3个地理群体仿刺参D-loop序列的变异及系统发生分析

为研究中国大连(CD)、朝鲜罗津(KN)和俄罗斯海参崴(RV)3个仿刺参群体的遗传结构,实验采用PCR扩增和测序技术,对3个群体共计71头仿刺参的线粒体D-loop序列进行了分析。结果显示,D-loop序列长度为447~465 bp,平均A+T含量(59.2%)显著高于G+C含量;共检测到119个变异位点,多态位点比例为24.24%,其中简约信息位点为53个,共有40种基因型,群体共享基因型7个。遗传多样性参数分析显示,3个群体均显示出较丰富的遗传多样性;分子方差(AMOVA)分析表明,3个群体间遗传分化较弱或只有中度分化,且93.04%的变异来自群体内。CD群体与RV群体之间遗传距离最远,为0.042,KN群体与RV群体之间遗传距离最近,为0.037 4。将本研究所得序列结合GenBank中青岛(QD)和威海(WH)仿刺参的D-loop序列构建系统发育树,QD与WH仿刺参首先聚为一小支,然后与CD群体聚为一大支,KN群体与RV群体聚为独立一支,这一聚类方式符合地理隔离模式。     

斑点叉尾鮰中国养殖群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP分子遗传标记技术,对来自福建和湖北的1984年引进的斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)养殖群体(P1984)、来自福建和辽宁的1997年引进的养殖群体(P1997)、来自湖南的2004年引进的养殖群体(P2004)和来自湖北的1984年与1997年引进养殖群体的杂交群体(P8497)的遗传多样性进行研究.用10对选择性引物共扩增出523个位点,其中,243个位点为多态位点,多态位点比例为46.46%;没有发现可以用于区分4个群体的特异性位点,但找到一些潜在的群体鉴别片段;P1984、P1997、P2004和P8497群体的多态位点比例(P)分别为28.93%、38.90%、31.02%和41.66%,Shannon多样性指数(I)分别为0.1439、0.208 1、0.1545和0.2373,平均杂合度(H)分别为0.078 1、0.0949、0.0803和0.1137.群体问的遗传分化系数(fst)值为0.1036;根据4个群体之间的基因分化系数(Gst)、遗传距离(D)、遗传相似度(S)以及UPGMA聚类分析发现,P2004和P1997亲缘关系最近,P2004和P1984亲缘关系最远.通过比较分析认为,4个养殖群体的遗传多样性水平均较低.     

草鱼野生与选育群体遗传变异微卫星分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,实验采用多重PCR技术对4个野生草鱼群体(邗江、九江、石首、吴江)和2个选育群体(F1和F2)进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,6个草鱼群体遗传多样性水平较高,2个选育群体除了平均等位基因数外,其他遗传多样性参数均小于4个野生群体。哈迪—温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)检测显示,在120个群体—位点组合中有62个位点显著偏离哈迪—温伯格平衡,62个群体—位点组合中只有11个组合其近交系数值为负值,其余的51个组合的Fis均为正值。6个草鱼群体AMOVA分析结果显示,3.75%的变异来自于群体间,96.25%的变异来自于群体内,整体的遗传分化指数值为0.038。进一步分析各个群体间Fst,只有石首群体与F1、F2群体之间的Fst大于0.05,处于中等分化,其余群体间分化程度较低,且F2群体与4个野生群体之间Fst比F1群体与4个野生群体之间的Fst大。奈氏标准遗传距离分析结果显示,2个选育群体与野生群体之间的遗传距离大于野生群体之间的遗传距离。基于Dn建立的UPGMA系统发育树得出了相同的结果,即2个选育群体与野生群体之间的亲缘关系比4个野生群体之间的亲缘关系要远。研究表明,经过2个世代选育后,相比4个野生群体,2个选育群体遗传多样性虽有部分下降,但仍处于较高的水平,2个选育群体的遗传结构已发生变化,但其遗传分化程度尚不明显。本研究结果为制定出更加完善有效的选育方案提供了重要参考。     

我国引进条斑星鲽群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP技术对我国条斑星鲽引进群体(烟台、大连和莱州)共63尾个体的遗传多样性及遗传变异进行分析,计算了3个群体间的遗传相似性指数和遗传距离,并构建了UPGMA系统发生树.10个引物组合在3个群体中共扩增到827个位点,大小位于50～700bp.每个引物组合扩增到的多态性条带在8到37条之间不等,平均为17.9个.3个群体的多态性位点比例分别为29.14%、15.60%和20.31%;Shannon多样性指数分别为0.1799、0.0949和0.1231;Nei基因多样性指数分别为0.1225、0.0658和0.0848.3个条斑星鲽引进群体的遗传多样性水平,烟台引进群体最高,莱州引进群体次之,大连引进群体最低,但总体水平均较低.烟台引进群体与大连引进群体间的遗传距离最大为0.0230,莱州引进群体与大连引进群体间的遗传距离最小为0.0129.3个引进群体间的遗传分化系数(Gst)为0.219,表明3个引进群体之间发生了一定程度的分化.     

