基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景

为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景，本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体，通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列，使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源，进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点，其中单一多态位点4个，简约信息位点25个；依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型，其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异，其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明，柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类，其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起，大柴旦群体...     

用20个微卫星标记研究鲁西黄牛和渤海黑牛的遗传多样性

用20个微卫星座位分析了鲁西黄牛、渤海黑牛及用作参照的秦川牛品种的遗传多样性。3个中国黄牛品种在20个座位的等位基因数为4~25个,平均等位基因数接近9个。各座位等位基因长度与欧洲普通牛相似,但平均等位基因数高于报道的欧洲普通牛和部分中国其它黄牛品种。3个品种在不同座位均发现部分特有基因,以渤海黑牛居多,在3个座位检测到7个特有基因。平均有效等位基因数达到6个以上,平均杂合度接近0.8,平均多态信息含量约为0.85,这几项变异参数在3个品种间没有明显差异,但高于欧洲普通牛群体和报道的中国部分黄牛群体的相应值。结果表明,3个品种在当地生态条件下,经数千年的选育积累了丰富的遗传变异,属宝贵的遗传资源。遗传相似度分析结果显示,渤海黑牛先与秦川牛聚为1类,再与鲁西黄牛聚在一起,引证了鲁西黄牛受瘤牛血统影响较大的结论。     

徐闻黄牛和海南黄牛血液蛋白的遗传多样性

采用淀粉凝胶电泳技术和组织化学染色方法，研究徐闻黄牛、海南黄牛和荷斯坦牛血液蛋白的遗传多样性。在分析的３６种血液蛋白（酶）共计４０个遗传座位中，徐闻黄牛和海南黄牛有相同的１３个多态座位，荷斯坦牛有１１个多态座位。徐闻黄牛和海南黄牛的多态座位百分比均为Ｐ＝０．３２５，徐闻黄牛的平均杂合度Ｈ＝０．１４１，海南黄牛的平均杂合度Ｈ＝０．１３２；荷斯坦牛的多态座位百分比Ｐ＝０．２７５，平均杂合度Ｈ＝０．０９９，研究结果表明这３个品种的遗传多样性相当丰富，多态座位百分比和平均杂合度随着品种选育程度的提高而降低。研究结果为把徐闻黄牛和海南黄牛合称为雷琼黄牛的观点提供了佐证。     

陕西黄牛群体血液蛋白位点的遗传分化

应用系统随机整群抽样法，对陕西４个黄牛群体６个血液蛋白位点估测的基因频率进行遗传变异分析。证实黄牛群体的遗传变异主要由系统内血液蛋白质的多态现象所造成，系统间的遗传差异仅在５．２８％以下。不同的群体遗传变异程度亦有差异，基因分化程度与各总群育种水平呈明显的反应关系。同时研究表明，系统随机整群抽样是进行黄牛群体遗传变异分析的最适抽样方法。     

福建黄牛的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量（PIC）、遗传杂合度（日）和有效等位基因数（E）等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究、结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性，4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因，每个微卫星标记平均检测到7、2个等位基因（3—11）；8个微卫星标记的PIC平均为0.6471（0.3942—0．8062），各群体的PIC差异不显著；全部群体的日为0.2930：各群体的E平均为3．37（3.03—3.84）、这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性，说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性．（2）根据Nei氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示，4个群体间的遗传变异不大．福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性；遗传距离及聚类分析结果表明，这些群体黄牛属于同一个地方品种．     

中国9个南方黄牛品种和3个引进品种的遗传多样性分析

【目的】探讨中国9个南方黄牛和3个引进品种的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系。【方法】选用联合国粮农组织和国际动物遗传学会联合推荐的15个微卫星DNA标记,对中国9个南方黄牛品种和3个引进品种的遗传多样性进行分析。【结果】在15个微卫星座位上共检测到237个等位基因,每个座位平均为15.8个;各座位的平均多态信息含量为0.597 2~0.821 7,均表现出高度多态性;各品种的平均杂合度均较高,为0.665 1~0.800 3,平均杂合度最高的是迪庆黄牛,最低的是德国黄牛;12个黄牛品种聚为4类,吉安黄牛、徐闻牛、隆林黄牛、皖南牛和涠洲黄牛聚为第一类;威宁黄牛、务川黑牛和迪庆黄牛聚为第二类;三江牛自成第三类;西门塔尔牛、夏洛来牛和德国黄牛聚为第四类。【结论】15对微卫星座位可作为有效的遗传标记,用于各个黄牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

