野生天门冬遗传多样性的ISSR分析

通过ISSR技术对19个野生天门冬居群共67个个体进行遗传多样性分析.结果表明:用13个随机引物共扩增出125条清晰条带,其中92条具多态性,平均多态性位点比率为73％,建立了不同居群的ISSR标记;Nei's基因多样性指数H=0.19,Shannon,s多样性指数I=0.30,遗传分化指数Gst=0.8206.聚类分析表明,青海、云南和贵州省的5个居群聚为一大支,其它居群为另一大支.野生天门冬种内具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群间;ISSR标记可以作为研究天门冬遗传多样性及居群鉴定的有效标记.     

三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR 分析

 利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子（Rubus delavayi Fanch.）的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明：16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率（PPB）为97.99%,有效等位基因数（A_e）为1.427,Nei’s遗传多样性（H）为0.267,Shannon’s多态信息指数（I）为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,A_e为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数G_st = 0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流（N_m）为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析（PCA）结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。     

云锦杜鹃自然居群遗传多样性的ISSR分析

 利用ISSR技术对浙江省境内的5个云锦杜鹃自然居群的遗传多样性进行分析。12个引物共检测到170个位点, 其中多态位点150个, 多态位点百分率P (% ) 为88.24%。物种水平的Shannon信息指数( I) 为0.4317, Nei指数( h) 为0.2848, 表明物种水平的遗传多样性很高; 而居群水平的遗传多样性较低, P%平均为48123%, I平均为0.2682, h平均为0.1818。AMOVA分子差异分析显示40.03%的变异存在于居群间, 59.97%的变异存在于居群内, 居群间的遗传分化明显。居群间的基因流较低, 为0.8824。居群隔离、自交衰退可能是导致云锦杜鹃居群间遗传分化的主要原因。5个居群间的平均遗传距离为0.1755。聚类显示, 括苍山居群和天台山居群组成一组, 凤阳山居群和百山祖居群组成另一组, 干坑居群单独成一组。     

基于SSR的辽宁铁岭地区平榛遗传多样性与居群遗传结构分析

【目的】研究我国铁岭地区平榛的遗传多样性,指导平榛优良品种选育工作。【方法】采用SSR分子标记的方法,对铁岭市3个平榛主产区共124株平榛材料进行遗传多样性和居群遗传结构分析。【结果】利用12株表型差异大的平榛植株,从56对SSR引物中筛选出12对条带清晰、多态性强的引物。12对引物在124株平榛材料中共扩增出75个基因位点,平均等位基因数为6.25个,观测杂合度(Ho)平均值为0.535 6,预期杂合度(He)的平均值为0.615 7。Shannon’s信息指数(I=1.274 2)和Nei’s多样性指数(H=0.613 2)较高,遗传分化系数(Fst=0.061 6)较低,基因流(Nm=7.599 3)较高,居群间遗传距离(GD0.214 5)较小,遗传一致度(GI0.806 9)较大。【结论】研究结果表明我国铁岭地区平榛的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较低,且在大部分位点均表现偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较高的基因流。     

利用RAPD标记分析主产地草果遗传多样性

以云南省红河州4个居群的48份草果为试材,采用RAPD分子标记技术,研究草果遗传多样性,以期为草果资源的保护及利用提供参考依据。结果表明:11条RAPD引物共扩增出139个条带,多态性条带比率(PPB)为98.56%。在群体水平上,金平居群的遗传多样性最高(PPB=82.01%),其次是绿春居群(PPB=66.91%),屏边居群(57.55%)和元阳居群(55.40%)多样性水平相对较低。草果总遗传多样性的87.67%(Hs=0.197)来自于居群内部,居群间遗传变异只占12.33%(Gst=0.123),AMOVA分析进一步证明草果的遗传变异主要存在于居群内部。遗传一致度分析表明不同居群间的遗传一致度较高,相似性系数在0.931 4～0.971 7,表明草果居群间遗传变异较小。     

