基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究

为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。     

基于线粒体细胞色素b基因的细颈囊尾蚴种群遗传多样性研究

为探讨我国细颈囊尾蚴种群之间的遗传相似性及与其他带科带属绦虫的亲缘关系,用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列研究了分离自我国四川和云南2省7地区猪、山羊和绵羊共33个细颈囊尾蚴的遗传变异,并用MEGA 4.0程序NJ法和PAUP 4.0程序MP法绘制种系发育树.本研究结果显示:细颈囊尾蚴分离株的Cyt b基因全长为1 068 bp,共检测到22个单倍型,单倍型间核苷酸相似性较高(97.3％～99.9％),其与带科带属其他5种绦虫的相似性均在82％以下.系统发育树显示,7个不同地域的细颈囊尾蚴聚为一支,分为3个亚群,且与地理区域、宿主没有直接的相关性,呈现混杂的分布格局,未形成明显的地理分支或宿主分支.研究结果表明:细颈囊尾蚴Cytb基因存在一定的遗传差异,但种内相对保守,与其他带科绦虫种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,并为细颈囊尾蚴的种群遗传学研究及其与其他带科绦虫病的鉴别诊断的建立奠定基础.     

马头山羊线粒体细胞色素b基因遗传多样性研究

测定了马头山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列(1 140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况.结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中8个变异位点上观察到23次T-C间碱基转换,有11次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到6种单倍型,单倍型多样度为0.808,核苷酸多样度为0.002 43.以绵羊为外群构建系统发生树(NJ tree).结果显示:马头山羊有两个母系起源,其中支系A占75%(12/16),支系B占25%(4/16).     

利用线粒体Cyt b为遗传标记分析重庆地区东方蜜蜂的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对重庆地区117群东方蜜蜂样品的线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)420 bp长度序列进行了分析。结果显示:在所得到的序列中共检测到11个核苷酸多态位点,其中单一变异位点2个,简约信息位点9个,序列突变率为2.62%,序列T,C,A,G平均含量分别为44%,14.2%,32.9%,8.9%,共定义8种单倍型,单倍型多样度为0.773±0.021,核苷酸多样度为0.003 82±0.000 32,单倍型网络关系图揭示重庆地区东方蜜蜂群体没有明显的遗传分化。     

达乌尔黄鼠线粒体Cyt b基因序列特征及其系统进化分析

在甘肃省天祝藏族自治县采集12只达乌尔黄鼠(Spermophilus dauricus),PCR产物直接测序获得Cyt b基因1140bp序列,采用Clustal X 1.84、MEGA 6.0、Dna SP 5.0等生物信息学软件进行了序列特征和系统地位分析。结果显示,达乌尔黄鼠Cyt b基因含116个多态信息位点,群体中多态位点类型有转换、颠换,Cyt b基因T,C,A,G碱基含量分别为33.7%,25.9%,27.6%,12.9%。基于Kimura双参数的遗传距离显示,属内种间大黄鼠(Spermophilus major)与新疆黄鼠(Spermophilus fulvus)间遗传距离最小(0.034),高加索黄鼠(Spermophilus musicus)与达乌尔黄鼠最大(0.172),达乌尔黄鼠群体内遗传距离为0.140,种群分化较大,基于NJ法构建的系统进化树符合传统分类标准,研究为达乌尔黄鼠Cyt b基因标记的种群遗传学应用提供了参考。     

基于线粒体基因的新疆托氏兔遗传多样性和种群遗传结构评价

旨在利用线粒体基因测序方法评价新疆托氏兔的遗传多样性水平,并探究亚种间的遗传结构.本研究通过PCR扩增及测序技术,获得来自新疆北部、西北部以及中东部地区的共计78例新疆托氏兔线粒体DNA的CO1和D-LOOP基因序列,并采用生物信息学的方法进行数据分析.结果 表明,78个新疆托氏兔样本的合并序列共定义了68种单倍型,新...     

