基于ND2基因的崖沙燕遗传多样性和遗传结构初探

利用线粒体DNA中的NADH脱氢酶第二亚基(ND2)对来自齐齐哈尔市50个崖沙燕(Riparia riparia)样本进行扩增和测序,发现了11条新的单倍型序列。结合从GenB ank中下载的104条序列,对崖沙燕3个亚种种群(154只个体)进行序列变异及系统发育分析。结果显示,3个亚种种群中有2个共享单倍型。群体总的单倍型多样性(Hd)为(0. 885±0. 019),群体总的核苷酸多样性(Pi)为(0. 002 92±0. 000 18)。与其近缘物种淡色崖沙燕(Riparia diluta)相比较,崖沙燕种群表现出较低水平的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示变异主要来自种群内(72. 82%)。构建的单倍型系统发育树表明,62个单倍型没有形成明显的亚种分化和地理分化。     

上海动物园非洲企鹅种群线粒体DNA序列分析及遗传管理建议

非洲企鹅(Spheniscus demersus)是一种濒危海鸟,也是动物园展出的重要物种。上海动物园从日本和荷兰引进非洲企鹅,种群不断扩大,并成为国内种群发展的基础。但对其遗传多样性和结构了解很少,无法开展有效的遗传管理。本研究分析了上海动物园39只非洲企鹅的mtDNA D-loop区430 bp序列,并与已发表的日本种群的数据进行比较。结果表明,该片段存在15个变异位点,占分析位点的3.5%;共定义了10个单倍型,其遗传距离为0.002~0.019。日本种群包含A、B两个mtDNA D-loop单倍型世系,上海种群的10个单倍型均属于A世系,且与日本种群有5个共享单倍型,其遗传多样性水平略低于日本种群。上海种群可以进一步分为3个小的世系,但置信度偏低(54%~87%)。上述结果提示,上海种群相对于日本种群的A世系而言有较好涵盖度,但仍有必要进一步引进建群个体,尤其是含有B世系单倍型的个体。     

胎生蜥蜴线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

为了探讨我国胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群(黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津)共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明:胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。     

基于线粒体Cyt b DNA阿拉善马鹿分子系统学研究

阿拉善马鹿为国家Ⅱ级重点保护野生动物,仅分布于宁夏和内蒙古交界的贺兰山中段,是我国唯一幸存的该亚种的有效种群。目前关于野生阿拉善马鹿的分子研究尚属空白,本研究于2016年8—9月和2017年2—3月在贺兰山采集新鲜阿拉善马鹿粪便样本396份,使用线粒体Cyt b区DNA引物对提取的DNA进行物种鉴定和9对微卫星引物对其个体识别,共鉴定出278个阿拉善马鹿个体,基于线粒体Cyt b DNA对其全序列进行分析。使用线粒体Cyt b区引物对提取的粪便DNA扩增,获得了1 075 bp的序列,检测到10个变异位点,并定义了10个单倍型。其中10个变异位点占分析长度的0. 93%,均为碱基代换,无碱基插入和缺失。其单倍型多样性为0. 243,核苷酸多样性为0. 000 32。中性检验Tajima's D值为显著负值,Fu和Li's D值为不显著的负值,表示阿拉善马鹿可能经历瓶颈事件并随后出现种群扩张。在系统发育树中,阿拉善马鹿单独聚成一支且与东北马鹿亲缘关系较近,与其他中国马鹿亚种亲缘关系较远。本研究表明野生阿拉善马鹿种群总体遗传多样性较低,建议加强对该亚种的保护力度。     

基于SRY基因分析梅花鹿的遗传多样性及父系类型

试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、遗传距离及系统进化关系。结果显示,试验所获序列长度为1 613bp,在第47、62、602、1 148、1 569、1 604bp处共检测到6个SNPs多态位点,占核苷酸总数的0.3%,碱基替换以碱基转换为主。通过6个SNPs多态位点确立了6种单倍型:Hap-1、Hap-2、Hap-3、Hap-4、Hap-5和Hap-6,其中Hap-4、Hap-5和Hap-6为新发现单倍型。遗传多样性由高至低依次为:指名亚种、屋久岛亚种、东北亚种、本州亚种、北海道亚种。各亚种间遗传距离最小为北海道亚种与本州亚种的距离(0.000056),最大为东北亚种与指名亚种的距离(0.001733)。基于单倍型利用邻接法构建系统进化树,结果显示,与日本梅花鹿相比,东北亚种与马鹿关系更近,东北亚种存在两大分支,日本梅花鹿各亚种间无明显分支,其他单倍型均是由Hap-3进化而来,单倍型最小跨度网络图与系统进化树一致。结果表明,东北梅花鹿存在两大父系类型,日本梅花鹿存在一个父系类型,单倍型Hap-3是日本梅花鹿的原始单倍型。     