板栗野生居群遗传多样性研究

使用从板栗中提取的10个微卫星引物对4个中国栗野生居群的69个个体进行扩增,共检测到84个等位基因,每个位点的等位基因数为4～13,每位点的平均等位基因数目为8.4个,平均有效等位基因数(Ne)为4.998,平均期望杂合度(He)为0.777,平均PIC值为0.739,Nei’s多样性指数(h)为0.771,以陕西汉中居群具有最高的遗传多样性。遗传分化系数Gst仅为0.141。UPGMA树状聚类图表明4个野生群体被分为两部分,其中云南、四川、安徽3个居群距离相近位于同一组,此结果与PCA分析结果一致,2种方法均显示居群间的遗传关系与实际地理分布不完全相关。     

云南野生猕猴桃资源不同居群遗传多样性及遗传演化关系

应用SSR分子标记研究云南10个地理居群野生猕猴桃的遗传多样性及遗传演化关系。结果表明,不同地理居群间的遗传多样性水平差异不大;居群间的遗传一致度在0.989 9～0.999 1之间,遗传分化系数(Gst)在0.001 1～0.174 3之间。威信居群与彝良居群间的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;永善居群与云龙居群间的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。10个居群可分为两大类群,师宗、绥江、西畴和永善4个居群聚为类群Ⅰ,麻栗坡、屏边、云龙、镇雄、彝良和威信6个居群聚为类群Ⅱ。类群Ⅰ内的遗传演化关系可分为2个进化层次,师宗居群与绥江居群之间以及西畴居群与永善居群之间的遗传进化关系最近。类群Ⅱ内的遗传演化关系可分为5个进化层次,麻栗坡居群与屏边居群之间的遗传进化关系最近,云龙居群与威信居群之间的亲缘关系较远。研究结果可为加快云南猕猴桃属种质资源的研究利用提供参考。     

基于ISSR标记的江西野生寒兰居群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记对江西省主要山脉12个野生寒兰居群共185个体进行遗传多样性和群体遗传结构研究。结果表明:12条ISSR引物共扩增出123个条带,其中多态性条带97个,多态性条带百分率(PPB)为78.9%。12个寒兰居群在物种水平上的遗传多样性较高,群体总观测等位基因数(N_a)为1.7967,有效等位基因数(N_e)为1.4461,N_ei’s基因多样性(H_e)为0.2649,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.3995;在居群水平上遗传多样性较低,PPB平均值为43.97%,N_a平均值为1.4397,N_e平均值为1.2478,H_e平均值为0.1462,I平均值为0.2204;遗传分化系数(G_(ST))为0.4415,居群间基因流(N_m)为0.6325,表明居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;UPGMA聚类结果显示12个寒兰居群可聚为两支,第一支由资溪、武夷山大叶、武夷山小叶、崇义小叶、靖安、宜丰、井冈山、邵武大叶和邵武小叶9个居群组成;第二支由石城、安远和崇义大叶3个居群组成,聚类结果没有呈现出山脉分布的特点;Mantel检验结果表明遗传距离和地理距离之间无显著相关性(r=0.3791)。     

不同居群艾种质遗传多样性和遗传结构分析

以12个艾居群和22条SCoT引物为试材,采用NTSYS-pc2.1、Popegen 1.32等分析方法对12个居群的遗传多样性和群体结构特征进行研究,以期为艾新品种选育提供参考依据。结果表明：22条SCoT引物共检测出87个主要等位基因变异,平均每条引物3.95个;多态性信息含量PIC值、Shannon′s多样性指数I值和Nei′s基因多样性指数H平均值分别为0.690、0.483和0.317,表现出较高的遗传多样性。居群每个位点平均等位基因数(Na)、每个位点平均有效等位基因数(Ne)、I和期望杂合度(He)平均值分别为1.444、1.419、0.349、0.238,以安阳汤阴县艾居群Na、I、H值最高。居群遗传相似系数和遗传距离范围为0.795～0.975和0.025～0.229,平均值为0.909和0.097。其中,济源艾居群和黄冈蕲春艾居群的遗传相似系数最高、遗传距离最近。SCoT遗传分化系数(Gst)为0.293,表明群体间的遗传多样性水平较低,9%遗传差异源自群体间。居群间基因流水平(Nm)值为2.022,表明居群间存在一定的基因流,导致居群间的遗传差异小。12个艾居群在...     

