偏穗鹅观草RT-PCR内参基因筛选及验证

偏穗鹅观草（Roegneria komarovii Nevski）是小麦族鹅观草属的植物,具有抗旱、抗病等特点,是多年生优良牧草,也是小麦三级资源库。为分析偏穗鹅观草耐盐机制及抗病基因的表达,筛选出偏穗鹅观草在不同非生物胁迫条件下稳定表达的内参基因,以偏穗鹅观草根、茎、叶对照组及盐胁迫处理组的偏穗鹅观草为材料,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术,对肌动蛋白（Actin1、Actin2、Actin3）、微管蛋白（BUTB）、亲环素（Cyclophilin）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（glyceraldehyde-3-phosphate,GAPDH）、组蛋白（histone 3, H3）、延伸因子（EF1a1）8个常用小麦内参基因进行筛选;并借助geNorm、BestKeeper软件对内参基因表达的稳定性进行评价,进一步利用SnRK2基因对获得的内参基因的稳定性和可靠性进行验证。结果表明,2个软件筛选出的内参基因基本一致,8个候选内参基因在偏穗鹅观草不同胁迫处理下的表达丰度及稳定性存在差异,盐处理及干旱处理下Cyclophilin、GAPDH稳定性表现最好,高温处理下EF1a1、...     

葡萄果实发育后期半定量RT-PCR内参基因的优选

葡萄果实发育后期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,内参基因的选择是基因表达定量分析的关键影响因素.本试验以雷司令葡萄品种花后50、75和95 d的果实为材料,通过半定量RT-PCR,研究了常用持家基因Actin、Tubulin,GAPDH、18S rRNA的表达变化,探讨其作为葡萄果实发育后期基因表达半定量分析内参基因的可行性.结果表明:18S rRNA的表达水平高,且最稳定,其次是Actin,而Tubulin和GADPH的相对表达水平较低;对VvTLP、GHF17P和VvASR 3个功能基因在不同果实材料中的表达水平进行半定量RT-PCR,VvTLP和VVSR的相对表达水平较高,GHF17P的表达水平较低,整体上均呈现递增的趋势;以Actin和18S rRNA为内参得到的归一化结果基本一致,在4个持家基因中18S rRNA和Tubulin是优选的葡萄果实发育后期基因表达研究的内参基因.     

葡萄不同摘心处理下qRT-PCR内参基因的筛选与验证

摘心处理是保证葡萄产量和品质的关键栽培技术之一,选择稳定可靠的内参基因,有利于葡萄摘心响应分子机制相关基因表达的研究。本研究以不同摘心处理的葡萄叶片和茎杆为材料,利用qRT-PCR分析15个候选内参基因Actin、AP-2、Cyclophilin、EF1-α、GAPDH、VAG、SAND、α-Tubulin、β-Tubulin、UBQ-L40、NAD5、ADH2、60SRP、18S rRNA、UBQ等在所供材料中的转录水平,并用RefFinder软件对候选内参基因稳定性进行综合评价。试验结果表明,葡萄叶片为材料的试验体系的最稳定内参基因为SAND和VAG,而葡萄茎杆为材料的试验体系以AP-2和Actin为最稳定的内参基因,且采用双内参基因组合,可以进一步提高试验结果的精确度;通过目的基因VvSS4转录水平数据标准化的验证,所获得的2组内参基因在各自的试验体系中可靠性高,可用于后续相关目的基因定量表达的研究。     

青花菜花蕾发育LncRNAs内参基因筛选

在分析青花菜花蕾发育过程长链非编码RNA(LncRNAs)的表达中,筛选稳定表达的内参基因至关重要。通过前期高通量测序筛选出16个候选内参基因,利用qRT-PCR技术检测其表达水平,并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件对16个LncRNAs在青花菜花蕾不同部位和不同发育时期的表达稳定性进行分析。结果表明,在花蕾不同部位中,geNorm算法认为XLOC＿000400、XLOC＿008536、XLOC＿034059为最适内参基因;NormFinder计算XLOC＿021473、XLOC＿000400、XLOC＿034059为最佳内参基因;BestKeeper显示XLOC＿025578表达最稳定。在花蕾不同发育时期中,geNorm算法认为XLOC＿000108、XLOC＿039609、XLOC＿021473为最适内参基因;NormFinder计算XLOC＿021473、XLOC＿039609、XLOC＿000108为最佳内参基因;BestKeeper显示XLOC＿034059表达最稳定。综合评估后,在花蕾不同部位和不同发育时期中适宜的内参基因对分别为XLO...     

