猪背最长肌与腰大肌microRNA表达谱分析

【目的】为研究microRNA在猪肌肉生长发育中的作用。【方法】采用Illumina高通量测序技术对猪背最长肌和腰大肌的microRNA转录组进行测定,并鉴定差异表达的microRNA。【结果】在猪背最长肌和腰大肌文库中分别产生了15.22M和17.52M的序列;两个文库共检测到的695个microRNA,其中有363个共表达、193个差异极显著(P<0.01)。【结论】说明microRNA在不同骨骼肌类型中存在差异表达。     

猪肌生成抑制素下游编码基因的合成及其克隆

将猪肌生成抑制素编码序列下游883～1 126bp按大肠杆菌嗜好密码子进行优化，将优化后序列双链分成12个单链片段，F1、F2、F3、R6、R5、R4、F4、F5、F6、R3、R2和R1，采用化学合成方法合成，每对相邻互补片段之间有20bp序列交叉重叠。Fl长38bp，R1长36bp，其他片段均40bp长，Fl和R1片段两端分别加上限制性内切酶NCoⅠ和XhoⅠ的识别位点序列。经PCR扩增出254bp片段，该片段与pMDI8-T载体连接，转化JM109感受态细胞，所得阳性克隆进行测序分析，得到的克隆序列与设计的序列完全一致。表明成功地获得了猪肌生成抑制素下游编码序列克隆载体。     

槐猪和杜洛克猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

为了筛选槐猪和杜洛克猪背最长肌中的差异表达基因,对槐猪和杜洛克猪背最长肌进行转录组测序,并进行生物信息学分析.结果表明,槐猪和杜洛克猪分别获得36 177 844和34 496 450条可用读段,且与猪参考基因组的比对率分别为78.71%和80.09%.槐猪和杜洛克猪间共有953个差异表达基因,以杜洛克猪为对照组,槐猪与之相比,有589个上调基因和364个下调基因.槐猪和杜洛克猪的差异表达基因共分类到48个基因本体(GO)条目中,其中,细胞组分13个、分子功能12个和生物学过程23个.显著富集的KEGG通路共计6个,其中,PPAR信号通路是与调节脂类代谢显著相关的通路.     

猪IGF2 Intron3 G3072A突变及其在背最长肌中差异表达

采用错配PCR-RFLP法检测胰岛素样生长因子2基因(IGF2)内含子3的G3072A位点变异对长×大杂交猪肌肉生长和脂肪沉积的影响,并采用实时荧光定量PCR法分析该变异对出生后的长×大杂交后代猪背最长肌中IGF2mRNA表达发育性变化的影响。结果显示:IGF2内含子3的G3072A位点变异(G→A)对猪背膘厚和活体瘦肉率均存在显著或极显著影响,表现为遗传父本A等位基因的个体能够增加活体瘦肉率和减少背膘厚;在长×大杂交后代的背最长肌中,IGF2mRNA的表达量在遗传父本A等位基因的个体中显著高于遗传父本G等位基因的个体,在42和180日龄时达显著水平(P<0.05),而在70、90和120日龄时达极显著水平(P<0.01)。     

鸭肌肉生长抑制素基因的多态性

为了研究肌肉生长抑制素基因(MSTN)在鸭群体中的遗传变异情况,本试验以莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、建昌鸭及北京鸭为材料,运用连接酶检测反应(PCR-LDR)的方法对MSTN基因5′-调控区C1024GSNP位点进行基因分析,并分析了该位点在群体中的基因型频率、等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡情况.结果表明:MSTN基因C1024G位点在7个鸭品种中均检测到CC、CG和GG 3种基因型.在连城白鸭、攸县麻鸭和高邮鸭中,基因型CC占优势,且以连城白鸭为最高(0.72);在莆田黑鸭和建昌鸭中,基因型CG占优势;在高邮鸭中,基因型GG占优势,而其他鸭品种中基因型GG比例均较低;在绍兴鸭中基因型CC、CG出现的频率相同.建昌鸭和北京鸭中等位基因G的频率高于等位基因C的频率,其他鸭品种中均为等位基因C的频率大于等位基因G的频率.莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、北京鸭和高邮鸭MSTN基因在1 024位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),仅建昌鸭不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05).     

