猪DECR1基因SNPs筛选及其多态性分析

以大白猪、长白猪和杜洛克3个猪种共327头为试验材料,对2,4-dienoyl-CoA reductase 1(DECR1)基因第6至第10外显子区域进行SNPs筛选,分析SNP突变位点的遗传多态性;采用比较基因组方法,根据人DECR1基因全长序列设计引物,筛选猪DECR1基因的SNP,经PCR-SSCP技术和测序检测...     

不同猪种IGF1R基因扩增及SNPs的筛选

以小型猪(巴马香猪46头)和大型猪(长白猪、大白猪、杜洛克猪,共198头)为试验对象,采用PCR产物直接测序法对胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)外显子进行SNPs筛查,根据测序结果确定每个SNP位点的基因型,并通过Haploview软件对筛选到的SNPs进行连锁不平衡及单倍型分析。结果表明:在不同体型猪IGF1R基因外显子1~21上共筛选到9处同义SNPs位点,为G263C(rs338724264)、T17G(rs325909655)、C145T (rs337838116)、 T40C (rs326728191)、 C104T (rs319719983)、 C170T (rs338444971)、 C60T(rs327750836)、C126T(rs327750836)和C82T(rs339449791)。这9个SNPs在巴马香猪和大型猪中均为纯合子突变,且呈现完全连锁不平衡。此研究明确了不同体型猪IGF1R基因外显子区SNPs的基因型及由这些SNPs形成的优势单倍型,可为探究不同猪种生长发育过程中体尺存在差异的原因提供新数据。     

不同品种鸡BTN1基因序列差异分析

【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNPs和氨基酸变化,并对26个品种鸡的BTN1基因序列进行聚类分析.【结果】在Exon5和Exon17上各有1个SNPs位点,且为错义突变.SNPs位点主要发生在Intron10、Intron13、Intron18、Intron22和Intron23上.‘雪山草鸡’和‘安卡红鸡’等抗病性强、适应性强的品种鸡在Exon17上发生错义突变;与抗病性较强的‘安卡红鸡’相比,‘来航鸡’在Exon5上存在一个错义突变.【结论】BTN1的Exon5和Exon17上SNPs位点对抗病性具有一定的影响,为家禽的抗病育种研究提供参考依据.     

玉米sbe1和bt2基因SNPs位点的筛选

【目的】本研究针对玉米淀粉合成相关基因sbe1和bt2获得SNPs位点并设计引物,进行HRM-PCR分型,根据结果找到相关基因对玉米淀粉合成方面的调控机理,从而为玉米育种的遗传改良和分子设计育种提供理论参考。【方法】本文提取普通玉米H21和紫糯96-619的基因组DNA后进行PCR扩增,测序并拼接出玉米淀粉合成相关基因bt2,sbe1的全长序列。【结果】进行亲本间序列比对,找到了20个SNPs位点,通过高分辨率熔解曲线(HRM),成功对171个高世代回交群体的SNPs位点分型。【结论】运用试验分析,总结了利用直接测序法和HRM进行SNPs位点的筛选和验证的优缺点,以期为大规模SNPs筛选技术提供参考。     

湖羊NR5A1基因SNPs筛选及其与产羔数的关联分析

为探讨NR5A1基因能否作为湖羊产羔性状的候选基因,同时寻找与湖羊繁殖性能相关的分子标记,以高繁殖力湖羊为研究对象,采用DNA池结合测序方法筛选NR5A1基因在湖羊中的SNPs位点,并利用PCR-RFLP和AS-PCR方法进行多态位点分型,利用SPSS软件分析不同基因型与湖羊产羔数的相关性。结果表明,在湖羊NR5A1基因中检测到6个SNPs位点,分析发现g.6052A/G位点为Taq I酶切位点,其余5个位点处没有酶切位点存在。在湖羊群体中,g.3362G/C(GG、GC、CC)、g.4342G/A(GG、GA、AA)、g.4666C/T(CC、CT、TT)、g.6052A/G(GG、AG、AA)和g.6991T/G(TT、TG、GG)位点均检测到3种基因型,而g.5699C/G位点在湖羊群体中仅发现2种基因型GG和GC。6个位点的多态信息含量(PIC)从0.306到0.375不等,均属于中度多态(0.25PIC0.50),杂合度(He)从0.377到0.500,在这6个SNPs位点中,仅g.6052A/G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。连锁分析发现,g.3362G/C和g.6052A/G 2位点在湖羊群体中紧密连锁,二者共构建了8种单倍型组合,AAGG为主要的单倍型,占总数的35.90%,AGCG和AACG次之,分别占总数的20.30%和18.75%。关联分析发现g.6052A/G位点GG型湖羊的平均产羔数显著高于AA型(P0.05)和AG型(P0.05),其余位点的各基因型在湖羊的头胎产羔数、二胎产羔数、三胎产羔数和平均产羔数间差异均不显著。AAGG单倍型和AACG单倍型的二胎产羔数比AGCG单倍型的二胎产羔数分别多0.40(P0.05)和0.53(P0.01),差异显著。说明,NR5A1基因对湖羊产羔数有一定的影响,g.6052A/G位点、g.3362 G/C和g.6052A/G连锁可作为湖羊繁殖性能的有效遗传标记,用于湖羊的分子选育。     

