李RAPD扩增片段的不同电泳检测及其序列特征分析

[目的]为更好地将随机扩增多态（RAPD）技术应用于李品种资源鉴定及遗传基础的研究提供理论依据。[方法]以16个李品种为材料,分别使用琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）对RAPD的PCR扩增产物进行电泳检测,并对检测效果进行比较。[结果]PAGE电泳检测出的谱带总数量以及多态性谱带的数量均高于琼脂糖凝胶。根据2种电泳系统获得的标记信息构建了2张树状聚类图,2张聚类图的聚类情况基本一致。通过对随机挑选的23个片段进行克隆与测序,结果发现23个片段都是对应引物的RAPD扩增产物。其中有4条是编码蛋白的基因片段,说明RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时可以扩增编码蛋白的基因片段。[结论]RAPD不仅能扩增基因组上的非蛋白编码序列,而且还可以扩增编码蛋白的基因片段,是能够较全面反映基因组序列信息理想的DNA标记技术。     

桃RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特征分析

以16个桃品种为试验材料,选用11个碱基引物以及严格筛选PCR退火温度的RAPD技术,对琼脂糖凝胶及聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的RAPD、PCR扩增产物进行比较.结果表明,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测出的总谱带及多态性谱带数均高于琼脂糖凝胶,前者不存在或少存在共迁移性的现象.随机选取19个片段,发现其中有6条是编码蛋白的基因片段,说明RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时可扩增编码蛋白的基因片段,能够较全面客观地反映不同桃品种遗传上的差异.     

梅花RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特征分析

为更好地将RAPD技术应用于梅花品种资源的鉴定以及遗传基础的研究,以16个梅花品种为实验材料,对琼脂糖凝胶电泳以及聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测RAPD的PCR扩增产物的效果进行了比较,结果表明PAGE检测出谱带的总数量以及多态性谱带的数量均高于前者。根据2种电泳系统获得的标记信息构建的树状聚类图表明,PAGE检测的结果与传统梅花的分类情况完全一致。通过对随机挑选的25个片段进行克隆与测序的结果发现,25个片段都是对应引物的RAPD扩增产物。其中有4条是编码蛋白的基因片段,说明RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,而且可以扩增编码蛋白的基因片段。     

梨RAPD扩增产物两种凝胶电泳指纹特点及其序列分析

尽管RAPD技术已经应用于梨种质资源遗传多样性研究,但是尚没有对11个碱基引物的RAPD优化技术在梨品种鉴定方面的深入研究,也缺乏对梨RAPD的PCR产物特点进行分析的报道。鉴于此,该实验首次开展了选用11个碱基引物的RAPD鉴定梨品种上的研究,并对PCR扩增产物的琼脂糖凝胶以及聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳的指纹图谱加以比较分析。结果表明PAGE电泳检测出的谱带的总数量以及多态性谱带的数量均高于前者。两种电泳指纹标记资料进行梨品种聚类的结果存在一定差异。通过对随机挑取的21个片段进行克隆与测序分析,结果发现21个片段都是对应RAPD引物的扩增产物,其中3条为编码蛋白序列,18条为非编码蛋白序列。     

杏RAPD两种凝胶电泳指纹特点及PCR扩增片段的序列分析

为更好地将RAPD技术应用于杏品种资源鉴定及遗传基础的研究,文章首次在选用11碱基长度引物的优化技术体系基础上,分别使用两种凝胶对16个杏品种RAPD的PCR扩增产物进行电泳检测与DNA指纹比较。结果表明,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测出的谱带总数量以及多态性谱带的数量均高于琼脂糖凝胶,前者不存在或很少存在共迁移性的现象。根据两种电泳系统获得的标记信息对16个杏品种的遗传关系的分析发现,两者聚类结果存在一定差异。以此,提出了科学利用两种电泳的RAPD标记技术的策略。对随机挑选的24个片段进行克隆与测序,结果发现24个片段都是对应引物的RAPD扩增产物。在不同的11条序列中有3条是编码蛋白的基因片段,说明了RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时可以扩增编码蛋白的基因片段,能够较全面客观地反映不同杏品种间遗传上的差异。     

核桃RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特点

1.3%琼脂糖凝胶和5%聚丙烯酰胺凝胶电泳对核桃RAPD扩增产物检测的结果表明,5%聚丙烯酰胺凝胶对RAPD扩增产物的分离效果较1.3%琼脂糖凝胶好。根据两者的电泳结果构建了树状聚类图,聚类结果大致相同,两种电泳方法都能正确地反映出品种间的遗传关系。通过挑选20个片段进行克隆,发现20条序列都来自核桃基因组。其中,编码蛋白基因的序列为5条,占所克隆片段的25%。     

