籼稻栽培品种中淀粉合成相关基因的遗传变异和群体结构分析（英文）

选用34个淀粉合成相关基因分子标记对87份来自不同国家和地区的籼稻栽培品种进行遗传变异和群体结构分析。结果表明,34对引物共检测到80个等位变异,平均每个位点含2.35个等位基因,品种间等位基因变异范围2~6;Shannon’s信息指数变幅为0.303~0.796,平均为0.539;多态信息含量(PIC)的变幅为0.084~0.658,平均0.295;遗传相似系数变幅为0.265~0.990,表明淀粉合成相关基因在品种间存在遗传差异,但不同品种间等位基因的变异频率不同。87份籼稻品种可以分成3个类群,类群内品种遗传背景比较相似,类群间品种遗传背景差异明显,其中,39.1%的籼稻品种遗传组分单一,而遗传背景复杂的籼稻品种达到60.9%。该研究可为水稻淀粉品质的遗传改良提供依据,并为后续淀粉品质性状的关联分析奠定基础。     

籼稻栽培品种中淀粉合成相关基因的遗传变异和群体结构分析

选用34个淀粉合成相关基因分子标记对87份来自不同国家和地区的籼稻栽培品种进行遗传变异和群体结构分析.结果表明,34对引物共检测到80个等位变异,平均每个位点含2.35个等位基因,品种间等位基因变异范围2～6;Shannon's信息指数变幅为0.303 ～0.796,平均为0.539;多态信息含量(PIC)的变幅为0.084～0.658,平均0.295;遗传相似系数变幅为0.265 ～0.990,表明淀粉合成相关基因在品种间存在遗传差异,但不同品种间等位基因的变异频率不同.87份籼稻品种可以分成3个类群,类群内品种遗传背景比较相似,类群间品种遗传背景差异明显,其中,39.1％的籼稻品种遗传组分单一,而遗传背景复杂的籼稻品种达到60.9％.该研究可为水稻淀粉品质的遗传改良提供依据,并为后续淀粉品质性状的关联分析奠定基础.     

籼稻栽培品种中淀粉合成相关基因的遗传变异和群体结构分析

选用34个淀粉合成相关基因分子标记对87份来自不同国家的籼稻栽培品种进行遗传变异和群体结构分析。结果表明,34对引物共检测到80个等位变异,平均每个位点含2.35个等位基因,品种间等位基因变异范围2~6;Shannon’s信息指数变幅为0.303~0.796,平均为0.539;多态信息含量(PIC)的变幅为0.084~0.658,平均0.295;遗传相似系数变幅为0.265~0.990,表明淀粉合成相关基因在品种间存在遗传差异,但不同品种间等位基因的变异频率不同。87份籼稻品种可以分成3个类群,类群内品种遗传背景比较相似,类群间品种遗传背景差异明显,其中,39.1%的籼稻品种遗传组分单一,而遗传背景复杂的籼稻品种达到60.9%。本研究可为水稻淀粉品质的遗传改良提供依据,为后续淀粉品质性状的关联分析奠定基础。     

利用SSR标记揭示中国粳稻地方品种遗传多样性

【目的】通过中国粳稻地方品种的遗传多样性分析,阐明各省份粳稻地方品种的遗传结构及其亲缘关系,为中国粳稻杂交育种的亲本选配提供科学依据。【方法】利用43对SSR多态性标记,对原产于中国17个省（市、自治区）的187份粳稻地方品种进行等位基因多样性、遗传结构和聚类分析。【结果】共检测到等位基因351个,每个位点等位基因变幅为2-21,平均每个位点等位基因数为8.2;基因多样性指数变异范围为0.117-0.908,平均为0.550;多态信息含量（PIC）变异范围为0.114-0.902,平均为0.523。在RM72、RM241、RM219、RM412和RM232等位点所检测到的遗传多样性参数值较大。西南、华南、华中粳稻地方品种的遗传多样性明显高于华北和东北地区;云南省粳稻地方品种遗传多样性最丰富,天津和吉林的粳稻地方品种的遗传多样性相对较低。基于Nei’s遗传距离的系统聚类把供试材料分为8个小类群,南方粳稻地方品种主要聚类于第ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ和ⅴ等5个小类群,北方粳稻地方品种主要聚类于第ⅵ、ⅶ和ⅷ等3个小类群。基于模型的群体结构分析,供试材料被分为11个亚群,有144份材料被分到相应的11个亚群,其余43份材料被分到混合亚群。【结论】南方稻区粳稻地方品种的遗传多样性明显高于北方稻区,其中西南稻区的粳稻地方品种遗传多样性最为丰富,而云南是粳稻地方品种遗传多样性最丰富的省份。北方与南方粳稻地方品种间存在较大的遗传差异,粳稻地方品种间亲缘关系与地域性存在一定的相关性,这种相关性在北方粳稻地方品种中更为突出。RM72、RM241、RM219、RM412和RM232适合应用于粳稻地方品种的遗传多样性检测。     

