肌苷酸合成酶系PURH基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的关联分析

在分析氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶/次黄嘌呤核苷酸环水解酶基因(fused IMP cyclohydrolasegene/phosohoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase PURH)对苏禽乌骨鸡鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应。采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡PURH基因外显子9和外显子16多态性,分析多态位点不同基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联,各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明:PURH基因外显子16中多态位点T17446C与IMP含量显著相关,TT型个体胸肌IMP含量较CT型高出0.757 mg/g,TT型个体胸肌IMP含量较CC型高出1.083 mg/g,均达到极显著水平(P<0.01),CT型个体IMP含量也显著地高于CC型(P<0.05)。因此,可以利用该基因型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择。     

GARS-AIRS-GART基因编码区多态性和鸡肉IMP含量的相关性

以鸡GARS-AIRS-GART基因为侯选基因,隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡为实验材料,采用PCR-SSCP法对GARS-AIRS-GART基因所有外显子进行SNPs检测.结果在外显子3、4和21中各发现了一个单核苷酸多态性位点.方差分析结果表明:外显子3和外显子21的基因型与IMP含量之间不存在显著关联;外显子4中的6 545处的C→A突变位点对胸肌IMP含量的影响在不同鸡种之间的表现不完全一致.在隐性白羽鸡、萧山鸡和白耳鸡群体中,三种基因型个体之间的IMP含量差异均不显著.在丝羽乌骨鸡和藏鸡群体中,AA型个体的IMP含量显著高于AC型和CC型,推测该位点的基因型效应可能是其等位基因与丝羽乌骨鸡、藏鸡群体中的特殊遗传背景之间存在交互作用,或者是与影响肌肉IMP含量的QTL之间存在着暂时的连锁不平衡的缘故.     

米易鸡ADSL基因第2和第9外显子多态性与肌苷酸含量的关联

为了检测米易鸡ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性并分析该多态性与胸肌肌苷酸含量的关联性,以四川省优质地方鸡种米易鸡为研究对象,采用高效液相色谱测定米易鸡胸肌肌肉肌苷酸的含量,并运用测序技术测定了ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性。结果表明:ADSL基因在外显子2(A3713G、C3797T),外显子9(C10191T)处出现3个SNP位点,变异引起相应的氨基酸均为同义变异,第2外显子A3713G位点的基因型为AA、GG、AG型;C3797T位点的基因型为CC、CT、TT型;第9外显子的C10191T位点的基因型为CC、CT型。经独立性检验,ADSL基因A3713G、C10191T位点变异处于Hardy-Weinberg平衡状态;应用最小二乘法对基因型与肌苷酸含量进行分析,说明ADSL第9外显子C10191T SNP位点与IMP含量存在显著相关性(P0.05),CT型个体的胸肌肌苷酸含量高于CC型个体,初步推测米易鸡中ADSL基因第9外显子C10151T SNP位点CT型为优势基因型。     

GPAT/AIRC基因对白耳鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应分析

 以GPAT/AIRC基因为侯选基因,以白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对GPAT基因外显子2,AIRC基因外显子8进行SNPs检测。结果各发现了一个单核苷酸多态性位点。各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明：GPAT基因外显子2中AA型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于AB型和BB型个体,AB型个体也稍高于BB型,但差异不显著;AIRC基因外显子8中CG型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于GG型和CC型个体,GG型个体的胸肌肌苷酸含量也显著地高于CC型。两个基因的单倍型对IMP含量也有显著的影响：单倍型为AACG的个体比单倍型为BBCC的个体高1.006mg/g,单倍型的遗传效应大于最优秀的单个基因型效应。因此,可以利用该单倍型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择。     

GPAT／AIRC基因对白耳鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应分析

以GPAT/AIRC基因为侯选基因,以白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对GPAT基因外显子2,AIRC基因外显子8进行SNPs检测.结果各发现了一个单核苷酸多态性位点.各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明:GPAT基因外显子2中AA型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于AB型和BB型个体,AB型个体也稍高于BB型,但差异不显著;AIRC基因外显子8中CG型个体的肌肉肌苷酸含量显著地高于GG型和CC型个体,GG型个体的胸肌肌苷酸含量也显著地高于CC型.两个基因的单倍型对IMP含量也有显著的影响:单倍型为AACG的个体比单倍型为BBCC的个体高1.006mg/g,单倍型的遗传效应大于最优秀的单个基因型效应.因此,可以利用该单倍型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择.     