枸杞实时荧光定量RT-qPCR内参基因筛选与验证

以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS₁～FS₅)的果实为试材,选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因,利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基因型枸杞的不同组织和不同发育阶段果实中的表达水平。并采用geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct、RefFinder分析方法,评估候选内参基因的表达稳定性,并选择Beat基因验证内参基因。结果表明,Ef1a为不同基因型枸杞的不同组织和5个发育时期果实中表达较稳定的内参基因,Gapdh为表达最不稳定的内参基因;在宁夏枸杞中表达最稳定的内参基因为Rh37,其次为Ef1a。进一步采用Beat基因对不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和5个发育时期果实中的表达模式进行验证,表明Ef1a、Act-1基因可作为枸杞稳定的内参基因。     

产吡咯喹啉醌的生丝微菌内参基因的筛选和验证

筛选生丝微菌表达调控研究中最适合的内参基因,为后续大幅度提高吡咯喹啉醌(PQQ)产量打下基础。利用实时荧光定量PCR (Real-time quantitative PCR,RT-qPCR)技术分析生丝微菌基因组中6个候选内参基因的相对表达情况,通过Best-keeper、geNorm和NormFinder软件分析,评价各个生长时期候选内参基因的表达稳定性,确定最合适的内参基因。结果表明:通过对生丝微菌4个不同生长时期的6个候选内参基因(16S rRNA、gapdh、rec A、ldh、rpoB和S5)的转录情况进行分析和评估,6个候选内参基因均表现出较强的稳定性和特异性,依据3款软件的综合评价,确定gapdh、rec A这两个内参基因在两株菌株不同时期均能稳定表达。从6个候选内参基因中筛选出两个表达稳定的内参基因gapdh基因和rec A基因,用于后续生丝微菌的基因表达调控研究。     

少花蒺藜草荧光定量PCR内参基因筛选与验证

少花蒺藜草（Cenchrus pauciflorus Benth.）为禾本科蒺藜草属,是入侵我国北方地区的一年生恶性杂草,少花蒺藜草的入侵态势逐年扩增,因此对于少花蒺藜草的基因研究,以及在分子水平对于防治少花蒺藜草入侵的研究显得尤为重要。本研究以少花蒺藜草转录组数据为基础,候选了6个内参基因,荧光定量PCR检测候选内参基因的表达,通过geNorm、NormFinder、BestKeeper、比较△Ct法和RefFinder五种评价方式,综合评估筛选了最佳内参基因。结果表明,6个候选内参基因的综合排名为TCTP1>RH37>ACX4>TCTP2>GAPDH>TBP,TCTP1基因在少花蒺藜草不同时期不同组织样本中表达最高最稳定,最不稳定表达的是基因TBP,TCTP1为综合评估下少花蒺藜草的最佳内参基因,因此TCTP1可作为内参基因用于少花蒺藜草荧光定量PCR检测研究中。本研究为少花蒺藜草后续的基因研究以及在分子水平上为少花蒺藜草生物防治提供一定的理论基础。     

杜鹃红山茶实时定量PCR 内参基因筛选及验证

【目的】实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）以高灵敏度和特异性等优点,成为基因表达分析的主要工具,而选择适合不同条件下工作的内参是qRT-PCR分析的前提。筛选得到适用于杜鹃红山茶不同器官、不同时期花瓣的qRT-PCR分析的内参基因,为后续相关基因功能研究提供可用的内参基因。【方法】选择转录延伸因子编码基因（EF1α）、α-tubulin（TUA）、β-tubulin（TUB）、Ubiquitin（UBQ）、肌动蛋白（Actin）和甘油醛-3-磷酸脱氢酶（Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH）6个看家基因,使用2种不同的计算程序GeNorm和NormFinder评估了6个基因表达的稳定性。进一步通过CaGASA3基因的表达模式验证了所选内参基因的适用性。【结果】在不同器官中通过GeNorm和NormFinder筛选出稳定性最好的基因,排名前2位的均为TUA和GAPDH,GAPDH基因在两种计算程序评估中稳定性均最佳。而在不同时期花瓣中,通过2种程序得出排名前2位的内参基因均为TUB和UBQ;UBQ基因在GeNorm程序评估中稳定性最好,TUB基因在NormFinder程序的评估中稳定性最佳。【结论】杜鹃红山茶不同器官中最佳内参基因为TUA和GAPDH,不同时期花瓣中最适内参基因为TUB和UBQ。     