基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。     

二花脸猪和大白猪产仔数加性—显性遗传模型以及基因效应的研究

对二花脸猪，大白猪及其杂交一代和回交一代4种群体共计2010窝产仔数的资料进行了加性一显性遗传模型以及基因效应的研究，方差分析结果显示，窝产仔数（总产仔数和活产仔数）具有极显的群体间差异，表明不同群体的遗传结构不同，多元回归结果表明：加性效应平方和占总产仔数和活产仔数总遗传变异平方和的比较分别为75．4％和69．8％，可见加性效应是群体间遗传变 异的主导因素，显性效应平方和占总仔数和活产仔数总遗传变异平方和的比例分别为18．3％和23．7％，表明显性效应在群体间遗传变异中是相当重要的，上位效应平方和点总产仔数和活产仔数总遗传变异平方和的比例分别为6．3％和6．5％，可见上位效应对窝产仔群体间遗传差异作用不大，猪总产仔数和活产仔数的群体平均值分别为13．01和12．42，二花脸猪总仔数和活产仔数基因加性值比大白猪分别高2．77和2．49头，二花脸猪高的总产仔数和活产仔数基因对大白猪等位基因均为显性，显性度分别为0．91和0．97，适合性检验结果表明，窝产仔数符合加性一显性遗传模式。     

TPM1基因在猪背最长肌生长发育过程中的动态表达

【目的】探究原肌球蛋白（tropomyosin,TM）是否在猪背最长肌生长发育过程中发挥生物学功能。【方法】采用SYBR® Green II 荧光法进行荧光定量PCR分析TPM1基因在通城猪和长白猪中的组织表达谱,以及出生前和出生后背最长肌发育中（28个发育点）的表达变化。【结果】TPM1基因在两种猪中背肌和心肌中都有丰富地表达,在背最长肌发育过程中的表达趋势相似,即TPM1基因的表达量先增加后减少,但出现峰值的时间不同（通城猪中,TPM1基因在胚胎期75 d的表达量显著高于其它时间点,P＜0.05;长白猪中,TPM1基因在胚胎期90 d的表达量显著高于其它时间点,P＜0.05）。【结论】TPM1基因的表达与猪背最长肌生长发育及品种间肌肉表型差异有关。     

肌肉生长抑制素基因—Myostatin的研究进展

肌肉生长抑制素又称 GDF-8,属 TGF-β超家族,是骨骼肌的负调控因子,通过调控成肌细胞的增殖影响肌肉的生长与发育,其变异会导致肌细胞增生与肌纤维肥大。Myostatin 基因功能靶向缺失的小鼠会发生显著的肌肉增生,该基因的变异也是牛双肌性状形成的重要原因。肌肉生长抑制素的研究将为肌肉萎缩等相关性疾病的治疗及动物育种提供新的途径。     

二花脸和大约克夏公猪不同发育时期睾酮分泌特性

随机选取 3,2 0 ,30 ,90 ,12 0和 180日龄纯种二花脸和大约克夏公猪各 4头 ,屠宰后采取血样和睾丸组织样 ,测定血清和睾丸组织中睾酮含量。结果表明 ,90日龄前 ,两品种公猪血清睾酮水平均维持在较低水平 ,血清睾酮水平从 90日龄开始 ,随日龄增加二花脸公猪极显著升高 (P〈0 0 1) ,而大约克夏公猪的则从 12 0日龄开始显著上升 (P〈0 0 5 )。二花脸公猪的血清睾酮水平显著高于大约克夏公猪 (P〈0 0 5 )。不同日龄的公猪睾丸组织中睾酮含量的变化与血清睾酮水平的变化趋势相反 ,3日龄时睾丸组织中睾酮含量最高 ,以后随日龄增加而下降 ,二花脸公猪在 2 0和 90日龄时急剧下降 (P〈0 0 1) ,大约克夏公猪 90日龄前随日龄显著降低 (P〈0 0 5 ) ,90日龄后保持相对稳定。睾丸组织中睾酮含量二花脸公猪极显著低于大约克夏公猪 (P〈0 0 1)。     

