基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究

为了解香炉山鸡遗传多样性丰富程度,本研究利用PCR扩增结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,采用21个微卫星标记对121只香炉山鸡遗传多样性进行分析。结果显示:香炉山鸡共检测出85个等位基因,平均等位基因数为4.047 6,有效等位基因数为2.955 0,Shanon指数为1.170 8,多态信息含量为0.580 7,观察杂合度为0.575 7,期望杂合度为0.637 1。可见,香炉山鸡群体遗传多样性比较丰富,群体内杂合度比较高,还存在一定的选育空间。     

香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究

试验旨在研究香炉山鸡的遗传多样性与系统进化。利用PCR扩增结合双向测序的方法对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop(mtDNA D-Loop)区全长序列进行分析,并对mtDNA D-Loop区全长序列组成、变异与母系起源进行探讨。结果发现,香炉山鸡mtDNA D-Loop区全长序列为1 231～1 233 bp,A、T、C、G碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中单一多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失。遗传多样性分析发现,单倍型多样度为0.814,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,保种效果较好,具有一定的选育空间。经Tajima Test检测发现,Tajima’s D值为0.39378,检验结果不显著(P0.10),符合中性突变。聚类分析结果显示,香炉山鸡与红色原鸡聚为一支,说明香炉山鸡起源于红色原鸡;在分支内部又有4个分支,说明香炉山鸡存在多个母系起源。研究结果可为香炉山鸡种质资源保护与开发利用提供一定的参考数据。     

林甸鸡绿壳蛋、隐性白、快慢羽性状的遗传基础分析

试验旨在研究影响绿壳蛋、隐性白和快慢羽性状的SLCO1B3、TYR和K基因型在林甸鸡群中的分布情况。通过PCR和电泳技术分别对影响林甸鸡绿壳蛋、隐性白和快慢羽性状的SLCO1B3、TYR和K基因突变位点进行分型工作,发现产绿壳蛋的林甸鸡携带SLCO1B3-O等位基因,SLCO1B3-OO型占12.5%,SLCO1B3-Oo型占87.5%;林甸鸡中白羽个体基因型为TYR-cc,非白羽个体中有19.3%的鸡携带TYR-c等位基因,基因型为TYR-Cc;在林甸鸡中检测到慢羽型鸡占7.8%,快羽型鸡占92.2%。通过追溯试验群体的系谱结构,发现影响林甸鸡绿壳蛋性状SLCO1B3基因、隐性白性状的TYR基因和快慢羽性状的K基因的突变位点在上下代传递过程中符合孟德尔遗传规律。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104~0.7396,等位基因片段大小为97~285 bp;有效等位基因数为1.7581~8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104～0.7396,等位基因片段大小为97～285 bp;有效等位基因数为1.7581～8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

利用微卫星标记分析天山雪鹅肉用品系遗传结构

本试验利用7个微卫星位点分析天山雪鹅肉用品系群体的等位基因频率、有效等位基因数、平均基因杂合度、平均多态信息含量,用以评估品系的选育强度和纯度。结果显示,天山雪鹅肉用品系7个微卫星座位的平均多态信息含量为0.4979,基因组DNA呈中度多态性;平均群体杂合度为0.5367,表明该群体的遗传基础一致性较高,说明天山雪鹅肉用品系经过5个世代的群体继代选育,遗传性能趋于稳定,基因纯度已达一定的水平,但仍需根据选育目标进行进一步选育。本试验选出的CKW11、CKW14、CKW43 3个高度多态性位点,为后期进行微卫星标记与天山雪鹅生产性能的相关性分析奠定了基础。     

五指山猪小群体遗传学检测

本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)。统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大。     

五指山猪小群体遗传学检测

本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC).统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大.     

13个鸡品种NLRC5基因外显子8多态性分析

本研究采用PCR-SSCP方法对13个鸡品种的NLRC5基因外显子8的多态性进行了SNP检测,共检测到2个等位基因,2种基因型,其中北京油鸡、固始鸡、皖南三黄鸡、大骨鸡群体中检测到AA和AB两种基因型,其余群体中只检测出AA基因型。序列分析结果显示,在NLRC5基因外显子8的43bp处存在G/A突变,将该突变翻译为氨基酸仍然为缬氨酸,因此该突变是一个同义突变;卡方适合性检验结果显示:13个鸡品种均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);根据群体遗传变异分析,13个鸡品种均处于低度多态或无多态(PIC<0.25)。本研究为NLRC5基因作为一种新兴研究的抗性基因是否能为鸡抗病性状选育工作的分子标记提供了初步的参考。     

巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交后代ESR基因和FSHβ基因多态性的检测

本研究采用PCR和酶切方法检测了32头巴克夏猪、48头霍寿黑猪、105头巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因和FSHβ基因多态性,并分析多态位点在3个猪群中的分布特征。结果表明:巴克夏猪ESR基因PvuII酶切位点仅检测到AA型;霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB和BB型频率高于AA型,等位基因B频率高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB型频率依次高于AA和BB型,等位基因A频率高于B。巴克夏猪FSHβ基因呈中度多态,BB型频率依次高于AB和AA型,等位基因B频率高于A;霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率高于BB和AA型,等位基因B频率略高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率依次高于BB和AA型,等位基因B频率高于A。本研究结果为开展猪产仔数的标记辅助选择提供了基础。     

Study on Genetic Diversity and System Evolution of mtDNA D-Loop Region in Xianglushan Chicken

This study was aimed to analyze the genetic diversity and phylogenetic evolution in Xianglushan chicken.The full-length sequences of mitochondrial DNA D-Loop (mtDNA D-Loop) region of 121 Xianglushan chickens were analyzed by PCR amplification combined with bidirectional sequencing,and the composition,variation and maternal origin of mtDNA D-Loop region were discussed.The results showed that the total length of mtDNA D-Loop region in Xianglushan chicken was 1 231-1 233 bp.The contents of A,T,C and G were 26.62%,33.55%,26.49% and 13.34%,respectively.The content of T was the highest,the content of G was the lowest,and the content of A+T was significantly higher than that of G+C,it indicated that region might have certain base hobbies.Analysis of 121 full-length sequences were found to coexist in 11 haplotypes and 26 mutation sites,of which 2 were single polymorphic information sites,24 were simple information sites,4 bases were inserted and 2 bases were missing.The genetic diversity analysis results showed that the haplotype diversity was 0.814,the nucleotide diversity was 0.00447,the average nucleic acid difference was 5.494,which indicated that the genetic diversity of Xianglushan chicken was relatively rich,the effect of preservation was better,which had a certain breeding space.Tajima's D was 0.39378 and the test results were not significant (P>0.10),in line with neutral mutations.The cluster analysis results showed that Xianglushan chicken and Gallus gallus gathered as one,indicating that Xianglushan chicken originated from Gallus gallus, and there were 4 branches inside the branch,indicating that Xianglushan chicken had many matrilineal origins.The results could provide some reference data for the protection and exploitation of pheasant germplasm resources in Xianglushan chicken.     

鸡黄胫基因BCDO2的多态性分析

本研究设计PCR-RFLP方法,检测了农大隐性白C系、白来航、北京油鸡、三黄鸡、丝羽乌骨鸡、寿光鸡、菊花鸡、茶花鸡8个品种的BCDO2基因多态性,其中农大C系、白来航、北京油鸡均为GG纯合型,茶花鸡表现为AA纯合型;而丝羽乌骨鸡、寿光鸡和菊花鸡等品种的BCDO2基因的杂合度分别为0.5、0.4、0.13;本试验所用的三黄鸡品系为培育品系,也存在一定的杂合度,研究结果说明黄皮肤基因在我国多个地方品种还没有进行过选择。本研究还检测了BCDO2基因在三黄鸡和农大隐性白C系鸡种背部皮肤的表达量,结果显示,三黄鸡的BCDO2基因表达量高于农大C系,推测BCDO2基因的表达对背部皮肤的颜色仍起着重要的作用,并认为鸡躯干部皮肤与胫部皮肤色素的不对称分布主要由不同部位皮肤的组织特点和类胡萝卜素的化学性质决定。     

隐性白肉鸡羽速自别雌雄系的选育(1)

本研究根据现代遗传学基因测交理论,共用32只表型慢羽公鸡与245只快羽母鸡组成测交试验.结果表明,所测的32只公鸡无一只为纯合慢羽基因型.但发现测交后代的快慢羽分布比例与孟德尔遗传上的分离定律完全吻合.同时通过混合精液输精,实施扩群繁育,其中选留慢羽种母雏1460只,表型慢羽种公雏150只,从而为建立隐性白鸡慢羽系奠定了基础.     

