FSHR基因第10外显子多态性及其与小梅山猪产仔数的相关性

【目的】研究猪FSHR基因第10外显子的多态性及其与小梅山母猪产仔数的相关性。【方法】采用 PCR-SSCP和直接测序方法检测基因多态性,利用最小二乘法分析其对母猪产仔数的关系,同时对多态位点的方差组分进行分析,并预测选择反应。【结果】在小梅山猪、枫泾猪和大白猪这3个群体中,引物P1和P3上分别检测到1个多态位点,其中P1位点可导致氨基酸的改变;引物P6仅在大白猪中检测到1个多态位点;对小梅山猪而言,P1位点的A等位基因和P3位点的D等位基因为优势基因;在P1位点上,两胎以上小梅山母猪中,AA型个体的总产仔数（total number born,TNB）和产活仔数（number born alive,NBA）比BB型分别高出1.95和1.66头（P＜0.01）;在P3位点上,在两胎以上及所有胎次的母猪中,DD型个体的TNB和NBA均极显著高于CC型（P＜0.01）;小梅山母猪的TNB和NBA在P1和P3位点上的遗传主要受到加性效应的影响。【结论】FSHR基因第10外显子P1和P3位点的A和D等位基因对小梅山猪产仔数有显著影响。     

苏姜猪Lrh-1基因PCR-SSCP多态性及其与产仔数的关系

为深入研究苏姜猪肝受体类似物质-1(Lrh-1)基因的多态性及其与产仔数性状间相关性,依据NCBI数据库中猪Lrh-1基因核酸序列设计2对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对苏姜猪Lrh-1基因进行多态性检测。检测结果显示,引物P1 PCR扩增产物存在7种SSCP条带型,共有4个碱基突变位点,分别为27287662、27287593、27287535和27287511位;引物P2 PCR扩增产物存在2种SSCP条带型,碱基突变位于27423038位;将扩增序列与猪Lrh-1CDS区进行比对分析,其中27287662、27287593和27423038位的碱基突变位于配体结合域(LBD)区内,且突变均属同义突变,表明LBD区对于Lrh-1基因功能稳定具有重要作用;不同碱基突变位点的基因频率经群体遗传学分析,除27287511位点处于群体不平衡状态(P0.05)外,其他位点均达群体平衡状态(P0.05);Lrh-1基因P1和P2扩增区SSCP不同类型苏姜猪第1胎和第2胎平均产仔数间无显著差异(P0.05)。     

PLIN1第2、4外显子多态性与猪脂肪沉积性状的相关性分析

为探索编码脂滴包被蛋白的PLIN1基因对猪脂肪沉积的作用,随机选择190头杜×长×大三元商品杂交猪屠宰,采用常规方法测定部分脂肪沉积性状,同时采集样品提取DNA;运用PCR-SSCP技术对猪PLIN1基因第2、4外显子进行SNP筛查;采用一般线性模型分析所得基因型对各脂肪沉积性状的影响作用.在猪PLIN1基因第2、4外显子分别发现一处碱基替换突变.第2外显子的AA型背膘厚高于AB和BB型(P＜0.01),AA型剪切力值低于AB型和BB型(P＜0.01);第4外显子的CD型背膘厚高于CC型(P＜0.05),CD型肌内脂肪含量高于CC型(P＜0.01).结果表明,PLIN1基因的第2、4外显子SNP对猪脂肪沉积相关性状有显著作用.     

苏姜猪H-FABP基因多态性及其与肉质性状的相关性

本试验探究苏姜猪心脏脂肪酸结合蛋白质(H-FABP)基因的多态性及其与肉质性状的相关性,采用2种内切酶HinfⅠ和HaeⅢ的PCR-RFLP分子标记技术,分析了40头苏姜猪H-FABP基因5'-上游区和第2内含子区的遗传变异情况。结果显示,试验猪群5'-上游区HinfⅠ酶切位点存在多态性,酶切得到HH、Hh、hh 3种基因型,H等位基因频率为0.65,表现为中度多态(PIC=0.351 5),第2内含子区HaeⅢ酶切位点存在多态性,酶切得到DD、Dd、dd 3种基因型,D等位基因频率为0.70,表现为中度多态(PIC=0.331 8);苏姜猪群的HinfⅠ位点等位基因频率和基因型频率都处于哈迪温伯格平衡状态(P0.05);H-FABP基因对肌内脂肪含量的影响表现为HH基因型﹥Hh基因型﹥hh基因型及dd基因型﹥Dd基因型﹥DD基因型(P0.05),对大理石纹的影响表现为HH基因型﹥Hh基因型﹥hh基因型及Dd基因型﹥dd基因型﹥DD基因型(P0.05)。表明苏姜猪H-FABP基因5'-上游区和第2内含子区的多态性对其肉质性状有重要的影响。     

