EST-SSR标记在45份冬小麦品种遗传多样性分析和新品种测试应用中的研究

本研究利用21对小麦EST-SSR引物对45份黄淮海地区新育成冬小麦品种的遗传多样性进行了分析。在23份新育成品种中,共检测到61个位点,每个位点的等位基因个数在2-8之间,平均2.90;基因遗传多样性指数在0.08-0.79之间,平均为0.38。23份新育成品种的遗传距离在0.12-0.69之间, 平均为0.40。在23份亲本品种中,共检测到63个位点,每个位点的等位基因个数在2-7之间,平均3.00;基因遗传多样性指数在0.08-0.79之间,平均为0.43,23份亲本品种的的遗传距离在0.09-0.81之间, 平均为0.46。新育成品种遗传多样性低于其亲本品种。聚类分析表明,45份品种可分为6个类群,部分申请品种和近似品种聚在一起,但其他申请品种和近似品种并未聚在一起,其中有些甚至距离较远。据此认为EST-SSR标记用于DUS测试中近似品种的选择是可行的。     

62个小麦品种基于EST-SSR标记的遗传多样性分析

为了解从匈牙利、捷克引进的39个欧洲小麦品种的遗传多样性,以23个中国黄淮冬麦区小麦品种为对照,利用55个多态性EST-SSR标记检测参试材料的遗传多态性.结果表明,55个标记在62 个小麦品种中检测到213条差异带,能够将所有品种区分开来;单个引物扩增差异带数目为1～9条,平均为3.87条;多态性信息指数(PIC)为0～0.87,平均为0.53;品种间遗传相似系数为0.48～0.94,平均为0.70.引进品种平均等位变异数高于国内品种,而相似系数却低于国内品种,表明引进品种遗传变异基础大于本研究中的国内品种.聚类分析在相似系数0.69处将62个品种聚为两类,第I类包含匈牙利的2个品种,其他60个品种聚为第II类.第II类又分为四个亚类,其中,第一(II-1)和第三亚类(II-3)包含了引进和国内品种,而第二亚类(II-2)全部为国内品种,第四亚类(II-4)全部为引进的品种.     

EST-SSR标记在冬小麦品种DUS测试中的应用

为研究EST-SSR标记在应用于冬小麦品种DUS测试中的可行性,本研究利用21对小麦EST-SSR引物对45份黄淮海地区新育成冬小麦品种的遗传多样性进行了分析。在23份新育成品种中,共检测到61个位点,每个位点的等位基因数量为2~8个,平均2.90个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.38。23份新育成品种的遗传距离为0.12~0.69,平均为0.40。在23份亲本品种中,共检测到63个位点,每个位点的等位基因数量为2~7个,平均3.00个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.43;23份亲本品种的的遗传距离为0.09~0.81,平均为0.46。新育成品种遗传变异水平低于其亲本品种。聚类分析表明,45份品种可分为6个类群,部分申请品种和近似品种聚在一起,但其他申请品种和近似品种并未聚在一起,其中有些甚至距离较远。据此认为,EST-SSR标记用于DUS测试中近似品种的选择是可行的。     

木薯种质库遗传多样性的EST-SSR标记

采用49对表达序列标签-微卫星标记(EST-SSR)引物对76份木薯材料(39份新引进材料和37份原始材料)进行遗传多样性分析,共获得135个多态性位点,每对引物检测等位基因数为1～4个,平均为2.75个;扩增产物的片段大小范围在250～750 bp之间.根据遗传相似系数的聚类分析将所有材料分为5组,即A、B、C、D和E组,其中A、C、D、E 4个组均为新引进种质,B组以0.625 0为阈值,又将其分为5个亚组,其中B1、B2除了个别外,均为新引进种质,B2来自非洲,而B3、B4和B5主要为原有种质和育种品系.同时估算了分组后组间的遗传多样性指数,发现其平均遗传多样性指数达到0.446 5.比较原来多样性分析结果,说明新引进这一批国外种质具有新的遗传类型,丰富了我国木薯种质资源库.     

利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较

为了比较EST-SSR和ISSR 2种标记在茶树遗传多样性分析上的适用性,应用这2种技术分析了33份茶树资源的遗传多样性.12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.94%,平均多态信息量(PIC)为0.318.30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499.2种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率.ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别为0.709和0.734,二者接近.聚类分析表明二者有一定差异,遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明2种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,P<0.01).因此,这2种标记均可适用于茶树遗传多样性分析.     