新疆巴州牦牛种群线粒体DNA遗传多样性及其系统发育分析

研究测定新疆巴州牦牛种群线粒体DNA细胞色素b基因全长序列,在此基础上构建系统发育树,分析种群的遗传现状.结果表明,在17头巴州牦牛个体中检测到4种Cyt b基因单倍型,单倍型多样性为0.331,核苷酸多样性为0.00102;系统发育关系显示,巴州牦牛Cyt b基因单倍型明显有两个分支,一支与家牦牛单倍型聚在一起,另一支与新疆野牦牛单倍型聚在一起,表明巴州牦牛可能有2个母系起源.     

青海藏系绵羊高原型与山谷型类群的遗传多样性和分化研究

为了研究青海藏系绵羊高原型祁连县种群和山谷型互助县种群的遗传多样性和分化水平,试验采用聚合酶链式反应的方法获得了2个类群共63个个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列全长(1 140 bp)。结果表明:排序后的序列存在35个变异位点,其中包括17个简约性位点和18个单突变位点,共定义了18个单倍型。高原型祁连县种群和山谷型互助县种群单倍型多样度分别为0.81±0.05,0.74±0.08,核苷酸多样度分别为0.003 7±0.002 1,0.004 2±0.002 3,比较而言,遗传多样性偏低,与目前的资源量和分布相适应。分子变异和单倍型网络图分析结果均表明,祁连县高原型与互助县山谷型藏系绵羊类群间并不存在遗传分化。     

基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究

为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。     

基于线粒体DNA序列探讨中国紫貂的起源

为了研究中国紫貂的起源,试验利用PCR方法和直接测序技术对中国境内分布的18只野生紫貂线粒体DNA控制区全序列进行了测定和群体分析。结果表明:所获得的7个单倍型序列长度介于1 073～1 134 bp之间,在保守序列区CSB1与CSB2之间存在AC串连重复序列,长度介于198～258 bp,这是导致紫貂线粒体控制区序列长度异质性的原因;序列中具119个碱基插入/缺失位点、2个颠换位点以及26个转换位点;其整体单倍型多样性(H)为0.880±0.045、核苷酸多样性(Pi)为0.039±0.004,种群总体遗传多样性水平较高。3个地理亚种间存在明显的遗传分化,尤其是长白山和阿尔泰亚种间FST(遗传分化指数)=0.989 49(P>0.01),种群间基因流极低(Nm=0.005);阿尔泰亚种、长白山亚种分别与大兴安岭亚种的个别种群存在较近的亲缘关系,该结论与紫貂化石证据结合即可推测出紫貂大兴安岭亚种是我国境内分布的3个紫貂种群中首先分化形成的,然后以大兴安岭为中心向南分化形成长白山亚种以及向西分化形成阿尔泰亚种。     

基于SRY基因分析梅花鹿的遗传多样性及父系类型

试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、遗传距离及系统进化关系。结果显示,试验所获序列长度为1 613bp,在第47、62、602、1 148、1 569、1 604bp处共检测到6个SNPs多态位点,占核苷酸总数的0.3%,碱基替换以碱基转换为主。通过6个SNPs多态位点确立了6种单倍型:Hap-1、Hap-2、Hap-3、Hap-4、Hap-5和Hap-6,其中Hap-4、Hap-5和Hap-6为新发现单倍型。遗传多样性由高至低依次为:指名亚种、屋久岛亚种、东北亚种、本州亚种、北海道亚种。各亚种间遗传距离最小为北海道亚种与本州亚种的距离(0.000056),最大为东北亚种与指名亚种的距离(0.001733)。基于单倍型利用邻接法构建系统进化树,结果显示,与日本梅花鹿相比,东北亚种与马鹿关系更近,东北亚种存在两大分支,日本梅花鹿各亚种间无明显分支,其他单倍型均是由Hap-3进化而来,单倍型最小跨度网络图与系统进化树一致。结果表明,东北梅花鹿存在两大父系类型,日本梅花鹿存在一个父系类型,单倍型Hap-3是日本梅花鹿的原始单倍型。     