美系獭兔和伊拉肉兔FABP4基因多态性及其与肌肉脂肪酸含量的相关性

【目的】探寻影响兔肉中脂肪酸性状的优势基因型。【方法】利用PCR-RFLP技术检测60只美系獭兔、51只伊拉肉兔FABP4基因的单核苷酸多态性,分析其与兔肉中脂肪酸含量的相关性。【结果】2个兔品种在intron1中存在C/T突变,该突变位点能被TaiⅠ限制性酶识别,且经酶切后发现,2个兔群体中存在CC、CT和TT 3种基因型。美系獭兔的3种基因型频率分别为0.083,0.467和0.450,等位基因C和T的基因频率分别为0.683和0.317;伊拉肉兔的3种基因型频率分别为0.137,0.549和0.314,等位基因C和T的基因频率分别为0.588和0.412。关联分析结果表明,在美系獭兔群体中,CC型个体肌肉组织中的脂肪酸C14:0含量和脂肪酸C18:1,n-9含量显著高于CT和TT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;TT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。在伊拉肉兔群体中,CC基因型个体肌肉组织中的C18:1,n-9含量显著高于CT和TT基因型个体(P<0.05);CC型个体脂肪酸C18:2,n-6含量显著高于CT型个体;TT型个体脂肪酸C18:3,n-3含量显著高于CC和CT型个体;CT型个体脂肪酸C20:4,n-6含量显著高于CC型个体。【结论】FABP4基因可作为美系獭兔和伊拉肉兔脂肪酸性状选育的候选基因。     

MSTN基因突变对优质鸡肌肉生长的影响

为了研究肌肉生长抑制素基因(MSTN)在优质鸡群体中的遗传变异及其对肌肉生长特性的影响,以优质鸡S3系为研究对象,采用PCR-SSCP及测序技术进行多态性检测。结果发现MSTN基因G195C和A234G 2个突变位点。公鸡群体在G195C处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05),各群体在G195C和A234G位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。最小二乘方差分析显示,在G195C位点处,S3系优质母鸡的CC基因型个体胸肌重、腿肌重、肌纤维密度与GG基因型个体差异显著(P0.05),肌纤维面积CC基因型个体极显著高GG基因型个体(P0.01)。在A234G位点处,肌纤维密度GG型个体显著小于AA基因型个体(P0.05),肌纤维面积极显著高AA基因型个体(P0.01)。基因组合CCGG型个体屠体重、胸肌重、腿肌重显著高于GGAA型个体(P0.05),肌纤维面积和肌纤维密度间差异极显著(P0.01)。在G195C和A234G位点处,S3系优质公鸡突变型CC和GG基因型个体在屠体重、胸肌重和腿肌重间差异不显著(P0.05)。在A234G位点处肌纤维密度GG型个体显著小于AA基因型个体(P0.05),肌纤维面积极显著高于AA基因型个体(P0.01)。基因组合CCGG型个体屠体重、胸肌重、腿肌重显著高于GCAA型个体(P0.05),肌纤维面积和肌纤维密度间差异极显著(P0.01)。因此,MSTN是影响鸡肌肉生长的一个主效基因,基因突变显著影响优质鸡肌肉的生长,为优质鸡肌肉生长性状的选育提供遗传学依据,其肌肉生长性状的分子遗传学基础需进一步研究。     

3 个鸡种NKX2-5 基因多态性 与胫长的关联性分析

以贵州特有鸡种高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡为试验对象,利用PCR-SSCP和DNA测序等方法检测了NKX2-5基因T563C、C675T位点在3个试验鸡群中不同基因型与胫长的关联性。T563C与胫长关联分析表明,高脚鸡群体中TT基因型个体胫长显著高于CC型,百宜黑鸡群体中TT基因型显著高于CT型,矮脚鸡群体中不同基因型个体间胫长差异不显著;C675T突变位点在3个鸡种中只有CC和CT两种基因型,且各鸡种不同基因型个体间胫长差异不显著。     

