鸡肝脏表达谱数据分析筛选脂肪沉积相关基因

鸡是高质量动物蛋白来源,也是肥胖研究中的重要模式生物,鸡脂肪沉积机理研究尤为重要。本研究利用GEO数据库(GSE3867)表达谱数据,16个样本包括8个低脂肪品系鸡(≤1%)的肝脏样品(LF)和8个高脂肪品系(≥3.2%)肝脏样本(HF),屠宰周龄为8周;鸡基因组注释文件来源于NCBI,韦恩图部分数据来源于NCBI生命科学期刊文献数字化档案库。结合生物信息学技术,挖掘高脂组和低脂组鸡肝脏中表达差异显著的基因。结果显示:筛选出26个在肝脏中表达差异显著的基因;GO分析和KEGG分析发现多数显著基因参与脂代谢和糖代谢的调节,其中,关键基因CYP2C45、FASN、SCD和FADS2均与不饱和脂肪酸的合成有关。     

基于表达谱芯片筛选鸡不同部位皮肤组织差异表达基因

旨在筛选鸡不同部位(背部和腿部)皮肤组织中的差异表达基因,探讨二者皮肤毛囊出现表型差异的分子机制。以处于上市日龄的(63日龄)商品代肉鸡为素材,利用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对皮肤厚度、毛囊密度和直径出现显著差异的背部和腿部皮肤组织mRNA表达水平进行检测,对与皮肤毛囊发生发育相关的候选基因及信号通路进行系统筛查,并运用实时荧光定量PCR技术对部分差异表达基因进行验证。结果显示,芯片分析共筛选到差异表达基因676个(|FC|≥2,P0.05),以腿部皮肤为参照,背部皮肤组织中上调基因223个,下调基因453个。荧光定量PCR验证部分差异表达基因的表达趋势与芯片结果基本一致。GO分析表明,差异表达基因参与细胞增殖和凋亡调控、Wnt信号通路、神经元分化、细胞间黏附调节、细胞命运的确定等生物学过程。KEGG信号通路分析发现,除了部分已知的与皮肤毛囊生长发育相关的信号通路(Wnt和Hedgehog信号通路),ECM受体相互作用、黏着、细胞黏附分子、黏合连接等信号通路也被富集。蛋白互作网络分析表明,这些差异表达基因相互作用形成一个调控网络,可能通过影响皮肤毛囊的生长发育和周期变化来影响皮肤毛囊的性状,推测ECM受体相互作用、黏着、运输等调控通路及DKK1、WNT3A、SHH、FGF1、IGF1等基因可能是参与鸡不同部位皮肤毛囊性状出现差异的重要调控通路和候选基因。     

鸡胚发育规律研究

选择鸡胚胎,从孵化成形(8d)开始到出壳为止,对胚胎的体重、体尺、头重、头围进行测量,对各测量值进行生长分析;并观察鸡胚形态的发育过程.结果表明:鸡胚的体重、头重、体尺、头围均随着胚龄的增长而增长.体重、头重的增长差异明显.     

表达谱芯片筛选獭兔毛色相关候选差异表达基因

本研究旨在了解青紫蓝色獭兔和白色獭兔毛色形成的分子遗传学机理。试验分为3组,每组包含全同胞青紫蓝獭兔和白色獭兔各1只。利用安捷伦基因芯片技术分析不同分组之间差异基因表达情况,并通过实时荧光定量PCR方法对部分差异显著基因进行验证。差异表达分析结果显示,3组青紫蓝色獭兔对白色獭兔分别筛选出545、1 680和2 092个差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),共有172个共同基因;GO(Gene Ontology)分类结果显示,这些基因主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、离子转运、免疫应答等生物学过程。通过实时荧光定量PCR技术对Creb1、Wnt2、Gnaq和Gna14基因在组织样中的表达量进行检测,结果与表达谱芯片一致。通过表达谱芯片结果结合生物信息学分析和文献报道,筛选出了Creb1、TH、Wnt2、Gnaq、Dvl1、Mapk12等对毛色形成可能具有重要影响的候选基因。     

