编码EIAV反式激活蛋白Tat的cDNA克隆和序列测定

ＥＩＡＶ在繁殖过程中的转录涉及到多种因子的调节,其中ＴＡＴ蛋白是病毒编码的反式激活因子,是病毒复制必须成分。ＴＡＴ是非结构蛋白,由病毒基因组全长转录产物经多次拼接而成。本研究使用ＥＩＡＶ疫苗毒感染驴巨噬细胞培养物,在病毒增殖早期提取细胞总ＲＮＡ,反转录后使用中国ＥＩＡＶ毒株特异引物扩增病毒基因组拼接产物。将扩增产物克隆后经过核苷酸序列分析,和与基因组全序列的比较。确定了编码ＥＩＡＶ反式激活蛋白的转录产物及阅读框架及转录后拼接位点,研究发现至少有两种拼接产物编码ＴＡＴ。     

编码EIAV核输出因子蛋白Rev的cDNA克隆和序列测定

EIAV在繁殖过程中涉及到多种转录因子的调节，其中Rev蛋白是病毒编码的转录后调节因子，决定了病毒复制由早期到晚期的过渡，Rev是非结构蛋白，由病毒基因组全长转录产物经多次拼接而成。本研究使用EIAV疫苗毒感染驴巨噬细胞培养物，在病毒增殖早期提取总RNA，反转录后使用EIAV特异引物扩增病毒基因组拼接产物，将扩增产物克隆后经过核苷酸序列分析，通过与基因组全序列的比较，确定了编码Rev蛋白的病毒基因组转录产物的编码序列和拼接位点。     

马传贫病毒基因组转录图谱的研究

ＥＩＡＶ和ＨＩＶ－１、ＦＩＶ等病毒均属慢病毒属成员,这些病毒在基因组结构、复制的分子机制、抗原漂移及病毒与宿主的相互作用等方面都十分相似。在慢病毒基因转录过程中,首先形成一个与病毒基因组等长的ｍＲＮＡ,然后经过不同方式的拼接,得到长短不一的ｍＲＮＡ,进而出现核表达不同的蛋白。我们知道,慢病毒的基因表达受多种病毒蛋白及细胞核因子的复杂调控,这一过程的改变往往会影响病毒的致病力和繁殖能力。马传贫白细胞弱毒疫苗是目前唯一成功的慢病毒疫苗,因此比较 ＤＬＡ ＥＩＡＶ的拚接位点及拚接方式与其他毒株的异同,对于揭示 ＤＬＡ ＥＩＡＶ致弱的分子机制是十分必要的。本研究首先鉴定了 ＤＬＡ ＥＩＡＶ和 ＤＡ ＥＩＡＶ的几个拼接位点和几个转录产物,将这些拼接位点与已报道毒株相比较,发现 ＤＬＡ ＥＩＡＶ和 ＤＡＥＩＡＶ外显子３上游拼接位点为新发现的位点信号。同时,Ｒｅｖ的靶序列ＲＲＥ的核苷酸序列差异较大。在本研究试验条件下,未克隆到ＤＬＡＥＩＡＶ的１、２、４外显子拼接产物及ＤＡＥＩＡＶ感染动物细胞的１、４外显子拼接产物,这可能由于样品采集时间及病毒体内外繁殖环境差异造成的假阴性结果,但也有一种可能的情况,就是这两个毒株在转录产物的构成或构     

马传染性贫血野毒辽宁株前病毒全基因组核苷酸序列测定

采取马传染性贫血病毒（ＥＩＡＶ）辽宁野毒株（Ｌ株）感染马的血液,分离白细胞。提取白细胞中的ＤＮＡ,并以此为模板,利用ＰＣＲ技术分四个片段扩增 ＥＩＡＶ前病毒 ＤＮＡ。将其分别克隆到载体质粒 ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ中,经酶切鉴定后测序。对测序结果分析、拼接,得到 ＥＩＡＶ　 Ｌ株前病毒基因组全序列。     

EIAV反式激活蛋白(TAT)基因的分子克隆与序列测定

以马传染性贫血病毒 (EIAV)疫苗毒感染驴巨噬细胞培养物 ,在病毒繁殖期提取细胞总 RNA,反转录后使用特异引物扩增病毒基因组拼接产物。将扩增产物克隆、测序并与基因组全序列比较 ,确定了编码 EIAV反式激活蛋白(TAT)的转录产物及阅读框架 ,发现至少有 2种拼接产物编码 TAT。比较 2种阅读框架 ,以保守序列作为模板扩增得到完整的编码 EIAV反式激活蛋白的基因。     

