宁乡猪肉质性状相关基因SLC13A5多态性研究

为探究宁乡猪肉质性状相关基因SLC13A5多态性,利用PCR—RFLP技术检测SLC13A5基因。结果表明,第251 bp处有一个T/C的碱基突变,导致PCR—RFLP—Bsu36 I多态性。在宁乡猪中,CC基因型频率为0.830 8,C基因频率为0.876 9;在大白猪中,TT基因型频率为0.484 8,T基因频率为0.706 9。本研究为对宁乡猪肉质性状相关基因SLC13A5的进一步研究打下了基础。     

猪NR4A1基因的多态性与产仔数性状的关联分析

通过比较序列测定法,在NR4A1基因第5内含子发现A/G突变,建立了PCR-DdeI-RFLP分型技术,并在3个中外猪种中进行多态性分型,分析其基因型频率和等位基因频率,还在长白猪猪群中检测该位点的多态性并与产仔数性状进行关联分析.结果表明,在长白猪猪群中,所有胎次产仔数呈现GG>AG>AA的趋势.其中,GG型个体和A...     

松辽黑猪NR5A2基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因多态性及其与繁殖性状的关联性。选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用PCR直接测序法查找NR5A2基因6个外显子的SNP位点,通过HRM分型技术分析SNP位点的多态性,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因SNP位点多态性与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性。结果显示,松辽黑猪NR5A2基因第6外显子上存在1个SNP位点（C99T）,检测到3种基因型：CC、CT和TT。群体遗传参数分析及卡方适合性检验结果显示,该SNP位点在松辽黑猪群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）,但C/T突变位点杂合度相对较低,在松辽黑猪群体中的变异较小,属于中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联性分析结果表明,在NR5A2基因C99T位点上,CC基因型个体的总产仔数、产活仔数及断奶仔猪数均最高,且显著高于TT基因型（P<0.05）,产活仔数及断奶仔猪数均显著高于CT基因型（P<0.05）;各基因型仔猪初生重、3周龄重、断奶重及乳头数均无显著差异（P>0.05）。综上所述,NR5A2基因第6外显子存在突变位点C99T,与松辽黑猪产仔数存在显著关联性,但该突变位点能否作为松辽黑猪产仔数的遗传标记,需要对更大的群体进行进一步研究。     

乌珠穆沁羊DGAT1、NR6A1、MAN1A1基因多态性与其生长性状的关联分析

试验旨在探究甘油二酯酰基转移酶（diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1）基因g.13504098 C>T位点、核受体辅抑制子1（nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1）基因g.11204707 A>C位点和α-甘露糖苷酶（alpha-mannosidase,MAN1A1）基因g.18795097 C>T位点的多态性与乌珠穆沁羊生长性状之间的关系,为高产乌珠穆沁羊分子选育提供新的遗传标记。运用Sequenom MassARRAY^®SNP技术对乌珠穆沁羊DGAT1、NR6A1和MAN1A1基因的3个多态位点g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T进行检测,同时利用线性混合模型分析基因型与其4、6月龄生长性状的关联性。结果显示,在这3个位点中均检测到3种基因型,具体为：g.13504098 C>T位点的基因型为：CC、CT和TT,优势基因型为CC （0.49）,优势等位基因为C （0.70）;g.11204707 A>C位点的基因型为：AA、CA和CC,优势基因型为AA （0.54）,优势等位基因为A （0.73）;g.18795097 C>T位点的基因型为：CC、TC和TT,优势基因型为TC （0.51）,优势等位基因为C （0.55）。卡方检验显示,g.13504098 C>T、g.11204707 A>C和g.18795097 C>T位点在乌珠穆沁羊群体中均处于哈代-温伯格（Hardy-Weinberg）平衡状态（P>0.05）。群体遗传学分析表明,这3个位点在乌珠穆沁羊种群中属于中度多态性（0.25<PIC<0.50）。关联分析结果显示,g.13504098 C>T位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体重、体高、胸围、管围及6月龄的胸宽均呈极显著相关（P<0.01）;g.11204707 A>C位点与乌珠穆沁羊4、6月龄的体高、体斜长及4月龄的体重、6月龄的胸围均呈极显著相关（P<0.01）,与6月龄的体重、管围均呈显著相关（P<0.05）;g.18795097 C>T位点与乌珠穆沁羊4月龄的体高、6月龄的胸围均呈极显著相关（P<0.01）,与4月龄的体重、胸围以及6月龄的胸宽均呈显著相关（P<0.05）。综上所述,DGAT1基因g.13504098 C>T、NR6A1基因g.11204707 A>C和MAN1A1基因g.18795097 C>T位点多态性与乌珠穆沁羊群体部分生长性状具有显著的关联性,可以作为乌珠穆沁羊遗传选育的候选分子标记。     