新疆野扁桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对中国新疆分布的野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht.)5个居群共120个个体的遗传多样性进行了研究。9条引物共检测到114个位点,其中105个为多态位点。在物种水平上,野扁桃的多态位点百分率为92.1%,Nei's基因多样度(h)为0.2809,Shannon信息指数(I)为0.4327;在居群水平上,多态位点百分率平均为50.7%,Nei's基因多样度(h)平均为0.2062,Shannon信息指数(I)平均为0.2999。基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0.2660,表明有26.6%的遗传变异存在于居群之间。居群间的遗传一致度平均为0.8964,估测的居群间基因流(Nm)为1.3794,可以认为5个野扁桃居群间基因流畅通,与Nei's多样性指数揭示的大部分遗传变异存在于居群内是一致的。根据Nei's遗传距离对不同居群进行UPGMA聚类分析显示居群间的遗传距离与居群的地理距离之间没有显著的相关性。基于试验分析结果,野扁桃种质资源保护和利用的策略为在优先保护现有群体的基础上,加强筛选和保存居群内的变异单株。     

中国樱桃14个自然居群遗传多样性和遗传结构的SSR评价

以中国樱桃14个自然居群280个个体为材料,采用SSR分子标记技术分析其遗传多样性和遗传结构。结果显示：11对SSR引物共检测到80个等位基因,各引物扩增条带在4 ~ 13条之间。基因多样性指数（h）为0.5431 ~ 0.7151,Shannon’s信息指数（I）为0.9057 ~ 1.4684。分子方差分析（AMOVA）表明,遗传变异主要来自居群内（70.00%）,Mantel检验显示总群体的遗传距离和地理距离显著相关（r = 0.472,P = 0.011)。因此,中国樱桃在居群水平（PPL = 100%,h = 0.643,I = 1.207）和物种水平（PPL = 100%,h = 0.743,I = 1.591）上均具有较高的遗传多样性。     

10 个山茶岛屿天然居群的遗传多样性分析

 采用ISSR 分子标记对舟山群岛、长门岩岛、鹿儿岛、四国岛和五岛的10 个山茶（Camellia japonica）居群的遗传多样性和分化程度进行分析。20 条随机引物扩增出210 个可分析位点,多态性百分比（PPL）为90%。试验结果显示,山茶居群水平的Nei’s 基因多样性指数为0.2732,Shannon 信息多态性指数为0.4003,表明其具有较高的遗传多样性。鹿儿岛、四国岛和五岛的居群相对于舟山群岛和长门岩岛居群而言,遗传多样性水平更高。10 个居群间遗传分化系数Gst = 0.2028;地理距离与遗传距离之间具有显著相关性（r = 0.9081,P < 0.05）,表明岛屿地理隔离对山茶居群间的遗传分化具有重要影响。UPGMA 聚类显示了居群间的亲缘关系,同岛内居群间亲缘关系更近,长门岩岛居群与舟山群岛居群亲缘关系近于和鹿儿岛、四国岛以及五岛居群间的亲缘关系。     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

野生桂花的遗传多样性和遗传结构研究

 利用细胞核微卫星（nuclear microsatellite,nSSR）标记对中国4 个省的7 个野生桂花[Osmanthus fragrans（Thunb.）Lour.]群体139 个个体的遗传多样性和遗传结构进行了研究。11 个微卫星位点揭示了 野生桂花等位基因多样性（A）平均为6.039,有效等位基因数（Ne）平均为3.769,平均预期杂合度（He） 为0.673。所有群体均显著偏离哈温平衡,近交系数FIS 介于0.313 ~ 0.580 之间。群体间遗传分化系数FST = 0.143,AMOVA 分析表明群体间遗传分化占总遗传变异的12.69%,群体内的遗传变异为87.31%。Mantel 检验表明野生桂花群体间遗传距离与地理距离不存在相关性（r =–0.277,P = 0.214）。STRUCTURE 聚类 分析显示,所有个体被划分为3 个理论群体,庐山群体和浏阳群体中谱系较为单纯,而其他群体则存在 一定程度的遗传混杂。瓶颈效应分析显示,除浏阳群体外所有群体经历了种群衰退。     