泸宁鸡和米易鸡MSTN基因多态性及其与生长性状的关联性

为探明泸宁鸡、米易鸡肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性与生长性状的关联性,采用PCR-SSCP法对MSTN基因的多态性进行检测,同时对泸宁鸡、米易鸡的主要生长性状进行测定,并对MSTN基因多态性与生长性状的关联性进行分析。结果表明:MSTN基因外显子1中有2 100bp(C/T)和2 109bp(C/T)2个SNPs位点,未引起氨基酸变异,为同义突变,表现出CT、TT(2 100bp)和CC、CT、TT(2 109bp)5种基因型,与心脏重、胫围和屠宰率有相关性;泸宁鸡存在CC、CT和TT 3种单倍型,米易鸡存在CC、TC和TT 3种单倍型。内含子1中有4 295bp(T/C)、4 359bp(T/C)和4 404bp(A/C)3个SNPs位点,表现出CT(4 295bp)、CT(4 359bp)、TT、CT和CC(4 404bp)5种基因型,与腺胃重有显著相关;泸宁鸡存在CCC和TTT 2种单倍型,米易鸡存在CCC、TTC和TTT 3种单倍型。3’非编码区有7 637bp(A/G)和7 725bp(A/G)2个SNPs位点,表现出AG(7 637bp)、AA、AG和GG(7 725bp)4种基因型,与腺胃重、腹脂重和半净膛率具有相关性;泸宁鸡存在AG、GA和GG 3种单倍型。MSTN基因是影响泸宁鸡、米易鸡主要生长性状的主效基因之一,可以作为地方鸡品种选育的候选基因。     

4个鸡品种TPK1基因的PCR-SSCP分析

以鸡硫胺焦磷酸激酶(TPK1)基因为候选基因,隐性白羽鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对TPK1所有外显子及3'-调控区进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,探讨不同基因型与不同鸡品种肌肉硫胺素含量的关系.结果表明:在3'-调控区发现了1个SNP位点,其纯合子AA型与BB型相比有一个C2132T的单碱基突变,CC型与BB型相比有一个C2132A的单碱基突变.等位基因A和B的频率极显著高于等位基因C的频率,且泰和乌骨鸡与白耳鸡差异显著,故推测所检测到的基因座与肌肉硫胺索含量相关.     

A-FABP和LPL基因多态性及聚合基因型与中国环颈雉肌内脂肪含量的相关性分析

采用PCR-SSCP方法检测中国环颈雉脂肪型-脂肪酸合成酶(A-FABP)和脂蛋白酶(LPL)基因多态性,并对多态位点不同基因型及聚合基因型与中国环颈雉的胸肌和腿肌肌内脂肪(IMF)含量进行关联性分析。结果表明,A-FABP基因检测到1个突变位点,LPL基因检测到2个突变位点,均产生3种基因型,关联性分析表明:A-FABP基因和LPL基因的3个位点与中国环颈雉胸肌IMF含量显著相关(P0.05),AA、CC和EE为有利单基因型。3种有利单基因型聚合个体中的AACC和AAEE的胸肌IMF含量显著高于其它基因型聚合个体(P0.05)。     

淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子PCR-SSCP多态性及其与蛋品质的相关分析

利用PCR-SSCP和DNA测序技术对淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子的多态性进行了检测,并分析其与蛋品质的相关性。结果表明:在淮南麻黄鸡样本群中CRBP2基因第3外显子存在C/T的突变位点,共检测到3种基因型(CC、CT和TT),C和T等位基因的频率分别为0.45和0.55,多态信息含量和杂合度分别为0.37和0.47,表明该位点处于中度多态。χ2适合性检验表明淮南麻黄鸡样本群在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子各基因型间开产日龄、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋黄色泽和蛋黄比率差异不显著(P0.05),CC基因型的开产蛋重和30周龄蛋重分别比TT基因型高1.66%和2.60%(P0.05),TT基因型的哈氏单位显著高于CC和CT基因型(P0.05)。     

肌苷酸合成酶系2个基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的遗传效应

采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区多态性,分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联.结果表明,ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区的多态位点C3484T、C-179T与IMP含量显著相关(P0.05),TT为2种有利单基因型,其对IMP含量的加性效应分别为0.108和0.067 mg.g-1,显性效应分别为-0.065和-0.136 mg.g-1.2种有利单基因型聚合个体TTTT的IMP含量显著高于其他基因型聚合个体(除TTCC型),且在聚合基因型中2种有利单基因型TT对IMP含量的影响均达到显著水平(P0.05),但两者间的互作效应并不显著(P0.05).     

