中国沿海6个花鲈群体的遗传多样性分析

利用8对微卫星或简单重复序列[microsatellite or simple sequence repeats(SSR)]标记对辽宁东港(DG)、绥中(SZ),河北秦皇岛(QHD),山东青岛(QD),浙江舟山(ZS)以及广东珠海(ZH)海域的6个花鲈(Lateolabrax maculatus)群体进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到等位基因90个,每个位点的等位基因数(NA)为3~20;有效等位基因数(Ae)为1.7~11.4;观测杂合度(Ho)为0.355~0.971;期望杂合度(He)为0.398~0.912;多态信息含量(PIC)为0.365~0.906;6个群体的遗传多样性处于中等水平且群体间差异不显著(P0.05),其中舟山群体的遗传多样性最高(NA=11;He=0.762;PIC=0.734),绥中群体的遗传多样性最低(NA=9.8;He=0.721;PIC=0.692);哈代?温伯格平衡检验显示,除秦皇岛群体外,标记Lama18、Lama21和Lama29在其他5个群体中偏离HWE(P0.01)。位点Lama18与Lama42间存在极显著性的连锁不平衡(P0.01);分子方差(AMOVA)分析结果显示群体间、群体内个体间以及所有个体间的方差均达显著性水平(P0.01);群体间配对Fst(pair-wise Fst)和遗传距离分析结果显示,舟山群体与其他5个群体遗传分化最远,遗传距离最大,而北方的绥中、东港、青岛以及秦皇岛4个群体间分化不显著;聚类分析显示,珠海与秦皇岛群体先聚合,再与舟山群体聚为一支。绥中、东港、青岛群体聚为一支;遗传组分分析结果显示,6个花鲈群体中共包含3个主要遗传组分,其中舟山群体遗传混杂少,遗传信息保留完整,而绥中、东港和青岛3个群体遗传组分类似,遗传混杂严重。另外,秦皇岛与珠海群体约40%的遗传组分相同;研究结果表明,中国沿海的花鲈群体中除舟山群体外,绥中、东港、青岛、秦皇岛和珠海5个群体的遗传多样性已受到现有养殖模式与养殖逃逸的影响。     

北部湾光裸星虫3个地理群体遗传多样性

利用微卫星DNA分子标记对广东湛江乌石(ZJ)、广西北海山口(BH)与越南锦普(JP)3个光裸星虫(Sipunculus nudus)野生群体的遗传多样性进行分析。结果表明,20个微卫星座位中有3个位点(Snu08、Snu10、Snu14)呈现单态,17个多态微卫星座位中的等位基因数介于2～9之间,多态信息含量(PIC)介于0.097～0.797之间。每个群体中有5个位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡,在位点Snu18上3个群体均偏离Hardy-Weinberg平衡。3个光裸星虫野生群体均表现出中等程度的遗传多样性水平,锦普群体遗传多样性水平高于北海和湛江群体。群体间F-统计量分析表明,群体遗传分化处于低等分化水平,差异不显著(Fst=0.019～0.049,P>0.05);基于DA遗传距离构建的NJ和UPGMA聚类树均显示,地理位置相邻的群体聚在一起。研究表明,3个光裸星虫地理群体均具有中等的遗传多样性,杂合度均偏低,群体间存在较大的基因流,杂合子明显缺失;群体间已产生遗传分化,但分化水平还较低。     

我国泥鳅微卫星遗传多样性初步分析

用6个微卫星标记分析了安徽(AH)、甘肃(GS)、广东(GD)、广西(GX)、黑龙江(HLJ)、江苏(JS)和重庆(CQ)7个泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)群体的遗传多样性。这6个微卫星摘自泥鳅微卫星连锁图谱,不存在连锁不平衡,在HLJ群体中处于哈代-温伯格平衡,适用遗传多样性分析。六个微卫星共检测到69个等位基因,每位点7到16个不等,有效等位基因数(Ne)3.0-5.5个,观察杂合度在0.202和0.408之间,而期望杂合度在0.673和0.820之间,揭示的多样性信息含量(PIC)在0.643和0.796之间。这些数据显示7个泥鳅群体遗传多样性丰富。群体间遗传分化系数(Fst)达到0.499,49.9%的变异可归于群体间差异,而Fis在0.167和0.421之间,表明泥鳅群体存在较明显的近交或斑块化分布。聚类分析显示AH、GD、HLJ和JS聚成一个分支,而CQ、GS 和GX聚为另一个分支。这表明我国泥鳅呈现东西向梯度分布并在南北向可能存在扰动。这些发现将有助于我国泥鳅资源的有效管理和合理利用。     

