基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物种分化

【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性检验的模拟值都集中在0.65和0.90左右,表明梭梭和白梭梭的生态位分化不明显。【结论】基于ITS和cpDNA序列组合,梭梭和白梭梭物种间的遗传分化明显,分子系统关系清楚; ITS和cpDNA序列组合都可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列;梭梭和白梭梭的生态位分化不明显,说明生态因素很可能对2种植物的分化与进化没有起到明显的作用,2种植物很可能也具有相近的进化历史。本研究的结论可以为梭梭和白梭梭的系统发育、遗传和进化研究提供重要的理论依据和数据支撑。     

慈竹β-tubulin基因片段的克隆及序列分析

利用Trizol一步法提取慈竹幼笋总RNA,运用RT-PCR方法首次在慈竹中克隆到3条β-tubulin基因部分序列,命名为Na-βtub1、Naβ-tub2、Naβ-tub3,长度分别为958bp、958bp和959bp,分别编码318、318和319个氨基酸。核酸和氨基酸的序列比对分析结果表明,慈竹中3条β-tubulin基因核酸和推测的氨基酸序列之间相似性分别为92.46%和98.22%,与禾本科植物水稻、玉米、小麦的β-tubulin基因核酸和氨基酸序列相似性分别在89%和95%以上。     

湖南省油茶炭疽病病原鉴定

【目的】研究湖南省油茶炭疽病病原,为该病害的防控提供依据。【方法】采集湖南省长沙、株洲、浏阳、永州、怀化、常德、常宁等油茶主产区9个样地的典型油茶炭疽病叶,分离纯化叶片病健交界处的真菌菌株,观察菌株在(PDA)培养基上的菌落、分生孢子及附着孢的形态特征,确定为炭疽属真菌。进一步对炭疽属菌株进行柯赫氏法则验证,确定油茶炭疽病病原菌菌株。对获得病原菌的r DNA-ITS、CAL和GAPDH 3个基因进行PCR扩增和测序,得到的基因序列与GenBank中已有模式炭疽属菌株序列按照3个基因一致的顺序拼接后采用PAUP和MrBayes软件构建系统发育树。【结果】从湖南省9个采样地共分离获得62株炭疽属菌株,致病性测试表明这62株菌均能对油茶嫩叶和果致病,但不同菌株的发病时间具有一定差异;根据形态特征及多基因系统发育分析,最终明确湖南省油茶炭疽病的病原种类。【结论】湖南省油茶炭疽病的病原菌包含果生炭疽菌、暹罗炭疽菌、胶孢炭疽菌、山茶炭疽菌和哈锐炭疽菌5种炭疽属真菌,其中果生炭疽菌分布范围最广,分离率最高,达到64.5%。     

一株野生紫丁香蘑的鉴定与液体菌种培养初探

文章对采集到的一株野生大型真菌子实体进行了菌种分离,并对获得的菌丝进行了rDNA ITS序列分析。结合形态鉴定,对分离株r DNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物长度为649 bp,登录NCBI与GenBank中已知的菌种进行Blastn比对,序列相似性在99%~91%之间,下载相似性高的菌种的ITS序列,通过ClustalW进行序列比对,MEGA5.2构建系统发育树,通过树图分析,鉴定出分离的菌株为紫丁香蘑纯菌种。然后,对紫丁香蘑液体菌种培养进行了初步探索,其中配方3生长速度最快,适宜紫丁香蘑液体菌剂培养。     

