利用微卫星标记分析云南省10个山羊品种的遗传多样性

本研究应用微卫星标记技术,选取15个微卫星位点分析云南省10个地方山羊品种(弥勒红骨山羊、圭山山羊、马关无角山羊、师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊)以及参照群波尔山羊的遗传多样性及遗传关系。结果表明:除MCM200外,其他14个微卫星位点均属于高度多态位点;11个群体观测杂合度值(0.573～0.692)、期望杂合度值(0.608～0.696)、平均多态信息含量(0.562～0.655)均大于0.5,表明群体遗传多样性丰富;群体间遗传变异系数为0.112,处于中等以下分化程度,群体近交系数均为正值(除马关无角山羊),表明云南省地方山羊品种内都存在不同程度的近交;群体间的基因流大于1,说明品种间存在着一定程度的基因交流;基于Nei氏遗传距离计算和UPGMA聚类分析,波尔山羊与10个云南地方山羊品种亲缘关系较远,单独为一支;10个云南地方山羊品种分为2个类群,弥勒红骨山羊、圭山山羊和马关无角山羊聚为一支,师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊聚为一支。     

山西地方山羊品种遗传多样性的微卫星分析

(目的)文章宗旨是了解山西省地方山羊品种的遗传多样性,为种质资源保护和利用提供参考依据.(方法)利用5个微卫星标记分析山西省4个地方山羊品种的遗传多样性,基于等位基因组成及频率,运用群体遗传统计软件进行分析.并依据标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树.(结果)4个地方山羊品种共检测到等位基因(Na)67个,平均有效等位基因数(Ne)为4.94～6.05个,平均多态信息含量(PIC)在0.705 3～0.798 2之间,平均遗传杂合度(H)在0.759 2～0.831 6之间;4个地方山羊品种间遗传分化系数0.046 1,黎城青山羊与阳城白山羊先聚在一起,再与吕梁黑山羊聚在一起,最后与洪洞奶山羊聚在一起形成一类.(结论)结果表明山西省4个地方山羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小.选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为山西省地方山羊品种遗传多样性评估,也可作为有效遗传标记用于山羊品种遗传多样性和系统发生关系分析.4个地方山羊品种分子系统发生关系与其地理位置、生产特性相一致.     

贵州地方山羊品种遗传背景的微卫星分析

用15个牛微卫星位点,以波尔山羊为对照,研究了4个贵州地方山羊品种(贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊、榕江小香羊)的遗传背景。结果:可分析的多态位点6个(BM1258、D1S104、ILSTS030、INRA063、INRABERN192、RM088),占40%(6/15),反应了牛微卫星位点与山羊有较高同源性;贵州地方山羊品种比波尔山羊具有较高的遗传多样性,高低顺序是贵州白山羊>贵州黑山羊>黔北麻羊>榕江小香羊>波尔山羊;群体遗传分化大,群体变异主要存在于品种内,而品种间的变异较小;贵州白山羊与贵州黑山羊遗传距离最近,其次是榕江小香羊、黔北麻羊,与波尔山羊遗传距离最远,这与它们的地理分布及品种形成相符。     

中部地区家养山羊线粒体遗传多样性与母系起源研究

为了解中国中部地区家养山羊遗传多样性及其起源分化,以中部地区伏牛白山羊、槐山羊、济宁青山羊、太行黑山羊和尧山白山羊为研究对象,对线粒体D-loop区遗传多样性及山羊母系起源进行研究,结果共发现140个突变位点,共定义63个单倍型。遗传多样性分析表明5个山羊品种总单倍型多样度(Hd=0.965±0.004)和核苷酸多样度(Pi=0.013 88±0.000 66)较高。系统发育树结果表明5个山羊品种母系起源为捻角野山羊,且大部分个体(89.65%)来源于支系A,少数个体(10.35%)来源于支系B。遗传距离分析结果表明,5个品种间遗传距离为0.013 6～0.018 8,未达到亚种间遗传距离。品种间遗传分化系数Fst为0.016 6～0.169 3,伏牛白山羊与尧山白山羊和太行黑山羊间Fst达到明显分化程度,其他品种间均为中度分化或分化程度很弱,说明品种间存在基因交流,与基因流(Nm=3.92)和遗传距离结果一致。中性检验结果表明伏牛白山羊、济宁青山羊和太行黑山羊近期经历过瓶颈效应,槐山羊和尧山白山羊符合动态平衡。本研究为进一步了解中国中部地区山羊起源分化以及遗传多样性提供理论支持,并为...     

