慈竹β-tubulin基因片段的克隆及序列分析

利用Trizol一步法提取慈竹幼笋总RNA,运用RT-PCR方法首次在慈竹中克隆到3条β-tubulin基因部分序列,命名为Na-βtub1、Naβ-tub2、Naβ-tub3,长度分别为958bp、958bp和959bp,分别编码318、318和319个氨基酸。核酸和氨基酸的序列比对分析结果表明,慈竹中3条β-tubulin基因核酸和推测的氨基酸序列之间相似性分别为92.46%和98.22%,与禾本科植物水稻、玉米、小麦的β-tubulin基因核酸和氨基酸序列相似性分别在89%和95%以上。     

基于tufA基因的泡状饶氏藻系统发育分析

对泡状饶氏藻[Jaoa bullata(Jao)Fan]的tufA基因进行扩增和测序,并与其它类群对比分析,分别用贝叶斯法、最大似然法和最大简约法构建系统发育树。结果显示,tufA基因测得的基因序列片段长度为957 bp,碱基组成A+T含量(64.7%)明显大于C+G含量(35.3%),说明该基因在进化上具有碱基偏好性。3种方法构建的系统树拓扑结构基本一致,泡状饶氏藻均构成相对独立的一支,显示与丝藻目、胶毛藻目及鞘藻目有一定亲缘关系。     

基于ITS序列对两株野生大型真菌的鉴定及系统发育分析

采用传统形态学分类法与 ITS（Internal transcribed spacer）序列分析法对采自湖北省恩施地区的2株野生真菌（样本编号: HBES1003、HBES1096)）进行分类鉴定与系统发育分析。依据其形态特征初步鉴定该2株菌株为绒盖牛肝菌属 (Xerocomus)菌种。为进一步确定鉴定的准确性和科学性学,对2株菌株样本的ITS全区序列进行PCR扩增测序,并在NCBI数据库中进行Blast比对,采用 NJ(Neighbor-Joining)邻接法构建出系统发育树,通过探究其与已知菌种的相关性进行分析鉴定。结果表明:样本HBES1003为绒盖条孢牛肝菌Xerocomus subtomentosus,样本HBES1096为黑斑绒盖牛肝菌Xerocomus nigromaculatus。     

基于ITS序列对市售常见食用菌的鉴定及系统发育研究

通过扩增食用菌的ITS序列对市售的真姬菇、杏鲍菇、蟹味菇、香菇和平菇的分类地位进行了研究。通过菌种分离、纯化、DNA提取、PCR扩增及PCR产物测序,获得的真姬菇、杏鲍菇、蟹味菇、香菇和平菇ITS序列长度分别为630bp、620bp、628bp、751bp和621bp。下载相似性最大的ITS序列,采用Clustalw和 MEGA 6.0软件采用N-J法构建系统发育树,初步确定真姬菇和蟹味菇为玉蕈属的 Hypsizygus marmoreus ,平菇为侧耳属的 Pleurotus ostreatus ,杏鲍菇为侧耳属的 Pleurotus fuscus ,香菇为香菇属的 Lentinula edodes,进一步筛选优良菌种提供了理论基础。     

腰果树上的烟草疫霉菌

腰果上技腐烂和落叶症状是在印度6、7、8月西南季风雨期间被观察到的。首次从感病枝条和叶片上分离到烟草疫霉菌。当人工接种在健康的腰果枝条上,在控制条件下产生典型的症状。从人工接种感病部位上重新分离到病原菌。从腰果上分离到的疫霉菌在《普通真菌研究》一书中证实为烟草疫霉菌。     

为害巴西胶橡树的疫霉菌

橡胶疫霉菌病害(条溃疡病和季风性落叶病)是云南垦区橡胶树的头号病害。而橡胶疫霉菌病害的病源,经过真菌学工作者反复的鉴定,认为有棕榈疫霉菌、葡萄疫霉菌、蜜色疫霉菌和橡胶疫霉菌等种。1980年,Paul Holl;day在其所著的《热带作物真菌病害》一书中,根据现有的文献,分别给予了系统的评述(见该书第340—341、352—353、356—357、367—378页)。无论对当前橡胶疫霉菌病害的防治或研究均有参考价值。     

基于ITS序列的杨柳树亲缘关系分析

该文以12个杨树无性系和4个柳树无性系为研究对象,利用MEGA5.0软件分析了16个无性系ITS序列平均总长度为663bp,其ITS序列区的各碱基含量为:A所占比例在17.14%~17.81%,T所占比例在16.79%~18.05%,G所占比例在31.93%~32.73%,C所占比例在31.89%~33.43%,G+C所占的比例在64.36%~65.66%,其中G+C含量最高的是小叶杨,最低的是窄冠。同时用邻接法构建了杨柳的系统进化树,其结果可以反映各无性系间的亲缘关系,表明ITS技术鉴定分析杨柳无性系植株是可行的。     

