPF)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)水平及细胞成熟相关基因表达。结果表明:甘氨酸能显著提高卵丘细胞扩散直径,减少卵丘细胞的总凋亡率,并能显著提高卵丘细胞中Bcl-2的mRNA表达;甘氨酸能显著增加成熟卵母细胞中的GSH、MPF和MAPK水平以及成熟相关基因BMP15、GDF9、CyclinB1、CDK1、C-MOS的mRNA表达。综上可知,甘氨酸可提高猪卵母细胞体外成熟质量,降低卵丘细胞凋亡率。     

卵泡FSH受体mRNA的表达及其对卵母细胞体外培养成熟率的影响

本研究采用RT-PCR技术检测了猪大、中、小卵泡颗粒细胞中FSH受体(FSHR)mRNA的表达差异,比较和分析了受体表达差异及其对卵母细胞体外成熟培养的影响。结果表明大、中、小卵泡中颗粒细胞都有FSHR mRNA表达,大卵泡的颗粒细胞与小、中卵泡的颗粒细胞FSHR mRNA相对表达量有显著差异(P<0.05),中、小卵泡的颗粒细胞FSHR mRNA相对表达量之间无显著差异(P>0.05)。不同大小卵泡卵母细胞体外成熟培养结果表明,小卵泡与大、中卵泡比较,卵丘细胞扩展率和第一极体排出率差异显著(P<0.05)。这表明猪不同大小卵泡颗粒细胞FSHR mRNA的表达量与其卵母细胞体外培养成熟率呈相关性,进一步证实FSHR在猪卵泡及卵母细胞发育中起着重要作用。     

猪体细胞克隆胚胎体外发育过程中的凋亡规律

本试验旨在研究比较猪体细胞克隆胚胎体外发育与凋亡变化规律,探讨其体外发育潜能与细胞凋亡间的关系。将体外成熟培养获得的猪MⅡ期卵母细胞随机分为2组,分别进行体细胞核移植(SNCT)与体外受精(IVF)处理,采用彗星试验(Comet assay)和Real-time RT-PCR技术对体外发育过程中各时期胚胎的细胞凋亡事件及抗凋亡基因Bcl-2 mRNA的表达水平进行研究。结果表明,两组在卵裂率上无显著差异(77.6%vs 80.3%,P0.05),在囊胚发育率上,SCNT组胚胎明显低于IVF组,但无统计学差异(18.9%vs 24.5%,P0.05);随着胚胎发育,SCNT与IVF组胚胎的凋亡率均呈现不断增加的趋势,Bcl-2 mRNA表达量则逐渐下降;到16-细胞以后,SCNT组胚胎的凋亡率均显著高于IVF组,同时Bcl-2 mRNA表达量均显著低于IVF组(P0.05)。本试验结果表明,猪克隆胚胎生产效率低下可能与胚胎发育过程中的细胞凋亡有关。     

α-硫辛酸对猪卵母细胞体外成熟及孤雌胚胎发育的影响

为探究α-硫辛酸（ALA）对猪卵母细胞体外成熟及孤雌胚胎发育的影响，本实验将不同浓度的ALA(0、10、25、50μmol/L)添加至体外成熟培养液（IVM）和胚胎发育培养基（PZM-3）中培养，体外成熟培养42 h后检测卵母细胞第一极体排出率，统计卵母细胞孤雌激活胚胎48 h和168 h卵裂率和囊胚率，筛选出ALA最佳添加浓度，并通过检测成熟卵母细胞内活性氧（ROS）水平、谷胱甘肽（GSH）含量、体外成熟卵母细胞内的促凋亡基因Bax的mRNA以及抗氧化基因SOD1、CAT的mRNA表达量，分析ALA在卵母细胞成熟中的作用。结果表明：与对照组相比，25μmol/L ALA组提高了猪卵母细胞第一极体排出率（P<0.05），随着ALA浓度增加，卵母细胞的第一极体排出率呈下降趋势，50μmol/L ALA组降低了卵母细胞第一极体排出率（P<0.05）；孤雌胚胎发育能力检测显示，25μmol/L ALA组卵母细胞的卵裂率和囊胚率高于对照组（P<0.05）；与对照组相比，25μmol/L ALA孵育组卵母细胞内ROS水平降低（P<0.05），细胞内GSH含量提高（P<...     

