从江香猪基因组中2个拷贝数变异区的多态性研究

为了研究从江香猪生长和繁殖差异与拷贝数变异拷贝数变异(copy number variation,CVN)之间的关系,采用实时荧光定量PCR方法,对从江香猪和大白猪基因组中的CNVR100与CNVR373的拷贝数进行了测定,并分析了从江香猪拷贝数与生长繁育性状之间的相关性。结果表明,从江香猪和大白猪基因组中都检测到CNVR100和CNVR373;与大白猪相比,从江香猪的CNVR100拷贝数较低,CNVR373拷贝数较高;相关性分析结果显示,从江香猪2个CNVRs与其体长和胸围有一定的负相关关系,表明这2个CNVRs的多态性可能对从江香猪的生长有一定的影响。     

从江香猪肌内前体脂肪细胞分化过程中相关基因的表达研究

试验旨在探讨从江香猪肌内前体脂肪细胞分化过程中相关基因的表达。采集3日龄从江香猪背最长肌,采用Ⅱ型胶原酶消化法分离肌内前体脂肪细胞,进行原代和传代培养,并对其进行形态学观察。诱导培养后,利用油红O染色法对其进行鉴定。采用实时荧光定量PCR方法检测细胞诱导分化0、24、48、72和144 h时脂肪相关基因丙酮酸脱氢酶激4（PDK4）、成纤维细胞生长因子10（FGF10）、脂联素（ADIPOQ）、脂肪酸合成酶（FAS）、脂蛋白脂酶（LPL）、CCAAT增强子结合蛋白α（C/EBPα）、脂肪细胞脂肪酸结合蛋白4（FABP4）、蛋白激酶B（AKT2）的表达,选择诱导0 h作为对照组。结果显示,分离的肌内前体脂肪细胞5 h开始贴壁,贴壁的细胞呈圆形,胞体透明,经传代后,细胞形态均一,经诱导培养后,油红染色呈红色。实时荧光定量PCR结果显示,PDK4、ADIPOQ、C/EBPα、FAS、FABP4和AKT2基因mRNA表达水平在诱导48 h时均呈现较高表达,极显著高于其余各阶段（P<0.01）;FGF10基因mRNA表达水平在诱导24和48 h时均较高;LPL基因mRNA表达水平在诱导72 h时极显著高于对照组（P<0.01）,之后明显下降;PDK4、ADIPOQ和FGF10基因mRNA表达水平在诱导144 h时均极显著低于对照组（P<0.01）;C/EBPα基因mRNA表达水平在诱导144 h时显著高于对照组（P<0.05）;FAS基因mRNA表达水平在诱导144 h时显著低于对照组（P<0.05）;AKT2和LPL基因mRNA表达水平在诱导144 h时与对照组差异不显著（P>0.05）。本试验成功培养了从江香猪肌内前体脂肪细胞,并检测了不同诱导阶段脂肪相关基因的表达情况,为进一步研究从江香猪脂肪代谢和沉积提供参考依据。     

贵州从江香猪PDK4、FGF10基因的克隆及组织表达分析

试验旨在克隆获得PDK4、FGF10基因,并研究大白猪与从江香猪不同组织中PDK4、FGF10基因mRNA的表达差异。采用RT-PCR分别克隆从江香猪PDK4、FGF10基因并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测PDK4、FGF10基因在大白猪和从江香猪不同组织中mRNA的相对表达量。结果显示,从江香猪PDK4基因的编码区全长1 224 bp,编码407个氨基酸;FGF10基因的编码区全长636 bp,编码211个氨基酸。经BLAST软件进行同源性比对,发现从江香猪PDK4基因与羊、马、人的核苷酸序列同源性分别为93%、92%和91%;FGF10基因与羊、牛、人、鼠的核苷酸序列同源性分别为94%、93%、93%和90%。由PDK4基因系统进化树可知,从江香猪与牛、绵羊亲缘关系较近;由FGF10基因系统进化树可知,从江香猪与绵羊、牛、人、猕猴亲缘关系较近,与小鼠和鸡亲缘关系较远。实时荧光定量PCR结果显示,在从江香猪不同组织中,PDK4基因在肾脏中的表达量最高,在胃和脂肪中表达量较高,FGF10基因在胃中表达量最高,在肾脏和脂肪中表达量较高,两个基因在背最长肌中的表达量均最低;在大白猪的不同组织中,PDK4、FGF10基因在脂肪中的表达量均最高,PDK4基因在背最长肌中的表达量最低,而FGF10基因在心脏中表达量最低。本试验成功克隆了从江香猪PDK4、FGF10基因,并检测了其在大白猪与从江香猪不同组织中的表达,为进一步研究PDK4、FGF10基因在脂质代谢及脂肪沉积等方面的调控作用提供科学依据。     