The Developmental Patterns of Somatostatin Gene Expression in Gastric Tissue of Erhualian and Large White Pigs

In present study, the developmental patterns of somatostatin (SS) gene expression in gastrictissue were compared between Erhualian and Large White pigs. A semi-quantitative RT-PCR was applied todetermine the levels of SS mRNA. The results indicated that : (1) The gastric SS mRNA expression was high atbirth, followed by a significant decrease (P＜0.05) at 3 days of age in both breeds of pigs; (2) From 3 to 30days of age, the expression of SS mRNA in gastric tissue exhibited remarkable up-regulation in both breeds,after which a strain difference in the developmental pattern was observed. In Erhualian pigs, SS mRNA ex-pression reached a peak at 90 days of age, declined thereafter towards 180 days of age. In Large White pigs,however, the expression of SS mRNA remained constant from 30 days of age onwards; (3) In general, Erhual-ian pigs expressed higher levels of SS mRNA in gastric tissue compared with Large White pigs at the same age.The strain difference was significant from birth to 90 days of age, but vanished at 120 and 180 days of age.The results suggest that the gastric expression of SS in the pig is regulated following an instinct timetable in astrain-specific manner, its relationship with the development of gastric function as well as its interactions withenvironmental factors are to be elucidated.     

蓝塘猪与长白猪背最长肌全基因组DNA甲基化分析

【目的】分析蓝塘猪与长白猪背最长肌组织全基因组DNA甲基化水平,筛选2个猪品种的差异甲基化基因（DMG）,为优质肉猪选育提供理论依据。【方法】利用全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）技术,分析1日龄雄性蓝塘猪与长白猪背最长肌组织全基因组DNA的甲基化水平、差异甲基化区域（DMR）和DMG,并对DMG进行GO注释,揭示蓝塘猪与长白猪差异甲基化基因的功能。【结果】蓝塘猪和长白猪样本测序获得的原始序列数量分别为300 005 805和300 012 190条,有效序列数量分别为210 334 070和210 758 564条,有效序列与猪参考基因组的比对成功率分别为70.11%和70.25%,Bisulfite转化率分别为98.54%和98.36%。蓝塘猪全基因组范围内胞嘧啶（C）的甲基化率为4.07%,其中CG、CHG和CHH中胞嘧啶的甲基化率分别为74.50%,1.74%和1.51%;长白猪全基因组范围内胞嘧啶的甲基化率为4.44%,其中CG、CHG和CHH中胞嘧啶的甲基化率分别为76.92%,2.13%和1.87%。共检测出13 126个差异性甲基化区域,总长度为3 357 954 bp,含有78 234个胞嘧啶。68.50%的差异性甲基化区域分布在基因间区,25.74%分布在内含子,1.89%分布在外显子,1.85%分布在上游2 kb区域,1.78%分布在下游2 kb区域,0.24%分布在CpG岛。甲基化差异基因显著富集于凋亡过程的负调控、细胞迁移的正调控等24个GO条目,其中FAM135B、NR1H2、ID4、ZFPM2、FOXO1等５个基因与蓝塘猪和长白猪的脂肪代谢相关,长白猪FAM135B、NR1H2、ZFPM2和FOXO1的表达水平高于蓝塘猪,而ID4略低于蓝塘猪。【结论】明确了蓝塘猪和长白猪背最长肌组织全基因组DNA的甲基化情况,为深入研究2个猪种肉质差异的分子机制提供了基础数据。     

