草鱼(Ctenopharyngodon idellus)成纤维细胞生长因子8的cDNA克隆及特征分析

以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)为实验对象,利用RACE技术克隆了草鱼成纤维细胞成长因子8(Fibro-blast Growth Factor8,FGF8)cDNA序列。实验结果显示,草鱼FGF8 cDNA序列长度为887 bp,其中5′-非翻译区长100 bp,3′-非翻译区长157 bp,开放阅读框(ORF)633 bp,编码210个氨基酸的前体蛋白,包含22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。利用已知的FGF8序列绘制系统发育树,发现草鱼与两种鲤科鱼(班马鱼、墨西哥脂鲤)聚为一簇,显示亲缘关系很近,而与其它脊椎动物如两栖类、鸟类、哺乳类的亲缘关系则相对较远,这与形态分类学的结果一致。此外,还通过生物信息学分析,揭示了草鱼FGF8的分子结构特征。     

博斯腾湖草鱼生长特征的研究

根据2014年8月采集的33尾标本对博斯腾湖草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的生长特征进行研究。以鳞片为年龄和生长退算材料,研究结果显示:博斯腾湖草鱼体重与体长表现为异速生长,关系式为W=0.0444SL~(2.8322)。用退算体长拟合的von Bertalanffy生长参数为:SL_8=103.7664 cm,k=0.1385/y,t_0=-0.0542 y。体重生长参数为:W_8=22.7674 kg,k=0.1385/y,t_0=0.0027 y。生长特征指数为3.16;生长拐点年龄为7.5龄,拐点时体长和体重分别为67.3 cm和6.6 kg。与1979年和2000年种群相比,受饵料供给不足的制约,博斯腾湖草鱼生长速度明显下降。草鱼增殖管理措施的制定应以恢复沉水植物资源为目标,具体措施包括:减少草鱼的投放量,草鱼最小捕捞规格降至3 kg,提高草鱼的捕捞强度和捕捞量。     

草鱼HSP70基因cDNA部分序列克隆及其组织表达差异

根据鲤热休克蛋白70(Heat shock protein,HSP70)序列(AY120894)设计并合成一对引物,以草鱼(Cteno-pharyngodon idella)肝胰脏组织总RNA为模板,RT-PCR扩增获得草鱼HSP70基因cDNA部分序列,并进行了组织表达差异性研究。结果显示:所获为序列为480 bp,获得GeneBank登陆号为FJ483832。序列测序结果显示,HSP70扩增序列与鲤、斑马鱼、鲋的同源性为:93%、91%、93%。另外,所获序列HSP70在草鱼脂肪、肌肉、肠、脑、粘液、性腺、鳔、肝胰脏、心脏、脾脏、鳃、鳍12个组织的表达存在差异,HSP70在草鱼这12个组织中均检测到表达,其中在鳍中表达最高,极显著高于其他组织(P<0.01);在鳔中表达次之,且与脑、心脏、性腺中表达差异不显著;在粘液中表达最低。     

长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析

本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。     

甘露寡糖对草鱼感染嗜水气单胞菌后细胞因子表达的调节

在饲料中添加0.2%甘露寡糖(Mannan oligosaccharide,(MOS)),饲养草鱼(Ctenopharyngodon idellus)28 d后,草鱼经腹腔注射3.2×106cell/mL的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila,Ah)0.1 mL,在注射嗜水气单胞菌48 h、72 h和96 h后,分别取草鱼头肾、脾脏和肝脏,利用荧光定量PCR分析甘露寡糖对草鱼感染嗜水气单胞菌后各组织中IL-1β和IL-10的表达影响。结果显示,在草鱼头肾中,MOS/I(0.2%甘露寡糖+注射Ah)组IL-1β的表达在注射嗜水气单胞菌后48 h和72 h显著高于CON/I(基础饲料+注射Ah)组;MOS/I组中1L-10的表达在注射嗜水气单胞菌72 h显著高于CON/I组,在96h时显著低于CON/I组。在草鱼脾脏中,MOS/I组IL-1β的表达在注射后72 h和96 h显著低于CON/I组;IL-10的表达在注射嗜水气单胞菌后48 h和96 h显著低于CON/I组。在草鱼肝脏中,MOS/I组IL-1β和IL-10的表达在注射嗜水气单胞菌后48 h显著高于CON/I组,但在注射后72 h时该2种基因的表达显著低于CON/I组。表明甘露寡糖在鱼体感染嗜水气单胞菌时能快速调节头肾、脾脏和肝脏中细胞因子的表达,增强鱼体抵抗细菌性病原的免疫力。     

