北京黑猪MYH3和MYH13基因多态性与肉质性状的关联分析

【目的】 试验旨在研究肌球蛋白重链3（myosin heavy chain 3,MYH3）和肌球蛋白重链13（myosin heavy chain 13,MYH13）基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】 利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状（肌内脂肪（intramuscular fat,IMF）、水分、滴水损失、酸碱度（pH）、肉色L^*值、肉色a^*值和肉色b^*值）表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量,采用协方差分析,确定与猪肉质性状相关的SNPs,利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】 试验共筛选到9个SNPs,其中MYH3基因CDS区有1个错义突变（c.5782 G>C）与IMF显著相关（P<0.05）,且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关;MYH13基因CDS区有4个SNPs,其中2个（c.1923 G>A、c.1308 G>A）与肉色a^*值显著相关,1个（c.963 G>A）与滴水损失显著相关,1个（c.237 G>T）与肉色L^*值显著相关（P<0.05）;MYH13基因启动子区有4个SNPs,其中2个（rs699287502、rs318639161）与肉色L^*值显著相关,2个（rs321315318、rs330770991）与滴水损失显著相关（P<0.05）,且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】 MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关,且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关,且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关;3个SNPs与肉色L^*值显著相关;2个SNPs与肉色a^*值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。     

甘肃黑猪血浆蛋白质多态性与眼肌面积关系的研究

采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳 (PAGE)技术对甘肃黑猪合成系 37头猪的转铁蛋白 (Tf)、淀粉酶 1(Am1)、淀粉酶 2 (Am2 )、酯酶 (Es)、前白蛋白 (Pa) 5个蛋白质基因座的多态性进行了检测 ,并应用通用线性模型分析了这 5个基因座共 17种基因型对眼肌面积的相关效应。结果表明 ,TfBB型猪的眼肌面积显著小于其他基因型猪的眼肌面积 (P <0 0 5 ) ,因此这个位点可望用于甘肃黑猪的标记辅助选择     

北京黑猪DKK3和CCR1基因多态性检测及其与背膘厚的关联分析

旨在探讨DKK3和CCR1基因多态性及其对北京黑猪背膘厚的影响,以期能够筛选出可用于提高北京黑猪背膘厚性状的分子标记,为北京黑猪优良性状定向选育提供依据。本研究以413头健康的北京黑猪为试验材料,对其进行DNA提取、PCR扩增、基因测序筛选候选基因的SNPs,同时利用SAS 9.2软件对突变位点的不同基因型分别与北京黑猪的六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚进行关联分析。结果显示,在北京黑猪DKK3基因的外显子区共检测到10个SNPs,包含1个可变剪切突变、1个错义突变和8个3'UTR突变,其中有4个3'UTR突变位点均与腰荐部背膘厚显著关联(P<0.05),分别为g.47443779 T>C、g.47444258 C>T、g.47444912 G>T和g.47445304 T>C,其余位点与六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚均不显著关联(P>0.05)。在CCR1基因的外显子区共检测到3个SNPs,包含2个同义突变和1个错义突变,其中1个同义突变位点g.29229037 G>A与六七肋背膘厚显著关联(P<0.05)。对DKK3的10个SNPs进行连锁不平衡分析,结果显示,g.47443779 T>C和g.47443783 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47443783 C>T和g.47443858 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47444258 C>T和g.47444275 C>T呈现高度连锁状态(D’=0.98)。综上所述,DKK3和CCR1基因的SNPs分别与北京黑猪的腰荐部背膘厚和六七肋背膘厚有显著关联性,可为北京黑猪背膘厚的早期分子选育提供参考。     

江泉黑猪GPAT3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探究江泉黑猪甘油-3-磷酸酰基转移酶3(glycerol-3-phosphate acyltransferase 3,GPAT3)基因多态性及其与生长性状的相关性,为江泉黑猪的遗传改良和优化繁殖计划提供理论和技术支持。【方法】采集292头江泉黑猪的耳组织样并提取DNA,PCR扩增GPAT3基因片段,结合Sanger测序与MassARRAY^?核酸质谱分析系统检测单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点及基因分型。利用R语言3.6.2、HaploView、PHASE等软件进行GPAT3基因SNP位点的遗传效应、连锁不平衡和单倍型分析。利用SAS 9.2软件分析GPAT3基因SNP位点及其构成的单倍型块与江泉黑猪生长性状的相关性。【结果】在GPAT3基因及其5′-调控区共发现10个SNPs,其中4个为低度多态,6个为中度多态;7个SNPs位点基因型频率分布处于哈代-温伯格平衡状态。关联分析发现,9个SNPs与江泉黑猪生长性状呈显著关联(P<0.05),其中g.134957929 G>A、g.1349...     

