Let-7基因家族序列分析及其在鹅生殖周期内的表达变化

近年来有研究表明Let-7家族成员(Let-7s)在动物生长发育过程中起着重要的调节作用,其不仅与肿瘤发生发育有关,还参与了雌性动物的生殖。为揭示let-7家族在鹅(Anser cygnoides)生殖周期内的表达变化规律,通过查阅现有文献与mi RBase检索let-7家族各成员序列,利用NCBI与Ensembl数据库,确定let-7s在各物种基因组中的位置。同时利用q RT-PCR检测鹅生殖周期内卵巢组织let-7s表达量。结果共搜索到300多条脊椎动物let-7s序列,包含11个成员(let-7a、let-7b、let-7c、let-7d、let-7e、let-7f-5p、let-7g、let-7h、let-7i、let-7j、let-7k),let-7s在真核动物中分布广泛,且保守性高;大部分成员均位于基因间隔区(intergenic region,IGR),仅let-7e、let-7f-5p和let-7g三者在哺乳动物中定位在基因区。q RT-PCR检测结果显示,let-7g与let-7h在就巢期的表达量显著高于开产前期、产蛋期和产蛋后期(P0.01),而let-7a、let-7b、let-7c和let-7f-5p在产蛋期和就巢期表达量差异不显著(P0.05)。因此,Let-7s家族在进化中保持着高度保守性,且let-7g和let-7h在鹅生殖周期内有着一定的调节作用。本研究为深入探究let-7家族在鹅生殖期间的调控作用提供参考。     

大兴安岭不同冻土带土壤动物生态地理研究

2003年6月、8月、10月对大兴安岭不同冻土带选择沼泽、柳丛、耕地、次生林群落进行土壤动物调查，共获土壤动物39225只，隶属于4门8纲24目。由对大型、中小型及湿生三类土壤动物的数量分析可知，三类土壤动物数量的变化在群落间并不总是成正相关的关系。水平分布调查表明，中小型土壤动物的个体数量和类群数量从岛状冻土带到连续多年冻土带逐渐减少，该分布与土壤动物分布的一般规律（土壤动物分布通常符合纬度地带性分布规律，即由低纬向高纬逐渐减少）一致，但大型土壤动物的个体数量、类群数和生物量基本上从岛状冻土带到连续多年冻土带逐渐增加（即由低纬向高纬逐渐增加），湿生动物的数量也如此分布，这与土壤动物分布的一般规律不一致甚至相悖，这一特点表现出生态系统局部-区域相互关系的复杂性；土壤动物的类群数、个体数量与土壤有机质、全氮的含量呈明显的正相关；垂直分布调查表明，中小型土壤动物的个体数量和类群数量分布表现出明显的表聚性，但大型土壤动物的个体数量与生物量最大值出现在第二层；土壤动物多样性分析表明，中小型土壤动物的多样性指数从岛状冻土带到连续多年冻土带逐渐减小，而大型土壤动物的多样性指数在不同冻土带间的变化规律不明显。     

土壤动物主要生态特征与生态功能研究进展

土壤动物是陆地生态系统重要的组成部分，是物质循环和能量流动正常运行的关键环节。近年来，土壤动物研究越来越受到人们的重视，研究主要包括土壤动物生态特征和生态功能两个方面。本文概括了土壤动物的定义和分类，阐述了土壤动物的数量、种类、分布格局及影响因素等主要生态特征，着重论述了土壤动物的分解、生态指示等功能。认为，目前土壤动物研究发展缓慢，基础研究差，生态特征研究仍处于定性与半定量水平；功能研究单一，缺少土壤动物多样性功能研究。对今后研究提出展望。本文旨在加深对土壤动物的了解，为生物多样性保护、合理开发利用土壤资源、健全生态指标和实现农业、生态可持续发展提供必要的理论支持。     