草鱼胞质苹果酸脱氢酶(cMDH)的序列克隆及分析

以实验室构建的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道cDNA文库苹果酸脱氢酶(cMDH)EST序列为基础,采用末端快速扩增法(RACE),从健康雌性草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道细胞RNA中获得1391 bp的草鱼肠道cMDH的cDNA序列(NCBI登录号:EU569765)。结果显示:该序列包含62 bp的5′非编码区(5′-UTR),330 bp的3′非编码区(3′-UTR),典型加尾信号AATAA位于polyA起点上游16 bp。开放阅读框ORF长999 bp,共编码333个氨基酸,预测蛋白等电点为6.67,大小为36 kDa。多序列比对显示草鱼胞质苹果酸脱氢酶具有典型的苹果酸脱氢酶功能区保守序列,该酶与斑马鱼cMDH相似度最高达到95.5%,与模式植物拟兰介的相似度为57.8%,其预测三级结构具有典型cMDH功能区。Southern杂交结果表明草鱼cMDH属于多拷贝基因家族。     

硫辛酸对草鱼脂肪细胞脂质含量及脂代谢相关基因表达的影响

为了探究硫辛酸对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)脂肪细胞脂质代谢的影响,分离草鱼腹腔脂肪组织,消化得到脂肪细胞进行体外培养,分别用0、50和200μmol/L硫辛酸孵育细胞6 h,收取细胞和培养基样品后检测细胞甘油三酯(TG)含量、甘油和非酯化脂肪酸(NEFA)释放量及脂代谢相关基因表达。结果显示:50和200μmol/L硫辛酸处理显著降低草鱼脂肪细胞TG含量,200μmol/L硫辛酸显著增加细胞甘油和NEFA的释放量。200μmol/L硫辛酸组脂肪细胞脂肪分解相关基因(HSL、PPARα、CPT1、CD36)mRNA表达显著高于对照组,且ACC和PPARγ的mRNA表达水平显著上升,ATGL、MGL、SREBP-1c、FAS、DGAT等脂代谢基因表达状况无显著变化。综上所述,硫辛酸可能通过诱导草鱼脂肪细胞HSL和CPT1的基因表达促进脂质水解和β-氧化,从而降低脂肪细胞脂质含量。     

亚硝酸盐对草鱼红细胞渗透脆性的影响

研究不同浓度亚硝酸盐(0.5、1.0、2.0 mg/L)及不同处理时间(24、72、120、168、264 h)对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)红细胞渗透脆性的影响.结果表明:与对照组比较,实验各组草鱼红细胞脆性最小抵抗值、最大抵抗值极显著升高(P＜0.01); 2.0 mg/L浓度组红细胞渗...     

草鱼肠道芽孢杆菌的鉴定及产酶能力分析

从100 g左右的健康草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道中分离出3株疑似芽孢杆菌(Bacillus)菌株(G1、G2、G3),并通过对其进行生理生化特征、16S rDNA全序列和产酶能力的分析,筛选出1株高产酶能力的益生菌株。结果显示:G1、G2和G3菌株与枯草芽孢杆菌在16S rDNA序列相似性≥99%的水平上聚为同一分支,结合形态观察和生理生化特征,最终鉴定G1、G2和G3菌株均为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis);以水解圈直径/菌落直径比值评定了G1、G2和G3菌株的产纤维素酶、淀粉酶和蛋白酶的能力,其中G1菌株产纤维素酶、淀粉酶和蛋白酶能力(比值分别为2.9、2.2和3.3)均高于G2、G3菌株,具有作为益生菌的潜力。     