鸡肌纤维发育相关基因研究进展

鸡肌纤维生长发育规律与肌肉品质性状密切相关,特别是肌纤维类型、密度和直径与肉品质有显著的关联。肌纤维的生长发育受到正向调控因子与负向调控因子的双向调节。肌肉生长抑制素(myostatin)负向调控骨骼肌的生长和发育。成肌细胞的增殖和分化受生肌决定因子的调控,生肌决定因子包括4个基因,MyoDl(myf3)、Myogenin(MyoG)、Myf5、Myf6(herculin)。Pax(Paired Box)家族等对肌细胞的增殖、分化起关键作用,是影响肌纤维特性的重要候选基因。本文对肌纤维发育相关基因的最新研究进展进行综述。     

鸡胚肠上皮细胞Toll样受体的表达谱研究

为明确鸡胚肠上皮细胞中Toll样受体(Toll-like receptors,TLR)的表达情况,本研究采用嗜热菌蛋白酶分离培养18日龄鸡胚的肠上皮细胞,在形态学观察及免疫细胞化学法鉴定基础上,采用RT-PCR方法检测其TLR表达谱,并对不同品种鸡胚肠上皮细胞TLR表达谱进行了比较研究。结果表明,应用嗜热菌蛋白酶消化法得到的鸡胚肠上皮细胞生长状况良好;采用低速离心和差速贴壁进行纯化,得到90%以上纯度的鸡胚肠上皮细胞;纯化后的细胞经形态学观察及细胞角蛋白单克隆抗体鉴定为阳性;10种TLR在鸡胚肠上皮细胞上均有mRNA表达,但其丰度存在明显差异;不同品种鸡胚肠上皮细胞TLR表达谱均无显著差异。     

鸡W染色体基因CTIF在鸡胚组织中的表达研究

该文对CTIF在胚胎发育过程中的表达进行初步研究。通过设计特异性扩增W拷贝、Z拷贝以及同时扩增W和Z拷贝的引物（CTIF-W、CTIF-Z及CTIF-ZW）,对其在胚胎的不同日龄的组织的mRNA表达量进行分析,并通过FAD(fadrozole)诱导性反转探索其对性别表型的响应。结果显示,CTIF-W在孵化6 d的胚胎性腺中的表达高于尾部,且随胚胎发育表达量逐渐升高,而CTIF-Z和CTIF-ZW的表达趋势相似;而在6 d鸡胚的其他组织中,CTIF-ZW在肾中的表达显著高于其他组织,说明CTIF在发挥某些基础功能的同时可能还与肾脏的发育或功能相关。CTIF-Z在多数组织中表达量均呈现出雄性高于雌性,而CTIF-ZW在雌雄之间的表达量差异则相对较小,表明W拷贝可能在一定程度上调控了雌性中Z拷贝的表达。CTIF-W和CTIF-Z在12 d的胚胎组织中均表达,且均高度表达于脾脏组织中;CTIF-Z在大多数组织中雄性表达高于雌性。此外,CTIF-W表达受雌性向雄性性反转的影响而显著降低,而CTIF-Z则没有响应。综上,CTIF在鸡胚的肾脏和脾脏中高度表达,且其Z拷贝在雌雄组织之间存在剂量效应,而...     

鸡胚发育特征口诀

一日起了珠,鱼眼黄中浮;二日樱桃珠,心脏开始动;三日血管成, "蚊子 "在黄中;四日定了位,样似小蜘蛛;五日长软骨,黑眼显单珠;六日胎盘动,头躯成双珠;七日离了壳,沉入卵黄中;八日边发硬,胎在黄中浮;九日嘴爪分,头尾来回动;十日显毛管,血管合了拢;十一见硬骨,头颈腹毛生;十二毛齐全,上下颚已分;十三体躯长,气室更分明;十四蛋白少,胎雏活动慢;十五体躯长,头朝大端伸;十六气室显,绒毛盖全身;十七肺发育,小端已封门;十八口已斜,鸡雏待转身;十九见起影,已行肺呼吸;二十闻雏叫,陆续破开壳;二十一出壳,发育…     