番茄qRT-PCR内参基因的筛选

以高温、低温、盐胁迫、TYLCV接种处理和对照的番茄幼苗为植物材料,通过实时荧光定量RT-PCR(Real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)方法分析了常用的8个内参基因肌动蛋白基因(ACT)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、泛素基因(UBI)、18S核糖体RNA基因(18S)、转录延伸因子基因(EF-1a)、β-微管蛋白基因(TUB)、表达蛋白基因(EXP)和接合素蛋白复合物基因(CAC)在不同样本中的表达情况。利用ge Norm和Norm Finder软件分析筛选表达稳定性较高的内参基因。结果表明,在不同胁迫处理条件下,UBI和ACT的稳定性较高;在同样的胁迫处理中,8个内参基因的表达稳定性不同。综合而言,虽然UBI和ACT的稳定性同样较高,但在TYLCV接种处理试验中ACT的稳定性相对较差,而TUB和GAPDH表达较稳定,故TUB和GAPDH可在TYLCV接种处理试验中作为番茄qRT-PCR的内参基因。     

半定量RT-PCR法检测赤霞珠葡萄白藜芦醇合酶STS基因的表达

以赤霞珠葡萄(Vitis vinifera L.)为材料,以Actin基因为内参,采用半定量逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测葡萄果实发育过程中白藜芦醇合酶(STS)基因表达量的变化,以期建立适于检测该基因表达的RT-PCR试验体系。结果表明,在退火温度58℃,扩增循环31次的时候,STS基因能够进行较好的扩增。在赤霞珠葡萄浆果发育的过程中,花后20、50 d STS基因表达量较少,在花后80 d表达量增到最大,花后110 d又降低。     

山麦冬果实花青素生物合成中内参基因的筛选与验证

【目的】为山麦冬Liriope spicata果实花青素生物合成研究筛选最佳内参基因。【方法】基于山麦冬转录数据,通过变异系数以及变化倍数初步筛选出山麦冬15个候选内参基因。以幼果期和成熟期山麦冬果实为材料,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术测定候选内参基因的表达,采用ΔCt值法、geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件包分析候选基因的表达稳定性,最后选取来自6个基因家族(C4H、CHS、MT、UFGT、MYB和bHLH)的10个目的基因(C4H、CHS-1、CHS-2、MT、UFGT-1、UFGT-2、MYB-1、MYB-2、MYB-3、bHLH),对所选内参基因组合进行验证。【结果】4种方法分析得出的候选内参排序存在一定差异,需综合4种方法的几何平均值作为综合排序。根据geNorm软件推荐的最适内参数目为4个,即CNNM、GPR107、EF1-α、G6PD-2最稳定,PDP最不稳定。对10个目的基因表达量标准化验证发现：以CNNM、GPR107为内参组合与选用4个基因作为内参组合无显著差异,相关系数可达0.999 9,且选用双内参组合比4个内参组合的...     

草珊瑚不同光质条件下RT-qPCR内参基因筛选与验证

为分析不同光质对草珊瑚目的基因表达量的影响,筛选出稳定表达的内参基因,根据草珊瑚转录组数据,选择激动蛋白(Actin)、β-微管蛋白(TUB)、SAND家族蛋白(SAND)、泛素蛋白(UBQ)、网格蛋白适配器复合物(CAC)等10个基因作为候选内参基因.以不同光质条件下草珊瑚幼苗的根、茎和叶组织为材料,利用实时荧光PC...     

无花果RNA的提取和半定量RT-PCR内参基因的优选

本试验以无花果的根、茎、叶、果作为材料,比较了CTAB法和Trizol法对无花果材料RNA的提取效果。以CTAB法提取的不同无花果材料的RNA为模板,反转成cDNA第一链,通过半定量RT-PCR,研究了植物常用内参基因18SrRNA、Actin和Tubulin的表达量变化。结果表明:CTAB法是适合不同无花果材料的RNA提取法;18SrRNA在无花果不同组织中的表达水平较高,且相对稳定,Tubulin在无花果不同组织中相对表达量较低,且相对稳定,是研究无花果不同组织基因表达水平较为适宜的内参基因。     

不同组织及干旱胁迫下黄薇内参基因的筛选与验证

【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花,以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料,借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析,并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD,对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出：在不同组织中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUA;在干旱胁迫中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明：上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后,GAPDH是最适合黄...     

