50 份黄瓜核心种质的 SSR 标记筛选与聚类分析

【目的】分析 50 份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对 50 份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计 66 对 SSR 引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【结果】供试 50 份黄瓜核心种质材料的瓜皮颜色、刺瘤、瓜皮斑纹具有多样性。66 对引物中有 32 对引物能够在不同黄瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记,这 32 对 SSR 引物共扩增出 280 个等位基因片段,其中多态性片段 216 个、占片段总数的 77.1%,表明本研究筛选出的 32 对 SSR 引物遗传多态性较高,适用于黄瓜种质材料的遗传多样性分析。聚类结果与所调查的种质资源性状表现结果较为一致。50 份黄瓜核心种质遗传相似系数最低为 0.62、最高达 1.00。在遗传相似系数 0.754 处,50 份黄瓜种质材料聚为 7 类,即 9 份华南型材料聚为 6 类：I 类、III 类、IV 类、V 类、VI 类、VII 类,其中 IV 类包含 1 份中间材料与 9 号华南型材料;40 份华北型黄瓜材料聚为 1 类：II 类。表明华北型黄瓜材料和华南型黄瓜材料间相似系数低、亲缘关系远;华北型黄瓜材料间相似系数高、亲缘关系近、遗传背景窄、遗传多样性差;而华南型黄瓜材料间相似系数较低、亲缘关系较远、遗传背景宽、遗传多样性丰富。【结论】筛选出 32 对 SSR 引物可有效对 50 份黄瓜核心种质材料进行聚类分析,遗传相似系数为 0.754 处 50 份黄瓜材料聚为 7 类,其结果与性状调查结果相吻合;华北型黄瓜遗传背景窄、遗传多样性差,华南型黄瓜遗传背景相对较宽,遗传多样性丰富。     

菌草种质资源iPBS多样性分析

[目的]对47份菌草种质资源进行遗传多样性分析.[方法]利用iPBS (Inter Primer Binding Site Amplification,引物结合位点间扩增)分子标记技术对47份菌草种质资源材料进行遗传多样性分析.利用从28个iPBS引物中共挑选出的11个扩增效果较好的iPBS引物,对47份菌草种质材料的DNA进行PCR扩增和电泳分析.[结果]11个iPBS引物在47份菌草种质材料上共给出了208个多态片段,平均每个引物给扩增出18.9个多态片段,聚类分析表明,供试材料之间的遗传相似性系数(SM)分布在0.58～0.99之间,在遗传相似系数0.67时可将47份菌草种质材料分成10大类群,所有47份材料被区分开来.[结论]iPBS分子标记技术可以有效用于菌草种质资源材料的品种鉴定和遗传多样性分析,本研究为科学管理和利用菌草种质资源提供理论指导和技术支撑.     

玉米种质材料遗传多样性的ISSR分析

[目的]利用ISSR分子标记分析越南北部山区当地玉米种质材料的遗传多样性.[方法]采用ISSR技术和10个引物对从越南和老挝北部山区3个省收集的21份玉米种质材料即12份普通玉米和9份糯玉米的遗传多样性进行分析.[结果]在21份玉米种质材料中可以检测到108个ISSR片段,其多态性为100%.ISSR引物的多态性信息量值为0.10~0.39,每条引物平均为0.24;分辨力为14.29~0.48,平均每条为4.48.除ISSR-TI以外,所有ISSR引物在13份玉米材料中均产生特异性片段.根据聚类分析结果,使用70%的遗传相似性作为切割点,建立了玉米种质材料系统树,21份玉米种质材料被分为3大类.不同玉米材料的相似系数为0.52~0.90.[结论]IssR标记可提供玉米种质遗传多样性信息,对越南玉米种质材料的收集、保护和育种具有重要作用.     