利用SSR研究不同国家桃育成品种的遗传多样性

利用34对SSR分子标记对来自不同国家的56份桃育成品种进行遗传多样性分析。筛选的13对SSR引物共检测出226个等位基因,其中多态性等位基因为222个。桃群体的平均Nei’s基因多样度为0.224,Shannon遗传多样性表型指数为0.367,说明桃总群体遗传变异较低;基因分化系数为0.081,与AMOVA分析结果8.13%相近,说明2者遗传变异以群体内遗传变异为主;基因流值为5.657,则说明不同国家间桃育成品种交流比较频繁。根据Nei’s基因多样度和Shannon遗传多样性表型指数2指标所得,欧美品种群遗传变异最高,其次为中国,最后为日本。UP-GMA聚类分析结果表明,品种间的遗传距离与系谱关系基本吻合。     

蜡梅天然群体遗传多样性的SRAP标记分析

 在蜡梅[Chim onanthus praecox (L.) Link ] 分布区内选取5个天然群体, 采用筛选出的7对SRAP (sequence-related amplified polymorphism) 引物进行遗传多样性分析。结果显示: 多态性条带百分率为23.4% , 多态位点比率( PPL ) 为83.41% , Nei's基因多样性指数(h) 为0121～0125 (均值为0.22) ,Shannonps信息指数( I) 为0.34, 群体分化系数(Gst) 为0.17, 群体间总的基因流的估算值Nm为2.40。AMOVA分析显示群体内方差分量的贡献率占79.89% , 而群体间方差分量的贡献率占20.11% , 区域间占32.39% , 区域内67.61%。Nei's (72) 群体遗传距离的UPGMA聚类分析显示群体间的遗传距离与群体的地理距离关系一致, Mantel分析相关系数为0.89。基于试验分析结果, 蜡梅种质资源保护和利用策略为在优先保护现有群体的基础上, 加强筛选和保存群体内的变异样本。     

广西野生濒危植物掌叶木遗传多样性的ISSR与SRAP分析

采用ISSR和SRAP技术对中国野生濒危植物掌叶木[Handeliodendron bodinieri（Lévl.）Rehd.]的5个野生居群的95份材料进行分析,10条ISSR引物共扩增得到114个条带,其中多态性条带68个,多态性条带百分率（PPB）59.65%,掌叶木在物种水平上的Nei’s基因多样性（H）为0.1817,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.2792;观测等位基因数（Na）为1.5965,有效等位基因数（Ne）为1.2984,居群间基因间分化度（Gst）为35.17%。15组SRAP引物共扩增出292个条带,其中多态性条带269个,多态性条带百分比为92.12%,物种水平上,掌叶木的Nei’s基因多样性（H）为0.3171,Shannon’s遗传多样性信息指数（I）为0.4758;观测等位基因数（Na）为1.9212,有效等位基因数（Ne）为1.5380,居群间基因间分化度（Gst）为23.17%。结果显示两种标记均能检测到掌叶木具有较高的遗传多样性,掌叶木不同居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。     

河南境内桑叶葡萄种内形态和遗传多样性分析

对河南省境内桑叶葡萄(Vitis ficifolia Bge.)的形态变异水平、遗传变异水平以及分布进行了研究。形态学分析结果表明,新梢、幼叶和成龄叶的17个性状中有10个性状在居群间存在显著或极显著差异,所有性状的变异系数在2.6%～54.7%,表明形态变异较丰富。SSR分析检测到69个位点,其中多态位点64个,多态位点比率(PPB)为92.75%,表明桑叶葡萄遗传多样性水平较高。居群间的遗传分化系数(GST)和Nei’s基因多样性指数分析显示,大部分遗传变异存在于居群内(分别为24.05%、11.83%)。