鱼类血液基因组DNA提取方法优化

The genomic DNA extracted from frozen whole blood of rainbow trout with methods of chloroform-potassium acetate, rapid genomic DNA extraction （RGDE） , improved RGDE, traditional phenol-chloroform and DNA reagent kit respectively, and detected by agarose gel electrophoresis. The results showed that mothode of improved RGDE can obtain better genomie DNA of fish. Then, the effect of extracting with improved RGDE methods were compared by ultraviolet spectrophotometric method with other mothods such as traditional phenol-chloroform from blood or muscle and DNA reagent kit from blood. The results showed that the average concentration of DNA extracted with method improved RGDE was 1 050 ng/μL, and was very significant higher than that by DNA kit or by phenol- chloroform, and the average output of DNA was 1 575μg/mL, and the rate of A260/A280 was between 1.65 - 1.97. It only spent 2 hours to extract DNA with the method of improved RGDE, and there were many obvious merits such as quick speed, low cost, no pollution and no using specific installations and so on, and to amplify by random primers, the rusuhs was stable,and the electrophoresis banding was clear.     

一种鱼类DNA的简便提取方法

比较了鱼类ＤＮＡ提取的２种方法。ＤＮｅａｓｙ Ｔｉｓｓｕｅ Ｋｉｔ抽提法所用材料少、ＤＮＡ得率高、简便,尤其适用于小型鱼类,抽提一般鱼类的组织用量只须２５ｍｇ。     

暗纹东方鲀基因组DNA提取及生长激素基因Exon4扩增

以暗纹东方鲀的肌肉、尾鳍为样品,对基因组DNA的提取进行了初步研究,从尾鳍中提取的DNA质量较好。新鲜组织、无水乙醇处理的尾鳍样品得到的DNA完全满足后续实验的开展;而从10%福尔马林溶液处理的尾鳍样品中提取的DNA得率太低,10μg/mL以下。运用巢式PCR成功扩增了暗纹东方鲀生长激素基因外显子4,为下一步的SNPs检测以及克隆测序创造了必要条件。     

中国对虾杆状病毒PCR扩增产物的DNA序列测定及分析

采用台湾报道的白点综合征相关杆状病毒的一对特异引物,对中国对虾的杆状病毒进行ＰＣＲ扩增,获得了预期的１４４７ｂｐ的扩增产物,将ＰＣＲ产物用ＱＩＡＥＸＩＩ纯化,直接进行序列测定。部分序列测定及分析结果表明,中国对虾的杆状病毒的部分ＤＮＡ序列与台湾ＷＳＢＶ的相关序列的同源性为９８．７％,经计算机分析该段基因序列有６个ＯＲＦ。该ＰＣＲ引物可以用中国对虾杆状病毒及其中相关病毒的检测与比较研究。     

鲫鱼基因组DNA提取方法的探讨

以鲫鱼的血液、肌肉、肝、肾为材料，采用苯酚一氯仿法、试剂盒法提取鲫鱼基因组DNA，对不同方法提取的结果进行了紫外分光光度、琼脂糖凝胶电泳、微卫星PCR扩增等方法的鉴定。结果表明不同方法提取的鲫鱼基因组DNA浓度在385．8～3167．5ng/μL，A260／280比值处于1．66～1．87，所提取的DNA适合微卫星PCR扩增。因此，用苯酚-氯仿法对鲫鱼的血液、肌肉、肝、肾，用试剂盒法对鲫鱼的血液均能提取鲫鱼基因组DNA。     

罗非鱼的SRY基因PCR扩增分析

SRY与性别有关，本文通过对罗非鱼SRY基因分析来探索罗非鱼的性别决定机制。引物对A是根据人的SRY基因来设计的，它特异扩增正常男性SRY基因含保守区在内约600bpDNA片断。用引物对A扩增三种罗非鱼的SRY基因，结果表明：在奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼、以及奥尼杂交鱼这些鱼的雌雄中都只出现了大小一致的1条带，经检测为SRY的同源基因，无性别特异性。     

鱼类不同保存方法的DNA提取及RAPD分析

为了探索一种既能使野外采集的鱼类组织标本DNA保存完好。又方便带回实验室用于RAPD分析的方法，本研究以4种不同鱼的尾鳍为材料。分别采取-20℃低温冷藏和100％乙醇固定的方法．对其进行DNA提取，并将提取的DNA作为模板。进行RAPD的比较分析，结果表明。采用100％乙醇固定保存的样品与-20℃低温冷藏的样品一样，二者均可得到高质量的DNA，DNA大小在21Kb左右。电泳带型整齐．无降解，RAPD的扩增结果也完全一致。说明用100％乙醇固定保存鱼类组织标本的方法方便有效。     