越南黄檀锈病病原菌的鉴定

【目的】描述在海南省澄迈县新发现的越南黄檀锈病的症状及其孢子形态特征,并提取DNA进行ITS序列扩增测序,从而鉴定该病的病原。【方法】实地调查该病害的发生和为害情况,观察并记录病害症状。采集该病新鲜夏孢子,制备浓度为1×105个·m L-1的夏孢子悬浮液,对越南黄檀健康叶片进行涂抹接种,采用单孢子堆分离法获得1株越南黄檀锈病纯培养物HNCM1。利用孢子形态观察结合ITS序列分析的方法对该病原菌进行鉴定。【结果】越南黄檀锈病为害寄主叶片与枝条,以当年生嫩枝叶为主,每年暴发2次,4月上旬—6月上旬与9月中旬—11月上旬为2个盛发期,重病株发病率可达75%以上。夏孢子堆初期为黄色或橙黄色,粉状,一般长在叶背面圆形或椭圆形小突起上,直径约0.2~2.5 mm,严重时连接成片引起嫩叶卷曲或畸形,后期在叶片上形成锈褐色枯死斑,导致老叶枯死或早落;夏孢子圆形、椭圆形,表面有小刺,萌发孔不明显,大小为(13~21)μm×(10~16)μm,壁厚约1μm。冬孢子堆苍白色、胶质状,天气转凉时偶见,呈圆形,小于夏孢子堆;冬孢子椭圆形、棍棒形或近纺锤形,大小为(19~28)μm×(13~16)μm,无色,光滑单细胞,具柄,长约7~10μm,壁厚约1μm。该病原ITS序列扩增产物长约750 bp,产物经双向测序拼接后得到640 bp,进行Blast比对,结果表明,病原菌ITS序列与Gen Bank中已有的序列同源性较低,最高仅为90%。【结论】引起海南省澄迈县越南黄檀锈病的病原菌为紫檀无眠单胞锈菌,夏孢子ITS序列在Gen Bank中尚无同源性较高序列,获取HNCM1菌株的Gen Bank登录号为KU301795。     

石碌含笑枯梢病菌的鉴定及生物学特性

【目的】对广东省徐闻县2~3年生石碌含笑嫁接苗枯梢病进行病原菌的分离鉴定,分析其致病性及生物学特性,为该病的诊断和防控提供理论基础。【方法】将病枝表皮削除后,取病组织接种到PDA培养基中,25~30℃黑暗培养后,得到纯培养物,将其接种到健康寄主,测定其致病性。将病原菌的ITS、组蛋白HIS、延长因子TEF和微管蛋白TUB的基因扩增测序后,在Gen Bank进行序列比对,采用邻接法(NJ)和贝叶斯法(BI)进行多基因位点系统发育分析,确定病原菌与近缘种的关系。根据系统发育分析以及形态学特征对病原菌进行种类鉴定。将菌饼接种到培养基中,测定不同培养基、温度、p H、碳氮源和光照处理对病原菌的菌丝生长和形成分生孢子座的影响。【结果】从病组织中分离到的菌株可引起健康植株发病,其形态学特性与间座壳菌一致。Gen Bank比对结果显示,病原菌ITS序列与间座壳菌几个种的序列同源性高于99%,而HIS、TEF和TUB基因序列与Diaporthe ueckerae的序列同源性为100%。系统发育分析结果显示石碌含笑病原菌与Diaporthe ueckerae以自展支持率99%和后验概率1.00聚集在同一分枝。病原菌在不同培养基、温度、碳氮源条件下,菌丝生长速度和产生分生孢子座数量差异显著,在p H 4-8时菌丝生长和产分生孢子座差异不明显,不同光处理对病原菌生长影响差异不显著,但对产生分生孢子座影响差异显著,12 h光照+12 h黑暗处理与12 h光照+12 h黑暗+10 min紫外线处理不利于形成分生孢子座。【结论】石碌含笑枯梢病的病原菌是D.ueckerae Udayanga et Castlebury 2015,对环境因子适应性广,仅在低于15℃和高于35℃时不产生分生孢子座。     

河南省臭椿炭疽病病原鉴定

[目的 ]鉴定引起河南省洛阳市嵩县天池山国家森林公园臭椿炭疽病病原菌,为该病害的防控提供依据。[方法 ]采用常规组织分离法进行病原分离,利用形态学和多基因系统发育分析相结合的方法对分离菌株鉴定并进行致病性测定。[结果 ]从病组织中共分离获得11株菌株,所有菌株在PDA培养基上菌落特征表现一致,正面菌落先白色后灰色,背面黑色,分生孢子为圆柱状,两端钝圆,单孢,无色,初步鉴定分离菌株为炭疽菌Colletotrichum spp.。选取代表菌株CH-1和CH-3接种臭椿叶片,有伤条件下接种均能引起臭椿叶片发病,发病叶片症状与田间一致,柯赫氏法则验证成立;经多位点基因(ITS、ACT、TUB2、CHS-1和GAPDH)系统发育分析,发现分离菌株与果生炭疽菌C. fructicola聚集在同一个分支上,支持率达到99%。[结论 ]本研究首次采用形态学结合多基因系统发育研究,明确发生在河南省洛阳市嵩县天池山国家森林公园的臭椿炭疽病为果生炭疽菌C. fructicola所致。     

桉树无性系与亲本及桉属其它种遗传关系分析

对桉属(Eucalyptus)的11个种和3个元性系的ITS序列进行了比对分析,桉属的不同种以及3个无性系的ITS长度范围为633～678 bp.分析表明,3个无性系的ITS为假基因,其ITS序列长度比近缘种长38～45 bp.因此,通过ITS引物扩增和测序可以将无性系与其它种类、品种或类型区分.系统发育分析表明,柠檬...     