家鸡羽色性状遗传调控机制研究进展

自然界中鸟类呈现出丰富的羽毛颜色,羽色性状在躲避天敌、捕食、求偶及抵御紫外线等方面都具有重要作用。对鸡羽毛颜色性状的研究有助于加强品种区分、识别,在育种工作中建立品种间的显著标识和保障同一品种外观整齐尤为重要。羽毛颜色是禽类表型遗传研究的重要组成部分,它主要由黑色素和类胡萝卜素所决定。目前鸡羽毛颜色性状遗传调控机制的研究大多集中在黑色素相关通路,其中,Wnt、KIT/KITL和EDN3/EDNRB等信号通路对黑素细胞的生长发育、迁移和分化具有重要的调控作用,α-MSH/ASIP-MC1R信号通路负责调控黑色素的合成。已有研究显示,通过全基因组范围内的遗传变异检测技术挖掘与羽色性状相关的基因和变异位点,可以揭示黑羽、麻羽、显性白羽、隐形白羽、常染色体白化、银羽、性连锁不完全白化、深棕色羽、淡紫色羽(灰羽)、非依赖酪氨酸酶的隐性白羽、斑点羽和性连锁横斑羽(芦花羽)等多种羽色性状的遗传调控机制。此外,以图灵模型为理论基础可以解释复杂羽色图案的形成机制。作者通过总结黑色素相关调控通路与图灵模型对家鸡羽毛颜色性状的遗传调控机制,对近年来已经确定基因座的家鸡羽毛颜色性状相关研究展开综述,以期为鸡羽色分子机制研究以及在育种过程中开展鸡羽色性状标记辅助选择提供参考。     

安徽省禽白血病感染的血清学调查及gp85基因的扩增

随机抽取安徽省3个肉种鸡场种鸡及3个地市农贸市场商品鸡的血清样本和泄殖腔拭子,采用ELISA进行鸡白血病检测,并对J亚群鸡白血病病毒抗体阳性鸡群中病鸡的肝组织、全血及上毒细胞提取DNA进行PCR扩增和基因测序。检测结果表明,3个肉种鸡场中J亚群鸡白血病抗体阳性检出率分别为：0、73.50%和15.22%;3个农贸市场商品鸡抗体阳性检出率分别为：12.00%、2.22%和9.10%。3个肉种鸡场A、B亚群鸡白血病的抗体阳性率分别为0、17.93%和1.08%,ALV抗原阳性率分别为2.17%、17.93%和15.22%。PCR检测结果表明,从可疑发病鸡的肝组织和全血中均能扩增出ALV-J gp85特异性片段。结果证实安徽省鸡群中有ALV-J感染,并呈不同程度的流行,应引起高度重视。     

草原红牛群体中微卫星DNA多态性的研究

选用草原红牛42头作为试验牛群体,经过牛血液基因组DNA的提取、8对微卫星引物的PCR扩增、扩增产物的聚丙烯酰胺电泳分型、UVIBAND计算机凝胶成像分析系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型、PPAP3.0软件计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等步骤,从分子水平上分析了草原红牛在8个位点的遗传多态性。结果表明,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量分别为0.542 0,0.673 6,0.521 8和0.575 0,这4个位点为高度多态位点。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别2、2、2和5,多态信息含量分别为0.369 8,0.360 4,0.353 8和0.470 8,属于中度多态性位点。8个位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

雏鸡肠组织β1基因的鉴定及时空表达特性

设计1对引物,建立RT—PCR方法对β1基因mRNA进行鉴定;以GAPDH基因为内参,建立检测鸡β1基因表达水平的sYBRGreenI实时荧光定量PCR方法,并用此方法测定1～20日龄雏鸡不同肠段组织81基因表达水平。结果显示,从鸡肠组织成功鉴定出β1基因mRNA;检测内参基因GAPDH和目的基因β1的实时荧光定量PCR方法扩增效率一致（扩增曲线斜率差〈0．1）,满足使用比较Ct值法对B1基因mRNA进行相对定量分析的前提;扩增曲线、熔解曲线及凝胶电泳结果提示该方法特异性好。实时荧光定量PCR检测结果表明,1日龄雏鸡十二指肠和盲肠、10日龄雏鸡空肠和直肠、5日龄雏鸡回肠组织中β1基因相对表达量最高。结果表明,鸡肠组织中存在β1基因表达,并在不同日龄不同肠段表达水平存在差异。     

地方鸡种与隐性白羽鸡遗传变异的AFLP指纹

利用6对AFLP引物组合对我国12个地方鸡种和引进鸡种隐性白羽鸡进行了遗传检测,统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了13个鸡种的遗传相似系数和遗传距离,并据此构建了UPGMA聚类关系图,分析了所研究鸡种的遗传关系.结果表明:6对AFLP引物组合在13个鸡种中共检测到290条多态性条带,平均每个引物组合产生48.3奈多态性标记,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带,其中寿光鸡和东乡黑鸡最多,为9条,旧院黑鸡、兴义矮脚鸡和隐性白羽鸡最少,为1条.13个鸡种聚为4类,其中隐性白羽鸡单独聚为一类,鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与各个鸡种的地理分布、现实状况相吻合,从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种的遗传多态性分析、品种鉴定及品种间亲缘关系分析是可行的.     

