错分风险最小化特征搜索猪抗寒性状相关基因

采用常温状态和冷诱导状态两类地方民猪样本获得用于筛选民猪抗寒性状相关基因基因芯片数据,针对两类样本芯片抗寒性状相关基因提取问题,提出错分风险最小化特征搜索模型,通过设定算法参数筛选出抗寒性状相关基因集合,这些抗寒性状相关基因对于两类样本分类特征好,比较三种经典分类方法都获得稳定高效分类准确率,特征筛选过程获得抗寒相关基因具有较强分类效能,对基因生物学功能进行初步研究,这些基因参与功能过程是下一步要研究目标.     

错分风险最小化特征搜索猪抗寒性状相关基因

采用常温状态和冷诱导状态两类地方民猪样本获得用于筛选民猪抗寒性状相关基因基因芯片数据,针对两类样本芯片抗寒性状相关基因提取问题,提出错分风险最小化特征搜索模型,通过设定算法参数筛选出抗寒性状相关基因集合,这些抗寒性状相关基因对于两类样本分类特征好,比较三种经典分类方法都获得稳定高效分类准确率,特征筛选过程获得抗寒相关基因具有较强分类效能,对基因生物学功能进行初步研究,这些基因参与功能过程是下一步要研究目标。     

民猪耐寒基因目标风险最小特征搜索

面对小样本海量特征的基因芯片数据，准确高效地筛选分类特征基因是数据分析的重要工作。通过制备常温状态和低温状态两类地方民猪样本的基因芯片数据，以抗寒性状相关基因筛选为目的，提出目标风险最小特征搜索算法，通过设定目标参数筛选出抗寒性状相关的基因集合。这些抗寒性状相关基因对两类样本分类效果非常好，通过与经典的分类方法相比较，多种方法都获得稳定高效的分类准确率，该特征筛选过程获得的抗寒相关基因具有较强的分类效能。通过基因功能生物学注释，得到特征基因所在的功能结点信息，这些已知基因的功能为进一步研究特征基因集合中未知基因的功能提供了试验设计依据。目标风险最小特征搜索的同时可以进行样本分类和重要分类特征的筛选，适用于基因表达谱数据的统计分析。     

基于多形性胶质母细胞瘤的关键基因筛选研究

多形性胶质母细胞瘤(GBM)是一种最常见且致死率极高的脑部肿瘤.为了解决传统生存模型不能处理变量p远大于样本数n的基因表达数据的缺点,本文构建了一个关键基因筛选算法——SSLC算法.该算法结合限制性优化算法和生存模型筛选出了与生存时间相关的GBM关键基因,并通过比较证明了此算法优于传统经典算法,最后通过文献查找证明筛选出的部分基因是已经证实的和GBM高度相关的基因,为GBM的靶向制药打下基础.     

槐猪和杜洛克猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

为了筛选槐猪和杜洛克猪背最长肌中的差异表达基因,对槐猪和杜洛克猪背最长肌进行转录组测序,并进行生物信息学分析.结果表明,槐猪和杜洛克猪分别获得36 177 844和34 496 450条可用读段,且与猪参考基因组的比对率分别为78.71%和80.09%.槐猪和杜洛克猪间共有953个差异表达基因,以杜洛克猪为对照组,槐猪与之相比,有589个上调基因和364个下调基因.槐猪和杜洛克猪的差异表达基因共分类到48个基因本体(GO)条目中,其中,细胞组分13个、分子功能12个和生物学过程23个.显著富集的KEGG通路共计6个,其中,PPAR信号通路是与调节脂类代谢显著相关的通路.     

基于混合优化的双模深度学习文本分类方法

为解决文本分类中分类精度低的问题,提出一种混合优化的双模深度学习文本分类方法.该方法设计了一种混合优化算法,对深度学习模型进行权值调优,得到相关度高的特征和高性能文本分类结果.首先对文档进行预处理得到特征集合,设计了基于乌鸦搜索算法(CSA)和蝗虫优化算法(GOA)的混合优化算法,并使用双向门控循环单元(GRU)进行特征选择,得到具有上下文语义信息且相关的特征.最后,将最优特征输入到混合优化的深度置信网络(DBN)中得到文本分类结果.     

荧光定量PCR技术检测花生种皮抗黄曲霉基因表达强度

依据已获得的基因芯片和cDNA研究结果,筛选上调表达并且表达差异系数在5.0以上的花生种皮基因序列设计引物,采用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法对上述基因进行相对定量分析,以验证基因芯片研究结果并为分离黄曲霉抗性相关基因奠定基础。结果表明:荧光定量PCR的结果与基因芯片的结果高度一致,目的基因在感病和抗病品种之间差异显著,其中BE87、AW03在抗病品种中相对表达量较高,可能在抵御黄曲霉侵染过程中发挥重要作用。     

基于数据挖掘技术的乳腺癌亚型识别方法

随机森林算法可对特征进行重要性排序,并能提高运行效率和分类的准确率.采用方差分析、随机森林算法对乳腺癌基因进行筛选,使得用随机森林算法、支持向量机算法和k近邻算法测试集的准确率分别达到95.6%,92.9%和92.7%,并发现了区分乳腺癌不同亚型的两种最重要的基因GATA3和ESR1.     

