江苏省沿海滩涂中华大蟾蜍种群的遗传多样性分析

[目的]为中华大蟾蜍野生种群资源的保护和合理开发利用提供理论依据.[方法]通过对中华大蟾蜍线粒体控制区的部分序列进行测序分析,研究江苏沿海地区中华大蟾蜍不同地域种群的遗传多样性.[结果]在江苏省沿海滩涂的3个地域检测到中华大蟾蜍种群的6个单倍型类型,东台种群、大丰种群和射阳种群的个体间享有共享的单倍型类型,其余单倍型均是各种群独享.系统发育树分析表明,中华大蟾蜍3个地域种群没有形成明显的地理分布格局.[结论]各地域种群间既存在着一定程度的基因交流,也存在一定程度的遗传分化.     

秀丽白虾3个地理种群mtDNA 16S rRNA基因序列变异及遗传分化

为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明:在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测序列的2.06%;共发现8种单倍型,其中太湖种群5种,鄱阳湖种群4种,兴凯湖种群1种;单倍型Ⅰ为太湖和鄱阳湖种群共有,单倍型Ⅳ为鄱阳湖和兴凯湖种群共有,3个种群未有共享单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.691 00和0.002 46,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,3个种群间的遗传变异为29.58%,种群内的遗传变异为70.42%,遗传分化系数(Gst)为0.295 8,基因流(Nm)为0.595 2,3个种群间遗传分化存在极显著性差异(P0.01)。本研究结果可为秀利白虾种质资源保护提供基础数据。     

道地产区不同牛膝种群的遗传多样性分析

【目的】对道地产区河南8个野生牛膝种群叶绿体基因psbA-trnH序列的变化进行分析,研究牛膝种群的遗传多样性,为牛膝野生种群的保护提供依据。【方法】选取河南8个野生牛膝种群(信阳鸡公山种群、信阳灵山种群、南阳淮源种群、南阳大乘山种群、洛阳龙峪湾种群、南阳老界岭种群、新乡九莲山种群、新乡万仙山种群)为材料,PCR扩增其叶绿体多态性片段psbA-trnH,分析其在供试8个牛膝野生种群中的差异,并据此分析各种群的遗传多样性。【结果】从8个牛膝种群的叶绿体片段中得到6个单倍型(Ⅰ~Ⅵ),其中单倍型Ⅰ为祖先单倍型,与其他单倍型仅差1个突变步。牛膝单倍型多样性指数为0.594,核苷酸多样性指数为2.13×10-3。牛膝种群遗传距离与地理距离之间不存在正相关关系。淮源种群的遗传多样性最高,且有特殊的基因型Ⅱ和Ⅴ;九莲山种群具有特殊的基因型Ⅵ。【结论】道地产区河南野生牛膝种群的遗传多样性相对较低;淮源种群与九莲山种群应该作为保护单元受到更多的重视。     

基于mtCOII基因对山东省越冬代亚洲玉米螟不同种群的遗传结构分析

亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis(Guenée)是我国重要农业害虫。为了全面揭示亚洲玉米螟遗传分化以及山东省亚洲玉米螟不同种群的遗传结构,对山东省越冬代亚洲玉米螟不同种群mtCOII基因序列与来自GenBank的相关序列进行了遗传结构分析,并建立了鉴别不同遗传支系的PCR-RFLP方法。基于对340条mtCOII序列的分析结果表明:所有样本共获得62个单倍型,其中单倍型17(H17)广泛分布于各种群之间,有6个单倍体型为山东种群所特有;亚洲玉米螟分化为2个遗传支系(支系Ⅰ与支系Ⅱ);2个遗传支系均在山东省发现,但以支系I为主;亚洲玉米螟各单倍体型散布于山东省各地理种群中,缺乏明显的地理分布格局。山东亚洲玉米螟总体的单倍体型多样性指数Hd为0.695,种群内单倍型多样性指数在0.333-0.889之间;总体的核酸多样性指数π为0.00424,种群内核酸多样性指数在0.00061-0.00809之间。总群体的固定系数 Fst 为0.79421。AMOVA分析结果表明山东亚洲玉米螟的遗传分化主要来自于2个支系之间(79.42%)。构建的亚洲玉米螟2个支系鉴别方法为其生物学与生态学的进一步研究奠定了基础。     

铁倍蚜属枣铁亚种mtDNA COI基因序列遗传分化

测定铁倍蚜属枣铁亚种7个种群共58个个体的mt DNA COI基因部分序列,分析其种群遗传结构和变异。结果表明,在测得的1 257 bp COI基因序列中有100个变异位点,58条序列共产生23个单倍型,其平均单倍型多样度为0.943±0.015,核苷酸多样度为0.020±0.002,其中,4个单倍型为不同种群的共享单倍型(2个单倍型为主体单倍型),11个单倍型为独享单倍型,8个单倍型为同一种群不同个体共享。AMOVA分析显示,枣铁亚种种群间的遗传变异较高,且分化显著。TCS网络图和聚类关系综合分析显示,不同单倍型按地理分布形成较明显的簇群,其中,云南水富所有个体单独构成一个分支,与其余种群关系较远,该种群可能属于不同的种。     

基于mtDNA控制区部分序列探讨东北狍与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化

对来自中国东北12个狍样本线粒体控制区序列进行了测定,初步探讨了东北狍种群的遗传结构及其与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化问题.结果在562 bp的线粒体DNA控制区序列中共发现40个变异位点,其中转换38个,颠换2个(Ti/Tv=19:1),多态位点的比例为7.12%.共检测到12种线粒体DNA单倍型,单倍型间的序列差异平均为2.00%.结合GenBank上西伯利亚狍和欧洲狍同源序列进行分析,确定27个单倍型,种群内及种群问无共享单倍型.AMOVA分析结果表明,遗传变异主要发生在种群间(67.28%).东北狍与西伯利亚狍无明显遗传分化(Fst:0.112 25,P>0.05),二种群间基因流程度最大(2.03).而东北狍与欧洲狍(Fst=0.718 28,P<0.001)、西伯利亚狍与欧洲狍(Fst=0.791 84,P<0.001)、西伯利亚狍-东北狍组合与欧洲狍(Fst=0.694 50,P<0.001)均具有显著的遗传分化.系统发生树和单倍型网络关系图均将27个单倍型分成2个进化枝:欧洲狍进化枝和西伯利亚狍-东北狍进化枝.     

