藏绵羊DRB3基因第2外显子多态性分析

为了研究藏绵羊(Ovis aries)DRB3基因的多态性,确定其等位基因数、等位基因间的核苷酸多态位点、变异类型,以及分析各等位基因间的遗传关系和进化意义,研究采用PCR-SSCP方法检测了500只藏绵羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因.结果表明藏绵羊DRB3基因第2外显子表现了37个等位基因,37个单倍型序列分析发现82个核苷酸多态位点;37个单倍型序列与GenBank下载序列对比分析,结果表明35个DRB3的等位基因是本研究旨次发现;37个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势.研究认为藏绵羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;藏绵羊DRB3基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的.     

蒙古牛MHC—DRB3和DQB基因的PCR—RFLP多态性分析

采用限制性内切酶BstYI,HaeⅢ和TaqⅠ,RsaⅠ,HaeⅢ分别对蒙古牛BoLA-DRB3基因和DQB基因的第二外显子的PCR产物进行消化，结果表明二者均为多碱基突变；x^2适合性检验结果表明蒙古牛BoLA-DRB3的第二外显子的第70，182位的碱基以及DQB基因的第二外显子的第24，38，74，108，122，138，177位的碱基已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态。     

牛BoLA-DRB3基因多态性及其序列分析

BoLA-DRB3基因是主要组织相容性复合物(Major Histocompatibility Complex, MHC)基因家族中的Ⅱ类基因，它是该基因家族中最主要的功能基因，所编码的MHC抗原与免疫应答，与抗病性密切相关。其第2外显子是编码抗原的主要功能区。本试验采用PCR-RFLP方法对鲁西牛、南阳牛、晋南牛3个群体的DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析，检测到A、B和C 3个等位基因，出现6种基因型。χ2适合性检验结果表明鲁西牛和晋南牛在该酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05），而南阳牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.01）。结合测序，结果显示在DRB3基因第2外显子的第154、155、156和157位的碱基产生突变使得产生HaeⅢ酶切多态。序列比对后发现有13.70％的核苷酸发生突变，相对应有14.61％的氨基酸发生了替代。     

芸薹属作物油酸脱饱和酶基因（FAD2）拷贝数和序列变异分析

利用拟南芥(Arabidopsis thaliana)脂肪酸合成途径中的油酸脱饱和酶(FAD2)基因序列的保守区设计PCR引物，对芸薹属(Brassica)作物3个基本种和3个复合种进行了标记，并且克隆了白菜(B．rapa ssp．peldnensis)、甘蓝型油菜(B．napus)和埃塞俄比亚芥菜(B．carinata)三种作物的PCR产物，对FAD2基因部分序列进行了分析。研究结果表明，拟南芥和芸薹属作物基因组中具有1～2个拷贝的FAD2基因，所测定的芸薹属FAD2基因序列与拟南芥FAD2之间高度同源，它们所编码的氨基酸序列的同源性达88．7％～98．8％。这些序列与其它植物的FAD2对应位置的氨基酸序列同源性较低，从50．0％～86.0％。研究结果为探讨芸薹属作物之间的进化关系提供了一定的分子水平证据。     

牛ASCL2基因生物信息学分析

在人与小鼠中,ASCL2基因是一个母源表达的印记基因,在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测,为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明：这21种哺乳动物问的遗传距离小于0．536,且牛与猪遗传距离最小,为0．106,与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示,在牛中,该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示,启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内,此区域包括大量潜在转录因子结合位点,并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明,ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子,有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。     

牛BoLA-DRB3基因第2外显子多态性及其序列分析

BoLA-DRB3基因是牛主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)基因家族中的Ⅱ类基因,它是该基因家族中最主要的功能基因,所编码的MHC抗原与免疫应答和抗病性密切相关。其第2外显子编码抗原的主要功能区。实验采用PCR-RFLP方法对鲁西牛、南阳牛和晋南牛3个群体的BoLA-DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析,检测到A、B和C3个等位基因,出现6种基因型。χ2适合性检验结果表明,鲁西牛和晋南牛在HaeⅢ酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而南阳牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。结合测序,结果显示在BoLA-DRB3基因第2外显子的第154、155、156和157位的碱基产生突变使得产生HaeⅢ酶切多态。序列比对后发现有13.70%的核苷酸发生突变,相对应有14.61%的氨基酸发生了替代。     

