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基于SCoT标记的陕西茶树种质资源遗传多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为了明确陕西省本地群体种茶树种质资源的遗传多样性,为茶树育种提供依据。采用正交设计和单因素分析方法,对茶树SCoT-PCR体系进行优化。结果表明:20μL最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L,Taq酶0.75U,引物0.7μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DNA 30ng。利用该体系对22份陕南茶树地方品种材料进行分析,扩增条带多且清晰,22条引物共检测出241个等位位点,其中多态性位点228个,多态性比率为94.6%,位点的PIC值为0.57~0.92。供试材料之间的遗传相似系数为0.58~0.89,平均值达到0.72。基于SCoT标记的聚类与茶树叶片形态有很大的相关性。研究表明茶树SCoT体系结果稳定,重复性好,为后续研究茶树资源遗传多样性提供技术支撑。 相似文献
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利用SCoT分子标记对28份猕猴桃种质资源进行遗传多样性和UPGMA聚类关系研究。结果表明,8条引物对供试猕猴桃材料显示多态性,共扩增出75条清晰的条带,平均每条引物扩增9.1个多态性条带,多态性比率为97.3%。遗传相似系数在0.47~0.86,显示供试的猕猴桃种质资源具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,在遗传相似系数0.64处可将28份猕猴桃种质划分为3个明显的聚类分支,部分中华猕猴桃、2个软枣猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚类,显示中华猕猴桃、软枣猕猴桃与美味猕猴桃具有较高的遗传相似性,种质亲缘关系较近;部分中华猕猴桃种质遗传变异较高,并与大籽猕猴桃有较近的遗传关系。 相似文献
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[目的]分析48份杨桃种质的遗传多样性,为杨桃种质资源的鉴定保护及开发利用提供理论依据.[方法]从60条SCoT引物中筛选出扩增条带清晰稳定、多态性丰富的引物,对从国内外收集的48份杨桃种质材料进行PCR扩增,统计分析电泳图谱,利用Popgene 1.32计算其遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数和遗传距离,利用UPGMA法进行聚类分析,并根据遗传相似系数进行主成分分析.[结果]从60条SCoT引物中筛选出的11条引物共扩增出115条条带,其中多态性条带102条,占总条带数的88.7%,每条SCoT引物扩增的总条带数(TNB)和多态性条带数(NPB)分别为10.45和9.27条,多态性比率(PPB)为70.00%~100.00%,平均为88.84%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.77、1.7758、0.4229和0.6061.48份杨桃种质间的遗传相似系数为0.4957~0.9217,平均为0.6841.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.6618处可将48份杨桃种质划分为三大类群,第Ⅰ类群均为甜杨桃种质,第Ⅱ类群以酸杨桃种质为主,第Ⅲ类群以甜杨桃种质为主.主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,均与杨桃的果实风味和种质来源高度相关.[结论]杨桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,且筛选获得的SCoT引物对杨桃种质资源有较高的多态性检测率,适用于杨桃种质资源鉴别及亲缘关系分析. 相似文献
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《西南农业学报》2020,(7)
【目的】分析卡特兰属(Cattleya)植物的遗传多样性并评价其亲缘关系,为卡特兰的品种鉴别、分类、遗传图谱构建及分子育种打下基础。【方法】采用ISSR分子标记技术,从100条ISSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物对18份卡特兰种质资源进行PCR扩增,并利用GenAlEx 6.51计算各种间的遗传多样性参数;采用NTSYS 2.1的非加权算术平均聚类(UPGMA)法进行聚类分析。【结果】利用筛选出的6条引物对供试材料进行PCR扩增获得153条谱带,多态性条带比率达100%;遗传多样性参数中,平均观测等位基因数(Na)为2.000个,平均有效等位基因数(Ne)为1.207个,平均Nei’s遗传多样性指数(He)为0.157,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.281;卡特兰种质资源间的遗传相似系数在0.6514~0.8991;UPGMA聚类分析结果表明,在相似系数0.749处,可将18份卡特兰种质资源划分为6个类群。【结论】卡特兰种质资源间具有丰富的遗传多样性;UPGMA聚类分析结果与传统的形态学分类结果基本一致,18份卡特兰种质资源分别隶属于卡特亚属、波浪边亚属、类匈伯加亚属、镰刀形花亚属、因特美地亚属、藕茎花亚属和圈聚花兰属7个属。 相似文献
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为拓宽茄子遗传基础,加快选育适合内蒙古地区种植的茄子新品种,对65份茄子种质资源的20个形态学性状进行遗传多样性分析,结果表明:20个性状在供试材料之间存在丰富的遗传变异,变异范围在16.40%~102.68%,果形、单果重、果实纵径、果实横径、果形指数等与果实有关的性状均表现出较高的遗传变异;果皮色、果萼颜色、首花节位与茎色呈极显著正相关,果形与果肉色、果顶形状呈极显著正相关;单果重与果顶形状、果形呈极显著负相关;聚类结果较分散,大致可分为5个大类9个亚类,近缘野生茄和栽培茄与其近缘野生茄划分明显. 相似文献
