贵州黑山羊BMP15和NPY-Y1R基因多态性与产羔数关联性分析

为了寻找贵州黑山羊产羔数相关性状的分子标记,采用PCR产物直接测序技术对贵州黑山羊BMP15、NPY-Y1R基因的两个位点进行多态性检测,并与产羔数进行关联性分析.结果表明,贵州黑山羊群体BMP15基因C6260G位点存在CC、GC、GG三种基因型,频率分别为0.55、0.29、0.16;该位点的多态信息含量0.33,...     

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。     

山羊GJB2和GJB6基因多态性与产羔性能的关联分析

本研究旨在分析间隙连接蛋白2(GJB2)和间隙连接蛋白6(GJB6)的多态性与云上黑山羊产羔性能的关联性。利用MassARRAY~?技术对GJB2和GJB6的4个候选位点进行分型,探索其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(n=91)3个群体中的遗传学特征,并分析其与云上黑山羊产羔性能(包括产羔数、初生窝重和断奶窝重)的关联性。结果表明,4个候选位点在不同繁殖力品种中的基因型分布存在极显著差异。在云上黑山羊中,GJB2的2个位点对产羔数无显著影响;所有候选位点对初生窝重和断奶窝重无显著影响;GJB6基因的g.50694816A>G位点AA型产羔数显著高于GG型;GJB6基因的g.50694819G>A位点GG型产羔数显著高于AG型。GJB6的组合基因型分析发现,AAGG型的产羔数显著高于AGGG型。以上提示,GJB6的2个位点可作为云上黑山羊产羔数选择的潜在分子标记,但不适合窝重选择。     

山羊环状RNA circ＿0008219 SNPs位点与生产性能的关联分析

实验旨在分析山羊环状RNA circ＿0008219序列中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点与产羔、生长性状之间的关联性,为山羊分子育种提供新的遗传标记。选取波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊作为实验对象,利用SNaPshot分型技术分析候选SNPs位点的遗传多样性,并对circ＿0008219的SNPs位点与3个品种山羊的产羔性状和黑头羊的周岁生长性状进行关联分析。结果表明山羊circ＿0008219中存在3个SNPs位点均具有多态性。卡方适应性检测结果表明,g.1082G>T、g.1310A>G在3个山羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.651G>A在波尔山羊和麻城黑山羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。黑头羊群体中,g.651G>A位点与山羊周岁体高存在相关;g.1082G>T与周岁体重、周岁体斜长、周岁胸围和管围性状存在相关。关联分析结果显示,g.651G>A位点与黑头羊总体产羔数显著关联,g.1082G>T位...     

山羊STEAP1基因和EIF2B4基因多态性与繁殖性能的关联分析

为探究候选基因STEAP1和EIF2B4与山羊繁殖性能的关联性，本实验利用MassARRAY?技术对STEAP1和EIF2B4基因的4个候选多态性位点（SNPs）进行分型，探究其在云上黑山羊（n=544）、济宁青山羊（n=133）和辽宁绒山羊（n=91）3个群体中的遗传学特征，并分析其与山羊繁殖性能（包括产羔数、初生窝重和断奶窝重）的关联性。结果表明，STEAP1 g.45853158 C>T和EIF2B4 g.72016288 T>G在不同品种山羊（济宁青山羊和辽宁绒山羊）中的基因型分布存在极显著差异；而STEAP1 g.45857345 C>T和g.45857371T>A基因型分布在山羊不同群体中差异不显著；在云上黑山羊高产群体和低产群体中，所有候选位点的基因型频率和基因频率均无显著差异；所有基因候选位点均与产羔数、初生窝重和断奶窝重无显著关联；STEAP1基因的位点g.45853158 C>T在不同繁殖性能群体中差异显著，生物信息学分析表明，突变造成STEAP1编码蛋白二级空间结构发生变化，可作为云上黑山羊繁殖性能的分子标记，但不适合进行窝选；STE...     