五指山猪线粒体控制区序列分析及遗传多样性研究

为了研究五指山猪遗传多样性和系统地位,本研究采用PCR产物直接测序法得到55条五指山猪线粒体控制区(mtDNA D-Loop)全序列,并结合GenBank中发表的1条五指山猪mtDNA D-Loop全序列进行结构分析、遗传多样性研究及系统发育分析。结果发现,56条序列中出现21次保守区变异,即"TTATAAAACAC"序列重复,共定义13个单倍型,发现14个变异位点,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.838和0.00334,表明五指山猪遗传多样性较丰富。五指山猪线粒体控制区序列构建的系统发育树和Network网络分析呈现两大分支,推测有两个母系起源,且与GenBank中其他23个猪种的聚类结果表明,五指山猪与长江流域以南地区的猪种有着较近的亲缘关系。     

基于ND2基因的崖沙燕遗传多样性和遗传结构初探

利用线粒体DNA中的NADH脱氢酶第二亚基(ND2)对来自齐齐哈尔市50个崖沙燕(Riparia riparia)样本进行扩增和测序,发现了11条新的单倍型序列。结合从GenB ank中下载的104条序列,对崖沙燕3个亚种种群(154只个体)进行序列变异及系统发育分析。结果显示,3个亚种种群中有2个共享单倍型。群体总的单倍型多样性(Hd)为(0. 885±0. 019),群体总的核苷酸多样性(Pi)为(0. 002 92±0. 000 18)。与其近缘物种淡色崖沙燕(Riparia diluta)相比较,崖沙燕种群表现出较低水平的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示变异主要来自种群内(72. 82%)。构建的单倍型系统发育树表明,62个单倍型没有形成明显的亚种分化和地理分化。     

基于细胞色素b基因的大河乌猪群体遗传结构研究

为了弄清大河乌猪群体遗传分化水平和遗传结构,以曲靖市5个地理种群的46个大河乌猪样品为试验材料,采用分子生物学方法测定和分析所有个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因DNA序列。分子变异分析结果表明,大河乌猪群体遗传变异主要来自种群内(62.63％),说明该物种群体遗传结构不明显。中性检验结果进一步证实,大河乌猪群体曾发生过种群数量扩张。这种不显著的种群结构主要来自于大规模的引种和扩大繁育,致使各地理种群间的遗传趋同和遗传一致性。研究结果有望为大河乌猪分子遗传选育工作提供重要的基础数据,并为其遗传种质资源的保护提供重要参考。     

基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa)群体遗传多样性分析

【目的】评估贵州地区野猪(Sus scrofa)的遗传多样性和遗传结构,为进一步开展保护遗传学研究和种群生态管理提供理论依据,进而为研究野猪的保护生物学及其对环境的适应奠定基础。【方法】对野猪线粒体Cytb基因进行PCR扩增及测序,结合从GenBank中下载的国内其他9个地区的55条野猪线粒体Cytb基因序列,利用Mega 7.0软件进行碱基组成和遗传距离分析,并使用DnaSP 6.0软件进行遗传多样性分析。【结果】贵州野猪Cytb基因(1 140 bp)碱基组成与其他地区野猪种群相似,AT含量高于GC含量;贵州采集的11头野猪的Cytb基因共有6个变异位点,4种单倍型,单倍型多样性为0.600,核苷酸多样性为0.00118;单倍型多样性与核苷酸多样性仅高于江西和东北地区的野猪种群;种内遗传距离较小,亲缘关系较近;中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均为负值且差异不显著,错配分布分析呈单峰分布,表明贵州野猪种群在历史上较为稳定。使用Network构建单倍型网络图,结合Mega 7.0软件构建的单倍型系统发育树分析结果表明,贵州野猪单倍型与其他地区种群存在共享单倍型(Hap＿...     

基于RNA-Seqs的乌苏里貉agouti基因结构特征预测及分子进化分析

为了进一步分析agouti基因的分子结构特征,利用生物信息学方法对RNA-Seqs试验获得乌苏里貉agouti基因的完整编码区序列的碱基组成及其编码蛋白的结构特征进行了预测和分析,并采用非对组算数平均法（UPGMA）法构建系统发育树。结果表明,获得的乌苏里貉agouti基因cDNA长度为530 bp,含396 bp开放阅读框（ORF）,编码131个氨基酸。预测乌苏里貉agouti蛋白分子质量为14.41 ku,等电点（pI）为9.68,为不稳定疏水性蛋白;含有11个磷酸化位点、1个糖基化位点和1个长达24个氨基酸的信号肽;预测发现无规则卷曲为其主要二级结构。系统进化树结果显示乌苏里貉与赤狐、家犬遗传距离最近,这与传统的动物分类学一致。通过对乌苏里貉agouti基因分子结构特征的分析,为揭示其影响毛色多样性的分子遗传学机制提供理论依据。     

