一种简便的热启动PCR方法扩增金荀菌nuc基因

本文采用低熔点琼脂糖包被Taq酶热启动聚合酶链式反应（PCR）扩增出金黄色葡萄球菌耐热核酸酶（nuc）基因,该法与普通PCR扩增效果无异且具有避免非特应性扩增等特点。同时研究了不同退火温度对扩增反应结果的影响,确定了51．7℃为最佳退火温度。为进一步研究热启动PCR方法提供了依据。     

奶牛乳房炎病原菌多重PCR检测方法的建立

为了同时检测奶牛乳房炎多种病原菌,试验采用金黄色葡萄球菌(S.aureus)nuc基因、牛支原体(M.bovis)oppD/F基因、大肠杆菌(E.coli)16S-23S rRNA基因内转录间隔区作为靶标设计3对特异性引物,在优化单菌退火温度的基础上确定多重PCR的退火温度,建立S.aureus、M.bovis和E.coli的多重PCR检测方法,验证多重PCR的重复性、特异性、敏感性及实用性。结果表明:基于单一PCR三者共同的最佳退火温度(55.3℃、56.5℃、57.8℃)优化多重PCR退火温度,最终确定57.8℃为三者最佳的退火温度。该方法能扩增出长度为237 bp(S.aureus)、333 bp(M.bovis)、634 bp(E.coli)的基因片段;靶标菌特异性扩增而非靶标菌无扩增条带,最低检测浓度分别为S.aureus 1 pg/μL、M.bovis 1 pg/μL、E.coli 100 fg/μL;正常乳样和临床乳房炎乳样均检出S.aureus(25.9%、53.8%)、M.bovis(10.3%、17.9%)和E.coli(32.8%、71.8%),但乳房炎乳样的阳性检出率高于正常乳样。说明本研究建立的多重PCR方法特异性和敏感性强、稳定性和实用性高,具有良好的推广应用前景。     

东方蜜蜂ISSR反应体系的建立及优化

以东方蜜蜂(Apis cerana)为材料,对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如模版DNA、Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物的浓度及退火温度进行了研究.确立了适合东方蜜蜂ISSR扩增的反应体系:25IX L反应体系中最适含量为:10×PCR buffer 2.5μL,2.5mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTPs,1UTaqDNA聚合酶,0.4 pmol/μL引物,20～40 ng模板DNA.PCR反应程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,52.3℃(引物UBC811优化后的退火温度,退火温度随引物不同而定)退火30 s,72℃延伸30 s,35个循环,72℃再延伸5 min,在4℃保存.优化体系的建立为进一步利用ISSR分子标记技术进行东方蜜蜂遗传多样性研究奠定了基础.     

热启动PCR技术的研究进展

热启动PCR技术是通过各种物理化学方法控制PCR反应的必须组分来实现达到有效扩增特异性PCR产物的目的一种方法。该技术的问世解决了非特异性扩增产物的出现,引物二聚体的形成等问题。使单拷贝基因和超长片段的扩增更为简便。本文较系统的介绍了热启动PCR的原理和近几年的技术进展。     

桑树ISSR引物最适退火温度的探究

合适的退火温度对PCR扩增至关重要,本文以桑树叶片DNA为模板,设置梯度温度确定了5条ISSR引物的最适退火温度。结果表明,5条引物的最适退火温度与其Tm值没有明显的相关性。     

水貂阿留申病毒纳米PCR检测方法的建立与初步应用

为建立便捷、灵敏的水貂阿留申病病毒(AMDV)纳米PCR检测方法,根据AMDV NS1基因的保守序列设计一对特异性引物,对纳米PCR反应的退火温度、胶体金浓度进行了优化;测序检测扩增基因是否发生变异;对特异性和灵敏度进行了评估。结果表明,此纳米PCR的最佳退火温度为51℃,普通PCR为55℃;加入胶体金最佳浓度在0.2~0.8nmol·L-1,纳米PCR与普通PCR产物测序相似性大于99%。特异性检测表明该纳米PCR方法只扩增AMDV而不能扩增犬瘟热病毒和水貂肠炎细小病毒。在粪尿样品检测中该纳米PCR敏感性比普通PCR高10倍。检测40份临床样品,结果表明该方法比对流免疫电泳检测敏感性提高,从而为用粪、尿等低病毒样品检测水貂阿留申病提供了一种新的有效方法。     

