新疆番茄黄化曲叶病毒检测及其DNA-A基因组序列分析

2012年,在新疆喀什、吐鲁番和伊犁地区发现番茄、辣椒、茄子、曼陀罗、仙客来、一品红和红掌等7种植物表现矮化、叶片黄化、卷曲等疑似双生病毒的感病症状。检测结果表明：以上7种植物均能被番茄黄化曲叶病毒 (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV)侵染。本试验共获得8个TYLCV病毒分离物,分别为番茄分离物KSCTo4、KSCTo16、KZPTo18、KYCTo20,辣椒分离物KSCPe6、KSCPe7,茄子分离物KSCEg1,曼陀罗分离物KSCDa。8个分离物全部序列均具有菜豆金色花叶病毒属Begomovirus病毒基因组典型特征,分离物在不同寄主上的序列差异较小,序列间相似性达99.0%～99.8%,与中国已报道的TYLCV分离物SH3、ZJ6、SD2A 7、HNSQ、HBBD的相似性达98.6%～99.5%。     

广东省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定及序列分析

番茄黄化曲叶病毒病是世界番茄生产上一种毁灭性病害,番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus(TYLCV)是引起该病害的主要病原病毒之一。本文采用滚环扩增及基因克隆方法,获得了侵染广东佛山和肇庆番茄的TYLCV 4个分离物全基因组;它们均为2 781 nt,编码6个ORF,其中病毒链上编码AV1和AV2,互补链上编码AC1、AC2、AC3和AC4。同源性比较结果表明,4个广东分离物基因组序列两两间同源性为99%以上;与已报道的TYLCV各分离物同源性在90%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的同源率均在98%以上。系统进化分析显示,广东分离物与来自中国不同地区的TYLCV分离物亲缘关系较近,并聚类在一个分支。因此,侵染引起广东佛山和肇庆番茄黄化曲叶病的病毒应来自国内其他地区。本研究是对TYLCV广东分离物分子特征的首次报道。     

江苏菜豆上分离的番茄黄化曲叶病毒基因组序列分析

 2012年,江苏南京菜豆上出现了一种新的病毒病害,病株表现明显的叶片皱缩、植株矮化等症状。根据其症状及介体发生状况,对其伴随的病毒种类进行了研究,结果从中检测到一种粉虱传双生病毒,对其基因组DNA-A组分克隆测序后发现其全长2 781 bp,编码6个ORF,BLAST及聚类分析结果显示该病毒与番茄黄化曲叶病毒同源性最高(99%),是番茄黄化曲叶病毒的一个分离物。这是江苏省番茄黄化曲叶病毒侵染菜豆的首次报道,暗示番茄黄化曲叶病毒可能是我国菜豆种植的重要潜在威胁。     

侵染新疆加工番茄的中国番茄黄化曲叶病毒 DNA-A的基因组特征

 从新疆加工番茄上分离到病毒分离物XJ26-4,对其基因组DNA-A 全序列测定表明,XJ26-4 DNA-A 全长2 737 个核苷酸(GenBank 登录号:FN985163),具有典型的双生病毒基因组特征。进一步序列比较发现,XJ26-4 DNA-A 与中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)各分离物的同源性最高,达到91. 2% ~ 99. 5% ,而与其他双生病毒的序列相似性均在79. 5% 以下,表明XJ26-4 是TYLCCNV 的一个分离物。这是首次明确新疆加工番茄受到粉虱传双生病毒的侵染。     

侵染广西番茄的番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定

番茄黄化曲叶病毒病是番茄生产上的毁灭性病害,严重影响番茄产量及品质。2019年从广西百色市采集疑似番茄黄化曲叶病叶片样品,采用滚环扩增(RCA)及基因克隆等方法,获得了4个烟粉虱传双生病毒的全基因序列,4个分离物的全长序列分别为2 776、2 781、2 752、2 781 bp,均编码6个开放阅读框;核苷酸相似性比较发现,4个分离物彼此间的相似性均在90%以上,与已报道的番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV)各分离物间的相似性也在91%以上;系统进化分析表明,TYLCV广西分离物BS-2和BS-4与TYLCV-Hunan、BS-1和BS-3与TYLCV-YN6553等分离物处于独立的小分支,说明TYLCV广西分离物与TYLCV-Hunan、TYLCV-YN6553具有较近的亲缘关系。本研究首次报道TYLCV在广西发生。     

