狼山鸡保种群不同世代线粒体COⅠ基因条形码变化规律研究

以0、5、10和15世代狼山鸡保种群为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因全长序列多态性,以分析COⅠ基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化情况。结果表明,COⅠ基因序列在狼山鸡0和5世代中存在相同的6个突变位点,为4个单倍型;在10和15世代存在相同的3个突变位点,为3个单倍型;4个世代122个个体存在相同的2个突变位点,为5个单倍型,其中106个个体COⅠ基因分布于H2单倍型。狼山鸡0、5、10和15世代COⅠ基因单倍型多样度分别为0.276、0.333、0.119和0.252,平均核苷酸差异(K)分别为0.707、1.083、0.182和0.314,核苷酸多样度(Pi)分别为0.00046、0.00070、0.00012和0.00020。结果说明COⅠ基因DNA条形码在0~15世代间稳定遗传,表明狼山鸡保种群保种效果良好。     

不同保种方法对狼山鸡保种群近交系数的影响

以狼山鸡为素材,利用“家系等量随机选配法”和“随机交配法”(对照组)2种保种方法进行继代繁殖鸡群,每个保种群每个世代的鸡只均逐只编制往上追溯5代的系谱图,利用回归斜率分析方法计算世代增量。结果表明,试验组保种群的近交系数的世代增量均呈负增长,公鸡、母鸡分别为-0.003 7和-0.004 4;对照组公鸡、母鸡分别为0.001 7,0.002 2。采用家系等量随机选配法保存鸡种,可有效地控制保种群近交系数的增长。     

陆川猪种群线粒体DNA遗传多样性研究

利用线粒体控制区(mtDNA D-loop)5’端564 bp的片段,对6个陆川猪种群共74个个体的遗传多样性进行研究。在74个序列中共发现20个变异位点,产生7个单倍型,其中1个为优势单倍型。总的单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.530和0.00326,表明陆川猪种群遗传多样性偏低。6个种群中,仁厚镇福绵种群的单倍型多样性和核苷酸多样性较高,乌石镇种群单倍型和核苷酸多样性均较低。将优势单倍型H1与已报道的其他21个中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,结果显示陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有更近的亲缘关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远。     

基于线粒体COⅠ基因狼山鸡和鹿苑鸡DNA条形编码分析

以狼山鸡和鹿苑鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,探讨COⅠ基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡品种方面的可行性和有效性.结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有15个突变位点,共9个单倍型,其中狼山鸡有3个特异单倍型,鹿苑鸡有5个特异单倍型,这为寻找品种鉴定依据奠定了基础;平均单倍型多样度为0.835,平均核昔酸多样度为0.004 19,2个品种间核苷酸分歧度为0.003 89,表明2个地方鸡品种COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性.     

基于线粒体DNA控制区的斑翅草螽不同地理种群遗传分化研究

采用PCR扩增结合DNA克隆测序技术,分析了斑翅草螽Conocephalus maculates 9个地理种群mtDNA控制区序列的变异及遗传多样性.切除侧翼RNA基因序列后,最终获得的斑翅草螽mtDNA控制区比对后全长为676 bp,平均碱基组成T(37.8％),C(11.7％),A(41.3％)和G(9.1％).共检测到98个可变位点,占总位点数的14.5％,其中,9处碱基插入/缺失,74处转换(40个T/C,34个A/G),50处颠换(18个A/T,11个T/G,15个A/C,6个C/G).共定义46个单倍型,其中,4个为种群间共享单倍型(H02、H05、H08和H10),其余42个为各种群独有单倍型,包括6个种群内共享单倍型(H09、H11、H15、H18、H26和H38).单倍型总数占实验个体总数的69.7％,除四川峨眉山外,其余种群单倍型百分比均＞50％.通过两两地理种群间的FST值差异显著性检验,将这些群体分为4组,分别为SC+CQ,GX+FLB+HN+YN,XZ和HB.以长瓣草螽C.gladiatus、峨眉草螽C.emeiensis、悦鸣草螽C.melaenus、竹草螽C.bambusanus为外群,构建的斑翅草螽mtDNA控制区单倍型NJ法系统树形成3个自举支持度较高的分支,其中,分支A由28种单倍体组成,包括本研究中除四川峨眉山(SC)和重庆万州(CQ)以外的7个种群;分支B由12种单倍体组成,包含除菲律宾拉乌尼翁(FLB)和江西南昌(JX)以外的7个种群;分支C由6种单倍型组成,全部来自西藏林芝(XZ)的单倍型.聚类结果表明,斑翅草螽不同地理种群间的遗传分化并不明显,即使是两两群体间FST值差异显著的群体,也未能形成完全独立的分支.     