柳枝稷种质遗传多样性的SSR分析

利用从本试验32对引物中筛选得到的7对稳定可靠的SSR标记引物,对10份柳枝稷种质材料进行遗传多样性的SSR分析。结果表明：不同种质材料在7个位点的PIC值在0.669～0.881之间,遗传相似系数在0.385 4～0.905 7范围内波动。依据遗传距离和引物,应用非加权组平均法（UPGMA）对材料进行聚类分析,其中引物5211_B07的聚类结果和遗传距离的聚类结果相同：5个登记品种材料和野生种质材料No.2聚为一类,种质间遗传关系较近;其他4份野生种质聚为另一大类。     

基于SRAP和ISSR标记的薄荷种质资源遗传 多样性及亲缘关系分析

[目的]研究薄荷种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为薄荷地方种质资源的收集、保护及材料创新提供参考.[方法]结合SRAP和ISSR标记对48份不同来源薄荷种质材料的DNA进行多态性扩增,并根据扩增图谱进行遗传多样性及聚类分析.[结果]利用筛选的20对SRAP和ISSR引物从48份薄荷种质材料分别扩增出187和183条条带,多态性比率分别为97.33%和97.27%.48份薄荷种质材料的平均Nei's遗传多样性指数(H')为0.1672,平均Shannon's信息指数(I)为0.2762,说明供试薄荷种质材料的遗传多样性较丰富.聚类分析结果显示,48份薄荷种质材料可分为五大类,其中I类又可分为5个亚类,该聚类结果主要由品种差异决定,受地域影响较小;在遗传相似系数为0.76处可将33份贵州薄荷资源分为四大类.不同来源的薄荷群体遗传多样性排序为引进群体>贵州群体>重庆群体>云南群体,贵州群体与引进群体遗传距离最大,与云南群体和重庆群体遗传距离较小,说明贵州群体、云南群体和重庆群体亲缘关系较近.[结论]SRAP和ISSR标记对薄荷种质材料的多态性检出率较高.薄荷属种间具有丰富的遗传多样性,但种内遗传变异较小.贵州薄荷种质材料的遗传基础较引进材料狭窄,与云南和重庆的薄荷种质材料遗传背景较近.     

菌草种质资源iPBS多样性分析（英文）

[目的]对47份菌草种质资源进行遗传多样性分析。[方法]利用iPBS(Inter Primer Binding Site Amplification,引物结合位点间扩增)分子标记技术对47份菌草种质资源材料进行遗传多样性分析。利用从28个iPBS引物中共挑选出的11个扩增效果较好的iPBS引物,对47份菌草种质材料的DNA进行PCR扩增和电泳分析。[结果]11个iPBS引物在47份菌草种质材料上共给出了208个多态片段,平均每个引物给扩增出18.9个多态片段,聚类分析表明,供试材料之间的遗传相似性系数(SM)分布在0.58~0.99之间,在遗传相似系数0.67时可将47份菌草种质材料分成10大类群,所有47份材料被区分开来。[结论]iPBS分子标记技术可以有效用于菌草种质资源材料的品种鉴定和遗传多样性分析,本研究为科学管理和利用菌草种质资源提供理论指导和技术支撑。     

咖啡种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]对我国收集保存的咖啡种质资源进行遗传多样性分析,为咖啡种质资源的收集、保存、鉴定、创新及有效利用提供理论参考.[方法]从哥伦比亚大学(UBC Primer Set#9)公布的100个ISSR引物序列中筛选出多态性好、扩增条带清晰且重复性好的引物,利用其对72份咖啡种质材料进行扩增,对电泳图谱进行统计分析,并利用NT-SYSpc 2.1计算遗传相似系数和遗传距离.根据非加权算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,并进行主坐标分析.[结果]筛选出的19条引物共扩增出153条条带,其中多态性条带数为128条,占总条带数的83.7%;72份咖啡种质材料间的遗传相似系数为0.4531~0.9609,平均为0.6567;遗传距离为0.0351~1.0951,平均为0.4081.其中,大粒种种内遗传相似系数最大(0.9297~0.9531),遗传距离最小(0.0445~0.0669);中粒种种内遗传相似系数最小(0.5781~0.8750),遗传距离最大(0.1210~0.5363).主坐标分析与聚类分析结果一致,均显示72份咖啡种质材料可分为三大类,其中3份大粒种、3份查理种及1份中粒种巴布亚新几内亚-2聚为Ⅰ类群;32份小粒种聚为聚为Ⅱ类群;除巴布亚新几内亚-2外的其他31份中粒种及1份中小粒杂交种Arabusta和1份福建咖啡共33份聚为Ⅲ类群.聚类分析结果与种质地理来源无明显相关性.[结论]咖啡种质资源各种间存在较大的遗传差异,以中粒种种内遗传多样性较丰富,以大粒种种内遗传多样性较低.利用ISSR分子标记可准确分析咖啡资源遗传多样性.     