马传染性贫血病毒弱毒株LTR的克隆及序列分析

从马传染性贫血病毒（ＥＩＡＶ）弱毒株感染的驴胎皮肤（ＦＤＤ）细胞中提取前病毒ＤＮＡ，以其为模板，通过ＰＣＲ扩增出ＥＩＡＶ弱毒株的ＬＴＲ，并将其克隆到载体质粒ｐＵＣ１９中。经酶切分析，ＰＣＲ及Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交筛选、鉴定，获得含有ＥＩＡＶ弱毒株ＬＴＲ片段的重组质粒ｐＬＴＲ。对该质粒的序列分析发现，在中国ＥＩＡＶ弱毒株ＬＴＲ的Ｕ３区含有４个与细胞转录因子结合的位点，其中有３个ＰＵ．１位点和１个ＡＰ－１位点，Ｕ３区还存在１个ＴＡＴＡＴＡＡ启动子序列；Ｒ区长为８１ｂｐ，含有１个帽位点ＧＧ和１个Ｐｏｌｙ（Ａ）信号序列ＡＡＴＡＡＡ；在帽位点下游是１个病毒Ｔａｔ蛋白结合位点，即ＴＡＲ位点；Ｕ５区长为３９ｂｐ。中国ＥＩＡＶ弱毒株ＬＴＲ序列与国外发表的其他毒株序列相比，在ＬＴＲ的一些调控部位有变异发生，中国ＥＩＡＶ弱毒株与美国ＥＩＡＶ原型株（Ｗｙｏｍｉｎｇ株）ＬＴＲ区核苷酸序列有１８．７２％的差异。     

马传染性贫血病病毒弱毒疫苗株感染性分子克隆的构建

采用ＰＣＲ方法分三段扩增出马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株（ＥＬＡＶ　 ＤＬＡ）的前病毒ＤＮＡ,这三个片段覆盖马传染性贫血病毒的全部基因组,ＰＣＲ产物经克隆后顺次连接,获得一个含有ＥＬＡＶ全基因（８．０Ｋｂ）的重组质粒,将其命名为ｐ８．０。将此８．０Ｋｂ ＥＩＡＶ全基因再亚克隆到含有一完整 ＥＩＡＶ ＤＬＡ株长末端重复序列的质粒中,获得一含有 ＥＩＡＶ驴白细胞弱毒前病毒全基因的重组质粒,将其命名为ｐ８．２,经核苷酸序列分析,证明ｐ８．２含有ＥＩＡＶ前病毒的全基因。用ｐ８．２转染驴白细胞,将其作为种毒进行传代,于感染该克隆毒的细胞培养上清中检测出了反转录酶,说明在驴白细胞中由ｐ８．２衍生出了ＥＩＡ病毒。驴白细胞经该克隆毒感染后,第４天出现病变,经透射电镜可观察到典型的马传染性贫血病毒粒子,进一步证明ｐ８．２具有感染性,我们获得了马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株的感染性分子克隆,为进一步在分子水平上阐明我国ＥＩＡＶ疫苗株的减毒机理和免疫保护机制奠定了基础。     

减蛋综合征病毒pVⅢ基因和E3区序列测定及结构分析

克隆了减蛋综合征病毒（ＥＤＳＶ）中国分离株基因组ＨｉｎｄⅢ－Ｅ片段，并分析了其核苷酸序列。该片段位于基因组中央５８．７～６８．９物理图谱单位（ｍｕ），片段全长共３１９４ｂｐ。其中含有１个完整的和２个不完整的开放性读码框架（ＯＲＦ），分别编码ｐＶⅢ蛋白、１００Ｋ蛋白基因Ｃ端和纤维蛋白Ｎ末端部分。ｐＶⅢ蛋白基因由７５３个碱基（ｎｔ）组成，编码２５０个氨基酸（ａａ），编码产物的分子量为２８５００。氨基酸水平的同源性比较表明，ＥＤＳＶ的ｐＶⅢ蛋白与禽腺病毒１型（ＦＡＶ１）及人和其他动物腺病毒ｐＶⅢ蛋白的同源性为２８％～３６％，而与羊腺病毒（ＯＡＶ）的同源性高达５２％，提示ＥＤＳＶ与ＯＡＶ间的亲缘关系更近。按照人腺病毒基因组结构的特征，在ｐＶⅢ和纤维蛋白基因之间，应为Ｅ３区，但该序列只有２４５个ｎｔ组成，序列中保留了ＴＡＴＡＢｏｘ和ｐｏｌｙＡ信号。但除了２个仅编码４９ａａ和３２ａａ多肽的ＯＲＦｓ外，不编码任何产物，且核苷酸序列与其他腺病毒的Ｅ３区无同源性，证实此区无明显Ｅ３区样结构。     