猪微卫星多态性两种检测方法的比较研究

 为了确定一种安全、有效的检测猪微卫星多态性的实验方法,采用两种电泳和两种染色方法对大白猪基因组DNA进行了6个微卫星座位的PCR扩增,并将扩增产物在2.5%的琼脂糖凝胶上电泳,EB染色,然后又在8%的聚丙烯酰胺凝胶上电泳,AgNO₃染色。结果表明两种方法检测出的等位基因数目和基因多态性水平存在差异,8%的聚丙烯酰胺凝胶电泳在区分微小差异片段能力上明显优于2.5%的琼脂糖凝胶电泳。     

云南地方稻种抗稻瘟病基因Pi-d(t)的SSR检测及鉴定

用与稻瘟病抗性基因Pi-d(t)紧密连锁的SSR标记引物RM262对云南地方核心稻种中的167个水稻品种(系)的抗稻瘟病基因Pi-d(t)进行检测。PCR扩增产物通过8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果显示扩增产物存在明显的多态,可分辨出4种带型;扩增产物在4%琼脂糖凝胶上只表现2种带型。选取17个品种(系)于温室接种致病菌系ZB13进行鉴定,确定PCR扩增片段大小(主带)约140和145 bp的水稻品种(系)不含Pi-d(t)基因,而扩增产物大小(主带)约150和155 bp的水稻品种(系)含有Pi-d(t)基因。实验明确了Pi-d(t)基因在云南地方核心稻种及其籼粳亚种中的分布情况,可为抗病育种和稻瘟病的防治提供理论依据。     

云南地方核心稻种抗稻瘟病基因Pi-d(t)的SSR检测及鉴定

用与稻瘟病抗性基因Pi-d(t)紧密连锁的SSR标记引物RM262对云南地方核心稻种中的167个水稻品种(系)的抗稻瘟病基因Pi-d(t)进行检测.PCR扩增产物通过8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果显示扩增产物存在明显的多态,可分辨出4型;扩增产物在4%琼脂糖凝胶上只表现两种带型.选取17个品种(系)于温室接种致病菌系ZB13进行鉴定,确定PCR扩增片段大小(主带)约140p和145p的水稻品种(系)不含Pi-d(t)基因,而扩增产物大小(主带)约150p和155p的水稻品种(系)含有Pi-d(t)基因.实验明确了Pi-d(t)基因在云南地方核心稻种及其籼粳亚种中的分布情况,可为抗病育种和稻瘟病的防治提供理论依据.     

黔湘渝4个山羊品种亲缘关系的RAPD分析

用扩增猪基因组筛选得到的40条多态引物对小香羊,马头山羊,川东白山羊和南江黄羊4个品种进行RAPD分析,扩增产物以1．5％琼脂糖凝胶（含0．5μg/ml溴化乙锭）电泳分离,结果有28条引物扩增出多态性谱带。并用Nei氏公式计算品种间的遗传距离指数,NJ法构建系统聚类图。结果表明,川东白山羊和南江黄羊之间的遗传距离指数较小,亲缘关系较近,而小香羊与各山羊品种间的遗传距离指数都较大,亲缘关系较远。     

WHBE兔遗传特异性的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA技术(RAPD)对WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔进行了遗传分析.用10个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增.根据电泳结果选用其中8个引物扩增的条带进行遗传分析,共检测到107条扩增片段,其中多态性片段32条,占29.91%,反映了家兔品系间的遗传变异.多态性统计分析表明,WHBE免和日本大耳白兔的遗传相似度最高,为0.7948.其中4个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出不同品系的特征条带,表明WHBE兔与日本大耳白兔和新西兰兔之间有遗传的相似性,也存在遗传差异.这些结果表明应用RAPD技术可以很好地检测家兔不同品系间以及同一品系不同个体间的亲缘关系.     