北京黑猪HoxB簇基因多态性与脊椎数及胴体性状的关联分析

旨在对北京黑猪HoxB簇9个基因(HoxB1-7、9和13)的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)进行关联分析。本研究提取251头220日龄的健康北京黑猪耳组织DNA,对HoxB簇的9个基因通过引物设计、聚合酶链式反应(PCR)技术、Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,并计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析。结果,本试验共筛选到4个基因共12个非编码区的(UTR)SNPs,包括HoxB2基因的1个5′UTR突变、HoxB5基因的2个3′UTR突变、HoxB9基因的2个3′UTR突变以及HoxB13基因的7个3′UTR突变。将12个SNPs分别与脊椎数和胴体性状使用Duncan′s多重检验统计分析发现,HoxB2基因的1个5′UTR突变(c.40 C>T)、HoxB5基因的2个3′UTR突变(c.1766 A>G、c.1767 A>G)均与性状关联不显著(P>0.05);而HoxB9基因中的1个3′UTR突变(c.2743 C>T)与胴体性状关联显著(P<0.05),HoxB1...     

北京黑猪RBP4基因与繁殖性状的关联分析

以北京黑猪为研究对象，选取视黄醇结合蛋白4（Retinol—binding proteins4，RBP4）基因为繁殖性状的候选基因，其扩增产物经MspI酶切后，在北京黑猪群体中发现AA、AB和BB3种基因型，其A、B等位基因的频率、多态信息含量、杂合度分别为0．5296、0．4704、0．3741和0．4982，表明该位点处于中度多态。x^2适合性检验表明北京黑猪群体该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0．05）。用SAS8．0软件最小二乘法拟合线性模型，将不同基因型与总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和出生重（WB）进行了关联分析，结果表明：经产母猪各基因型间的TNB、NBA、WB差异均不显著（P〉0．05）。初产母猪BB型比AA和AB型个体的TNB分别多1．04（P〈0．05）和0．31头；BB和AB型比AA型个体的NBA分别多1．47（P〈0．05）和1．35头。基因效应分析结果表明，初产母猪该位点的B等位基因对TNB、NBA和WB都表现为正效应，分别使各性状增加了0．2820头、0．4085头和0．0009kg，即B等位基因可能为北京黑猪繁殖性能的有利等位基因。     

北京黑猪GREB1L和MIB1基因多态性与肋骨数及胴体性状的关联分析

旨在开展GREB1L和MIB1基因多态性与肋骨数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)关联分析,筛选关键功能位点。本研究选取屠宰日龄为215天的317头健康北京黑猪,并提取耳组织DNA,对GREB1L和MIB1基因进行引物设计、并利用聚合酶链式反应(PCR)技术和Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与肋骨数和胴体性状进行关联分析。试验共筛选到6个SNPs,包括GREB1L基因的3个同义突变、MIB1基因的2个同义突变和1个内含子区的可变剪切突变。将6个SNPs分别对肋骨数和胴体性状使用Duncan’s多重检验统计分析发现,GREB1L基因上的3个同义突变6:106574972 G>A、6:106648540 C>T、6:106648558 A>G与性状关联均不显著(P>0.05);MIB1基因上的1个同义突变6:106936590 C>T与胴体长显著相关(P<0.05);而内含子15～16的6:107016475 A>G可变剪切突变与肋骨数显著相关(P<0.05);第三个同...     

松辽黑猪FOXA2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1 337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1 343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1 626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P&...     

北京黑猪AQP9和RPS10基因多态性及其与背膘厚的关联分析

旨在研究水通道蛋白9(aquaporins9,AQP9)及核糖体蛋白10(ribosomal protein S10,RPS10)基因多态性及其与北京黑猪背膘厚的相关性,以期能够获得北京黑猪背膘厚的有效标记。本研究以413头北京黑猪为研究对象,测定不同部位(肩部、6-7肋间、胸腰结合、腰荐结合)的背膘厚度。PCR扩增AQP9和RPS10基因的启动子区和外显子区序列筛选SNP位点,并将SNPs与各部位背膘厚进行关联分析。运用荧光定量PCR检测基因的差异表达。结果发现,AQP9基因启动子区有4个突变位点,其中1个SNP:rs332699245 A>C与胸腰结合处背膘厚关联显著(P<0.05),且该位点突变预测到了结合转录因子的改变;RPS10基因在3′UTR、CDS区共有8个突变位点,其中5个与背膘厚显著关联：rs80795904 C>G、rs80932213 T>C与6～7肋间背膘厚关联显著(P<0.05),rs3469834461 C>T与肩部背膘厚、四点平均背膘厚关联显著(P<0.05),rs80862457 C>T与胸腰结合处背膘厚、...     