云上黑山羊产羔性状分子变异KASP验证分析

为挖掘云上黑山羊产羔性状相关基因或变异位点,研究选取前期全基因组关联分析(GWAS)研究中与云上黑山羊产羔性状存在潜在或显著关联的5个SNP位点,采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)检测方法进行SNP分型,应用SAS软件的GLM过程进行位点多态性与云上黑山羊产羔性状的关联分析。结果显示位点rs268244272与初产产羔数极显著相关(P<0.01),与平均胎产羔数显著相关(P<0.05)。这一结果与质谱验证结果相一致,再次验证位点rs268244272与云上黑山羊产羔性状关联的有效性,表明该位点可作为云上黑山羊产羔性状分子标记。     

贵州地方山羊BMPR-ⅠB基因启动子区多态性及生物信息学分析

为探究骨形态发生蛋白受体ⅠB(bone morphogenetic protein receptorⅠB,BMPR-ⅠB)基因启动子区多态性及其与繁殖性状的相关性,本试验以贵州3个地方山羊品种(黔北麻羊、贵州黑山羊及贵州白山羊)为研究对象,通过构建混合DNA池PCR产物直接测序技术筛选SNPs位点,并采用多种生物信息学软件预测SNPs位点对核心启动子区、CpG岛和转录因子结合位点的影响。结果显示,BMPR-ⅠB基因启动子区存在4个SNPs位点:g.29893005 TC、g.29893016 CT、g.29893729 CG和g.29894370 CT。生物信息学软件预测得到BMPR-ⅠB基因核心启动子区和CpG岛,SNPs位点导致转录因子结合位点发生改变,g.29893005 TC和g.29893016 CT突变使原来的转录因子结合位点Sp1消失;g.29893729 CG突变使原来转录因子结合位点AP-1消失,从而产生新的转录因子结合位点USF;g.29894370 CT突变产生新的转录因子结合位点C/EBPalp,使原来的转录因子结合位点Sp1改变为C/EBPalp和Sp1。由此推测,SNPs位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。     

绵羊DUSP6基因多态性及其与产羔数关联分析

文章旨在探究绵羊DUSP6基因g.125589716G>A、g.125587728C>T、g.125589714C>T、g.125589006G>A四个位点多态性及其与产羔数之间的关系,以期找到与绵羊高繁殖力相关的分子标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY誖SNP技术对多羔绵羊品种(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊)和单羔绵羊品种(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊、草原型藏羊)DUSP6基因上述4个多态位点进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:绵羊g.125589716G>A位点在多羔绵羊品种中存在AA、GA、GG三种基因型,在单羔绵羊品种中存在GA、GG两种基因型;g.125587728C>T、g.125589714C>T位点在单、多羔绵羊品种中均存在CC、CT、TT三种基因型;g.125589006G>A位点在单、多羔绵羊群体中均只存在GA、GG两种基因型。绵羊DUSP6基因g.125589716G>A位点基因型频率在单、多羔绵羊品种之间差异显著(P<0.05),等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异极显著(P<0.01);g.125587728C>T、g.125589714C>T位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异均达极显著水平(P<0.01);g.125589006G>A位点基因型频率和等位基因频率在单、多羔绵羊品种间差异不显著(P>0.05)。关联分析表明,DUSP6基因各SNPs多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间无显著关联(P>0.05)。综上说明,绵羊DUSP6基因g.125589716G>A、g.125587728C>T、g.125589714C>T以及g.125589006G>A等4个位点的多态性与小尾寒羊各胎次产羔数之间均无显著关联(P>0.05),不适用于小尾寒羊多羔性状选育。     

晋岚绒山羊多胎性能4个候选基因的研究

为探寻辅助育种的分子标记,提高绒山羊产羔数,本实验在山西省某绒山羊养殖场分别选取20只经产双羔母羊和单羔母羊,检测多胎性能候选基因GDF9、BMP15、FSHβ和GnRHR所有编码区SNPs位点;选取有差异的基因位点在171只经产母羊(90只双羔母羊和81只单羔母羊)中进行SNPs位点检测,统计基因型频率、等位基因频率、多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He),并与母羊产羔数进行关联分析。结果显示:共发现17个SNPs位点,仅GDF9基因A959C位点和BMP15基因G735A位点在单、双羔母羊间有差异。SNaPshot检测表明GDF9基因A959C位点有AA、AC、CC 3种基因型,A为优势等位基因,AA为优势基因型,含CC、AC基因型个体的产羔数显著高于AA型。BMP15基因G735A位点共检测到GG、AG、AA 3种基因型,G为优势等位基因,GG为优势基因型;含AA、AG基因型个体的产羔数显著高于GG型。本研究结果表明GDF9基因A959C位点C等位基因和BMP15基因G735A位点A等位基因与晋岚绒山羊高产羔数呈极显著正相关,可作为分子标记对晋岚绒山羊进行辅助育种。     