野猪、松辽黑母猪及其杂交一代多性状功能基因分子遗传标记研究

本研究旨在应用"中芯一号"家猪分子育种基因芯片了解试验猪群重要经济性状功能基因遗传变异,为选留优秀育种个体提供有效信息。选择影响猪脂肪沉积、肉质、生长、抗病和被毛表型等性状功能基因有效突变位点作为分子遗传选育标记,以野猪、松辽黑母猪及其杂交一代共计106头个体作为实验动物模型,通过"中芯一号"猪分子育种芯片检测,对试验猪不同性状功能基因有效突变位点进行统计分析。结果表明,猪脂肪沉积性状功能基因（SCD和MYH4）有效突变位点在试验猪群中全部是肌内脂肪沉积有利基因型（CC、TT）;肉质性状功能基因（PHKG1、PRKAG3和RYR1）有效突变位点,除了21头猪携带有RYR1功能基因有效突变位点对肉质性状不利的等位基因T外（杂合基因型CT）,其他个体全部为肉质性状有利基因型（CC、GG、CC）;抗病性状功能基因MUC13有效突变位点的抗病有利等位基因纯合基因型（GG）所占比例高于杂合（GA）和不利等位基因纯合基因型（AA）;生长性状功能基因（HMGA1、VRTN和CCKAR）有效突变位点检测发现,猪群中没有增加体长趋势的HMGA1突变位点的TT基因型个体,仅有1个杂合体;肋骨数功能基因VRTN有效突变位点T等位基因频率高,对个体的胸椎数有增加趋势;功能基因CCKAR有效突变位点全部是有利于增加采食及日增重的C等位基因纯合基因型;被毛表型性状KIT功能基因有效突变位点在所有检测猪个体呈现出GG基因型,说明研究猪群中不存在影响白色被毛表型的基因突变位点,与试验猪群被毛表型结果一致。以上结果为猪群进一步育种规划提供了有益信息。     

延边黄牛脂蛋白脂肪酶基因多态性及其与肉质性状的关联分析

为探究延边黄牛脂蛋白脂肪酶（lipoprteinlipase,LPL）基因遗传多态性及其对肉质性状的影响,本试验以80头健康的30月龄延边黄牛背最长肌作为试验材料,运用PCR直接测序法和高分辨率熔解曲线技术（HRM）对LPL基因的SNP位点进行检测,分析了试验群体的遗传效应,并与延边黄牛的肉质性状数据进行关联分析。PCR直接测序结果表明,延边黄牛LPL基因存在2个多态性位点（g.6215 A>G和g.18341 C>T）,其中g.6215 A>G位点表现为2种基因型：AA与AG,优势等位基因为A;g.18341 C>T位点表现为2种基因型：CC和CT,C为优势等位基因;对文献中2个位点的检测结果表明,g.355427 T>A位点表现为2种基因型：AA与AT,A为优势等位基因;c.322 G>A位点的HRM分型结果显示并未分型。这些多态性位点全部呈中度多态（0.25<PIC<0.5）,并处于Hardy-Weinberg平衡状态。HRM分型结果显示,这3个SNPs位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关：g.6215 A>G位点与延边黄牛胴体重及脂肪、蛋白、水分含量有显著关联,表现为AG基因型个体胴体重、脂肪含量显著高于AA基因型个体（P<0.05）,AA基因型个体蛋白及水分含量显著高于AG基因型个体（P<0.05）;g.18341 C>T位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及背膘厚有显著关联,表现为CT基因型个体这些性状均显著高于CC基因型个体（P<0.05）;g.355427 T>A位点AT基因型个体宰前活重、背膘厚和脂肪含量均高于AA基因型个体（P<0.05）。综上,LPL基因g.6215 A>G、g.18341 C>T和g.355427 T>A位点对延边黄牛的肉质有显著影响,LPL基因可以作为延边黄牛品种选育改良工作的优势候选基因和有效分子标记。