入侵地和原产地太湖新银鱼群体遗传结构

为了探讨太湖新银鱼快速适应新环境和快速入侵的遗传学机制,本研究利用10个微卫星位点对5个入侵地和2个原产地的群体遗传结构进行了分析。遗传多样性参数结果显示,入侵地滇池、邛海、抚仙湖和三峡库区群体的遗传多样性水平比原产地高,入侵地洱海群体的遗传多样性水平低于原产地太湖而高于巢湖群体,原产地巢湖群体的遗传多样性最低。遗传距离和UPGMA聚类结果表明邛海群体和其他群体的遗传关系最远,太湖与抚仙湖的遗传关系最近。ANOVA显示大多数遗传变异存在于太湖新银鱼群体内(95.78%),群体间的遗传变异为4.22%,固定系数(Fst=0.0422)显著,表明太湖新银鱼群体间存在显著的小尺度遗传分化,两两遗传分化指数也证实了这一点。MVSP主成分分析显示邛海、三峡库区、巢湖和滇池群体有明显的分化。由此推断,高水平的遗传多样性和显著的遗传结构差异性可能是太湖新银鱼成功入侵的重要原因。     

金草鱼与中国4个草鱼群体的微卫星多态性比较分析

20世纪90年代,中国引进了一批体色呈金黄色的草鱼(Ctenopharyngodon idellus),生产上俗称金草鱼。为了解金草鱼群体的遗传结构和遗传多样性,利用15个微卫星DNA标记对金草鱼群体与中国草鱼群体(长江水系的沅江群体、宁乡群体、洪湖群体和珠江水系的西江群体)进行遗传结构和系统进化分析。结果表明15个微卫星位点均具有较高的多态性,多态信息含量(PIC)为0.763~0.939。金草鱼群体的遗传多样性水平[期望杂合度(HE)=0.662]低于中国草鱼群体[HE=0.852~0.885]。遗传分化指数(FST)分析显示,金草鱼群体与沅江群体之间的遗传分化属于高度分化(0.15FST0.25),与其他3个草鱼群体之间属于中度分化(0.05FST0.15)。遗传距离分析显示,金草鱼群体与西江群体遗传距离(DA)最小(0.476 3),与沅江群体最大(DA=0.810 7)。基于遗传距离构建的NJ系统进化树显示,4个中国草鱼群体聚为一支,金草鱼群体单独为另一支。研究结果显示金草鱼群体的遗传多样性低于中国的草鱼群体,亲缘关系也较远。     

大竹蛏5 个野生群体遗传多样性的微卫星分析

运用微卫星标记对大竹蛏(Solen grandis)辽宁丹东(DD)、河北秦皇岛(QHD)、山东日照(RZ)、江苏吕四(LS)和广西北海(BH)近海5个不同地理野生群体共计150个样品进行了遗传多样性分析。结果表明:14个位点多态信息含量范围为0.696~0.853,均呈现高度多态性,每个位点检测到的等位基因数8~22个,共检测到199个等位基因,平均等位基因数为14.2,等位基因丰富度为11.05,5个群体的期望杂合度分别为0.769(DD),0.791(QHD),0.826(RZ),0.815(LS),0.785(BH),观察杂合度分别为0.837(DD),0.812(QHD),0.875(RZ),0.809(LS),0.858(BH),表明各群体处于较高的遗传多样性水平。Hardy-Weinberg平衡检验显示,仅有Sg16位点在丹东群体显著偏离平衡,其余位点在5个群体均正常,表明各群体遗传较稳定,处于平衡状态。5个群体间的遗传距离在0.141 2~0.340 9,DD和QHD的遗传距离最小,DD和BH的遗传距离最大;基于Da遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,距离相邻的DD、QHD渤海湾群体聚为一支,RZ、LS黄海群体聚为另一支,最后与南海群体BH聚在一起,聚类结果与地理位置密切联系,基于贝叶斯遗传聚类得到了相同的结果。分析群体间的Fst值可知,两两群体间的Fst值在0.039 1~0.094 7,群体间产生了中等程度的遗传分化,并且达到了极显著水平(P=0.000 1)。由此可见,中国沿海各地理群体野生大竹蛏种质遗传多样性较为丰富,但不同群体间存在显著的遗传分化,故各增殖放流海区应当加强对放流苗种及繁殖亲本的种质检测,防止异地繁养等人为因素对大竹蛏各野生种群遗传结构造成破坏。     

