芒果SSR-PCR反应体系的优化

通过正交实验,以芒果品种金煌芒为材料,对影响芒果SSR-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq酶、模板DNA、引物这5个因素进行了优化。结果表明,各因素水平变化对PCR反应影响的显著性依次为:模板DNAdNTPs引物Mg2+Taq酶。最终确立SSR反应体系的最优条件为:20μL体系中,10×buffer2μL,模板DNA80ng,dNTPs0.4mmol/L,引物0.2μmol/L,Mg2+1.8mmol/L,Taq酶0.75U。     

基于B/S结构的农产品质量安全追溯系统研究

以蝴蝶兰嫩叶提取的DNA为材料,蝴蝶兰SRAP反应体系中的重要参数Mg2+、Taq酶、模板DNA及随机引物,建立了一套适合蝴蝶兰基因扩增的SRAP反应体系：25 μL的反应体系中Mg2+浓度为2.0 mmol/L,Taq酶1.0 U,DNA模板40 ng,上下游引物0.8 mmol/L。该体系扩增条带清晰,重复性好,有望在蝴蝶兰属植物的遗传育种研究中运用。     

芒果ISSR反应体系的建立与优化

运用L16(45)正交设计对芒果ISSR反应的5个因素,即DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度在4个水平上进行优化试验,通过不同反应体系扩增效果比较,建立优化的芒果ISSR反应体系,即25μL的PCR体系中含有DNA模板25 ng、Mg2+浓度为1.5 mmol/L、dNTPs 0.3 mmol/L、引物0.32μmol/L、Taq DNA聚合酶1.25 U。这为进一步运用ISSR标记在DNA分子水平上对芒果种质资源进行分析奠定基础。     

利用正交设计优化甘蔗SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对甘蔗SRAP-PCR反应体系的五大因素(Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA、Taq酶)在4个水平上进行优化,得到如下结论:各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次是:Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA;通过对各因素进行筛选,建立甘蔗SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为:dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.1μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、Taq酶0.25U和模板DNA 60 ng。     

沉香属植物基因组DNA提取及SSR反应体系的优化

以白木香为材料,研究沉香属植物基因组DNA提取方法,并优化SSR-PCR反应体系。通过改良CTAB法提取白木香叶片基因组DNA,经电泳和吸光度检测。优化影响白木香SSR-PCR主要参数,确立适合沉香属植物的SSR-PCR反应体系和扩增条件：在20 μL反应体系中,模板DNA、引物、Mg2+、dNTP和Taq DNA聚合酶等5种主要成分的最适浓度分别为2.5 ng/μL、1 μmol/L、2 mmol/L、0.2 mmol/L、1.2 U;并用9份沉香属植物DNA样品对SSR-PCR反应体系验证,能扩增清晰     

柱花草DNA提取及ISSR反应体系的正交优化

报道了以新鲜嫩叶提取高纯度、完整性好的柱花草基因组DNA方法.并利用正交设计,从Taq聚合酶、Mg2 、dNTP、DNA模板、引物浓度5个因素、4个水平对柱花草ISSR反应体系进行优化试验,确立了适合柱花草的快速而又高效的ISSR反应体系,即20 μL反应体系中含1×PCR缓冲液,2.0 mmol/L Mg2 ,0.2 mmol/LdNTP,0.4 μmol/L引物,60 ng DNA模板,1 U Taq聚合酶.     

胡椒ISSR反应体系的建立与优化

旨在构建胡椒(Piper nigrum L.)基因组DNA的ISSR-PCR反应体系，以便为海南胡椒属植物的遗传多样性分析研究打下基础。利用单因素随机试验设计，对胡椒ISSR-PCR反应体系中各组分(TaqDNA聚合酶、dNTPs、模板DNA、引物和Mg2+)的浓度进行优化，同时筛选ISSR-PCR反应的循环数和最适退火温度。确定了最优的ISSR-PCR反应体系为：总体积20 μL，其中Taq DNA聚合酶1.0 U，dNTPs 0.8 mmol/L，引物0.2 mmol/L，Mg2 + 1.8 mmol     

新型植物油莎豆DNA提取与SRAP体系优化

以14个不同地理来源的油莎豆品系为实验材料,研究了油莎豆DNA快速提取方法;以SRAP反应体系中DNA模板量、Mg2+浓度和引物浓度3个因子分别设置3个水平,共配制27个反应体系,对油莎豆SRAP反应体系进行优化。研究结果表明:改良CTAB法可获得较高质量的DNA,参试材料的A260/A280介于1.70～1.98;在27个SRAP反应体系(15μL)中,最优反应体系为DNA模板25ng、Mg2+1.5mmol/L、引物浓度1μmol/L、dNTPs 0.3mmol/L和Taq酶1U,可扩增出清晰稳定的多态性条带。     

