蛋白质相互作用数据库系统的设计与实现

蛋白质相互作用的研究是当前生命科学的前沿和热点,随着研究逐渐深入,已经产生了大量的实验数据。为了保存、利用这些宝贵的数据,给有关研究工作提供一个便捷的工具,基于Apache、MySQL、CakePHP开发环境,初步构建了蛋白质相互作用数据库系统,具备信息远程增、删、改、查功能,并优化了人机界面,从而为设计功能更加强大的蛋白质相互作用数据库研究平台创造了有利条件。     

蛋白质相互作用数据库系统的设计与实现

蛋白质相互作用的研究是当前生命科学的前沿和热点,随着研究逐渐深入,已经产生了大量的实验数据。为了保存、利用这些宝贵的数据,给有关研究工作提供一个便捷的工具,基于Apache、MySQL、CakePHP开发环境,初步构建了蛋白质相互作用数据库系统,具备信息远程增、删、改、查功能,并优化了人机界面,从而为设计功能更加强大的蛋白质相互作用数据库研究平台创造了有利条件。     

蛋白质相互作用试验技术研究进展

大多数表型功能的形成与蛋白质和基因产生的相互作用有关。蛋白质相互作用(PPI,protein-protein interaction)是研究蛋白质功能的重要手段,近年来发展较快。该技术在预测目的蛋白功能和基因功能上发挥了重要作用。蛋白质相互作用的研究方法主要分为3类:体内试验、体外试验、模拟生物学试验。本文比较了这些试验方法各自的特点及局限性,综述了蛋白质相互作用试验技术的研究进展及其在生物学研究中的应用,并对该技术研究进行了展望。     

蛋白质相互作用的表征手段与结构域研究进展

经典的蛋白质相互作用的研究方法包括遗传学方法、分子生物学方法和生物物理学方法。随着物理学、化学和信息学技术的不断渗透,有些新兴技术突飞猛进,这些技术很可能在蛋白质相互作用的研究领域中发挥重要作用。另外,一些结构域介导了某些蛋白质的相互作用,受到了越来越多的关注。     

蛋白质相互作用网络研究的引文分析

目的：通过对蛋白质相互作用网络文献的同被引分析,得出其研究热点。方法：下载SCI数据库中蛋白质相互作用网络文献及其引文,统计引文频次,取被引频次超过33、累计百分比约为10%的58篇文献作为高被引论文,对来源-引文矩阵进行层次聚类分析,利用Ucinet软件对高被引文献的同被引矩阵进行k核分析,阅读文献得到该主题的研究热点。结果：高被引文献聚类分析得到6个研究热点。结论：蛋白质相互作用网络的热点主要集中于蛋白质相互作用网络数据的分析处理、生物网络中功能模块的研究、蛋白质相互作用的数据库建立、蛋白质相互作用网络拓扑结构的分析、关于蛋白质相互作用数据的分析软件、蛋白质相互作用网络的预测。     

蛋白质相互作用检测新方法——蛋白片段互补

介绍了报告蛋白互补(Protein Complementation Assay,PCA)的原理,对PCA关键步骤报告蛋白的选择进行了说明,并详细阐述PCA方法的应用。     

冬小麦籽粒蛋白质组分的形成规律及其调控研究

冬小麦灌浆期间籽粒蛋白质各组分形成时间不同,清蛋白和球蛋白主要在籽粒形成期和灌浆前期形成;醇溶蛋白和谷蛋白主要在灌浆期形成,直至成熟后仍有增长。增加施N量,或中后期追N或喷N等措施对增加醇溶蛋白和谷蛋白效果显著,对籽粒的加工品质有所改善,但对清蛋白和球蛋白含量影响较小,对改善营养品质作用有限。     

人工RNA结合骨架的可溶性表达及其与寡核苷酸链的相互作用分析

为了分析ERBS与其目标寡核苷酸的相互作用,研究设计合成了对应目标寡核苷酸的ERBS基因,并进行了蛋白的原核表达、纯化以及其与目标寡核苷酸的相互作用分析。结果发现,ERBS在Escherichia coli BL21(DE3)中表达时呈现包涵体状态,而改变宿主细胞为Escherichia coli Rosetta(DE3),可极大提高其可溶性表达水平;纯化的ERBS与FAM标记的寡核苷酸互作分析发现,其解离常数为(9.76±0.62)nmol/L。试验结果可为深入研究不同ERBS与其目标寡核苷酸的相互作用奠定基础。     