高海拔地区鸡胚发育关键因素研究

对藏鸡(T)、饲养在北京的藏鸡(TB)、矮小隐性白(D)、农大小型蛋鸡商品代种蛋(M)、寿光鸡(S)、藏鸡×矮小隐性白(TD)、藏鸡×寿光鸡(TS)7组种蛋在西藏林芝进行孵化研究,通过阶段死亡率、出雏率、失水率数据分析了影响高海拔地区胚胎发育的关键因素。结果表明胚胎本身的高原生活力是鸡蛋高海拔孵化主要因素,其次是蛋壳传导力。     

牛卵泡发育相关下调基因的筛选

为寻找牛卵泡颗粒细胞(GCs)凋亡的关键调控因子,阐明单胎动物卵泡闭锁调控机理,本研究对奶牛优势卵泡与从属卵泡GCs深度测序,筛选卵泡发育相关的下调基因。选取健康荷斯坦奶牛,屠宰后,分别采集卵巢上正常发育的最大卵泡(8～10 mm)与第二大卵泡(5～8mm),并结合雌激素/孕激素确定卵泡优势与否,优势卵泡(DF):E_2/P1;从属卵泡(SF)E_2/P1。分别刮取GCs,提取总RNA并建库,Illumina测序,将获得序列与牛Refseq数据库比对后,利用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对其中表达下调的基因进行GO和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。测序共获得32 346个基因,其中194个在DF中表达显著上调,502个表达下调;GO分析结果显示,这些下调基因的生物学功能共分为3大类104组,其中生物学过程相关基因占61.5%,细胞组分有关基因占25.0%,分子功能相关基因占13.5%;KEGG信号通路分析,共发现5条通路,其中基因富集最为显著的是癌症通路;从下调基因中筛选出4个在牛卵泡发育过程中可能会起抑制作用的基因,QRT-PCR结果显示,PPP1R14A、QRFPR和EGR1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果一致,OLA1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果正好相反,但差异不显著。本研究筛选出的4个表达下调基因可能是牛卵泡发育过程中抑制卵泡发育的候选基因。     

鸡胚法氏囊的组织发育

本试验通过对孵化至１３－２１日龄的鸡胚法氏囊进行组织学的连续性动态观察,较为详细地描述了早日龄鸡胚法氏囊的组织学分化发育过程。实验结果显示,直至出壳胶鸡胚法氏囊尚未形成较完整的能组织起 体液免疫促进作用的组织基础结构,其完善的形态结构需在后天环境中分化和发育。     

焦点黏连信号通路相关基因在鸡肌肉发育中的表达研究

试验以矮小品系S2鸡为试验素材,采用q-PCR技术以及SPSS分析软件,研究焦点黏连(Focal adhesion)信号通路中调控:小凹蛋白-3(CAV-3)、血小板衍生生长因子受体α多肽(PDGFRA)、分泌型焦磷酸蛋白(SPP1)在生长期骨骼肌发育中的表达模式及在成肌细胞增殖和分化期的表达特征。结果显示:在肌肉组织中,CAV-3在胸肌和腿肌中的表达模式相同,从4周龄开始随着发育时间的增加,CAV-3表达量逐渐降低,在16周龄时显著低于其他发育时期(P0.05);在0日龄、8周龄时PDGRFA在胸肌中相对表达量显著高于腿肌(P0.05),但在16周龄时胸肌中PDGRFA相对表达量显著低于腿肌(P0.05);SPP1在胸肌和腿肌中的表达模式存在显著差异,从4周龄开始,在胸肌中随着发育时间增加,SPP1相对表达量逐渐减少,在腿肌中随着发育时间的增加,SPP1相对表达量逐渐减少。在成肌细胞中,CAV-3相对表达量在增殖期100%时显著高于其他发育时期(P0.05),并随分化时间的增加,CAV-3相对表达量逐渐减少;PDGFRA表达量在分化期的表达显著高于增殖期(P0.05),并随诱导分化时间的延长表达量逐渐升高;SPP1相对表达量在增殖期100%时显著高于其他发育时期(P0.05)。结果表明:CAV-3、PDGFRA和SPP1 mRNA表达量在鸡成肌细胞增殖分化期和鸡肌肉组织生长期分别呈现明显的差异性,3种基因可能分别以不同的方式参与调控胸肌、腿肌发育过程,为进一步研究该3种基因分别调控肌肉发育的分子机制提供了理论依据。     

