基于EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术分析广东2个历史名茶群体遗传多样性

利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术对罗坑和马图2个广东历史名茶茶树群体的共52份种质资源进行研究。结果表明:27对引物共检测到204个位点,平均每对引物检测7.56个位点,引物检测到的基因型数为11.22个;观测等位基因数为7.56,有效等位基因数为3.42;观测杂合度和期望杂合度平均值分别为0.55和0.66;多态性信息指数(PIC)平均值为0.61;反应遗传多样性的Shannon’s遗传信息指数为1.40。2个茶树群体的基因流Nm平均值为3.19,表明2个群体间在过去的某个时间可能有过基因交流,群体间遗传分化系数(Fst)的平均值为0.072 7;2个亲体的遗传多样性水平相近。依据Evanno统计模型分析可将52份茶树种质分为3个亚群,分别包含18、24、9份茶树种质资源,MT4种质没有明确的亚类特性。      

苎麻Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析

为了明确苎麻不同SSR的遗传差异性,利用Genomic-SSR与EST-SSR两种SSR标记对19个苎麻核心种质的遗传多样性进行分析。根据统计结果,Genomic-SSR平均检测到的观测等位基因数为3.4643、有效等位基因数为2.1982、Shannon多样性指数为0.8864、观测杂合度为0.5254、期望杂合度为0.5172;EST-SSR平均检测到的观测等位基因数为2.3333、有效等位基因数为1.9438、Shannon多样性指数为0.7120、观测杂合度为0.5128、期望杂合度为0.4778。Genomic-SSR和EST-SSR两种引物的有效等位基因数(Ne)和观测杂合度(Ho)差异不显著,Genomic-SSR的Shannon指数显著高于EST-SSR。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面,Genomic-SSR与EST-SSR均具有显著的遗传差异性,但是两种标记都能有效的鉴别不同基因型个体。Genomic-SSR可优先用于分子身份证、高密度遗传连锁图谱的构建和遗传多样性分析;EST-SSR用来研究苎麻近缘种间的遗传多样性、进化分析、连锁图谱和比较基因组学更有优越性。     

云南白莺山地区茶树遗传多样性研究

云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（H_E）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。     

基于EST-SSRs的巴西橡胶树魏克汉种质核心种质构建研究

橡胶树魏克汉种质是目前橡胶树栽培品种的主要来源,主要来源于魏克汉培育46株母树繁殖的后代,亲缘关系较近.通过对289份资源EST-SSRs分析及基于EST-SSRs位点的多样性,结合种质资源来源和特殊农艺性状,构建包含27份种质的橡胶树魏克汉种质核心种质库,占原群体10％,主要来源于中国(16份)和巴西(6份).核心种质库与原群体相比,总等位基因数保持不变,遗传多样性指数、多态信息含量、杂合度等高于原群体,基因型数目和主要等位基因频率较原群体低,较好地代表了原群体的遗传多样性.同时,核心种质农艺较为丰富,包含了高产、速生、抗寒等种质.     

5个国外玉米基本种质群体的同工酶遗传多样性分析

分析5个国外玉米基本种质群体在3个同工酶系统7个位点上的遗传变异。结果表明,5个国外玉米种质群体平均每个位点有1.8个等位基因,BSCB1和BS9中含有其他群体中没有的等位基因Est-4a和Per-3a;5个国外玉米种质群体平均多态性位点的比例为68.5%,预期杂合度为0.303,遗传距离为0.008～0.082,说明这5个群体遗传差异较大,具有较丰富的遗传多样性。     

梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记。研究结果如下：（1）17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.764 7个等位基因;（2）从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;（3）六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数（A）、基因型数、基因多样性（H）、多态性信息含量（PIC）分别为4.647 1、7.000 0、0.675 4、0.628 3,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;（4）聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间。综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础。     