不同鸡品种BTN2基因SNP和INDEL分析

【目的】研究BTN2基因多态性,为鸡的免疫和抗病育种研究提供候选基因。【方法】选取26个不同鸡品种,对BTN2基因进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的BTN2基因序列号(NC_006103.4)为参照,使用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,筛选出BTN2基因外显子和内含子中的SNP、INDEL以及氨基酸的变化,最后制成系统发育进化树。【结果】26个不同鸡种中,BTN2基因的外显子筛选出28个SNP位点,且SNP位点大多发生在Exon8上,氨基酸突变大多为错义突变;内含子筛选出48个SNP位点,多数发生在Intron7上;插入缺失多发生在外显子上。聚类分析图结果表明:26个鸡种分为3大类,文昌鸡、SPF-来航鸡、太湖鸡、萧山鸡等聚为一类,他们都具有耐粗饲、适应性强等特点;溧阳鸡、北京油鸡、如皋鸡等聚为一类,他们都具有肉质鲜美等优点;茶花鸡、仙居鸡、固始鸡、大骨鸡等聚为一类。【结论】不同鸡种中BTN2基因的具有遗传多样性,第8外显子中138 264~138 986位点的SNP可以作为鸡免疫特性的候选标记。     

不同荞麦品种落粒基因的筛选

为获得荞麦落粒性相关基因,分别选取甜荞、苦荞和金荞的不同品种不同组织混合样品进行转录组测序,通过数据库比对、功能分析与功能注释获取与落粒性相关的Unigene。设计引物通过RACE方法扩增候选基因,测序后将候选基因全长序列提交到NCBI数据库中,通过blast寻找候选基因的命名,用实时定量荧光PCR测候选基因的表达量。结果表明:得到6个候选基因,其中,根向光性蛋白基因、SOBIR1-like蛋白基因、NPR5-like蛋白基因主要在花器官的发育和形成过程中起调控作用,而SRG1-like蛋白基因、过氧化物酶基因和AGL蛋白基因主要在植物离区的形成和发育过程中起调控作用。NPR5-like蛋白基因在落粒品种与不落粒品种间的表达量差异最大。结论:NPR5-like蛋白基因在荞麦落粒过程中起一定的调控作用。     

4个鸡品种TPK1基因的PCR-SSCP分析

以鸡硫胺焦磷酸激酶(TPK1)基因为候选基因,隐性白羽鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡为试验材料,采用PCR-SSCP方法对TPK1所有外显子及3'-调控区进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,探讨不同基因型与不同鸡品种肌肉硫胺素含量的关系.结果表明:在3'-调控区发现了1个SNP位点,其纯合子AA型与BB型相比有一个C2132T的单碱基突变,CC型与BB型相比有一个C2132A的单碱基突变.等位基因A和B的频率极显著高于等位基因C的频率,且泰和乌骨鸡与白耳鸡差异显著,故推测所检测到的基因座与肌肉硫胺索含量相关.     

4个鸡品种VIPR-1基因遗传多样性分析

采用PCR-RFLP方法,对茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡和隐性白洛克鸡VIPR-1基因的20个位点的遗传多样性进行研究。结果表明,20个位点的基因频率在这4个群体中分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5%。独立χ2分析显示,除位点C1704887T外,其他19个位点基因型分布在不同鸡品种间存在显著或极显著差异(P0.05、P0.01)。茶花鸡、泰和丝羽乌骨鸡、固始鸡与隐性白洛克鸡4个群体的平均多样性分别为0.3658(±0.0238)、0.3609(±0.0315)、0.3836(±0.0299)和0.3598(±0.0401),显著性检验差异均不显著。单倍型分析发现,在所研究的区域,泰和丝羽乌骨鸡有2个单倍型块,固始鸡有4个单倍型块,茶花鸡和隐性白洛克鸡有5个单倍型块。研究发现鸡VIPR-1基因中5个位点,单倍型块C1660256T～A1660309G以及G1680779T～C1693306T的12kb区域可能与早期生长速度有关。     