仔猪生长发育关键基因筛选和功能分析

为揭示对仔猪背最长肌和皮下脂肪组织生长发育过程起关键作用的基因,从GEO数据库下载背最长肌和皮下脂肪组织各18个转录组测序数据,采用Ensembl release 104版本的猪基因组和注释文件,进行生物信息学分析。结果显示,在所有样本中共获得79 800个转录本,其中包括29 118个mRNA、2 105个已知长链非编码RNA (lncRNA)和47 142个新的转录本。两种组织中共获得34 873个差异表达的转录本,包括12 536个差异表达的mRNA。对差异表达的mRNA进行KEGG和GO功能富集分析显示,肌节组织(sarcomere organization)、肌动蛋白细胞骨架组织(actin cytoskeleton organization)等通路与背最长肌发育性能相关,关键基因包括MYPN、TNNT1和PDLIM3等;脂肪细胞因子信号通路(Adipocytokine signaling pathway)、鞘脂信号通路(Sphingolipid signaling pathway)、脂肪酸代谢(Fatty acid metabolism)等通路与脂肪组织发育相关,关键基因包...     

五指山猪皮下脂肪组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析

为了鉴定和分析五指山猪背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)和信使RNA(messenger RNA, mRNA),采用RNA-Seq和生物信息学方法对五指山猪皮下脂肪组织中的lncRNA和mRNA进行分析筛选,运用DESeq鉴定背部和腹部皮下脂肪组织中差异表达的lncRNA和mRNA,并对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果显示:在五指山猪皮下脂肪组织中共鉴定出12 875个lncRNA,其中正义型10 155个、反义型278个、内含子型246个、基因间型2 196个;在背部与腹部皮下脂肪间,存在184个差异表达的mRNA,其中前十位分别是ZIC1、ZIC4、HAND2、CCBE1、RPH3A、ISM1、ANXA8、SLITRK4、DSG2、EVPL,存在45个差异表达的lncRNA,其中6个只在背部皮下脂肪中表达、18个只在腹部皮下脂肪中表达;获得差异表达lncRNA的靶基因共109个,包括顺式作用的靶基因和反式作用的靶基因。本试验为进一步研究lncRNA和mRNA调控猪皮下脂肪发育的分子机制提供科学依据。     

猪A型塞内卡病毒感染诱导猪肾细胞(PK-15)长链非编码RNA差异表达谱的分析

为研究猪A型塞内卡病毒(SVA)感染猪肾细胞(PK-15)后对于PK-15 lncRNA表达谱的影响,本研究进行了高通量测序以检测SVA感染诱导PK-15产生的差异表达lncRNA。结果显示,在SVA感染后24 h,共诱导1043个lncRNA差异表达,其中已知的lncRNA 420个,未知的lncRNA 623个。GO富集和KEGG通路分析显示,lncRNA靶基因富集于p53信号通路、RIG-I样受体信号通路、MAPK信号通路、IgA生成的肠道免疫网络通路等。根据高通量测序结果选择了8个差异表达的lncRNA采用荧光定量PCR验证,验证结果与高通量测序结果一致。本研究初步表明lncRNA参与了SVA对PK-15细胞的感染过程,为SVA的分子机制研究提供了新的方向。     