利用EST-SSR标记研究黄金茶群体遗传多样性及遗传分化

利用19对茶树EST-SSR引物对黄金茶群体的38个单株进行了遗传多样性和亲缘关系分析。19对引物共检测到等位位点37个,每个引物1~3个,平均1.95个;期望杂合度(He)在0.03~0.65之间,平均值0.32;观测杂合度(Ho)在0~0.97之间,平均值0.33;群体内的Shannon指数0.55。以上结果均说明黄金茶群体的遗传多样性较低。基于EST-SSR数据以SAHN邻接法对供试种质资源进行UPGMA遗传相似性聚类,并绘制树状聚类图,按相似系数0.77可将参试的38份种质资源分为六大类。根据不同单株间的相似系数可为黄金茶群体的遗传改良提供一定参考。同时,AMOVA分析表明,黄金茶群体的遗传变异21.77%发生在种群间,78.23%发生于单株间,不同区域的种群间基因流为1.80,这可以为黄金茶群体的保护提供一定理论依据。     

利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构

利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。     

胡椒EST-SSR标记的开发和应用

通过分析NCBI数据库中胡椒转录组数据,共得到unigene 23 524条,其中618条unigene中检测到643个EST-SSR位点,SSR发生频率为2.63%,平均分布距离为12.86 kb。在643个EST-SSR中,二、三核苷酸重复是主要重复类型,分别占27.84%和69.36%,其中(AG/CT)n、(AAG/CTT)n出现频率最高,(NNN/NNN)5类型占EST-SSR位点的42.90%。利用PRIMER3.0设计358对引物,随机合成45对引物,并选用其中11对扩增较好的多态性引物,对43份胡椒种质的遗传多样性进行初步检测,构建聚类分析树状图。结果说明,胡椒EST-SSR标记的开发是可行的,并能够有效的用于胡椒遗传分析研究,具有较高的应用价值。     

冰草EST-SSR引物和小麦EST-SSR引物在黑麦属基因组的通用性分析

为研究黑麦属植物的遗传多样性,开发R基因组特有的分子标记并绘制其遗传连锁图谱,选用1 343对冰草EST-SSR引物和786对小麦EST-SSR引物对新疆杂草黑麦和栽培黑麦(共计6份材料)的全基因组进行了PCR扩增,结果显示,有679对冰草EST-SSR引物能够扩出清晰的条带,占引物总数的50.6%;其中有187对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物表现为多态性,占其引物总数的13.9%,平均每对引物扩增条带数为1.1。有364对小麦EST-SSR引物可扩增出清晰的条带,占其引物总数的46.3%;其中有135对引物在6份黑麦材料基因组中扩增产物具有多态性,占其引物总数的17.1%,平均每对引物扩增条带数为2.0。冰草EST-SSR引物在黑麦中的有效扩增效率高于小麦EST-SSR的有效扩增效率,但扩增多态性后者大于前者。两种来源引物扩增强带比率分别为51.8%和32.6%。结果表明小麦和冰草的EST-SSR引物均可用于黑麦基因组分析研究。     

小麦育种亲本材料SSR标记遗传多样性及其亲缘关系分析

为了解不同生态区小麦品种间的遗传多样性,以190份分布于黄淮冬麦区、长江中下游冬麦区及西南冬麦区3大麦区的小麦品种为试验材料,利用均匀分布于小麦21条染色体的80对SSR标记对其进行遗传多样性研究,并进行品种间亲缘关系的分析。本文共检测出352个等位类型,每个标记平均4.4个;各位点的多态性信息含量的变幅分别为0.021 2~0.853 2,平均为0.533 4。结果表明:3大麦区品种间遗传差异较为明显,其中长江中下游冬麦区与西南冬麦区遗传差异相对较小,而黄淮冬麦区西部丘陵川地副区与胶东丘陵副区存在较大差异。各麦区间及副区间都存在不同程度的品种交叉现象,其中黄淮冬麦区华北平原副区与淮北平原副区间的种质资源交换较为频繁。遗传聚类结果与品种间亲缘关系相对一致,与品种系谱来源及地域分布也较为吻合,即同一麦区或者具有共同系谱来源的小麦品种可较好地聚为一类。本文研究结果为小麦亲本选配提供了有用的遗传信息和重要参考依据。     