黄牛Gli3基因第10外显子多态性及其与生长性状相关性

利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究708头黄牛Gli3基因第10外显子的多态性,发现此外显子存在SSCP多态。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现2个新的SNP多态位点(NW_001494928:g.205649TC,205754AC),这2个SNP完全连锁。南阳牛不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示,CC基因型个体的24月龄平均日增体质量指标显著大于TT基因型个体(P0.05),其余各项指标基因型间差异不显著(P0.05)。因此,该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。秦川牛和郏县红牛群体中没有发现与该基因座多态显著相关的性状。     

八眉猪SLA DRA基因第2外显子多态性分析

为了解八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性,采用PCR SSCP和克隆测序的方法对八眉猪SLA DRA基因第2外显子进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸序列分析。结果显示,222头八眉猪中共检出2种等位基因（A和B）和3种基因型（AA,BB和AB）,其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,发现该基因仅有一个核苷酸突变位点（c.3093 A→C）,为错义突变,使甲硫氨酸（Met）变为亮氨酸（Leu）,并且该氨基酸位于抗原结合位点上。群体遗传学分析发现,八眉猪遗传杂合度（He）为0.351 4,多态信息含量（PIC）为0.308 8,且经χ2适合性检验,八眉猪在此位点上没有偏离Hardy Weinberg平衡状态（P>0.05）。八眉猪SLA DRA基因第2外显子的多态性较低。     

合作猪SLA-DQB基因第3外显子多态性分析

以合作猪为试验材料,采用PCR-SSCP检测442只合作猪SLA-DQB基因第3外显子的多态性,克隆测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确合作猪SLA-DQB基因等位基因之间的遗传关系.结果表明:合作猪SLA-DQB基因第3外显子中表现了7个基因型,其中有4个新等位基因,分别命名为B、C、D、E,序列分析中发现了11个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换9个(占81.82%),颠换2个(占18.18%).表明合作猪SLA-DQB基因第3外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源.     

猪HB-EGF基因多态性与产仔数的关联性分析

 【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点的方差组分进行了分析。【结果】在两对引物（E5和E7）中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型（AA、BB、AB）。E5位点：对于大白猪,在3～8胎中,BB型个体的TNB和NBA均显著高于AA型个体（P＜0.05）,在所有胎次中,BB型个体的TNB显著高于AA型个体（P＜0.05）,NBA极显著高于AA型个体（P＜0.01）,TNB和NBA的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在4个阶段中3种基因型个体的TNB和NBA之间差异不显著（P＞0.05）。E7位点：对于大白猪,在3～8胎和所有胎次中,AA型个体的TNB均显著高于BB型个体(P＜0.05),TNB的遗传主要受基因加性效应的影响;对于长白猪,在3～8胎和所有胎次中,AB型个体的NBA均显著高于BB型个体。【结论】对于大白猪,E5位点BB基因型可作为在TNB和NBA性状上的标记基因型,E7位点BB基因型可以作为TNB性状的标记基因型。     

新疆褐牛瘦素基因第2外显子多态性与肉品质性状的相关性

探索Leptin基因多态性与新疆褐牛肉品质的相关性,旨在寻找与新疆褐牛肉品质性状相关分子标记,为新疆褐牛的选育提供分子遗传学理论依据。利用PCR-RFLP方法检测新疆褐牛Leptin基因第2外显子多态性,并分析其与肉质性状的相关性。结果表明,Leptin基因第2外显子E2JW位点存在AA、AT和TT 3种基因型,处于中度多态,E2FB位点有CT和TT2种基因型,处于低度多态,均为Hardy-Weinberg非平衡状态。相关分析表明:Leptin基因第2外显子E2JW位点与肌纤维直径呈正相关,且相关关系极显著(r=0.435),与胱氨酸含量正相关,且相关关系显著(r=0.410),与蛋氨酸含量呈弱负相关趋势(r=-0.308)。E2FB位点与硬脂酸含量呈正相关趋势(r=0.425)。结果提示E2JW位点有可能成为影响新疆褐牛肉品质性状的分子遗传标记位点。     