基于线粒体COⅠ基因的大小蠹属昆虫DNA条形码研究

大小蠹属昆虫是重要的林木害虫,大部分种类是检疫性有害生物,我国口岸有多次截获记录。为加强对大小蠹属害虫的检疫鉴定,通过线粒体DNA细胞色素氧化酶C亚基Ⅰ基因(COⅠ)867 bp片段序列对大小蠹属17个种类进行序列分析,结果表明,线粒体COⅠ基因可作为大小蠹属昆虫分类的依据;DNA条形码是生物系统分类分子水平上的依据。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因序列的虹鳟DNA条形码研究

通过对虹鳟（Oncorhynchus mykiss）线粒体COI和16S rRNA基因片段PCR扩增,经纯化、克隆、测序后,对基因序列进行分析,进一步对虹鳟进行物种分子鉴定。测序结果表明：COI基因序列长为686 bp,其中A,T,C,G含量分别为23.03%,29.15%,29.01%,18.80%;16S rRNA基因序列长为607 bp,其中A,T,C,G含量分别为27.84%,21.58%,25.21%,25.37%。将得到的基因序列通过GenBank和BOLD两数据库进行比对,GenBank中没有虹鳟的线粒体16S rRNA基因序列,比对结果为0,COI基因比对结果为99%,而在BOLD中的比对结果为100%,鉴定结果为虹鳟。生产实践中可通过此方法提供一种基因标签对虹鳟幼鱼、鱼糜制品和三文鱼片等进行种类鉴定。     

云南鹅不同地理群体线粒体DNA多态性研究

 用19种限制性内切酶对云南鹅昆明群体和德宏群体的13只个体进行了mtDNARFLP分析。结果表明:所有受试样品的mtDNA都为一种类型,没有检测到变异。     

黄连属植物DNA条形码研究

本研究基于黄连属(Coptis Salisb.)的大尺度取样,全面评估了叶绿体DNA序列psb A-trn H和ycf1,及核DNA序列ITS和ETS在黄连属物种鉴定中的有效性。综合分析了不同候选序列的特征,计算种内种间遗传距离,评估序列的条形码间距,及构建邻接树,发现各片段种内变异率都远小于种间变异率,4个片段都不存在明显的条形码间距,单一片段鉴定效率仅在47%~63%,而片段组合中,双片段组合ITS+ycf1具有最高的分辨率(达到79%),与3片段组合ITS+ETS+ycf1及4片段组合(ITS+ETS+ycf1+psb A-trn H)鉴定率相同,且能成功鉴定中药黄连的原植物,即三角叶黄连(C.deltoidea)、云南黄连(C.teeta)和黄连(C.chinensis)。因此,笔者建议将ITS+ycf1序列组合作为中药黄连鉴定的标准条形码。     

杨树萤叶甲DNA条形码研究

[目的]杨树萤叶甲(杨毛臀萤叶甲)(Agelastica alni orientalis Baly)主要分布于新疆,是杨、柳及苹果等林果的重要食叶害虫,对作物的严重危害期通常在幼虫期,难以对此做出准确鉴定.运用DNA条形码技术可以对害虫各龄期的标本进行快速和准确的鉴定.[方法]通过提取杨树萤叶甲的基因组DNA,以线粒体细胞色素氧化酶(COⅠ)基因作为通用引物进行PCR扩增,最后获得准确的碱基序列作为杨树萤叶甲的DNA条形码.[结果]根据杨树萤叶甲在不同龄期的DNA序列一致的原理,运用DNA条形码研究技术,获得了杨树萤叶甲成虫和三龄幼虫的CO Ⅰ基因序列,并进行了序列分析.结果显示相似性最高可达97.74;.获得的序列可以用于对杨树萤叶甲的禄步鉴定.[结论]DNA条形码技术可简单、快速、准确的鉴定不同龄期杨树萤叶甲的标本,为及时采取害虫防治措施提供基础数据.     

不同枸杞园枸杞木虱种群数量季节性变化规律研究

对伊宁市喀尔敦乡2种不同果园调查地内枸杞树上的枸杞木虱种群数量进行了定点定期观察统计,并研究了枸杞木虱卵在枸杞树冠不同方向的分布特征。结果表明:生态健康果园枸杞木虱发生量明显低于普通果园枸杞木虱发生量,在枸杞树冠的东、西、南、北4个方向中,枸杞木虱卵在树冠南侧的分布数量最多,与其他方向的数量分布间显著差异。研究认为,对枸杞木虱卵实施田间种群控制时,应以枸杞树冠的南侧作为重点防治区域。     

稻褐飞虱田间种群不同世代致害性检测

测定了稻褐飞虱广西田间种群(F1)以及田间种群在室内感虫品种TN1苗上连续繁殖两代(F2和F3)的致害性。结果发现，F1代以生物型2为主，R代中生物型1和生物型3个体占优势，R代以生物型3及其它生物型为主。不同的接虫顺序对鉴定结果无明显影响。     

刺猬紫檀木材DNA条形码鉴定研究

该文以采自不同产地的刺猬紫檀木材为研究对象,提取并扩增核ITS2、叶绿体mat K基因及叶绿体基因间隔序列ndhF-rpl32,采用BLAST和NJ树法评价不同DNA条形码候选序列的鉴定能力。结果表明,ITS2序列具有最高的扩增和测序效率,ITS2序列的平均种间遗传距离也明显高于种内遗传距离。ITS2序列可以将刺猬紫檀木材与其他同属近缘紫檀属树种木材区分开来。     

