基于线粒体Cyt b DNA阿拉善马鹿分子系统学研究

阿拉善马鹿为国家Ⅱ级重点保护野生动物,仅分布于宁夏和内蒙古交界的贺兰山中段,是我国唯一幸存的该亚种的有效种群。目前关于野生阿拉善马鹿的分子研究尚属空白,本研究于2016年8—9月和2017年2—3月在贺兰山采集新鲜阿拉善马鹿粪便样本396份,使用线粒体Cyt b区DNA引物对提取的DNA进行物种鉴定和9对微卫星引物对其个体识别,共鉴定出278个阿拉善马鹿个体,基于线粒体Cyt b DNA对其全序列进行分析。使用线粒体Cyt b区引物对提取的粪便DNA扩增,获得了1 075 bp的序列,检测到10个变异位点,并定义了10个单倍型。其中10个变异位点占分析长度的0. 93%,均为碱基代换,无碱基插入和缺失。其单倍型多样性为0. 243,核苷酸多样性为0. 000 32。中性检验Tajima's D值为显著负值,Fu和Li's D值为不显著的负值,表示阿拉善马鹿可能经历瓶颈事件并随后出现种群扩张。在系统发育树中,阿拉善马鹿单独聚成一支且与东北马鹿亲缘关系较近,与其他中国马鹿亚种亲缘关系较远。本研究表明野生阿拉善马鹿种群总体遗传多样性较低,建议加强对该亚种的保护力度。     

利用线粒体Cyt b为遗传标记分析重庆地区东方蜜蜂的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对重庆地区117群东方蜜蜂样品的线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)420 bp长度序列进行了分析。结果显示:在所得到的序列中共检测到11个核苷酸多态位点,其中单一变异位点2个,简约信息位点9个,序列突变率为2.62%,序列T,C,A,G平均含量分别为44%,14.2%,32.9%,8.9%,共定义8种单倍型,单倍型多样度为0.773±0.021,核苷酸多样度为0.003 82±0.000 32,单倍型网络关系图揭示重庆地区东方蜜蜂群体没有明显的遗传分化。     

基于线粒体Cyt b基因和CR序列的养殖貉(Nyctereutes procyonoides)种群遗传多样性和结构分析

貉(Nyctereutes procyonoides)是一种重要的经济动物。经过50年的人工驯养繁育,国内养殖种群不断扩大,但对其遗传多样性和结构了解很少,难以开展有效的遗传管理。本研究分析了东北、华北地区养殖貉种群(N=160)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(CR)序列,并与已经发表的同源序列进行比较。结果定义了5个Cyt b基因和6个CR序列单倍型,其中与俄罗斯产乌苏里亚种共享单倍型分别是3个和4个。种群遗传多样性分析表明,养殖貉种群单倍型多样性处于临界点(Hd=0.50)、核苷酸多样性处于较高水平(Pi>0.5%),但二者均明显低于俄罗斯野生乌苏里貉种群。这种遗传多样性模式可能主要是由奠基者效应(founder effect)导致的。此外,红褐色型貉遗传多样性水平显著低于野生型和白色型貉。系统发育分析表明国内养殖貉种群分为3个世系,主要是乌苏里亚种、与同亚种的俄罗斯野生种群亲缘关系密切。研究还发现有1个单倍型(CH5-DH5)与越南产指名亚种共享同一个单倍型世系。这说明建群引种中可能偶然引入了华南地区分布的指名亚种。综上分析,我国养殖貉种群已经出现遗传多样性下降的迹象,需要监控种群遗传多样性的变化,引入具有新基因型的野生貉种,制定科学的交配模式,避免近交衰退。     

基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究

为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。     

动物线粒体 DNA 父系遗传研究的综述

线粒体（mitochondrial）在动物的能量代谢中具有重要的作用,他是生物有氧呼吸的重要场所,能够通过氧化磷酸化过程将化学能转化为ATP,为生物的生命活动提供能量支持。而且他还含有自已的DNA以及自身一套相对独立的遗传系统。与核基因不同的是,线粒体DNA的遗传并不遵守孟德尔遗传定律。生物的线粒体DNA的遗传并不是严格的遵守母系遗传,有一些是父系遗传或者是两性遗传。现就当前在线粒体DNA的父系遗传的遗传模式、分子机制方面的研究情况,进行一个全面的综述。     