基于SSR标记的太湖流域粳稻地方品种遗传多样性研究

【目的】评价太湖流域粳稻地方品种的遗传多样性。【方法】利用58对SSR引物,对基于主要农艺性状构建的太湖流域粳稻地方品种核心种质库的122个品种进行DNA水平的多态性分析,并与15个现代育成品种做比较。【结果】（1）地方品种群体中53个SSR位点共检测到216个等位片段,每个多态性位点等位片段数的变化范围为2～7个,平均为4.08个;71.7%的SSR位点具有3个以上等位片段;53个位点PIC值的变化范围为0.031～0.773,平均为0.413;Nei’s基因多样性指数He为0.378;品种间遗传距离平均为0.419;12条染色体中,第5染色体平均等位片段数最多,第11染色体平均PIC值最大。（2）现代育成品种群体检测到的等位片段数、位点PIC值、Nei’s基因多样性指数和品种间遗传距离均比地方品种群体相应值小,地方品种的遗传多样性大于现代育成品种。（3）聚类分析显示,在遗传相似系数0.63处,地方品种和现代育成品种可以明确区分开来。【结论】太湖流域粳稻地方品种具有丰富的遗传多样性,且与现代育成品种有较大的遗传差异,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

基于SSR标记的太湖稻区常规粳稻DNA指纹图谱构建及遗传相似性分析

[目的]构建太湖稻区粳稻(Oryza sativa L.Subsp.Japonica)DNA指纹图谱,分析粳稻品种间的遗传相似性,为其育种和种子纯度鉴定提供参考.[方法]以19份太湖地区优质常规粳稻品种为材料,利用分布于水稻12条染色体上的24对SSR引物构建其DNA指纹图谱,并分析其遗传相似性.[结果]24对引物在19份粳稻品种中共检测到99个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因1～7个,平均为4.1个.筛选获得能完全区分19份粳稻材料的4对核心引物(RM190、RM18、RM297、RM5414),其在19份粳稻中可扩增获得22个多态性片段;以RM190和RM18区分鉴别粳稻材料的能力最强,可以区别鉴定6个粳稻品种,RM297和RM5414仅能鉴别2个粳稻品种,RM297能鉴别常农粳5号和宁9103,RM5414能区分南粳47和常粳10-9.19份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.408～0.857,平均为0.605,遗传相似系数在0.500～0.700的材料占81.87％.UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.550处,19份粳稻材料可聚为两大类群;在遗传相似系数0.620和0.570处,两大类群均可分为两个亚群.[结论]太湖地区常规粳稻品种遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,有待进一步加强引进和利用新的基因资源,创新水稻育种材料.     