罗格列酮对小鼠卵母细胞体外成熟的影响

旨在研究体外培养中添加罗格列酮(Rosiglitazone, RSG)对小鼠卵母细胞体外成熟(IVM)的影响。收集4～6周龄雌性小鼠卵母细胞，随机分为对照组和20μmol/L RSG组。在饱和湿度，38.5℃、5%CO₂培养12 h,统计卵母细胞第一极体排出率。使用DCFH-DA检测卵母细胞内活性氧(ROS);采用CMF2HC检测卵母细胞内谷胱甘肽(GSH)水平；采用JC-1检测卵母细胞内线粒体膜电位；采用实时荧光定量PCR测定抗氧化相关基因的表达水平。结果显示，RSG组卵母细胞第一极体排出率相较于对照组显著提高(P<0.05);与对照组相比，RSG组ROS水平明显降低，GSH和线粒体膜电位水平显著升高(P<0.05)。本研究还发现，RSG组卵母细胞中抗氧化相关基因GPX-3、CAT和SOD-2的mRNA转录水平均显著提高(P<0.05)。结果表明，在体外成熟过程中添加RSG可以提高小鼠卵母细胞成熟率，降低细胞内ROS堆积，提高细胞内GSH水平、卵母细胞线粒体功能和抗氧化基因表达水平，缓解氧化应激造成的损伤，提高卵母细胞体外成熟质量。     

基于转录组测序挖掘雌性鸡胚性腺不对称发育中的重要lncRNA及其靶基因

为了挖掘雌性鸡胚性腺不对称发育中的重要长链非编码RNA(lncRNA)及其靶基因，试验以采集的胚胎孵化第9天(E9阶段)的雌性鸡胚两侧性腺为研究对象，采用转录组测序(RNA-seq)技术和生物信息学方法对雌性鸡胚左右两侧性腺进行转录组分析预测lncRNA,运用DESeq2 v1.30.1软件鉴定两侧性腺间差异表达的mRNA和lncRNA,预测差异表达lncRNA的顺式和反式靶基因，对靶基因进行GO功能注释和KEGG信号通路分析；通过实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达。结果表明：转录组分析预测出653个基因间lncRNA,467个内含子lncRNA,1 339个反义lncRNA。雌性鸡胚左右两侧性腺间有1 856个差异表达mRNA和443个差异表达lncRNA。GRIA1、DIO3、FSHR、LHX9、CYP17A1和TOX3等229个基因为差异表达lncRNA的靶基因。两侧性腺差异表达lncRNA的靶基因主要富集到了类固醇代谢过程、细胞内雌激素受体信号通路的正向调节、代谢通路等过程。实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达结果与RNA-seq结果基本一致。说明雌性鸡胚左右两侧...     

微囊藻毒素-LR对猪体外成熟卵母细胞氧化损伤与凋亡的影响

旨在探讨微囊藻毒素-LR(microcystin-LR,MC-LR)对体外成熟猪卵母细胞的毒性损伤及其潜在损伤机制。本研究从屠宰场所获得的猪卵巢中收集GV期卵母细胞,将其随机分为4组,在卵母细胞体外成熟培养液中分别添加0、20、40和60μg·mL~(-1) MC-LR,研究MC-LR对卵母细胞第一极体(PbI)排出、纺锤体结构以及细胞内活性氧(ROS)、早期凋亡蛋白(Annexin V)及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活力的影响,并采用RT-qPCR分析氧化应激和凋亡相关基因SOD1、SOD2、CAT、GSH-Px、Bax和Bcl2 mRNA的表达变化情况,试验重复3次。结果发现,MC-LR处理导致猪卵母细胞PbI排出率呈浓度依赖性下降,当MC-LR添加浓度达40μg·mL~(-1)以上时,卵母细胞成熟率极显著下降(P0.01),且纺锤体结构异常率极显著升高(P0.001);进一步研究发现,MC-LR处理后卵母细胞ROS水平极显著升高(P0.01),而GSH-Px活性极显著降低(P0.01),并伴随着抗氧化相关基因SOD1、CAT及GSH-Px mRNA表达极显著下调(P0.01);细胞凋亡检测表明,MC-LR处理可导致卵母细胞早期凋亡率极显著增加(P0.01),凋亡相关基因Bax/Bcl2比值极显著升高(P0.001)。研究结果表明,MC-LR可诱导猪卵母细胞纺锤体结构异常,并引发氧化损伤与细胞凋亡,最终导致卵母细胞成熟能力下降。     