竹花叶病毒福州分离物基因组序列分析及其侵染性克隆的构建

【目的】研究BaMV福州分离物BaMV-TMS1及其携带的卫星RNA(satBaMV)分离物satBaMV-TMS1的全基因组特征,明确其系统发育关系;对BaMV进行c DNA侵染性克隆构建方法的改进,为其反向遗传学体系的快速建立提供简便的方法。【方法】根据已报道的BaMV和satBaMV全长序列保守区分别设计2对和1对扩增引物,从感染BaMV的竹叶中扩增、克隆获得BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1的全长序列,并进行序列特征分析和系统发育树构建。采用多片段无缝克隆方法将扩增得到的2个病毒DNA片段和载体进行连接并转化农杆菌,接种本氏烟后检验其侵染性。【结果】测序获得的BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1分离物核苷酸序列全长分别为6 366和834 nt(不含3'端的多聚腺苷酸尾),具有典型的BaMV和satBaMV基因组结构特征。BaMV-TMS1分离物与已报道的其他分离物序列同源性为82%~83%,而satBaMV-TMS1分离物与其他分离物的序列同源性为92%~93%。系统进化树分析表明,BaMV-TMS1分离物可单独形成一簇,satBaMV-TMS1分离物也单独形成一个新的分支。侵染性克隆通过农杆菌注射接种本氏烟10天以后,RT-PCR检测以及透射电镜负染观察结果都验证病毒成功侵染。【结论】BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1分离物与已知序列有着较高的变异度且生成新的系统发育树分支,体现了该病毒与卫星RNA较高的遗传多样性。本研究成功构建具有生物活性的BaMV侵染性克隆且构建方法相对简单快速。     

核桃举肢蛾和桃蛀螟幼虫肠道细菌多样性的PCR-DGGE和T-RFLP分析

【目的】了解危害核桃果实青皮的核桃举肢蛾和桃蛀螟幼虫肠道细菌群落结构与多样性。【方法】采用基于16SrRNA基因的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)技术分析2种害虫幼虫肠道细菌群落特征。【结果】1)PCR-DGGE分析显示核桃举肢蛾幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、肠杆菌属、根瘤菌属和假单胞菌属,其中沃尔巴克氏体属是优势菌群,占测得序列的40.0%;桃蛀螟幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、根瘤菌属和假单胞菌属,其中肠球菌属是优势菌群,占测得序列的62.9%。2)DGGE条带的系统发育分析显示,核桃举肢蛾幼虫肠道中,72.5%的菌株属变形菌门,12.5%的菌株属于厚壁菌门,15.0%的菌株属于拟杆菌菌门。桃蛀螟幼虫肠道中,37.0%的菌株属于变形菌门,63.0%的菌株属于厚壁菌门,未检测到拟杆菌门细菌。3)T-RFLP分析显示76 bp和122 bp T-RFs分别是桃蛀螟和核桃举肢蛾幼虫肠道的优势菌群,T-RFLP的主成分和聚类分析显示核桃举肢蛾和桃蛀螟幼虫肠道细菌群落结构明显地分为2类。4)PCRDGGE和T-RFLP 2种方法均显示核桃举肢蛾幼虫与桃蛀螟幼虫肠道细菌多样性差异不显著但种类组成所占比例有较大差异。【结论】初步揭示了危害核桃果实的2种不同食性昆虫幼虫肠道细菌组成特点,可为进一步探讨其肠道微生物与其食性之间的关系提供理论基础。     

猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB克隆及序列分析

【目的】猕猴桃溃疡病菌通过抗铜相关基因的表达和调控而表现出一定的抗铜性,研究抗铜基因对揭示病原菌的抗铜机理、病害的灾变机理以及有效防控具有重要意义。本研究旨在明确湖南地区猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB的序列结构,为进一步研究该病菌的抗铜机理及制订相关防治策略提供参考依据。【方法】利用引物copB-F/copB-R对湖南猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB进行PCR扩增并进行核苷酸序列分析及编码蛋白质预测。采用BLAST进行序列比对,ProtParam分析蛋白理化性质,ProtScale预测蛋白亲疏水性,DNAMAN进行氨基酸多序列比对,MEGA5进行系统进化树分析。【结果】获得猕猴桃溃疡病菌Psa-FHHY株系、Psa-JSHY株系、Psa-JSJK株系的CopB基因片段为891 bp,编码296个氨基酸,编码的氨基酸不稳定性系数为32.29,该基因编码蛋白质的相对分子质量为31.853 kD,理论等电点为4.66,总平均疏水指数（GRAVY）值为-0.342,为亲水性蛋白。BLAST分析结果表明,所扩增的猕猴桃溃疡病菌与其它猕猴桃溃疡病菌株CopB基因相似性在98.32%以上,与其它丁香假单胞菌属的CopB基因相似性在60.57%～95.06%。【结论】湖南猕猴桃溃疡病菌抗铜基因CopB保守性强,具有较高的系统进化一致性,未出现明显变异。     

无毛青藤叶绿体基因组解析及系统发育分析

【目的】根据基因组浅层测序结果,解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列（SSR）位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料,对其叶绿体基因组进行测序,组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中,GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区（LSC,85 225 bp）、小单拷贝区（SSC,18 779 bp）以及反向重复序列（IRs,26 254 bp）。4个区段中,IR区的GC含量最高（43.3%）,LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因,其中,84个位于LSC区,SSC区13个,两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点,碱基组成以A/T碱基类型为主;33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性,并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支,其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外,其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿...     

杧果矮化基因GA2ox的克隆、亚细胞定位及表达分析

【目的】为研究杧果树体发育过程中GA合成调控以及GA信号转导的作用提供参考,并为矮生型杧果品种及矮化砧木的选育提供参考。【方法】以广西地方具有矮化特性杧果品种‘桂热杧82号’无病虫侵害的嫩叶为材料,对其GA2ox基因克隆,并进行亚细胞定位及表达分析。通过改良Trizol法提取叶片总RNA,利用简并引物克隆GA2ox基因片段,采用RACE法得到基因的全长cDNA序列,命名为MiGA2ox。通过生物信息学方法分析其结构特征,利用GFP进行亚细胞定位,采用实时荧光定量RT-PCR技术研究MiGA2ox基因在‘桂热杧82号’与乔化品种‘金煌杧’中的表达特性。【结果】MiGA2ox全长cDNA序列为2 051 bp,含有3′非翻译区约900 bp,5′非翻译区约400 bp。GA2ox序列均含有完整的开放阅读框,终止密码子为TGA,编码341个氨基酸,与橙子(XM_006467404.3)、柑橘(XM_006449629.2)、木薯(XM_021738345.1)、巴西橡胶树(XM_021820571.1)、陆地棉(XM_016896568.1)、中棉(XM_012597405.1)的一致性分别为79%、79%、78%、78%、76%、75%。MiGA2ox编码蛋白的相对分子质量为38 729.4 Da,等电点为6.56,为稳定蛋白,无信号肽,无明显疏水区,无跨膜结构域。根据共聚焦激光扫描显微镜观察结果可知,MiGA2ox编码蛋白定位于细胞核中。在随机选择2个时间节点,矮化品种‘桂热杧82号’MiGA2ox的表达量均高于乔化品种‘金煌杧’。【结论】‘桂热杧82号’MiGA2ox基因的表达与其矮化性状有关。     

一株杨树灰霉病原菌的分离及鉴定

采用组织分离法对新林1号杨叶部病害的病原菌进行了分离、纯化,并利用柯赫氏法则验证及ITS序列分析鉴定病原菌种类。结果表明：从新林1号杨上分离获得病原菌XL-1,其菌丝白色,在PDA培养基上菌落平展,边缘整齐,不产生色素。经柯赫氏法验证XL-1是引起新林1号杨发病的病原菌。提取XL-1菌丝DNA,DNA质量较好,以ITS1/ITS4为引物进行PCR扩增,获得542bp目的条带,经BLAST比对序列与登录号为MH212236.1 Botrytis cinerea覆盖度为100%,相似性为100%。下载相似性序列及Botrytis属标准菌株ITS序列,经MEGA 7.0构建系统发育树,表明XL-1与B. cinerea聚为一支,XL-1被鉴定为B. cinerea,这为下一步研究杨树灰霉病致病机理及综合防控奠定了基础。     

