基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

[目的]探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据.[方法]以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高...     

基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究

【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(F_ST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态。【结果】基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1~Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582~0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227~0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系。构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起。同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539~0.0628)和遗传分化系数(F_ST,0.95147~0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化。在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14%)。从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张。【结论】合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体与3个野生鲫群体间已产生明显的遗传分化,且存在一定程度的遗传多样性降低等问题。因此,在后续的鲫育种工作中应适当扩大繁育亲本数量,避免近亲繁殖和瓶颈效应,注重保护养殖群体种质资源的遗传多样性。     

基于线粒体D-loop区分析安徽省5个翘嘴鳜养殖群体的遗传多样性

为研究安徽省鳜鱼的遗传多样性,对安徽省内5个鳜鱼养殖群体共125个样本的线粒体D-loop区进行了扩增和测序分析.试验最终共获得125条长度为858 bp的D-loop区序列,共检出260个变异位点,包括77个简约信息位点和183个单核苷酸变异位点;碱基平均含量为T(29.3％)、C(20.6％)、A(33.8％)和G...     

基于线粒体 D-loop 区序列的 4 个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

【目的】黄尾鲴（Xenocypris davidi）是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵 4个黄尾鲴养殖群体的线粒体 DNA（mtDNA）D-loop 序列进行 PCR 扩增和测序,通过序列分析研究 4 个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体 D-loop 序列长度为 1 038~1 093 bp,碱基 A+T 含量（65.3%）显著高于 C+G含量（34.7%）,平均转换 / 颠换比值（TS/TV）为 4.6。在 128 条黄尾鲴的 D-loop 序列中共检测到 101 个变异位点,包括 97 个简约信息位点;界定了 19 种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4 和 2;单倍型多样性（h）介于 0.226~0.915 之间,核苷酸多样性（π）介于 0.00640~0.01433 之间。4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为 0.03782 ～ 0.88756,遗传分化系数为0.78903（P<0.01）,群体内变异占整个遗传变异的 21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。     

基于线粒体D-loop区分析团头鲂四个养殖群体的遗传多样性

为了解安徽省团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自4个群体的120个样本的线粒体D-loop区,分析了其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明:共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型多样指数为0.20-0.47,核苷酸多样性指数为0.00024-0.00224。群体结构分析显示:群体间发生了不同程度的分化,分化系数为-0.0138至0.219,AMOVA分析表明变异来源全部来自个体间,单倍型网络图显示群体间可通过单倍型Hap_2连接。综上所述,4个群体可能经历了奠基者事件,遗传多样性丢失严重,群体间缺乏分化。本研究揭示了4个团头鲂群体的遗传背景,可以为安徽省团头鲂种质资源保护与利用提供参考依据。     

不同品种绵羊D-loop区遗传多样性研究

线粒体DNA(Mitochondria DNA,mtDNA) D-loop区的进化速度快且多态性丰富,因此在生物的遗传多样性和起源进化研究中具有重要意义.采用PCR扩增和基因测序的方法分析甘肃高山细毛羊(G)、欧拉羊(O)、杜泊羊(D)、蒙古羊(M)、小尾寒羊(S)和湖羊(H)的线粒体DNA D-loop区遗传多样性和...     

基于线粒体Cytb基因分析我国乌骨鸡遗传多样性

乌骨鸡(Gallus gallus domesticus)是我国优良的鸡遗传资源,通常被认为具有一定药用价值。为研究我国乌骨鸡品种的遗传多样性,对丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡等5个乌骨鸡品种的197个个体线粒体DNA的Cytb基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的Cytb基因序列全长为1 143 bp,共检测到15个核苷酸多态位点,界定出9个单倍型。总体单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.715±0.018、0.001 23±0.000 54和1.404。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布,不同群体包含的单倍型存在一定的差异,形态学和地理分布不明显。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系可能来自其他品种。这一研究为我国乌骨鸡遗传资源的保护、选育和鉴定提供了遗传背景信息。     

基于线粒体 Cytb基因和D-loop区的鸭绿江流域细鳞鱼群体遗传多样性

旨在研究鸭绿江流域（丹东段）细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性,并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列,对宽甸（KD）和丹东江域（DD）2个野生细鳞鱼群体和 1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研究。结果表明： Cytb基因1 141 bp,A+T含量 53.55%,G+C含量46.45%,D-loop区序列988 bp,A+T含量62.75%,G＋C含量37.25%;基于Cytb和D-loop序列在90个样本中分别检测到42和 56个多态性位点,定义了21和26种单倍型,其中KD、DD和YZ群体 Cytb基因的单倍型数分别为14、10和 7,KD、DD和YZ群体D-loop区单倍型数分别为16、15和10;遗传多样性分析 Cytb基因表现出高单倍型多样性（0.986）和低核苷酸多样性（0.004 66）,而D-loop区表现出高单倍型多样性（0.981）和高水平的核苷酸多样性（0.019 82）,基于 Cytb基因和D-loop区序列KD和DD群体分别具有4个和2个相同单倍型,说明2个细鳞鱼野生群体间的分化程度较小,而养殖群体与野生群体间遗传分化为中度;分子方差分析（AMOVA）发现群体内部的遗传变异（Cytb：73.38%;D-loop：85.91%）占比明显高于群体间的遗传变异（Cytb：26.62%;D-loop：14.09%）,表明鸭绿江流域（丹东段）细鳞鱼群体遗传变异主要来源于群体内,不同地理群体间的遗传变异不大;群体单倍型系统发育树表明,KD、DD和YZ群体间互有交叉,均未表现出明显的地理聚集,3个群体间尚未出现明显的地理谱系结构,结果与遗传多样性研究一致。Tajima’s D和Fu and Li’s中性检验显著偏离中性,推测细鳞鱼KD和DD群体可能经历过群体扩张事件,随后处于相对平衡稳定状态。     