火龙果主要商业品种SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析

为了准确鉴定火龙果主要商业品种和评估其遗传多样性,本研究利用20对火龙果SSR核心引物对58个火龙果品种进行遗传多样性分析,采用毛细管电泳技术进行多态性位点检测,共检测到116个多态位点,平均每个位点等位基因数（Na）为5.8个,有效等位基因数（Ne）为2.0519,观测杂合度（Ho）为0.3318,期望杂合度（He）为0.4603,多态性信息含量指数（PIC）为0.417。基于遗传相似系数聚类结果,将火龙果主要商业品种分为3大类群。依据20对SSR引物在58个品种中扩增的特异带型组合,选取其中9对引物采用引物-带型组合法构建了58个火龙果品种的指纹图谱,品种鉴定的置信概率几乎为100%。研究结果可为火龙果种质分类、品种鉴定和品种权保护提供重要的理论依据与技术支撑。     

基于SSR标记的55份清远野生茶树种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

遗传多样性分析是开展茶树种质资源聚类、茶树品种筛选和产品开发的重要基础，利用SSR分子标记技术从DNA水平首次对清远全市8个县（市、区）的55份本土野生茶树资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析评估。16对SSR引物共扩增出189个等位基因，每对引物为3～20个，平均11.812 5个；多态信息含量（PIC）在0.305 5～0.904 2之间，平均值为0.698 7；观测杂合度（Ho）在0.056 6～0.836 4之间，平均值为0.539 1；期望杂合度（He）在0.091 8～0.919 5之间，平均值为0.723 8;Shannon多样性指数（I）在0.221 8～2.635 6之间，平均值为1.796 8；按遗传距离0.53为阈值可将参试的55份资源分为7个类群。研究认为清远野生茶树资源间的遗传差异较大、遗传基础较宽，具有比较丰富的遗传多样性。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构

利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。     

应用低密度SNP芯片解析玉米遗传多样性

利用1K低密度SNP标记,对不同亚群的95份自交系材料进行群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系分析。结果表明,来自不同玉米亚群的95份自交系可划分为4个主要类群,符合血缘背景;主等位基因频率平均值为0.760 7,基因多样性平均值为0.317 8,杂合度观测值平均值为0.073 4,PIC值平均值为0.257 0。在1 249个SNP标记中,多态性较好的占比72.06%。基于GenoBaits的基因型鉴定技术可低成本且高效地解析种质的遗传背景和亲缘关系,为专、特用玉米分子标记辅助育种提供了可靠的技术依托。     

基于SSR分子标记的甜菜种质资源遗传多样性分析

为了探究多胚甜菜种质资源间的遗传多样性与亲缘关系。本文利用SSR分子标记对33份优良多胚甜菜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，37对SSR引物总共扩增出173条带，其中141条为多态性条带，多态占比为81.5%,平均每对引物扩增出4.68条带。平均每对引物扩增出的有效等位基因数为1.928 1,Shannon’s多样性指数为0.681 7,Nei’s期望杂合度为0.476 7,群体间遗传分化指数(Fst)为0.181 4,居群间基因流(Nm)为1.128 3。利用MEGA软件得出33份种质间的遗传距离介于0.111～0.398,平均为0.230。在遗传距离为0.150处时，可将参试材料分为两个亚群，其中32号(2B32)单独为一个亚群，其他的为一个亚群。研究结果表明本次参试群体间存在着一定程度的遗传分化，甜菜的遗传基础较狭窄，亲缘关系很近，通过本次研究了解了甜菜种质资源之间的遗传差异，为我国多胚甜菜种质资源评价利用及育种提供了理论基础。     

云南省不同地理位置水稻品种遗传多样性分析

在云南省的6个试验点收集了160个生产上使用的水稻(Oryzasativa)品种,用24对SSR引物对其进行遗传多样性分析,结果显示,24个标记都具有多态性,共检测到324个等位基因,每个多态位点检测到的等位基因数为7～20个,平均13.46个,总群体平均香农指数为2.0356,平均期望杂合度为0.8353。160个品种在相似系数0.101～0.996之间存在显著的遗传变异。AMOVA分析表明,水稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(54%),只有7%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占39%。各试验点水稻品种遗传多样性分布不均匀,由高到低依次为:永德>元阳>石屏>保山>玉溪>石林。本研究结果表明,云南省水稻品种具有丰富的遗传多样性,但不同地理位置的水稻品种遗传多样性差异较大,这也为有效进行水稻种质资源的收集保存和利用模式提供了理论基础。     

基于SSR标记的不同地理生态型野生大豆遗传多样性分析

为充分了解野生大豆的遗传进化特征,促进资源保护及高效利用,本研究利用29对SSR引物对6个不同地理生态型的126份野生大豆资源进行遗传多样性和遗传结构分析.结果 表明:共测到635个等位基因,平均等位基因数为21.897个,平均引物多态性信息含量为0.883,Shannon指数和预期杂合度分别为2.586和0.890....     