SIX1基因表达及其多态性与绵羊季节性繁殖和产羔数的关联分析

为探究繁殖组织中SIX1基因的表达水平及其多态性与绵羊季节性繁殖和产羔数之间的关系,本实验通过实时荧光定量PCR(qPCR)研究SIX1基因在不同产羔数(单羔组和多羔组)小尾寒羊卵巢、子宫体、输卵管组织中的表达情况,同时利用Sequenom MassARRAY?SNP技术检测多羔品种(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊共560只)和单羔品种(滩羊、苏尼特羊、草地型藏羊共204只)中SIX1基因g.69738971 TG的多态性,并与其中有产羔数记录的380只小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:SIX1基因在小尾寒羊卵巢、子宫体、输卵管组织中均表达,且单羔组的子宫体中SIX1基因表达量显著高于多羔组(P0.05);分型结果表明,SIX1基因g.69738971 TG位点共存在TT、GT和GG 3种基因型,且基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种(即高、低繁殖性能的母羊)间差异均极显著(P0.01);卡方适合性检验表明,该位点在6个绵羊品种中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);该位点多态性与小尾寒羊第1、2及第3胎产羔数均显著相关(P0.05),即野生型(TT)各胎产羔数均显著高于突变型(GT和GG)。综上,SIX1基因表达与绵羊繁殖有关,该基因表达水平与绵羊产羔数可能存在一定程度的负相关,其g.69738971 TG位点可作为控制绵羊季节性繁殖和产羔数性状的一个潜在分子标记位点。     

夷陵绵羊KISS1基因多态性及其与产羔数的关联分析

本研究检测了肿瘤转移抑制基因（KISS1）在夷陵绵羊群体中的遗传多样性,并与产羔数进行关联分析,旨在研究KISS1基因的单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）对绵羊繁殖性状的影响。结果表明,KISS1基因在夷陵绵羊群体中存在14个SNP位点,其中11个SNP位点为非同义突变,这些SNPs共形成3个连锁区块;g.5765C>T对产羔数有显著影响,CC基因型母羊的产羔数比CT基因型的多0.45只。综上所述,KISS1基因与绵羊的繁殖性状密切相关,该基因g.5765C>T位点显著影响绵羊产羔数。     

绵羊MMP-2基因多态性与产羔数的关联分析

采用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY~?SNP技术,研究基质金属蛋白酶2(Matrix Metallopeptidase 2,MMP-2)基因g.23253382CT、g.23250947CT两个位点在多羔绵羊品种(湖羊、策勒黑羊和小尾寒羊)和单羔绵羊品种(萨福克羊、滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)中的多态性及其与小尾寒羊产羔数的关联。结果表明:MMP-2基因g.23253382CT和g.23250947CT位点在单、多羔绵羊品种中均存在CC、CT、TT三种基因型,且2个位点的基因型频率和等位基因频率在单、多羔品种间差异均不显著(P0.05)。g.23253382CT位点在单、多羔绵羊品种中均表现为低度多态(PIC0.25);g.23250947CT位点在策勒黑羊和苏尼特羊中表现为低度多态,在其余5个品种中表现为中度多态(0.25PIC0.5)。g.23253382CT、g.23250947CT两个位点在7个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)。关联分析表明,MMP-2基因位点g.23253382CT、g.23250947CT的不同基因型与小尾寒羊第1、2、3胎次的产羔数均无显著关联(P0.05)。可见,MMP-2基因g.23253382CT、g.23250947CT不适于小尾寒羊产羔性状的选育。     