不同马铃薯品种品质筛选分析

对引进的9个马铃薯新品种进行田间综合鉴定和品质测定,对各品种块茎的营养品质含量进行分析。结果表明,参试马铃薯品种综合品质和接受程度从优到劣依次是华薯3号>紫玉>华薯5号>中薯13号>中薯3号>红美>中薯191>东农310>中薯红1号,筛选出2个较好的品种是东农310和华薯3号。     

不同品种鸡TAPBP基因序列分析

TAPBP是抗原呈递相关转运体(TAP)相关蛋白,在先天性和适应性免疫反应中均发挥着重要作用,与多种疾病的抗性或易感性相关。对25个不同品种鸡TAPBP基因序列进行目标捕获测序,利用MEGA软件对不同品种鸡序列进行比对分析,筛选不同品种鸡TAPBP基因上的SNPs及Indel位点,并根据基因序列进行系统进化树的构建。结果表明:TAPBP基因存在较多的SNPs和Indels位点,有着丰富的遗传多样性。不同地方鸡品种相对外来鸡品种呈现出高度多态性,可能与抗病性存在密切联系。青脚麻鸡、太湖鸡、如皋草鸡等抗性较好的鸡品种在系统进化树中拥有较高的亲缘系数。此外,固始鸡、如皋草鸡、安卡鸡等品种在第8外显子上存在特异性的插入缺失,且引起氨基酸变化,可作为鸡抗性研究的候选分子标记。     

奥利亚罗非鱼MSTN基因结构及其SNPs的筛选

通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。     

奥利亚罗非鱼MSTN基因结构及其SNPs的筛选

通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。     

我国不同品种黑羽鸡MC1R基因多态性研究

为了研究我国地方黑羽鸡品种MC1R基因的多态性,采用PCR的方法扩增了我国7个黑羽鸡品种(狼山鸡、寿光鸡、东乡绿壳蛋鸡、盐津乌骨鸡、余干乌骨鸡、鸿光黑鸡和新杨黑鸡)的MC1R基因,并对不同品种鸡MC1R基因序列的多态性进行生物信息学分析。结果显示：7个品种MC1R基因编码区全长均为945 bp,共编码315个氨基酸。7个品种210条序列,总计发现10个多态位点,位于编码区的有9个,其中有7个导致编码氨基酸发生变化,共界定了14种单倍型,定义为Hap1—Hap14,其中东乡绿蛋鸡和寿光鸡有2种单倍型,其他品种单倍型数都在2个以上。系统发育树分化为两个分支,分支I仅包含新杨黑鸡,分支II包含其他6个黑羽鸡品种。我国黑羽鸡MC1R基因表现出丰富的多态性,中国本土黑羽鸡品种和国外血缘黑羽品种存在MC1R基因多态位点上存在差别。该研究结果为我国黑羽地方鸡遗传资源的种质保护、品种选育和鉴定工作提供了参考。     

鸡Wnt3a的SNPs筛选及其与皮肤毛囊密度性状关联分析

目的 Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用, 前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因。为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用, 研究以金陵花鸡为研究对象, 筛选Wnt3a SNPs, 并分析其与毛囊密度性状的相关性, 以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记, 为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的“分子编写育种”提供参考。方法 采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a 的SNPs位点进行筛查, 分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性。采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡（LD）程度, 并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性。结果 共发现14个SNP位点, 在第2外显子发现1个SNP位点（SNP1）, 为同义突变;第2内含子发现4个突变位点（ SNP2—SNP5）, 在第3内含子发现9个SNP位点（SNP6—SNP14）。卡方检验表明, 第2外显子的1个突变位点（SNP1）和第2内含子的3个突变位点（SNP3—SNP5）的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）, 第3内含子的9个SNPs（SNP6-SNP14）偏离哈代-温伯格平衡（P<0.05）。SNP1—SNP5的He均小于0.50, PIC均小于0.25, 这5个SNP位点遗传多样性较低。第3内含子的9个突变位点, SNP6、SNP7、SNP9位点PIC<0.25, 其他6个突变位点 0.25< PIC<0.5, 为中度多态。单标记关联分析表明, 公、母鸡SNP2位点的AG基因型的毛囊密度显著高于GG基因型（P< 0.05）;母鸡SNP8位点的AA与GG基因型的毛囊密度显著高于AG基因型（P < 0.05）, 在公鸡中3种基因型的毛囊密度差异不显著。14个SNPs连锁不平衡分析表明, SNP3、SNP4和SNP5的强连锁产生了2种单倍型, H1（GAT）频率为0.882和H2（TCC）频率为0.118;SNP6—SNP13之间的强连锁产生了5种单倍型, 其中H1（ACATTATC）和H2（ACGTCCCA）, H3（ACGTTCCA）, H4（GTGCTATA）, H5（ACGTCCCC）, 单倍型频率分别为0.469、0.275、0.123、0.113、0.014。SNP3、SNP4和SNP5连锁产生的2 种单倍型组合后产生了3种单倍型组合, 关联分析发现在公、母鸡中3种单倍型组合的毛囊密度均差异不显著;将SNP6—SNP13连锁产生的5种主要单倍型组合后, 公鸡有7种组合单倍型组合, 毛孔数量差异不显著;母鸡有8种主要单倍型组合, 其中H1H1（AACCAATTTTAATTCC）毛囊密度最大。SNP2和SNP8位点与皮肤毛囊密度显著相关, 单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）为母鸡优势单倍型。结论 筛选到Wnt3a的14个SNPs位点, 其中, SNP2（rs2587721 G >A）和SNP8（rs2555967G>A）位点与毛囊密度显著相关, 8个SNPs（SNP6—SNP13）位点处于强连锁不平衡, 母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大。Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）和SNP6—SNP13连锁产生的H1H1（AACCAATTTTAATTCC）单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关, 可以为鸡毛囊密度“分子编写育种”提供重要遗传信息。     