我国6个绵(山)羊群体遗传分化的微卫星分析

为进一步了解我国绵(山)羊群体的品种特性及其遗传分化,本文利用微卫星标记对我国6个绵(山)羊群体遗传分化进行了分析。采用中心产区典型群随机抽样方法用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测乌珠穆沁羊7个微卫星位点,并引用同实验室小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊、长江三角洲白山羊(参照群体)的相关资料进行群体遗传分化水平分析。研究表明:7个微卫星位点在乌珠穆沁羊、小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊、山羊这6个品种中均存在遗传多态性,各座位等位基因均较丰富。根据标准遗传距离、DA遗传距离以及模糊相容关系进行聚类分析,湖羊与同羊首先聚为一类,乌珠穆沁羊和小尾寒羊聚为一类,然后与滩羊聚为一类,5个绵羊品种最后与山羊相聚。     

中国9个地方山羊品种的遗传多样性和群体结构分析

采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的数据库中选取的16对微卫星引物对中国9个地方山羊品种和1个引进品种(波尔山羊)的遗传多样性及群体结构进行分析。结果表明,在15个微卫星位点上共检测到159个等位基因;9个地方山羊品种的Fst值为89.5%,说明89.5%的遗传变异存在于品种内,而10.5%的遗传变异存在于品种间;依据Da遗传距离构建UPGMA系统发生树,表明波尔山羊分开独自聚为一类,9个地方山羊品种分为两类;采用Structure软件对10个山羊品种的群体结构进行分析,可以将其分为4组。所得到的群体关系同聚类图得到的结果基本一致。     

用5个微卫星标记分析四川7个地方山羊品种的遗传关系

选用5个微卫星标记对四川7个地方山羊品种(类群)进行了遗传关系分析。结果表明:5个微卫星标记检测到的等位基因数从1～7个不等,平均多态信息含量为0.537～0.716,其中ILSTS004、ILSTS030、McM038和OarFCB011这4个基因座位为高度多态性基因座,CSSM004为中度多态基因座,都能较好地用于山羊群体间的遗传多样性分析。7个山羊群体的平均多态信息含量为0.601～0.696,群体平均杂合度为0.530～0.655,群体间的遗传分化系数为0.1167,表明7个地方山羊群体的遗传多样性较为丰富。群体间的Nei氏遗传距离为0.0822～0.7240,以Nei氏遗传距离为基础构建的系统聚类树表明,藏山羊、建昌黑山羊、成都麻羊和北川白山羊聚为一大类,第2类为乐至黑山羊和金堂黑山羊,最后简阳大耳羊单独成一类。     

4个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

文章宗旨是(目的)研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据.(方法)利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率,进行群体遗传统计分析.基于品种间标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树.(结果)4个地方绵羊品种共检测到70.0个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10.0～18.0之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81～5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.615 2～0.737 3,平均遗传杂合度(H)为0.671 1～0.782 0;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.084 7,标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊都为最大(0.577 5,0.612 6),小尾寒羊与乌珠穆沁羊都为最小(0.154 2,0.195 5),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类.(结论)结果表明4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化.选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析.各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布(相)基本一致.     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