牛Phlda2基因的组织表达及生物信息学分析

在人、鼠和猪中,Phlda2基因是一个母源表达的印记基因,编码一种胞浆蛋白,具有与血小板同源的结构域。在牛中,Phlda2基因的结构和功能还不清楚。本研究首先利用RT-PCR方法对Phlda2基因在牛组织中的表达进行了分析,进而采用生物信息学方法对牛Phlda2基因的分子进化、启动子及蛋白的高级结构进行了分析和预测。结果表明,Phlda2基因在牛的心、肝、脾、肺、肾、大脑、骨骼肌、皮下脂肪、卵巢和胎盘10个组织中均有表达。对包括人、小鼠、牛、猪、原鸡、非洲爪蝉、斑马鱼和袋鼠在内的8种动物Phlda2基因mRNA序列进化进行分析,发现这8种动物的遗传距离小于0.435,且牛和猪遗传距离最近,为0.148,与基因系统进化树分析的结果一致。牛Phlda2基因的启动子最可能位于该基因起始密码子上游487-737bp区域,包括20种转录因子结合位点。牛Phlda2基因编码亲水性蛋白,其二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主;蛋白三级结构包括一个由β片层和α-螺旋构成的血小板同源结构域（PH）。以上研究结果将为进一步研究Phlda2基因的功能和分析基因表达调控的分子机理奠定基础。     

荷斯坦牛DRA基因多态性及序列特征分析

为探讨荷斯坦牛DRA基因的多态性及序列特征,本研究采用基因组DNA混合池扩增并直接测序的方法对荷斯坦牛DRA基因编码区进行多态性分析,同时利用生物信息学方法预测DRA基因的理化特性及其编码蛋白的高级结构。结果表明,荷斯坦牛DRA基因编码区上有4个碱基突变,包含1个错义突变和3个同义突变。DRA基因共编码253个氨基酸,编码产物是一种稳定的不可溶蛋白,具有15个潜在的磷酸化位点,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。本研究结果为荷斯坦牛的疾病相关基因筛选和抗病分子育种提供了一定的理论依据。     

新疆褐牛weaver位点部分序列的克隆测序及分析

根据小鼠核苷酸序列合成引物,对新疆褐牛ｗｅａｖｅｒ位点２２８ｂｐ片段特异性扩增并克隆测序,同源性比较结果表明：新疆褐牛与小鼠相应核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为９１．２％和１００％。ＳＳＣＰ方法检测１９９头新疆褐牛未发现ｗｅａｖｅｒ突变。     

苏太猪SLA-DQB及DRB基因第2外显子多态性及其与繁殖性能的关联分析

采用PCR-RFLP技术对苏太猪SLA-DQB及DRB基因第2外显子PCR产物进行分析，结果表明：苏太猪SLA-DQB基因经RsaⅠ酶切后共产生3种等位基因，5种基因型；SLA-DRB基因经RsaⅠ酶切后共产生3种等位基因，4种基因型。χ2适合性检验表明，苏太猪SLA-DQB及DRB基因外显子2的RsaⅠ酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态。将SLA-DQB和DRB基因的基因型进行组合，共产生12种组合基因型，BBDF的第3胎繁殖性能总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶仔猪数显著高于组合基因型AADD、AADF、ABDD和CCDF（P＜0.05）。就繁殖性能而言，BBDF在群体中为最优秀的组合基因型。     

丝羽乌骨鸡MHC-B-LIIB(β1外元)序列多态性分析

本实验采用ＰＣＲ－ＲＦＬＰｓ的方法来研究丝羽乌骨鸡ＭＨＣ－Ｂ－ＬＩＩＢ（β１外元）序列的分子遗传多态性。实验证明：四种限制酶在Ｂ－ＬＩＩＢ（β１外元）的３０５ｂｐ片段上都存有多态位点。综合四种酶切情况，共检测到９种基因型。Ｘ＾２适合性检验表明：ＨｈａＩ、ＥｃｏＲＶ、ＸｂａＩ位点已经达到Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡状态（Ｐ〉０．０５）。而ＨａｅⅢ位点未能达到Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡状态。     

Allelic Variation at Glu-D1 Locus for High Molecular Weight (HMW) Glutenin Subunits: Quantification by Multistacking SDS-PAGE of Wheat Grown Under Nitrogen Fertilization