浦竹仔红色秆变异个体的rDNA ITS序列及系统发育研究

通过对浦竹仔红秆变异个体基因组DNA的提取、rDNA ITS片段的扩增、回收及测序,分析了其rDNA ITS序列,构建了系统发育树。结果表明,供试竹种与Genbank中记录的浦竹仔ITS全长序列相似度为99%,与同属的中华大节竹、酸竹属的酸竹、少穗竹属的少穗竹亲缘关系较近,其遗传距离为0.007和0.010。RNA二级结构模拟分析显示,各参试竹种之间5.8s RNA变异极微小,主要的遗传变异均集中在ITS1-ITS2非编码序列中。由此可以推论该竹种产花色苷性状并非种属差异导致,为样本收集地环境因子诱发基因突变所致。     

基于ITS和ycf1序列的白及遗传多样性分析

在白及资源调查和收集过程中,发现白及花型、花色、花期、叶片形态等多个性状变异程度较大.本研究收集了来源于四川和云南的白及资源30份,克隆并分析其nrDNA ITS和叶绿体ycf1基因差异,发现ycf1基因差异小,ITS基因差异较大,根据ITS序列差异,将白及聚类为3个支系,结合白及的表观性状,发现白及ITS序列与其花期...     

新疆野果林疫霉菌对植物叶片致病性的测定与分析

[目的]从病原菌和寄主两个维度,探究新疆野果林中疫霉菌对野果林内主要树种叶片的致病性,了解新疆野果林衰退的可能原因及疫霉对新疆野果林造成的潜在风险。[方法]利用菌丝块接种离体叶片的方法,将诱捕自新疆野果林的5种疫霉(Phytophthora plurivora、P.gonapodyides、P.lacustris、P.gregate、P. sp.)接种到苹果、杏、山楂和核桃的健康离体叶片上,一周后观察测量、计算病斑大小,并用R软件对数据进行双因素方差分析和作图。[结果]实验结果及数据分析表明:供试5种疫霉菌株接种到4种植物叶片上后,病斑大小存在显著性差异。其中,P.plurivora和P.lacustris产生的病斑较大,最大分别为18.68 cm~2和14.14 cm~2;寄主植物中,核桃和杏树叶片产生病斑较大,最大分别为18.68 cm~2和9.55 cm~2。[结论]供试树种和菌种对叶片病斑大小都有显著影响;供试5种疫霉对苹果、杏、山楂、核桃叶片的致病性依次为:P.plurivoraP.lacustrisP.gregate≈P.gonapodyidesP. sp.;苹果、杏、山楂和核桃这4种植物叶片对以上5种疫霉菌的感病性依次为:核桃杏山楂苹果。     

基于28S rDNA基因的天牛科部分种类的分子系统发育

对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系.在获得的772 bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5％;简约信息位点136个,占全部位点的17.6％.G+C的平均含量为60.8％,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换.系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致.28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关系的分子标记.     

拟南芥MYB基因对次生维管系统发育的影响

根据拟南芥ATH1全基因芯片分析毛白杨维管再生过程中基因表达谱的结果,选取了在芯片中特异表达且表达量较高的MYB转录因子家族的7个基因,通过拟南芥突变体研究其对次生维管系统发育的影响及与木材形成相关的关系。通过"三引物法"的纯杂合鉴定和切片显微观察,发现其中1个突变系只有纯合突变体没有杂合体,并且茎基部维管束间纤维细胞壁和野生型相比明显增厚,细胞数量减少,细胞腔也随之减小,推测该突变体可能与次生壁的沉积有关系。     

基于20种桉树叶绿体matK基因序列的系统发育分析

随着公共数据库信息量的不断丰富,桉树基因组序列的公布数据也逐渐增多。本文利用NCBI数据库下载的21条桉树叶绿体matK基因序列进行分析研究,发现软件构建的系统发育树树与学术界承认和使用的Hill＆Johnson形态分类学状态有一定的差异,可能与下载的序列数据不够全面、覆盖的信息量不能代表该种基因组序列有关。通过对MP法、ML法、NJ法、UPGMA法和Bayes法等5种方法构建系统发育树、序列信息位点分析和形态学分类状态的比较,UPGMA法构建的系统发育树与序列的信息位点分析结果较为一致,MP法构建的系统发育树较为可信,但进一步的信息确认还需后续的研究证实。     