不同番茄品种对番茄黄化曲叶病毒的抗病性鉴定

为评估生产上常用番茄栽培品种对番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的抗性水平,采用田间大棚自然传毒的方式,通过对各品种的发病时间、发病率及病情指数等参数的比较,结合PCR及ELISA对TYLCV的检测结果,综合分析了20个番茄品种对番茄黄化曲叶病毒的抗病性。不同品种对番茄黄化曲叶病毒的抗性差异较大,试验筛选出仙客6号和金棚1号2份感病材料,发病率和病情指数在90%和60.9以上;佳红8号、10-秋展47和红罗曼2号3份高抗材料,发病率和病情指数均为0;其它表现不同程度抗、耐病水平的材料15份,发病率和病情指数分别在10.0%～85.0%和1.0～40.6之间。     

南疆温室番茄黄化曲叶病病毒种类的分子鉴定

为明确南疆温室番茄黄化曲叶病的病毒种类,利用双生病毒的兼并引物通过PCR扩增,对采集的20个番茄病株进行了分子检测.从20个病株中均扩增到约500 bp的目标片段,对其中4株进行克隆和测序,其相互间序列同源性为97.1％ ～99.3％,与番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的同源性较高,为98.6％ ～ 99.5％.随机选取莎车分离物KS2-5进行全基因组的克隆和测序,KS2-5 DNA全长为2781 nt(序列号:JQ807735),具有典型的双生病毒基因组特征,与TYLCV其它分离物同源性达到98.9％～99.5％,而与其它粉虱传双生病毒的序列同源性较低,为68.3％ ～75.5％,表明危害南疆温室番茄的病毒种类为番茄黄化曲叶病毒TYLCV.     

侵染假酸浆的泰国番茄黄化曲叶病毒全基因组结构特征

为明确假酸浆Nicandra physalodes叶片黄化、皱缩症状是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,本研究利用分子检测方法和生物信息学技术鉴定了假酸浆样品中的病毒种类。从采集的病样中克隆并获得了2条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和1条beta卫星全序列,经全序列分析发现,该双生病毒的两条DNA-A全序列与泰国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl Thailand virus, TYLCTHV)云南分离物TYLCTHV-YN1732一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近;beta卫星的全序列与云南番茄曲叶beta卫星(tomato leaf curl Yunnan betasatellite, TLCYnB)的分离物YN5230一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近。重组分析显示,假酸浆上分离的TYLCTHV-YN5735-12是一个重组病毒,有两个重组事件,一个主要发生在AV1的编码区,由中国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)和广西大戟曲叶病毒(euphorbia lea...     

广东番茄曲叶病毒G3分离物基因组DNA-A的分子特征

 从采集于广东花都的番茄曲叶病病株上分离到病毒分离物ToLCGDV-[G3],序列分析结果表明,其DNA-A为单链环状,全长2744 nt,共有6个ORFs,其中病毒链上编码AV1(CP)、AV2,互补链上编码AC1、AC2、AC3和AC4。BLAST结果显示,与ToLCGDV-[G3]基因组有同源关系的均属双生病毒科菜豆金色花叶病毒属。进一步比较结果表明,ToLCGDV-[G3]与有同源性的菜豆金色花叶病毒属病毒的DNA-A全序列同源率最高为87.9%。其中IR的同源率为59.0%~85.3%,而AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4这6个ORFs同源率分别为73.6%~95.2%、64.0%~95.4%、71.7%~87.7%、69.6%~93.9%、67.7%~95.1%和64.1%~94.2%,它们各自编码的氨基酸序列同源率分别为76.3%~99.2%、52.6%~95.7%、69.7%~88.1%、51.9%~88.9%、63.4%~92.5%和33.0%~90.7%。系统进化关系分析结果显示,ToLCGDV-[G3]与ToLCGDV-[G2]亲缘关系最近,二者组成一个独立的分支,与其它40种菜豆金色花叶病毒属病毒的亲缘关系均较远。因此,ToLCGDV-[G3]可能是一个先前未报道的双生病毒科菜豆金色花叶病毒属新种。     

