不同鹌鹑群体EST-SSR标记多态性分析

为了加速分子标记在鹌鹑遗传育种等方面的应用,利用生物信息学方法开发出鹌鹑的6个EST-SSR新标记,并在两种鹌鹑中检测其多态性。结果显示:6个EST-SSR标记在朝鲜鹌鹑的平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.4937和0.5613,P2、P3、P5为高度多态标记,P1和P4为中度多态标记;6个EST-SSR标记在北京白羽鹌鹑的平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.5797和0.6331,P1、P2、P3、P5为高度多态标记,而P4和P6为中度多态标记。研究表明新开发的6个EST-SSR标记可以用于鹌鹑的遗传多样性分析。     

黑羽鹌鹑的EST-SSR标记开发与应用

本研究旨在加速分子标记在黑羽鹌鹑遗传育种等方面的应用,开发黑羽鹌鹑的EST-SSR标记。随机选取100只黑羽鹌鹑,心脏采血2mL,采用生物信息学方法开发黑羽鹌鹑的EST-SSR新标记,并检测EST-SSR标记在黑羽鹌鹑群体中的多态性。结果显示,在黑羽鹌鹑中成功的开发出了6个EST-SSR标记,EST-SSR标记检测到的观测等位基因数为2~6个,6个EST-SSR标记在黑羽鹌鹑的平均多态信息含量(PIC)为0.4962,平均期望杂合度(He)为0.5759。6个EST-SSR标记中P1和P2个为高度多态标记,其他4个EST-SSR为中度多态标记。新开发的6个EST-SSR标记可用于黑羽鹌鹑的遗传多样性分析,6个EST-SSR标记与鹌鹑的糖类代谢、黑色素的合成等有关系,但具体的机理还有待进一步分析。     

3个鹌鹑群体的微卫星标记多态性分析

为了从分子水平上揭示朝鲜鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、中国黑羽鹌鹑3个鹌鹑群体的遗传结构和亲缘关系,为鹌鹑的遗传资源研究提供科学依据,本研究采用PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳、聚类分析等方法对3个鹌鹑群体进行了微卫星标记的多态性分析。结果表明,12个微卫星标记在3个鹌鹑群体中检测到的观测等位基因数在4~7个之间,中国黄羽鹌鹑、中国黑羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑的平均多态信息含量分别为0.6853、0.6401和0.6565;平均期望杂合度分别为0.7333、0.6957和0.7111,以中国黄羽鹌鹑群体遗传多态样性最为丰富。聚类分析结果表明,中国黑羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑的遗传距离最小为0.0628,因此中国黑羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑先聚为一类,而后与中国黄羽鹌鹑聚合在一起。这也更进一步证明了中国黑羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑有更近的亲缘关系,而中国黑羽鹌鹑,朝鲜鹌鹑与中国黄羽鹌鹑的亲缘关系要远一些。     

微卫星标记在鹌鹑遗传育种中的应用

本文介绍了微卫星标记在鹌鹑遗传育种工作中遗传连锁图谱的构建、种群亲缘关系的鉴定、遗传多样性的研究、分子标记辅助选择、杂种优势预测及新型EST-SSR标记的开发等方面的应用。以期为今后鹌鹑的相关研究提供参考。     

白花草木樨EST-SSR标记的开发与筛选

草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用。本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选。通过PCR扩增从550对EST-SSR引物中筛选得到206对白花草木樨多态性引物,共检测出679个等位基因,平均每对引物检测出2.888个基因位点。多态信息含量PIC的分布范围为0.239~0.855,平均值为0.468。206对多态性引物Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为0.169和0.239。本研究开发的EST-SSR丰富了草木樨属的分子标记,为研究种质资源的遗传多样性和分子辅助育种奠定了基础。     

