绿头鸭线粒体DNA控制区全序列测定及分析

用PCR产物直接测序法,获得5只绿头鸭线粒体DNA控制区(D-loop)全序列.序列分析显示:绿头鸭D-loop区全长为1051bp,碱基A、G、T、C含量分别为27.97%、15.51%、25.21%、31.30%,A+T含量大于C+G;共检测到11个多态位点,其中转换10个,颠换1个,没有发现插入和缺失,核苷酸多样度为0.0046.结合GenBank已公布河鸭属鸭类D-loop区序列,基于邻接法和最小进化法构建河鸭属鸭类系统进化树.结果表明,绿头鸭、斑嘴鸭及家鸭三者关系密切,它们共同构成进化枝A,推测在家鸭的形成过程中,绿头鸭和斑嘴鸭都作出了贡献;其它河鸭类聚为进化枝B.     

绿头鸭线粒体DNA控制区全序列测定及分析

用PCR产物直接测序法,获得5只绿头鸭线粒体DNA控制区(D-loop)全序列。序列分析显示:绿头鸭D-loop区全长为1051bp,碱基A、G、T、C含量分别为27.97%、15.51%、25.21%、31.30%,A+T含量大于C+G;共检测到11个多态位点,其中转换10个,颠换1个,没有发现插入和缺失,核苷酸多样度为0.0046。结合GenBank已公布河鸭属鸭类D-loop区序列,基于邻接法和最小进化法构建河鸭属鸭类系统进化树。结果表明,绿头鸭、斑嘴鸭及家鸭三者关系密切,它们共同构成进化枝A,推测在家鸭的形成过程中,绿头鸭和斑嘴鸭都作出了贡献;其它河鸭类聚为进化枝B。     

基于Cytb基因部分序列分析巴州牦牛遗传多样性及其系统地位

对20头巴州牦牛Cytb基因部分序列550 bp进行分析,共发现7个变异位点,定义了4种单倍型;结合GenBank中bos属普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛和爪洼野牛5个近缘种以及沼泽水牛的Cytb基因同源区序列进行分析,以绵羊作为外群,分别采用邻接(NJ)法和最大简约(MP)法构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构。结果表明:推测巴州牦牛的系统地位在牛亚科中介于属与种之间,将其定义为bos属或者Poephagus属均有其一定的依据,但是本研究认为将其归属为bos属中的一个亚属可能更为合理,巴州牦牛可能具有2种母系起源。     

猪瘟病毒Erns基因的克隆与序列分析

为了解山东地区猪瘟病毒的变异情况,将6份经RT-PCR方法鉴定为猪瘟病毒(CSFV)阳性的山东地区患病猪的病料接种PK-15细胞,分离得到6株猪瘟病毒.对该6株猪瘟病毒的Erns基因主要抗原编码区序列进行了RT-PCR扩增、克隆、测序,并经DNA Star软件对测序结果与HCLV疫苗株、Shimei株及Alfort株E...     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体Cytb和nad4基因的序列测定与种系发育分析

利用PCR技术对2个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素b(Cytb)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)进行扩增,分析其遗传变异,并用MEGA 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,2个猪囊尾蚴分离株的Cytb基因全序列长度均为1 068bp,nad4基因部分序列长度均为815bp,核苷酸序列同源性均为99.8%。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株形成一个分支,2个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,Cytb和nad4基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定基础。     

猫细小病毒CC-1株NS1全基因的克隆及序列分析

根据GenBank中收录的猫细小病毒(FPV)CU-4株基因序列设计引物,扩增本实验室分离保存的FPV CC-1株NS1基因,并进行序列测定。结果表明,该毒株NS1基因序列长度约为2.35 kb,该基因的阅读框总长为2007 bp,编码668个氨基酸。该序列与FPV193/70株、PLI-IV株、TU-2株、CU-4株、94-1株和X J-1株的NS1基因比较,核苷酸的同源性分别为99.0%、98.9%、98.8%、98.7%、98.6%、99.4%,氨基酸的同源性分别为98.8%、98.7%、98.5%、98.7%、98.5%、99.3%。该毒株与犬细小病毒(CPV)、貂细小病毒(MEM)、大鼠细小病毒(RPV)、猪细小病毒(PPV)、鹅细小病毒(GPV)、鼠细小病毒(MVM)NS1的进化树分析表明,它与MEM和CPV的亲缘关系比较近,与PPV的亲缘关系较远。     

斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析

根据斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrhynchos)线粒体基因组(mt DNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mt DNA全序列进行综合分析。结果显示,斑嘴鸭mt DNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因、13种蛋白质编码基因和1个D-loop区。碱基组成T为22.2%,C为32.8%,A为29.2%,G为15.8%,无明显的AT偏好性,22种tRNA都为典型的三叶草结构。参照棕头鸦(Larus brunnicephalus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12S rRNA,对斑嘴鸭12S rRNA的二级结构进行预测,结果其含有4个结构域,37个茎环。对D-loop控制区序列分析发现含有goose hairpin,E-box,F-box,D-box,Bird similarity-box及CSB1-box。并以原鸡作为外群,采用N-J算法和ML算法,基于mt DNA全序列及D-loop区分别构建系统进化树,发现3个家鸭品种与绿头鸭亲源关系较近。     