河北省番茄黄化曲叶病毒和番茄褪绿病毒复合侵染及分布

 番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV) 及番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus, ToCV)是危害番茄的主要病毒。2016~2017年,在河北省18个番茄主产区调查番茄病毒病危害情况,采集262份植株矮化、叶片黄化、褪绿、卷曲的番茄样品,利用分子生物学技术对病原进行鉴定。结果表明:2016~2017年河北省番茄病毒病发生普遍,所检样品中TYLCV的侵染率为68.66%,其中与ToCV复合侵染率为19.5%;除栾城、滦南、乐亭、永年4地样品暂未检测到ToCV外,其他14个采样点的样品均检测到ToCV,侵染率为19.5%,且全部表现为与TYLCV复合侵染,河北省番茄主产区暂未发现ToCV单独侵染的样品。     

来自安徽不同寄主PVY分离物的血清学鉴定及其cp基因分子进化分析

 Tobacco and potato samples showing symptoms of PVY were collected from different regions in Anhui Province, and the ELISA results of partial samples were positive. The total RNA was extracted from the positive samples by TRIZOL methods. Specific primer pair was designed to amplify cp gene of PVY by RT-PCR. Sequencing results indicated that the full length of cp gene of PVY from tobacco (PVY-CP-4) and pota-to (PVY-CP-7) is 801 nts, and each of them encodes 266 amino acids. A phylogenetic tree based on alignment of cp nucleotide sequences was constructed and the sequence comparing of cp gene was conducted. The results showed that PVY-CP-4 could be grouped into one branch with PVY^O and PVY^N:O and shared the highest sequence similarity (99.4%) with PVY^O (EF026074). It was suggested that PVY-CP-4 derived from tobacco in Hefei might belong to PVY^O. PVY-CP-7 clustered together with PVYN and PVYNTN and formed another branch. Furthermore, PVY-CP-7 shared the highest sequence similarity (98.3%) with PVY^NTN(AJ890347), PVY^NTN (EF026075) and PVY^NTN(AJ585342). It was supposed that PVY-CP-7 derived from potato in Wuhe probably belonged to PVY^NTN.     

葡萄病毒E分子检测及基因序列分析

 皱木复合病(rugose wood complex disease)是一种发生普遍、危害严重的葡萄病毒病,该病与葡萄病毒属(Vitivirus)病毒的侵染密切相关,葡萄病毒E(Grapevine virus E,GVE)是葡萄病毒属的新成员。为明确我国GVE侵染状况以及不同分离物的基因变异情况,本研究针对GVE的MP和CP基因设计了两对引物,RT-PCR结果表明,两对引物均能从带毒样品中扩增到目的基因片段。采用上述引物检测了211株葡萄样品,GVE检出率为5.7%。对7个GVE分离物的外壳蛋白基因进行测序和系统进化树分析,结果显示,上述分离物克隆分别处于2个明显分化的组群(Group I 和Group II)。研究测定了GVE中国分离物GFMG-1的全基因组序列,该分离物与日本分离物TvAQ7核苷酸序列相似度高达98%,但与日本分离物TvP15、南非分离物SA94、美国分离物WAHH2及波兰分离物59PE核苷酸序列相似性仅为70%~75%。本研究为进一步明确我国GVE发生、分布及分子检测提供了依据。     