波尔山羊和山西省地方山羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

（方法）利用5个微卫星标记对山西省5个山羊品种遗传多态性进行分析,（目的）以预测波尔山羊与地方山羊品种的杂种优势,为山西省肉用山羊新品种培育及波尔山羊在山西省合理杂交利用提供理论依据。（结果）5个山羊品种共检测到70．0个等位基因,各位点的等位基因数在9．0～21．0之间;经群体遗传统计分析,5个山羊品种平均有效等位基因数4．94～6．05个,平均多态信息含量0．7053～0．7982,平均基因杂合度0．7592～0．8316。5个山羊品种间遗传分化系数0．0607;波尔山羊与吕梁黑山羊的标准遗传距离最大（0．5083）,其余依次为阳城白山羊（0．4474）、洪洞奶山羊（0．4332）、黎城大青羊（0．3301）。（结论）5个微卫星位点均为高度多态位点,可用于5个山羊品种遗传多样性评估;5个山羊品种在5个微卫星位点多态性丰富,遗传变异大,品种间遗传分化小。据品种间遗传距离推测,波尔山羊与吕梁黑山羊的杂种优势最大,与阳城白山羊和洪洞奶山羊的杂种优势次之,与黎城大青羊的杂种优势最小。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

利用9个微卫星标记分析海门山羊和徐淮山羊的遗传多样性

本研究以海门山羊和徐淮山羊为研究对象,应用微卫星标记技术检测这2个山羊品种的遗传结构,并通过与其他地方山羊品种的比较研究,分析了9个微卫星位点(DRBP1、SPS113、OARAE54、MAF209、SRCRSP3、ILSTS087、MAF065、SRCRSP8、ETH10)在这2个品种群体内的遗传变异,包括多态信息含量(PIC)、等位基因频率(AF)、群体杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、等位基因丰度(AR)等。结果表明:所选择的9种微卫星标记在这2种山羊群体上没有表现丰富的多态信息含量,而且变异程度不高。其中,海门山羊、徐淮山羊的平均有效等位基因数分别为2.5179、2.5106;平均多态信息含量分别为0.3110、0.4115;平均等位基因丰度为3.2222、3.5556。海门山羊和徐淮山羊遗传多样性目前不够丰富,急需做好品种遗传资源保护和纯种群体扩繁和提纯复壮恢复工作。     

山羊品种遗传多样性的分析

利用6个微卫星标记对中西部7个山羊品种(陕南白山羊、陕北白绒山羊、西农萨能羊、关中奶山羊、太行山羊、黄淮山羊、伏牛山羊)共计322个个体进行了遗传多样性检测,并根据Nei氏遗传距离进行了聚类分析。结果表明:6个微卫星标记在这7个品种中存在高度多态性;陕北白绒山羊的遗传变异程度最大,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.8401和0.8244;而关中奶山羊的遗传变异程度相对较小,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.7990和0.7784。UPGMA聚类分析表明,黄淮山羊和伏牛山羊聚为一类,陕南白山羊,太行山羊,陕北白绒山羊依次加入,西农萨能羊和关中奶山羊作为一类最后加入。     

西南地区5个山羊遗传新资源的遗传多样性和亲缘关系分析

为研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及这5个山羊遗传新资源与其他羊种的亲缘关系,研究扩增了山羊的mtDNA D-loop序列并测序,对序列进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区5个新的山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊,渝东黑山羊平均多态位点和遗传多样性在5个羊种中最低。从亲缘关系来看,酉州乌羊和渝东黑山羊与板角山羊亲缘关系近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。研究认为,渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯。     

甘肃地方绵羊品种微卫星遗传多样性与系统发育分析

通过对甘肃省6个地方绵羊品种(240只个体)15个微卫星座位的等位基因的研究,结果共发现了179个等位基因。其中在藏羊中发现的等位基因数最多(136个),兰州大尾羊最少(94个)。多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度的数据表明:在研究的6个绵羊品种中藏羊和甘肃高山细毛羊的遗传多样性较丰富,而兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊的遗传多样性较低。DA遗传距离和D s遗传距离构建的NJ系统发育树均表明:兰州大尾羊、蒙古羊和滩羊具有较近的亲缘关系,预示这3个品种可能具有相同的原始祖先。而甘肃高山细毛羊与其他5个甘肃地方品种的遗传距离较远,另为一类。     