家蚕核型多角体病毒IE-1基因启动子的克隆和序列分析

利用ＰＣＲ方法扩增了家蚕核型多角体病毒苏州株（ＢｍＮＰＶｓｕ）的ＩＥ－１启动子全序列并进行克隆和序列分析，结果表明ＢｍＮＰＶｓｕ的ＢｍＮＰＶｓｕ启动子符合真核生物启动子特点，在其序列中有典型的增强子类似元件、加帽位点、ＴＡＴＡ盒等基序。与ＧｅｎＢａｎｋ报道的其它几种ＮＰＶ病毒基因组中的ＩＥ－１启动子序列进行同源性分析表明ＢｍＮＰＶｓｕ与ＩＥ－１（家蚕核型多角体病毒Ｔ_３株）、ＡｃＭＮＰＶ（首蓿尺蠖核型多角体病毒）、ＯｐＭＮＰＶ（黄衫毒蛾核型多角体病毒）、ＬｄＮＰＶ（舞毒蛾核型多角体病毒）的同源性分别为９９．５％、９６．４％、６６．２％和５０．２％。根据各ＮＰＶ基因组中ＩＥ－１启动子序列分析了几种ＮＰＶ的进化关系。     

减蛋综合征病毒33K蛋白基因克隆及结构分析

纯化的减蛋综合征病毒（ＥＤＳＶ）ＤＮＡ经ＨｉｎｄⅢ水解、０．８％琼脂糖电泳后,回收各ＤＮＡ条带并克隆至ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＫＳ载体,建立了ＥＤＳＶ基因文库,对３３Ｋ蛋白基因进行了分析。本研究证实,ＥＤＳＶ３３Ｋ蛋白基因含有２个外显子,与羊腺病毒（ＯＡＶ）３３Ｋ蛋白比较,Ｎ端编码产物的同源性为３０．８％,Ｃ端的为６０％。用ＲＴ－ＰＣＲ扩增３３ＫｍＲＮＡ和ｃＤＮＡ克隆及序列分析证实,ＥＤＳＶ３３Ｋ蛋白含有８２碱基（ｎｔ）的内含子,去掉内含子３３Ｋ蛋白基因能形成完整的ＯＲＦ,其编码产物由１７７氨基酸（ａａ）组成,推测分子质量为２．０６×１０４,与人５型腺病毒和ＯＡＶ的同源性分别为２８．１％和４４．７％。     

带有组氨酸标签的马传染性贫血病毒感染性分子克隆的构建

马传染性贫血(EIA)弱毒疫苗的广泛使用存在野毒和疫苗毒鉴别困难的问题.本研究以已构建的马传染性贫血驴白细胞弱毒疫苗株的感染性分子克隆(pOK8266)为基础,在其S2基因内引入NspV酶切位点,将人工合成的编码6个组氨酸的寡核苷酸插入NspV位点,获得带有组氨酸标签的重组质粒pOK8266-HIS.将pOK8266-HIS转染驴白细胞,将驴白细胞转染产物传至第6代时,在电镜下观察到了典型的马传染性贫血病毒粒子.提取pOK8266-HIS衍生病毒的前病毒基因组DNA,通过PCR扩增和测序表明,衍生病毒基因组中引入了6个组氨酸标签,从而获得了带有分子标志的马传染性贫血弱毒疫苗株,为野毒株和疫苗病毒的鉴别诊断奠定了基础.本研究还证明了S2基因中的插入突变并不影响马传染性贫血病毒的体外复制.     