进境荷兰百合中车前草花叶病毒的分子鉴定及序列分析

对一株进境隔离种植中疑似病毒症状的荷兰百合进行检测、鉴定。采用RT-PCR方法对疑似样品的部分基因序列进行扩增、测序,比对后,建立系统发育树进行亲缘关系分析。结果表明,采用香石竹潜隐病毒属和马铃薯X病毒属(CarlapCar1I/M4T和Potex 5/Potex 1RC)简并引物均可扩增到预期大小的片段(1 257 nts和737 nts)。序列分析显示,扩增片段与车前草花叶病毒(Plantago asiatica mosaic virus,Pl AMV)3'端序列(包含TGBp2、TGBp1、CP,3’-NTS)和部分依赖于RNA的RNA聚合酶基因序列一致性可达79.9%~99.5%和80.5%~99.3%。利用PlAMV的特异性引物(PlAMV-cpup/PlAMV-cpdw)进行检测,结果进一步证实该百合样品含有PlAMV。通过建立系统发育树得出,该病毒分离物与来自荷兰的PlAMV百合分离物优先聚为一簇,表明二者的亲缘关系最近。这是我国口岸首次截获车前草花叶病毒的报道。     

侵染藠头的大蒜潜隐病毒分子鉴定及部分序列分析

 藠头(Allium chinense G. Don),为百合科葱属鳞球茎多年生植物,是一种高产、高营养和具有食疗作用的蔬菜类作物,也常作为中药材加以利用和研究。国内外学者对发生在葱属植物上的病毒病原鉴定和分类做了深入研究,但针对藠头病害的发生特点和病原鉴定研究不多, 自Chen等^[1]在我国发病野生藠头样品中发现2种病毒即藠头花叶病毒(Scallion mosaic virus,ScaMV)和藠头X病毒(Scallion virus X,ScaVX)后,国内外没有更多有关藠头病毒病的研究报道。由于长期无性繁殖及多年连作,极易导致藠头病毒扩散及积累,使病毒病害日趋严重,种苗出现严重衰退。前期调查发现,藠头感病后出现明显的矮缩或叶片皱缩、扭曲,有的出现黄绿斑驳呈花叶状或褪绿条纹,病株地下鳞茎变小、分蘖减少,还首次发现洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)侵染,以及多种病毒复合感染现象^[2]。     

吉林省松嫩平原地下水位预测与预报

本文根据大量的实际调查、试验及观测资料,首次建立了研究区水文地质概念模型及非均质各向同性准三维地下水流数值模拟模型。采用GMS软件对区内第四系孔隙潜水、孔隙承压水含水层进行模拟,按两种不同的地下水开采方案,根据模型预测到2010年地下水位变化趋势,并提出了地下水开发利用的长远方案及管理措施。     

吉林西部农业生态系统能值动态分析

本文以东北农牧交错带的典型区域?吉林西部为研究区,开展农业生态系统的能值动态分析。结果表明:1985-2001年期间,吉林西部农业生态系统的能值投入呈快速的增长趋势,其中源于经济系统的反馈能值的增长尤为明显。虽然环境资源的能值投入并没有占据优势地位,但环境资源能值为农林牧经济生产力的发展提供了巨大的经济服务价值和环境能值储备,是吉林西部农业持续发展的关键性因素。16a来系统能值产出结构已经由种植业为主逐步向畜牧业和种植业并举转变,系统生产力的稳定性有所提高,但总体上看,吉林西部的农业生态系统能值产出效率和宏观经济价值转化率仍然比较低下,环境负荷率呈现波动上升趋势,农业生态系统的可持续发展能力还比较弱。     

云南省玉米灰斑病菌的分子鉴定

本研究利用ITS区、tef1基因、cmdA基因和HIS基因4个基因部分序列对2009-2011年间采自云南省主要灰斑病发生区域和吉林省部分区域的玉米灰斑病菌进行比较分析。结果表明,无论是4个基因序列单独聚类还是拼接序列聚类均把云南省灰斑病发生区域采集的菌株与Cercospora zeina聚为一群,而吉林省采集的灰斑病菌则与Cercospora zeae maydis聚为一群。聚类分析还表明云南省不同玉米产区的灰斑病菌遗传背景单一,在所有聚类树中均聚为一群,且自举支持值均>99%。