绵羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

利用PCR-SSCP技术对8个绵羊群体的806个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)5′端部分序列进行遗传多样性分析,以探讨山西省的3个绵羊品种(系):山西肉用绵羊母本品系、山西细毛羊和晋中绵羊与其它国内外品种的遗传多样性差异。共检测出6种单倍型,依次记为A、B、C、D、E和F。杜泊和大尾寒羊的主单倍型分别为B和E,其他群体均为F。单倍型多样度以考力代最低,为0.109;其它7个群体的单倍型多样度都较高,最高的为杜泊,达0.741;山西肉用绵羊、山西细毛羊和晋中绵羊的单倍型多样度分别为0.579、0.724和0.624。主成分分析显示山西肉用绵羊和小尾寒羊聚在一起,表明其间亲缘关系较近,与其它6个国内外品种遗传关系较远。     

中国近海小黄鱼遗传变异的细胞色素b序列分析

分析了中国近海丹东、营口、舟山、温州和福州32尾小黄鱼线粒体Cytb基因的862bp序列,共检测到31个变异位点,13个简约信息位点,26个单倍型;单倍型多样性为0.984±0.013,核苷酸多样性为0.00395。高单倍型多样性和低核苷酸多样性,Tajima’s中性检验为负值且显著,核苷酸不配对分析呈单峰曲线,在简约性网络图中单倍型呈星状分布,表明小黄鱼经历过种群扩张,扩张年代约为0.14MY前。群体间较低的Fst值和较高的Nm值,在NJ系统树和简约性网络图中不同地理来源的单倍型交错分布,分子方差分析都表明群体间未出现明显的遗传分化,与传统的地理群体划分并不一致。推测小黄鱼产浮性卵、生活史中出现大规模的洄游以及扩张后的群体尚未在迁移与漂变间达到平衡可能是未检测到显著地理和谱系结构的主要原因。     

中国绵羊群体mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

为了研究中国家养绵羊的起源和遗传多样性,通过对143只绵羊(9个群体)的线粒体DNA(mtDNA)D-环的部分序列进行PCR扩增,测序获得1个长度为723bp的序列(含5个75bp的重复单元),137个长度为648bp的序列(含4个75bp的重复单元)。5个长度为573bp的序列(含3个75bp的重复单元),因此认为含有4个重复单元是家养绵羊mtDNAD-环的特征,mtDNA序列长度的变异主要是由于重复区重复单元次数的不同造成。对137个含有4个重复单元的序列进行分析,发现157个变异位点,占研究位点的24.22%。A、T、G、C含量分别为35.67%、27.85%、13.84%和22.64%。137个序列共发现96个单倍型,单倍型比例为70.07%,说明中国家养绵羊具有丰富的mtDNAD-环序列多态性。96个单倍型序列的系统发育树呈现出3个明显的分支,网络分析也分为明显的三支,因此认为中国家养绵羊有3个母系起源。从Genebank获得的91个绵羊D-环序列和中国的96个绵羊D-环单倍型序列研究表明,摩佛伦(Mouflon)与单倍型B聚为一类,说明摩佛伦与中国家养绵羊具有很近的亲缘关系。没有发现羱羊(Ovisammonargali)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古家养绵羊起源有贡献的证据。     

银鲳3个野生群体线粒体CO Ⅰ基因的序列差异分析

利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象.     

利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性分析

利用PCR和生物信息技术,对22匹利川马线粒体DNA Cytb基因全序列的遗传多态性及系统进化进行了分析.结果发现,利川马的Crtb基因全序列为1140 bp,并且检测到9种单倍型和26个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的0.53%.利川马mtDNA Cytb基因单倍型多样度为0.840 0,核苷酸多样度为0.0486.表明利川马mtDNA Cytb基因遗传多态性较丰富.根据mtDNA Cytb基因序列构建的NJ树,发现利川马是多起源的物种.     