重度冷应激下民猪背最长肌应答分子调控网络分析

为解析家猪在重度冷应激下骨骼肌应答反应的分子机制,本研究利用民猪的重度冷应激模型结合RNA-seq测序技术,对遭受重度冷应激后民猪背最长肌的基因和lncRNA的表达变化、功能注释以及两者间的调控关系进行了分析。结果表明：1）民猪在遭受3d的重度冷应激（-17℃～-26℃）后,背最长肌的53个基因发生了显著上调表达,35个基因发生了显著下调表达;53个lncRNA发生了显著上调,38个lncRNA发生了显著下调。差异表达基因中有多个与炎症反应相关的基因,如AREG、HAS1、MMP25和SLC11A1等基因发生了显著上调表达;与低温胁迫相关的TREH和与应激反应相关的TRIB3、与碳水化合物、葡萄糖和脂质代谢相关的HGFAC等基因也发生了显著上调表达。2）差异表达基因所参与的生物过程主要集中在胶原代谢、伤口愈合表皮细胞扩散和肌肉肥大调节过程等,且多位于细胞外区间;差异表达基因显著富集的生物学通路仅1个MAPK通路。3）存在显著表达差异的91个lncRNA顺式调控129个基因,反式调控750个基因,lncRNA与靶基因间的互作关系复杂。预测到的靶基因显著富集到MAPK和TNF 2个生物学通...     

二花脸猪和大白猪睾丸生长激素受体基因表达的发育性变化

随机选取0、3、20、30、90、120和180日龄二花脸公猪和大白公猪各4头，用相对定量RT-PER法研究睾丸组织中生长激素受体（GHR）基因表达的发育性变化。结果表明，二花脸猪与大白猪睾丸GHR mRNA表达的发育模式不同，二花脸猪GHR mRNA相对表达量从0到30日龄逐渐上升，在90和120日龄呈阶段性降低（P〈0．05），之后在180日龄又再次上调；大白猪GHR mRNA相对表达量在出生当日最高，3日龄显著下降（P〈0．05），随后直至180日龄维持在较低水平并相对恒定。总的来说，二花脸猪睾丸GHR mRNA相对表达量显著高于大白猪（P〈0．05）。提示：不同品种猪睾丸GHR mRNA表达具有特定的发育模式，并可能与性成熟的早晚有关。     

甘肃马鹿背最长肌挥发性物质的组成分析

采用顶空-固相微萃取技术(HS-SPME)提取甘肃亚种马鹿背最长肌的挥发性物质,并通过GC-MS联用技术进行检测分析.结果表明:甘肃马鹿背最长肌挥发性物质主要有15类83种化合物,其中醛类化合物是主体成分,醇、酮、芳香族类化合物含量也相对较高;己醛、1-辛烯-3-醇、2-辛烯-1-醇、邻二甲苯、间二甲苯、对二甲苯、2-戊基呋喃和4,5-二甲基噻唑等挥发性物质对甘肃马鹿的特征风味有重要影响.     

生长抑素基因在猪胃组织中表达发育性变化及品种比较

 选用生长速度快的瘦肉型猪大白猪和生长速度慢的肥胖型猪二花脸作为试验动物 ,用相对定量RT PCR方法 ,研究猪胃体部组织中生长抑素 (somatostatin ,SS)基因表达发育性变化并进行品种间比较。结果表明 ,(1)出生当天两品种猪胃体部组织中SSmRNA表达水平较高 ,但出生后第 3天均出现显著下降 (P <0 .0 5 ) ;(2 )从 3日龄到 30日龄胃体部组织中SSmRNA表达在二花脸猪和大白猪均表现为上升 ,二花脸猪在 90日龄时达到高峰 ,随后下降。而大白猪在 30日龄之后保持相对稳定 ;(3)二花脸猪胃体组织中SSmRNA表达从出生到 90日龄均显著高于大白猪 (P <0 .0 5 ) ,二花脸猪胃体组织中SS表达自 12 0日龄下调 ,12 0～ 180日龄期间大白猪和二花脸猪胃体部SSmRNA表达没有间差异 (P >0 .0 5 )。以上结果提示 ,猪胃体部组织中SS基因表达调控有特定的时序性 ,并且呈现显著的品种差异 ,这是否与胃结构和功能的发育有关 ,还有待进一步研究。