鹌鹑SLC24A5基因多态性与羽色性状的关联性分析

为研究SLC24A5基因与鹌鹑羽色性状的关系,试验采用RT-qPCR方法研究朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑在胚胎不同发育时期的mRNA表达水平。结果显示：SLC24A5基因在朝鲜鹌鹑胚胎发育时期的表达水平极显著高于北京白羽鹌鹑（P<0.01）;鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑的3种基因型频率分布差异极显著（P<0.01）。位于外显子1的SNP1(c. A5T)和外显子6的SNP2(c. G703A)均为中性位点,但SNP2(c. G703A)位点造成的编码蛋白G235S位点突变并不保守,属于多变性位点。研究表明,SLC24A5基因与鹌鹑羽色性状有关联性,可以为鹌鹑羽色育种提供理论依据。     

松辽黑猪NR5A2基因内含子6多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在探究松辽黑猪NR5A2基因内含子6多态性及其与繁殖性状的关联性.选取130头松辽黑猪作为研究对象,利用Sanger直接测序法检测NR5A2基因内含子6的SNP位点,使用SPSS 19.0软件分析NR5A2基因内含子6的SNP与母猪总产仔数、产活仔数、仔猪初生重、3周龄重、断奶重及断奶仔猪数、乳头数的关联性.结果...     

NR1H3基因调控猪前体脂肪细胞分化的研究

旨在探讨NR1H3基因在猪脂肪组织中的发育性表达规律及对猪前体脂肪细胞成脂分化的影响,以确定其在脂肪沉积过程中的主要功能。本研究采用qRT-PCR方法检测30、90、240日龄马身猪皮下脂肪组织中NR1H3的发育性表达规律;采集5日龄杜长大仔猪背部脂肪组织,分离猪前体脂肪细胞;通过细胞免疫荧光技术检测细胞中Adiponectin含量以鉴定细胞的纯度;构建猪NR1H3基因的过表达载体,设计NR1H3 siRNA序列,分别转染分离得到的猪前体脂肪细胞,采用qRT-PCR、Western blot和油红O染色等方法检测过表达和干扰效率及它们对成脂分化关键基因表达的影响。结果表明,马身猪皮下脂肪组织中NR1H3的表达量随日龄增加呈上升趋势,30日龄时表达量最低,240日龄时表达量最高,差异极显著(P<0.01)。与对照组相比,猪前体脂肪细胞中过表达NR1H3,脂肪细胞的脂滴数明显增多,下游靶标SREBP-1c和ChREBP的表达量极显著提高(P<0.01),且成脂关键基因FAS、C/EBPβ、PPARγ和FABP4的mRNA表达量极显著提高(P<0.01),促进成脂过程;相反,干扰NR1H3基因,脂滴数明显减少,下游靶标及成脂关键基因的mRNA表达量极显著下调(P<0.01),抑制成脂过程。本研究表明,NR1H3基因是猪前体脂肪细胞成脂分化的正调节剂,通过影响其下游靶标SREBP-1c和ChREBP的表达而影响成脂分化,研究结果对阐明猪脂肪沉积的分子机理、改善肉质品质有重要意义。     

猪SLC6A14g.21063G>T多态性与脂肪和生长性状相关性研究

SLC6A14是影响人肥胖症的功能基因之一。利用白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池,通过直接测序方法在猪SLC6A14基因第21063号核苷酸处搜寻到1个G→T突变(SLC6A14g.21063G>T)。使用PacIPCR-RFLP技术检测了白色杜洛克×二花脸资源家系3代637个个体在此突变位点的多态性,并分析了与脂肪和生长性状的相关性。结果表明:该突变位点与腹脂重和46日龄个体重存在极显著相关性。     