邵武的“碎铜茶”

据邵武“地名录”及《和平镇概况》记载,公元1924年前,邵武和平镇的“留仙峰”、“关心峰”寺庙周围有生产一种久负盛名,色、香、味俱佳,且与铜钱或铜板混合在嘴里咬嚼5～6分钟后,会将铜钱咬碎由此而得名的“碎铜茶”。当时农民以该茶治疗痞疾、肚痛、风湿痛、关节炎等疾痛,并有部分销往江西南昌一带,很受欢迎。笔者为探讨一碎铜茶”神秘,特于1996年10月初走访了“碎铜茶”产地──留仙峰,并对“碎锅茶”的产地环境、生态条件作了初步考察。为了证实“碎铜茶”功能,考察之间特向“留仙峰”吴某翁索取少量1996年春季加工的干毛条做…     

利用EST-SSRs标记分析巴西橡胶树魏克汉种质的遗传多样性及遗传分化

橡胶树魏克汉(Wickham)种质是指1976年英国人魏克汉在亚马逊河下游与塔帕若斯(Tapajos)河汇合处的博因(Boim)采集并培育46株母树繁殖的后代中选出的初生代及其后杂交的次生代至多生代栽培品种。本研究利用25对EST-SSRs引物,对中国热带农业科学院橡胶研究所国家橡胶树种质资源圃中保存的来自6个国家的278份魏克汉种质进行遗传多样性和遗传分化分析。种质总群体共检测出等位变异103个,平均等位基因数(Na)4.12个,稀有等位基因占全部等位基因的14.56%;平均期望杂合度(He)值和Nei平均多样性指数(H)值分别为0.4108和0.4100;聚类分析得到种质个体间的遗传距离(GD)为0~1.1632。不同国家种质群体间的遗传多样性指数(H)值:巴西斯里兰卡印度尼西亚中国马来西亚泰国,但经SPSS非参数检验表明6个国家群体之间的种质遗传多样性水平差异并不显著;不同国家种质群体间的遗传一致度(GI)为0.9812~0.9869,与中国种质的亲缘关系最近的是印度尼西亚、其次马来西亚、泰国、斯里兰卡、巴西;仅3%的遗传变异来源于不同国家种质群体间,不同国家种质间的平均基因流(Nm)为4.463,大而通畅的基因流是橡胶树6个国家群体间遗传分化水平很低的主要原因。研究结果表明,中国国家橡胶树种质资源圃保存的魏克汉种质的遗传多样性较差,但通过EST-SSRs可检测到丰富的稀有等位基因。虽然不同国家种质交流频繁,导致种质之间和不同国家来源种质之间遗传距离非常近,但是,种质之间和不同国家来源种质之间依然存在一定的遗传分化,特别是巴西种质与中国种质遗传距离最远,基因流最小,遗传多样性最为丰富。     

利用SNP芯片进行玉米遗传多样性和群体遗传结构分析及新品种选育

以瑞德群、兰卡斯特群、旅大红骨群、塘四平头群、PA、PB群、热带血缘群7个类群205份自交系为材料,利用6 973个高质量SNP标记,进行群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系分析.结果表明,205份材料可分为7个类群,主等位基因频率平均值为0.726,基因多样性为平均值为0.344,杂合度观测值平均值为0.274,...     

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

 利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。     

野生和栽培大理茶居群的遗传多样性与群体结构

大理茶是栽培型茶树的野生近缘种,了解大理茶居群的遗传多样性和群体结构,对于大理茶资源的有效保护和开发利用至关重要.利用30对茶树核心SSR引物,对3个代表性的野生和栽培大理茶居群进行遗传分析.结果表明,30对SSR引物在所有大理茶样本中都能扩增出特异性产物,每个位点检测到的等位基因数为2～14个,PIC范围为0.041...