江苏省主要粳稻品种稻米品质研究

【目的】本文对江苏省主要粳稻品种稻米品质性状进行综合分析评价,为水稻优质育种和栽培提供参考。【方法】以18份江苏省主要推广应用的粳稻品种为试材,分析江苏省主要粳稻品种品质性状差异及其相关关系。【结果】碾米品质、营养品质和蒸煮品质在品种间的差异较小,但外观品质和RVA谱特征值的差异较大;中熟中粳稻、迟熟中粳稻、早熟晚粳稻的碾米品质、外观品质较好,而中熟晚粳稻直链淀粉含量和消减值较低,胶稠度较高,食味品质较好。相关分析表明,直链淀粉含量与多个品质性状密切相关,直链淀粉含量越高的品种,蛋白质含量最低,胶稠度越小,消减值越大,外观品质和碾米品质与其他的品质性状间无显著相关性。对各品种水稻的品质性状进行主成分分析,得到了3个代表食味品质、碾米和外观品质的主成分,其累计贡献率达到82.91%。聚类分析结果表明,可将稻米品种分为4类,其中第Ⅰ类和第Ⅳ类品种外观品质较好,第Ⅱ类品种育成时间较早,碾米品质和外观品质较差,第Ⅲ类品种直链淀粉含量较低,胶稠度较高。【结论】江苏主要粳稻品种的碾米品质和外观品质较好,但蒸煮食味品质一般,优质食味品种较少,在今后的优质稻选育过程中应注重对食味的改良。     

浙江与日本粳稻直链淀粉含量的比较

对浙江省1994－1998年育成的96份粳稻材料的分析表明，浙江省粳稻品种的稻米直链淀粉含量变化幅度较大，较低的与日本优质粳稻“越光”相似，高的超过“越光”的两倍以上。进一步研究表明，浙江省最近育成的粳稻新品质的稻米直链淀粉含量仍偏高，若通过严格的筛选，有望选育出稻米直链淀粉含量适宜的粳稻新品种。与之相反，日本粳稻品种的稻米直链淀粉含量一般在13％－18％之间，各品种间差异较小。水稻品种的稻米直链淀粉含量随环境条件的变化而变化，同一品种在杭州栽培的稻米直链淀粉含量要比在日本福井栽培的平均高1．6％。一般年度间稻米直链淀粉含量差异为2％左右。早熟品种的稻米直链淀粉含量较高，随环境条件的变化较大。     

吉林省大豆品种（系）遗传多样性分析

为明确吉林省2003—2022年育成的大豆品种（系）的遗传距离和亲缘关系,选取2003—2022年育成的299份大豆品种（系）为试验材料,利用覆盖大豆基因组的SNP标记对其进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明：1）3 240个SNP标记在参试材料中共检测出A/A、A/G、A/T等16种基因型,分子标记多态信息量（PIC）范围为0.009 9~0.556 1,平均值0.318 4;使用Powermarker vision 3.25软件,得到样本群体等位基因频率为0.688 3、平均PIC为0.318 5。2）参试材料间遗传相似系数在44.86%~95.46%,平均为63.40%;其中,遗传相似系数在60%~70%的材料最多,样本数为170份,占参试材料的56.86%。3）根据遗传距离将参试材料划分为4个类群,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类群分别含有8、3、115、173份品种（系）;来源于同一育种单位的品种（系）一般划分到同一类群。4）进一步利用STRUCTURE进行遗传结构预测,结果显示K=4,表明参试的299份品种（系）可被划分成4组独立的遗传结构类群;第1、2、3、4遗传结构类群分别含有24、18、105、152份品种（系）,第1遗传结构类群含祖先遗传物质最多,第2、3、4遗传结构类群中外引遗传物质占比逐渐增多,第4遗传结构类群中外引遗传物质占比为46.80%。综上,参试大豆品种群体总的遗传背景相对狭窄,但随着外引遗传物质的引入,第4遗传结构类群（152份）的遗传多样性显著高于总体水平。     