玉米种质材料遗传多样性的ISSR分析（英文）

【目的】利用ISSR分子标记分析越南北部山区当地玉米种质材料的遗传多样性。【方法】采用ISSR技术和10个引物对从越南和老挝北部山区3个省收集的21份玉米种质材料即12份普通玉米和9份糯玉米的遗传多样性进行分析。【结果】在21份玉米种质材料中可以检测到108个ISSR片段,其多态性为100%。ISSR引物的多态性信息量值为0.10～0.39,每条引物平均为0.24;分辨力为14.29~0.48,平均每条为4.48。除ISSR-T1以外,所有ISSR引物在13份玉米材料中均产生特异性片段。根据聚类分析结果,使用70%的遗传相似性作为切割点,建立了玉米种质材料系统树,21份玉米种质材料被分为3大类。不同玉米材料的相似系数为0.52~0.90.【结论】ISSR标记可提供玉米种质遗传多样性信息,对越南玉米种质材料的收集、保护和育种具有重要作用。     

玉米种质材料遗传多样性的ISSR分析

【目的】利用ISSR分子标记分析越南北部山区当地玉米种质材料的遗传多样性。【方法】采用ISSR技术和10个引物对从越南和老挝北部山区3个省收集的21份玉米种质材料即12份普通玉米和9份糯玉米的遗传多样性进行分析。【结果】在21份玉米种质材料中可以检测到108个ISSR片段,其多态性为100%。ISSR引物的多态性信息量值为0.10～0.39,每条引物平均为0.24;分辨力为14.29~0.48,平均每条为4.48。除ISSR-T1以外,所有ISSR引物在13份玉米材料中均产生特异性片段。根据聚类分析结果,使用70%的遗传相似性作为切割点,建立了玉米种质材料系统树,21份玉米种质材料被分为3大类。不同玉米材料的相似系数为0.52~0.90. 【结论】ISSR标记可提供玉米种质遗传多样性信息,对越南玉米种质材料的收集、保护和育种具有重要作用。     

外引水稻种质资源表型性状遗传多样性分析

为了解新疆维吾尔自治区(以下简称新疆)和其他地区、国家外引水稻种质资源间的遗传多样性水平,利用32个表型性状对105份新疆水稻种质资源和253份其他地区、国家外引水稻种质资源进行表型性状遗传多样性、主成分和聚类分析。结果表明:水稻种质资源数量性状的平均变异系数为16.73%,变异系数最大的是二次枝梗数(32.22%),最小的是谷粒宽(6.82%)。新疆水稻种质资源数量性状的平均遗传多样性指数为1.95,质量性状为0.51;其他地区、国家水稻种质资源数量性状的平均遗传多样性指数为2.02,质量性状为0.40。通过主成分分析,将16个数量性状转换为5个主成分,提供的信息量分别占总信息量的84.66%(新疆)和84.60%(其他地区、国家)。利用UPGMA法,将参试材料划分为5类,第1类群包含201份材料,其中新疆材料65份,为穗粒数多的品种;第2类群包含5份材料,为高秆、大穗但结实率较低的品种;第3类群包含32份材料,为着粒密度较稀、穗粒数较少的品种;第4类群包含118份材料,其中新疆材料有36份,此类群的每穗总粒数和每穗实粒数少于全部材料平均值但高于第3类群平均值;第5类群只包含2个材料,与其他材料亲缘关系较远,遗传差异较大。新疆水稻种质资源和其他地区、国家外引水稻种质资源之间有一定的遗传差异,在育种工作中可挖掘不同地区资源的有利基因,增加遗传多样性。     