罗氏沼虾三群体线粒体D-loop基因序列差异的初步研究

通过测定罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)人工养殖群体(A)(浙江湖州)、缅甸引进群体F2代(B)和"南太湖1号"(C)3个群体线粒体控制区(D-loop)基因序列片段(约1200 bp),探讨罗氏沼虾群体遗传结构.结果发现,在用于分析的1121 bp基因序列中有86个变异位点,共计14个单倍型.其中,群体A、C的遗传多样性均较低,其π值分别为0.022和0.025,相比之下,群体B的遗传多样性则明显要高于上述两个群体(π=0.032).AMOVA分析表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的6.32%,而93.68%的遗传变异源于群体内.对三群体的遗传学参数计算结果表明,群体A和B间遗传分化指数(Fst)为0.105,已达到中等分化水平;群体C与A间的遗传距离(D=0.025)最小,提示它们的亲缘关系最近.本研究结果认为,D-loop基因可以作为检测罗氏沼虾群体遗传差异的分子标记,"南太湖1号"群体遗传多样性比人工养殖群体有所提高,但仍偏向养殖群体,未表现出最高的杂种优势.     

基于线粒体D-loop基因的中国海三疣梭子蟹遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体遗传多样性与遗传分化状况,实验以大连(DL)、东营(DY)、连云港(LYG)、舟山(ZS)、湛江(ZJ)和漳州(ZZ)6个三疣梭子蟹地理群体为研究对象,采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记,对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现,在用于分析的1 141 bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点,129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型,单倍性多样性指数和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性,而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应,群体大小稳定。6群体三疣梭子蟹遗传分化指数(F_ST)为0.189 7,将中国沿海三疣梭子蟹作为一个大群体来讲已产生了中度分化,群体分化时间推断为(19.68～26.05)万年。LYG分别和DY、ZJ、ZZ,以及ZJ和ZZ这4组之间无明显分化,基因流较大(N_em>5),而其他11个群组间已存在一定程度的分化。特别是ZS与其它5群体产生了高度的遗传分化,DL与其他4群体发生了中度分化。遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,群体发生与扩散可能有更复杂的原因。     

魁蚶4个地理群体遗传结构的RAPD分析

应用RAPD标记技术对魁蚶Scapharca broughtonii1个韩国群体与3个中国群体的遗传多样性进行RAPD分析。对4个群体的133个个体进行扩增,共检测到171个位点。其中,多态性位点为167个,4个群体的多态性位点比例:韩国群体为86.55%、黄岛群体为90.06%、蓬莱群体为85.96%和前三岛群体为89.47%;4个群体的Shannon’s多样性指数为(0.460±0.232)~(0.491±0.214),Nei’s多样性指数为(0.308±0.171)~(0.331±0.199),表明4个群体遗传多态性较高;4个群体遗传分化指数在0.006~0.121之间。其中,韩国与中国的3个群体分化明显,说明韩国与中国3个群体的遗传结构差异较大,黄岛群体与前三岛群体间的遗传分化最小。基于4个群体Nei’s遗传距离的UPGMA方法进行聚类分析显示,黄岛群体与前三岛群体最先聚类,两群体间距离最短,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类。这些数据可为魁蚶种质资源的合理开发和保护及遗传改良提供科学依据。     

黄颡鱼养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构，采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示：14个群体的平均等位基因数在8～10之间，平均有效等位基因在5.160～6.882之间，平均观测杂合度在0.633～0.717之间，平均期望杂合度在0.358～0.749之间，平均多态信息含量在0.594～0.681之间，均大于0.5。分子方差分析结果表明：3.69%的遗传变异来自群体间，3.93%来自群体内个体间，92.38%来自所有个体间，变异来源主要来自个体间，其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_st=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_st=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树，发现14个群体共分为5个聚类支，HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支，HQ和LG单独各自聚为一支，LZ和RB 2个群体聚为一支，DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个...     

大泷六线鱼6个群体遗传多样性的微卫星分析

大泷六线鱼资源捕捞量逐渐加大,捕捞个体体型却逐渐减小,研究大泷六线鱼的遗传多样性,对提高在渔业养殖中种群质量具有重要意义。本研究利用7对微卫星分子标记对大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)的6个地区群体(大连、丹东和青岛等地)进行了遗传多样性和遗传变异评估。结果表明,获得的等位基因数1~8,平均等位基因数6.29;有效等位基因数1.00~5.72,平均有效等位基因数4.71;各群体的杂合度观测值(Ho)为0.05~0.27;杂合度期望值(He)为0.44~0.75;多态信息含量(PIC)为0.47~0.69,说明这6个群体属于高度多态,遗传多样性水平较高。群体间遗传分化系数(F_(st))为0.27,表明6个大泷六线鱼群体之间存在明显的遗传分化。采用UPGMA法对6个大泷六线鱼群体进行聚类分析,发现大连和长海县大泷六线鱼群体亲缘关系较近且聚为一个分支,其他4个群体聚为另一分支。结合Hardy-Weinberg平衡检验分析,发现各群体表现出极显著的遗传不平衡,不符合Hardy-Weinberg平衡定律,表明6个群体大泷六线鱼遗传多样性较为丰富。综上说明,6个大泷六线鱼群体发生了较大的遗传分化,遗传多样性较为丰富。     

3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。