皱皮香猪3个基因组拷贝数变异的多态性分布

为探究皱皮香猪个体产生皮肤变异的根本原因,本文基于重测序数据,采用生物信息学分析皱皮香猪基因组中的拷贝数变异(CNV),通过荧光定量 PCR 方法检测皱皮香猪中 3 个 CNVs 的拷贝数变异规律,并与香猪和大白猪进行比较。结果表明:3 个 CNVs 在猪群中的拷贝数变异呈现出多态性变化,皱皮香猪中CNV1以拷贝数缺失型为主,其中的 MPC1和 RSK3基因可能与脂肪沉积有关;皱皮香猪 CNV2和 CNV3以拷贝数增加型占优势,其中的 CCL17和 CX3CL1基因参与皮肤等组织的炎症反应,可能通过剂量效应引起香猪皮肤产生褶皱。     

从江香猪附睾发育中凋亡相关因子Caspase-3的表达模式

细胞凋亡可及时清除机体内多余和受损伤的细胞,以维持组织器官的稳定性。为探讨凋亡过程在公猪附睾发育过程中发挥的潜在作用,本实验以从江香猪为研究对象,利用实时荧光定量PCR(qRTPCR)、免疫组织化学（IHC）和WesternBlot技术分析了附睾15d（初情前期）、30d（初情期）、60d（初情后期）和180 d（性成熟期）4个时期凋亡相关因子Caspase-3、Bax和Bcl-2的差异表达模式。qRTPCR结果显示：Casp3和Bax基因mRNA在从江香猪60d表达量最高,Casp3在15d表达量最低,15d和180 d差异不显著;Bax在180 d表达量最低,且15 d、60 d和180 d差异不显著;Bcl-2在60 d表达量最低,在15 d表达量最高,4个日龄段差异显著。免疫组化结果显示：Caspase-3蛋白在30 d主要表达在附睾管腔的微绒毛,而在180 d主要表达在管腔中的精子上。Western Blot结果显示：Caspase-3蛋白表达丰度依次为60 d>30 d>15 d>180 d,且各日龄段差异显著。综上,本实验发现不同日龄从江香猪附睾凋亡相关...     

荣昌猪杂交群体基因组拷贝数变异鉴定与分析

为找出可能的性状相关遗传标记,本研究利用猪SNP60芯片对150头荣昌猪杂交群体基因组拷贝数变异区域(CNV regions,CNVRs)进行检测。结果,发现5个CNVRs,其中缺失CNVRs 3个(CNVRs 2,4,5),重复CNVRs 2个(CNVRs 1,3),分别位于1、7、8、13、14号染色体上。其中CNVR1和CNVR5为新发现的CNVRs,CNVR2和CNVR3为已有报道但还未验证过的区域。采用qPCR方法对CNVRs进行拷贝数变异验证,发现CNVR2、CNVR3和CNVR5在多个猪种中都具有丰富多态性;而CNVR4为芯片假阳性结果。在qPCR验证的3个CNVRs中有46个蛋白编码基因,这些基因主要富集在嗅觉受体活性、乙醇代谢、神经系统发育以及脂肪酸代谢通路中。本研究结果为解析品种间表型变异的遗传基础提供了新的遗传变异素材。     

从江香猪基因组甲基化修饰与体重之间的相关性研究

为了探索从江香猪生长慢的表观遗传学机理,本试验应用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplifying polymorphism,MSAP)技术,将60头20 d从江香猪分为高体重组和低体重组,研究血液和肝脏基因组DNA中胞嘧啶的甲基化程度,并测定差异的甲基化片段核苷酸序列.结果发现,MSAP分析得到5 977条带;与低体重组相比,高体重组的血液和肝脏总甲基化水平较低,两组的血液半甲基化水平均较肝脏中的高,全/总甲基化水平较低.提示香猪血液和肝脏基因组的总甲基化程度随体重的增加而下降.经克隆测序得到5条有差异的甲基化条带A1-A5,其中A1和A2源自血液,A3-A5来自肝脏;A1和A4片段为高体重组特有,其余3条片段为低体重组特有;A3片段未找到相关基因,其他4个片段处于代谢或免疫相关的基因内部或5'侧翼区.提示从江香猪基因组的甲基化水平存在个体差异,并与20 d体重相关;得到的4条甲基化片段,将有助于香猪甲基化调控机制的研究.     