番茄果实中LeERF1、LeERF2基因的克隆及序列分析

乙烯反应元件结合蛋白属于植物特有的一个转录因子家族，这个家族保守的DNA结合域称为ERF结构域。根据对番茄(Lycopersicon esculentum)和其它植物物种中EREBP基因家族的同源性比较，在保守区(ERF区域)设计合成一对简并引物，通过RT-PCR扩增得到一个114bp的片段，用此片段作探针筛选番茄cDNA文库(粉红期)，得到两个基因LeERF1和LeERF2。通过BLAST工具在GenBank中搜索表明，LeERF1和LeERF2基因属于EREBP家族，LeERF1与EREBP-4和DDTFR10／A在氨基酸水平上的序列相似性为35％，LeERF2与EREBP-3和p65在氨基酸水平上的序列相似性为46％，是新的基因。LeERF1和LeERF2的核酸序列在GenBank发表，登录号分别为AY077626和AY275554。     

葡萄UBP基因家族对非生物胁迫的响应及VvUBP基因功能研究

泛素特异蛋白酶是一个广泛存在于真核生物中且高度保守的基因家族，通过去泛素化作用调节细胞蛋白的各种生理活动。为了系统探究葡萄UBP基因家族功能，本研究运用生物信息学方法对葡萄UBP基因家族成员进行鉴定与分析，利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析VvUBPs基因在不同非生物胁迫下的表达模式。结果表明，VvUBP基因家族包括27个成员，编码序列（CDS）长度为594～4 812 bp，编码氨基酸序列长度为197～1 603 aa。系统进化分析结果显示，UBP基因家族可分为8个亚组（GⅠ～GⅧ）。VvUBPs在茎中的表达水平相对较低，VvUBP27、VvUBP10和VvUBP23分别在卷须、花和叶中表达水平较高。外源茉莉酸甲酯（MeJA）处理可显著诱导VvUBP5、VvUBP12、VvUBP18和VvUBP27等4个基因高表达，外源水杨酸（SA）处理可显著诱导VvUBP5和VvUBP19基因高表达。VvUBP15在盐胁迫浓度0.6%时的表达量增加最明显，VvUBP6在弱光胁迫下表达显著下降以及VvUBP25在高温胁迫6 h时增幅最大。综上，VvUBP基因家族成员能够响应不同的非生物...     

断奶及日龄对仔猪骨髓组织抗菌肽PR-39 mRNA表达的影响

抗菌肽PR-39（proline-arginine-rich39-amino acidpeptide）是cathelicidins家族中富含脯氨酸的小分子肽,最初从猪小肠上部分离得到,随后在猪的其它器官以及鼠的巨噬细胞、人的结肠腺癌细胞中均分离得到（Wu et al.,1999）。具有广谱抗菌活性,在动物机体免疫中发挥着重要的作用（Marone et al.,2000;Pierelli et al.,2000）。本实验用半定量RT-PCR（反转录-聚合酶链式反应）方法，以18S rRNA为内参，研究日龄及断奶对杜长大仔猪股骨骨髓组织抗菌肽PR-39mRNA相对表达量的影响，为如何促进猪体内抗菌肽的表达和探讨仔猪非特异性免疫的形成提供基本资料。     

日本血吸虫SjIR3基因的克隆、表达和免疫保护力研究

鉴定SjIR3诱导小鼠抗攻击感染的免疫保护力。根据GenBank中的SjIR3（AY251481）序列设计特异性引物一对，以日本血吸虫cDNA文库为模板PCR扩增SjIR3基因，利用网上生物信息资源对SjIR3基因进行生物信息学分析。常规方法构建重组质粒pET-32a(+)/SjIR3，转化E.coliLB21，IPTG诱导表达重组蛋白SjIR3（rSjIR3），并利用SDS-PAGE及western-blot进行鉴定分析。动物保护试验用动物为昆明小鼠（雌性，20g），44只，随机分4组，每组11只：A组和B组为对照组，分别接种PBS和FCA；C组和D组为试验组，分别于背部多点注射接种50µg rSjIR3和50µg rSjIR3+FCA，免疫程序为0-2-4-8周。末次免疫后2 wK，每只小鼠攻击40±1条尾蚴，45天后剖杀，冲虫，计数减虫率和减卵率。免疫前和感染前尾静脉采血，ELISA检测IgG抗体水平。结果表明SjIR3 PCR扩增产物约为900bp，与GenBank 中的SjIR3（AY251481）100%的同源，为一跨膜蛋白，具有PS50204和SSF69572两个模体（Domain），为泛素样蛋白激酶家族。动物保护试验表明rSjIR3及rSjIR3+FCA免疫小鼠，可诱导产生26.63%、36.38%的减虫率和34.79%、44.09%的减卵率。结论：rSjIR3可诱导小鼠产生部分抗攻击感染的免疫保护力。     