Prepro-orexin基因多样性与猪产仔数的相关性

为了研究Prepro-orexin基因多样性与繁殖性能的关系，确立其在分子标记育种中的应用价值。本研究采用PCR-RFLP法分析猪Prepro-orexin基因第62位多态性位点在二花脸、香猪、淮猪和姜曲海猪4个品种中的多样性，并分析其不同基因型对二花脸猪产仔数的影响。结果表明，二花脸和香猪分别检出三种基因型，姜曲海猪有两种基因型，而淮猪只有一种基因型。各等位基因频率和基因型频率在不同品种间存在显著差异；二花脸猪不同基因型群体间产仔数差异不显著，说明该基因多样性对产仔数的影响不显著     

猪DKK2基因的多态性与母猪产仔数性状的关联分析

母猪的繁殖性状是猪重要经济性状之一,但由于其遗传力低,导致母猪繁殖性状常规选择进展缓慢。通过SANGER测序的方法检测DKK2基因内SNP位点,并与产仔数性状进行关联分析。结果表明,在DKK2基因第二内含子存在一个新SNP位点,根据SNP命名方法将其命名为8:g.114967878A>G,且该SNP位点与产活仔数性状显著相关。猪DKK2基因的新SNP位点8:g.114967878A>G对猪的产活仔数性状存在潜在的调控作用。     

Prepro-orexin基因多样性与猪产仔数的相关性

为了研究Prepro-orexin基因多样性与繁殖性能的关系,确立其在分子标记育种中的应用价值。采用PCR-RFLP法分析猪Prepro-orexin基因第62位多态性位点在二花脸、香猪、淮猪和姜曲海猪4个品种中的多样性,并分析其不同基因型对二花脸猪产仔数的影响。结果表明,二花脸和香猪分别检出三种基因型,姜曲海猪有两种基因型,而淮猪只有一种基因型。各等位基因频率和基因型频率在不同品种间存在显著差异;二花脸猪不同基因型群体间产仔数差异不显著,说明该基因多样性对产仔数的影响不显著。     

苏姜猪ESR基因和FSHβ基因的多态性与繁殖性能的相关性研究

[目的]从DNA水平上为苏姜猪的选育提供技术支持。[方法]对293头苏姜猪的ESR基因和FSHβ基因的多态性进行检测,分析不同多态性间繁殖性能(总产仔数、产活仔数和初生重)的差异,探讨将ESR基因和FSHβ基因作为标记辅助选择用于苏姜猪核心群选育的可行性。[结果]苏姜猪ESR基因位点上的3个基因型AA型、AB型、BB型的频率分别为38.25%5、7.54%和4.21%,而FSHβ基因位点上AA型、AB型和BB型的频率分别为21.33%、37.2%和60.07%。在ESR基因位点上BB型和AB型苏姜猪的总产仔数显著高于AA型,而BB型苏姜猪的产活仔数显著高于AA型和AB型。FSHβ基因位点上3个基因型苏姜猪的总产仔数、产活仔数和初生重差异均不显著。[结论]ESR基因可作为辅助标记选择用于苏姜猪核心群的选育,以提高其繁殖性状。     

藏绵羊基因OLA-DQA2第2外显子多态性分析

 【目的】针对藏绵羊腐蹄病所带来的死亡现象,选择与该病相关的基因OLA-DQA2为研究对象,分析群体中该基因的遗传多态性及变异特征,为进一步寻求抗病分子育种提供依据。【方法】采用PCR-SSCP检测216只表型正常和患病藏绵羊OLA-DQA2基因第2外显子的多态性,克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确藏绵羊OLA-DQA2基因等位基因之间的遗传关系。【结果】藏绵羊DQA2基因第2外显子中表现了15个基因型。发现藏绵羊群体中OLA-DQA2基因第2外显子有8个新等位基因,分别命名为OLA-DQA2*H、*I、*J、*K、*L、*M、*N和*O,使绵羊基因库中该座位的等位基因数量从23个增加到31个。序列分析中发现71个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换39个(占54.9%),颠换23个(占32.4%)。【结论】藏绵羊DQA2基因第2外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源。     

猪IGFBP2基因多态性及其对苏姜猪肉质性状的影响

【目的】探讨IGFBP2基因潜在的遗传变异及其与苏姜猪肉质性状之间的关系。【方法】采用PCR-RFLP技术检测IGFBP2基因在苏姜猪、姜曲海猪、杜洛克猪中的MspⅠ酶切遗传多态性,采用单因素方差分析法分析该多态位点对苏姜猪肉质性状的影响。【结果】在3个猪种试验群体,IGFBP2基因第2内含子内均发现了1个MspⅠ酶切多态性,存在A、B等位基因,AA、AB、BB基因型,优势等位基因为B,优势基因型为AB,多态信息含量均呈现中度多态。苏姜猪试验群体IGFBP2基因AA、AB型个体大理石纹显著高于BB型(P0.05),AA型个体五分制肉色和色差仪测得的a值均显著高于AB、 BB型(P0.05)。【结论】苏姜猪试验群体IGFBP2基因第2内含子内PCR-RFLP-MspⅠ多态性与部分肉质性状间存在一定程度的显著性相关,可以作为与猪肉质性状相关的候选基因加以研究。     