GH和CRBP4基因及合并基因型对仙居鸡产蛋数的遗传效应

以GH和CRBP4基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测仙居鸡GH基因外显子4和CRBP4基因外显子3区域的单核苷酸多态性,并分析GH、CRBP4单基因型及2个基因合并基因型与65周龄产蛋数的关联。结果表明:GH基因exon4(C2338G/C2341T)的突变和CRBP4基因exon2的突变(C826T)基因型CC型与该鸡品种的65周龄产蛋数显著相关(P0.05),AA、CC型对产蛋数的加性效应分别为3.56、3.60;合并基因型AACC型个体65周龄产蛋数与对照组相比差异显著(P0.05);2个基因间的互作效应不显著(P0.05)。     

IL-6基因启动子区单核苷酸多态对京海黄鸡柔嫩艾美尔球虫抗性指标的影响

为探究白介素6(IL-6)基因5′启动子区单核苷酸突变对鸡柔嫩艾美尔球虫抗性指标的影响,以京海黄鸡为试验材料,对IL-6基因5′调控区单核苷酸多态性(SNPs)进行检测,根据感染组与对照组血浆抗性指标酶联免疫吸附试验检测结果,分析SNPs突变形成的基因型与抗性指标的关联。结果表明:感染组与对照组间过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性和丙二醛(MDA)含量差异极显著,超氧化物歧化酶(SOD)活性及IL-2、IL-16、IL-17、γ干扰素(IFN-γ)水平和体增重差异显著;通过京海黄鸡IL-6基因启动子区基因序列与GenBank上的SNPs数据库比对,发现3个新的SNPs(A-663G、C-447G和G-357A),其中A-663G位点只有1种基因型GG,C-447G和G-357A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态且多态性丰富;C-447G突变位点各基因型间比较发现,血浆CAT、SOD、GSH-Px活性及IL-2、IL-16、IL-17水平和体增重差异极显著,MDA含量差异显著;G-357A突变位点各基因型间比较发现,血浆CAT、SOD活性及IL-16水平和体增重差异极显著,GSH-Px活性和IL-17水平差异显著。就主要抗性指标而言,C-447G和G-357A2个突变位点的CC和AA纯合型个体优于其他基因型个体,CC和AA基因型分别为2个突变位点鸡球虫抗性有利基因型,这一结果为京海黄鸡鸡球虫抗性分子标记辅助育种提供了参考。     

中国荷斯坦牛FADS2基因c.908 C>T突变对泌乳性能和乳中脂肪酸组成的影响

【目的】探讨中国荷斯坦牛脂肪酸脱氢酶2(FADS2)基因编码区c.908CT突变对泌乳性能和乳中脂肪酸组成的影响。【方法】以江苏某大型奶牛场865头中国荷斯坦牛为材料,用飞行时间质谱法对FADS2基因编码区c.908CT突变位点进行检测,并用最小二乘模型分析该位点对泌乳性状和乳中脂肪酸组成的影响。【结果】FADS2基因c.908CT位点有3种基因型:CC、CT和TT,优势基因型为CT型,C基因为优势等位基因。关联分析发现,该位点对日产奶量、体细胞评分(SCS)及乳脂、乳糖、总固体含量5个性状的影响均达到显著水平(P0.05),对乳蛋白和乳中尿素氮含量的影响不显著(P0.05)。多重比较表明:CC型个体日产奶量及乳糖、总固体含量均显著低于TT型个体,而SCS显著高于CT和TT型个体;该位点突变对乳中C14:1、C16:0、C16:1、C18:0、C18:3等5种脂肪酸含量和C14、C16和C18不饱和指数的影响均达到极显著水平(P0.01),TT基因型个体乳中C16:1含量、C16和C18不饱和指数极显著高于CC和CT型个体(P0.01)。【结论】FADS2基因编码区c.908CT突变对中国荷斯坦牛泌乳性能和乳中脂肪酸组成有重要影响,TT基因型具有较高的日产奶量、总固体和C16:1含量及C16和C18不饱和指数。     