3种DNA提取方法对WSSV检测结果的影响

比较了酚-氯仿法、煮沸法、试剂盒法3种基因组DNA提取方法对WSSV DNA提取效率、纯度及病毒检测结果的影响.结果表明,3种方法的DNA提取效率平均值分别为101.5、372.6、21.5 ng/μl;OD260/OD280范围分别是1.979～2.175(平均值为2.070)、1.699～1.932(平均值为1.796)、1.784～2.075(平均值为1.951);OIE巢式PCR阳性率分别为60%、50%、70%;TaqMan定量PCR检测的病毒阳性率均为100%,病毒拷贝含量分别为916.0～2.23×106、63.3～1.78×106、479.7～2.70×106Copies/μl DNA.     

福尔马林固定鱼类标本DNA提取方法的优化

气候变化和人类活动胁迫致使许多海洋鱼类种群结构发生了显著变化。为了摸清鱼类种群结构对气候变化和人类胁迫活动的响应机理,利用福尔马林固定标本研究较早年代海洋鱼类DNA是一种有效的途径。为了解决福尔马林固定鱼类样本DNA提取质量差的难题,以福尔马林固定近50年的金线鱼(Nemipterus virgatus)标本为例,研究DNA提取过程中多个因素对DNA提取产量的影响。以取样部位、除甲醛处理、消化时间、抽提方法为考察因素,以DNA提取浓度为评价指标,通过SPSS软件设计L8(4×24)正交实验。结果,得到的最优处理组为:肌肉组织样品经GTE缓冲液浸泡与酒精梯度处理后,90℃水浴30 min,真空干燥处理,加入裂解液与蛋白酶K,55℃水浴消化3 h,试剂盒法提取DNA。除甲醛处理是提高DNA产量的关键,处理步骤越多效果越好。90℃水浴后再消化能够显著提高DNA提取效率。通过对比标本DNA与新鲜样品DNA,PCR扩增的结果,证明使用优化方法提取的DNA能够满足后续研究的需求。     

黄河鲶基因组DNA提取与纯化方法的研究

从鲶肌肉、肝、肾、血中提取基因组DNA。经过0.8%琼脂糖凝胶电泳检测,DNA带型整齐。紫外分光光度仪测定基因组DNA的D260 nm/D280 nm达1.77~1.82,证明所提取基因组DNA质量较好,可用作聚合酶链式反应(PCR)的模板所需。     

9种鱼类非放射性DNA指纹图谱

用ＤＩＧ标记Ｊｅｆｆｒｅｙｓ人源小卫星３３．６和３３．１５为探针,与青鱼、草于、鲢、鳙、鲤、团头鲂、鳜鱼、尼罗罗非鱼,奥利亚罗非鱼基团组ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交,获得多态性丰富的个体特异性ＤＮＡ指纹图谱,建立了９种鱼类的非放射性ＤＮＡ指纹图谱。用ＤＩＧ标记小卫星探针制作鱼类ＤＮＡ指纹图谱安全可靠,克服了用放射性元素标记探针制作鱼类ＤＮＡ指纹图谱的限制和不足,拓宽了鱼类ＤＮＡ方图谱的应用范围９     

鱼类遗传研究中AFLP标记技术的应用

扩增片段长度多态性(Amp lified Fragm ent Length Polymorph ism,AFLP)是一种新的DNA指纹技术,具有多态性丰富、结果可靠、所需DNA量少等优点。AFLP标记技术在鱼类遗传研究上已得到广泛的应用,并取得了一定成果。     

A rapid non-enzymatic method of DNA extraction for PCR detection of white spot syndrome virus in shrimp

The present study describes a simple method of extraction of white spot syndrome viral DNA (WSSV) from infected shrimp for the polymerase chain reaction (PCR) detection of WSSV. The DNA preparation using this method was found to be free from the host DNA, RNA and protein, and is suitable for different PCR protocols such as single‐step PCR, nested PCR and single‐tube semi‐nested PCR. This method of extraction has worked successfully for extracting the WSSV‐DNA from different organs (haemolymph, eyestalk, carapace, head muscle, heart, gills, appendages, heptopancreas, stomach, intestine, abdominal muscle and tail muscle) of WSSV‐infected adult shrimp, and WSSV‐infected larvae and postlarvae.     