洋葱种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对32份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从31个ISSR引物中筛选出4条扩增产物条带清晰、多态性高的引物,在32份资源样品中共扩增出39条带,其中31条带为多态性位点,平均每个引物扩增的多态带数为7.75条,多态性条带比率(PPB)为79.48%。资源间的遗传相似系数在0.552～0.960之间,具有较为丰富的遗传多样性。ISSR聚类分析表明,在L取值为D=0.68时,可将32份洋葱资源分成5类:第一类包括18份种质资源,主要以Yellow Sweet Spanish系统为主;第二类包括1份种质资源,为Bejo Daytona;第三类包括3份种质资源,为Yellow Globe系统;第四类包括9份种质资源,为Yellow globe danvers系统;第五类包括1份种质资源,为Yellow Danverssystem系统。较好地揭示了洋葱种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,可为洋葱遗传育种和杂交亲本选择提供科学依据。     

32份油药兼用红花种质资源表型性状遗传多样性分析

【目的】 筛选出油药兼用优质红花种质资源,为选育适应新疆油药兼用优质红花品种提供参考。【方法】 对收集的32份油药兼用红花种质资源进行遗传多样性、变异和聚类分析。【结果】 种质资源中生育期在80~90 d的有4份,90~100 d的6份,100~110 d的16份,110 d的以上的6份。参试材料的10个质量遗传多样性指数变幅在0.37~1.29;花色的遗传多样性指数最高(1.29);数量性状中多样性指数最大的是含油率和油酸,为3.47;聚类分析将 32份材料可以分为10大类,其中第一大类中以青海的材料为主;第二大类包含14份材料;第三大类3份材料;第四大类包括3份材料,主要来自山东。其他材料BXY11(甘肃)、BXY1(新疆)、BXY19(河北)、BXY3(江苏)、BXY8(浙江)分别成一类。【结论】 油药兼用红花种质资源主要是叶型倒披(90.6%)、籽粒壳性普通(87.5%)、花球性状圆锥(84.4%)、籽粒性状圆锥(87.5%)为主,新疆油药兼用红花品种品质性状遗传多样性高于产量性状,且材料的聚类与其来源无明显的联系,但青海、甘肃、河南、山东的材料优先聚在一起,新疆拥有丰富的油药兼用红花种质资源,且遗传距离较远。     

贵州地方向日葵种质资源表型性状多样性分析

为研究贵州地方向日葵的遗传多样性,对不同生态区域的65份向日葵种质资源的25个主要农艺性状如株高、叶形、叶色等进行遗传多态性、主成分及聚类分析。结果发现,17个主要农艺质量性状的变异系数平均值为26.71%,遗传多样性指数达0.73;数量性状方面子实长度、百粒重等8个指标的变异系数平均值为20.11%,遗传多样性指数达1.96;主成分分析结果显示茎粗、株高和叶片数在8个测量性状中累计贡献率为80.58%;基于25个表型性状的聚类分析发现,向日葵资源分为两个大类四个亚类,以上结果说明贵州地方向日葵具有十分丰富的多样性。     

枸杞种质资源遗传多样性的iPBS分析

采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量为0.46.采用POPGENE软件计算34份种质的平均有效等位基因数为1.570,平均Nei's基因多样性指数为0.327,平均Shannon信息指数为0.489,表明34份种质具有丰富的遗传多样性.采用NTSYS-pc软件计算得到34份种质间的遗传相似系数为0.56~0.93,非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.65时,可将34份种质分成5大类群,反映出栽培品种与野生种质遗传差异大,亲缘关系较远.iPBS分子标记可有效用于枸杞种质资源遗传多样性分析.     