猪NR1H3基因可变剪接体的克隆及表达特性研究

旨在克隆猪NR1H3基因的可变剪接体,并预测编码蛋白的结构与功能,研究其转录本的表达特性。本试验以马身猪为研究对象,采用RT-PCR及克隆测序技术对猪NR1H3基因CDS区进行扩增和克隆,采用生物信息学方法分析NR1H3蛋白的生物学特性,采用qRT-PCR技术检测NR1H3基因在心、肝、脾、肺、肾、胃、小肠、股二头肌、腰大肌和皮下脂肪组织中的表达谱及在脂肪组织中的发育性表达规律。结果表明,本研究成功克隆出猪NR1H3基因的两个转录本NR1H3-1和NR1H3-2,其中NR1H3-2为新发现的转录本（MN082630）,其CDS区全长1 203 bp,编码的蛋白质含400个氨基酸,属于中性不稳定蛋白;与NR1H3-1相比,NR1H3-2缺失了长度为95 bp的第9外显子,编码的蛋白质NR1H3-2比NR1H3-1少了一个肝X受体的配体结合结构域;氨基酸的相似性分析发现,猪NR1H3蛋白氨基酸序列与北大西洋小须鲸、山羊、绵羊、抹香鲸、长江江豚等物种的相似性较高。NR1H3-1和NR1H3-2在所检测组织中均有表达,且在不同组织间的表达量具有显著差异（P<0.05）;NR1H3-1转录本在小肠中表达量最高,其次是脾、肝、股二头肌等,在心脏中表达量最低;NR1H3-2则在肝中表达量最高,其次是脾、小肠、胃和股二头肌等,在心脏中表达量最低。在各组织中（除小肠、心、肺）,NR1H3-2的表达量均高于NR1H3-1,其中在肝和皮下脂肪组织中,NR1H3-2的表达量极显著高于NR1H3-1（P<0.01）,在胃中差异达显著水平（P<0.05）。随着日龄的增加,皮下脂肪组织中NR1H3-1和NR1H3-2的表达量整体呈上升趋势,推测该基因对猪的脂肪沉积有调控作用。本试验成功克隆了猪NR1H3基因的两个可变剪接体,并推测其对猪脂质代谢及脂肪生成具有重要的生理作用。     

猪H-FABP基因多态性及其与肌内脂肪含量的相关研究

旨在研究猪H-FABP基因的遗传多态性及其与肌内脂肪含量的遗传效应。利用PCR-RFLP(HinfⅠ、MspⅠ、HaeⅢ、Hinf*Ⅰ4种限制性内切酶)分子标记技术检测了中国地方猪种雅南猪、大河猪,培育品种大河乌猪以及杜洛克与长白和约克三元杂交商业群体共148头猪心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5′-上游区和第二内含子的遗传变异,并利用固定效应模型分析了H-FABP基因在杜洛克与长白和约克三元杂交商业群体中对肌内脂肪含量的遗传效应。结果表明:(1)在HinfⅠ和MspⅠ位点上,所有4个猪群都存在多态;在HaeⅢ位点上,除雅南猪只出现单态外,其余3个猪群都出现多态;在Hinf*Ⅰ位点上,除杜洛克与长白和约克三元杂交商业群体出现多态外,其余3个猪群只表现单态。(2)4个位点对肌内脂肪含量的影响差异显著,各基因型肌内脂肪含量最小二乘均值关系即HhHH,bbBbBB,AaAA,DDDddd。结合H-FABP基因的生理功能和已有的研究结果来看,可在特定的群体中将其作为影响猪肌内脂肪含量的候选基因。     

北京黑猪DKK3和CCR1基因多态性检测及其与背膘厚的关联分析

旨在探讨DKK3和CCR1基因多态性及其对北京黑猪背膘厚的影响,以期能够筛选出可用于提高北京黑猪背膘厚性状的分子标记,为北京黑猪优良性状定向选育提供依据。本研究以413头健康的北京黑猪为试验材料,对其进行DNA提取、PCR扩增、基因测序筛选候选基因的SNPs,同时利用SAS 9.2软件对突变位点的不同基因型分别与北京黑猪的六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚进行关联分析。结果显示,在北京黑猪DKK3基因的外显子区共检测到10个SNPs,包含1个可变剪切突变、1个错义突变和8个3'UTR突变,其中有4个3'UTR突变位点均与腰荐部背膘厚显著关联(P<0.05),分别为g.47443779 T>C、g.47444258 C>T、g.47444912 G>T和g.47445304 T>C,其余位点与六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚均不显著关联(P>0.05)。在CCR1基因的外显子区共检测到3个SNPs,包含2个同义突变和1个错义突变,其中1个同义突变位点g.29229037 G>A与六七肋背膘厚显著关联(P<0.05)。对DKK3的10个SNPs进行连锁不平衡分析,结果显示,g.47443779 T>C和g.47443783 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47443783 C>T和g.47443858 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47444258 C>T和g.47444275 C>T呈现高度连锁状态(D’=0.98)。综上所述,DKK3和CCR1基因的SNPs分别与北京黑猪的腰荐部背膘厚和六七肋背膘厚有显著关联性,可为北京黑猪背膘厚的早期分子选育提供参考。     

