EST-SSRs研究进展及其在辣椒胞质不育性研究中的应用前景

SSR标记由于其多态性、共显性的特点,越来越多地用于基因标记、图谱构建、遗传多样性分析等方面。但与一般的基因组SSR相比, EST-SSR作为功能基因的一部分在功能基因鉴定和种间通用性上更有其优越性。目前EST-SSR更多地用于小麦、水稻、大麦、玉米、白菜等作物在种质资源多样性、品种鉴定、饱和遗传图谱等方面的研究,而在辣椒上,尤其是在胞质不育性方面的研究却鲜见报道。本文对辣椒EST-SSR标记的开发及其在分子辅助育种上的应用进行了回顾,并对其在辣椒胞质不育性方面的研究作出展望。     

EST-SSR标记及其在果树研究中的应用

近年来大量ESTs数据的出现已成为开发SSR标记的重要来源。EST-SSR作为一种新型的分子标记,不仅具备传统基因组SSR标记的特点,而且以其开发经济和通用性高等优势已在很多植物中得到开发和应用。简要介绍了EST-SSR标记的原理和特点,重点综述了其在果树的遗传多样性分析、遗传连锁图谱的构建、比较作图和分子系统发育等研究领域的应用现状,期望为今后该项技术在果树研究上的应用提供参考。     

甜菜EST-SSR引物的开发与应用

利用NCBI公共数据库现有的甜菜（Beta vulgaris L.）表达序列标签（expressed sequence tags,EST）数据信息,开发了甜菜EST-SSR标记。在所有的29830条甜菜EST序列中共确认得到20109条非冗余EST序列,总长为11287.6kb。在含有微卫星重复的6951条EST序列中按照SSR引物设计要求,最终获得了2845个EST-SSR,平均每3.96 kb含有1个SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,A/T单碱基重复最多,其次是AAG/CTT三核苷酸重复,AG/CT二核苷酸重复,ACCTCC/AGGTGG等六核苷酸重复最少。随机合成了100对SSR引物,并分别选用6个甜菜品种进行多态性检验,将其按遗传相似性分为两组,多态信息含量（polymorphism information content,PIC）平均值为0.47。本研究证实这种全新的开发甜菜SSR标记的方法具有高效、多态性较高的特点,在甜菜遗传多样性分析、功能基因定位、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。     

番茄EST-SSR标记PCR反应体系的优化

应用L16 (44)正交实验优化番茄EST-SSR标记PCR反应体系.结果表明:20 μL体系中各反应物最适浓度为:DNA模板45 ng/20μL,引物0.75 μmol/L,Mg2+ 2.0 mmol/L,dNTPs0.4 mmol/L,Taq DNA酶0.5 U/20μL,且Mg2+对该标记反应体系影响最大.利用5对EST-SSR引物及P1、P2基因组DNA验证优化体系的可靠性,为该标记在番茄基因组分子标记辅助育种提供了试验依据.     

西瓜全基因组SSR位点的特征及其在比较遗传作图和遗传多样性分析中的应用

<正>目的与意义:随着新一代全基因组测序技术的快速发展,越来越多的物种开发了大量的覆盖全基因组的SSR标记。虽然在西瓜上也开发了一些SSR标记,并已经在连锁图谱和遗传多样性研究中得到应用,但仍存在多态性低、基因组覆盖率低等问题。本研究从西瓜全基因组水平分析了不同类型SSR序列的分布及频率。并开发了覆盖全基     

蔬菜细胞质雄性不育的育性恢复研究进展

近些年来,在蔬菜中报道了多种类型的细胞质雄性不育系及其恢复系,并定位和克隆了多个恢复基因,开发了与恢复基因紧密连锁的标记应用于蔬菜育种。从蔬菜作物细胞质雄性不育(CMS)育性恢复系、恢复基因的定位和克隆、恢复基因连锁标记的开发、恢复系在育种中的应用等方面对近些年的研究进展进行了概述,并探讨了存在的问题及未来发展方向。     

《中国蔬菜》2010.2学术论文导读

<正>多样性序列芯片技术(DArT)的原理及应用冯艳丽等(中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京100081)—《中国蔬菜》2010(2)多样性序列芯片技术(DArT)是一种基于杂交的分子标记技术,利用芯片技术来辨认和检测DNA多态性的分子标记,用于基因组型分析具有高质量、高     

西瓜EST-SSR分子标记的筛选

利用国际共享获得的820条EST序列,自主设计出79对EST-SSR引物,其中有32对引物经过PCR扩增出稳定清晰的电泳条带,可以作为西瓜和相关物种的新的EST-SSR分子标记。     

基于EST的猕猴桃SSR标记的建立

利用NCBI公共数据库最新公布的猕猴桃EST(Expressed Sequence Tag)序列,开发猕猴桃的SSR(Simple Se-quence Repeats)标记。对来源于猕猴桃(Actinidia spp.)非冗余EST数据库(NCBI dbEST)的56400条基因序列使用SSRHunter1.3软件进行了SSR筛查,从中共获得了7939条SSR。应用Primer5.0软件设计合成了85对猕猴桃EST-SSR引物,从中筛选出可进行荧光标记的6对引物:Ad01、Ad02、Ad03、Ad09、Ad42、Ad72。利用该6对EST-SSR荧光标记引物在DNA测序仪上对猕猴桃种质的多态性进行了PCR检测,结果表明均能清晰地产生多态性分离。研究结果表明,通过猕猴桃EST数据库的发掘能够有效地筛选到基因水平的SSR标记。     