日粮能量对贵州从江香猪肌肉中氨基酸含量的影响

为研究日粮能量水平对贵州从江香猪肌肉中氨基酸含量的影响,在满足氨基酸蛋白质等营养水平的前提下,采取不同能量的饲料进行饲喂,选取10头年龄、体重接近的从江香猪,随机分为高能量日粮组(14.35 MJ/kg)和低能量日粮组(12.26 MJ/kg)。试验结果显示:低能量组和高能量组从江香猪肌肉中氨基酸总量分别为84.33 g/100 g和83.96 g/100 g,含量丰富。低能量组从江香猪肌肉氨基酸除甘氨酸、甲硫氨酸和脯氨酸外,其余氨基酸含量都高于高能量组,差异均不显著(P0.05)。低能量组从江香猪肌肉总氨基酸含量、半必需氨基酸含量、非必需氨基酸含量和鲜味氨基酸含量均高于高能量组,差异不显著(P0.05);低能量组必需氨基酸含量低于高能量组,差异不显著(P0.05)。从江香猪肌肉中高能量组EAA/TAA值和EAA/NEAA值均高于WHO/FAO理想蛋白质标准所规定的40%和60%,表明从江香猪肌肉在氨基酸组成上十分接近WHO/FAO理想蛋白质的标准,能为人体提供较为丰富的必需氨基酸。因此,适量降低日粮中的能量水平在从江香猪断奶仔猪实际饲养中是可行的。     

5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析

为了探究拷贝数变异(copy number variation,CNV)在不同猪品种间的多态性,本试验根据猪SNP60芯片检测结果,以大白猪、香猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪为主要研究对象,采用实时荧光定量PCR方法,对5个猪品种基因组中3个CNV区域(CNVR91、CNVR92和CNVR143)的拷贝数进行测定。结果显示,香猪的CNVR91以拷贝数缺失为主,其他4个猪品种的拷贝数以正常为主;香猪、大白猪、柯乐猪、荣昌猪的CNVR92以拷贝数缺失为主,糯谷猪以拷贝数正常为主;香猪和糯谷猪的CNVR143以拷贝数增加为主,其他3个猪品种以拷贝数正常为主。表明3个拷贝数变异区在5个猪品种之间具有多态性,可能通过剂量效应影响香猪、糯谷猪和柯乐猪等相关基因的表达和生理功能。     

从江香猪气喘病血清学调查

为了解从江香猪气喘病(支原体)感染情况,2014年9月至2015年8月分别从江县和榕江县采集香猪血清共640份.用ELISA的方法对全部样品进行检测,结果显示,抗体阳性总数为526份,阳性率为82.19%.表明在从江县和榕江县香猪普遍存在猪支原体感染,因此,采取相应的防控措施,保证从江香猪的健康发展.     

从江香猪细小病毒血清学调查

为了解从江香猪细小病毒病感染情况,2014年9月至2015年8月分别从江县和榕江县采集香猪血清共640份.用ELISA的方法对全部样品进行检测,结果显示,抗体阳性总数为244份,阳性率为38.13%.表明在从江县和榕江县香猪存在不同程度的细小病毒病感染,因此,采取必要的防控措施,对香猪资源的保护与发展具有重要意义.     

促进从江香猪生产发展的技术措施及对策

香猪是我县的特色地方品种,它以其“体型矮小,肉质细嫩,基因纯合,纯净无污染”等特点而闻名全国,自1998年以来,为了发挥香猪品种资源优势,县委、县政府结合县情实际,把发展香猪生产作为农村脱贫致富的一项支柱产业来抓,在国家、省、地县的关心和重视下,先后投入600多万元,建成面积达600m2,年屠宰50万头猪的现代化加工生产线和贮存200t的冷库一座,组建香猪开发公司,研制出腊香猪、烤香猪、香猪香肠、香猪火腿,香猪腊肉、美味心肝等系列风味食品,在香猪     