环江香猪黏附素13基因多态性及其与仔猪腹泻的相关性分析

试验旨在对环江香猪仔猪腹泻抗性/易感的黏附素13基因（MUC13）单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）/单倍型与仔猪腹泻的相关性进行分析。试验采用高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）技术对93头环江香猪腹泻仔猪和95头健康对照仔猪进行基因分型,结合DNA测序对HRM检测结果进行验证,并通过SHEsis在线平台确定其单倍型。结果显示,环江香猪MUC13基因的G224A位等位基因分布频率在腹泻组和对照组间差异显著（P < 0.05）,GG、GA和GG+GA基因型分别与AA基因型相比差异均显著（P < 0.05）。A112G、T170C和G164C位点各基因型频率和等位基因频率在腹泻组和对照组之间差异均不显著（P > 0.05）,腹泻组与对照组E位点均为野生纯合基因型。单倍型Ⅹ（GTAC）在腹泻组的分布极显著高于对照组（P < 0.01）。因此,MUC13基因G224A位点和单倍型Ⅹ（GTAC）与环江香猪仔猪断奶前腹泻相关。     

Association Analysis of MUC13 Gene Polymorphisms with Diarrhea in Huanjiang Miniature Pigs

The purpose of the study was to analyze the association between MUC13 gene polymorphisms and piglet diarrhea in Huanjiang miniature pigs.93 diarrhea piglets and 95 healthy controls were included in the study.The MUC13 gene polymorphisms were determined using high resolution melting (HRM),and the results of HRM were verified by direct sequencing.Mutations were compared between diarrhea piglets and healthy controls.SHEsis online platform was used to calculate the haplotypes.There were statistically significant association on G224A site showed significant difference between diarrhea piglets and healthy controls by allele frequencies (P < 0.05),and there were also statistically significant differences between the two groups by genotypes among GG,GA,GG+GA and AA (P < 0.05).But no statistically significant association was found between polymorphisms of A112G,T170C and G164C sites and piglet diarrhea risk (P > 0.05).However,haplotype Ⅹ (GTAC) in the distribution of diarrhea group was extremely significantly higher (P < 0.01).The present data revealed that MUC13 gene G224A site and the haplotypes Ⅹ (GTAC) were associated with reduce risk of piglet diarrhea.     

13/17罗伯逊易位猪POU1F1基因多态性与经济性状的相关分析

利用外周血淋巴细胞培养制备染色体标本,对13/17罗伯逊易位猪的3种杂交组合的394头后代猪进行分群;应用PCR-RFLP技术在POU1 F1基因的扩增片段(1746 bp)中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点A(3种基因型);应用PCR-SSCP技术检测1个POU1 F1基因第5内含子上的突变E(2种基因型),同时结合生长和胴体品质测定记录研究基因型对生产性状的遗传效应。结果表明,位点A的基因型对生长有显著影响(P<0.05),位点E基因型对生长和眼肌面积有显著影响(P<0.05)。研究结果初步揭示POU1 F1多态性与生长、眼肌面积等存在相关,推测POU1 F1多态性可作为罗伯逊易位杂合优势遗传机制的一种分子水平上的解释。     