五指山猪肌肉组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析

为了鉴定和分析五指山猪背最长肌和半腱肌中差异表达的lncRNA和mRNA,试验以6月龄五指山猪阉割公猪为试验动物,在无菌状态下逐头采集背最长肌和半腱肌样品,采用RNA-Seq文库和生物信息学方法对五指山猪肌肉组织中的lncRNA和mRNA进行分析筛选,运用DESeq软件鉴定背最长肌和半腱肌中差异表达的lncRNA和mRNA,并对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明:在五指山猪肌肉组织中共鉴定出4 086个lncRNA,其中正义型2 203个、反义型197个、内含子型130个、基因间型1 556个。对比测序获得的lncRNA和mRNA发现,lncRNA和mRNA的长度都主要分布在600～1 200 nt之间和3 000 nt以上。在背最长肌与半腱肌间,存在82个差异表达的mRNA,其中前10位分别为ZIC4、ZIC1、PITX1、SIM1、PVALB、SEC14L5、SERPINB11、PRXL2B、ZNF862、MYBPH;存在32个差异表达的lncRNA,其中2个仅在背最长肌中表达,1个仅在半腱肌中表达,29个在两种肌肉组织中共表达;获得差异表达的lncRNA靶基因共70个,包括顺式作用的靶基因和反式作用的靶基因。说明五指山猪背最长肌和半腱肌具有不同表达水平的lncRNA和mRNA,两种肌肉组织中均存在特异性表达的lncRNA。     

外源褪黑素对猪卵母细胞体外成熟及多精受精的影响

本研究旨在探讨褪黑素对猪卵母细胞体外成熟及多精受精的影响。在猪卵母细胞体外成熟培养基中添加1 nmol/L褪黑素或1 nmol/L褪黑素+1 nmol/L Luzindole作为试验组,不添加褪黑素及Luzindole作为对照组,检测卵母细胞核成熟率、多精受精率,并观察体外受精胚胎的发育能力及与多精受精相关的细胞器分布情况。结果表明：各组间卵母细胞核成熟率及体外受精胚胎的卵裂率无显著差异;褪黑素组的猪卵母细胞多精受精发生率较其他2组降低（P<0.05）,囊胚形成率提高（P<0.05）,同时猪卵母细胞皮质颗粒及高尔基体的正常分布情况得到显著改善。结果证明,在猪卵母细胞体外成熟培养液中添加1 nmol/L褪黑素可显著改善卵母细胞成熟质量,抑制多精受精的发生。     

活性氧对猪卵母细胞SUMO-1表达及其质量的影响

本研究旨在调查活性氧过氧化氢(hydrogen peroxide,H_2O_2)对猪卵母细胞体外成熟(in vitro maturation,IVM)过程中蛋白质类泛素SUMO-1表达及精-卵结合能力的影响。试验分为0(control)、10、50、75和100μg/mL H_2O_2处理组。利用Western blotting、流式细胞术、实时荧光定量PCR、Hoechst染色等方法检测猪卵母细胞体外成熟、蛋白质类泛素SUMO-1含量、细胞活力、凋亡基因mRNA表达、透明带(zona pellucid,ZP)溶解度和精子-卵母细胞结合的表达。结果表明,75μg/mL H_2O_2组与对照组、10和50μg/mL H_2O_2组比较卵母细胞体外成熟率及细胞活力显著降低;75μg/mL H_2O_2组与其他H_2O_2组相比ZP溶解时间显著延长,并减少了精子黏附在成熟卵母细胞透明带上的数量(P0.05)。在77和18 ku处出现SUMO-1蛋白标记,75μg/mL H_2O_2组与对照组、10和50μg/mL H_2O_2组比较SUMO-1蛋白含量显著降低(P0.05)。75μg/mL H_2O_2与对照组、10和50μg/mL H_2O_2组比较显著下调了Bcl-2基因,而Caspase-3基因表达与对照组和10μg/mL H_2O_2组比较显著升高(P0.05),50μg/mL H_2O_2与对照组和10μg/mL H_2O_2组相比显著上调了Bax基因水平(P0.05)。综上所述,H_2O_2能调控猪卵母细胞体外成熟过程中类泛素化水平以及精-卵结合能力。     