北京黑猪NR6A1、VSX2、VRTN、LTBP2基因多态性与脊椎数及胴体性状的关联分析

旨在研究NR6A1、VSX2、VRTN、LTBP2基因在北京黑猪群体中基因的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)的关联。本研究提取410头(210±7)日龄健康北京黑猪耳组织DNA,通过PCR技术和Sanger测序技术对4个基因外显子区进行基因分型,计算变异位点基因型频率以及等位基因频率的分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析。结果表明,在VSX2、VRTN、LTBP2三个基因中共筛选到15个SNPs,其中包含1个CDS区的同义突变和14个3'UTR突变。使用Duncan's多重检验统计分析发现,VSX2基因中CDS区的1个突变c.536 G＞A与脊椎数关联显著(P＜0.05)。VRTN中3'UTR区共4个突变与性状关联显著(P＜0.05),其中c.2598 A＞G和c.2607 G＞T与脊椎数、胴体长、胴体直长及胴体斜长关联显著,c.3087 G＞C只与胴体斜长关联显著,c.3094 A＞G与脊椎数及胴体斜长关联显著(P＜0.05)。LTBP2上6个3'UTR突变位点(c.7158 A＞G、c.6869 C＞T、c.6319 G＞C、c.6246 G＞T、c.6170 A＞G、c.6079 G＞T)与脊椎数关联显著(P＜0.05),但与胴体性状关联不显著。综上所述,VSX2、VRTN、LTBP2基因中共有10个SNPs与脊椎数性状关联显著(P＜0.05),仅VRTN基因中4个SNPs与胴体性状关联显著(P＜0.05)。这些关联显著的SNPs可以作为北京黑猪脊椎数及胴体性状变异的候选基因功能位点。     

不同体重阶段川藏黑猪和杜长大猪肌肉中氨基酸含量研究

为了研究不同猪种背最长肌中氨基酸沉积规律,试验采用高效液相色谱检测了不同体重梯度（90、110和130 kg）的川藏黑猪和杜长大（DLY）猪背最长肌中氨基酸含量。结果表明,谷氨酸在两猪种肌肉中含量最高,含硫氨基酸总量在90和130 kg体重梯度时表现为川藏黑猪显著高于DLY猪（P〈0.05）,110 kg体重梯度时极显著高于DLY猪（P〈0.01）,而同一猪种不同体重梯度间各种氨基酸组成差异均不显著（P〉0.05）,鲜味氨基酸占总氨基酸比例（FAA/TAA）在90 kg体重梯度表现为川藏黑猪极显著高于DLY猪（P〈0.01）,130 kg体重梯度时显著高于DLY猪（P〈0.05）。本研究说明川藏黑猪肌肉中与风味相关的氨基酸含量高于DLY猪,我们认为这也是川藏黑猪的肌肉风味比DLY猪更浓郁的重要原因之一。我们的研究初步揭示了不同猪种背最长肌中氨基酸的沉积规律及构成差异,为进一步研究猪肉风味形成机理提供数据。     

鸡CSRP3基因编码区SNPs及其与肌纤维性状的相关分析

CSRP3基因是肌细胞分化所必需的正向调节因子,在肌肉生长发育过程中发挥重要作用。研究以220只63日龄(上市日龄)"花山麻鸡"为研究素材,应用PCR扩增与测序首次扫描了鸡CSRP3基因编码区SNPs,并将其与腓肠肌外侧头肌纤维平均面积、直径和密度等肌纤维性状进行关联分析。结果显示:在鸡CSRP3基因编码区共发现G180A、C240T、G246A、C252T、C546T、A633G 6个SNPs,均为同义突变;相关分析表明,A633G位点的多态性与花山麻鸡腓肠肌外侧头肌纤维平均面积存在极显著的基因型效应(P<0.01),与肌纤维平均直径、肌纤维平均密度存在显著的基因型效应(P<0.05)。结果表明,CSRP3基因可作为影响鸡骨骼肌生长发育的候选基因,可选择CSRP3基因编码区的633位点作为鸡骨骼肌肌纤维性状的分子标记辅助选择的候选标记。     