基于线粒体DNA控制区的斑翅草螽不同地理种群遗传分化研究

采用PCR扩增结合DNA克隆测序技术,分析了斑翅草螽Conocephalus maculates 9个地理种群mtDNA控制区序列的变异及遗传多样性.切除侧翼RNA基因序列后,最终获得的斑翅草螽mtDNA控制区比对后全长为676 bp,平均碱基组成T(37.8％),C(11.7％),A(41.3％)和G(9.1％).共检测到98个可变位点,占总位点数的14.5％,其中,9处碱基插入/缺失,74处转换(40个T/C,34个A/G),50处颠换(18个A/T,11个T/G,15个A/C,6个C/G).共定义46个单倍型,其中,4个为种群间共享单倍型(H02、H05、H08和H10),其余42个为各种群独有单倍型,包括6个种群内共享单倍型(H09、H11、H15、H18、H26和H38).单倍型总数占实验个体总数的69.7％,除四川峨眉山外,其余种群单倍型百分比均＞50％.通过两两地理种群间的FST值差异显著性检验,将这些群体分为4组,分别为SC+CQ,GX+FLB+HN+YN,XZ和HB.以长瓣草螽C.gladiatus、峨眉草螽C.emeiensis、悦鸣草螽C.melaenus、竹草螽C.bambusanus为外群,构建的斑翅草螽mtDNA控制区单倍型NJ法系统树形成3个自举支持度较高的分支,其中,分支A由28种单倍体组成,包括本研究中除四川峨眉山(SC)和重庆万州(CQ)以外的7个种群;分支B由12种单倍体组成,包含除菲律宾拉乌尼翁(FLB)和江西南昌(JX)以外的7个种群;分支C由6种单倍型组成,全部来自西藏林芝(XZ)的单倍型.聚类结果表明,斑翅草螽不同地理种群间的遗传分化并不明显,即使是两两群体间FST值差异显著的群体,也未能形成完全独立的分支.     

文昌鸡线粒体控制区遗传多态性及系统进化分析

通过对文昌鸡线粒体基因纽(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231~1232bp,核苷酸多样性(Pi)为0.09757,单倍型多样性(Hd)为0.874。在30只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,10种单倍型。系统发育分析发现,10种单倍型可以分为B、C和E 3个分支。B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallusgallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。C分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为文昌鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

基于线粒体DNA D–loop序列的黄郎鸡遗传多样性与品种起源研究

采用PCR产物直接测序法对黄郎鸡50个个体的线粒体DNA D–loop序列进行分析,统计黄郎鸡周边省份地方鸡的进化支地理分布特征。结果表明,黄郎鸡具有较高的线粒体遗传变异水平,检测到26个变异位点,核苷酸多样性为0.012 54±0.000 94,核苷酸差异均数为6.569,单倍型多态性为0.886±0.035。在定义的23种单倍型中,13种单倍型为首次发现,单倍型落在A、B、C、E共4个进化支,B为优势单倍群。系统进化分析和进化支的地理分布特征表明,黄郎鸡起源于中国北方和西南地区,同时受邻省地方鸡基因交流的影响。     

基于线粒体标记的淮南麻黄鸡遗传结构及其遗传多样性分析

通过探究淮南麻黄鸡的遗传多样性和遗传结构,为淮南麻黄鸡的种质资源保护和开发利用提供遗传背景资料。对淮南麻黄鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)控制区全序列进行测序,并结合红色原鸡的序列进行生物信息学分析。淮南麻黄鸡mt DNA控制区全长1 231~1 232 bp,共发现26处单核苷酸变异位点,核苷酸多样性(Pi)为0.006 6,单倍型多样性(Hd)为0.917,平均核苷酸差异(K)为7.573。群体共包含14种单倍型,可以分为A、B、C和E 4个分支分别包括3、3、7和1种单倍型。淮南麻黄鸡在线粒体水平上有较高的多态性,并且来自多个不同的母系,有很好的开发潜力。     

不同地理群体的鲇线粒体DNA 16S rRNA基因序列比较分析

对长江中上游主要支流5个野生群体鲇[舞阳河群体(WYH)、乌江群体(WJ)、雅砻江群体(YLJ)、岷江群体(MJ)、金沙江群体(CS)]中的27个样品的16S rRNA基因进行PCR扩增,并对扩增产物测序.用CLUSTAL X v 1.81软件对所得的27个16SrRNA序列进行比对,并用Dna SP 5.10软件进行比较分析,共检测出74个变异位点、8种单倍型.舞阳河、乌江、雅砻江、岷江、金沙江等5个野生群体的单倍型多样性(H)分别为0.600、0.857、0.600、0.600、0.667,核苷酸多样性(π)分别为0.00072、0.1754、0.00036、0.00072、0.01871.对5个野生群体的16S rRNA序列进行Tajima's D和Fst分析发现,所有群体符合中性进化模型,且有一些单倍型的分化,只有金沙江群体的遗传差异显著.对5个群体进行分子变异等级分析的结果表明,群体间分子变异不显著.对5个群体构建分子系统树发现,乌江、雅砻江、岷江、金沙江群体之间的亲缘关系较近,舞阳河群体与其他群体间的亲缘关系较远.