养殖密度对黑斑侧褶蛙生长发育的影响

为提高黑斑侧褶蛙(Pelophylax nigromaculata)养殖效益,探究养殖密度对黑斑侧褶蛙生长发育及两性异形的影响,对3种养殖密度(140,80,55只/m~2)的黑斑侧褶蛙的生长发育进行了比较研究。结果表明:不同养殖密度对黑斑侧褶蛙形态特征的影响显著,85日龄时不同养殖密度蛙的体长、体质量、头宽、前肢长、后肢长出现极显著差异(P<0.01),胫宽和肥满度差异显著(P<0.05),中等养殖密度蛙的各形态学指标显著高于其他养殖密度蛙的形态学指标,中、高养殖密度蛙的肥满度显著高于低养殖密度蛙的肥满度。不同养殖密度的黑斑侧褶蛙的饵料系数差异不显著(P>0.05),特定生长率差异显著(P<0.05),摄食率和质量增加率差异极显著(P<0.01),中等养殖密度蛙的特定增长率、质量增加率较其他两组养殖密度蛙的特定增长率、质量增加率高,低养殖密度蛙的摄食率较其他两组密度蛙的摄食率高。中、高养殖密度黑斑侧褶蛙两性异形(体长、体质量)出现时间较低密度蛙的早,雌雄体长、体质量的差异极显著(P<0.01),雌性体长、体质量均显著大于雄性。以体长为协变量的协方差分析头宽、前肢长、胫宽、后肢长局部性状的两性差异均不显著(P>0.05)。     

山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

本研究利用PCR-SSCP技术对8个山羊品种分析了线粒体DNA D-loop区5′端部分序列的遗传多样性。378个个体共检测到A、B、C、D、E、F、G 7种单倍型,平均的单倍型比例为1.9%。单倍型多样度以太行黑山羊最高,为0.8003;洪洞奶山羊最低,为0.5772,但也属于较高的遗传多样性。结果表明,8个山羊品种均有较高的遗传多样性。     

马头山羊线粒体细胞色素b基因遗传多样性研究

测定了马头山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列(1 140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况.结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中8个变异位点上观察到23次T-C间碱基转换,有11次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到6种单倍型,单倍型多样度为0.808,核苷酸多样度为0.002 43.以绵羊为外群构建系统发生树(NJ tree).结果显示:马头山羊有两个母系起源,其中支系A占75%(12/16),支系B占25%(4/16).     

5个新疆绵羊群体线粒体DNA的遗传多样性研究

为了探讨5个新疆绵羊群体的群体内和群体间的遗传变异,试验采用PCR-SSCP和克隆测序技术利用3对引物对5个新疆绵羊群体的线粒体DNA做了系统的分析研究.结果表明:5个新疆绵羊品种中都存在A、B、C 3种单倍型,且以A单倍型为主,而欧洲绵羊以B单倍型为主.     

秦川牛mtDNA cyt b基因序列多态性分析

对我国秦川牛6个个体mtDNA cyt b基因1140bp序列进行了分析。结果表明：6头秦川牛的cyt b基因序列中，共检测到核苷酸多态位点19个。cyt b基因全序列突变类型只有转换。6个个体具有4种单倍型。以欧洲牛mtDNA cyt b基因全序列为标准，其中单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ的核苷酸变异率较低，都为0．071%，而单倍型Ⅳ的核苷酸变异率较高，为1．21%。应用MEGA软件中UPGMA法构建6头秦川牛的分子进化树，结果表明秦川牛有2个母系起源即普通牛起源（单倍Ⅰ、单倍型Ⅱ和单倍型Ⅲ和瘤牛起源（单倍型Ⅳ），但是本研究发现作为中原牛之一的秦川牛受普通牛的影响比较大。     