基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物种分化

【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性检验的模拟值都集中在0.65和0.90左右,表明梭梭和白梭梭的生态位分化不明显。【结论】基于ITS和cpDNA序列组合,梭梭和白梭梭物种间的遗传分化明显,分子系统关系清楚; ITS和cpDNA序列组合都可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列;梭梭和白梭梭的生态位分化不明显,说明生态因素很可能对2种植物的分化与进化没有起到明显的作用,2种植物很可能也具有相近的进化历史。本研究的结论可以为梭梭和白梭梭的系统发育、遗传和进化研究提供重要的理论依据和数据支撑。     

基于nrDNA ITS序列的枣属植物亲缘关系分析

为了探讨枣属(Ziziphus Mill.)各种间的亲缘关系,以近缘属枳椇为外类群,用ClustalX2.1对枣属下31个种和1个外类群的ITS区进行了序列比对,利用MEGA软件中Kimura双参数模型计算种间遗传距离,并运用PAUP和MEGA等软件构建了系统发育树,结果表明:蜀枣、山枣和大果枣间、枣和酸枣间、毛脉枣、无瓣枣和褐果枣间的遗传距离较小,枣属内平均遗传距离为0.107;种间核苷酸序列相似性为83.4%,核苷酸中平均G+C含量为63.7%;系统发育树显示毛果枣、小果枣、Z.calophylla为1个进化枝,大果枣、山枣和蜀枣为1个进化枝,酸枣和枣为1个进化枝,毛脉枣、无瓣枣和褐果枣为1个进化枝,Z.parryi和Z.celata为单独一个进化枝,bootstrap支持率达99%~100%。     

可可不同品种的荚果对棕榈疫霉菌抗性反应的研究

<正>可可(TheobromacacaoL·)在印度南部喀拉拉、卡纳塔克和泰米尔那德各邦广泛种植,由棕榈疫霉菌(PhytophthoraPalmivora)引起的黑果病有较大的经济上的重要性。可可不同品系类型对棕榈疫霉菌侵染的感病性是不同的。本研究是棕搁疫霉菌对十九个可可品种荚果伤侵染的反应。对可可树上接近成熟的果上接种于马铃薯、葡萄糖、琼脂(PDA)培养基培养了七天的棕榈疫霉菌的菌园块,接种后     

灰树花的系统发育分析和主要木质素降解酶的测定

对灰树花菌株迁西二号进行了ITS序列扩增与测序(GenBank登录号为GU584099),并对灰树花及相关白腐菌进行了基于ITS序列的系统发育分析,结果表明灰树花与Grifola sordulenta (Mont.) Singer等白腐菌的亲缘关系较近。采用LNAS(低氮天冬酰胺-琥珀酸)培养基添加4种不同底物,对菌株迁西二号在25 ℃恒温下静置培养,得到了不同时间内的培养液,用紫外可见分光光度计分别检测了在470 、420 、310 nm处对于2,6-二甲氧基苯酚 (2,6-DMP)、2,2’-连氮-双(3-乙基苯并噻唑-6-磺酸)(ABTS)、3,4-二甲氧基苯甲醇/藜芦醇(VA)的氧化作用后光密度值的变化情况,作为锰过氧化物酶(MnP)、漆酶(Laccase)和木质素过氧化物酶(LiP)产生和活性大小的依据,从而获得了灰树花木质素降解酶系统的主要酶系及其与培养基的成分和酶作用底物的基本关系。结果表明,灰树花可产生MnP和漆酶,但不产生LiP;对比4种成分不同的培养液酶活力测定结果,未添加底物的培养液MnP最大酶活仅为2.96 U·L^-1,漆酶最大酶活仅为4.49 U·L^-1。添加底物木屑和2,6-DMP后MnP最大酶活为8.06 U·L^-1,漆酶最大酶活为9.85 U·L^-1,表明在培养液内添加酶的底物木屑后能轻微地提高两种酶的分泌量。     