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析

[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。     

The raccoon dog (Nyctereutes procyonoides) in Germany--an established Neozoon as host and vector for parasites and other pathogenes

Some invasive wildlife species have the potential to act as additional host and vector species for parasitic and other infectious diseases. We used the raccoon dog (Nyctereutes procyonides), a carnivore species that has its origin in Asia, as an example to demonstrate biological and ecological prerequisites which enables an invasive species to occupy a new habitat permanently. Studies conducted during the last ten years identified a total of 23 endoparasites, two ectoparasites, six bacterial or protozoan species and five viruses, found in the Nyctereutes procyonoides ussuriensis subspecies in its newly occupied range or in N. procyonoides koreensis in its original range. Results of studies in Finland and Germany furthermore showed that biological characteristics of the raccoon dog make this carnivore an appropriate host or vector for a variety of parasites and infectious diseases. This may result in a growing importance of this invasive carnivore for the epidemiology of transmissible diseases in Germany. Especially with regard to zoonotic disease outbreaks, the raccoon dog should therefore be paid more attention in disease prevention and eradication strategies.     

江淮水牛线粒体D-loop区和Cytb基因遗传多态性及系统发育分析

为研究安徽江淮水牛群体的分子种质特性,本试验测定了江淮水牛2个亚群共82个个体的线粒体D-loop区和细胞色素b基因完整序列,分析了序列遗传多态性及系统进化关系,并结合GenBank中已发表的141条中国水牛D-loop序列,进行了联合分析。结果在D-loop区内共发现核苷酸多态位点91个,组成104个单倍型,其中32个是在江淮水牛中新发现的单倍型。总体mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.015 43±0.001 42),单倍型多样性为(0.948±0.009)。其中,江淮水牛的mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.014 89±0.002 32),单倍型多样性为(0.955±0.013),表明其群体遗传多样性丰富,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。根据线粒体D-loop区单倍型构建系统树和进化网络,显示江淮水牛存在沼泽型水牛线粒体支系A和B,表明其具有2个线粒体母系来源,其中B支又分为b1和b2两个亚支;针对细胞色素b基因的进化分析也支持这一结论。这些研究结果为今后开展江淮水牛遗传资源的保护和利用提供了客观依据。     

中国家驴mtDNA D-loop 遗传多样性与起源研究

对我国12个家驴品种126个个体（包括引用26个个体）的mtDNA D-loop区399 bp进行分析,共检测到36种单倍型37个多态位点,其单倍型多样度为0.466 7-0.977 8,核苷酸多样度为0.001 2-0.028 5,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3条努比亚野驴、3条索马里野驴和6条亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,首次证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴,亚洲野驴不是中国家驴的祖先。本文还讨论了我国家驴可能的迁徙路线。     

Genetic Diversity Analysis of Sus scrofa Population in Guizhou Based on Mitochondrial CytbGene

【Objective】 The objective of this study was to evaluate the genetic diversity and genetic structure of Sus scrofa in Guizhou,so as to provide theoretical basis for further conservation genetics research and population ecological management,and then lay a foundation of the research of Sus scrofa conservation biology and its adaptation to the environment.【Method】 The mitochondrial Cytb gene of Sus scrofa was amplified by PCR and sequenced.Combined with 55 mitochondrial Cytb gene sequences of Sus scrofa downloaded from GenBank in other 9 regions in China,Mega 7.0 software was used for base composition and genetic distance analysis,and DNAsp6 software was used for genetic diversity analysis.【Result】 The ratio of Cytb gene (1 140 bp) of Sus scrofa in Guizhou was similar with other region,and AT content was higher than GC content.The 11 sequences had 6 variation sites and 4 haplotypes.The haplotype diversity was 0.600,and the nucleotide diversity was 0.00118.Haplotype diversity and nucleotide diversity were only higher than those of Sus scrofa populations in Jiangxi and Northeastern region.The genetic distance within species was small,and the genetic relationship was close.The neutral test Tajima's D and Fu's Fs values were negative,and the difference was not significant.The mismatch distribution analysis showed a unimodal distribution,it showed that Sus scrofa population in Guizhou was relatwely stable in history.The haplotype diagram was constructed using Network,and the analysis of haplotype phylogenetic tree constructed by Mega 7.0,which showed the haplotypes of Sus scrofa in Guizhou were shared with populations reported in other region (Hap_1 and Hap_10).【Conclusion】 This study concluded that Sus scrofa population in Guizhou was experiencing an expansion phase,but the population genetic diversity was lower than the populations in other region in China,the genetic distance of intrapopulation was small,and moderate comparing with the populations from other region in China.Therefore,the conservation management on genetic biodiversity of Sus scrofa in Guizhou should be paid more attention.     