甜瓜VQ家族基因鉴定及白粉病菌响应分析

VQ家族基因是植物特有的一类基因,其编码蛋白主要与WRKY蛋白相互作用协同调控下游基因表达,在植物生长发育及抵御各种外界环境胁迫中起重要作用。为揭示甜瓜VQ家族基因在抗白粉病中的功能,本研究采用生物信息学方法从甜瓜基因组中鉴定到26个VQ家族基因,这些基因不均匀地分布在甜瓜11条染色体上。系统进化分析表明,该家族成员分布于不同的分支中,分别与拟南芥VQ家族蛋白不同成员聚在一起。基因结构分析表明,甜瓜VQ家族基因序列均无内含子,只有1个外显子。组织表达分析表明,1个甜瓜VQ家族基因组成性表达,23个甜瓜VQ家族基因组织特异性表达。此外,白粉病菌侵染之后,6个VQ家族基因呈现不同程度的响应。本研究结果为进一步研究甜瓜VQ家族基因在甜瓜抗白粉病中的功能奠定了理论基础。     

动物废弃物处理与利用技术展望

对动物废弃物的产生、处理和利用现状进行了简要的分析，提出动物废弃物的处理不能只局限在处理技术方面，而应从整个养殖系统来全面考虑，并就今后一段时间动物废弃物研究工作的重点及发展趋势进行了展望。     

太仓地区有机氯污染农田土壤动物群落结构分析

土壤环境的优劣决定着我国未来农业的可持续性发展，同时也深刻地影响着动物和人类的健康。土壤动物作为土壤污染程度的指示生物已成为国际土壤生态学领域研究中的热点问题，对土壤动物作为土壤质量表征的研究目前仍处在开展阶段。有机氯农药化学性质稳定，残留时间长，脂溶性强，且利用率低而对农业生态环境造成严重的污染。此前已有文献讨论有机氯农药与土壤的关系，土壤动物对重金属污染的反应，     

热应激蛋白在运输应激的猪肾脏中的表达

利用Western blot技术，研究了长途运输实验猪肾脏中5种不同分子量的热应激蛋白HSP70、HSP72、HSP86、HSP90和HSP27的表达。所有长途运输后应激猪和对照猪肾脏组织中均检测到了上述5种HSP，对照猪肾脏组织中HSP的表达说明HSP具有独立于应激刺激应答以外的在细胞内行使正常生理功能的作用；6h的长途运输应激后，HSP在肾脏组织中的表达量发生明显改变。但不同家族的HSP的表达量显著不同，表现为HSP70家族的HSP70（P＜0．01）、HSP72（P＞0．05）和HSP90家族的HSP86（P＞0．05）、HSP90（P＜0．01）的表达明显下降，提示肾脏组织在长途运输中病理损伤的可能性。实验结果也显示HSP27的表达量略有升高（P＜0．05），说明在应激反应中不同家族的HSP可能有不同的生理作用。     

新学科课程动物微生态学的教学体会

作为新兴学科和交叉学科的动物微生态学课程，是高校动物医学和动物科学专业本科生的重要应用型专业课，学好这门课程对于拓宽学生的学术视野及实践应用能力很重要。本文提出了在动物医学和动物科学本科教育中，加强动物微生态学课程势在必行。从合理利用多媒体新手段；选择重点教学内容，合理组织教学内容和安排教学程序；灵活多样的教学方法；及时更新教材；提高教师综合素质等几方面来介绍提高该课程教学质量的一些体会。     