长薄鳅(Leptobotia elongata)线粒体DNA控制区遗传多样性研究

对采自泸州(长江干流)、南溪(长江干流)、柏溪(金沙江段)、攀枝花(雅砻江段)、重庆(嘉陵江段)4个流域的45尾长薄鳅(Leptobotia elongata)的线粒体DNA控制区部分序列(798 bp)进行了扩增,共检测出19个单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,5群体单倍型多样性在0.833～1.000之间,显示不同流域的长薄鳅群体单倍型类型较为丰富.分析了D-Loop的碱基组成、变异情况和核苷酸序列差异,计算了核苷酸多样性(π)、单倍型多样性(h)、FST值和基因流数值(Nm),构建了长薄鳅不同单倍型分子系统树和中间网络图.5个群体内各序列核苷酸多样性指数 (π) 在0.276 %～0.905 %之间;群体间遗传距离范围为0.0028～0.0092,结果显示长薄鳅自然群体存在较丰富的线粒体控制区序列多态性(h＝0.916,π＝0.00450),Tajima's D统计(–2.09890)和Fu's Fs统计(–7.56940)分析都显示各种群之间差异显著(P<0.05),但FST值(FST<0.05)的分析结果显示重庆、柏溪、南溪、攀枝花和泸洲种群间没有明显的遗传分化,暗示了柏溪和攀枝花种群历史上,可能发生过群体扩张和种群瓶颈,而泸州、南溪和重庆种群一直是平衡种群.Nm值计算结果显示各地理种群间无明显基因交流,暗示了长薄鳅虽然在各条不同的河流里洄游产卵,但并未因此而产生独立分化的群体.所有群体中,泸洲和攀枝花种群的遗传多样性比重庆、柏溪和南溪种群丰富.进行长薄鳅人工繁殖时,可以将遗传多样性较丰富地区的个体补充到人工繁殖中来,以提高长薄鳅的遗传素质,为人工增殖放流提供遗传多样性更丰富的个体.     

稀有白甲鱼西江种群mtDNA D环区的结构及遗传多样性

采用PCR扩增和DNA直接测序技术,测定分析了采自珠江水系西江的30尾稀有白甲鱼(Onychostoma rara)mtDNA D环约467 bp的序列。结果显示,该序列的长度为467～470 bp,共计发现了16个变异位点,占分析总位点数的3.40%,其碱基组成A+T的平均含量(67.6%)高于C+T(32.3%)。稀有白甲鱼西江种群mtDNA D环区在结构上可分为终止序列区、中央保守区和保守序列区,存在着与终止相关的序列ETAS以及保守序列CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB1。定义了11种单倍型,单倍型多样性指数(Hd)为0.733 3,单倍型之间平均遗传距离(P)为0.010 2,核苷酸多样性(Pi)为0.005 79,平均核苷酸差异数(K)为2.705 75。11个单倍型构建的非加权分组平均法(UPGMA)系统树聚为2个分支。该研究表明稀有白甲鱼西江种群存在着较丰富的遗传多样性。研究亮点:(1)有关濒危鱼类稀有白甲鱼西江种群mtDNA D环测序及遗传多样性研究尚未见报道;(2)本研究揭示了稀有白甲鱼西江种群尚保存有较丰富的遗传多样性;(3)对稀有白甲鱼西江种群遗传学研究具有理论价值,并对开展该种群的保护和资源利用具有现实指导意义。     

根据EH277045衍生序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构

[目的]在核DNA水平根据DNA序列变异分析我国沿海8个互花米草种群的遗传结构。[方法]根据互花米草EST序列EH277045的序列信息设计引物,在8个种群共75份样本中扩增该衍生序列,采取直接测序的方法,比较序列差异,计算多种遗传参数,分析中国互花米草种群的遗传多样性与变异。[结果]共得到28个多态位点将75份样本分为25种单倍型,核苷酸多样性为0.011,单倍型多样性为0.794;种群间基因分化系数GST为0.163、遗传分化指数FST为0.222;AMOVA分析揭示79%的遗传差异来源于种群内,21%的遗传差异来源于种群间。[结论]我国互花米草种群遗传多样性水平高,种群间遗传分化较低,遗传多样性主要存在于种群内。     

南方鲇细胞色素b基因序列的保守性

对5个种群的南方鲇(Silurus merdionalis Chen)的线粒体DNA细胞色素b基因片段的500 bp序列进行测定, 经Clustal X同源排序后得400 bp序列, 结果发现: 南方鲇种群内碱基的变异很低, 雅砻江、岷江、乌江种群均为0, 宜宾种群为0.25%, 洞庭湖种群为1%; 雅砻江、岷江、乌江种群只有1种单倍型, 宜宾种群有2种单倍型, 洞庭湖种群有5种单倍型, 且单倍型间变异位点很少, 雅砻江、岷江、乌江种群无变异位点, 宜宾种群仅有1个变异位点, 洞庭湖种群有4个变异位点. 表明细胞色素b基因在南方鲇种群内是相当保守的.