外引水稻种质资源表型性状遗传多样性分析

为了解新疆维吾尔自治区(以下简称新疆)和其他地区、国家外引水稻种质资源间的遗传多样性水平,利用32个表型性状对105份新疆水稻种质资源和253份其他地区、国家外引水稻种质资源进行表型性状遗传多样性、主成分和聚类分析。结果表明:水稻种质资源数量性状的平均变异系数为16.73%,变异系数最大的是二次枝梗数(32.22%),最小的是谷粒宽(6.82%)。新疆水稻种质资源数量性状的平均遗传多样性指数为1.95,质量性状为0.51;其他地区、国家水稻种质资源数量性状的平均遗传多样性指数为2.02,质量性状为0.40。通过主成分分析,将16个数量性状转换为5个主成分,提供的信息量分别占总信息量的84.66%(新疆)和84.60%(其他地区、国家)。利用UPGMA法,将参试材料划分为5类,第1类群包含201份材料,其中新疆材料65份,为穗粒数多的品种;第2类群包含5份材料,为高秆、大穗但结实率较低的品种;第3类群包含32份材料,为着粒密度较稀、穗粒数较少的品种;第4类群包含118份材料,其中新疆材料有36份,此类群的每穗总粒数和每穗实粒数少于全部材料平均值但高于第3类群平均值;第5类群只包含2个材料,与其他材料亲缘关系较远,遗传差异较大。新疆水稻种质资源和其他地区、国家外引水稻种质资源之间有一定的遗传差异,在育种工作中可挖掘不同地区资源的有利基因,增加遗传多样性。     

广西和广东优质常规稻的SSR遗传多样性分析

为探讨广西、广东近年育成的优质常规稻品种（系）的遗传多样性,以均匀分布在水稻基因组上的16对SSR多态性引物对101份优质常规稻进行遗传多样性分析。结果表明,16对引物均表现出多态性,共检测出55个多态性位点,平均等位基因Ap为3．4375,有效等位基因数Ae为2．0492,平均多态信息含量PIC为0．4760;聚类分析结果表明,不同水稻品种（系）间遗传相似系数变幅为0．6802～0．9798,说明SSR标记能够揭示不同材料间较高的遗传多样性,将101份水稻品种（系）完全区分开,为两广地区水稻品种资源的研究利用提供理论依据。     

宁夏水稻地方品种与自育品种表型性状遗传多样性分析

为了解宁夏水稻地方品种与自育品种的遗传多样性水平,采用模糊数学的方法,对145份宁夏水稻地方品种与自育品种的表型性状进行遗传变异性和多样性研究。结果表明:20个数量性状中有19个性状的遗传变异达到极显著水平,变异系数为1.13%~28.74%。株高、每穗总粒数,每穗实粒数、二次枝梗数、单株籽粒总质量的变异幅度较大,方差和标准差值也较大,其离散程度相对较大;4个质量性状的遗传多样性指数变幅为0.55~1.19,平均为0.97;20个数量性状的遗传多样性指数变幅为0.91~2.11,平均为1.62;以方差分析差异极显著的19个性状进行主成分分析,从19个特征根中选取8个较大的特征根及相应的特征向量,包括每穗总粒数、单株籽粒总质量、单株穗数、单株分蘖数、籽粒长宽比、一次枝梗数、株高、结实率为主要因子,累积贡献率为88%。采用UPGMA法对供试材料进行聚类分析,在相似系数为0.75处可将不同种质资源材料划分为5类,其中第Ⅰ类、第Ⅱ类各自只包含1个品种;第Ⅲ类中都为中高秆、穗子较长、着粒密度较高的高产品种;第Ⅳ类为近年育成的一些品种(系),占总数的64%,属于优质常规粳稻,表现为中高秆、散穗、结实率相对较高;第Ⅴ类为地方品种和早期育成品种,地方品种与自育品种有较大的遗传差异。可见,宁夏水稻自育品种的遗传多样性指数明显高于地方品种,地方品种与自育品种间有一定的遗传差异,在育种中可挖掘地方品种中的有利基因。     

重庆及周边地区优异地方稻种资源遗传相关及聚类分析

水稻育成品种遗传多样性及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素,同时也是水稻杂交育种中选配亲本的基础.以重庆及周边地区31个区县收集到的81份优异地方资源为材料,分别考查实粒数、结实率、千粒重等8个主要农艺性状.结果表明:实粒数变异系数最大,穗长变异系数最小.农艺性状之间有21个相关系数达到极显著水平.采用欧氏距离中的非加权组平均法(UPGMA)对其进行聚类分析,当阈值取74.3时,可被划分为4个类群,优异资源资料主要集中在第Ⅳ类群中,笫Ⅰ类群与其它类群相比,遗传亲缘关系较远.     