琼脂糖与聚丙烯酰胺凝胶电泳在SSR鉴定杂交油菜种子纯度中的比较

对3对候选引物SR85、SR332、SR407所扩增的秦优33杂交种及其父母亲本的DNA-SSR片段进行琼脂糖与聚丙烯酰胺凝胶电泳分离.两种电泳检测结果比较表明,(1)利用琼脂糖凝胶电泳分离后,3对候选引物对杂交种所扩增的SSR条带均为父母亲本条带的互补.其中引物SR332所获的两条互补条带的迁移率相差大,电泳图谱能清晰鉴别出父本、母本及杂种植株.引物SR85和SR407杂交种的互补条带迁移率相近,在鉴定中易出现人为误差.(2)利用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离后,引物SR332所扩增条带未能区别杂交种与父本植株.引物SR85和SR407对杂交种所扩增的条带均为父母亲本所扩增条带的互补,相互差异显著,条带清晰稳定.可见,琼脂糖与聚丙烯酰胺凝胶电泳都是SSR技术鉴定种子纯度的有效途径,种子纯度分析应根据区别材料的遗传关系和引物分析表现来选择不同的电泳介质.     

不同花色铁棒锤基因组DNA提取及遗传差异分析

利用RAPD-PCR技术对不同花色的铁棒锤植物进行遗传差异分析,旨在为今后铁棒锤的引种驯化及品种选育提供参考。采用CTAB法,从铁棒锤植物不同材料提取基因组DNA,用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度法检测所得总DNA的浓度和纯度,并用20条RAPD随机引物进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析。结果表明,CTAB法从铁棒锤的新鲜叶片及干燥种子中均可提取出基因组DNA,但前者DNA的质量好、产量高;有3条引物可以扩增出条带,其中,引物E68629的扩增产物清晰稳定,可用于铁棒锤遗传差异分析。RAPD分析结果表明,2种花色铁棒锤在分子水平上具有遗传学差异。     

DDK品系小鼠遗传特异性的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA技术(RAPD)对DDK,C57BL/6,BALB/c,KM,PWK 5个品系的小鼠进行了遗传分析.选用130个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增.根据电泳结果,其中31个引物扩增出明显的多态性条带,共检测到345条扩增片段,其中多态性片段277条,占80.3%,反映了5个品系间的遗传变异.多态性统计分析表明,C57BL/6与BALB/c之间的遗传距离指教为0.013 29,遗传关系最近;DDK与KM,C57BL/6遗传距离指数相似分别为0.014 73,0.0147 6,遗传关系较近,与PWK遗传距离指数为0.016 86,遗传关系最远.结果显示DDK品系小鼠与其他实验室品系之间有遗传的相似性,也存在差异.同时也证明了RAPD技术可以作为分子标记,很好地检测实验室近交系小鼠间的亲缘关系及其遗传特异性.     

RAPD分子标记技术用于实验兔品系鉴定的初探

本文选用新西兰白兔(New Zealand White Rabbit,NZWR)、青紫兰兔(Chinchilla Rabbit,CR)、日本白兔(Japanese White Rabbit,JWR)3个品系的血样提取基因组DNA,并应用随机引物扩增多态性DNA技术(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)进行遗传分析和比较。结果表明,使用随机引物PCR扩增后,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测共发现78个条带,其中多态性片段25条,占32.1%,从7套共140个随机引物中筛选出10个多态性较高的引物,包括BH9、AD1、BH11、AN12、AN14、O19、AD3、AD19、O4和O14。其中BH9、AD1扩增效果最好,扩增产物有较大的共性和较好的多态性,可作为实验兔品系鉴定的分子依据。日本白兔和新西兰兔片段共享度最高为0.8268,青紫兰兔和日本白兔最低为0.6190,统计结果显示RAPD标记多态性丰富,3品系的种内相似度大于种间相似度。该技术可用于实验兔的遗传检测。     

四川主栽小麦品种RAPD标记遗传差异研究

采用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ） 标记,对四川近５０ 年来年推广面积６－６７ 万ｈｍ２（１００万亩）以上的４０ 个小麦主栽品种遗传差异进行了初步探讨。结果表明,５５ 个随机引物中,有３２个引物（ 占５８－２％ ） 扩增产物具有多态性。３２ 个引物共扩增出１８５ 条带,其中９３ 条带（ 占５０％ ）具有多态性,每个引物可扩增出１ ～１１ 条多态性带,平均２－９ 条。４０ 个品种ＲＡＰＤ 标记遗传距离（ＧＤ） 变异为０－０１９ ～０－４７５ ,平均ＧＤ 值为０－２２１。聚类分析表明,在ＧＤ 值０－２３ 水平上,４０ 个品种可聚为５ 类。一些随机引物对有些品种能进行特异性扩增。引物ＯＰＮ１４ 对小麦１ＢＳ 扩增能产生特异性ＤＮＡ 片段,能完全鉴定出４０ 个供试品种中的９ 个１ＢＬ／１ＲＳ小麦－ 黑麦易位系品种。据此认为,ＲＡＰＤ标记可以作为小麦品种鉴定的指纹图谱。