转基因小鼠的多重PCR快速检测技术

转基因检测技术的标准化可以为转基因法规的制定和转基因产品的标识提供技术支持.采用碱裂解法快速提取鼠尾基因组DNA,用PCR方法检测其中的外源基因结构如cytomegalovirus(CMV)启动子、hGH polyA终止子及目的基因跨膜蛋白66(Transmembrane protein 66,Tmem66),筛选到阳性样品.优化了多重PCR引物退火温度及缓冲液浓度,并探讨了扩增速率对多重PCR的影响.结果表明,此多重PCR方法可得到很好的扩增效果,可用于转基因小鼠外源基因的检测,同时为哺乳动物检测标准的建立提供参考.     

鸡柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫双重PCR检测方法的建立

为了建立一种能够快速实现对鸡柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)和巨型艾美耳球虫(E.maxima)同时进行检测的双重PCR方法,基于2种艾美耳球虫各自的ITS-1基因筛选2对特异性引物,对制备的阳性DNA样品进行PCR扩增,凝胶电泳检测结果显示,分别在约450bp和150bp处出现目的条带。对PCR反应中的退火温度、MgCl2浓度、DNA模板量等进行优化。结果表明,当退火温度为59℃、MgCl2浓度为2.5mmol/L、DNA模板量为2μL时,双重PCR扩增结果最佳。特异性检测结果显示,所建立的双重PCR对环形泰勒虫、羊巴贝斯虫、隐孢子虫和蓝氏贾第虫的扩增结果均呈阴性,表明建立的方法具有较高的特异性。成功建立了柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫双重PCR检测方法,为临床中鸡球虫病的快速诊断提供了一种可靠的检测方法。     

甘肃省山丹地区马子宫内膜炎主要病原菌的分离鉴定及多重PCR检测方法的建立

旨在对甘肃省山丹地区马子宫内膜炎主要致病菌进行分离鉴定并建立一种病原菌多重PCR(multiplex polymerase chain reaction, MPCR)检测方法。根据病原菌分离鉴定结果,选取主要致病菌金黄色葡萄球菌(Saphylococcus aureus,S.aureus)、大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)和马链球菌(Streptococcus equi,S.equi)进行多重PCR检测方法的建立。提取3种标准菌株基因组并基于nuc、phoA、fneB的保守区域设计3对特异性引物,扩增预期核酸片段分别为1 319,385,109 bp,进行引物特异性MPCR验证同时对扩增条件中的退火温度、引物浓度优化,建立检测3种病原菌的多重PCR,完成样品检测评估。结果表明,山丹地区马子宫内膜炎主要致病菌为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和马链球菌,设计的引物与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,S.agalactiae)、肺炎链球菌(Pneumococcus)无交叉反应,建立的多重PCR检测方法退火温度在59.4℃时最佳;在引物为0.3～...     

实时荧光定量PCR检测伪狂犬病病毒方法的建立与初步应用

根据GenBank中猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列(EF552427),利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪伪狂犬病病毒(PRV)感染的细胞中提取DNA,进行PCR扩增.将鉴定正确的gE基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒.以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线.对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序.经临床应用表明,该荧光定量PCR方法的建立为猪伪狂犬病病毒的早期诊断并定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础.     

山生柳SSR-PCR反应体系优化

本研究以祁连山4个海拔梯度的山生柳（Salix oritrepha）为材料,采用L9(34)正交试验设计和单因子试验,分析山生柳SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响,并对引物SHUK123的适宜退火温度进行优化。结果表明,PCR反应体系的最佳条件:20 μL体系中2.0 mmol·L-1 Mg2+ 1 μL,0.10 mmol·L-1 dNTPs 1.5 μL,0.5 U Taq酶用量为1 μL,20 ng·μL-1 DNA模板1 μL, 0.5 μmol·L-1的上下游引物各2 μL,10× Taq Buffer 2 μL,ddH2O加至20 μL。扩增反应程序：94 ℃高温预变性时间3 min,94 ℃变性45 s,Tm(不同退火温度)退火时间45 s,72 ℃延伸30 s,循环数30个,最后72 ℃后延伸时间5 min,4 ℃保温。适宜退火温度为56 ℃。以上结果表明,此反应体系在山生柳PCR扩增中的稳定性和可重复性较好。     