姜黄提取散中姜黄素在草鱼体内的药代动力学及组织分布

为了研究姜黄提取散中姜黄素在草鱼体内的药代动力学及组织分布规律,对草鱼(Ctenopharyngodon idel-lus)按每千克鱼体重单剂量口灌100 mg姜黄提取散后,采用液相色谱-质谱联用法测定不同时间点草鱼各组织中姜黄素含量,用药代动力学分析软件(WinNonlin5.2.1)处理药-时数据.结果显示:该检测...     

草鱼免疫球蛋白M重链基因的克隆及表达

用RACE-PCR方法扩增出草鱼免疫球蛋白M(immunoglobulin M,IgM) 分泌型的重链全长cDNA.其cDNA全长为1 940 nt,包含5'非编码区20 nt,3'非编码区189 nt,开放阅读框1 731 nt,编码576个氨基酸.序列比对分析表明草鱼IgM与鲤的相似性高达68%,与斑马鱼、斑点叉尾鱼回、鳜以及大西洋鳕的相似性分别为61%、43%、33%和30%.ClustalX比对结果显示:草鱼IgM中存在半胱氨酸和色氨酸的保守位点.进化分析表明,草鱼IgM与斑马鱼的IgM聚为一枝.荧光定量PCR显示草鱼IgM的mRNA主要在头肾、中肾和脾脏中表达,表明了这三个免疫器官是IgM表达的主要场所.     

草鱼Ⅰ型胶原蛋白α1基因cDNA全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析

利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33～69,1249～1355两个绑定钙的区域和62～104一个绑定锌的区域。利用半定量RT-PCR方法检测的组织表达结果表明,COL1A1基因在草鱼肌肉、肠道、肝胰脏、鳃、皮肤、鳍条、肾脏和脾脏8个组织中均有表达,其中在皮肤、鳃、肾脏、鳍条组织中的mRNA表达量高于其他4个组织(P<0.05)。     

草鱼胰岛素样生长因子_基因克隆及序列分析

采用逆转录－聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）方法,从草鱼肝脏的总ＲＮＡ中扩增出胰岛素样生长因子－Ｉ（ＩＧＦ－Ｉ）基因序列,定向克隆至质粒pUC18,测宇了该基因序列,推导期编码的蛋白序列,克隆的cDNA序列编码包括Ｂ,Ｃ,Ａ,Ｄ和Ｅ五个区域的１７个氨基酸,与鲤ＩＧＦ－Ｉ成熟肽比较,核酸序列和氨基酸序列的同源性分别为９３．８％和９７．１％,E区域分析结果表明,所克隆的草鱼ＩＧＦ－Ｉ序列属于ＩＧＦ－ＩＥa-2亚型。     

草鱼小肽转运载体PepT1基因的克隆与表达特征

采用同源克隆和RACE技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus)PepT1基因的全长cDNA序列。该cDNA全长为2 762 bp,包含141 bp的5′UTR序列,479 bp的3′UTR序列,2 142 bp开放阅读框,编码713个氨基酸;草鱼与鲫(Carassius auratus)、斑马鱼(Danio rerio)的核苷酸同源性分别为77.6%和74.0%,氨基酸同源性分别为78.0%和76.7%;与其他物种的核苷酸同源性为53.9%～59.1%,而氨基酸的同源性为57.2%～61.8%。经预测,其编码蛋白的分子量为79.29 kD,等电点为5.87,该蛋白具有与哺乳动物十分相似的11个螺旋跨膜结构,跨膜区氨基酸高度保守;系统进化分析表明,草鱼PepT1基因与鲫鱼和斑马鱼的亲缘关系最近;利用Real-time PCR技术检测了该基因的时空表达,结果显示,PepT1在草鱼前肠组织表达量最高,其次是肌肉组织;草鱼出膜7 d后PepT1 mRNA表达量相对稳定;昼夜节律研究发现,肠道PepT1基因夜间的表达量较白天高。本研究旨在为小肽转运载体PepT1介导肠道转运小肽调控草鱼对饲料蛋白消化吸收的分子机理提供理论基础。     