鹌鹑ESR1基因的外显子8多态性与早期生长性能的关联分析

为了探讨雌激素受体基因(ESR)多态性对鹌鹑早期生长性能的影响,试验采用PCR-RFLP法,对3个鹌鹑群体(中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑)进行ESR1基因外显子8的多态性检测,并与鹌鹑早期生长性能进行关联分析。结果表明:ESR1基因外显子8在3个鹌鹑群体中均检测到3种基因型,分别为TT、CC、CT基因型,ESR1基因外显子8在北京白羽鹌鹑和朝鲜鹌鹑中都以TT基因型频率为最高(0.708和0.500),而在中国黄羽鹌鹑中以CT基因型频率为最高(0.521)。在中国黄羽鹌鹑群体中CC基因型的体重、胸宽、胸深、胸骨长、体长显著性高于TT基因型(P0.05);朝鲜鹌鹑的TT基因型胫长和体重显著高于CC基因型(P0.05);鹌鹑ESR1外显子8多态性对北京白羽鹌鹑的早期生长性能无显著影响(P0.05)。说明ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

沔阳麻鸭遗传多样性研究

利用6个微卫星标记对42只沔阳麻鸭个体遗传多样性进行评估。结果表明,6个微卫星位点中有5个微卫星位点在沔阳麻鸭群体中的多态信息含量为高度多态,可作为有效的遗传标记用于沔阳麻鸭遗传多样性和系统发生关系的分析,沔阳麻鸭平均杂合度为0.48。     

基于EST数据的柞蚕SSR标记开发

柞蚕SSR标记的开发对研究柞蚕的遗传与进化、分子遗传图谱构建、功能基因定位和克隆等有重要意义。从1 500条柞蚕表达序列标签(EST)中鉴定了71个SSR位点,平均5.2 kb出现1个SSR位点,在1~6个碱基的重复基元中,以3个和4个核苷酸重复为主导类型。设计合成了29对EST-SSR引物,通过PCR扩增和电泳检测鉴定了7对具有多态性的引物,测序验证结果表明其中的4对为有应用价值的EST-SSR标记。建立的利用EST数据开发柞蚕SSR标记的方法,有助于进一步大量开发柞蚕SSR分子标记。     

三个品种母鹌鹑的体重和体尺性状比较分析

为了比较黄羽鹌鹑、白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个品种母鹌鹑的体尺、体重是否存在差异,试验选择8周龄3个品种母鹌鹑各50只,在相同饲养条件下饲养,分别对8～15周龄时的胫长、胸宽、胸深、胸骨长、胫围、体斜长、体重等指标进行测定,并利用SPSS软件进行比较分析。结果表明:在8～10周龄时,3个品种母鹌鹑胫长、胸宽、胸深、胸骨长、体斜长、胫围差异较大。在8周龄时,朝鲜鹌鹑的胫长、胸宽、胸深、体斜长均显著大于黄羽鹌鹑和白羽鹌鹑(P0.05),朝鲜鹌鹑和黄羽鹌鹑胸骨长和胫围显著大于白羽鹌鹑(P0.05)。在11～15周龄时,3个品种母鹌鹑体尺指标差异越来越小。在8～15周龄时,除了8周龄时黄羽鹌鹑胫长最小、15周龄时黄羽鹌鹑胸宽最大外,胫长、胸宽、胸深这3个性状表现为朝鲜鹌鹑黄羽鹌鹑白羽鹌鹑;胸骨长表现为黄羽鹌鹑朝鲜鹌鹑白羽鹌鹑;朝鲜鹌鹑和黄羽鹌鹑体斜长大于白羽鹌鹑;3个品种母鹌鹑胫围差异较小。在13周龄时,朝鲜鹌鹑体重与黄羽鹌鹑相比差异不显著(P0.05),而朝鲜鹌鹑、黄羽鹌鹑体重均显著大于白羽鹌鹑(P0.05);在8～12周龄和14,15周龄时,3个品种母鹌鹑体重差异均显著(P0.05),且朝鲜鹌鹑黄羽鹌鹑白羽鹌鹑。在相同试验条件下,朝鲜鹌鹑的生长发育最快,黄羽鹌鹑次之,白羽鹌鹑生长发育最慢。     

沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析

沙打旺是一种高产优质、抗逆性强的多年生异花授粉豆科牧草,但分子标记的缺乏限制了其在遗传育种等方面的研究和利用。本研究旨在开发大量沙打旺EST-SSR分子标记,为沙打旺种质改良和遗传多样性分析提供参考资源。首先利用De novo转录组测序技术对两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)进行RNA-seq测序,并对测序数据进行拼接获得总长度为190587631 bp的151516个unigenes。进一步在其中的30262个unigenes中检测到39163个EST-SSR位点,SSRs分布频率为25.85%。其中6635 (21.93%)条unigenes含有两个及以上SSR位点,复合SSRs有3514个(11.61%)。对所有EST-SSR位点进行引物设计,共得到22367对特异性引物。利用两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)对随机合成的100对引物进行初步筛选,其中90对可扩增出目的特异性条带。随机选择其中51对引物对27个沙打旺种质的遗传多样性进行评估,结果表明:51对引物的平均等位基因数、平均多态性信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为8.750、0.682、0.719和0.730。主成分及聚类分析结果揭示不同生态型(匍匐或直立)沙打旺种质的遗传分布具有明显的种质特异性,且聚类结果与其地理来源之间具有较高的相关性。新开发的EST-SSR分子标记可促进沙打旺遗传改良和基因组学研究,有助于沙打旺分子标记辅助育种、QTL定位和遗传变异分析。     

苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价

苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。     

蛋用鹌鹑神丹黄羽系与南农黄羽系比较试验

将鹌鹑神丹黄羽系与鹌鹑南农黄羽系在相同饲养管理条件下,进行生长发育与产蛋性能对比试验,结果表明：神丹黄羽系鹌鹑初生重、35日龄体重、105日龄体重分别比南农黄羽系鹌鹑低。神丹黄羽系鹌鹑的开产日龄分别比南农黄羽系鹌鹑早2～3d。15周龄产蛋数多4．9枚;20周龄产蛋数多4．2枚,总产蛋数比南农黄羽系高5％以上。神丹黄羽系105日龄平均蛋重10．96g／枚,比南农黄羽系低0.3g／枚,符合蛋品加工的要求。     

利用EST-SSR通用性和EST数据库筛选三叶草EST-SSR分子标记

为加速分子标记在三叶草中的应用,利用三叶草EST数据库(GenBank/dbEST)和EST-SSR的通用性,开展了三叶草EST-SSR分子标记筛选及利用研究。从五种作物和三叶草的EST数据中共筛选出445对EST-SSR引物,挑选107对引物用于5个三叶草品种的遗传多样性分析,其中表现多态性的引物为103对(96.3%),检测到的等位变异为293个,每对引物的等位变异数目为1~6(平均2.8),PIC值最高、最低、平均分别为0.79、0.28和0.55。聚类分析表明,在相似系数0.618水平可分为三大类,类Ⅰ由海发、瑞文德和碧盛组成,类Ⅱ为杂三叶,类Ⅲ为红三叶。     

黄羽栗羽及其杂种鹌鹑新城疫母源抗体消长规律及免疫后抗体生成规律的探讨

鸡新城疫（ND）是严重危害家禽的一种急性、热性、败血性传染病。本病自然感染可对鹌鹑生产造成很大损失，近年来我国各地相继发生。黄羽鹌鹑是朝鲜龙城系鹌鹑的突变系，通过一定的杂交组合可以组成自别雌雄配套系应用于生产，尤其是黄羽鹌鹑和白羽鹌鹑杂交正反交均可自别雌雄，在生产具有极大的推广价值。为了更好地推广黄羽鹌鹑，充分利用黄羽鹌鹑自别雌雄的遗传特性，为黄羽鹌鹑的推广提供相应的技术配套措施，特对黄羽、栗羽及其杂种进行了新城疫母源抗体消长规律和抗体生成规律进行了研究。报告如下。     