霜霉病菌胁迫下藜麦内参基因的筛选及其稳定性验证

【目的】筛选藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定表达的内参基因,为深入开展藜麦抗霜霉病菌相关基因表达的研究提供依据。【方法】通过实时荧光定量PCR技术以及geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析和评价8个候选内参基因在藜麦霜霉病菌胁迫下的表达稳定性,并通过对CqSGAT基因表达进行分析,进一步验证候选内参基因的稳定性。【结果】geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析结果均显示,藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定性较好的内参基因为CqEF-1a、CqMON1和CqRPS18;geNorm软件分析结果显示,藜麦在霜霉病菌胁迫下最适候选内参基因为CqEF-1a和CqRPS18;以CqSGAT为目标基因对候选内参基因进行验证,发现CqMON1不适合作为藜麦在霜霉病菌胁迫下的内参基因。【结论】藜麦在霜霉病菌胁迫下的最适内参基因为CqEF-1a和CqRPS18。     

白茶实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选与验证

利用GeNorm,NormFinder,BestKeeper软件对茶树不同叶位及白茶萎凋过程中7个候选内参基因的表达稳定性进行分析。获得3个稳定性较好的内参基因β-Actin、GAPDH和RUBP,RUBP适合作为白茶萎凋过程叶片荧光定量PCR的内参基因,β-Actin适合作为白茶不同叶位叶片荧光定量PCR的最佳内参基因。因此,在白茶萎凋过程中,使用GAPDH+RUBP组合作为内参基因进行荧光定量PCR检测。     

金魁猕猴桃RT-qPCR内参基因的筛选

以'金魁'猕猴桃(Actinidia deliciosa)根、茎、叶、花瓣、花萼、雌蕊、子房、幼果为材料,应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术分析了ACT、CYP2、RP2、GAPDH、TUB和TUA 6个常用内参基因在猕猴桃不同器官组织中的表达情况,并利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对候选内参基因的稳定性进行了评价。结果表明:ACT和TUA基因在各组织中的表达量差异较小,表达相对稳定;在利用RT-qPCR分析比较猕猴桃不同器官组织中的基因表达差异时,可选择ACT作为内参基因。     

桉树焦枯病菌内参基因的筛选

为筛选出桉树焦枯病菌在盐胁迫及侵染桉树叶片两种条件下表达稳定的内参基因,采用实时荧光定量聚合酶链式扩增反应(RT-q PCR)技术分析了桉树焦枯病菌中7个常用内参基因(GAPDH、α-tubulin-1、α-tubulin-2、18S rRNA、ubiquitin、β-actin、β-tubulin)的mRNA差异表达情况,并采用ge Norm软件分析了它们在两种条件下的表达稳定性。结果表明,ubiquitin和α-tubulin-2为桉树焦枯病菌在NaCl胁迫下表达最稳定的基因,且不需要引入第3个基因;18S rRNA和α-tubulin-1为侵染桉树叶片下表达最稳定的基因,但需引入第3个基因GAPDH。因此,ubiquitin和α-tubulin-2为桉树焦枯病菌在NaCl胁迫下较适合的内参基因,而18S rRNA、α-tubulin-1和GAPDH为侵染桉树叶片较适合的内参基因。     

莲草直胸跳甲不同发育阶段内参基因的筛选与验证

[目的]实时定量PCR(qPCR)是基因表达研究的重要技术手段,但其结果的准确性取决于内参基因,本研究筛选莲草直胸跳甲不同发育阶段稳定表达的内参基因,为后续基因表达研究奠定基础。[方法]使用qPCR测定了9个昆虫常见的候选内参基因(β-actin、RPL13a、RPS18、UBC、EF-1α、RPS6、GAPDH、α-Tubulin和β-Tubulin)在莲草直胸跳甲不同发育阶段的表达,利用ΔCt、geNorm、NormFinder和BestKeeper 4种程序综合评估了9个内参基因的表达稳定性,并用小分子热激蛋白基因(shsp20. 8)对内参基因的稳定性进行了验证。[结果]莲草直胸跳甲不同发育阶段的最适内参基因为RPS18和RPL13a,shsp20. 8在使用最稳定和最不稳定的内参基因用于数据标准化时,结果差异显著,表达量最高的虫态分别为卵和蛹期。[结论]本文证实了稳定的内参基因对qPCR试验结果准确性至关重要。