黔北麻羊UCP2基因组织表达及其多态性与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨黔北麻羊解耦联蛋白2(uncoupling protein 2,UCP2)基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为黔北麻羊的育种改良提供理论依据。以200头6月龄黔北麻羊为研究对象,采用直接测序法检测黔北麻羊UCP2基因的SNP位点,并将其与黔北麻羊生长性状进行关联分析;实时荧光定量PCR检测UCP2基因在黔北麻羊不同组织中的表达水平。结果显示,UCP2基因存在4个SNPs位点,分别为:g.29614172 AG、g.29619320 GT、g.29619721 CT和g.29620037 AG,均产生3种基因型,其中g.29619320 GT和g.29620037 AG为错义突变,g.29619320 GT突变导致甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys),g.29620037 AG突变导致苏氨酸(Thr)突变为丙氨酸(Ala)。多态信息含量显示,4个SNPs位点均表现为中度多态(0.25PIC0.5)。χ~2检验结果表明,g.29614172 AG、g.29619721 CT和g.29620037 AG突变位点在黔北麻羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),g.29619320 GT突变位点极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。连锁不平衡分析显示,g.29619320 GT和g.29619721 CT位点具有强连锁效应。实时荧光定量PCR结果表明,UCP2基因在黔北麻羊各组织中均有不同程度的表达,其在肺脏中的表达量最高,其次是脾脏、肝脏和心脏,其余组织表达量较低。关联性分析结果表明,g.29614172 AG位点AG和GG基因型个体体重、体斜长、胸宽、胸深、胸围及管围均显著高于AA基因型,g.29619320 GT位点TT基因型个体胸深、胸围及管围均显著高于GT和GG基因型,g.29619721 CT位点CT基因型个体体高显著高于CC和TT基因型,g.29620037 AG位点GG基因型个体体重、胸深及管围均显著高于AG和AA基因型个体(P0.05)。本试验结果初步揭示UCP2基因对黔北麻羊部分生长性状有显著影响,发现的4个SNPs位点可作为黔北麻羊经济性状选择的遗传标记。     

南疆绵羊FSHR基因第10外显子多态性检测及序列分析

为了研究多浪羊和卡拉库尔羊促卵泡素受体(FSHR)基因第10外显子的多态性及其与多浪羊胎次产羔数相关性,试验采用PCR-SSCP和直接测序的方法进行研究。结果表明:多浪羊和卡拉库尔羊FSHR基因第10外显子存在3个突变位点,分别为Arg 1 328 Lys、Gln 1 334 Pro和Asp 1 342Asn,均属于错义突变。在1 328位点有等位基因A和B,基因型仅为AA和AB;在1 334位点有等位基因C和D,基因型只有CD和DD;在1 342位点有等位基因E和F,基因型为EE、FF和EF。多浪羊与卡拉库尔羊在1 334位点基因型分布存在显著差异(P0.05),其他两位点差异不显著(P0.05);FSHR基因多态性与多浪羊胎次产羔数之间差异不显著(P0.05),表明FSHR基因第10外显子对多浪羊产羔数没有显著影响(P0.05)。     

山羊ESR基因多态性及其与产羔数的相关性研究

为了研究雌激素受体(ESR)基因是否与崂山奶山羊和莱芜黑山羊的产羔数相关,试验采用PCR-SSCP方法对120只崂山奶山羊和80只莱芜黑山羊的ESR外显子1和4的多态性进行检测,并探索其与产羔数的相关性。结果表明:崂山奶山羊和莱芜黑山羊ESR外显子1和4的SSCP均呈现一种带型,命名为AA基因型(野生型),不存在多态性。说明ESR基因与崂山奶山羊和莱芜黑山羊的产羔数无关,不能作为其多胎性状的候选基因。     

寒泊羊群体中BMPR-IB基因多态性及其对胎产羔数的影响

旨在揭示寒泊羊群体BMPR-IB基因位点发生突变的多态性,以及其不同基因类型对母羊胎产羔数的影响。利用PCR-RFLP方法判定寒泊羊个体BMPR-IB基因位点的基因类型,统计不同基因型在寒泊羊种群体中所占比例,并运用相关性分析以及多元线性回归分析法,探究不同基因型和不同胎次对母羊胎产羔数的影响。结果:BMPR-IB基因在寒泊羊群体中有BB、B+和++ 3种基因类型,其基因型频率分别为16.66%、33.34%和50.00%。初产母羊BB、B+和++基因型的平均胎产羔数分别为1.87、1.73和1.32只;经产母羊BB、B+和++基因型的平均胎产羔数分别为2.30、2.12和1.54只。母羊所携带的B基因的数量、胎次都与胎产羔数呈显著正相关,其中B基因的影响最大。结论:BMPR-IB基因在寒泊羊种群中存在BB、B+和++3种基因类型,其基因型频率分别为16.66%、33.34%和50.00%,B基因对胎产羔数具有正效应。     