寒地部分粳稻的遗传多样性及遗传结构分析

利用SSR分子标记,对来自于不同选育单位的粳稻品种间的遗传多样性及群体遗传结构进行分析,推断品种间的亲缘关系,为未来育种的亲本选配提供依据。选取均匀分布于水稻12个连锁群的48对引物,对来自不同选育单位的36份水稻材料进行遗传多样性和遗传结构分析。遗传多样性结果表明:48对引物中27对具有多态,占引物总数的56%。共检测出65个等位变异,有多态性的单个引物检测等位位点数为2~5个,平均等位基因数(Na)为2.4个。平均遗传多样性指数(He)为0.307,变幅为0.050~0.662。平均多态性信息含量(PIC)为0.263,变幅为0.053~0.588,平均Shannon-weiner指数为0.514,变幅为0.127~1.168。供试品种间的遗传相似系数介于0.38~1.00之间,平均为0.77。遗传相似系数在0.71~0.86占总数的68.4%;0.71以下占总数的19%;0.86以上占总数的12.5%。并绘制聚类树状图。基于Structure模型的遗传结构分析把供试材料分为5个遗传结构群:群Ⅰ、群Ⅱ、群Ⅲ、群Ⅳ和群Ⅴ,类群间的遗传一致度变幅为0.7642(群Ⅰ和群Ⅳ)~0.9303(群Ⅲ和群Ⅴ),遗传距离变幅为0.0719(群Ⅲ和群Ⅴ)~0.269(群Ⅰ和群Ⅳ)。群组间聚类将5个类群分为3大类,群Ⅲ和群Ⅴ以及群Ⅱ聚为一大类,群Ⅲ和群Ⅴ首先聚为一类,群Ⅰ与群Ⅳ各自成为一类。可见,同一单位选育的品种,亲缘关系较近,材料间总体遗传基础狭窄。建议黑龙江水稻育种者在未来亲本选配时尽量选择其他单位或地区育成的品种,以丰富选育品种的遗传多样性。     

太湖流域水稻地方种的稻米品质RVA谱多样性

对494份太湖地区晚粳稻、糯稻、早籼稻地方种材料的稻米品质RVA谱特征进行测定与分析,结果表明:这些种质资源的稻米品质RVA谱曲线特征分化明显,种质问RVA特征值均有极显著差异,呈现出从籼性到糯性连续变化的特征,形成不同的特征类群.大多数种质(51.9%)的RVA谱的消减值在300～1 000 cp,属于典型的粳稻品种;少量种质(1.4%)具有糯性淀粉RVA谱特征;一些种质(9.8%)表现出为典型的籼稻淀粉RVA谱特征;部分种质(38.0%)具有优质的RVA谱特征,即消减值为负值,表明种质的淀粉性质存在明显的差异.各特征值的表型遗传多样性指数均大于1,其中崩解值的遗传多样性指数达2.04.RVA谱各特征值问显著相关,并可用崩解值、消减值2个指标来简化定量描述稻米RVA谱的特征.     

不同蚕豆品种农艺及品质性状的遗传多样性分析

取国内主栽秋蚕豆和国外主产区蚕豆品种各6份进行农艺、品质性状的遗传多样性研究。结果表明,在考察的9个主要农艺及品质性状中,总粒数的变异系数最大,为79.66%,生育期的变异系数最小,为3.58%;在相关性方面,蛋白质含量与百粒重,总粒数与总荚数、分枝数,总荚数与分枝数达到极显著正相关,而支链淀粉与蛋白质含量达到极显著负相关;采用Ward法进行聚类分析,结果表明当平均欧式距离D2为5时可将12份品种分为三大类群:第Ⅰ类群5个品种,第Ⅱ类群2个品种,第Ⅲ类5个品种。地理距离近的品种并没有聚在一起,说明品种的亲缘关系与地理来源关系不大,也说明12份来自国内外蚕豆品种具有明显遗传多样性。     

太湖稻区32个水稻品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建太湖稻区16个常规粳稻品种和16个杂交水稻品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]以筛选出的12对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建太湖稻区32个主要栽植水稻品种DNA指纹图谱,以NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性.[结果]12对SSR引物在32份材料中共扩增出了47个等位基因,平均每对引物4.7个,变幅2～6个;12对引物的多态性频率（FP）平均值为0.627,变幅0.266～0.833;以遗传相似系数0.74为阚值可将供试32个水稻品种分成4类.[结论]太湖稻区32个水稻品种遗传多样性相对狭窄.     

