云南烟草赤星病菌及近似种rDNA ITS序列分析

 为了进一步研究云南省烟草赤星病病原的系统发育关系,提取28份供试菌株的菌丝基因组DNA,进行rDNA ITS序列及两侧ITS序列扩增。28个供试菌株与GenBank中登录的链格孢属7个种（包括5个小孢子种Alternaria citri,A．alternata,A．longipes,A．mali,A．gaisen和2个大孢子种A．porri,A．solani）14个菌株的序列进行聚类分析：42个菌株明显地分成两支,供试菌株与5个小孢子种聚为一个分支,序列同源性高达99％～100％,没有明显的地域性差异;但另2个大孢子种聚为单独的一支,明显地与供试菌株和其他5个小孢子种区分开。rDNA ITSl 58S ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些菌物属的研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地Alternaria菌株序列的分析发现,rDNA ITS1 58S ITS2仅能将大孢子种和小孢子种分开,还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。     

贵州苗药头花蓼rDNA ITS序列分析

以改良CTAB法提取头花蓼的基因组DNA,采用通用引物对不同来源头花蓼的rDNA ITS 序列进行PCR 扩增,测序 和聚类分析。结果表明,不同来源头花蓼有13 处变异位点,序列长度变异范围为661-666 bp,序列差异主要集中在ITS1 区与ITS2区。rDNA ITS 序列可作为分子水平鉴定头花蓼的参考依据。     

延边膜荚黄芪rDNA ITS区域克隆与序列分析

用PCR方法克隆延边地区膜荚黄芪的核糖体DNA ITS区域并进行序列分析。结果表明:延边地区膜荚黄芪ITS1的序列长度为228bp,5.8SrDNA长度为164bp,ITS2的序列长度为210bp;序列分析表明延边地区和甘肃的ITS1和5.8SrDNA完全一致,而ITS2第82位处有1个碱基的置换(T/C)。     

白木香rDNA ITS序列测序鉴定的初步研究

以改良的CTAB法提取白木香的基因组DNA,运用通用引物对其rDNA的ITS区进行PCR扩增,并对扩增产物分别进行直接测序和克隆测序。结果表明,白木香rDNA的ITS区序列存在稳定而又明显的差异,白木香rDNA序列差异可能主要集中在ITS1区,存在5处变异位点,ITS2区存在1处变异位点。     

高良姜与混淆品大高良姜的rDNA ITS区序列分析

利用改良的CTAB法提取药材的基因组DNA,运用通用引物对高良姜及混淆品大高良姜rDNAITS区进行PCR扩增,对产物进行直接测序并对测序结果进行聚类分析。结果表明,经ClustalX软件序列比对后发现二者ITS的长度范围在568～576bp,有32处变异位点,主要集中在ITS1区和ITS2区,聚类分析表明高良姜与大高良姜各聚为一支,表明高良姜与大高良姜两种植物碱基序列有较大的差异。     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。     

芦笋枯萎病菌的鉴定及rDNA ITS序列分析

为准确鉴定芦笋枯萎病致病菌并确定其分类地位,通过形态学观察和核糖体DNA内转录间区(rDNA ITS)序列比对方法,对该病菌进行形态学和分子生物学鉴定,比较其与近缘真菌rDNA ITS序列的差异,并进行系统发育分析。鉴定结果表明,芦笋枯萎病的致病菌为尖孢镰刀菌天门冬专化型Fusarium oxysporum f.sp.asparagi。芦笋枯萎病菌F.oxysporumf.sp.asparagi及其同属近缘种木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum的rDNA ITS序列比对结果表明,其序列在76~80、104~115、129~138、151~158、175~178、382~402、438~445和473~479bp等rDNA ITS区段上存在差异性碱基。芦笋枯萎病菌及其近缘真菌系统发育分析结果表明,6属真菌大致聚为2个组群2个亚群,芦笋枯萎病菌F.oxysporum f.sp.asparagi与木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum亲缘关系最近。     

石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。     

中药当归及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

通过对当归及其混伪品中药材rDNA ITS序列的分析,并利用最大简约法构建系统树,试图寻找当归及其混伪品中药材rDNA ITS序列的差异和规律,建立当归与其混伪品药材之间的分子鉴别方法.结果表明:所有材料的ITS序列长度为598～601 bp.ITS1区总位点数为216,38个为简约信息位点(占17.6％);ITS2区...     