萨×哈杂交母羊GHRH基因与生长性状关联分析

为探讨GHRH基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记,对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊GHRH基因rs400079090和rs419322328位点的多态性及其与生长性状的关联性进行了研究。结果表明：rs400079090位点检测到3个基因型,rs419322328位点TT基因型缺失;rs419322328位点GG基因型个体胸宽显著大于GT基因型个体（P〈0.05）,体斜长极显著小于GT基因型个体（P〈0.01）。说明GHRH基因2个SNP位点多态性对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因。     

BMPR-IB基因在寒泊羊群体中的增羔效应、遗传规律及育种应用分析

旨在揭示BMPR-IB基因在寒泊羊种群中的多态性及遗传学规律,探讨将BMPR-IB基因第746位碱基发生的A→G突变（FecB突变）作为分子标记进行绵羊多胎品种选育的科学性。本研究对寒泊羊育种核心群的健康种公羊、繁殖母羊、羔羊共计1 267只绵羊个体进行采血,利用PCR-RFLP方法判定个体BMPR-IB基因位点的基因型并进行群体遗传学分析。对繁殖母羊共计980胎次的产羔记录进行统计,分析FecB突变、胎次及产羔季节对胎产羔数性状的影响。统计所设计杂交组合后代共计167只健康羔羊的基因型比例。结果表明,BMPR-IB基因在寒泊羊种群中有BB、B+和++3种基因型,其基因型频率分别为1.97%、73.40%和24.63%,等位基因B和+的频率分别为38.67%、61.33%;BB、B+和++基因型繁殖母羊的平均胎产羔数分别为2.69、1.91、1.57只,目前寒泊羊种群的胎产羔数平均为1.85只;若经过品种选育使寒泊羊个体中增加一个B基因拷贝,胎产羔数预期增加0.44只;父母本杂交组合为B+×++的后代中B+和++基因型的比例为1.11：1,父母本杂交组合为B+×BB的后代中BB和B+基因型的比例为0.82：1,均符合孟德尔分离定律;预测经过6个世代的选育,可使寒泊羊种群母羊基本实现胎产羔数2只的育种目标。本研究结果为绵羊育种实践中制定选种和选配方案提供了理论基础。     

BMPR-IB基因在寒泊羊群体中的增羔效应、遗传规律及育种应用分析

旨在揭示BMPR-IB基因在寒泊羊种群中的多态性及遗传学规律,探讨将BMPR-IB基因第746位碱基发生的A→G突变(FecB突变)作为分子标记进行绵羊多胎品种选育的科学性。本研究对寒泊羊育种核心群的健康种公羊、繁殖母羊、羔羊共计1 267只绵羊个体进行采血,利用PCR-RFLP方法判定个体BMPR-IB基因位点的基因型并进行群体遗传学分析。对繁殖母羊共计980胎次的产羔记录进行统计,分析FecB突变、胎次及产羔季节对胎产羔数性状的影响。统计所设计杂交组合后代共计167只健康羔羊的基因型比例。结果表明,BMPR-IB基因在寒泊羊种群中有BB、B+和++3种基因型,其基因型频率分别为1.97%、73.40%和24.63%,等位基因B和+的频率分别为38.67%、61.33%;BB、B+和++基因型繁殖母羊的平均胎产羔数分别为2.69、1.91、1.57只,目前寒泊羊种群的胎产羔数平均为1.85只;若经过品种选育使寒泊羊个体中增加一个B基因拷贝,胎产羔数预期增加0.44只;父母本杂交组合为B+×++的后代中B+和++基因型的比例为1.11∶1,父母本杂交组合为B+×BB的后代中BB和B+基因型的比例为0.82∶1,均符合孟德尔分离定律;预测经过6个世代的选育,可使寒泊羊种群母羊基本实现胎产羔数2只的育种目标。本研究结果为绵羊育种实践中制定选种和选配方案提供了理论基础。