基于转录组测序鉴定雌性鸡胚性腺不对称发育相关候选基因

本研究旨在通过转录组测序（RNA-seq）鉴定雌性鸡胚性腺不对称发育相关候选基因,为确定雌性鸡胚性腺不对称发育的分子机制提供参考。随机选择6胚龄（E6）和8胚龄（E8）的雌鸡胚胎各18～24只,分离并采集其两侧性腺,每6～8个同侧同期性腺组成一个样品,匀浆后提取总RNA经质控后送商业公司进行转录组测序。每个样品3个生物学重复。通过基因差异表达分析,GO、KEGG信号通路分析和基因集变异分析（GSVA）,筛选雌性鸡胚性腺不对称发育相关候选基因和生物学通路。经实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的差异表达基因进行验证。转录组差异表达分析结果显示雌性鸡胚左右两侧性腺在E6和E8分别存在195个和315个差异表达基因。GO功能富集和KEGG信号通路富集分析发现两侧性腺差异表达基因主要富集在卵子发生、细胞发育、piRNA代谢过程等生物学过程并筛选出Pou5f3、STK31、DMRTB1等与鸡胚性腺不对称发育相关的功能基因。本研究为进一步研究雌性鸡胚性腺不对称发育的分子调控机制提供了参考。     

鸡肌内脂肪沉积相关候选基因筛选

本研究对课题组前期在京星黄鸡转录组研究中筛选到的与肌内脂肪（IMF）差异沉积相关的14个候选基因进行验证,检测其在中外两个鸡种群体中与胸肌IMF沉积的关联性。以98日龄慢速型地方鸡京星黄鸡和42日龄快速型白羽科宝肉鸡胸肌组织为素材,通过胸肌甘油三酯（TG）含量区分高低表型组,并检测候选基因在组间的基因表达差异。结果表明,在京星黄鸡胸肌TG高、低组间ATP结合盒亚家族B成员8（ABCB8）、脂联素（ADIPOQ）、第6号染色体开放阅读框65（BEND6）、CD74分子（CD74）、核糖基5-磷酸转移酶（FKTN）、组蛋白乙酰转移酶1（HAT1）、硫酸乙酰肝素-氨基葡萄糖3-磺基转移酶5（HS3ST5）、介体复合物亚基4（MED4）、肿瘤坏死因子超家族成员8（TNFSF8）和TNFAIP3相互作用蛋白1（TNIP1）共10个基因表达差异显著（P<0.05）;在科宝肉鸡TG高、低组间ADIPOQ、BEND6、FKTN、HAT1、HS3ST5、MED4和TNIP1共7个基因表达差异显著（P<0.05）;ADIPOQ、FKTN、HAT1、HS3ST5、MED4和TNIP1共6个基因在两个品种中差异表达趋势一致（P<0.05）。本研究提供了鸡IMF沉积相关新候选基因,为IMF分子调控机理研究和相关分子标记筛选研究奠定了良好的基础。     

应用鸡胚皮肤细胞增殖鸡痘弱毒的研究

我们根据A.Silim氏等制备鸡胚皮肤(CES)细胞的技术,进行了鸡痘弱毒株适应于CES细胞和对CES致细胞病变效应(CPE)的研究,现将结果报告如下。     

鸡肌内脂肪沉积相关候选基因筛选

本研究对课题组前期在京星黄鸡转录组研究中筛选到的与肌内脂肪(IMF)差异沉积相关的14个候选基因进行验证,检测其在中外两个鸡种群体中与胸肌IMF沉积的关联性。以98日龄慢速型地方鸡京星黄鸡和42日龄快速型白羽科宝肉鸡胸肌组织为素材,通过胸肌甘油三酯(TG)含量区分高低表型组,并检测候选基因在组间的基因表达差异。结果表明,在京星黄鸡胸肌TG高、低组间ATP结合盒亚家族B成员8(ABCB8)、脂联素(ADIPOQ)、第6号染色体开放阅读框65(BEND6)、CD74分子(CD74)、核糖基5-磷酸转移酶(FKTN)、组蛋白乙酰转移酶1(HAT1)、硫酸乙酰肝素-氨基葡萄糖3-磺基转移酶5(HS3ST5)、介体复合物亚基4(MED4)、肿瘤坏死因子超家族成员8(TNFSF8)和TNFAIP3相互作用蛋白1(TNIP1)共10个基因表达差异显著(P0.05);在科宝肉鸡TG高、低组间ADIPOQ、BEND6、FKTN、HAT1、HS3ST5、MED4和TNIP1共7个基因表达差异显著(P0.05);ADIPOQ、FKTN、HAT1、HS3ST5、MED4和TNIP1共6个基因在两个品种中差异表达趋势一致(P0.05)。本研究提供了鸡IMF沉积相关新候选基因,为IMF分子调控机理研究和相关分子标记筛选研究奠定了良好的基础。     