植物DNA条形码研究现状及应用前景

生物DNA条形码已成为近年来生物学研究的热点,该技术在动物研究中已得到广泛应用,在植物中研究进展缓慢,植物DNA条形码筛选区域主要集中在叶绿体和核糖体内转录间隔区(ITS),目前还未获得广泛认同的植物DNA条形码。本文主要综述了不同单片段条形码及组合条形码的研究及应用现状,并展望了植物DNA条形码应用前景。     

动物性中药材地龙DNA条形码初步研究

利用通用引物对中药材地龙的COI、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙CO Ⅰ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析.结果显示:(1) 中 药材地龙CO Ⅰ片断的长度为682 bp.其中变异位点(SNP多态位点)有179个,多态位点约占片断总长的26％.碱基A+T的含量为58.8％、G+C的含量为41.2％.16S rDNA片断的长度为503 bp.其中变异位点有70个,多态位点约占片断总长的14％,碱基A+T的含量为62.4％、G+C的含量为37.6％;(2)获得CO Ⅰ序列的登录号为HQ405769-HQ405776,16s rDNA序列的登录号为HQ405777 -HQ405783;(3)中药材地龙DNA中CO Ⅰ序列的基因多态性比16S rDNA序列更显著,适合做为中药材地龙的DNA条形码.     

抗虫棉田主要生物种群变化规律研究

采取系统监测与大田普查相结合的方法,连续对1998～1999年常规棉田及2000～2001年抗虫棉田生物种群的发生消长情况进行调查.通过对比分析,掌握抗虫棉田主要生物种群变化规律,并分析变化原因,提出今后抗虫棉田害虫防治对策.     

线粒体DNA的研究与应用

国内外对线粒体DNA（MtDNA)进行了大量的研究，取得了丰硕的成果，但仍有很多问题值得进一步的研究和探索。本文就线粒体研究的热点，简要介绍线粒体DNA的结构、功能、遗传特性、线粒体基因与核基因组的相互关系，同时概述线粒体基因组的进化及其在真菌的系统分类学应用中所取得的一些进展。对未来线粒体DNA的研究提出了一些看法。     

荆江麻鸭异地保种条件下不同世代相关性能的跟踪研究

本研究分析了不同世代荆江麻鸭生产性能、繁殖性能以及蛋品质.结果表明,荆江麻鸭各世代间性能差异不显著,具有良好的适应性,综合性能俱佳,达到了基因库保种要求,为基因库水禽品种的开发选育及保存提供了参考依据.     

基于水稻线粒体atp6基因的稻属CMS基因起源及DNA条形码的研究

【目的】探讨亚洲栽培稻CMS基因起源及水稻线粒体atp6特异性引物作为稻属DNA条形码标记的应用。【方法】用水稻atp6特异性引物通过PCR检测产于中国的4种水稻,共720个个体,并对111个个体测序。【结果】普通野生稻和亚洲栽培稻中均检测到atp6保守序列。药用野生稻中没检测到扩增产物。疣粒野生稻中检测到的5个单倍型间共计17个变异位点。澜沧、普洱、勐海居群共同拥有H1,单倍型H2、H3、H4和H5分别为新平、墨江、保亭和崖城居群特有。云南组和海南组,组内平均遗传距离为0,组间为0.02;组间遗传分化系数Fst为92.08%;变异位点数(S)、单倍型数(h)、核苷酸多样性(Pi)均显示:云南组(4、3、0.002 01)遗传多样性大于海南组(1、2、0.001 31);云南组单倍型多样性Hd为0.6,海南组为1。5个单倍型与水稻atp6保守序列的相似度最高为45.19%。最大似然法ML进化树显示:澜沧、普洱及勐海一带可能是疣粒野生稻的起源地,海南疣粒野生稻可能源自大陆。【结论】水稻atp6特异性引物可作为疣粒野生稻种内条形码标记,该标记也可区分普通野生稻、药用野生稻和疣粒野生稻。从线粒体DNA角度证实亚洲栽培稻CMS基因源自普通野生稻。     

基于线粒体nad1 intron 2序列的金钗石斛和混淆品亲缘关系及DNA条形码研究

为了建立简便、重复性高的金钗石斛的分子鉴别方法,对金钗石斛及其混淆品的亲缘关系进行分析并构建稳定的序列条形码分析,根据金钗石斛及其混淆品的nad1 intron 2序列,寻找其中存在的特异性位点并设计特异性鉴别引物,运用Mega 5. 0等软件进行遗传关系分析并构建系统进化树。根据序列中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点及特异性鉴别引物,可在53℃的复性条件下扩增得到约400 bp的条带,将金钗石斛与其混淆品成功分开;构建的UPGMA树可以将金钗石斛及其混淆品鉴别开。SNP位点及位点特异性PCR具有高效、准确、省时的特点,有广泛的应用前景。同时,通过nad1基因第2内含子可以分析正品与混淆品之间的亲缘关系并成功构建物种分析的条形码序列,为石斛药材的鉴别提供了可靠的科学依据,也为构建更完整的DNA barcoding(DNA条形码)数据库奠定基础。