胡椒ISSR反应体系的建立与优化

通过单因子、双因子实验研究了胡椒ISSR-PCR反应体系中热参数和5个主要成分,即退火温度、循环数、变性时间、退火时间、延伸时间以及Mg2+、dNTPS、引物、模板DNA、Taq DNA聚合酶对扩增结果的影响,建立了适合胡椒ISSR分析的反应体系和扩增程序,即在25 μL反应体系中,内含2 mmol/L Mg2+、200 μmol/L dNTPS、1×PCR Buffer、2 μmol/L引物、100 ng模板、1 U Taq DNA聚合酶。扩增程序为94℃预变性3 min, 94℃变性120 s,复性60 s,72℃延伸 3 min,循环35个,结束后72℃延伸7 min。这一优化体系的建立为今后利用ISSR标记技术进行胡椒种质鉴定、遗传多样性分析奠定了基础。     

柱花草AFLP反应体系的建立与引物筛选

以柱花草奥克雷品种为材料，采用改良的CTAB法提取基因组DNA，对影响AFLP反应体系的主要因素进行了优化，建立了柱花草的AFLP反应体系。结果表明：20 μL为最佳反应体系，酶切体系中DNA模板量为1 000 ng，用5 U EcoR I 37℃酶切2 h、5 U Mse I 65℃酶切2 h效果最佳；分别取5 μL酶切液、1 μL T4连接酶(5 μL/L)、1 μL EcoR I接头、1 μL Mse I接头、2 μL缓冲液(T4DNA酶自带)，于22℃下连接10 min效果最佳；预扩增体系中模板稀释15倍、Mg2+浓度为0.75 mmol/L、Taq酶用量为1 U、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、引物浓度为2 ng/μL效果最佳；选择扩增体系中模板稀释20倍、Mg2+浓度为1.25 mmol/L、Taq酶为1 U、dNTPs浓度为0.225 mmol/L、引物浓度为0.4 ng/μL效果最佳。利用热研5号、奥克雷2个品种对8对引物组合进行筛选，筛选出46对引物组合，为利用AFLP标记对柱花草进行分子生物学研究及分子育种奠定基础。     

狗牙根ISSR-PCR反应体系的优化

利用正交设计试验,对影响ISSR-PCR的Mg~(2+)、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA 5个因素进行优化试验.结果表明:25μL ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳条件为Mg~(2+)2.5 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.2μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 40 ng.通过对狗牙根ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,得到引物UBC881的最佳退火温度为50.5℃.该体系在24个狗牙根种质中获得较好的扩增结果,该优化体系为今后利用ISSR技术进行狗牙根属种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础.     

石斛属部分植物SRAP-PCR反应体系的建立与优化

建立石斛属(Dendrobium)植物SRAP-PCR反应体系,为石斛的品种鉴定与分类提供理论和技术基础.采用单因素及正交试验对反应体系中的各因子进行优化,确定最优退火温度,并筛选有效引物.结果表明:适用于石斛属植物SRAP 最佳的反应体系为:Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,Taq D...     

荷花ISSR—PCR反应体系的建立及优化

以荷花叶片提取的基因组DNA为材料,通过对影响ISSR—PCR扩增效果的一些因素,如dNTPs浓度、Mg2＋浓度、TαDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量以及退火温度等进行筛选和优化,确立了可用于荷花ISSR—PCR分析的最适宜的PCR反应体系：20μL PCR反应体积含O．4mmol·L-1 dNTPs、3．5mmol·L-1Mg2＋、1．5U TαqDNA聚合酶、0．4μmol·μL-1引物、3ng模板DNA。PCR扩增程序为：94℃预变性2min,94oC变性30s,54．5℃退火30s,72℃延伸1min,45个循环,最后72℃延伸7min,置4℃保存。应用该ISSR体系对6份荷花种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。     

巨竹ISSR反应体系的建立与优化

以巨竹叶片提取的基因组DNA为材料,用引物UBC810（序列为GAGAGAGAGAGAGAGAT）研究了PCR反应体系的主要成分、退火温度及循环次数对该种植物ISSR扩增结果的影响。结果表明,20μL的反应体系含40ng模板DNA、0．6μmol·L^-1引物,1．0UTaqDNA聚合酶,2．5mmol·L^-1 Mg^2＋,0．25mmol·L^-1dNTPs,1×Buffer。PCR扩增程序为：94℃预变性5min;94℃变性45s,54．5℃复性30S,70℃延伸90S,循环40次;72℃延伸10min,置4c℃保存。     