实时荧光定量PCR法检测对虾皮下和造血器官坏死病毒

应用实时荧光定量PCR最常用的TaqMan探针技术设计了探针和引物,并且用质粒技术构建了含有传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)基因片段的阳性质控品,建立了检测IHHNVV的实时荧光定量PCR方法。对影响PCR的主要因素进行了优化,Mg2+浓度、引物和探针浓度、退火温度等均对扩增效率有明显影响。当Mg2+浓度为3.0-4.5mmol,退火温度为59～60℃时可获得最佳扩增效果。灵敏性试验表明该反应可检测体系中10拷贝的病毒核酸;该体系检测IHHNV具有很高特异性;对临床样品检测结果表明,该方法能快速、准确地检测样品中的IHHNV。     

利用CHD基因鉴定鸽子性别的研究

为了能够快速并准确地鉴定鸽子性别,试验利用CHD基因鉴定引物,通过PCR技术对鸽子CHD基因进行特异性扩增,经琼脂糖凝胶电泳,分别从待检鸽子PCR产物中检测到2条带和1条带,并对待检鸽子性别进行解剖印证,结果显示,2条带为雌鸽,1条带为雄鸽;对获取的雌、雄鸽子PCR产物回收纯化后,与pMD19-T载体连接并转入K12感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序分析,发现所检序列确为CHD-Z、CHD-W基因;此外,在优化退火温度时发现,雌性鸽子扩增序列600 bp处,扩增效果易受退火温度影响,且与雄鸽该处的扩增效果存在差异,利用雌雄鸽子PCR扩增效率的不同也能达到鉴别鸽子性别的目的。结果表明:本研究验证了利用CHD基因来鉴别鸽子雌雄的方法,其准确率为100%。发现CHD基因特定位点的PCR扩增效率受性别影响,由此发展出基于PCR扩增效率的性别鉴定方法。本研究为鸽子的性别早期鉴定和准确鉴定提供了参考。     

检测犬细小病毒和犬瘟热病毒联合PCR/RT-PCR方法的建立及初步应用

为了建立一种能同时检测犬细小病毒(CPV)和犬瘟热病毒(CDV)的快速鉴别PCR方法,试验根据GenBank中登录的CPV NS1基因和CDV F基因序列设计2对特异性引物,通过综合CPV单项PCR方法与CDV单项RT-PCR方法的扩增程序,最后确定出联合PCR/RT-PCR方法的最佳退火温度、延伸时间和循环次数等反应程序,并对扩增产物进行克隆鉴定,同时进行特异性试验、敏感性试验和临床病料的检测。结果表明:建立的联合PCR/RT-PCR方法可以在一个扩增体系内同时检测两种病毒,其最佳联合PCR/RT-PCR扩增退火温度为50.8℃;经特异性分析,联合PCR/RT-PCR方法对犬副流感病毒(CPIV)、狂犬病毒(RV)、犬腺病毒(CAV)的检测为阴性;经敏感性分析,联合PCR/RT-PCR方法在模板浓度稀释到1×10~0 TCID_(50)时仍能见到较清晰的特异性条带;应用联合PCR/RT-PCR方法对延吉市36份犬病料样本进行检测,CPV阳性率为25.00%,CDV阳性率为33.33%,CPV和CDV混合感染阳性率为8.33%。说明试验建立的CPV和CDV联合PCR/RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高,可用于犬细小病毒病和犬瘟热病毒病的临床诊断。     

桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA的提取及PCR反应体系优化

为了建立一套适用于桑天牛肠道细菌多样性研究的PCR反应体系和程序,采用改良的十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法提取桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA,通过L16(45)正交组合试验和单因素梯度试验对MgC l2、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓度和退火温度、循环次数等影响PCR扩增的重要因素进行优化。试验结果表明,采用改良的CTAB方法提取的桑天牛成虫肠道细菌DNA质量较高,适宜于PCR扩增分析。25μLPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer 2.5μL,MgC l22.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,随机引物0.48μmol/L,TaqDNA聚合酶0.75 U,模板DNA 75 ng;退火温度60℃,循环次数30次。     