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基于SRAP标记的烟草种质资源遗传多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为从分子水平上揭示烟草种质资源的遗传背景和亲缘关系,采用SRAP分子标记方法,对烟草属5个种共134份种质进行了遗传多样性与亲缘关系分析.结果表明:从228对SRAP引物中筛选出15对多态性、稳定性好的引物,15对引物在134个材料上共获得241条多态性条带,多态性比例为81.7%.134份材料间的遗传距离为0.0213~0.5802,遗传多样性较丰富.在遗传相似系数为0.57时,被聚为5个大类群,相同栽培类型的烟草并未明显的聚为一类.可较好地从分子水平反映这些烟草品种(系)间的遗传背景和亲缘关系. 相似文献
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【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(He)为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(FST)平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(Nm)平均为4.627(Nm> 1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei... 相似文献
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马蔺种质资源AFLP标记遗传多样性分析 总被引:4,自引:0,他引:4
利用AFLP技术,选择EcoRⅠ/MesⅠ这一酶切组合,应用18对EcoRⅠ 3/MesⅠ 3引物组合进行选择性扩增,检测10个马蔺种群的基因组DNA多态性.共扩增出1 164个遗传位点,其中752个多态位点,多态率为65.11%.并通过Jaccard的方法将电泳带矩阵转化为遗传相似性系数矩阵,进行UPGMA聚类分析.结果表明,当取阈值为0.74时,可以将10个种群分为4大类群.长春马蔺与其他种源的亲缘关系较远,单独聚为一类;宁夏固原、甘肃民勤、武威、北京、山东泰山5个种群亲缘关系较近,聚为一类;内蒙古太仆寺和西乌旗、新疆乌鲁木齐聚为一类;河北涿洲马蔺种群单独聚为一类.马蔺群体间的亲缘关系远近与其所处的地理位置有很大的关系,尤其与纬度因子的关系十分密切. 相似文献
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苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析 总被引:5,自引:2,他引:5
【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314(33.48%)条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093~0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。 相似文献
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选取适宜海南地区生长的34份果桑资源,通过可靠的SRAP分子标记技术,进行果桑种质的遗传多样性分析研究,探索果桑种质之间的亲缘关系。结果表明:从100对SRAP引物组合中筛选获得16对扩增多态性高的引物组合,共扩增清晰的条带108条,其中多态性条带93条,平均多态性比率为86.11%,平均每对引物组合扩增6.75条。针对遗传多样性指数进行分析,结果表明,观测等位基因数(Na)为1.8704,有效等位基因数(Ne)为 1.5200,Nei''s 基因多样性指数(H)为 0.3022,Shannon''s 信息指数(I)为 0.4510。统计遗传相似系数为0.491~0.954,表明34份果桑种质之间遗传多样性比较高。根据UPGMA 聚类分析图,在遗传相似系数为0.32处,供试34份果桑种质可归属为五大类群,其中第Ⅰ类群27 份,占 79.41%,包括大部分果桑供试材料;第Ⅱ类群3 份种质,占8.82%,分别为嘉陵30号、云桑2号、本地桑HNQZ01;第Ⅲ类群和第Ⅳ类群各1份种质,分别为红宝石和长果桑,分别占 2.94%;第Ⅴ类群包括 2份种质,分别为香金葚、长相思,占5.88%。研究结果将为果桑种质资源的鉴定、评价及优良品种选育提供科学依据。 相似文献
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利用简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记技术分析了172个桑树品种(系)的遗传多样性,结果表明,10对SSR引物在172份材料中共检测出了67个等位变异,平均每对引物检测到6.7个等位变异,其中多态性标记为66个,多态性比率为98.51%。利用种间的遗传相似性系数进行聚类分析,可将5个种分为三类,白桑、鲁桑、广东桑可聚为一类,山桑、瑞穗桑各为一类。其中白桑与鲁桑的亲缘关系最近,相似性系数为0.9935,山桑和瑞穗桑的亲缘关系最远,相似性系数为0.6866,这一结果与桑树形态学的分类结果大体一致。 相似文献
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基于SSR标记的燕山板栗种质资源遗传多样性分析 总被引:1,自引:1,他引:0
利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2~6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5~0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。 相似文献
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【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954~1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043~0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309~0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%~29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。 相似文献