南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。     

十三种淡水养殖鱼类的DNA含量

通过流式细胞仪测定了青鱼等十三种我国主要淡水养殖鱼类外周血红铁ＤＮＡ含量。其中青鱼、草鱼、鲢和鳙的ＤＮＡ含量比较接近，其２Ｃ值 ２．２０、２．１８、２．１８、２．１５ｐｇ，四种鱼相比较，差异不显著。     

环境DNA技术在鱼类资源研究中的应用

环境DNA (Environment DNA, eDNA) 技术因其无创、高效、经济、灵敏等特点在水生生态系统生物评价中愈来愈引起人们的重视。文章围绕eDNA技术的内容、应用现状和面临的挑战3个方面,系统综述了该技术在实验室环境和野外环境水生生态系统生物量评估中的应用进展,探讨其优劣势、生态过程、评估错误等内容,展望了该技术在水生生物量评估领域的应用前景,以期为eDNA技术的相关应用研究提供参考。

     

斑节对虾白斑综合症病毒部分基因组文库及核酸探针检测法

通过分离纯化白斑综合症病毒（ＷＳＳＶ）粒子,抽提病毒ＤＮＡ。用限制性内切酶ＥｃｏＲⅠ或ＳａｌⅠ酶切后,克隆入质粒ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔⅡＫＳ中,从而建立了ＷＳＳＶ部分基因组文库。估计ＷＳＳＶ基因组ＤＮＡ在１６５ｋｂ以上。将ＷＳＳＶ ＥｃｏＲⅠ克隆片段标记制备为探针。进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交、打点杂交和原位杂交,其结果证明了克隆片段对ＷＳＳＶ特异,并为检测ＷＳＳＶ提供了方法。通过对部分基因组文库序列     

不同方法保存的患病异育银鲫中鲤疱疹病毒2型DNA提取和PCR扩增效果分析

以患鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,Cy HV-2)疾病的异育银鲫(Carassius auratus gibelio)肾脏为实验材料,采用-20℃冷冻、100%乙醇、Dafano's液、10%福尔马林、Zenker's液、Müller's液、2.5%戊二醛、Helly's液、Mossman's液、Bouin's液和Carnoy's液不同方法进行保存,通过微量分光光度计检测和琼脂糖凝胶电泳探讨不同保存方法对病毒DNA提取效果、常规PCR扩增效果和巢式PCR扩增效果的影响。结果表明:从病鱼肾脏中提取DNA时,除100%乙醇保存方法与-20℃冷冻保存组一样可以提取高质量的DNA外,其它保存方法对DNA提取有不同程度的影响,100%乙醇保存方法和保存的材料可以用作于鲤疱疹病毒2型DNA的提取;常规PCR扩增时,100%乙醇、Zenker's液、2.5%戊二醛、Helly's液、Bouin's液和Carnoy's液保存方法与-20℃冷冻保存组具有相同的效果,在362 bp处出现明亮一致的清晰单一目的条带,这6种保存方法及其保存的材料可以用作鲤疱疹病毒2型的常规PCR扩增;巢式PCR扩增时,100%乙醇、Dafano's液、10%福尔马林、Zenker's液、Müller's液、2.5%戊二醛、Helly's液、Mossman's液、Bouin's液和Carnoy's液所有保存方法与-20℃冷冻保存组具有相同的效果,在339 bp处出现明亮一致的清晰单一目的条带,这些保存方法及其保存的材料均可以用作于鲤疱疹病毒2型的巢式PCR扩增,在采用巢式PCR进行检测和诊断患鲤疱疹病毒2型疾病上具有应用价值。     

鳙鱼不同组织基因组DNA提取方法的探讨

分别采用试剂盒和常规苯酚/氯仿抽提法提取新鲜的鳙鱼肌肉、肝脏、尾鳍以及用乙醇保存的3种组织基因组DNA,并对其进行综合分析。结果表明,对3种组织的新鲜样品2种方法均能提取高质量的DNA,而用乙醇保存的3种组织,DNA样品质量最好的是尾鳍,其次是肌肉,肝脏最差;总的来看,试剂盒法提取的DNA纯度较好,但是浓度低,而苯酚法得到的DNA浓度高,质量好,且相对成本低。综合比较,苯酚/氯仿抽提法提取乙醇保存的尾鳍组织基因组DNA是一种行之有效的方法,可以在鱼类分子研究中推广应用。