边鸡群体遗传结构的微卫星标记分析

利用15个微卫星标记对边鸡及2个对照品种(京海黄鸡和尤溪麻鸡)的群体遗传结构及遗传分化进行研究。结果表明:3个鸡群体的遗传多样性较为丰富。边鸡的平均多态信息含量(0.5387)和平均期望杂合度(0.5934)最高;京海黄鸡的平均多态信息含量(0.5041)和平均期望杂合度(0.5671)最低。边鸡中有9个位点为高度多态位点,其余6个为中度多态位点;京海黄鸡中有11个为高度多态位点;尤溪麻鸡中有7个为高度多态位点。3个鸡群体总近交系数(Fit)为28.1%,群体内近交系数(Fis)为22.7%,群体间基因分化系数(Fst)为7%,3个指标均达到极显著水平(P<0.001)。3个鸡群体中,边鸡内近交系数(Fis)最高(0.242),尤溪麻鸡最低(0.166)。总之,3个鸡群体的遗传多样性较为丰富。     

四川白鹅微卫星遗传多样性研究

为了解四川白鹅的遗传多样性,揭示其群体内遗传结构,采用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,选用15个微卫星标记对分布在重庆地区的四川白鹅的基因型进行检测。结果表明:微卫星标记CKW 12、CKW 21和TTUCG5 3个位点共检测到10个等位基因;平均遗传杂合度为0.643 0,平均多态信息含量为0.580 5,呈高度多态。这3个标记均可用于四川白鹅的遗传多样性评估和分子辅助选择标记。     

柱花草EST-SSR标记在山蚂蝗中的可转移性与应用

为鉴定山蚂蝗(Desmodium)种质资源的遗传背景及亲缘关系,选取92对柱花草(Stylosanthes spp.)EST-SSR标记和来自8个种的16份山蚂蝗材料,分析柱花草EST-SSR标记在山蚂蝗中的通用性,并对8种山蚂蝗进行亲缘关系分析。研究结果表明,柱花草EST-SSR标记在8种山蚂蝗种的可转移率为63.04%~73.91%,其中50对可在全部8种山蚂蝗中进行有效扩增。16对多态性EST-SSR标记在16份山蚂蝗种质中共检测到等位基因35个,平均2.19个。聚类分析表明,16份山蚂蝗种质可分为5类,与形态学划分结果相似。可见,柱花草EST-SSR标记在山蚂蝗上具有较高的可转移性,可应用于山蚂蝗种质资源评价及亲缘关系研究。     

微卫星标记ILSTS011在3个绵羊品种中的遗传多样性分析

为了分析微卫星标记ILSTS011的遗传多态性,研究以河南省地方绵羊品种大尾寒羊、小尾寒羊和豫西脂尾羊为研究对象,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分离微卫星标记的带型.结果表明:在3个绵羊品种中均检测到微卫星标记ILSTS011有3个等位基因,微卫星标记ILSTS011的平均杂合度为0.614 1,平均有效等位基因数为2.614 0,平均多态信息含量为0.551 3.说明ILSTS011为高度多态基因座,可作为有效的遗传标记用于大尾寒羊、小尾寒羊和豫西脂尾羊的遗传多样性分析.     

利用AFLP标记分析几个牛品种间的遗传距离

利用扩增片断长度多态性 (AFL P)技术 ,检测意大利褐牛、玛列姆牛和经高度选择的荷斯坦 -弗里生牛品种间 (内 )AFL P多态性 ,并估计它们的相对遗传距离。利用一种等位基因置换程序来估算遗传距离间的方差。用 2 4 8个多态标记分析4 7头荷斯坦 -弗里生牛品种内遗传距离 ,结果表明种用公牛的平均遗传距离比母牛低。另外 ,用 10 6个多态标记比较了意大利褐牛、玛列姆牛和经高度选择的荷斯坦 -弗里生牛 ,结果在这3个品种间没有观察到特异性条带。品种内平均遗传距离的贡献值是品种间的 85 % ,但是其结果和根据品种来源的聚类结果是一致的。根据品种间的遗传距离分析 ,玛列姆牛处于相对分化的位置。然而 ,复等位基因标记表明 ,品种的形成过程对标记位点多样性的影响作用很小     

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。