高产从江香猪资源调查及其FSH基因型分析

对贵州省从江县养殖的从江香猪资源进行了全面的调查,发现当地存在特殊的高产从江香猪群体。对同龄的高、低产香猪的体尺进行对比,同时采用PCR分析2个群体的促卵泡激素β亚基(follicle stimulating hormone,FSHβ)的基因型,结果表明,高产从江香猪群体的产仔数明显高于低产群体,同时,从江香猪高产群体的体长、体重、胸围、腰围4项指标明显较高(P<0.05),纯合的AA基因型频率也较高。结果表明:高产从江香猪不仅产仔数多,同时生长速度较快,基因更为纯合。从江香猪高产群体的深入研究将为香猪资源的多方位开发利用奠定基础。     

从江香猪圆环病毒Ⅱ型血清学调查

为了解从江香猪圆环病毒病Ⅱ型感染情况,2014年9月至2015年8月分别采集从江县和榕江县非免疫香猪血清318份,用ELISA方法对全部样品进行检测。结果:抗体阳性率为66.04%(210/318)。表明在从江县和榕江县香猪主产区存在不同程度的圆环病毒Ⅱ型感染,且规模场的香猪感染率明显低于散养户。     

从江香猪CAST基因的组织时序表达规律分析

为探究钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因在从江香猪组织中的时序表达规律,实验采用实时荧光定量PCR技术检测1、3、6、9、12月龄从江香猪心肌、肝脏、骨骼肌、背最长肌和脂肪5个组织中CAST基因mRNA的表达情况,并采用RT-PCR方法对贵州从江香猪CAST编码区基因进行克隆.结果表明:CAST基因在不同年龄阶段从江香猪...     

从江香猪CD53基因的组织表达和结构变异多态性研究

基于比较基因组学,在猪源白细胞表面抗原CD53基因中发现一段265 bp的结构变异(Structure Variant,SV).为了研究该结构变异在不同猪种中的多态性变化,本研究采用RT-qPCR检测从江香猪各组织中CD53基因mRNA的表达差异,并建立了结构变异CD53-I4-SV265的PCR检测方法,应用建立的检...     

从江香猪SIM1基因SNPs筛查及生物信息学分析

本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3'非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3'非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。     

从江香猪不同组织脂蛋白脂酶mRNA的表达及其酶活性研究

为进一步探究脂蛋白脂酶(LPL)基因的功能,揭示其对从江香猪肉质性状的影响,本研究采用荧光定量RT-PCR技术结合酶活性检测方法分析了从江香猪不同组织LPL基因表达水平及活性规律。结果显示,LPL基因在从江香猪大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、大肠、背肌、子宫和卵巢10种组织内均有表达;其中,背肌和心脏组织中表达量较高,子宫和肺组织中表达量较低,且背肌中LPL mRNA表达量显著高于其他各组织(P0.05)。从江香猪4种组织LPL活性分析结果表明,背肌组织中的LPL活性显著高于子宫和心脏组织(P0.05),说明背肌中脂肪沉积能力高于子宫和心脏组织,研究结果将为今后分析该基因对从江香猪肉质性能的影响奠定基础。     

从江香猪γ干扰素基因克隆与序列分析

试验旨在研究从江香猪γ干扰素（interferon gamma,IFN-γ）基因克隆与序列分析。试验提取贵州从江香猪肝脏组织总RNA,反转录生成cDNA,采用2对特异性引物进行巢式PCR扩增从江香猪IFN-γ（CJ-poIFN-γ）基因编码区,将其克隆至pUCm-T载体上,获得重组质粒pUCm-CJpoIFN-γ,并测序鉴定;利用NCBI、SOPMA、SignalP-4.1等在线服务器软件、DNAStar软件对CJ-poIFN-γ进行序列分析。结果表明,CJ-poIFN-γ基因编码区长501 bp,编码166个氨基酸;核苷酸序列比对结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪、荣昌猪、印度猪、长白猪、内江猪同源性为99.4%~100.0%;进化树分析结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪亲缘关系较近;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白不存在跨膜结构,为分泌蛋白,前23个氨基酸为信号肽序列;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白二级结构主要以α-螺旋（50.60%）和无规则卷曲（33.14%）为主,B细胞表位主要位于62-65、84-87、113-115、144-156和162-166位氨基酸。试验结果为进一步研究IFN-γ的生物活性、加快从江香猪品种资源的有效利用奠定基础。