面向知识图谱构建的水产动物疾病诊治命名实体识别

疾病诊治是水产动物健康养殖工程的重要支撑，知识图谱是水产动物疾病诊治知识表示及应用的有效手段，命名实体识别是构建水产动物疾病诊治知识图谱的关键。针对一词多义、实体嵌套等导致的水产动物疾病诊治命名实体识别准确率不高的问题，该研究提出了融合BERT（Bidirectional Encoder Representations from Transformers）与CaBiLSTM （Cascade Bi-directional Long Short-Term Memory）的实体识别模型。首先，建立水产动物疾病诊治专用语料库，并利用语料库中的数据对设计的模型进行训练；其次，采用"分层思想"设计CaBiLSTM模型进行嵌套实体识别，用降维的内层实体特征提升外层实体的辨析度，并引入BERT模型增添实体位置信息；最后，为验证所提出方法的有效性进行对比试验。试验结果表明，提出的融合BERT与CaBiLSTM模型对水产动物疾病诊治命名实体识别准确率、召回率、F1值分别达到93.07%、92.85%、92.96%。研究表明，该模型能够有效解决水产动物疾病诊治命名实体识别过程中由于一词多义、实体嵌套等导致的识别准确率不高问题，可提高水产动物疾病诊治知识图谱的构建质量，促进水产健康养殖工程发展。     

生物镁离子转运体研究进展

镁(magnesium) 是生物生长发育必需的核心营养元素之一,也是细胞中含量最多的两价阳离子。镁具有最大的水合半径,最小的离子半径和最大的电荷密度,特殊的理化性质使其在生物体内的转运方式显得尤为重要。以前的研究大多集中在物化结构,生理功能,缺镁病理等方面,并在光合作用,酶的活化,基因组稳定,抑制衰老,减轻铝害和调节氮代谢等研究方面取得了一定的成就,但 Mg2+转运蛋白的晶体结构,Mg2+吸收、转运和体内平衡的分子机理,Mg2+胁迫信号的传导机制等信息仍知之甚少。人们已经从许多生物中克隆了 Mg2+转运相关基因,包括原核生物、低等真核生物、高等真核生物,并对其结构、功能、亚细胞定位进行了分析验证。根据已知镁离子运输体的不同结构或功能,把它们分为 6 个不同的家族:钴抗性蛋白家族(CorA),Mg2+/H+交换体(AtMHX),离子通道,P 型磷酸酶(P-type phosphatase),Mg2+转运体基因家族MgtE (MgtE )和其它镁离子运输家族。同一家族的不同成员之间存在结构或功能的相似性,其中,CorA 家族的镁离子运输体是最基本、研究最深入的运输体,它们广泛的存在于细菌,酵母菌,动物和植物中,能调节镁离子的吸收和外排。本文对已发现的各种 Mg2+转运体的结构功能特点进行了综述,以期为该领域的研究提供一些有益的参考。     

毛竹NF-Y家族基因的鉴定与表达分析

为阐明毛竹NF-Y家族基因的结构、进化关系和表达情况,本研究利用水稻和拟南芥NF-Y家族的蛋白序列,通过Blast比对分析,鉴定出33个毛竹NF-Y家族基因。基于植物NF-Y亚家族成员的氨基酸序列特征,毛竹33个NF-Y家族成员分为3个亚家族,分别命名为Ph NF-YA、Ph NF-YB和Ph NFYC。构建毛竹、二穗短柄草、粟、水稻和拟南芥NF-Y家族系统发育树,结果表明,毛竹各NF-Y亚家族成员的进化趋势不同,与Ph NF-YA亚家族相比,Ph NF-YB和Ph NF-YC在进化上较为保守,毛竹在NF-YA亚家族上可能出现了扩增,而在NF-YB和NF-YC两个亚家族上可能出现了成员丢失现象。通过Cufflinks等软件对毛竹7个组织材料的转录本深度测序数据分析,发现有些NF-Y家族基因在各器官中普遍表达,如Ph NF-YA7、Ph NF-YA3和Ph NF-YB8在根茎叶中均有表达;有些NF-Y家族基因则在特定器官表达,如Ph NF-YA1、Ph NF-Y2、Ph NF-YA4和Ph NF-YA10在竹笋幼根表达。实时荧光定量RT-PCR分析毛竹NF-Y家族基因在毛竹笋各个组织的表达情况,结果表明,毛竹NF-Y家族基因在不同的节间组织中差异表达。本研究结果为进一步深入探究毛竹NF-Y家族基因功能奠定了理论基础。     