禽腺病毒-Ⅰ群、新城疫病毒和传染性支气管炎病毒多重PCR检测方法的建立

为快速检测禽腺病毒-Ⅰ群(FAV-I)感染,且能有效区分常见混合感染的新城疫病毒(NDV)和传染性支气管炎病毒(IBV),本研究建立了多重PCR诊断方法。根据GenBank发表的FAV-Ⅰ的Hexon基因、NDV的F基因和IBV的N基因分别设计了3对特异性引物,通过对引物浓度、退火温度等反应条件的优化建立多重PCR诊断方法,并对该方法进行了特异性和敏感性研究,且对临床样本进行检测。结果发现,本研究建立的多重PCR方法可准确扩增出大小为895 bp(FAV-I)、1 600 bp(IBV)和529 bp(NDV)的特异性片段;3种引物最佳浓度分别为3 pmol/μL、3 pmol/μL和6 pmol/μL,最佳退火温度为55℃;该方法对3种病毒的最低检测限分别为1.46×10~5拷贝/μL、8.93×10~2拷贝/μL和2.11×10~4拷贝/μL;且该方法不能扩增出减蛋综合征病毒、马立克病毒、鸡传染性贫血病毒和H9亚型禽流感病毒等,临床样品检测结果与单项PCR结果相同。表明本研究建立的多重PCR检测方法具有较高的敏感性、特异性和稳定性,可有效地区分FAV-I、NDV、IBV。     

虉草ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

22个虉草基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对影响PCR扩增体系中dNTP、引物浓度、Taq酶和模板DNA用量4个因素及引物退火温度进行梯度试验,优化得到最佳的ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中分别加入0.3μL Taq DNA聚合酶(5U/μL),2μL 10×PCR Buffer(mg2+plus),1.5μL dNTP(2.5mmol/L),1.5μL引物(10pmol/μL),50ng模板DNA,ddH2O补足体积。以此体系对24条引物进行筛选,最终获得了多态性高,重复性好的引物12条。引物UBC808、809、811、815、818、820、826的适宜退火温度为55℃,引物835,841和842的适宜退火温度为56℃,而引物810和834的适且退火温度分别为52℃和54℃。12条引物共扩增总条带数192条,其中,多态性条带数173条,多态位点百分率89.81%。     

一种鸭坦布苏病毒快速RT-PCR检测方法的建立

为建立快速检测野坦布苏病毒(DTMUV)的RT-PCR方法,本研究根据DTMUV的E基因设计一对PCR引物,经条件优化,建立了一种快速、特异、灵敏的检测方法。由于目的片段只有141bp长,故将退火、延伸在同一个温度下进行,且应用了RNA反转录和PCR扩增同时进行的一步法试剂盒,从而使整个反转录和扩增过程只有45min,大大提高了检测效率。应用该方法对收集的12份临床疑似病料进行检测,阳性率为83.33%(10/12),说明该方法可以用于临床样品检测。     

绵羊线粒体DNA细胞色素B基因特异性片段PCR反应条件优化

根据绵羊线粒体DNA的序列设计引物,试用PCR扩增细胞色素b基因的一段序列,退火温度、Mg2+浓度对扩增体系没有影响,只有引物浓度对扩增产物有影响,说明引物的特异性和灵敏性较好,可初步用作绵羊的种属鉴别.     

鹰嘴豆ISSR反应体系的正交优化

鹰嘴豆(Cicer arietinum)ISSR反应体系的建立可以为鹰嘴豆种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和基因定位提供理论依据和技术参考。本研究以CTAB法提取的鹰嘴豆DNA为模板,采用L₁₆(4⁵)正交设计直观分析法,对鹰嘴豆ISSR-PCR反应中的4个主要因素(Mg²⁺浓度,引物浓度,TaqDNA聚合酶浓度,dNTPs浓度)在4个水平上进行优化,并在最优ISSR-PCR反应体系的基础上对引物UBC826的最适退火温度进行筛选。结果表明:Mg²⁺和引物浓度对PCR扩增结果有显著影响,dNTPs和Taq酶的浓度变化对PCR扩增结果无显著影响。鹰嘴豆ISSR-PCR优化反应体系(25 μL)为:3 mmol·L^-1 Mg²⁺,0.2 mmol·L^-1 dNTP,0.24 μmol·L^-1引物,2 U Taq DNA聚合酶。UBC826最适退火温度为56℃。