基于线粒体DNA控制区序列的6个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖群体的遗传多样性分析

运用线粒体DNA(mtDNA)控制区部分基因序列测序技术对6个凡纳滨对虾养殖群体(S1、S2、G1、G2、K1和Sg)的遗传多样性和系统进化关系进行了分析.结果显示,在检测到的146个单倍型中,144个为单群体特有,其余两个为群体S1和S2共享.6个群体的单倍型多样性(Hd)为0.42-0.99,核苷酸多样性(π)为0.00-0.08,其中,单倍型多样性最高的是群体K1 (Hd=0.99±0.01),核苷酸多样性最高的是群体S2 (π=0.08±0.04).综合考虑,遗传多样性最低的为群体S1(Hd=0.42±0.08,π=0.00),遗传多样性最高的是群体S2 (Hd=0.88±0.02,π=0.08±0.04).AMOVA分析结果显示,来自群体间的遗传差异(46.98％)略低于来自群体内的遗传差异(53.02％).各群体间的遗传分化Fst值均为正值(0.173-0.974),表明6个群体间存在较大程度的遗传分化差异.基于遗传距离的构建的UPGMA系统进化树和基于单倍型结果构建的NJ聚类图显示,系统进化树主要分为两支:S1和S2群体聚在一起成为一支;G1和G2群体首先聚在一起,再与Sg群体聚在一起,随后与K1群体聚成另一支,6个群体单倍型的聚类关系与遗传距离的进化关系类似.进一步对群体内雌雄群体间遗传差异进行分析发现,同一群体的雌雄群体间遗传多样性水平相近,雌雄群体间基本出现轻微到明显的遗传分化;比较相同群体不同生长速率的个体的遗传参数发现,生长较快群体与生长较慢群体间可能出现一定程度的遗传分化差异;对同一公司不同时间购买的群体分析发现,购买间隔较长(7-9个月)的群体之间的遗传分化值可能会大于不同种虾公司间群体的遗传分化值.     

3个德国镜鲤养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用10个多态微卫星标记对我国北方不同地区3个德国镜鲤(Cyprinus carpioL.mirror)群体(绥化,BL;哈尔滨,BZ;天津,TJ)的遗传多样性及群体间的亲缘关系进行研究。结果显示,3个养殖群体在10个位点上表现出较高的多态性,其中9个位点表现为高度多态(PIC>0.5);平均杂合度为0.629 3;10个位点共检测出144个等位基因;BL与TJ群体的总体变异水平高于BZ群体。Nei氏DA遗传距离分析显示,BL与TJ群体的遗传距离最近,而与BZ群体的遗传距离最远;群体间遗传分化微弱(Fst=0.031 5),群体内变异占总变异的96.85%,3个群体各自特有的等位基因频率普遍较低(0.0125~0.1500),群体共有的等位基因频率相对较高。上述结果表明,3个德国镜鲤养殖群体仍保持着较高的遗传多样性,群体间未产生明显的遗传分化。     

大口黑鲈3个养殖群体的遗传多样性分析

该研究通过毛细管电泳法筛选微卫星引物,从GenBank的51对微卫星引物中共筛选出12对具有特异性和多态性的引物,并合成荧光标记引物,对广东大口黑鲈(Micropterus salmoides)主养区3个养殖群体进行STR分型,以分析其遗传多样性。结果显示所检测的12个微卫星位点中,3个位点呈现高多态性,4个具有中度多态性,其余5个位点为低多态性。3个群体的遗传多样性水平偏低,期望杂合度(He)分别为0.312 5、0.360 6和0.328 4。群体间遗传分化指数及AMOVA分析显示,群体间遗传分化属于低水平,遗传变异有85.83%是由群体内不同个体间的差异造成的。群体间遗传距离分析显示,3个养殖群体间的遗传距离和遗传相似度比较接近。遗传结构分析表明3个养殖群体来自于同一个亚群。研究结果提示现阶段中国大口黑鲈养殖群体的遗传多样性已显著下降,因此在选育种过程应高度重视提高与维持种群遗传多样性的问题。     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析