四川主栽小麦品种遗传多样性的SSR标记研究

采用微卫星分子标记 (SSR)对四川省近 5 0年以来年推广面积达 6 6 70 0 hm2 (10 0万亩 )以上的 4 0个主栽小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现 ,在小麦全基因组 4 2条染色体臂上的 4 6个 SSR位点上 30个 SSR位点 (6 5 .2 2 % )具有多态性。这 4 6个位点共检测到 110个等位变异 ,每个 SSR位点能检测到 1～ 8个 ,平均为 2 .4个。聚类分析表明 ,SSR标记能将 4 0个品种相互区分开。品种间遗传相似系数 (GS)变幅为 0 .4 5 1～ 0 .76 7,平均 GS值为0 .6 0 1。据此认为 ,SSR标记揭示出四川主栽小麦品种具有较高的遗传多样性。各年代间 GS值变化趋势分析表明 ,2 0世纪 70年代后 ,四川小麦的遗传多样性呈明显的下降趋势     

江苏主栽小麦品种遗传多样性的SSR分析

为了从分子水平上明确江苏省小麦品种资源的遗传多样性水平,选用138对微卫星分子标记(SSR)对江苏省近40年来的90份主栽小麦品种的遗传多样性进行研究。结果表明,在90份主栽品种中,138个SSR位点共检测到542个等位变异,平均每个位点有3.93个等位变异,变化范围2~11;多态性信息含量(PIC值)变化范围为0.032 6~0.824 5,平均为0.415 1;基因组的平均等位变异及PIC值均为BAD;对90个品种按照所应用的麦区可分为淮北麦区品种(45个)和淮南麦区品种(45个),淮北麦区品种平均PIC值为0.428 7,淮南麦区品种平均PIC值为0.356 6,淮南麦区品种基因多样性和PIC值显著低于淮北麦区,并且不同时期淮北和淮南麦区品种的遗传多样性也存在不同的变化趋势。     

江苏淮北地区小麦品种资源遗传多样性的SSR分析

为明确江苏淮北地区小麦品种资源的遗传基础,选用31对SSR标记对107份近年来淮北地区所育小麦材料进行了遗传多样性分析,共检测出170个等位变异,单个引物的等位变异数为3~8个,平均为5.48个;位点多态性信息含量变幅为0.176~0.791,平均为0.543;3个基因组的平均等位变异丰富度及遗传多样性指数均为DBA;江苏淮北5个地区中以徐州小麦材料的平均遗传多样性指数最高(0.613),以淮安小麦材料与江苏淮北另外4个地区的平均遗传距离最小(0.282)。聚类结果表明,品种间遗传距离变幅为0~0.935,平均为0.586,除淮麦20与华瑞0049外,SSR标记能将其他供试材料相互区分开;所有供试材料被聚为3大类,聚类结果与品种(系)的系谱来源比较吻合。     

小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确目前中国小麦育种亲本材料间的遗传关系,为育种工作提供有益信息,利用74对SSR引物对103份小麦主要亲本材料进行了遗传多样性分析,共检测出298个等位位点,每对引物等位位点数在2～14之间,平均为4.03个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.020～0.899,平均为0.429.品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.369～0.948,平均值为0.636.74对SSR标记能将103份小麦品种(系)分为五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

小麦抗麦红吸浆虫品种遗传多样性的表型和SSR标记分析

为更深入地揭示小麦抗麦红吸浆虫品种（系）的遗传多样性,从而为进一步选育抗虫品种提供依据,在对田间虫圃1 562份小麦品种（系）损失率鉴定的基础上,取47份年度间鉴定抗性结果较为一致的材料,利用表型和SSR标记,进行遗传多样性分析。这些抗麦红吸浆虫品种农艺性状表现出较大的差异,表型聚类在遗传距离为0.68处将供试材料分为6个类群。19对SSR标记在47份不同抗性品种中检测到104个等位基因,能够将所有品种区分开来,每对引物可以检测到3～8个等位基因,平均5.47个。47个小麦品种间遗传距离为0.40～0.95,平均为0.71。SSR标记聚类分析在遗传距离为0.74处将供试材料分为6大类群。Mental测验结果表明,表型同基因型距离矩阵间存在显著正相关（r=0.76,P〈0.05）。抗虫品种晋麦65号单独聚为一类,同其余品种具有较远的亲缘关系,可作为新的抗源用于抗虫育种,并在吸浆虫发生地块推广种植。     