多层次综合聚类在黄牛品种分类上的应用

应用陕西４个黄牛群体的６个血液蛋白位点、８个毛色位点及７项形态特征共２１类遗传标记特征的分布频率进行综合模糊聚类分析，结果表明：在取ＭＲ＾４＝０．９７４时，将陕西４个黄牛群体划分为南北２种类型。确认秦岭山脉是陕西不同类型黄牛群体在地理上的分界线。亦确认多层次综合聚类是目前黄牛品种类划分最适宜之方法。     

陕西黄牛群体血液蛋白位点的遗传分化

应用系统随机整群抽样法，对陕西４个黄牛群体６个血液蛋白位点估测的基因频率进行遗传变异分析。证实黄牛群体的遗传变异主要由系统内血液蛋白质的多态现象所造成，系统间的遗传差异仅在５．２８％以下。不同的群体遗传变异程度亦有差异，基因分化程度与备总群育种水平呈明显的反变关系。同时研究表明，系统随机整群抽样是进行黄牛群体遗传变异分析的最适抽样方法。     

皖北黄牛MHC基因遗传多样性及分子系统关系

[目的]研究皖北黄牛品种的遗传多样性、亲缘关系及起源进化。[方法]采集50个皖北黄牛和14个地方黄牛品种的血样,根据黄牛MHC基因序列设计1对引物,进行PCR扩增。对50个皖北黄牛个体和14个地方黄牛品种个体的MHC基因进行序列比对分析,检测MHC单倍型及核苷酸多态性指标,并构建分子系统发育树。[结果]共检测到7种MHC基因单倍型,核苷酸多态位点24个,占分析位点的7.86%,包括18个转换,1个颠换,5个转换/颠换。皖北黄牛品种单倍型间的序列差异在0.26%4.53%之间,单倍型多样度（H）为0.6020.617,核苷酸多样度（π）为0.0120.019。[结论]皖北黄牛的遗传多样性不丰富,与鲁西黄牛具有较近的亲缘关系,二者聚为姐妹群。 更多还原     

黄牛毛色位点表型遗传分化的研究

应用扩展的Ｎｅｉ·Ｍ公式对陕西境内４个黄牛群体毛色位点的表型遗传分化进行了研究。结果表明，各总群平均表型异质度与其选种水平密切相关，各总群的表型遗传分化程度与各畜群规模及分布范围有关，各总群遗传变异来源在系统内和系统间存在明显差异，部分表型遗传分化程度较高的指标可作为未来品系育种的研究对象。     

平利黄牛品种资源遗传检测的研究

采用系统随机整群抽样法在平利黄牛分布区选择三个系统八个群体抽取样本125头,以血液蛋白质多态性、毛色分布和外形特征作为遗传标记检测该黄牛的品种资源。结果表明,平利黄牛所持有的基因库基本反映了我国黄牛品种的特点,含有部分瘤牛血统,属于我国黄牛从北方向南方分布的一个过渡型地方黄牛品种。     

子午岭两侧山羊群体遗传分化研究

应用随机整群抽样法对地处子午岭东西两侧的两个山羊品种３个层次共计４２类标记特征进行了遗传分析。结果表明,两品种在血液蛋白质及毛色位点的分化程度较低（７％以下）,而在形态特征分化程度较高（１８．８４％）,进一步综合聚类分析表明,两品种间遗传距离较近（Ｄ＝０．０１６）,确认两品种属同种异名     

猪血清蛋白质多态性与品种分类的研究

本文根据所测定的二花脸、梅山、枫泾、金华、姜曲海和长白猪的4个血清蛋白质系统——前白蛋白(Pa~A,Pa~B)、转铁蛋白(Tf~A,Tf~B,Tf~C)、铜蓝蛋白(CP~A,CP~B,CP~C)和淀粉酶(Am~A,Am~B,Am~C,Am~Y)的基因频率,估算了各品种间遗传距离和品种内平均基因多样度;并对各品种的4个血清蛋白位点的等位基因类型及分布特点进行了分析;进一步考证了我国猪种的起源与分化以及我国部分地方猪种的遗传结构和类缘关系;亦较系统地探讨了太湖猪不同类群的亲缘关系。     