卷边桩菇组织分离与ITS序列分子鉴定

为了研究卷边桩菇[Paxillus involutus(Batsch)Fr.]不同分离部位、不同培养基对菌丝生长的影响,并鉴别卷边桩菇组织分离株的真伪,对采集的野生卷边桩菇子实体进行了菌种分离,并对获得的菌丝进行了rDNA ITS序列分析。结果表明:A3是卷边桩菇菌丝分离较适宜的培养基配方,菌盖与菌柄连接处为分离的最佳部位。对卷边桩菇分离株rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物长度为724bp,登录NCBI与GenBank中已知的菌种进行Blastn比对,序列相似性在99%~93%之间,下载相似性高的菌种的ITS序列,通过ClustalW进行序列比对,MEGA5.2构建系统发育树,通过树图分析,鉴定出分离的菌株为卷边桩菇纯菌种。     

新疆野苹果林中疫霉菌种类鉴定及致病性研究

[目的]通过研究新源县和巩留县野苹果林中疫霉菌的种类和致病性差异,为探讨新疆野苹果林衰亡原因提供基本资料,为野苹果林病害防治提供科学依据。[方法]采用疑似疫霉病害样品采集、土壤诱捕、林间溪流诱捕等方法对新疆野苹果林中的疫霉菌进行了调查采样和监测诱捕,并利用选择性培养基分离获得疫霉纯菌株。通过形态学观察和rDNA-ITS序列分析相结合的方法对所获得的疫霉菌株进行分类鉴定,并通过离体叶片接种试验对所鉴定的疫霉菌进行致病性测定。[结果]依据形态学特征和序列分析,鉴定得到5个种共计88株疫霉,分别为65株湖沼疫霉Phytophthora lacustris Brasier,Cacciola,Nechwatal,JungBakonyi、16株节水霉状疫霉Phytophthora gonapodyides(Petersen) Buisman、3株多寄主疫霉Phytophthora plurivora T. JungT. I. Burgess、2株聚疫霉Phytophthora gregata T. Jung,M. J. C. StukelyT. I. Burgess和2株Phytophthora sp.1。将前4种疫霉接种离体野苹果叶片后,发现它们均产生病斑,其中湖沼疫霉在离体叶片上产生的病症最为明显。[结论]新疆野苹果林中具有多种疫霉菌,且所鉴定的4种疫霉菌均对野苹果叶片有一定的致病性。     

多脉铁木叶绿体基因组的序列特征和系统发育

【目的】多脉铁木是中国特有种,为浙江省珍稀濒危野生植物和极小种群保护对象。在浙江,多脉铁木的野生植株数量极其稀少,低龄个体极少,种群面临衰退。叶绿体基因组在进化过程中相对保守,可为亲缘关系分析和系统发育研究提供有用信息。本研究在组装叶绿体基因组的基础上,对序列特征进行分析,以明确多脉铁木叶绿体基因组的大小、结构和基因组成等信息;通过系统发育分析,明确其与近缘种的关系和分类地位。【方法】利用CTAB法提取多脉铁木的基因组DNA,并构建测序文库,用Hi Seq X Ten进行高通量测序,策略为双端测序;借助Novo Plasty组装叶绿体基因组;用PCR方法克隆边界序列并进行测序验证; SSR的检测采用MISA软件;利用PhyML 3. 0构建系统发育树。【结果】去除接头和低质量的序列,共得到19 869 412条clean reads。序列组装结果表明,多脉铁木叶绿体基因组的全长为159 583 bp,具一个典型的四分体结构,大单拷贝区、小单拷贝区及反向重复序列的长度分别为88 514、18 953、26 058 bp。多脉铁木叶绿体基因组中共有131个基因,其中蛋白编码基因85个、tRNA基因36个、rRNA基因8个,其中的ycf1和ycf15为假基因,它们的序列长度均短于正常基因。多脉铁木叶绿体基因组上共有58个SSR,其中单碱基重复有53个。序列比对结果表明,多脉铁木与天目铁木的相似性最高,达99. 1%,与铁木的相似性最低,为98. 7%。构建系统发育树的最佳模型为GTR+G+I,其中的AIC(赤池信息标准)和BIC(贝叶斯信息标准)分别为556 643. 629 64和556 954. 642 07。系统发育分析结果表明,12种植物在发育树上可分为两大组,桦木族的日本桤木和红桤木聚为一组,榛族的10种植物聚于另一组;多脉铁木与铁木属其他3个种聚于同一分支,支持率均为100%。【结论】在高通量测序的基础上,组装完成多脉铁木的叶绿体基因组,它与天目铁木、毛果铁木和铁木叶绿体基因组的相似性较高,在系统发育树上聚为一组。多脉铁木叶绿体基因组的组装、序列比对和系统发育分析,可为后续开展遗传结构和群体遗传多样性研究奠定基础。     