基于SSR分子标记的药用黄芪遗传多样性与遗传结构分析

为了能更好的了解药用黄芪（Astragali Radix）遗传多样性及遗传结构,本试验利用10对SSR引物对来自17个产地共380个样本的蒙古黄芪、膜荚黄芪进行遗传多样性及结构分析,结果显示药用黄芪具有较高程度的遗传多样性水平（I=2.112,H=0.781）,其中蒙古黄芪遗传多样性水平（I=2.241,H=0.804）要高于膜荚黄芪（I=1.982,H=0.757）,且两种黄芪的遗传变异主要发生在居群内;UPGMA聚类分析及STRUCTURE居群遗传结构分析可将其分为3组,即膜荚黄芪为单独一组,蒙古黄芪分为两组,其中来自山西产区的大部分居群分为一组,来自内蒙产区及部分山西产区的居群分为另一组。本研究结果对药用黄芪种质资源的有效利用、遗传多样性的保护、育种及开发优质黄芪种质资源提供一定的理论基础。     

我国主要地方绵羊品种mtDNA细胞色素b基因PCR-RFLP研究

应用PCR-RFLP方法，对我国9个地方绵羊品种和3个引人品种共计120个个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cyt b)基因进行了分析。结果表明，12种限制性内切酶在所研究的个体中共检测到22个酶切位点，15种限制性态型，其中StuⅠ、EcoRⅠ和MboⅡ表现出多态，15种限制性态型归结为4种基因单倍型，即单倍型Ⅰ、单倍型Ⅱ、单倍型Ⅲ和单倍型Ⅳ。单倍型Ⅰ为受试绵羊品种的基本单倍型。线粒体DNA细胞色素b基因遗传多态度为0．0142％，说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度贫乏。     

雷琼牛mtDNA D-loop遗传多态性研究

对雷琼牛6个个体的mtDNA D-loop区910 bp进行分析,检测到2种单倍型,其核苷酸多态位点5个,约占所测核苷酸总长的0.55%,其中有2个转换,2个颠换,1个插入/缺失.雷琼牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为0.15%,单倍型多样度（H）为0.33,表明雷琼牛mtDNA遗传多样性贫乏.经比较分析,雷琼牛起源于瘤牛.     

基于ND2基因的崖沙燕遗传多样性和遗传结构初探

利用线粒体DNA中的NADH脱氢酶第二亚基(ND2)对来自齐齐哈尔市50个崖沙燕(Riparia riparia)样本进行扩增和测序,发现了11条新的单倍型序列。结合从GenB ank中下载的104条序列,对崖沙燕3个亚种种群(154只个体)进行序列变异及系统发育分析。结果显示,3个亚种种群中有2个共享单倍型。群体总的单倍型多样性(Hd)为(0. 885±0. 019),群体总的核苷酸多样性(Pi)为(0. 002 92±0. 000 18)。与其近缘物种淡色崖沙燕(Riparia diluta)相比较,崖沙燕种群表现出较低水平的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示变异主要来自种群内(72. 82%)。构建的单倍型系统发育树表明,62个单倍型没有形成明显的亚种分化和地理分化。     

云南昭通黄牛mtDNA D-loop区遗传变异分析

为检测云南昭通黄牛的遗传多样性,测定并分析了云南昭通黄牛线粒体D-loop区段全序列.结果显示,D-loop序列四种碱基A、T、C、G的频率分别是:32.9%、28.6%、24.8%和13.6%;共检测到48个变异位点,平均核苷酸差异(k)为22.762,核苷酸多样度(π)为2.504%,存在6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.952±0.096,显示出极高的遗传多样性.检索了与昭通黄牛地理分布相近的8个黄牛品种的D-loop序列资料,统计分析发现,9个黄牛品种间的遗传距离在0.0000～0.0376之间,昭通与其他黄牛品种的遗传距离最远,提示云南黄牛有着特殊的起源地位.     

温州水牛线粒体DNA D-loop遗传多态性分析

以30头温州水牛为研究对象,对每个个体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区915bp全序列进行了分析研究,结果共检测到14种单倍型,50个核苷酸多态位点,其中出现核苷酸转换48个,颠换2个.温州水牛mtDNAD-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0184,单倍型多样度(H)为0.8575,表明温州水牛线粒体DNA遗传多样性丰富.NJ聚类分析表明,温州水牛有2个母系起源.