Two biotypes of an Australian wheat cultivar, Warigal, differing only in the Glu-D1 high molecular weight (HMW) glutenin subunits 5+10 and 2+12 were used in this study. The objective was to examine the effects of nitrogen fertilization and allelic variation at the Glu-D1 locus on the characteristics of glutenin polymers. Unreduced proteins containing the SDS-soluble glutenins and the other protein classes were analyzed by multistacking SDS-PAGE which separates the glutenin into six distinctly different-sized aggregates. The results showed that nitrogen fertilization significantly increased protein quantity, ratio of polymers to monomeric proteins, and sizes of SDS-soluble glutenins. Nitrogen fertilization affected the proportions of HMW subunits in both SDS-soluble and SDS-insoluble glutenin polymers and the ratio of x to y subunits in SDS-insoluble glutenin polymers. Nitrogen fertilization, however, did not cause a significant change in ratio of SDS-soluble to SDS-insoluble glutenins. SDS-insoluble glutenins had a greater ratio of HMW to LMW and x to y subunits, especially with a higher increase of 1Dx subunits, than SDS-soluble glutenins. The HMW/LMW subunit ratio and the x/y subunit ratio may be used to predict sizes of glutenin polymers. The biotype with 5+10 subunits had a greater x/y subunit ratio in the SDS-insoluble glutenins than the 2+12 type. A greater proportion of subunit 5 was formed than subunit 2 in the SDS-insoluble glutenin polymers. Both nitrogen fertilization and allelic variation at Glu-D1 loci could affect the characteristics of glutenin polymers.     

鸡MHC I α-生物素化序列融合基因的构建、表达及纯化

实验克隆了莱航鸡(Gallus gallus )MHC I α (BF2)(GenBank登陆号：AY989897)全基因，分析了其信号肽序列，构建了缺失信号肽且拼接了BirA底物肽序列(BSP)的融合蛋白重组表达载体pET-BF2-BSP，在大肠杆菌(Escherichia coli )中得到表达，并优化了诱导剂浓度、起始诱导菌体浓度及诱导时间等表达条件。SDS-PAGE分析结果表明所得融合目的蛋白约为40 kD，Western-blot结果显示该重组蛋白成功融合了6×His标签；pET-BF2-BSP最优化表达条件分别为：菌体起始诱导浓度OD600nm 0.8~1.2，IPTG诱导浓度1.1 mmol/L，诱导时间2~4 h；建立了该重组蛋白变性状态下通过镍柱亲和层析纯化包涵体的方法。实验获得了高纯度的在体外构建鸡MHC-肽四聚体所需的重组蛋白BF2-BSP。     

三黄鸡主要组织相容性复合体Ⅰ和β2微球蛋白cDNA分子克隆与多态性分析

克隆了13羽三黄鸡主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex，MUG）B区域主要表达基因座B—FⅣ（B—FSⅣ）和β2微球蛋白（β2m—S）cDNA，阐述了其分子特征与等位基因多态性。B—FSⅣ相互间氨基酸同源率为82．0％～99．2％，都保留了人HLA—A2与抗原多肽结合的7个关键性氨基酸。与来航鸡B—FⅣ比较，B—FSⅣ抗原多肽结合区（α1和α2区域，PBD）仅有12个高置换率位点，其中，9位和113位置换率大于或等于8；其氨基酸置换的位点数小于来航鸡B—FⅣ。根据遗传距离，将B—FSⅣα1区聚类为5个系谱（A～E）。比较发现B-FS07的α2区与抗马立克氏病的B—F21同源率高达91．2％，B-FS01的α1区与抗劳氏肉瘤病的B-F2同源率高达93．2％。另外，三黄鸡β2m与来航鸡β2m的同源率为81．2％～99．2％。结果揭示了三黄鸡MHC classⅠ和β2m cDNA均具有其品系特征。     

412元件插入引起的棒眼果蝇杂交后代scarlet基因突变分析

设计了6对引物对棒眼果蝇(Drosophilamelanogaster)Bar与野生型果蝇杂交所产生的亮红眼突变型果蝇stbr的scarlet基因进行了测序,结果在scarlet基因的第4外显子检测到了1个7.5kb的插入,进一步的测序证实此7.5kb插入为逆转座子412元件。在对棒眼果蝇和从日本引进的眼色突变品系st1果蝇的scarlet基因测序分析时也都检测到了412元件的插入,不同的是棒眼果蝇scarlet基因中412插入呈杂合型。对所有的412插入位点分析时发现,stbr果蝇的412元件以与scarlet基因转录一致的方向插入到了其第4外显子的1612th￣1613thbp之间,且412元件的5′长末端重复LTR区发生了450bp的缺失;st1果蝇的412元件则以与scarlet基因转录相反的方向插入到了其第4外显子的1722nd￣1723rdbp之间。