犏牛雄性不育相关lncRNA的鉴定与分析

旨在分析成年健康牦牛和犏牛(3～4岁)睾丸组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,从而探究lncRNA与犏牛雄性不育机制的关联性,为解释犏牛雄性不育的机理提供理论依据。采集成年(3～4岁)健康牦牛、犏牛各3头的睾丸组织,构建cDNA文库后进行高通量测序,筛选出差异的lncRNA,通过对差异显著的lncRNA与mRNA位置关系以及结合能的判定预测顺式作用(cis)和反式作用(tran)的靶基因,并进行GO、KEGG功能分析。结果表明,共得到牦牛和犏牛候选lncRNA转录本分别为20 363和24 133个,两个文库筛选出6 178个显著差异lncRNA,其中有2 470个在犏牛睾丸组织与牦牛比较上调,3 708个下调。筛选得到差异显著lncRNA的候选靶基因2 676个,这些基因参与58个功能分类,共涉及306条通路;其中主要富集的通路包括轴突指导、内吞、Hedgehog等信号通路。综上表明,部分lncRNA介导的靶基因PTGDS、IGF2、MEST、GLIS3、NOTCH2、HOXA10、HOXA11与犏牛雄性不育相关,lncRNA在犏牛的生殖发育中对其雄性不育具有重要的调控作用。利用RNA-Seq技术筛选出成年牦牛和犏牛睾丸组织lncRNA,并进行差异分析,为探讨犏牛雄性不育的机制提供更完善的转录组数据。     

猪戊型肝炎病毒ORF3蛋白影响HepG2细胞核黄素代谢的lncRNA-mRNA调控网络的鉴定

为初步鉴定并挖掘出猪戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)ORF3蛋白影响HepG2细胞核黄素代谢信号通路的lncRNA-mRNA调控网络,本试验通过构建腺病毒过表达载体,制备高滴度过表达腺病毒,介导猪 HEV-ORF3在HepG2细胞中实现过表达。Western blotting检测ORF3蛋白过表达成功后,运用lncRNA高通量组学测序,筛选出差异表达的lncRNA并进行靶向差异基因预测,对lncRNA靶向差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,初步鉴定出与核黄素代谢信号通路相关的lncRNA-mRNA调控网络。Western blotting结果显示,在约为12 ku处出现目的条带,说明成功实现腺病毒介导猪HEV-ORF3在HepG2细胞中过表达。lncRNA高通量组学测序结果显示,共发现102个显著差异表达lncRNAs表达量上调,80个显著差异表达lncRNAs表达量下调。GO功能和KEGG通路富集分析显示,初步挖掘出lncRNA(MSTRG.13995.2)和lncRNA(MSTRG.1960.1)可能是与核黄素代谢信号通路相关的显著差异表达lncRNA,分别通过顺式调控其靶向基因APC-5和FLAD1来影响核黄素代谢信号通路。本试验初步鉴定出lncRNA(MSTRG.13995.2)-APC5和lncRNA(MSTRG.1960.1)-FLAD1可能是影响HepG2细胞核黄素代谢信号通路的lncRNA-mRNA调控网络。