十字花科植物CYP86MF同源基因的克隆及特征分析

用保守的特异引物进行PCR扩增，并结合RACE技术，从大白菜(Brassicacampestris L．)品种黄芽14，萝卜(Raphanus sativus L．)品种圆白和诸葛菜(Orychophrogmus violaceus)3个材料中扩增到3个完整的cDNA全长，分别命名为Bc-CYP86MF，RsCYP86MF和OvCYP86MF，它们的cDNA全长分别为1854，1818和1876bp，分别编码524，526和534个氨基酸残基。将所推导的氨基酸序列与数据库中已知基因进行排序，发现它们与拟南芥CYP86家族所有成员的氨基酸相似性都大于38％，可将它们归为细胞色素CYP86基因家族。BcCYP86MF和RsCYP86MF与CYP86C4亚家族氨基酸同源性均大于55％，则可归为CYP86C4亚家族，而OvCYP86MF与CYP86C3的同源性最高，为86．5％，应归为CYP86C3亚家族。根据氨基酸序列的排序结果构建的系统树表明，CYP450基因的氨基酸序列进化程度与物种的亲缘关系的远近相吻合。对蛋白二级结构预测结果发现，它们都具有细胞色素P450典型的保守结构域FNAGPRLCIG，而且氨基酸组成也很相似。     

广西大学动物科学技术学院本科专业责任教授简介

动物科学专业责任教授——夏中生 夏中生，男，汉族，1956年生，湖南衡阳人，硕士，教授，中共党员，动物科学支部书记，硕士研究生导师，兼任中国农业科学院广西水牛研究所水牛研发人才小高地客座研究员，     

二穗短柄草GRFs基因家族的鉴定及表达模式分析

GRFs基因家族在植物生长发育及逆境响应中起着重要的调控作用。为了探明二穗短柄草GRFs基因家族的基本特征及其进化关系,本研究利用生物信息学方法在全基因组水平上对二穗短柄草GRFs基因家族成员进行鉴定与分析。结果表明,二穗短柄草GRFs基因家族包括12个家族成员,蛋白质序列长度在238~577个氨基酸之间;序列比对发现二穗短柄草GRFs家族基因包括2个保守的QLQ和WRC结构域及广泛的保守基序;染色体定位发现,12个家族成员在二穗短柄草的5条染色体上呈不均匀分布,bd03号染色体分布最多;系统发育关系比较分析表明,这些GRFs基因家族成员存在4对直系同源基因。RT-qPCR分析表明,全部GRFs基因家族成员在二穗短柄草幼嫩组织中表达量较高,而在根系和衰老组织中表达量较低,外源激素特别是GA₃诱导了二穗短柄草大部分GRFs基因家族成员的上调表达,表明GRFs基因家族广泛地参与了二穗短柄草分生组织功能和器官形成的生命进程。本研究结果为二穗短柄草GRFs家族蛋白功能的研究奠定了理论基础。     

杨树基因组AMT转运蛋白的生物信息学特性

本研究中，通过隐马尔科夫模型（HMM）和杨树蛋白质库搜索，共找到17个杨树铵转运体蛋白（PtAMTs）。利用生物信息学方法，我们对杨树家族17条AMT蛋白序列的系统发生和AMT基因组定位进行分析，然后对其氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构进行预测和分析，同时还分析了杨树与拟南芥、水稻、番茄、百脉根和欧洲油菜的AMT基因家族之间的联系。二级结构预测结果发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异；仪一螺旋和无规则卷曲为主要二级结构组成部分。同源性比对分析表明，PtAMT基因家族主要分为2个亚家族，AMT1（11个成员）和AMT2（6个成员），基因结果分析表明AMT2亚家族成员不含内含子。杨树AMT蛋白的亚细胞定位分析表明PtAMT主要定位于膜结构上。电子表达图谱分析结果表明：只有XP002309151和XP002334025基因有对应的EST序列，并有相应的电子表达谱，并主要在花蕾表达。     

主基因及其在动物育种中的应用

本文综述了近几年识别出的主基因的遗传特性、效应和作用以及它们的动物育种中的利用情况，还介绍了动物育种工作积极寻找主基因的一些情况。随着主基因检测方法的不断改进以及生物技术的不断发展，还会有越来越多的主基因被识别出来并应用于动物育种，从而加快的动物育种的步伐。