PRL和POU1F1基因及基因聚合对白耳鸡产蛋数的效应分析

以PRL和POU1F1为影响鸡产蛋数的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测白耳鸡PRL基因调控区和POU1F1基因外显子3区域的单核苷酸多态性,并分析PRL、POU1F1基因多态位点和两基因聚合基因型与72周龄产蛋数的关联。结果表明:PRL调控区的插入/缺失基因型AA型和POU1F1基因exon3的突变(A5331T)基因型CC型与72周龄产蛋数显著相关(P0.05),AA、CC型对产蛋数的加性效应分别为3.65和3.57。聚合基因型AACC型个体72周龄产蛋数(除AACD型外)与对照组比较差异显著(P0.05)。两基因间的互作效应并不显著(P0.05)。     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

湖南黑猪CMYA5基因与肌肉品质的相关性分析

以湖南黑猪为研究对象,采用PCR-RFLP技术对原发性心肌症相关蛋白5基因(cardiomyopathy associated 5,CMYA5)进行多态性检测,并分析其对肌肉品质影响的遗传效应.试验结果:在猪群中发现AA、AC和CC 3种基因型,A、C等位基因的频率分别为0.287 5、0.712 5;湖南黑猪群体在CMYA5基因Bsp TI位点上的多态信息含量和杂合度分别为0.5999和0.409 7,表明该位点处于中度多态;不同基因型个体的肌肉肌内脂肪、丝氨酸、饱和脂肪酸含量等13项指标间存在显著或极显著差异(P＜0.05或P＜0.01),AA型个体的肌内脂肪显著高于AC型(P＜0.05),单不饱和脂肪酸含量极显著高于AC型和CC型(P＜0.01);AC型个体的风味氨基酸含量较AA、CC型丰富,其丝氨酸、精氨酸、脯氨酸、胱氨酸、甲硫氨酸含量显著或极显著高于AA型(P＜0.05或P＜0.01).结果表明,湖南黑猪CMYA5基因多态性与肌肉品质性状相关;该基因可作为猪肉质性状候选基因.     

京海黄鸡白介素8基因5′调控区单核苷酸多态性及其与柔嫩艾美耳球虫抗性指标的关联性

【目的】研究白介素8(IL-8)基因5′调控区单核苷酸突变对鸡柔嫩艾美耳球虫(E. tenella)抗性指标的影响。【方法】本试验利用DNA直接测序技术,检测京海黄鸡IL-8基因5′调控区单核苷酸多态性(SNPs),并对5′调控区的SNPs突变前后的转录因子进行预测,然后分析SNPs与柔嫩艾美耳球虫抗性指标的关联性。【结果】测序结果表明:IL-8基因5′调控区共检测到3个突变位点(T-550C、G-398T和T-360C),均形成了3种基因型,杂合度在0.436～0.471,PIC值在0.25～0.50,均属于中度多态,且3个突变位点均处于哈代-温伯格平衡状态。生物信息学分析表明:3个突变位点均改变了其原有的转录因子结合位点。关联分析显示:T-550C突变位点的TC型个体的IL-8表达量与TT型差异显著,TC型GSH-PX、CAT、IL-2、IL-6、IFN-γ指标均高于其他2种基因型,但差异不显著。G-398T突变位点的TT型个体SOD活性和GT型个体CAT活性均显著高于GG型;TT型个体NO含量与GG型差异极显著,与GT型差异显著;TT型IL-2表达量显著高于GT型。T-360C突变位点的TT型和TC型个体SOD活性与CC型差异极显著或差异显著;TT型和TC型个体的NO含量均显著高于CC型;TT型个体的IL-2、IL-8表达量均显著高于CC型。【结论】G-398T和T-360C突变位点的TT型个体球虫抗性优于其他基因型个体,T-550C突变位点的杂合型个体球虫抗性优于纯合型个体,表明IL-8基因5′调控区的突变对球虫抗性指标有显著的调控作用,可作为球虫病抗性鸡新品种或新品系的育种参考依据。