采用微卫星标记分析技术,用5个多态性的微卫星标记对来自3个不同国家（中国、日本和韩国）的牙鲆养殖群体进行了遗传多样性研究。研究结果表明,3个牙鲆群体平均等位基因在4．8～5．6之间,平均观测杂合度（H0）在0．3917～0．5643之间,平均期望杂合度（HE）在0．5981～0．6264之间。有多个位点在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明,中国群体与日本群体遗传距离最近,韩国群体与日本群体遗传距离最远。分子方差分析（AMOVA）表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的92．44％和7．56％,固定系数（R）为0．0752（P〈0．001）,表明牙鲆3个养殖群体遗传分化显著。     

我国五大湖日本沼虾线粒体COI基因部分片段序列比较

对我国五大湖日本沼虾100个野生个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）部分序列进行了测定和分析,经比对获得578bp核苷酸片段,发现49个变异位点,得到35个单倍型,包括7个共享单倍型,各群体都具有较好的单倍型多态性和核苷酸多态性,其中鄱阳湖群体遗传多样性相对最高。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数F_st＝0.31873 （P<0.05）, 群体间具有较高的遗传分化。MEGA3.1软件计算五群体的Kimura 2-paramter遗传距离,洞庭湖群体和巢湖群体之间的遗传距离最远为0.0191,巢湖群体和洪泽湖群体之间的遗传距离最近为0.0051。以同属胖掌沼虾（Macrobrachium inflatum）为外群分别构建了NJ和UPGMA系统树,结果显示洞庭湖和鄱阳湖为一族群,太湖、巢湖和洪泽湖为一族群。     

基于细胞色素b基因序列分析的华南居氏银鱼遗传多样性研究

测定了广东虎门、广西合浦和广西钦州3个群体45 ind居氏银鱼(Salanx cuvieri)线粒体DNA细胞色素b基因1 017 bp序列片段,发现42个多态位点,28个单倍型。平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.967和0.006,呈现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。合浦和钦州群体间遗传分化指数Fst值为-0.029,表明广西的2个群体间没有遗传分化。虎门群体与合浦和钦州群体间的Fst值分别为0.201和0.218,出现中度遗传分化,推测琼州海峡可能阻碍了广东与广西群体间的遗传交流。邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态。AMOVA分析表明,居氏银鱼群体内遗传差异(86.54%)大于群体间(13.46%)遗传差异,遗传变异主要集中在群体内部。虎门群体中性检测的Tajima’sD为显著负值(-1.847,P=0.018),不对称分布分析呈单峰模式,表明可能在晚更新世(3.2～8.0万年前)经历过种群的快速扩张。建议广东群体和广西群体各作为一个管理保护单位分别加以保护。     

基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究

为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼 (Pelteobagrus fulvidraco) 遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析。共检测到等位基因数 (N_a) 245个,平均有效等位基因数 (N_e) 9.75个。各群体的平均N_a为5.20~14.80,平均N_e为2.64~8.93;平均观测杂合度 (H_o) 为0.496~0.671,平均期望杂合度 (H_e) 为0.557~0.818;平均多态信息含量 (PIC) 为0.500~0.790。AMOVA分析显示仅8.15%的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数 (F_ST) 为0.006~0.236。基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台 (秋浦河水系)、麻川河 (青弋江支流)、阜南 (淮河水系) 3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体 (长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖) 的较为复杂,可能存在谱系间的混杂。结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应。

     

怒江濒危鱼类角鱼种群遗传结构研究

测定了怒江角鱼(Epalzeorhynchus bicornis)4个群体共70尾个体的线粒体DNA cytb基因序列,以探讨种群遗传结构和遗传多样性。结果显示:1140 bp的cytb基因共检测到13个变异位点,70个样本得到16个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.579,核苷酸多样性(π)为0.00070,遗传多样性表现为较低。木城群体和泸水群体之间的遗传距离最远0.00080,泸水群体和道街群体之间的遗传距离最近为0.00059。Fu′Fs中性检验和碱基岐点分布分析暗示了角鱼在历史上曾经历过遗传瓶颈和种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,群体间总遗传分化系数Fst=0.0049(P>0.05),几乎所有变异均来自于群体内,群体间未出现遗传分化,提示群体内存在广泛的基因交流。     