油菜β-CT亚基编码基因accD的SNPs分析及其分子进化

以含油量不同的32份甘蓝型油菜自交纯合系为材料,用直接测序法筛查β-CT亚基的accD编码基因DNA序列的单核苷酸多态性,包括98%的编码区序列共1380 bp。在32份材料中只在材料18和20两个材料中发现了一个相同的SNP,SNP频率为1/1380,单倍型多态性指数Hd=0.121;核苷酸多态性π=0.00009,θ=0.00018。Tajima’s D值为不显著负值,Fu&Li’s检测,各个参数均为不显著正值,Z检验结果中(dN-dS)值也为不显著正值,说明accD基因没有偏离中性进化。系统发育树表明,accD基因在所选的32个油菜材料中是高度保守的,与拟南芥的序列相似度高达95.7%,说明accD基因在物种间也是高度保守的。暗示其在种子油脂合成过程中起着不可替代的作用,此外说明,仅用β-CT亚基编码基因的单核苷酸多态性还不能解释含油量复杂的表现型,还需在更大的群体资源中扩增accD编码基因和其它亚基编码基因进行单核苷酸多态性与含油量表型的相关性研究。     

草鱼GSTR基因外显子1、外显子2的SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

根据草鱼EST数据库中的rho型谷胱甘肽硫转移酶基因cDNA序列设计引物,扩增预计存在的SNP位点.采用PCR产物测序法和PCR-RFLP法,在珠江水系草鱼养殖群体中筛选到2个SNP位点,分别位于外显子1和外显子2上,为C-T突变,且属于同义突变,统计了多态位点在群体中的分布:C十129T位点CC型占0.69％,TC型...     

兴义鸭MEF2A基因的SNPs筛选及其生物信息学分析

为了解鸭MEF2A基因的功能和结构以及其对鸭遗传效应的影响,采用混合DNA池、基因克隆、PCR产物直接测序和生物信息学相结合的方法,对兴义鸭的MEF2A基因进行研究.结果并未发现SNP位点,运用生物信息学方法对其蛋白质一级结构和二级结构进行分析,发现其包含33个α螺旋、20个β折叠、44个无规则卷曲.将获得的鸭的MEF2A蛋白序列与NCBI上提交的家鼠、牛、斑马鱼、猪、鸡的MEF2A序列相比对,结果显示:鸭与鸡、鱼的亲缘关系相近,与家鼠的亲缘关系较远.     

不同草莓品种营养成分比较与品种筛选

依据国家标准对7个草莓品种的主要营养成分进行测定及分析对比。结果表明,7个品种中蛋白质和氨基酸含量晶瑶均最高,分别为1.03%和0.88%,甜宝均最低,分别为0.67%和0.55%;膳食纤维黑美人最高,为2.16%,甜宝最低,为1.29%;黑美人维生素C含量最高,为70.12 mg/100 g,晶瑶最低,为56.67 mg/100 g;红颜和甜宝间果糖和葡萄糖含量无显著性差异,其他品种间差异显著,其中,白草莓均最高,分别为4.73%和4.30%,红颜均最低,分别为2.97%和2.61%;品种间蔗糖含量差异显著;全K含量圣诞红最高,为2 600 mg/kg,甜宝最低,为1 400 mg/kg,除K外,Na、P、Fe、Ca、Mg、Zn总含量黑美人最高,为861 mg/kg,甜宝最低,为618 mg/kg。说明草莓营养非常丰富,但品种间差异较大。选择营养均衡的草莓品种栽培,可最大化提高生产价值。