星天牛转录组及三大解毒酶家族相关基因系统发育分析

【目的】研究星天牛转录组信息及体内细胞色素P450单加氧酶(cytochrome P450 monooxygenase,CYP)、羧酸酯酶(carboxylesterase,CarE)和谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)三大解毒酶系的表达谱情况,通过构建系统进化树,探析其这3种酶系基因家族的类别及其系统演化关系,为星天牛对多寄主种类的适应性与杀虫剂的抗药性机制研究提供依据。【方法】采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq TM 2500 对星天牛进行转录组测序与数据分析,通过数据筛选并进一步与鞘翅目近缘物种的解毒酶同源蛋白进行系统发育分析。【结果】经测序、序列拼接得到55 260条unigenes,将其与公共数据库进行同源比对,注释了32 247条unigenes,在Swiss-Prot数据库注释的unigenes的数量最多(99.11%);注释到Nr数据库时与赤拟谷盗的unigenes同源性最高(60.25%);在GO数据库中,共有8 083个unigenes被成功注释,根据其功能大致可分为3 类47 亚类;在KEGG数据库中,4 600 条unigenes与162个预测路径可以匹配。通过基因注释发现248条解毒酶系基因在星天牛体内表达,包括139条CYP基因、72条CarE基因、37条GST基因。系统发育分析发现,星天牛的大部分CYP基因都至少与一种鞘翅目近缘物种的CYP基因聚类在一起,P450基因中的CYP6家族数量与其他近缘物种(鞘翅目)类似,包含的基因数量最多;CarE解毒酶蛋白基因主要为β-酯酶、神经趋化蛋白、外源性代谢酶、未知等4种类型,分别可能参与星天牛的一些激素以及信息素的加工、神经和发育过程、消化与解毒等生理过程;星天牛的GST基因聚类主要包含Microsomal GST、Sigma GST、Omega GST、Delta GST、Theta GST等亚家族,具有保护生物大分子免受氧化损伤、催化活力等功能。【结论】本研究获得星天牛的转录组信息,初步探明星天牛体内三大解毒酶系的表达谱及分化情况,可为星天牛对多寄主种类的适应性与杀虫剂抗药性的产生及遗传机制研究提供基础数据和参考。     

基于核糖体DNA ITS序列和叶绿体DNA trnL-F序列的青篱竹属Arundinaria及近缘属系统发育关系的初步研究(英文)

在青篱竹属Arundinaria 系统分类中由于对该属的形态分类标准取舍不一,至今仍存在着严重的意见分歧。本文采用PCR 扩增产物直接测序的方法分析青篱竹属Arundinaria 及近缘属(如苦竹属Pleioblastus、矢竹属Pseudosasa、少穗竹属Oligostachyum、巴山木竹属Bashania、肿节竹属Clavinodum 等)有关争议属的代表种或模式种(毛竹为外类群)等18 种竹种的核糖体DNA ITS 区段序列和叶绿体DNA trnL-F 序列。分别对ITS 序列、trnL-F 序列和ITS 与trnL-F 的组合序列进行系统发育分析。结果表明,和trnL-F 区段序列相比,核糖体DNA ITS 区段序列有较高的系统发育信息位点。通过最简约分析产生的ITS 树、trnL-F 树和ITS 与trnL-F 的组合序列树表明,所得树形基本相似。供试竹种(斑苦竹A. oleosa、仙居苦竹A. hsienchuensis、茶秆竹A. amabilis、长叶苦竹A. chino、苦竹A. amara、宜兴苦竹A. yixingensis、菲白竹A. fortunei、翠竹A. pygmaea、大明竹A. gramineus、巴山木竹A. fargesii、冷箭竹A. faberi、凤竹A. hupehense、鼓节矢竹P. japonica cv. Tsutsumiana、矢竹P. japonica、短穗竹B. densiflorum、肿节竹A. oedogonata、少穗竹A. sulcata)形成一个单系类群,且分为2 个不同的分支。图3 表2 参11。     

用瑞毒霉、乙磷铝和亚磷酸防治由疫霉菌引起的菠萝心腐病

用瑞毒霉和乙磷酸对由寄生疫霉和樟疫霉引起的菠萝心腐病,以及由樟疫霉引起的根腐病进行了防治,植前以600ppm瑞毒霉和1,200ppm乙磷铝浸种苗防治效果显著。亚磷酸是乙磷铝水解后的一种产物,每公顷用3.36—6.72千克防治心腐病效果显著,同时因由此防治了根腐病,植株生长增长。温室研究表明,乙磷铝和亚磷酸都能在24小时内向下传导,结果控制了根腐病。在夏威夷,菠萝心腐病和根腐病是由滋生土壤的真菌—寄生疫霉和樟疫霉引起的。其症状已由Mehrlich描述过。腐霉也能引起菠萝根腐病。用其它农药防治心腐病已有报导。引进的两种新内吸性农药瑞毒霉和乙磷铝,使根腐病的防治也有了可能。据报导,在其他国家已应用这两种杀菌剂防治菠萝心腐病,不论是植前浸种苗或是植后植株喷药,乙磷铝降低了心腐病死亡率,并使成活植株的总根量和植株量增加。夏威夷在雨量多的情况下,菠萝心腐病、根腐病使这个地区经济受到严重的影响,因此需要进一步开展防治试验,以确定最低有效用药量和最有效的施药方法;由于乙磷铝水解之后产物亚磷酸存在于菠萝叶片和果内,因此做了亚磷酸对防病作用的试验。研究结果如下。