草鱼-淀粉酶基因5，侧翼序列克隆与分析

应用PCR和Genome Walking技术克隆获得长度为168 bp的草鱼（Ctenopharyngodon idellus）-淀粉酶基因外显子Ⅰ序列和2 063 bp的5'侧翼序列。将草鱼-淀粉酶基因外显子Ⅰ序列与已知几种鱼类-淀粉酶基因外显子Ⅰ序列比对,相似度为68%~86%。将草鱼-淀粉酶基因5'侧翼序列进行生物信息学分析,确定了其转录起始区域及转录起始位点（TSS）;在TSS上游30 bp处有1个TATA-box,-58 bp处有CCAAT-box;在5'侧翼序列中还发现有GATA-1、OCT-1、GR、HNF-3、AP1和SP1等转录因子结合位点。草鱼-淀粉酶基因5' 侧翼序列的克隆,为进一步研究不同食性鱼类-淀粉酶基因侧翼序列的差异、鱼类-淀粉酶基因的表达、功能及调控机理奠定基础。     

草鱼生长激素cDNA基因的克隆及序列分析

通过反转录PCR技术，从草鱼脑垂体的总RNA中获得一特异cDNA片段，经克隆后测序，结果表明，该片段长633bp，与报道的草鱼生长激素基因相比，有10个碱基的差异，而推导的蛋白质仅1个氨基酸残基的差异，推测为草鱼生长激素cDNA基因。     

草鱼APN基因的克隆及表达特征

氨肽酶N(APN)是肽酶M1家族的成员之一,在蛋白质的消化中发挥重要作用。采用同源克隆和RACE技术首次克隆草鱼APN基因的全长cDNA序列。该cDNA全长为3258bp,包含27bp的5UTR序列,552bp的3UTR序列,2679bp开放阅读框,编码892个氨基酸;草鱼与斑马鱼基因同源性和编码氨基酸同源性分别为81.5%和75.4%,与其他动物同源性分别为58.8%～61.2%和54.3%～60.2%。经预测,其编码蛋白的分子量为100.61ku,等电点为5.14,该蛋白具有与哺乳动物十分相似的1个螺旋跨膜结构,但跨膜区氨基酸同源性较低;系统进化分析表明,草鱼APN基因与斑马鱼的亲缘关系最近;利用Real-timePCR技术检测了该基因的发育表达,结果显示草鱼出膜4d后APNmRNA表达量相对稳定;APN在草鱼前肠、中肠和后肠均有较高的表达量,以前肠组织表达量最高;昼夜节律研究发现,肠道APN基因06:00-18:00的表达量较18:00-06:00高。     

草鱼胰岛素样生长因子-I的融合表达、纯化和抗血清制备

采用PCR方法改造已克隆到的草鱼胰岛素样生长因子 Ⅰ (IGF Ⅰ )cDNA ,使其成为成熟肽cDNA并亚克隆到pGEX 4T 1载体中 ,构建草鱼IGF I融合蛋白表达质粒pGEX IGF。质粒转化大肠杆菌BL2 1菌株。该菌株经IPTG诱导可表达分子量约 34kD的特异蛋白。在不同的温度条件下分别产生以可溶性的和包涵体形式为主的特异蛋白。经 30℃诱导的菌体经溶菌酶消化、超声破碎及高速离心后 ,裂解液上清经glutathionesepharose亲和层析纯化获得高纯度的GST IGF。以此纯化的融合蛋白为抗原制备兔抗草鱼IGF I的抗血清。凝胶双扩散试验显示抗血清效价为 1∶6 4 ,说明表达产物具免疫原性