红麻 SRAP -PCR 反应体系优化及多态性引物的筛选

采用正交试验L16（43）设计,以dNTP、引物和Taq DNA聚合酶3种因素4个水平,并设置了8个模板DNA浓度梯度。扩增效果表明,红麻的SRAP-PCR最佳反应体系为2μL 10＆#215;Taq Reaction Buffer、20 ng模板DNA、 dNTP 220μmol/L、引物0.35μmol/L、 Taq DNA聚合酶0.5 U,总体积为20μL。同时对256对SRAP引物进行扩增,筛选出条带清晰、多态性较好的引物100对。该反应体系及100对多态性引物组合应用于今后红麻的遗传多样性、品种鉴定、亲缘关系、遗传图谱构建、 QTL定位等研究。     

咖啡ISSR与RAPD-PCR反应体系优化

以中粒种咖啡部分种质为试材,采用U25（55）均匀设计表,对影响ISSR和RAPD标记的模板DNA、Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶和引物浓度5个因素进行优化,分别建立适合于中粒种咖啡ISSR-PCR和RAPD-PCR标记的反应体系。结果表明：2种标记的反应体系相似,20 μL的反应体系中含DNA模板20 ng,Mg2+ 1.5 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,Taq酶1.25 U,引物0.6 μmol/L。利用所确立的体系对13份中粒种咖啡种质进行扩增,结果条带清晰明亮,多态性好     

茶树ISSR-PCR反应体系的建立

通过优化影响茶树 ISSR-PCR 的主要参数,确立了适用于茶树的 ISSR 反应体系和扩增条件。结果表明在 20 μl 反应体系中,模板 DNA、引物、Mg++、dNTP 和 Taq DNA 聚合酶五种主要成分的最适浓度分别为 10ng、150 nmol/L、1.5 mmol/L、150 μmol/L、0.5 U。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其 Tm 值平均高 4.5℃,扩增出足量产物至少需要 30 个热循环。利用该优化反应体系和扩增条件,对 13 份不同茶树种质资源进行ISSR-PCR 扩增,扩增产物的多态性为 77.6%。引物 TRI18 构建的 ISSR 指纹图谱,可以区分 13 份茶树资源中的 12 份,分辨率达 92.3%。     

海南黎药胆木PsbA-trnH-PCR体系的建立与优化

为了建立适合黎药胆木的PsbA-trnH-PCR体系来研究不同地理居群胆木遗传多样性,本研究以植物基因组试剂盒法提取胆木基因组DNA为模板,采用单因素实验和正交试验对PsbA-trnH-PCR过程中的关键影响因素进行优化,并对PsbA-trnH-PCR产物进行测序鉴定。结果表明,最佳PsbA-trnH-PCR反应体系(25μL)为:Taq酶1.0 U,dNTPs 0.4 mmol/L,Mg~(2+)0.75 mmol/L,引物0.15μmol/L,模板20 ng,10×PCR Buffer(不含Mg~(2+))2.5μL;采用该最佳体系对胆木基因组DNA进行PCR扩增,获得扩增产物,经单向测序获得了胆木PsbA-trnH部分序列;并建立了稳定的PsbA-trnH-PCR体系,为胆木的药材鉴别及其遗传多样性研究奠定了基础。     

蓖麻DNA的提取及SRAP反应体系的建立

为建立蓖麻快速有效的DNA提取方法和SRAP标记的技术体系,本研究采用SDS法和CTAB法对蓖麻不同叶片（新鲜嫩叶、老叶和陈旧的嫩叶、老叶）的基因组DNA进行提取,并以DNA模板用量、Mg2+浓度、引物浓度和Taq酶用量4个因素的不同水平配制了10个反应体系对蓖麻SRAP反应体系进行优化。结果表明,SDS法和CTAB法均可获得较高质量的DNA,多数样品的A260/A280值介于1.7～1.9之间,但以CTAB法更为省工省时,不同叶片DNA的提取效果,以嫩叶效果最佳;设计的10个反应体系中,以反应体系A（总体积为15µL,40ng DNA模板,1.5mmol/L Mg2+浓度,0.2mmol/L dNTPs,0.3µmol/L引物浓度和1Unit Taq酶）最为经济适用,将该体系用于蓖麻的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。本实验为蓖麻的遗传多样性研究及目标性状的分析定位提供了技术支撑。