113份六倍体冬性小黑麦种质遗传多样性

【目的】 研究冬性小黑麦种质资源表型性状的遗传多样性关系及筛选综合性状优异的冬性小黑麦种质,为冬性小黑麦育种、亲本选配及重要性状研究提供理论依据。【方法】 对113份冬性小黑麦8个表型性状采用Shannon-Wiener’s多样性指数进行遗传多样性分析,研究参试冬性小黑麦种质8个表型性状在连续2年的频次分布规律,分析各性状利用相关性及性状间关系,利用主成分分析构建冬性小黑麦种质综合评价体系,通过聚类分析明确参试材料的分类。【结果】 8个表型性状的平均变异系数为13.02%,单株籽粒产量、千粒重、每穗粒数、单株穗数、穗长、株高的变异系数超过10%,其中单株籽粒产量最大为18.01%,粒宽最小为5.09%;各性状遗传力均在85%以上;各性状遗传多样性指数为1.33~2.24,单株籽粒产量遗传多样性最高,粒长的遗传多样性最低;各性状存在着不同的相互关联,单株籽粒产量与每穗粒数、千粒重、穗长、粒长、株高呈极显著正相关,单株穗数与千粒重、每穗粒数呈极显著负相关。主成分分析提取到了3个主成分,累计贡献率为80.43%,第一主成分是籽粒产量主成分与单株籽粒产量、每穗粒数、千粒重有关,第二主成分是籽粒形态主成分与粒长和粒宽有关,第三主成分是株高主成分与株高和穗长有关;聚类分析将参试材料分为4类,第一类包含12份材料,属于高秆型材料,第二类包含40份材料,属于多穗型材料,第三类包含30份材料,属于高产型材料,第四类包含31材料,属于大粒型材料。【结论】 冬性小黑麦综合性评价筛选出表现优良籽粒高产型小黑麦11份。参试材料的遗传多样性丰富,综合评价较好,可有效补充小黑麦种质资源。     

用RAPD标记分析不同居群半夏的遗传多样性

 以我国15个省区23个不同居群半夏为研究对象,探讨了半夏在分子水平上的遗传多样性。研究结果表明：在24条引物中筛选出4条引物,经过PCR扩增共得到32条扩增带,其中28条表现为多态性条带,多态性变异率为87.4%。在23组不同材料之间多态性变异率最高的是I组的DNA,为73.7%;最低的是L ₁组的DNA,变异率为18.2%;平均为44.0%。不论是居群间还是居群内,变异程度都较大。     

利用不同分子标记分析烟草种质资源多态性

[目的]研究烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。[方法]利用SSR、EST-SSR和In Del这3种分子标记对53份不同类型的烟草材料进行区别与鉴定。[结果]53份烟草材料可分为2大类群,2个亚类;与EST-SSR和SSR分子标记相比,In Del分子标记以其扩增谱带少、特异性强,易于识别和统计,更适合用于烟草种质资源遗传多样性分析与研究。[结论]该研究能够较好地揭示烟草栽培品种类型间的遗传多样性与亲缘关系,可为烟草种质鉴定和遗传连锁图谱构建提供科学依据。     

18份大蒜种质资源遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD标记对大蒜18个品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。从38个随机引物中筛选出6个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出36条谱带,其中多态性谱带27条。根据36个标记位点的信息,利用POPGENE32软件计算相关参数。结果表明,在物种水平上,多态性位点百分率P=75%,平均每个位点有效等位基因数Ne=1.4964,Nei s基因多样性指数H=0.2819,Shannon s多样性信息指数I=0.4158。根据Nei s遗传距离进行各类型间的UPGMA聚类分析,聚类结果将18个品种分为2大类群,成都二水早与其它地区大蒜种质资源有较大差别。     

利用ISSR分子标记分析44份红麻种质资源的遗传多样性

1材料与方法1．1材料征集并选取红麻材料44份,分别来自11个国家和地区,其中包括野生种及半野生种12份,栽培品种32份．品种来源及类型见表1。     

我国金沙江干热河谷地区甘蔗野生种质资源采集与鉴定

为了扩充国家甘蔗野生资源,进一步挖掘具有育种潜力的亲本材料。对金沙江干热河谷地区华坪县、攀枝花市区、盐边县、米易县、会理县、永仁县等12个市县的甘蔗野生种质资源进行了采集和鉴定,共采集斑茅9份,割手密20份,蔗茅4份,芒1份,涉及4个属4个种,合计34份。主要农艺性状相关性分析结果表明:所采集的甘蔗野生种质资源性状差异显著,株高、茎粗、叶长和叶宽均存在极显著或者显著(株高和叶长)的相关性,而锤度与其它指标不相关。遗传多样性分析表明:所采集的甘蔗野生种质资源多样性指数为1.53~1.68,变异系数为0.35~0.61,具有较高的遗传多样性。聚类分析可将其分为四个类群,其中Ⅲ类群具有较好的锤度品质潜力,Ⅳ类群具有较大的生物产量。Ⅲ和Ⅳ类群可推荐作为甘蔗育种的优异材料。