石岐鸽mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源，研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增和测序，并结合GenBank中鸽Cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示：石岐鸽mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp，碱基T、C、A和G的平均比例分别为24.57%、35.79%、27.36%和12.28%；单倍型多样性为0.782±0.029，核苷酸多样性为0.001 69±0.000 04，平均核苷酸差异为1.927；共发现11个变异位点，其中8个为单一变异位点，3个为简约信息位点，基于变异位点定义了8种单倍型；石岐鸽和原鸽分为A和B两个分支，石岐鸽只分布于A分支。研究表明石岐鸽具有较高的线粒体遗传多样性，母系来源单一。     

牛冠状病毒河北流行株部分基因全序列测定及分子特征分析

牛冠状病毒（BCoV）是引起新生犊牛腹泻的重要病原之一,在世界范围内广泛分布,严重影响养牛业的健康发展。为确定河北省BCoV流行毒株的基因遗传进化特征,本研究对从河北省某牛场腹泻犊牛的粪便和肠内容物中鉴定出的1株BCoV流行毒株（BCoV/CH/HB-BD/2019）,进行了S、N、HE基因的全序列扩增及测定,并与GenBank中的51株牛冠状病毒参考株进行了各基因的同源性和遗传进化分析。结果显示：BCoV/CH/HB-BD/2019与BCoV参考株相比,S基因具有2个独特的氨基酸变异位点（N311S、D1276Y）;在HE基因中HB-BD株出现2个独特的氨基酸变异位点,分别为G400V、D423H;虽然在基因的重组分析中,HB-BD株HE基因序列并没有检测到基因重组信号,但通过检测我们发现,HB-BD株HE基因序列为其新疆毒株（KU886219.1）推测的主要亲本毒株;进化分析发现,BCoV HB-BD株与人冠状病毒（HCoV-OC43）均属于β类冠状病毒属2a亚群,且同源性高达96.0%,而正在全世界范围内传播的SARS-CoV-2属于β类冠状病毒属2b亚群病毒,BCoV与SARS...     

梅花鹿CAV1基因cDNA克隆及序列分析

为了为深入研究梅花鹿窖蛋白-1(Caveolin-1, CAV1)基因的生物学功能提供数据支持，试验利用RT-PCR和分子克隆技术获得梅花鹿CAV1基因CDS序列并对其进行生物信息学分析。结果表明：梅花鹿CAV1基因序列与马鹿、山羊相似度较高，与加拿大猞猁、智人等相似度较低；CDS区长537 bp,编码178个氨基酸；CAV1蛋白是Caveolin家族的一员，在第97～119位存在1个跨膜螺旋区，为疏水性稳定酸性蛋白，无信号肽；该蛋白中α-螺旋和无规则卷曲占比较高，亚细胞定位主要在细胞膜；CAV1蛋白有13个磷酸化位点，1个乙酰化位点；CAV1蛋白参与细胞内吞作用、黏着斑、细菌侵袭上皮细胞等通路；该蛋白与CAV2、NOS3、EGFR、FYN等蛋白存在相互作用。     

江西省急性腹泻牛源的BHoV JX株全基因组序列测定及其分析

为了掌握牛香港病毒(Bovine Hokovirus,BHoV)江西株(JX)的全基因组序列特征,本研究以江西宜春某牛场急性腹泻BHoV阳性粪便为材料,通过比对GenBank中已登录的8株Bovine Hokovirus全基因组序列,利用Primer Premier 5.0设计了首尾重叠的5对特异性引物,对BHoV-J...     

广西柳州猪瘟流行毒株E2基因的扩增及序列分析

为了了解猪瘟流行毒株间的差异,试验应用RT-PCR技术对1株广西柳州流行的猪瘟野毒的E2基因进行了扩增、克隆及测序,利用DNAStar分析软件将其与国内外参考毒株的抗原序列进行比对分析,并绘制了系统发育进化树.结果表明:柳州株的核苷酸序列及推导的氨基酸序列存在多处替换,与中国标准株Shimen和疫苗株HCLV核苷酸序列...     

副猪嗜血杆菌ompP2基因的克隆鉴定及序列分析

用PCR技术对华南地区分离的17株不同血清型副猪嗜血杆菌菌株ompP2基因进行克隆鉴定,并以CLUSTALS1和PHYLIP-3.68软件将ompP2基因序列进行比对和遗传进化分析.17株副猪嗜血杆菌茵株中均能扩出ompP2基因,克隆测序结果发现ompP2基因大小有所不同,与参考序列ABKM01000007的同源性在92％～99％之间.序列比较结果显示,ompP2基因与GenBank公布的副猪嗜血杆茵全基因组测序中的ompP2基因序列具有较高的同源性,不同菌株ompP2基因序列大小存在差异,为进一步验证ompP2蛋白的功能及相关研究奠定了基础.     