利用MHC B-L基因外显子2分析部分中国地方鸡种的遗传多态性

应用MHC B-L 基因外显子2直接测序的方法,对9个地方鸡品种的遗传多样性进行研究。通过等位基因频率对各群体的遗传参数、群体间的Tajima Nei遗传距离和Maximum Likelihood遗传距离进行计算,并采用邻接法（NJ）和 Fitch Margoliash方法聚类。结果表明,导致9个地方鸡品种群体间遗传分化的主要原因为基因流,分析聚类的结果显示,不同鸡品种的分子系统发生关系与其地理分布和每个品种的育成史较一致。     

农业经济动物稀释毛色表型形成研究进展

毛色是家畜驯化过程中最早被选择的性状之一,对该性状的偏好性选择导致家畜毛色丰富多样。家畜的毛色表型是由黑素细胞中真黑色素（产生黑色 / 棕色）和褐黑色素（产生黄色 / 红色）的相对含量决定,当真黑色素或褐黑色素的合成被稀释,或者两种色素的合成均被稀释时,就会形成不同的稀释毛色表型。为深入理解家畜毛色变异的遗传机制,许多学者已经进行了大量的毛色遗传学研究,以确定家畜的毛色相关基因和因果突变。目前,已鉴定出超过 300 个基因座和 150 个与毛色相关的基因。稀释毛色表型作为动物毛色遗传研究领域的一个重要研究方向,其遗传学研究已取得了一定进展。已发现多个因果基因可以引起哺乳动物的毛色稀释和禽类的羽色稀释,这些基因通过影响潜在的色素形成途径来影响黑素细胞的发育和分化、黑色素的合成以及黑素小体的运输。相似的毛色稀释表型通常在不同物种间被发现,可能由保守的或不同的毛色稀释基因引起。在同一物种中,可能有多个基因导致相同或相似的稀释毛色表型。该文对农业经济动物（主要是猪、马、牛、羊、鸡）稀释毛色（羽色）表型的类型及其形成的因果基因和突变,以及遗传机理等研究进展进行综述,以期为动物稀释毛色（羽色）遗传机制的深入研究提供参考。     

运用荧光标记微卫星分析6个肉山羊品种遗传多样性

为了研究安徽白山羊、贵州白山羊、陕南白山羊、宜昌白山羊、马头山羊和波尔山羊6个肉山羊品种DNA分子水平上的遗传多样性,利用10个微卫星引物,分析6个肉山羊品种分子水平上的遗传变异和群体关系。10个微卫星位点均呈现高度多态,其多态信息含量(PIC)在0.531～0.812之间。F统计结果显示群体间存在极显著的遗传分化,遗传分化系数(Fst)为0.082。系统进化树NJ图把中国5个肉山羊和波尔山羊分为2支;中国肉山羊又被分成2个分支。系统进化树UPGMA图和主成分的二维坐标图进一步证实上述聚类结果的可靠性。此研究结果显示6个肉山羊品种遗传多样性丰富,具有很大的选育潜力,特别是中国地方品种,是将来开发利用的宝贵原始材料。     

固原黄牛系统地位的研究

以系统随机整群抽样调查六盘山区固原黄牛群体毛色和外部形态特征，用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测了该群体６个血液蛋白位点的多态性。     

利用微卫星DNA标记分析贵州3个地方猪种的遗传多样性

1材料与方法 1．1材料 采集3个地方猪种血液样品,共90份（表1）。采集个体品种特征明显,公母各半。     

African pastoralism: genetic imprints of origins and migrations

The genetic history of African cattle pastoralism is controversial and poorly understood. We reveal the genetic signatures of its origins, secondary movements, and differentiation through the study of 15 microsatellite loci in 50 indigenous cattle breeds spanning the present cattle distribution in Africa. The earliest cattle originated within the African continent, but Near East and European genetic influences are also identified. The initial expansion of African Bos taurus was likely from a single region of origin. It reached the southern part of the continent by following an eastern route rather than a western one. The B. indicus genetic influence shows a major entry point through the Horn and the East Coast of Africa and two modes of introgression into the continent.