小麦籽粒蛋白质积累规律的初步研究

通过对不同时期追氮小麦籽粒蛋白质积累规律的研究表明:在小麦灌浆成熟过程中,籽粒蛋白质含量的变化为开花始期较高,开花3天后下降,第7天达最低,以后又呈上升趋势;而籽粒中非蛋白N的含量始终呈下降趋势;千粒蛋白质重量的变化明显有两个迅速增长阶段;不同时期追N均可增加籽粒蛋白质含量和千粒蛋白质绝对量,但对不同品种效果有所不同。     

枸杞叶黄酮与不同蛋白质的相互作用及体外抗氧化活性比较

采用自由基诱导法制备蛋白质—枸杞叶黄酮复合物，通过紫外光谱、荧光光谱、傅里叶变换红外光谱、电镜等方法表征5种蛋白质（醇溶蛋白、大豆蛋白、酪蛋白、牛血清蛋白和乳清蛋白）与枸杞叶黄酮共价结合前后蛋白质结构的变化并进行了抗氧化性的分析。结果表明，5种蛋白质都与枸杞叶黄酮发生了不同程度地相互作用，并使蛋白质的结构发生改变。枸杞叶黄酮与蛋白质共价结合，导致蛋白质荧光淬灭，改变了酪氨酸或色氨酸数量。傅里叶变换红外光谱中酰胺A带、Ⅰ带、Ⅱ带的特征峰发生偏移，表明蛋白质在共价复合枸杞叶黄酮后二级结构发生了改变。扫描电镜直观显示了共价复合物微观结构的变化，可形成球状、片状、棒状或不规则颗粒状。综合比较发现，醇溶蛋白、乳清蛋白与枸杞叶黄酮结合能力较强，对蛋白质的二级结构影响较大，且体外抗氧化活性较强。研究结果为进一步分析枸杞叶黄酮与蛋白质共价复合物的性质以及枸杞叶黄酮类化合物作为天然抗氧化剂的应用提供理论基础。     

魔芋与大豆分离蛋白的相互作用研究进展综述

主要介绍了魔芋与大豆分离蛋白相互作用的研究现状及进展,此外,还简述了以魔芋和大豆分离蛋白为原辅料,开发新产品的研究现状及存在问题。     

基于序列功能注释的蛋白质相互作用预测方法研究

蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)是大多数细胞过程和生物功能的基础.该研究基于蛋白质功能注释方法(FNM)首次提出了结合蛋白的重要性的方法、结构域相互作用、基因本体论注释序列和注释;然后融合不同的策略,分别建立了3种方法结合的蛋白质序列特征与FNM功能注释功能.利用蛋白质相互作用预测构建蛋白质相互作用网络是进一步理解蛋白质功能的必要前提,也是理解细胞新陈代谢及复杂疾病形成发生的基础和关键.     

能量代谢,蛋白质代谢及其它营养物质代谢之间的相互作用

1 前言许多试验表明,采食量受饲料物理特性、味道、蛋白质含量等的影响。动物的消化作用受饲粮中酶抑制因子、蛋白质含量、粗纤维含量及碳水化合物组成之影响。但是,关于能量、氨基酸及其它营养物在生化过程中相互关系的报道却很少。本文主要阐述三种物质代谢之间的相互关系。2 采食量饲粮物理结构、加工、味道、能量浓度、理想     

界面相互作用在污染中的应用

全面综述了界面相互作用在膜污染中的应用情况,同时介绍了界面相互作用在微生物、无机胶体和有机胶体等造成膜污染中的表现形式,并对其在膜污染领域的研究和应用前景进行了展望。     

小立碗藓原生质体再生过程中蛋白质相互作用网络分析

[目的]探明蛋白质间的相互作用对于阐明细胞生命活动的分子机制具有重要意义.[方法]应用Cytoscape平台中MiMI插件,进行磷酸化修饰蛋白质之间的相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析.采用基于DAVID分析系统对PPI网络中的蛋白质进行Gene Ontology (GO)富集分析.[结果]有5个磷酸化蛋白质(ATX1、AGL21、KNAT2、EOL2和VIP4)与其他33个蛋白质存在相互作用关系.这些PPI网络中的蛋白质主要参与分生组织的分生状态的维持,干细胞的发育以及基因的表达调控等生物过程.[结论]小立碗藓原生质体的再生机制可能与种子植物的胚后发育相似.     

基于蛋白质相互作用网络的茶树抗假眼小绿叶蝉研究

[目的]细胞生长的每个阶段都离不开蛋白质相互作用,研究假眼小绿叶蝉侵染茶叶后差异基因参与的蛋白质相互作用对解析抗虫分子机理具有指导意义.[方法]对有无受假眼小绿叶蝉侵害的都匀毛尖茶树鸟王种进行转录组测序,基于同源比对算法构建0h与12h、0h与24h的差异基因蛋白质相互作用网络.[结果]0h与12 h的差异基因共有21...