基于线粒体DNA Cyt b研究城市化对上海金线侧褶蛙遗传结构的影响

城市化在全球范围内快速扩张,已经成为影响物种进化的重要力量。两栖动物的迁移能力较弱,城市化导致两栖类被完全或部分的隔离,丢失更多的遗传多样性。本研究对上海市的金线侧褶蛙(Pelophylax plancyi)的mtDNA Cyt b部分序列进行分析,共扩增出235条序列,获得61个单倍型。研究表明城市区域遗传多样性较低,上海市的金线侧褶蛙分化程度处于中低的水平(Max F_ST=0.296;Min F_ST=0.004),各种群之间遗传分化有限。黄浦江及其支流可能作为水上扩散通道,有助于基因交流,各城市公园之间的遗传分化差异并不显著;而长江阻碍了种群之间的交流,城市公园和郊区,以及岛屿种群之间的遗传分化显著。此外,单倍型网络和系统发育分析表明,上海的金线侧褶蛙并没有对应城市化程度形成相应的单系。     

D‐loop sequence mitochondrial DNA variability of Sarda goat and other goat breeds and populations reared in the Mediterranean area

To provide useful knowledge on goat breed origin and history, we studied the mitochondrial DNA (mtDNA) of 69 goats from five different breeds, Camosciata delle Alpi, Maltese, Nubian, Saanen and Sarda, and one population, the Tunisian. All goats analysed displayed a moderate haplotype and nucleotide diversity. The highest was in the Sarda – the autochthonous breed reared in Sardinia. On the basis of mtDNA control region sequences, animals showed a high genetic haplotype diversity, 35 haplotypes were each represented by a single sequence and only a few haplotypes were shared among the animals. New haplotypes of goats reared in the Mediterranean area were identified and the majority of Italian goats belonged to haplogroup A. This result confirmed worldwide distribution and diversity of haplogroup A.     

利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性

试验旨在从分子水平上研究中国马鹿的父系起源结构和遗传多样性水平,判断各种群间的系统发育关系和亲缘关系远近。通过DNA提取、PCR扩增和直接测序的方法,对天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿等11个群体共159头马鹿的SRY基因序列进行了检测和分析,计算碱基组成、核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样性（Hd）以评估遗传多样性,构建单倍型网络图;以白唇鹿为外群,用邻接法（NJ）和最大似然法（ML）构建系统进化树,探讨马鹿的聚类及遗传多样性。结果显示,所获序列长度为1 615 bp,在基因中共鉴定出18个SNPs多态性位点,占核苷酸总数的1.11%,根据多态性位点鉴定出14个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率35.84%,为天山马鹿、阿尔泰马鹿、阿拉善马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王种群的共有单倍型。其中,阿拉善马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、川藏马鹿、北美马鹿和高产鹿王均具有独有单倍型。单倍型多样性介于0~0.857,核苷酸多样性介于0~0.00272,各亚种间遗传距离最大的是塔河马鹿与西藏马鹿（0.002406）,最小的是阿拉善马鹿与青海马鹿（0.000124）。基于邻接法和最大似然法构建的系统进化树一致,显示11个野生马鹿种群间共存在3个分支,支系S1包含全部马鹿种群,塔河马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王构成支系S2,北美马鹿构成支系S3,单倍型最小网络图与系统进化树一致。表明各马鹿种群之间的遗传多样性存在差异,塔河马鹿、高产鹿王和甘肃马鹿分别存在2个父系类型,北美马鹿存在3个父系类型,其他马鹿种群只存在1个父系类型,Hap-1在单倍型组S1中处于核心位置,其他单倍型分散分布于其周围,推测Hap-1为马鹿种群中较为原始的单倍型。