功能基因组学在蔬菜中的应用

随着黄瓜、番茄、马铃薯和大白菜等蔬菜作物国际基因组计划的启动和即将完成,宣告蔬菜作物进入功能基因组学时代。本文综述了功能基因组学的研究内容和技术,及在蔬菜作物中的应用,并分析了未来的发展趋势。     

EST-SSR标记在翦股颖上的通用性及遗传多样性研究

利用来自小麦、大麦、玉米、高粱、水稻的1 058 对EST-SSR 在翦股颖上进行扩增,得到有效扩增引物620 对（58.60%）。其中源于小麦、大麦、玉米、高粱、水稻的引物对数分别为313（61.49%）、30（63.83%）、101（51.53%）、11（35.48%）、165（60.00%）。进一步利用其中53 个引物对,对8 个翦股颖品种进行了遗传多样性分析。有51 对引物显示了多态性,占引物数的94.34%;共检测到368 个等位变异,平均每对引物有6.9 个等位变异;多态性信息指数（PIC）为0.49 ~ 0.93,平均为0.78;品种间遗传相似系数为0.48 ~ 0.86,平均为0.72。聚类分析结果表明,在相似系数0.75 处,8 个品种可明确的分为两大类,第Ⅰ类为高地;第Ⅱ类又可分为两个亚类,Ⅱ-1 亚类由阿尔法、潘克劳斯、回旋组成,Ⅱ-2 亚类由普特、L-93、开拓、A4 组成。     

数量性状关联分析及其在蔬菜中的应用

关联分析是在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种新的分析方法,它以连锁不平衡(LD)为基础鉴定某一群体内性状与遗传标记或候选基因间的关系。这一方法也为蔬菜作物中数量性状的研究提供了新思路。本文主要介绍了关联分析的基础、研究策略,简述了关联分析在蔬菜研究中的应用和进展,并对其未来发展和在蔬菜育种研究中的应用进行了展望。     

基于EST-SSR标记分析猕猴桃种质遗传关系

利用开发的11对EST-SSR引物分析了33份猕猴桃种质资源的遗传多样性及其遗传关系。结果表明,11对EST-SSR引物在所有供试材料中均可扩增出清晰条带,其中有8对引物呈现多态性,多态性扩增率为72.7%,对33份种质材料的区分率达100%。8对多态性引物共检测到61个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数为2-17,平均为7.6个。利用NTSYS-pc软件,以不加权成对算术平均法(UPGMA)对扩增结果进行聚类,谱系图显示,33份种质材料之间的相似系数在0.60～0.97,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很远。在相似系数0.73的水平上可将供试猕猴桃材料分为7个类群,其结果与传统的形态分类大体一致。从分子角度揭示了猕猴桃种质资源的遗传多态性及其遗传关系。可为猕猴桃种质改良提供理论依据。EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记,可为猕猴桃分子育种及遗传连锁图构建奠定基础。     

黄瓜基因组研究进展

黄瓜是世界上重要的蔬菜作物之一,其遗传育种长期受到研究人员的关注.现全面回顾了有关黄瓜遗传图谱构建现状、基因定位与分子标记比较基因组学等研究进展情况,提出了黄瓜基因组研究中所存在的一些问题,并探讨了黄瓜分子育种的发展趋势.     

RAPD技术在蔬菜研究中的应用

本文就RAPD技术的基本原理及其在蔬菜研究中的应用概况进行了较系统的回顾．并对该技术在使用中存在的问题和应用前景进行了探讨。     

一个支持芥蓝起源于中国的分子证据

有关芥蓝的起源存在地中海沿岸起源说和中国南方起源说,本试验利用EST-SSR分子标记技术对包括8份芥蓝在内的38份甘蓝类材料进行遗传多样性分析。通过引物筛选,选取61对EST-SSR引物扩增38份材料,共获得174条多态性好、稳定、清晰的条带,应用NTSYSpc2.11软件计算材料间的遗传相似性系数和UPGMA聚类分析。在相似系数为0.62处,所有甘蓝类材料分为三大类群：欧洲西北部沿海地区类群、地中海沿岸类群、中国华南地区类群,支持芥蓝起源于中国南方的观点,并且本试验选用的芥蓝按照叶形和叶面分为两类。     

高羊茅EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅（Festuca arundinacea L.）开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种（系）进行遗传多样性分析。利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对（55.46%）。利用高羊茅EST数据库（GenBank/dbEST）中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658%。其中三核苷酸基序出现频率最高（43.33%）,次之为二核苷酸基序（33.57%）。二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高（16.90%）,三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高（10.63%）。进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成。PCR检测表明,92个引物对（85.19%）在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型。从498对（其中5种作物的406对,高羊茅的92对）有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种（系）进行扩增。79个引物对显示出多态性（97.53%）。共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量（PIC）值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48。聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类：第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲’、‘家园’和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第Ⅴ类。     

用于白菜和大白菜品种鉴定的EST-SSR复合标记的建立

 为了有效和全面鉴定白菜和大白菜品种, 研制了由3个引物对组成的6套EST-SSR复合标记 组合, 并形成了多重SSR的最佳实用试验条件。经由这6套标记组合完全鉴别了43个白菜和大白菜品种差异的检测, 并在3个大白菜杂交种个体之间的表现一致, 比较了单引物标记与复合标记的鉴定效率, 验证了这套技术和组合可以表达白菜和大白菜品种间多态性、品种内一致性及稳定性和重复性, 确认其可以高效准确和全面地鉴别白菜和大白菜品种的真实性和杂交种纯度。     

利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。