甘薯种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]利用ISSR分子标记分析不同类型甘薯种质的遗传多样性,为甘薯种质资源的传播途径分析、分类鉴定、有效利用及杂交亲本选择等提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性好、扩增条带清晰且重复性好的ISSR引物,利用其对129份甘薯种质材料进行扩增,通过DPS 7.05计算不同种质间的遗传距离,并采用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]以筛选获得的20条ISSR引物对129份甘薯种质材料进行扩增,共获得232条条带,其中多态性条带230条,多态性条带比例达99.14%,平均每条ISSR引物扩增出11.60条条带.基于ISSR分子标记的5份野生种平均遗传距离为0.4637,124份甘薯栽培种平均遗传距离为0.1805.野生种与地方品种、引进品种和育成品种间的平均遗传距离分别为0.4688、0.4618和0.4643;而在124份栽培种中,地方品种与引进品种间的平均遗传距离最大(0.2024),引进品种与育成品种间的平均遗传距离最小(0.1673),地方品种与育成品种间的平均遗传距离为0.1978.聚类分析结果表明,当在遗传距离为0.3200时可将野生种与栽培种完全区分开;5份野生种在遗传距离为0.3200时又被划分为4个类别;124份栽培种在遗传距离为0.2000时可划分为6个类别,其中,新种花、福菜薯18号和黄皮9号3个品种各自单独组成一个类群(第Ⅰ、Ⅱ和Ⅴ类),金山57、豫薯8号和瑞薯1号组成第Ⅲ类;第Ⅳ类包含93个地方品种和育成品种;第Ⅵ类由25个地方品种和育成品种组成.[结论]不同类型和不同来源地的甘薯种质资源间存在较大遗传差异,以野生种与栽培种间的遗传差异最大,而栽培种间又以地方品种和引进品种间差异较大,即地方品种资源在我国甘薯育种亲本选择利用方面还具有很大的应用潜力.ISSR分子标记是一种适用于甘薯资源遗传多样性分析的理想分子标记.     

云南地方有色米种质资源多样性及Rc基因的遗传变异分析

【目的】云南省作为中国最大的稻种遗传多样性中心和生态多样性中心,蕴含丰富的有色米种质资源。但云南有色米种质资源的鉴定依旧停留在外部形态及地域分类阶段,因此有必要利用现代分子生物学手段对云南有色米种质资源进行深度评价及功能基因鉴定。【方法】以来自云南省23个州、县的35份地方水稻种质资源为研究对象,利用分子标记技术对其进行遗传多样性分析;同时探究已报导的Rc基因在上述35份种质材料中的遗传变异。【结果】在云南地方有色米品种中粳稻间的遗传差异较籼稻更大。且总体来看云南地方种质资源中,同一来源地的地方品种遗传相似性不高。35份云南地方水稻资源中,红米Rc基因表现为野生型,白米rc基因表现为突变型,且突变类型与已报导的突变位点一致,均表现为第6外显子内的14 bp缺失。【结论】云南地方有色米品种中粳稻间的遗传差异较籼稻地方种更大,且同一来源地的地方品种遗传相似性不高。红米白米的颜色差异是由Rc基因第六外显子缺失突变产生。     

湖南甘薯品种AFLP标记的遗传差异分析

通过AFLP分子标记的方法,对来自湖南及其他地区的61份甘薯品种(27份育成品种和34份地方品种)进行遗传变异分析及亲缘关系鉴定。结果用12对AFLP引物扩增出324条多态性带。湖南甘薯育成品种与地方品种的平均遗传距离为0.727 8。不同地区地方品种比较,湖南的地方品种与湖北的平均遗传距离最小,为0.576 7;与广东的平均遗传距离最大,为0.723 9。不同地区育成品种比较,湖南的育成品种与四川的遗传距离最小,为0.582 6;与巴西品种西蒙1号遗传距离最大,达1.000 0;其次是与马来西亚品种,遗传距离为0.747 4。