河南省同名小麦地方品种SSR遗传多样性分析

为了给河南省小麦地方品种的开发利用提供依据,利用SSR标记对白和尚头、白麦、白芒糙、出山豹等15组名称相同的小麦地方品种共计155份材料进行了组间和组内遗传多样性分析。结果发现,同名品种组内,15组材料的等位变异变化范围为47~79个,平均遗传相似系数变化范围为0.66~0.93,多态性信息含量分布范围为0.856~0.936;同名品种组间,155份材料共产生143个等位变异,遗传相似系数分布范围为0.75~1.00,平均遗传相似系数为0.90,多态性信息含量为0.981。分别对同名品种组内和组间进行聚类分析,结果发现,同名品种组内3组共7份材料遗传相似系数为1.00,而同名品种组间未出现遗传相似系数为1.00的材料。由此可见,河南省小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,同名小麦地方品种间存在同名同质和同名异质的现象。     

小偃6号及其衍生品种(系)遗传多样性的SSR分析

为深入了解小偃6号及其衍生品种(系)的遗传特性,为育种工作中合理利用小麦育种骨干亲本提供理论依据,利用22对SSR引物分析了小偃6号及其衍生品种(系)共54份材料的遗传多样性。在54份材料中共检测到133个等位变异,等位变异数目在3~15个之间,每个位点上平均有6.05个等位变异。22对引物多态性信息含量(PIC)变化幅度为0.2606~0.8579,平均为0.6529。54份材料间的遗传相似性系数(GS)在0.549~0.962之间,平均为0.747,表明品种间遗传差异较小。用非加权配对算术平均法UPGMA将54份材料分为四类,聚类结果较好地反映了品种(系)间的亲缘关系。     

中国部分优质小麦品种(系)遗传多样性的SSR分析

为明确中国优质小麦品种(系)间的遗传关系,利用21对SSR引物对75份优质小麦品种(系)进行了遗传多样性分析.结果表明,21对引物共检测到135个等位位点,每对引物等位位点数在2～13之间,平均为6.4个.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.49～0.90,平均为0.76.品种间遗传相似系数(GS)变幅为0.46～0.96,平均为0.66.SSR标记能将75份优质小麦品种(系)分成五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

青海省小麦种质材料醇溶蛋白的遗传多样性分析

为了解当前青海省普通小麦种质材料醇溶蛋白的遗传多样性,利用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)技术对青海省77份普通小麦种质材料进行了醇溶蛋白遗传多样性分析。结果表明,供试材料中共分离出蛋白谱带1 237条,迁移率不同的谱带类型37种,其中迁移率编号为2、19和3号的谱带出现频率最高,分别为98.7%、98.7%和97.4%;3条谱带(15、16和17号)出现频率低于10.5%;其余31条谱带出现频率为19.5%～84.4%。供试材料醇溶蛋白谱带多态性较高,每个材料可电泳分离出11～21条谱带,其中具有14～18条谱带的材料居多。不同材料间的遗传相似系数变化范围为0.55～0.94,说明供试材料具有丰富的遗传多样性。聚类分析将供试材料分成6大类,聚类结果在一定程度上反映了供试材料间的亲缘关系。     

中国冬、春性小麦品种遗传多样性的微卫星标记分析

为了明确中国目前各麦区育成品种的遗传基础,为育种工作者提供育种材料的遗传变异信息,利用141对SSR标记对中国冬、春麦区的73份小麦材料进行了遗传多样性分析,共检测出513个等位位点,每对引物等位变异数为2～10,平均为3.61;多态性信息指数(PIC)为0.08～0.88,平均为0.60.遗传距离(GD)为0.12～0.48,平均为0.35.聚类分析结果显示,73个品种聚为四大类11个组,在一定程度上反映了供试材料的冬春性差异及品种之间的亲缘关系.对7个部分同源群多样性的比较结果表明,4和6两个部分同源群多样性较低.并对小麦品种遗传基础狭窄的原因以及拓宽中国小麦品种遗传基础的可能途径进行了讨论.