长江中下游以及东南沿海的7个山羊群体的遗传多样性分析

利用23个微卫星标记对宜昌白山羊、马头山羊、湘东黑山羊、福清山羊、戴云山羊、黄淮山羊、长江三角洲白山羊等7个山羊群体进行了遗传多样性检测,结果显示:23个基因座中21个座位在所有群体中都具有多态性,基因座BM0203在各个群体中分别为纯合基因座,但存在群体间变异,基因座BM6444在湘东黑山羊、宜昌白山羊群体中为单态,但在其他群体都存在多个等位基因。总群体基因杂合度为0.819 0,7个群体PIC平均值在0.630 5~0.691 9之间。根据Nei氏遗传距离用UPGMA方法对7个群体进行亲缘关系聚类,马头山羊和湘东黑山羊首先聚为一类,福清山羊、戴云山羊、长江三角洲白山羊、黄淮山羊再和前者依次聚类,最后,宜昌白山羊和它们整个聚为一类。     

云南肉山羊黑色品系遗传结构的微卫星分析

应用微卫星技术对云南肉山羊黑色品系两个群体(石林群体和寻甸群体)、两个育种素材(云岭黑山羊和努比山羊)及对照群(萨能奶山羊)基因组DNA进行了11个微卫星位点多态性分析,以期为云南肉山羊黑色品系的选育提高及开发利用提供依据.结果表明:各群体平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)均在0.5以上,表明5个研究群体遗传多样性丰富,其中云南肉山羊黑色品系石林群体He和PIC值在5个群体中居最高,表明这个群体遗传多样性最为丰富;遗传分化的研究表明云南肉山羊黑色品系石林群体与寻甸群体之间存在着最大的基因流(Nm=18.981)、最高的遗传一致度(0.906)、最小的遗传分化系数(Fst=0.013)及最小的遗传距离(0.099),UPGMA聚类图也显示二者最后聚为一支,说明二者遗传结构基本一致,可归为同一类群体;UPGMA聚类图还显示云南肉山羊黑色品系两个群体(石林与寻甸)与育种素材努比山羊关系最近,与另一育种素材云岭黑山羊关系稍远,而与对照群萨能奶山羊的关系最远,分属于不同的两个分支.     

4个地方绵羊品种系统发生关系的微卫星分析

试验旨在研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据。利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析;基于品种间标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树。4个地方绵羊品种共检测到70个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10~18之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81~5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.6152~0.7373,平均遗传杂合度(H)为0.6711~0.7820;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.0847,标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊为最大(0.5775、0.6126),小尾寒羊与乌珠穆沁羊为最小(0.1542、0.1955),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类。结果表明,4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化。选择的5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析。各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布基本一致。     

特克塞尔羊和地方绵羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

文章宗旨是利用5个微卫星标记分析5个绵羊品种的遗传结构变异,了解特克塞尔羊和地方绵羊品种的遗传多样性及亲缘关系,以期为种质资源合理利用和保护提供理论依据.根据5个绵羊品种在5个微卫星位点的等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析.5个微卫星座位在5个绵羊品种中共检测到78.0个等位基因,各位点的等位基因数(Na)11.0～19.0个;5个绵羊品种平均多态信息含量(PIG)为0.615 2～0.7373,平均基因杂合度(He)为0.671 1～0.7820.特克塞尔羊与晋中绵羊的标准遗传距离(DS)为最大(1.6668),其余依次为广灵大尾羊(1.3062)、小尾寒羊(1.095 9)、乌珠穆沁羊(0.8308).表明5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种的遗传多样性及品种间遗传关系分析;5个绵羊品种在5个微卫星位点遗传变异大、多态性丰富.据DS推测,特克塞尔羊(Texel)与晋中绵羊(Jinzhong sheep)杂交可望获得较大的杂种优势,与广灵大尾羊(Guangling Large-tailed sheep)、小尾寒羊(Small-tailed Han sheep)的杂种优势次之,与乌珠穆沁羊(U jumqin sheep)杂种优势稍小.