大白猪及巴马香猪GHRH基因的SNPs筛选及其与体尺的相关性分析

为了解影响猪生长和体尺的重要候选基因(GHRH基因)多态性与猪体尺的相关性,选取大白猪为大型猪的代表,巴马香猪为小型猪的代表,利用测序法筛查了两猪种间GHRH基因上存在的SNPs,统计了各个SNP在2个猪种的基因型频率及等位基因频率,然后基于基因型频率对每个SNP与猪体型的相关性进行分析,并将筛选到的与猪体型相关的SNPs进行连锁不平衡及单倍型分析。结果表明:共有7个SNPs存在于两猪种间,分别为g.1874AC、g.2276AG、g.4165 C-、g.4238TC、g.8079 I-(GTGCTGGCGTGAG缺失)、g.8114AG及g.8178AG,且这些SNPs均与猪体尺性状显著相关,其中g.2276AG和g.4165 C-存在连锁效应,并且大白猪形成的优势单倍型为AC,而巴马香猪为G-型,单倍型频率在两猪种间存在极显著差异(P0. 001);位于基因内含子4的3个位点(g.8079 I-、g.8114 AG及g.8178AG)在大白猪中形成的单倍型为-GA,而巴马香猪为IAG,单倍型频率在两猪种间存在极显著差异(P0. 001)。这说明猪GHRH基因上存在的SNPs与猪体尺相关,可作为猪种遗传性状及育种的筛选标记,将为提高养猪经济效益及猪育种提供理论依据。     

民猪细胞色素C氧化酶Ⅰ基因的克隆、多态性检测及冷诱导研究

采用克隆测序和PCR- SSCP方法对民猪COX Ⅰ基因序列及多态性进行了检测与分析,采用实时荧光定量PCR法对同一饲养水平下经冷诱导处理的民猪和长白猪肌肉、肝脏组织中COX Ⅰ基因的表达变化进行分析.结果表明:民猪的COX Ⅰ基因序列与其他猪种相比,存在18个核苷酸突变,导致5个氨基酸发生变化;C260T、G275A和C1253T位点民猪以B等位基因占优势,大白猪、长白猪、北京黑猪、野猪则是A等位基因占优势;冷诱导后低温组民猪COX Ⅰ基因的表达量与常温组民猪和低温组长白猪相比,均显著下降(P＜0.05).据此推测冷诱导可导致COX Ⅰ基因表达量降低从而产生更多的ATP为机体提供能量抵御寒冷,COX Ⅰ基因可能是一个与猪的抗寒性显著相关的候选基因.     

基于无人机多光谱影像特征融合的小麦倒伏监测

【目的】小麦倒伏严重影响小麦光合及成熟进程,进而造成小麦减产及品质下降。为快速精确获取倒伏信息,评估无人机遥感监测小麦倒伏的能力,构建小麦倒伏监测模式,为灾情评估、保险理赔及灾后补救提供技术支持。【方法】利用近地无人机获取包含红、绿、蓝、红边和近红外5个多光谱波段图像,经过预处理飞行高度50 m的小麦冠层图像,得到分辨率为1.85(cm/像素)的数字正射影像图（DOM）和数字表面模型（DSM）,从中提取光谱特征、高度特征和光谱纹理共3类特征信息;采用支持向量机（SVM）和随机森林（RF）2种分类器对6种不同特征集组合进行倒伏分类比较,使用准确率（Acc）、精确率（Pre）、召回率（Re）和调和平均数（F1）以确定较优的特征组合和分类器;同时使用3种不同的特征集筛选方法（套索算法Lasso、随机森林递归算法RF-RFE和Boruta算法）对优化的特征子集进行综合评价,确立适宜的倒伏分类评价方法。【结果】单一特征的光谱和纹理及其组合对小麦倒伏的分类评价结果较差,“椒盐现象”严重,在此基础上融合DSM信息的分类精度显著提高。采用随机森林分类器对光谱特征、纹理特征和高度特征进行特征集组合,小麦...     

基因芯片技术在细菌学研究中的应用进展

基因芯片技术的诞生是基于人类基因组计划的成果,是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的新技术.能够广泛应用于基因表达分析、突变检测、核酸多态性分析、基因测序和药物筛选等几乎所有的生物学研究领域.综述了基因芯片技术的发展历史、原理、检测细菌的程序、在细菌学研究中的应用、存在的问题及其应用前景.     