酸马奶中酵母菌5.8 S rDNA及ITS的基因序列分析

实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR 扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树.结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母).酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定.     

基于rDNA ITS序列和RAPD分子标记的桑黄菌遗传多样性分析

[目的]分析桑黄菌的遗传多样性。[方法]利用ITS序列分析和RAP／）分子标记技术对16株不同来源的桑黄菌株进行遗传多样性分析。[结果]16株桑黄菌株的ITSl_5．8s-ITS2序列长度在590～714bp,其中5．8S序列最为保守,均为160bp：ITSl长度为220～310bp,ITS2长度为210-245bp。基于ITS序列构建的系统进化树分析结果,同属不同种的桑黄菌株遗传距离较远,对相同种的杨树桑黄一瓦尼木层孔菌进行RAPD分子标记,表明10株瓦尼木层孔菌（Phellinusvaninii）遗传多态性丰富,10株杨树桑黄菌主要分布在我国东北三省的东部山区,区域相对集中,RAPD的聚类分析结果与地域分布差异关系不明显,没有表现出地域性的遗传多样性差异。[结论]试验研究了菌株的分类地位及系统发育进化关系,并首次在桑黄菌物资源库内积累到杨黄分类学地位和遗传多样性的基础信息,对掌握和积累区域桑黄菌物资源的基础信息,并对将来更好地开发利用这一珍稀菌物资源具有重要的学术价值和现实意义．     

新疆库尔勒地区3种土壤镰孢菌的形态鉴定和ITS rDNA分析

[目的]镰孢菌是土壤真菌中一类能引起植物和昆虫病害的病原,同时又是可利用的资源.掌握库尔勒地区土壤镰孢菌种类情况,对进一步了解和利用镰孢菌具有深远意义.[方法]运用稀释平板法从土壤中分离到3株镰孢菌,采用形态学及其培养特征进行观察描述,同时利用ITS rDNA序列对其系统发育学进行分析,确定分类地位,并分析比较了基于形态学和ITS rDNA序列分析的两种鉴定手段.[结果]3株菌分别鉴定为芳香镰孢菌(Fusarium redolens)、增殖镰孢菌(Fusarium proliferatum)和木贼镰孢菌(Fusarium equisetic).[结论]与传统方法相比,ITS rDNA方法有着较高的灵敏度.在对镰孢菌的鉴定中,只有将形态学与分子生物学鉴定相结合,才能使镰孢菌的鉴定分类更加完善.     

鳞柄白鹅膏培养特性及其菌株的rDNA ITS序列测定

鳞柄白鹅膏为外生菌根菌.为了确定试验菌株是否为鳞柄白鹅膏(Amanita virosa),对其菌丝体进行了ITS序列测定和GenBank基因库比对,并通过生长速率法研究其室内培养条件.结果显示,试验菌株的ITS序列长度为516 bp,在GenBank核酸序列数据库中比对,试验菌株与鳞柄白鹅膏的相似率为95％,可以确定此菌株为鳞柄白鹅膏,GenBank登录号为EF493032.pH值对鳞柄白鹅膏培养菌丝生长的影响根据不同的培养基而不同,其中在含马铃薯的培养基中,pH值对菌丝生长的影响很小,pH值在5～10时均生长良好,可以作为后续试验的主要培养基.供试最适碳源为甘露醇,最适氮源为酵母膏,最适生长温度为25℃.     

贵州地道药材淫羊藿rDNA ITS序列的分析研究

[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一.