北京黑猪NR6A1、VSX2、VRTN、LTBP2基因多态性与脊椎数及胴体性状的关联分析

旨在研究NR6A1、VSX2、VRTN、LTBP2基因在北京黑猪群体中基因的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)的关联。本研究提取410头(210±7)日龄健康北京黑猪耳组织DNA,通过PCR技术和Sanger测序技术对4个基因外显子区进行基因分型,计算变异位点基因型频率以及等位基因频率的分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析。结果表明,在VSX2、VRTN、LTBP2三个基因中共筛选到15个SNPs,其中包含1个CDS区的同义突变和14个3'UTR突变。使用Duncan's多重检验统计分析发现,VSX2基因中CDS区的1个突变c.536 G＞A与脊椎数关联显著(P＜0.05)。VRTN中3'UTR区共4个突变与性状关联显著(P＜0.05),其中c.2598 A＞G和c.2607 G＞T与脊椎数、胴体长、胴体直长及胴体斜长关联显著,c.3087 G＞C只与胴体斜长关联显著,c.3094 A＞G与脊椎数及胴体斜长关联显著(P＜0.05)。LTBP2上6个3'UTR突变位点(c.7158 A＞G、c.6869 C＞T、c.6319 G＞C、c.6246 G＞T、c.6170 A＞G、c.6079 G＞T)与脊椎数关联显著(P＜0.05),但与胴体性状关联不显著。综上所述,VSX2、VRTN、LTBP2基因中共有10个SNPs与脊椎数性状关联显著(P＜0.05),仅VRTN基因中4个SNPs与胴体性状关联显著(P＜0.05)。这些关联显著的SNPs可以作为北京黑猪脊椎数及胴体性状变异的候选基因功能位点。     

玉树马和德保矮马SLC36A1基因多态性研究

 控制马香槟毛色的CH（Champagne gene）基因家族包含4个候选基因（SLC36A1、SLC36A2、SLC36A3、SPARC）,研究发现SLC36A1基因外显子2的突变是造成马香槟毛色的关键位点。为揭示中国马SLC36A1基因遗传多态性,本研究以玉树马和德保矮马共74个样本为研究对象,以马DNA池为模板扩增SLC36A1基因的10个外显子及部分内含子序列并进行测序分析。共发现马SLC36A1基因5个SNPs,分别位于内含子3（g.26699953 A>G, g.26699851 G>C, g.26699850 G>C）,外显子4（g.26699562 G>A）及外显子6（g.26697018 C>T）。利用PCR RFLP方法对74个家马样本进行基因分型,发现外显子6的SNP有基因型CC、CT;外显子4的SNP有基因型GG、GA;内含子3的g.26699850 G>C突变有基因型GG、GC;内含子3的另外2个SNPs（g.26699953 A>G, g.26699851 G>C）通过测序,发现有AA、AG、GG与GG、GC、CC基因型。所有5个马SNPs均为野生型占主要优势。由此界定了马SLC36A1基因有9种单倍型（H1 H9）,其中H5是最主要的单倍型。德保矮马遗传多样度为0.4190,比玉树马（0.2228）高,表明德保矮马香槟毛色遗传多态性比玉树马更丰富。玉树马与德保矮马的平均单倍型多样度为0.3160,表明其香槟毛色遗传多态性相对较低。     

过表达NR4A1促进山羊皮下脂肪细胞分化

旨在克隆山羊N R4A1基因的CDS区序列,明确其组织和细胞表达模式,以及探究过表达N R4A1基因对山羊皮下脂肪细胞分化的影响.本试验利用双酶切法构建山羊过表达载体pcDNA3.1-NR4A1.以1周岁简州大耳羊(n=5)为试验动物.利用RT-PCR方法和实时荧光定量PCR(real-time quantitativ...     

北京黑猪HoxB簇基因多态性与脊椎数及胴体性状的关联分析

旨在对北京黑猪HoxB簇9个基因(HoxB1-7、9和13)的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)进行关联分析。本研究提取251头220日龄的健康北京黑猪耳组织DNA,对HoxB簇的9个基因通过引物设计、聚合酶链式反应(PCR)技术、Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,并计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析。结果,本试验共筛选到4个基因共12个非编码区的(UTR)SNPs,包括HoxB2基因的1个5′UTR突变、HoxB5基因的2个3′UTR突变、HoxB9基因的2个3′UTR突变以及HoxB13基因的7个3′UTR突变。将12个SNPs分别与脊椎数和胴体性状使用Duncan′s多重检验统计分析发现,HoxB2基因的1个5′UTR突变(c.40 C>T)、HoxB5基因的2个3′UTR突变(c.1766 A>G、c.1767 A>G)均与性状关联不显著(P>0.05);而HoxB9基因中的1个3′UTR突变(c.2743 C>T)与胴体性状关联显著(P<0.05),HoxB1...