基于RNA-seq数据筛选鸡睾丸附睾间差异表达基因及其功能分析

本文旨在通过对种公鸡睾丸和附睾进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出2种组织中的差异表达基因并分析其生物学功能,探究睾丸和附睾在鸡精子发生和成熟过程中的作用.本研究共以8只公鸡的睾丸和附睾组织为对象,采用RNA-seq技术分析2种组织中的基因表达情况,筛选出差异表达基因并对差异表达基因进行GO和KEGG通路富集分析.结...     

外源褪黑素对鸡胚发育的影响研究

为了探讨胚蛋注射褪黑素对AA肉鸡胚胎发育的影响,将540个种蛋在孵化第2.5天随机分成6组(每组9个重复,每个重复10个),对照组正常孵化,开孔组不进行注射,其余四组分别开孔注射生理盐水、0.17μmol/L、1.7μmol/L和17μmol/L的褪黑素,注射标准为10μL/蛋,出雏后检测胚蛋存活率、胚蛋重、出雏时间、出雏雏鸡重、雏鸡性别、雏鸡生殖器官长度和内脏器官重等指标。结果表明：(1)注射1.7μmol/L (P<0.01)或17μmol/L (P<0.001)褪黑素显著延迟雏鸡出雏时间;(2)注射17μmol/L褪黑素显著降低雏鸡胰脏重(P<0.05)。研究为深入探讨褪黑素影响动物胚胎发育的机理提供了一个模型。     

琅琊鸡胚MSX2基因克隆及发育性表达变化

【目的】 克隆鸡Msh同源框2(Msh-homeobox 2,MSX2)基因,并对其进行生物信息学和胚胎期表达模式分析,为进一步研究MSX2基因的结构和功能提供支持。【方法】 对80枚琅琊鸡种蛋进行孵化,分别于孵化期第1、2、3、4、5、6、9、12、15、18天采集样品(1~6胚龄采集整胚,9、12、15、18胚龄分别采集心脏和肝脏),提取总RNA,利用RT-PCR方法扩增并克隆MSX2基因,对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR技术分析MSX2基因在琅琊鸡鸡胚和组织中的表达水平。【结果】 成功克隆了琅琊鸡胚MSX2基因,序列长度为818 bp,开放阅读框为780 bp,编码259个氨基酸。琅琊鸡MSX2氨基酸序列与日本鹌鹑、秃鹰和仓鸮的相似性最高,均为99.23%,与山羊的相似性最低,为74.54%;系统进化树分析结果显示,琅琊鸡与日本鹌鹑聚为一类。生物信息学分析表明,MSX2蛋白分子质量为28 235.18 u,等电点(pI)为9.71,没有信号肽和跨膜域,为不稳定的亲水性蛋白,主要分布在细胞核(60.9%);存在37个磷酸化位点、8个O-糖基化位点和1个N-糖基化位点;二级结构主要由无规则卷曲(63.32%)和α-螺旋(28.19%)组成。实时荧光定量PCR分析表明,MSX2基因在整胚(1~6胚龄)中的表达水平呈现先上升后下降趋势,且在4胚龄时表达水平最高,极显著高于1、2、3胚龄(P<0.01);MSX2基因在12胚龄鸡心脏中的表达水平极显著低于9胚龄(P<0.01);在9~18胚龄鸡肝脏中的表达量呈逐渐下降趋势,且在9胚龄鸡肝脏中表达水平最高(P<0.05)。【结论】 试验成功克隆了琅琊鸡MSX2基因序列,其表达模式在不同胚龄和同一胚龄不同组织间存在差异,为进一步探索琅琊鸡MSX2基因的结构和功能奠定了基础。