表达谱基因芯片技术及其在动物基因组研究中的应用

将对表达谱基因芯片的原理、分类、技术流程、优点和在动物基因组研究中的应用以及存在问题作一综述,并对其应用前景进行展望。     

棉花抗低温生理指标和分子标记鉴定体系研究

[目的]研究低温胁迫下棉花生理生化指标,筛选确定棉花抗低温的特异分子标记引物.[方法]通过对30份农艺性状优良、抗低温程度不同的棉花材料在室内进行24 h 3℃低温胁迫处理,测定胁迫前后7项生理生化指标;从Genbank中调出与抗低温相关的基因片段,利用生物软件Oligo6.0处理并设计引物,筛选出与棉花抗低温基因序列相关分子标记的特异引物.[结果]建立与棉花抗低温相关生理生化鉴定指标3项,开发了与棉花抗低温相关的特异分子标记2对,筛选出抗低温材料5份.[结论]建立了棉花抗低温生理生化指标与特异引物分子标记相结合的鉴定体系.     

不同苹果中间砧枝条在越冬期间的生理特性变化及抗寒性比较

以15-1、1号、24-5、ZC9-3、 GM256和SH40苹果中间砧的1年生休眠枝条为试验材料,在越冬过程中,研究测定各苹果中间砧枝条的半致死温度及相关生理指标。利用主成分分析和聚类分析对6种苹果中间砧做出抗寒性综合评价和抗寒性分类。旨在研究各砧木枝条的生理变化规律,筛选出抗寒性强的优良苹果砧木,以期为植物抗性生理机制的研究和苹果抗寒砧木的应用提供理论依据。研究结果表明：6个苹果中间砧枝条的半致死温度与冬季气温变化趋势相同,呈先降低后升高趋势;丙二醛含量、SOD和POD活性、可溶性糖含量、可溶性蛋白含量和脯氨酸含量与冬季气温变化趋势相反,呈先升高后降低趋势。结果表明：15-1抗寒性最强,1号和GM256抗寒性较强,SH40和24-5抗寒性中等,ZC9-3抗寒性较弱。     

基于加速仪运动传感器的牲畜行为监测研究进展

加速仪运动传感器被大量用于牲畜行为监测,是当前开展精准养殖研究的重要方向。综述了加速仪运动传感器在牲畜行为分类方面的研究,介绍了加速仪运动传感器在牲畜身上的可佩戴位置,并对比了其在腿部和颈部的佩戴差异,详细论述了基于加速仪运动传感器的牲畜行为分类流程,具体包括采样时间窗口确定、特征向量抽取、分类算法构建等。行为自动分类是对牲畜进行自动化监测、精准化管理的前期和基础,未来应进一步突破分类模型构建、多元传感器融合、实时数据处理等关键技术研究。     

基于改进二进制粒子群算法的苹果多特征提取分级研究

为了提升对苹果分级的准确性,采用改进二进制粒子群算法对苹果多特征进行提取分级研究。首先建立苹果多特征提取量,包括大小、颜色、缺陷、形状特征;然后基于辅助搜索空间的二进制粒子群更新,对粒子位置增加状态翻转因子,根据收敛情况动态地获得单向翻转角度;接着通过Sigmoid函数、高斯函数对苹果多特征进行分级建模,确定了分段函数的参数值;最后给出了苹果分级的算法流程。实验仿真显示,该算法对苹果多特征提取分级的结果较其他算法更准确,且运行时间较少。     

基于粒子群聚类的防火树种分类

以福建省37种针阔树种的10个防火性能指标为数据来源,运用粒子群聚类算法将树种分成6类.结果表明：分类达到了较理想的效果,总体符合生产实际情况.与蚁群聚类算法比较,粒子群聚类算法应用于防火树种分析能够获取较优的适应值聚类、较大的类间距离和较小的类内距离.粒子群聚类算法便于应用,可为林业科学中相关研究提供一种新手段.     

DNA芯片技术在动物医学中的应用研究进展（摘要）

从基因表达谱研究、病原微生物检测、细菌分型、基因突变和多态学研究等多方面概述了DNA芯片技术在动物医学中的应用进展,并对DNA芯片技术的原理和分类进行综述。     

茶树叶片抗寒相关蛋白提取方法比较研究

对茶树叶片采用3种蛋白质提取方法,并对SDS-PAGE电泳结果进行了比较分析。结果表明,发现利用改良丙酮沉降法提取蛋白,不仅提取效率高,而且杂质干扰少。电泳结果显示,蛋白条带清晰,数量多。利用这一方法对冷驯化下不同品种茶树叶片抗寒相关蛋白进行了研究,在云抗43和舒茶早中分别发现了与抗寒相关的23 ku下调蛋白和51 ku上调蛋白,获得了满意的蛋白SDS-PAGE分析结果。