不同时期NDV地方株F基因的克隆及序列分析与基因型研究

利用RT-PCR技术对1998-2002年闯洛阳地区新城疫典型发病禽群中所分离到的15个毒株的F基因主要功能区片段进行了克隆和序列分析，并根据其47～435位核苷酸序列构建了系统进化树，确定了其毒力强弱和基因型。结果显示，依据核苷酸和推导的氨基酸同源性的不同，15个地方毒株可分为3群，群内各毒株同源性较高，群间差异较大，未发现有因分离禽品种不同所引起的明显的株间差异。其中第1群9株，涉及到各时间段分离的毒株和所有分离禽品种，属典型的基因Ⅶ型强毒株，高度集中于进化树的基因Ⅶ型C亚型区；第2群4株，属传统的基因Ⅵ型强毒株。分散于进化树的基因Ⅵ型区；第3群2株，属古典基因Ⅱ型的弱毒株，分散于进化树的基因Ⅱ型区。结果表明，近年来该地区流行的新城疫病毒以新的基因Ⅶ型为主，同时兼有传统的基因Ⅵ型和古老的基因Ⅱ型；并提示基因Ⅶ型各毒株在该地区流行的时间较短，株间差异不大。     

3株新城疫山东分离株HN基因全序列测定和分析

用设计的特异性引物,通过RT-PCR法对1999和2004年间分离自山东省的具有一定代表性的3株鸡新城疫病毒(ShD-2-04,ShD-3-99,ShD-5-04)进行HN基因的扩增和克隆,并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明:3个毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为1716bp,编码571个氨基酸,属强毒的C群;3株山东分离毒的核苷酸同源性为98.2%~98.8%,氨基酸同源性为98.4%~98.8%,其中ShD-2-04和ShD-5-04核苷酸及氨基酸同源性均为最高,达到99.8%和99.8%;将3株山东分离毒株与国内外标准强毒株及弱毒株的HN基因核苷酸及氨基酸同源性分别进行比较:3毒株与国内外标准毒株HN的核苷酸同源性为82.7%~87.2%,氨基酸同源性为87.6%~90.0%,表明已发生一定的变异。     

新城疫病毒Sddy-02株F基因的克隆及序列分析

将山东省东营地区分离的新城疫病毒(Sddy-02)，用RT-PCR扩增裂解位点前后的F基因363bp片段，同时进行克隆和序列测定分析。参考国内外已发表新城疫各代表株，以363bp绘制了NDV系统发育进化树，并分析其遗传关系。结果表明：Sddy-02株与已发表的NDV各代表株的核苷酸序列同源性为84％～98％；氨基酸序列分析表明该株为强毒株；进化地位为基因Ⅶ型。本研究初步揭示了新城疫的流行规律，为制定控制新城疫方法提供了有益参考和依据。     

猪瘟病毒云南毒株E2基因片段序列测定及分析

用RT－nPCR方法，选择猪瘟病毒2000年云南部分地方流行毒株E2基因主要保护性抗原决定簇编码区片段进行扩增和cDNA序列分析，并与中国标准强毒石门株进行比较。结果显示，云南地方毒株之间核苷酸及氨基酸序列同源性均大于90％；但与中国标准强毒石门株差异较大，其核苷酸及氨基酸同源性均小于80％。     

新城疫病毒F48E9株及东北地区流行株F基因遗传变异分析

采用异硫氰酸胍／酚／氯仿抽提一步法,提取新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ４８Ｅ９株及２个东北地区分离株ＤＢ３、ＤＢ５基因组ＲＮＡ,并以其为模板经反转录合成Ｆ基因ｃＤＮＡ第１链,再利用ＰＣＲ技术分段增出Ｆ基因的ｃＤＮＡ。Ｆ４８Ｅ９、ＤＢ３和ＤＢ５株Ｆ基因的ｃＤＮＡ经酶切修饰后,插入ｐＵＣ１９的多克隆位点中,转化感受态Ｅ。ｃｄｉ ＤＨ５ａ,经相对分子质量比较、酶切分析及ＰＣＲ等鉴定方法筛选出Ｆ４８Ｅ９、ＤＢ３和     

鸭肝炎病毒地方株VP1基因的序列测定及分析

从湖北某发病鸭场分离到一株鸭肝炎病毒DHV/HB98,通过RT-PCR方法扩增该毒株的VPI基因的核苷酸序列.系统发育分析表明,DHV/HB98株的基因组序列与已发表的DHV-1 E53和ZJ的结构基因VP1亲缘关系最近,核苷酸的同源性为98.6％和98.3％,氨基酸序列的同源性为98.3％和98.7％,分析DHV/HB98与发表的变异株90D和04G核苷酸同源性为65.4％和66.7％,氨基酸同源性为69.5％和74.8％.推断该毒株属于DHV-1,与变异株是不同的血清型;DHV/HB98与DHV-1 ZJ具有相近的遗传关系,推断DHV/HB98也为强毒株.