Differential responses of Equus caballus and Equus asinus to infection with two pathogenic strains of equine infectious anemia virus

Most in vivo studies with equine infectious anemia virus (EIAV) have been performed in horses and ponies (Equus caballus) with little published information available detailing the clinical responses of donkeys (Equus asinus) to infection with this virus. Consequently, donkeys were inoculated with two strains of EIAV (EIAV(PV) and EIAV(WY)) which have been documented to produce disease in E. caballus. Four ponies, 561, 562, 564 and 567 and two donkeys, 3 and 5 were infected with EIAV(PV) and one horse (94-10) and one donkey (4) were infected with EIAV(WY). Although the horse and ponies all experienced clinical signs of disease, which in some cases were severe, the donkeys remained asymptomatic throughout a 365-day observation period, except for mild transient reductions in platelet counts. The results from serological assays, virus isolation from plasma and detection of plasma-associated viral RNA by RT-PCR, indicated that initial replication of EIAV(PV) and EIAV(WY) was lower in donkeys than in horses and ponies. This conclusion was confirmed using competitive RT-PCR, in which viral RNA levels in the plasma of EIAV(PV)-infected ponies was up to 100,000-fold higher than in infected donkeys during the first 20 days post-infection (dpi). Similar results were obtained in the EIAV(WY)-infected animals, in which viral RNA burdens in the donkey at 20 dpi were 1000-fold less than in the horse. However, infection of donkey and horse monocyte-derived macrophage cultures with EIAV(PV) demonstrated that these cells in vitro were equally susceptible to virus-induced cytopathic effects and yielded similar levels of progeny virus. This result suggests that factors other than host cell permissiveness mediate the clinical differences observed between horses and donkeys infected with EIAV(PV) or EIAV(WY).     

马传贫驴白细胞弱毒疫苗株跨膜蛋白主要免疫决定区基因的克隆与表达

从感染驴白细胞的马传贫驴白细胞弱毒疫苗株前病毒DNA中克隆了编码跨膜蛋白主要免疫决定区(TMIR)的基因，并在大肠杆菌中进行了表达。所表达的融合蛋白有一部分是可溶的，其氨基端带有6个组氨酸的标签，因此可以用固定化金属离子亲和层析法在非变性条件下进行纯化。在间接酶联免疫吸附试验(ELISA)和免疫印迹试验中，重组的TMIR蛋白可与马传贫阳性血清样品发生反应，而与健康马血清无任何反应。这表明该重组蛋白具有良好的抗原性和特异性，可用于马传贫弱毒疫苗株在体内外复制、接种马体内免疫应答及马传贫诊断的研究。     

马传贫病毒白细胞弱毒疫苗毒株反转录酶基因克隆及序列？…

本从商品化马传贫弱毒疫苗培养物提纯马传贫疫苗病毒粒子并抽提病毒ＲＮＡ后,采用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增并首次克隆了马传贫驴强毒反转录酶基因。经核苷酸序列测定得出反转录酶工一长１６６８ｂｐ,编码５５６个氨基酸。通过与已发表其它马传贫病毒反转录酶基因序列比较,发现在氨基酸和核苷酸水平差异率分别为１４．０％和１６．６％。变异氨基酸随机分布于整个基因上,无明显规律。在反转录病毒高度保守的酶基因上发现这样大的差异     

马传染性贫血病毒疫苗致弱过程中不同代次毒株LTR序列变异

有研究认为病毒基因组长末端重复序列LTR与病毒的毒力和复制能力直接相关.中国马传染性贫血弱毒疫苗是由一株高致病力毒株经体外白细胞传代而致弱的疫苗.经过体外超过110代传代后,病毒丧失了对马高致死性毒力并保持了良好的免疫原性.本文对传代过程中的不同代次病毒基因LTR进行了克隆和序列测定,发现传代过程中LTR发生了一系列明确的变异,一是转录起始位点在64代之前均以GGAC为特征,64代之后则表现为不规律的GAAC,AAAC,AGAC或GGTC;二是TAR起始碱基在59代之前多数为A,而64代之后均为G;三是在45代之后(55代除外),poly(A)附加位点一致表现为AA,这种一致的核苷酸变化均发生在毒力明显降低的代次,提示这些突变引起的位点或结构变化很可能与病毒毒力减弱有直接关系.     

马传贫驴白细胞弱毒疫苗株基质蛋白基因的克隆与表达

从感染驴白细胞的马传贫驴白细胞弱毒疫苗株前病毒DNA中克隆了编码基质蛋白（p15)的基因，并在大肠杆菌中进行了表达，所表达的蛋白是一种可溶性的融合蛋白，其氨基端带有6个组氨酸的标签，因此可以用固定化金属离子亲和层析法在非变性条件下进行纯化，在间接ELISA和免疫印迹试验中，重组的基质蛋白可与马传贫阳性血清样品发生反应，而与健康马血清无任何反应，这表明该重组蛋白具有良好的抗原性和特异性，可用于马传贫弱毒疫苗株在体内外复制及在接种马体人免疫应答的研究中。