4个姬松茸菌株rDNA ITS序列比较

应用通用引物ITS1和ITS4从4个姬松茸(Agaricus blazei Murill.)菌株子实体中扩增出rDNA ITS序列(登录号分别为EF195648,EF471305,EF471306,EF471307),4菌株ITS序列长度分别为734bp、700bp、724bp和735bp。通过GenBank中BLAST,四个姬松茸菌株与A.brasiliensis(AJ884651)和A.blazei(AF161013)相似率最高,分别为:94%、99%、97%和98%。四个姬松茸菌株同源性较高,达93%以上,其中,ABM-B与ABM-D相似率最高,为97%;ABM-B与ABM-C相似率为96%,ABM-A与ABM-C、ABM-C与ABM-D相似率为94%,ABM-A与ABM-D相似率为93%。     

危害云锦杜鹃的简脉茎蜂属一新种（膜翅目：茎蜂科）及系统学意义

【目的】研究宁波地区发现的一种严重危害云锦杜鹃的茎蜂类害虫，明确其种类和分类地位，并探讨该类茎蜂多样化的可能机制。【方法】采用经典比较形态学研究法，确定种类名称并判断本种害虫的所属类群。采用第二代测序技术，完成全基因组测序；并对其线粒体基因组进行组装、序列特征分析、近缘种遗传距离统计并构建基于蛋白质编码基因的系统发育关系。【结果】确定蛀茎危害云锦杜鹃的茎蜂害虫是一个新物种：杜鹃简脉茎蜂Janus dujuan Wei, sp. nov.。杜鹃简脉茎蜂与西藏东部分布的黄腹简脉茎蜂J. xanthus Naito&Smith, 1998近似，但体色和构造与该种均不同。杜鹃简脉茎蜂的线粒体全基因组序列全长17 725 bp，包含全部37个基因。基于线粒体基因组数据，重建了简脉茎蜂属5个物种的分子系统发育树，结果表明杜鹃简脉茎蜂与斑翅简脉茎蜂种团的缘斑简脉茎蜂组成单系群，杜鹃简脉茎蜂与已知线粒体基因组数据的简脉茎蜂属种类差距很大，cox1序列的K2P距离为14.7%～21.4%。讨论了茎蜂科茎蜂属和简脉茎蜂属的生物地理特征，推测简脉茎蜂属在东亚南部的多样化可能与本地区杜鹃花科植物的多样...     

新疆野苹果叶片内生细菌的分离鉴定及其促生特性

【目的】找寻有益于新疆野苹果植株生长发育的优良菌株,为新疆野苹果叶片微生物资源的研究与利用提供依据。【方法】以新疆野苹果叶片为研究对象,利用稀释分离法分离内生细菌,通过16SrDNA基因测序和序列比对,对菌株进行分类。通过配制不同功能培养基对内生菌株进行功能鉴定,并进行盆栽试验,研究其促生特性。【结果】共鉴定出24株菌株,分属于2个属的6个种,其中芽孢杆菌属Bacillus 23株、赖氨酸芽孢杆菌属Lysinibacillus 1株。通过对这24株菌株进行功能鉴定,筛选出4株具有解磷作用的菌株及3株具有分泌IAA功能的菌株。盆栽促生试验结果表明,筛选出的优质功能菌株HDM4和HC2均具有促进幼苗生长的能力,促生效果较为明显的是叶绿素含量和维生素C含量。与对照组相比：经HDM4菌液处理后叶绿素含量和维生素C含量分别提高了50.7%和43.4%;经HC2菌液处理后叶绿素含量和维生素C含量分别提高了47.5%和58.0%;经HDM4菌液处理后株高和茎直径分别增加了12.4%和6.4%;经HC2菌液处理后株高和茎直径分别增加了29.5%和37.2%。【结论】芽孢杆菌属广泛分布于新疆野苹果叶片中...