猪EPHA1基因多态性及其与产仔数的关联性分析

研究利用PCR-SSCP技术对大白、长白和杜洛克猪EPHA1基因外显子多态性及其与产仔数的关系进行了研究。结果表明:在第15外显子上检测到一个发生G→C颠换的突变位点,形成3种基因型。对于大白猪,3~6胎的GG型个体的产活仔数(NBA)比CC型个体高出1.66头(P<0.05);在所有胎次中,GG型个体的总产仔数(TNB)比CC型个体高出0.2头(P<0.01)。对于长白猪,第2胎GG型个体的TNB和NBA分别比CC型个体高出1.41头(P<0.05)和1.46头(P<0.05);所有胎次中,GC型个体TNB比CC型个体高出0.67头(P<0.05)。对于杜洛克猪,3种基因型个体的TNB和NBA差异不显著(P>0.05)。对于试验大白猪群体而言,该多态位点GG基因型可作为TNB性状的标记基因型。     

Association Analysis of MUC13 Gene Polymorphisms with Diarrhea in Huanjiang Miniature Pigs

The purpose of the study was to analyze the association between MUC13 gene polymorphisms and piglet diarrhea in Huanjiang miniature pigs.93 diarrhea piglets and 95 healthy controls were included in the study.The MUC13 gene polymorphisms were determined using high resolution melting (HRM),and the results of HRM were verified by direct sequencing.Mutations were compared between diarrhea piglets and healthy controls.SHEsis online platform was used to calculate the haplotypes.There were statistically significant association on G224A site showed significant difference between diarrhea piglets and healthy controls by allele frequencies (P < 0.05),and there were also statistically significant differences between the two groups by genotypes among GG,GA,GG+GA and AA (P < 0.05).But no statistically significant association was found between polymorphisms of A112G,T170C and G164C sites and piglet diarrhea risk (P > 0.05).However,haplotype Ⅹ (GTAC) in the distribution of diarrhea group was extremely significantly higher (P < 0.01).The present data revealed that MUC13 gene G224A site and the haplotypes Ⅹ (GTAC) were associated with reduce risk of piglet diarrhea.     

环江香猪黏附素13基因多态性及其与仔猪腹泻的相关性分析

试验旨在对环江香猪仔猪腹泻抗性/易感的黏附素13基因（MUC13）单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）/单倍型与仔猪腹泻的相关性进行分析。试验采用高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）技术对93头环江香猪腹泻仔猪和95头健康对照仔猪进行基因分型,结合DNA测序对HRM检测结果进行验证,并通过SHEsis在线平台确定其单倍型。结果显示,环江香猪MUC13基因的G224A位等位基因分布频率在腹泻组和对照组间差异显著（P < 0.05）,GG、GA和GG+GA基因型分别与AA基因型相比差异均显著（P < 0.05）。A112G、T170C和G164C位点各基因型频率和等位基因频率在腹泻组和对照组之间差异均不显著（P > 0.05）,腹泻组与对照组E位点均为野生纯合基因型。单倍型Ⅹ（GTAC）在腹泻组的分布极显著高于对照组（P < 0.01）。因此,MUC13基因G224A位点和单倍型Ⅹ（GTAC）与环江香猪仔猪断奶前腹泻相关。     

北京黑猪性成熟过程中外周血清促黄体素浓度变化

同窝北京黑猪10头(公6,母4),自5日龄起每20d通过前腔静脉采血一次,直到185日龄.每头猪共采血10次.每次采血均在上午10:00～10:30之间进行.用天津德普公司(DPC)的LH双抗体放免试剂盒测定血清LH浓度.结果表明,北京黑猪母猪在5日龄时LH浓度较高,之后下降,25～65日龄之间保持低水平,85日龄时显著上升,至105日龄上升到高峰,之后又下降,125～165日龄之间LH浓度相对稳定,且显著高于25～65日龄之间,185日龄LH浓度较低.公猪在45日龄以前血清LH维持在低水平,65日龄开始上升,至105和125日龄时达高峰,之后又降低,直到165日龄,185日龄LH浓度又上升.5日龄和165日龄母猪血清LH浓度显著高于公猪,而25～65、125、185日龄则相反.85、105和145日龄两性的LH浓度无差异.由此看出,北京黑猪出生后性成熟过程中血清LH浓度有显著变化.