大约克猪和二花脸猪SLA-DRB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP方法分析大约克猪和二花脸猪SLA-DRB外显子2的多态性.结果显示:Rsa Ⅰ酶切后得到3种等位基因条带,分别为A(141/93/11 bp)、B(111/69/54/11 bp)、D(93/48/39/54/11 bp).χ2检测表明:二花脸猪SLA-DRB基因外显子2处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>005),而大约克猪处于非平衡状态(P<001).两品种A等位基因均为优势等位基因,AA型为主要基因型,其频率在品种间无显著差异.首次发现等位基因B、D分别出现在二花脸猪和大约克猪中,有望用于区分两品种.     

甘肃地区绵羊MHC-DRB1基因第2外显子多态性与乳房炎的相关性分析

为研究甘肃地区绵羊MHC-DRB1基因第2外显子基因多态性与绵羊乳房炎的相关性,采用PCR-SSCP方法检测了200只甘肃高山细毛羊和212只小尾寒羊(其中各有43只和48只乳房炎阳性)MHC-DRB1第2外显子基因多态性,分析了群体内各等位基因与绵羊乳房炎的关联性。结果表明,两个品种绵羊群体的MHC-DRB1第2外显子共检测到13个等位基因,具有高度多态性(PIC0.5),且偏离了哈德温伯格平衡定律(P0.01)。两个品种绵羊乳房炎阴性和阳性个体的13个单倍型序列的差异显著性检验和相对危险值(RR值)计算发现,甘肃细毛羊中等位基因D(0.01P0.05,RR=0.898)与乳房炎的抗性具有相关性,F(0.01P0.05,RR=3.360)与乳房炎易感性具有相关性;而等位基因K(0.01P0.05,RR=0.030)与小尾寒羊乳房炎的抗性有相关性,F(P0.01,RR=5.176)与小尾寒羊乳房炎的易感性具有较强相关性。     

广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性研究

为探讨广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性,以其耳组织为试验材料,经PCR扩增获得广西巴马小型猪SLA-DQB外显子2片段,片段大小为273 bp,含有1个RsaI酶切位点和5个HaeIII酶切位点,基因型分别为27bp/246 bp和84 bp/83 bp/7 bp/16 bp/29 bp/54 bp。采用PCR-RFLP对30头广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的PCR扩增产物进行多态性分析,发现广西巴马小型猪封闭群内S,LA-DQB基因外显子2无多态性位点;而克隆测序及同源性比较分析表明,广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2序列与普通猪（Sus Scrofa）、人类（Homo sapiens）的同源性分别为94.1%、79.1%。     

贵宾犬FSHβ基因多态性与产仔数的相关性分析

采用PCR-SNP的方法检测贵宾犬FSHβ基因第1内含子、第2外显子中存在的点突变,并分析该基因对产仔数的影响.结果表明:在FSHβ基因内含子和外显子中分别发现了C979G和A257G突变,外显子的A→G突变未影响氨基酸序列.内含子中的突变以CG型的频率最高,为0.488 4,其次为CC型;在群体中C等位基因频率比G等位基因频率高.外显子中的突变以AG型的频率最高,为0.627 9,其次为GG型;在群体中G等位基因频率比A等位基因频率高.贵宾犬群体纯合度为0.509 7,多态信息含量为0.370 1.在内含子中,CG型产仔数比CC型高0.67条;在外显子中AG型产仔数比GG型高0.76条.但2个点突变的基因型与其他基因型相比产仔数差异不显著(P＞0.05),表明FSHβ基因多态与贵宾犬的产仔数不具有显著相关性.     

猪MB基因外显子3的多态性分析

以MB基因作为影响猪肉肉色的候选基因,利用PCRS-SSCP技术,以野猪、野家杂种猪、民猪、大白猪、长白猪5个猪种为研究对象.根据GenBank上猪的MB序列设计了3对引物,对此基因的3个外显子进行SNPs检测.基因型检测结果表明:MB基因在第1、第2外显子上没有发现多态,在第3外显子上检测到了多态.在第3外显子上的第437 bp处存在一个T→C的碱基突变,该突变未导致氨基酸的改变,属沉默突变.经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随野猪、野家杂种猪、民猪、长白猪、大白猪肉色的变浅,等位基因N的基因频率也呈下降趋势.