Gene Structure Prediction and Molecular Evolution Analysis of Raccoon Dog agouti Gene based on RNA-Seqs

To in-depth analyze the molecular structure characteristics of agouti gene,using bioinformatic methods for RNA-Seqs test to get the complete coding sequence of raccoon dog agouti gene,and its coding protein structure was forecasted and analyzed.The results showed that the length of raccoon dog agouti gene cDNA was 530 bp which contained 396 bp open reading frame (ORF),encoded 131 amino acids.Predicting the weight of the raccoon dog agouti protein molecular was 14.41 ku and isoelectric point (pI) was 9.68,as the unstable hydrophohbic protein;It contained 11 phosphorylation sites,1 glycosylation sites and a long reach 24 amino acid signal peptide;Random coil was the main secondary structure.Phylogenetic tree showed that the raccoon dog had a close genetics distance to vuipe and canis familiaris which was consistent with the traditional animal taxonomy.Through the analysis of the molecular structure characteristics of raccoon dog agouti gene,to provide the oretical basis for revealing the influence of the colour diversity molecular genetics mechanism.     

致乌苏里母貉腹泻性疾病病原的检测分析

为了鉴定乌苏里母貉腹泻性疾病病原,采集患腹泻母貉的肛拭子及粪便样品,通过胶体金试纸条、卵囊分离法、PCR法和细菌分离鉴定等方法对采集的病料进行病原检测。结果显示,犬瘟热病毒、细小病毒、冠状病毒抗原检测为阴性,分离鉴定的病原为钩口线虫和大肠杆菌,通过致病性试验验证其致病性,分离的大肠杆菌对小白鼠具有很强的致病性。引起貉腹泻的病原为钩口线虫和大肠杆菌混合感染,且分离的致病性大肠杆菌对头孢曲松、头孢噻呋、美罗培南、左氧氟沙星4种药物敏感,其他的药物具有不同的耐药性。为貉腹泻病的防控提供研究基础。     

基于线粒体Cyt b DNA阿拉善马鹿分子系统学研究

阿拉善马鹿为国家Ⅱ级重点保护野生动物,仅分布于宁夏和内蒙古交界的贺兰山中段,是我国唯一幸存的该亚种的有效种群。目前关于野生阿拉善马鹿的分子研究尚属空白,本研究于2016年8—9月和2017年2—3月在贺兰山采集新鲜阿拉善马鹿粪便样本396份,使用线粒体Cyt b区DNA引物对提取的DNA进行物种鉴定和9对微卫星引物对其个体识别,共鉴定出278个阿拉善马鹿个体,基于线粒体Cyt b DNA对其全序列进行分析。使用线粒体Cyt b区引物对提取的粪便DNA扩增,获得了1 075 bp的序列,检测到10个变异位点,并定义了10个单倍型。其中10个变异位点占分析长度的0. 93%,均为碱基代换,无碱基插入和缺失。其单倍型多样性为0. 243,核苷酸多样性为0. 000 32。中性检验Tajima's D值为显著负值,Fu和Li's D值为不显著的负值,表示阿拉善马鹿可能经历瓶颈事件并随后出现种群扩张。在系统发育树中,阿拉善马鹿单独聚成一支且与东北马鹿亲缘关系较近,与其他中国马鹿亚种亲缘关系较远。本研究表明野生阿拉善马鹿种群总体遗传多样性较低,建议加强对该亚种的保护力度。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

基于SSR分子标记的药用黄芪遗传多样性与遗传结构分析

为了能更好的了解药用黄芪（Astragali Radix）遗传多样性及遗传结构,本试验利用10对SSR引物对来自17个产地共380个样本的蒙古黄芪、膜荚黄芪进行遗传多样性及结构分析,结果显示药用黄芪具有较高程度的遗传多样性水平（I=2.112,H=0.781）,其中蒙古黄芪遗传多样性水平（I=2.241,H=0.804）要高于膜荚黄芪（I=1.982,H=0.757）,且两种黄芪的遗传变异主要发生在居群内;UPGMA聚类分析及STRUCTURE居群遗传结构分析可将其分为3组,即膜荚黄芪为单独一组,蒙古黄芪分为两组,其中来自山西产区的大部分居群分为一组,来自内蒙产区及部分山西产区的居群分为另一组。本研究结果对药用黄芪种质资源的有效利用、遗传多样性的保护、育种及开发优质黄芪种质资源提供一定的理论基础。