翘嘴鳜选育群体的生长和遗传特征分析

以湖南和江苏的野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)为基础群体选育了6个群体,包括4个家系选育群体和F_1、F_2两个群体选育群体。对4个家系选育群体的生长特性进行了分析,并利用微卫星标记技术对6个翘嘴鳜选育群体的遗传多样性进行了检测。分析结果表明,翘嘴鳜纯种家系的生长速度显著快于不同地理种群的杂交系,杂交系未表现出生长的杂种优势,家系群体的杂合性与生长性能不对应。4个家系选育群体的特有等位基因数量比两个群体选育群体高出约29.33%,表明不同地理种群翘嘴鳜家系的建立可以丰富翘嘴鳜选育群体的遗传多样性水平。翘嘴鳜选育群体间遗传分化显著(F_(st)=0.4388),两个群体选育群体与4个家系选育群体间的遗传距离较远,表明将群体选育的个体与家系选育的个体进行杂交育种有可能获得杂种优势。筛选到G14437特有等位基因可作为江苏翘嘴鳜家系(JCJC)的群体特异性分子标记;G5_(530)等位基因可作为湖南和江苏翘嘴鳜杂交系与翘嘴鳜基础群体和其他选育群体区分的特异性分子标记。     

三种体色黄鳝群体遗传多样性分析

利用线粒体Cyt b基因部分序列测序技术研究3种体色黄鳝Monopterus albus群体(深黄斑鳝、青黄斑鳝、青斑鳝)的遗传多样性与遗传差异。结果显示:三个群体黄鳝共有变异位点53个,单倍型36个;平均单倍型多样性分别为0.9153、0.7517、0.9457;平均核苷酸多样性分别为0.00426、0.00211、0.00601。群体间遗传分化指数(Fst)较小(0.00282~0.04970),分子方差分析(AMOVA)中仅有2.10%的变异来自群体间,表明三种不同体色黄鳝群体间未有明显遗传分化。群体遗传距离的聚类分析结果显示:深黄斑鳝与青黄斑鳝群体间亲缘关系最近,深黄斑鳝与青斑鳝亲缘关系最远。     

基于CO I和Cyt b序列的丹江口水库鲢群体遗传结构特征分析

有效的人工增殖放流应监控放流群体和野生群体的遗传结构特征,以避免放流群体对天然群体遗传多样性的负面影响。本研究利用线粒体CO I和Cyt b基因分析了丹江口鲢库区、鲢亲本和鲢子代3 个群体的遗传结构特征。分析结果显示,104 条646 bp线粒体CO I序列中共检测到多态位点15 个,简约信息位点5 个,单一变异位点10 个,定义了7 个单倍型,单倍型多样性为0.544~0.676,核苷酸多样性为0.00221~0.00254;103 条1058 bp线粒体Cyt b序列中共检测到多态位点19 个,简约信息位点13 个,单一变异位点6 个,定义了14 个单倍型,单倍型多样性为0.609~0.714,核苷酸多样性为0.00262~0.00424,总体上处于较高单倍型多样性和较低核苷酸多样性。CO I和Cyt b序列遗传距离、遗传分化指数以及基因流分析结果显示,群体间遗传距离为0.002（CO I）、0.003~0.004（Cyt b）,总的遗传分化指数为-0.00468（P>0.05）（CO I）、0.03180（P>0.05）（Cyt b）,差异均不显著,群体间基因流为14.69～41.47（CO I）、5.49～40.47（Cyt b）,分子方差分析（AMOVA）结果表明群体的遗传变异主要来自群体内。单倍型聚类关系树表明,3 个鲢群体间均存在共享单倍型,不同地理群体间单倍型散乱分布于各支,未形成地理群体的聚集。以上分析结果显示,3 个鲢群体间不存在明显的遗传分化,表明增殖放流鲢群体与丹江口库区野生群体的遗传多样性和遗传结构相近,可开展增殖放流。本研究结果可为丹江口鱼类增殖站鲢群体的增殖放流提供科学依据。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。